Chapitre I : Introduction à l’enzymologie et propriétés des enzymes

Introduction
Les enzymes sont des catalyseurs d’une efficacité fonctionnelle remarquable. Ils accélèrent
les réactions métaboliques d'un organisme vivant. En effet, ils ont un pouvoir catalytique de
106 à 1012 fois supérieur aux réactions spontanées et interviennent dans tous les processus de
biosynthèse, de dégradation, de régulation et de reproduction. Les catalyseurs enzymatiques ne
sont pas consommés et sont restitués en fin de réaction. Ce sont toujours des macromolécules
protéiques associées éventuellement à des cofacteurs de petite taille.
1/ Généralités et définitions
- Enzymologie : Partie de la biochimie qui étudie les propriétés structurales et fonctionnelles
des enzymes (la relation structure - fonction). En particulier, elle s'applique à décrire la vitesse
des réactions catalysées par les enzymes.
- Substrat : Molécule qui entre dans une réaction pour y être transformée grâce à l’action
catalytique d’une enzyme.
- Produit : Molécule qui apparaît au cours d’une réaction catalysée par une enzyme, c’est le
résultat de la transformation du substrat.
- Ligand : Corps chimique ayant une liaison spécifique avec une enzyme.
- Cofacteur : Corps chimique intervenant obligatoirement dans une réaction enzymatique :
 Pour transporter ou compléter un substrat ;
 Pour accepter un produit ;
 Comme participant à la structure de l’enzyme.
- Coenzyme : Molécule biologique (organique) synthétisée par l’organisme ou apportée par
l’alimentation. Il existe deux types :
 Les coenzymes libres : Interviennent de manière stœchiométrique et forment des
faibles liaisons avec l’enzyme.
 Les coenzymes liés : Interviennent de manière catalytique et forment de fortes liaisons
avec l’enzyme.
Remarque : Lorsqu’ il s’agit d’une molécule complexe synthétisée par l’organisme,
cofacteur ≈ coenzyme
- Holoenzyme : Désigne le complexe enzymatique catalytiquement activé par ses cofacteurs
;
 La partie protéique de l'enzyme est alors nommée apoenzyme
 La partie non protéique coenzyme

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- Les pro-enzymes (zymogènes) : enzymes synthétisés sous forme inactive ; l’activité ne
s’exerce que lorsqu’elle perd une partie de sa structure, exemple de quelques enzymes
digestives :
 Pepsinogène (proenzme)+ HCL → Pepsine (enzyme)
 Trypsinogène (proenzyme) en présence de la pepsine → Trypsine (enzyme)
- Enzymes : catalyseurs biologiques des organismes vivants, sont des macromolécules
majoritairement de nature protéique. Elles sont constituées de plusieurs acides α-aminés unis
entre eux par une liaison formée par condensation entre le groupement carboxyle d’un acide
aminé et le groupement amine d’un autre acide aminé afin de former une liaison amide. Les
enzymes sont donc des polypeptides de masses moléculaires élevées entre 10 à 1 000 kDa.
L’ordre, dans lequel sont arrangés les acides aminés, constitue ce que l’on appelle la structure
primaire des enzymes.

Figure : Représentation schématique de la structure primaire d'une protéine.

Ces protéines vont avoir tendance à se replier sur elles-mêmes afin de former des
arrangements secondaires principalement en hélices α et en feuillets β ; cette structure est
stabilisée grâce à la génération de liaisons hydrogènes.

Figure : Représentation schématique de la structure secondaire d'une protéine.

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 L’arrangement de ces structures secondaires les unes par rapport aux autres forme une
structure tertiaire qui, elle, sera stabilisée par des ponts disulfures.

Figure : Représentation schématique de la structure tertiaire d'une protéine

Une structure quaternaire peut même être décrite pour les très grosses enzymes. Cette
structure tridimensionnelle de l’enzyme lui donnera sa spécificité permettant à celle ci de
reconnaitre un substrat en particulier via une région distincte de l’enzyme, appelée le site actif.

Figure : Représentation schématique de la structure quaternaire d’une protéine

2/ Caractéristiques des enzymes
2.1. La spécificité : Une enzyme donnée est spécifique d’une réaction, elle catalyse la même
transformation, se produisant sur les mêmes corps chimiques, c’est la double spécificité :
 Spécificité d’action : L’enzyme ne catalyse, pour un substrat donné, qu’un seul type de
réaction.

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 Spécificité de substrat : L’enzyme n’agit que sur un substrat ou type de substrats : cette
spécificité peut être :
- Étroite : l’enzyme ne lie qu’un seul substrat, ex : l’amylase salivaire fixe l’amidon
uniquement.
- Large : action sur un type de substrats, ex : la phospho-estérase hydrolyse différents esters
phosphoriques.
La spécificité d’une enzyme est due à son site actif. Le site actif est la région de l’enzyme
qui permet la reconnaissance et la fixation de substrat, il est aussi le siège de la catalyse (site
de la catalyse). Il s’agit d’une structure spatiale : poche qui apparait lors du repliement de la
protéine dans sa structure tertiaire.
Donc, on distingue ;

- Le site de fixation : ce site est constitué d’une séquence d’acides aminés fonctionnels qui
établissent des liaisons non covalentes avec le substrat pour le stabiliser.
- Le site catalytique : c’est la partie de la protéine qui est responsable de la transformation du
substrat en produit.
Le reste de la protéine sert à maintenir la configuration du site actif et à y générer les
conditions optimales pour le déroulement de la réaction. La structure des enzymes peut
également contenir un site de liaison pour un effecteur allostérique qui provoque un changement
conformationnel activant ou inhibant l’activité enzymatique.

2.2. L’efficacité : Les enzymes sont plus efficaces que les catalyseurs chimiques. Au niveau
du site actif, la catalyse est due à :
- L’augmentation locale des molécules de réactants
- L’orientation adéquate des molécules

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2.3. La variété moléculaire : Les isoenzymes sont les formes multiples d’enzymes, avec
structure protéique différente et affinité différente : elles catalysent la même réaction avec le
même substrat, et ont une répartition différente dans l’organisme, ex : La lactate
déshydrogénase (LDH)
Rôles des isoenzymes :
- La différence d’affinité permet la régulation de l’activité de l’enzyme en fonction du tissu.
- L’activité de l’isoenzyme donne une idée sur l’état de tissu auquel elle appartient.

3/ Mécanisme d’action entre l’enzyme et le substrat

La réaction enzymatique fait appel à la fixation du substrat au niveau du site actif. Le site
actif doit être dans une conformation spatiale telle que le substrat puisse s’y fixer, il existe
différents modèles.
3.1. Le premier modèle proposé est celui de Fisher, dit modèle "clé serrure". Basé sur une
complémentarité de forme entre le substrat et la cavité du site actif. Ce modèle est statique, la
complémentarité de forme étant pré-existante, il n'y a pas de déformation ni du substrat, ni de
l'enzyme lors de la formation de l'interaction entre les deux

3.2. Le modèle de l’ajustement induit de Koshland. Basé sur l'hypothèse que la structure de
l'enzyme se déforme pour s'adapter à son substrat. Une partie de l'énergie d'interaction entre
l'enzyme et son substrat est utilisée pour permettre cette déformation, qui contribue à mettre
l'enzyme dans une conformation active.

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4. Nomenclature des enzymes
Le catalogue publié par la commission chargée de la classification des enzymes (Enzyme
Commission) contient environ 4 000 enzymes classées en fonction des réactions qu’elles
catalysent. Chaque enzyme, en fait, chaque réaction particulière, est reconnue par un code
constitué des initiales E.C. suivies de quatre nombres : E.C.a.b.c.d
Les nombres de ce code représentent successivement :
• a : la classe à laquelle appartient la réaction (de 1 à 6)
• b : la sous-classe
• c : la sous-sous classe
• d : le n° d’ordre de cette réaction dans la sous-sous-classe considérée.
4.1. Classe 01 : Oxydo-réductases
Il s’agit de réactions d’oxydation ou de réduction d’un substrat, au moyen d’un coenzyme,
ou d’un second substrat comme l’oxygène. Par exemple, E.C.1.1.1.1 est le code de l’alcool
déshydrogénase qui catalyse la réaction :
R–CH(OH)–R′ + NAD+ ↔ R–C(O)–R′ + NADH + H+
Cette réaction consiste dans l’oxydation d’une fonction alcool primaire ou secondaire (sous-
classe 1) ; l’accepteur d’électrons est le NAD+ (sous-sous classe 1).
4.2. Classe 02 : Transférases
Ces enzymes catalysent le transfert d’un atome ou d’un groupe d’atomes d’une molécule (le
donneur) vers une autre molécule (l’accepteur). L’hexokinase reçoit le code E.C. 2.7.1.1 :
Hexose + ATP→ Hexose-6-phosphate + ADP
Cette enzyme transfère le groupe phosphate (sous-classe 7) sur une fonction alcool (sous-
sous classe 1), et cette réaction est la première de la liste. En général, les hexokinases
phosphorylent tous les hexoses, sans distinction ; certaines hexokinases se révèlent très
spécifiques, et on leur attribue alors un n° de code différent, comme la glucokinase, spécifique
du glucose : E.C.2.7.1.2.
4.3. Classe 03 : Hydrolases
Comme leur nom l’indique, il s’agit d’enzymes catalysant des réactions d’hydrolyse, qui
consistent dans la rupture d’une liaison covalente à l’aide d’une molécule d’eau. La b-
fructosidase, également appelée invertase, E.C.3.2.1.1, catalyse l’hydrolyse du saccharose :
Saccharose + H2O → Glucose + Fructose
Cette enzyme est une glycosidase (sous-classe 2) qui agit sur une liaison O-glycosidique
(sous-sous classe 1), et c’est la première de cette liste.

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4.4. Classe 04 : Lyases
Les lyases sont des enzymes qui catalysent la coupure d’une liaison entre deux atomes sans
l’intervention d’une molécule d’eau (contrairement aux hydrolases) ou d’un oxydant
(contrairement à certaines oxydases). Les décarboxylases font partie de cette classe d’enzymes,
par exemple l’histidine décarboxylase, E.C.4.1.1.22 :
L-Histidine → D Histamine + CO2
Cette réaction, irréversible, fait intervenir le pyridoxal phosphate comme cofacteur.
4.5. Classe 05 : Isomérases
Les isomérases modifient l’arrangement des atomes dans une même molécule. Le substrat
et le produit auront la même formule brute, mais se distingueront l’un de l’autre par leur formule
développée. Par exemple, la phosphoglucomutase, E.C.5.4.2.2, transfère réversiblement le
groupe phosphate du glucose-1-phosphate sur la fonction alcool en 6 :
Glucose-1-phosphate → Glucose-6-phosphate
4.6. Classe 06 : Ligases
Les ligases catalysent la réunion de deux molécules par une liaison covalente en utilisant
l’énergie d’une molécule d’ATP ou une molécule apparentée (nucléoside triphosphate). La
pyruvate carboxylase, E.C. 6.4.1.1, utilise le bicarbonate (HCO3– ) comme deuxième substrat
et la biotine comme groupement prosthétique:
Pyruvate + HCO3– + ATP → D Oxaloacétate + ADP + Pi