République Algérienne Démocratique et Populaire

Ministère de l’enseignement Supérieur et de la Recherche scientifique

Université Abderrahmane Mira Bejaia

Faculté des Sciences de la Nature et de la vie
Département des Sciences alimentaires

Enzymologie fondamentale

Support pédagogique destiné aux étudiants de L3

«Alimentation, Nutrition Pathologie ».

Fait par ALOUI-BERKATI Salima

Année universitaire : 2020-2021

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 CHAPITRE II : STRUCTURE DES ENZYMES

I-Généralités

Les enzymes sont des protéines globulaires de masse moléculaire élevée, d’environ 104 à 2.106 Da,
solubles dans les milieux aqueux sauf pour des enzymes liées aux membranes qui sont insolubles.
Exemple : Ribonucléase : 124 AA (13700 Da) ; Glutamate DH : 850 AA (2.106 Da) (complexe
multienzymatique).

Il existe deux grands groupes d’enzymes :

• Les enzymes entièrement protéiques ou enzymes holoprotéiques.

• Les enzymes formées d’une partie protéique, l’apœnzyme, et d’une partie non protéique, le
cofacteur. Ces enzymes sont dites hétéroprotéiques.

1. Les enzymes holoprotéiques : Il s’agit de protéines globulaires pouvant être formées d’une seule chaîne
polypeptidique (enzyme monomérique) ou de plusieurs chaînes identiques ou différentes (enzyme
oligomériques). Certaines enzymes peuvent s’associer entres-elles pour former des complexes
multienzymatiques.

2. Les enzymes hétéroprotéiques : Il s’agit d’enzymes à cofacteurs qui sont soit de nature inorganique,
comme les ions métalliques, soit de nature organique, comme les coenzymes. La partie protéique ou
apœnzyme intervient dans la spécificité au niveau du site de fixation du substrat et le coenzyme correspond
au site catalytique. Ainsi, la réaction se produit par fixation du substrat sur l’apœnzyme puis action
catalytique du coenzyme. À la différence des enzymes qui sont spécifiques, les coenzymes ne le sont pas
et plusieurs enzymes peuvent avoir le même coenzyme.

Enzyme Nombre de polypeptide Exemple

Monomérique 1 Lysozyme (129 AA)
Oligomérique Plusieurs LDH (4), glutamate DH (8)

Enzyme Composition
Holoprotéine Protéine seule
Apoenzyme (protéine)

Hétéroprotéine Cofacteur (non protéique) : coenzyme (organique) ou cofacteur

minéral

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II- Structure des enzymes

Les enzymes sont des protéines globulaires, elles adoptent plusieurs degrés d’organisation :

• Structure primaire : c'est l'ordre d'enchaînement des acides aminés, liés entre eux par une liaison
de type amide, la liaison peptidique. Ce premier niveau de structure est responsable au moins
indirectement des niveaux supérieurs d'organisation et ainsi de toutes les propriétés des protéines,
en particulier des propriétés catalytiques des enzymes, mais aussi de la formation d'autres liaisons
covalentes;
• Structure secondaire : elle résulte de l'établissement de liaisons hydrogène entre les groupements
amide (-NH) et carbonyle (-CO) du squelette peptidique. Il existe trois principales catégories de
structures secondaires selon le repliement des liaisons peptidiques : les hélices (de type alpha), les
feuillets (de type bêta) et les coudes ;
• Structure tertiaire : la chaîne polypeptidique déjà ordonnée en structure secondaire peut se replier
sur elle-même pour former une molécule de configuration spatiale bien déterminée (en général, de
forme globulaire dans le cas des enzymes). Les liaisons intramoléculaires (pont disulfure, liaisons
hydrogènes, liaisons ioniques, liaisons hydrophobes) responsables de la stabilité de la structure
tertiaire se forment à partir des chaînes latérales des acides aminés. Cette organisation entraine une
localisation:

- Des acides aminés polaires en surface externe.

- D es acides aminés non polaires vers l’intérieur de la molécule (zone

hydrophobe interne). C’est au niveau de cette zone que se situe le site
actif d’une enzyme.

• Structure quaternaire : les protéines sont souvent constituées de plusieurs sous-unités qui
correspondent chacune à une chaîne polypeptidique de structure tertiaire définie. L'association de
ces sous-unités entre elles par le même type de liaisons que celles rencontrées au niveau de la
structure tertiaire constitue la structure quaternaire de la protéine. Cette association de plusieurs
monomères donne naissance à un polymère ou protéine oligomérique. Ces monomères peuvent être
identiques (homopolymères ou homooligomère) ou différents (hétéroploymére ou
héterooligomère).C'est de cette association dont dépend l'activité de la protéine.

Exemples : Alcool déshydrogénase (formée de 2 sous unités identiques),

Glutamate déshydrogénase (formée de 8 sous unités).

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 Figure 01 : Différents niveaux structuraux des protéines

III. Dénaturation des enzymes

La conformation d'une protéine est liée à la structure secondaire et tertiaire, elle est réalisée par
l'intermédiaire de liaisons faible énergie donc fragiles. La dénaturation résulte d'une modification des
structures quaternaire, tertiaire et secondaire sans fragmentation de la chaîne peptidique. Cette dénaturation
a le plus souvent plusieurs conséquences importantes qui modifient les propriétés des protéines en
particulier la perte de l'activité biologique. En effet, l'activité biologique des protéines, en particulier des
enzymes, dépend fortement de l'organisation spatiale des acides aminés qui la compose, par exemple au
niveau d'un site actif. La perte du repliement entraîne alors une perte d'activité.

Les agents dénaturants sont nombreux et peuvent être soit de nature physique, soit des agents chimiques.

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Les agents physiques :

• La température: L'augmentation de la température engendre une agitation thermique des atomes

de la molécule. Celle-ci qui provoque une rupture des interactions intermoléculaires, comme les
liaisons hydrogène, qui stabilisent la structure spatiale. En effet, les liaisons hydrogène servent à
stabiliser les protéines dans une forme tridimensionnelle où elle peut remplir ses fonctions. À haute
température, les liaisons hydrogène sont brisées et ne peuvent plus assurer le maintien de la forme
de la protéine, qui n'est alors plus fonctionnelle. La plupart des protéines sont ainsi dénaturées à
partir de 41 degrés Celsius.
• Modification du pH : elle entraine une modification des charges portées par les groupements
ionisables, et altère donc les liaisons ioniques et hydrogènes stabilisant la structure spatiale.
• Les radiations

Les agents chimiques :

• Les agents chaotropiques comme l'urée ou le chlorure de guanidine. À forte concentration, ces
composés fragilisent fortement les liaisons hydrogène (principales liaisons de faibles énergies
responsables du maintien des structures secondaires, tertiaires et quaternaires des protéines).

• Les agents réducteurs de thiols comme le 2-mercaptoéthanol ou le DTT (Dithiothréitol). Ils

permettent la réduction (rupture) des ponts disulfures et peuvent ainsi contribuer à fragiliser la
structure tertiaire ou quaternaire des protéines

• Les bases et les acides, par altération du pH (voir ci-dessus, Agents physiques).

• Les détergents, par modification de l'interaction avec le solvant aqueux.

• Les ions de métaux lourds.

Figure 02 : Dénaturation des protéines

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IV- Enzymes oligomériques

Les enzymes allostériques, les complexes multienzymatiques et les isoenzymes sont des enzymes qui
présentent des structures oligomériques.

IV-1-Enzymes allostériques : les enzymes allostériques sont un ensemble de S/U spécifiques coopérant
entre elles en vue d’une même fonction. C’est des protéines à structure quaternaire possèdent deux types
de sites fonctionnels: un site actif et un site allostérique. La liaison de l'effecteur E sur son site est de type
bio spécifique et réversible. Cette liaison induit un changement réversible de conformation de l'enzyme
encore appelée transition allostérique et il en résulte une modification de l'aptitude catalytique de l'enzyme,
Modification de l'affinité pour les substrats et/ou modification du coefficient catalytique. L'effet allostérique
peut être inhibiteur ou activateur.

Figure 03 : Enzymes allostérique

a-Caractéristiques générales des enzymes allostériques:

- Sont formés d’au moins 2 sous unités.

- Possèdent une structure quaternaire, en effet la conformation quaternaire est responsable de
l’activité régulatrice allostérique car une fois ces enzymes dénaturés ils deviennent des enzymes
michaelienne.
- Ces enzymes jouent des rôles clef dans la régulation du métabolisme.
- Les enzymes allostériques présentent souvent des courbes sigmoïdes qui donnent la vitesse de
réaction Vo en fonction de la concentration en substrat [S], et non pas les courbes hyperboliques
prédites par l'équation de MICHAELIS-MENTEN. Donc leur cinétique n’obéit pas à l’équation de
MICHAELIS-MENTEN, elles ne donnent pas aux termes Km et Vm le sens exacte qu’ils possèdent
en cinétique michaélienne, on distingue : les enzymes de système K (l’effecteur ne modifie que

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 l’affinité Km de l’enzyme pour le substrat) ; les enzymes de système V (l’effecteur modifie la
vitesse maximale Vm) et les enzymes de systèmes mixtes (l’effecteur modifie la Vm et le Km).

Figure 04: Courbes v0 = f(S)

b-Transition allostérique (notion de la forme T et R): On distingue deux formes:

*une forme T (tendu) à faible affinité pour le substrat, conformation compacte adoptée en l’absence du
substrat (forme inactive de l’enzyme).

*une forme R (relâché) à forte affinité pour le substrat, conformation plus relâchée adopté en présence du
substrat (forme active de l’enzyme).

Donc une transition allostérique est un changement conformationnel de la forme T→R ou R→T (déclenché
par le substrat ou un effecteur) qui va respectivement augmenter ou diminuer l’affinité de l’enzyme pour
son substrat.

La transition allostérique modifie les forces de liaisons qui associent les S/U entre elles dans l’enzyme mais
sans aller jusqu’à leur dissociation ; la molécule apparait alors soit dans un état tendu (E interne augmentée)
ou un état relâché (E interne diminuée) qui diffèrent par leur affinité au substrat.

c- Coopérativité : L’étude des enzymes allostériques a montré qu’ils sont formés de plusieurs sites actifs
identiques et plusieurs sites allostériques identiques. Cependant, ces sites n’agissent pas de façon
indépendante l’un par rapport à l’autre, mais ils montrent une certaine coopérativité, c’est à dire ils
multiplient par interactions réciproques, leurs propres potentialités réactionnelles. La coopérativité traduit
le fait que la fixation sur l’enzyme d’une molécule d’un effet allostérique (activateur ou inhibiteur) influe
sur l’activité de l’un et l’autre des ligands (substrats, effecteurs) de l’enzyme soit en augmentant coop+ ou
en diminuant coop- .

Dans une coopérativité positive, une molécule d'un effecteur entraîne l'augmentation de l'affinité pour les
mêmes molécules et vice versa pour une coopérativité négative.

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Ci-contre le modèle de coopérativité positive par le substrat pour une enzyme allostérique. L'enzyme est
d'abord, présente sous la forme T (moins active). La fixation d'une molécule de substrat (S) sur le site
spécifique de la forme T, induit un changement conformationnel du site actif encore libre le rendant plus
favorable à fixer plus de S. L'enzyme devient sous forme R (plus active) maintenue aussi longtemps que la
quantité de S est suffisante pour occuper le site actif.

Figure 05 : Enzyme allostérique : modèle de coopérativité positive en présence du substrat

d- Effet de désensibilisation : Le traitement d'une enzyme allostérique par des agents physiques
(température) ou chimiques (urée, dérivés mercuriques) s'accompagne d'une perte de la sensibilité de
l'enzyme aux effecteurs allostériques (désensibilisation). Cependant, l'activité enzymatique persiste. Seul,
le site allostérique est détruit. Il en résulte une perte du phénomène de coopérativité et la cinétique devient
hyperbolique.

IV-2- Isoenzymes : Les isoenzymes encore appelées isozymes correspondent à différentes formes d'une
même enzyme, catalysant la même réaction, mais dont les propriétés physico-chimiques (charge électrique,
taille, pH optimum d’activité...) sont différentes.

Exemple : La lactate déshydrogénase (LDH) catalyse l'oxydation de L-lactate en pyruvate. La LDH

existe sous forme de plusieurs isoenzymes ; chaque isoenzyme est un tétramère constitué de l'association
de sous-unités de deux types génétiquement distincts : H et M. le type M prédominant dans le muscle et le

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foie, et le type H prédominant dans le cœur. L'association de ces sous-unités donne naissance à cinq
isoenzymes tétramériques (LDH1 ou H4), (LDH2 ou H3M), (LDH3 ou H2M2) LDH4 (HM3), LDH5 (M4)
(figure 06).

Figure 06: Isoenzyme LDH

IV-3- Complexe multienzymatique : le niveau structural est plus complexe, c’est une association de
plusieurs enzymes.

Exemple : Le complexe pyruvate déshydrogénase (PDC) est l'association de trois enzymes intervenant
séquentiellement pour catalyser la décarboxylation oxydative du pyruvate en acétyl-CoA. L’enzyme
humaine étant constituée de 96 sous-unités.

Nombre de sous-unités
Enzyme Abrév. Cofacteurs
Procaryotes Eucaryotes

Pyruvate déshydrogénase Thiamine pyrophosphate

E1 24 30
EC 1.2.4.1 : décarboxylase (TPP)
Dihydrolipoamide S-
Lipoamide / dihydrolipoamide
acétyltransférase E2 24-60 48-60
Coenzyme A (CoA-SH)
EC 2.3.1.12 : acyltransférase
Flavine adénine dinucléotide
Dihydrolipoyl
(FAD)
déshydrogénase E3 12 12
Nicotinamide adénine
EC 1.8.1.4 : oxydo-réductase
dinucléotide (NAD+)

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 Figure 07: complexe multienzymatique du pyruvate déshydrogénase

V- Site actif des enzymes

La réaction de production d'un produit à partir d'un substrat, catalysée par une enzyme passe par la
formation d'un complexe enzyme-substrat. Cette notion de couple enzyme-substrat implique que l'enzyme
possède une région complémentaire par sa taille, sa forme et la nature chimique du substrat : c'est le site
actif.

Le site actif est une zone privilégiée, qui a la forme d’une cavité, situé dans la zone hydrophobe de la
protéine, au niveau de laquelle s’exerce sélectivement le pouvoir catalytique de l’enzyme. Il correspond à
l’ensemble des acides aminés qui rentrent en contact avec le substrat à transformer. Il comporte deux sous-
parties :

• Le site de fixation: cette partie du site actif reconnaît le substrat et le maintien bien positionné
grâce à des liaisons faibles qui s’établissement entre le substrat et les acides aminés. Les
interactions par lesquelles le substrat se fixe à l’enzyme impliquent des interactions de Van der
Waals, électrostatiques, hydrophobes et des liaisons hydrogène. La conformation et la
composition chimique du site actif déterminent la spécificité de l’enzyme.
Le rôle du site de fixation est double :
il est complémentaire du substrat (d’un point de vue chimique et géométrique) et permet donc de
stabiliser le substrat dans le site actif,
il permet de mettre face à face, la partie de la molécule de substrat qui devra être transformée, avec
les acides aminés du site catalytique.
Lorsque le substrat est fixé au sein du site de fixation, on obtient un complexe enzyme – substrat (complexe
ES).

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 • Le site catalytique : cette partie correspond à un ensemble d’acides aminés qui interagiront
directement avec le substrat pour faciliter sa transformation en produit. Il est composé d’acides
aminés dont les chaines latérales exposées dans le site actif sont chimiquement très réactives :
elles comportent des électrons délocalisables qui vont attaquer des liaisons dans la molécule de
substrat, pour la fragiliser. Une fois ces liaisons fragilisées, le substrat pourra ensuite facilement
évoluer vers la formation de produit.

Figure 08 : Structure d’une enzyme

VI- Mécanisme de fixation du substrat et formation du complexe enzyme-substrat

Le mécanisme par lequel une enzyme fixe les substrats dans son site actif peut suivre plusieurs schémas
alternatifs :

• Modèle "clé-serrure" : le premier modèle proposé est celui de Emil Fischer (1894), dit modèle
"clé-serrure". Il est basé sur l'hypothèse d'une complémentarité de forme entre le substrat et la cavité du site
actif. Ce dernier n’accepte qu’un substrat spécifique, comme une serrure qui ne peut fonctionner qu’avec
sa propre clé (voir figure suivante).

Le modèle "clé-serrure" est statique, la complémentarité de forme étant pré-existante, il n'y a pas de
déformation ni du substrat, ni de l'enzyme lors de la formation de l'interaction entre les deux. Ce modèle
donne alors une interprétation claire de la spécificité enzymatique.

L'hypothèse "clé -serrure", bien qu'extrêmement satisfaisante, ne peut cependant pas rendre compte de
certaines observations :

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 • Certains composés qui ressemblent chimiquement à un substrat mais qui ont des groupements moins
volumineux ne sont pas catalysés, bien qu'ils doivent encore mieux s'insérer dans le site actif.

• Il existe un mécanisme enzymatique à deux substrats appelé "fixation ordonnée" pour lequel un
substrat B ne peut se fixer que si le substrat A l'est déjà. Or, selon l'hypothèse "clé - serrure", le
substrat B devrait se fixer d'emblée.

Figure 09 : Exemple modèle « clé - serrure »

La molécule de lactose s'adapte parfaitement au site actif de la lactase, ce qui signifie que cet enzyme peut
uniquement catalyser la décomposition de lactose

• Modèle « rack » proposé par Henry Eyring et Rufus Lumry (1954) : Seul le substrat subit un
changement conformationnel, la structure de l'enzyme étant considérée comme "rigide" (figure ci-dessous).

Le résultat est un accroissement de la stabilité des liaisons à rompre dans la molécule de substrat puisque
celui-ci, bien que fixé de manière lâche, subit des tensions dans ses liaisons qui l'amènent dans une
configuration proche de celle de l'état de transition.

Figure 10: Modèle « rack »

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• Modèle de l'ajustement induit ("induced fit") : Daniel Koshland (1958) a proposé le modèle
dynamique de l'ajustement induit. Il est basé sur l'hypothèse que la structure de l'enzyme se déforme pour
s'adapter à son substrat. Une partie de l'énergie d'interaction entre l'enzyme et son substrat est utilisée pour
permettre cette déformation, qui contribue à mettre l'enzyme dans une conformation active. C'est un modèle
dynamique ou la structure de l'enzyme n'est pas figée.

Le substrat induit un changement conformationnel du site actif de l'enzyme. Les orbitales des groupements
catalytiques et du groupement réactionnel du substrat sont alignées de manière optimale pour l'acte
catalytique.A l'inverse, des molécules qui ont une structure analogue à celles du substrat peuvent se fixer
mais l'orientation spatiale des groupements ne permet pas l'acte catalytique. (Figure ci-dessous).

Figure 11 : Modèle de l'ajustement induit

(a) Le substrat s'approche du site actif

(b) La fixation du substrat induit un changement conformationnel de l'enzyme dont le résultat est un
alignement précis des groupements catalytiques (A et B) avec le groupement réactionnel du substrat.

(c) et (d) A l'inverse, des molécules qui ont une structure analogue à celle du substrat peuvent se fixer mais
l'orientation spatiale des groupements ne permet pas l'acte catalytique.

Figure 12 : Comparaison entre le modèle serrure-clé et ajustement induit

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• Modèle de Jenks : En 1966, Williams Jenks a proposé le modèle appelé "strain" (tension -
déformation) ; basé sur l'ajustement du substrat à la forme du site actif. C'est une combinaison des deux
théories qui précèdent. Les changements de conformation de l'enzyme entraînent des contraintes dans la
structure du substrat.

L’enzyme et le substrat lorsqu’ils ne sont pas dans le milieu présentent chacun une conformation
particulière. La présence mutuelle de ces 2 molécules entraine une déformation partagée de l’enzyme et du
substrat, de manière à ce que le substrat se fixe sur les fonctions complémentaires des acides aminés de
contact.

• Modèle de la sélection conformationnelle : Ce schéma postule l'existence d'un équilibre pré-

existant entre différentes conformations de l'enzyme. Le substrat se fixe préférentiellement à l'une de ces
conformations et déplace donc l'équilibre vers la forme active de l'enzyme. C'est aussi un modèle
dynamique.

La différence entre le modèle par sélection conformationnelle et l'ajustement induit est que dans le premier
cas, la déformation précède l'interaction avec le ligand, tandis que dans le second, c'est la formation de
l'interaction qui induit cette déformation.

Dans tous les cas, la fixation du substrat sur l'enzyme a pour conséquence la formation du complexe enzyme-
substrat, ou complexe E/S, indispensable à la réaction enzymatique. Cette dernière fait intervenir les acides
aminés d'un site catalytique. L'enzyme peut alors accélérer considérablement une des réactions
biochimiques faisant intervenir ce substrat. À la fin de la réaction, l'enzyme est intacte et peut intervenir sur
une autre molécule de substrat. Pendant la réaction, le substrat a pu être transformé en produit de la réaction.

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