Chimie bio- organique 3eme Année: Chimie organique

Unité d’enseignement : Unité découverte

Cours N°2:
Peptides et Protéines

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2.1. Définition:

Les protéines sont les constituants essentiels de nombreux tissus vivants, végétaux
ou animaux et en outre jouent souvent un rôle primordial dans divers processus vitaux.
Elles résultent de la condensation d’un grand nombre de molécules d’aminoacides, selon le
schéma conduisant à des chaines plus ou moins longues, linaires ou cycliques.

Toutes les protéines de toutes les espèces sont construites à partir de 20 acides
aminés, dites standard.

Deux acides aminés unis par une liaison peptidique forment un dipeptide, trois un
tripeptide, un petit nombre un oligopeptide, quelques dizaines (n<100) un polypeptide,
au-delà une protéine.

2.2. Propriétés:

Les protéines sont des molécules quantitativement et qualitativement importantes :

- Quantitativement: elles constituent plus de la moitié du poids sec des cellules.

- Qualitativement : elles participent à (presque) toutes les fonctions cellulaires.

2.2.1. Solubilité :

Parce qu’elles sont composées de résidus d’acides aminés aux caractéristiques

différentes, les protéines ont une solubilité qui leur est spécifique et dépendante de la
concentration en sels, des solvants organiques et du pH.

Sur la base de leur solubilité dans l’eau pure, on distingue :

 Les albumines sont solubles dans l’eau pure.

 Les globulines qui nécessitent une certaine concentration saline pour être
solubilisées.

2.2.2. Stabilité :

La fonction biologique d’une protéine, est déterminée par sa structure tridimensionnelle.

Cette structure est stabilisée principalement par des interactions faibles, que ce soit à

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l’intérieur même de chacune des chaînes polypeptidiques, à l’interface entre sous-unités, ou

au contact des protéines avec leur environnement, aqueux pour les protéines solubles, ou
hydrophobe dans le cas des protéines membranaires.

De nombreux paramètres physiques ou chimiques qui influencent ces interactions

peuvent faire évoluer une protéine d’un état « natif » fonctionnel vers un état « dénaturé »
non fonctionnel, tels que : la température, le pH, les agents dénaturants (agents
chaotropiques, les thiols et les détergents)…………

2.3. Classification: elles sont classées selon:

 Leur composition :
1. Les holoprotéines ne sont composés que d’acides aminés (ex : albumine).
2. Les hétéroprotéines comportent en plus une partie non protéique (groupement
prosthétique : glucides, lipides, acides nucléiques, ions métalliques….
 Leur forme globale:
1. Les protéines globulaires : elles ont des structures primaire, secondaire, tertiaire,
voire quaternaire. Leur rapport axial (rapport de la dimension la plus grande à
la dimension la plus petite) est inférieur à 10 ; elles sont sphéroïdes. Elles sont
solubles dans l’eau.
2. Les protéines fibreuses : elles sont dépourvues de structures tertiaire et
quaternaire ; cependant elles présentent des niveaux d’organisation supérieurs.
Leur rapport axial est supérieur à 10 : elles sont filiformes. Elles sont insolubles
dans l’eau. Elles remplissent des fonctions structurales ou protectrices (ex : la
kératine et le collagène).
3. Les protéines mixtes : elles sont mi-globulaires mi-fibreuses (ex : la myosine).

2.4. La liaison peptidique:

La liaison peptidique –CO-NH- est un hybride de résonance dans lequel les

électrons du doublet de l’azote et les électrons π de la liaison C=O occupent la même
orbitale délocalisée entre les atomes d’azote et d’oxygène. La liaison peptidique et
stable, plane et rigide.

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2.5. Structure des protéines:

Les structures secondaires: elles se présentent sous les trois formes suivantes :

L’hélice α Le feuillet plissé β Le coude β

La structure tertiaire : elle est définie par le repliement sur elle-même de la chaine
polypeptidique d’une protéine globulaire, de telle sorte que les chaines latérales polaires
(hydrophiles) des résidus soient tournées vers l’extérieur au contact du milieu aqueux
environnant, et les chaines latérales non polaires (hydrophobes) vers l’intérieur ou elles
forment une zone hydrophobe interne. Cette structure est stabilisée par des liaisons entre
chaines latérales de résidus éloignés dans la structure primaire mais que le repliement de
la chaine rapproche :

- Liaisons covalentes: pont disulfure entre résidus cystéine

- Liaisons non covalentes: liaisons hydrogène, de Van der Waals, hydrophobes et
ioniques.

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La structure quaternaire:

Certaines protéines globulaires sont formées de plusieurs chaines polypeptidiques

dont l’organisation définie la structure quaternaire. En général, leur nombre est pair et
elles sont identiques ou identiques deux à deux.

Cette structure est :

- Stabilisée par des liaisons hydrogène, de van der Waals, hydrophobes et ioniques.
- Obligatoire à la fonction biologique de ces protéines

2.6. Fonctions biologiques des protéines:

1. Catalyse

Certaines protéines, les enzymes, sont des catalyseurs. Les enzymes augmentent
la vitesse d’une réaction biochimique thermodynamiquement possible, en transformant
le(s) substrat(s) en produit(s). Les enzymes sont spécifiques d’un substrat ou d’un
type de réaction. De nombreuses fonctions détaillées par la suite découlent en fait
des propriétés catalytiques des protéines.

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2. Molécules de stockage

Il peut s’agir de protéines utilisées au cours du développement des êtres vivants: c’est
le cas par exemple de la caséine du lait des Mammifères ou de l’ovalbumine de l’œuf.
D’autres protéines de stockage existent tout au long de la vie : la ferritine, une protéine
liant le fer et assurant son stockage, notamment dans le foie.

3. Transport de molécules

Certaines de ces protéines sont circulantes, comme les apolipoprotéines des

lipoprotéines impliquées dans le transport des lipides (triglycérides, cholestérol,
phospholipides) dans le sang. D’autres sont fixes et assurent le transport d’une molécule
de part et d’autre d’une membrane. Ce passage se fait à travers des canaux si la molécule
suit son gradient de concentration.

4. Structure

Des protéines assurent le maintien de la forme des cellules. C’est le rôle des protéines
du cytosquelette (tubuline, actine). Les protéines des jonctions intercellulaires relient entre
elles plusieurs cellules. Elles sont indispensables au maintien de la structure des tissus.

5. Mouvement

Le raccourcissement des sarcomères des cellules musculaires, étape clé de la

contraction, nécessite l’interaction entre de nombreuses protéines, principalement l’actine et
la myosine. La locomotion des spermatozoïdes met en jeu des flagelles. L’ondulation
des flagelles implique des microtubules constitués de tubuline ainsi que des moteurs
protéiques: les dynéines. L’organisation des cils est assez semblable à celle des flagelles.
Grâce aux battements des ces cils, le mucus peut s’évacuer des bronches, du nez ou du
vagin. Par ailleurs, diverses protéines (dynéine, kinésine) jouant des rôles de moteurs
moléculaires s’associent aux microtubules pour assurer le déplacement intracellulaire
des vésicules, des organites ou encore des chromosomes.

6. Communication et immunité

La communication entre cellules est nécessaire pour un fonctionnement et un

développement coordonnés. Certains récepteurs protéiques lient spécifiquement une
hormone ou un facteur de croissance. L’immunité repose également sur la reconnaissance
de structures moléculaires par des protéines spécifiques.

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7. Régulation de l’expression

Une grande variété de protéines régulent l’expression des gènes et ce, à

différents niveaux. Certaines, les protéines TF (facteurs de transcription), régulent la
transcription des gènes. D’autres, comme les IRP (iron regulatory proteins), inhibent ou
amplifient la traduction des ARNm de la ferritine selon la quantité de fer présente dans
l’organisme.

2.6. Méthodes d’analyse des protéines:

2.6.1. Mise en évidence des α-aminoacides :

La mise en évidence d’un α-aminoacide isolé s’effectue aisément par une réaction
colorimétrique avec la ninhydrine qui donne une coloration violette avec les amines
primaires alors qu’elles donnent une coloration jaune avec les amines secondaires.
L’analyse d’un mélange d’acides aminés nécessite la mise en œuvre de méthodes de
séparation : la chromatographie ou l’électrophorèse.

a/ Chromatographie de partage

Elle repose sur l’extraction par une phase organique non-miscible des aminoacides
contenus dans une phase aqueuse. Le support (papier ou cellulose) comporte la phase
stationnaire aqueuse ; le solvant organique constitue la phase mobile. Chaque acide
aminé est caractérisé par sa vitesse de déplacement sur le support : on distingue par Rf le
rapport entre les distances parcourues par l’aminoacide notée (dAA) et par le front de la
phase mobile notée (dS ); avec: Rf= dAA/dS . La révélation s’effectue par coloration à la
ninhydrine, dans des conditions de température élevée.

b/ Chromatographie sur résine échangeuse d’ions

Dans une chromatographie d’échange d’ions, les ions sont séparés selon leur charge
électrique globale. Les résines utilisées sont des polymères comportant une fonction acide
neutralisée sous forme de sel de sodium R-SO3-,Na+. En milieu acide (pH=3,0),

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l’aminoacide est sous forme cationique. L’échange de cations a lieu entre l’ion sodium et
l’aminoacide. L’élution s’effectue au moyen de solutions tampons de pH croissant. La
libération de l’aminoacide se produit pour (pH=PI). On réalise ensuite une révélation à la
ninhydrine et un dosage spectrophotométrique.

c/ Electrophorèse

Les aminoacides peuvent être séparés par action d’un champ électrique en utilisant
leur différence de charge à un pH déterminé. Le support est une feuille de papier filtre ou
de cellulose. Les anions anions migrent vers le pole positif, les cations vers le pole négatif;
la vitesse de migration est proportionnelle à la charge de l’acide aminé. Une révélation à
la ninhydrine est ensuite réalisée.

2.6.2. Séquençage des peptides et des protéines

a/ Peptides

La détermination de la structure primaire des peptides consiste à identifier la

séquence des acides aminés qui les composent :

 La méthode de séquençage de Sanger (applicable aux petits polypeptides) : repose

sur la dégradation séquentielle de la chaine peptidique, acide aminé par acide
aminé, à partir de l’extrémité N-terminal ; elle consiste en une condensation de la

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chaine peptidique avec le 2,4-dinitrofluorobenzène (DNFB) en milieu alcalin, suivie

d’une hydrolyse en milieu acide.
 La méthode de Gray et Hartley, 100 fois plus sensible que celle de Sanger, utilise
comme marqueur le chlorure de dansyle (méthode DNS-aminoacide).

b/ Identification des protéines

- Séparation des protéines

Afin d’identifier une protéine, il est nécessaire de la séparer du reste du mélange initial
complexe. Plusieurs procédés peuvent être utilisés :

La dialyse avec une membrane hélmiperméable,

La différence de solubilité,
L’ultracentrifugation,
L’action d’un champ électrique,
La chromatographie en présence d’un adsorbant,
La chromatographie d’affinité biologique,
- Détermination de la structure primaire des protéines

La séquence d’une protéine en acides aminés peut être déterminée par la dégradation
d’Edman qui progresse séquentiellement d’acide aminé en acide aminé à partir de
l’extrémité N-Terminale. Cette méthode est utilisée après clivage de la protéine en
polypeptides par des coupures spécifiques ;

Après le carboxyle de la méthionine par le bromure de cyanogène,

Après le carboxyle de l’arginine ou de la lysine par la trypsine,
Après le carbonyle de la phénylalanine ou de la tyrosine par la chymotrypsine,
Entre l’arginine et la lysine par l’hydroxylamine,

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Les petits peptides résultants des coupures spécifiques peuvent être séquencés en
utilisant la propriété de condensation de l’acide aminé avec le phénylisothiocyanate
(PTH) puis sa libération sous la forme d’un acide aminé cyclique en milieu acide
faible. La séquence complète de la protéine est reconstituée par une analyse des
fragments peptidiques chevauchants.

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