CHAPITRE I : ENZYMOLOGIE

Pr Zara RAZAFIARIMANGA
L'enzymologie est la branche de la biochimie qui
étudie les enzymes.
Différents domaines plus spécifiques peuvent être
dégagés:
l'étude des réactions enzymatiques, comprenant
la cinétique réactionnelle.
l'approche structurale des enzymes et leur relation
avec leur activité, ce qui permet en outre de
classer les enzymes ...
 Définition « ENZYME »
• Les enzymes sont des biocatalyseurs, c’est-à-
dire des catalyseurs protéiques des réactions
chimiques des systèmes biologiques.
• En effet ils catalysent les étapes réactionnelles
par lesquelles les nutriments sont dégradés,
l’énergie chimique conservée et les
macromolécules synthétisées à partir de
précurseurs simples
 I- Aspect énergétique
• Quand une réaction chimique libère de
l’énergie : exergonique G<0

• Réaction endergonique : G>0

Une telle réaction doit être couplée avec une
réaction exergonique
 Réaction exergonique

2H2O2 2H2O+O2+G<0
Energie d’activation
En absence d’enzyme : 18Kcal/mole
En présence de catalyseur chimique : 12Kcal/mole
En présence de catalase : 2Kcal/mole
Les enzymes abaissent l'énergie
d'activation
Même une réaction exergonique, où le G est
négatif, requiert l'absorption d'énergie pour
atteindre l'état de Transition.
• Un composé avant toute réaction doit se mettre
en état de transition, ceci nécessitant un apport
d’Eie : Eie d’activation

• Un composé composé actif : état de transition

II- NATURE CHIMIQUE des enzymes
• Les enzymes sont des protéines et possèdent
donc toutes les propriétés caractéristiques des
protéines. Il s’agit de la structure IIaire, IIIaire
et IVre.
 1- STRUCTURE
• Certains enzymes sont constitués d’une seule chaine

polypeptidique

Exp : la ribonucléase pancréatique, la trypsine

• La plupart des enzymes sont des oligomères (polymères formés

par un nombre restreint de protomères)

Les liaisons entre les protomères sont de type non covalent et leur

rupture entrainant la dissociation de l’oligomère s’accompagne

d’une perte de l’activité catalytique.

• Il existe des isoenzymes qui sont des enzymes
catalysant la même réaction pour un même
substrat mais ayant des structures protéiques
différentes.
Exp : les isoenzymes de l’hexokinase dans le
muscle et dans le foie
Parfois, les enzymes appartenant à une voie
métabolique s’assemblent pour former un
système polyenzymatique (agrégat) avec
plusieurs coenzymes
 2- Les différents types d’enzymes
Il existe 3 types d’enzymes
a)Les enzymes purement protéiques : elles ne
sont constituées que d’acides aminées. Ce sont
les holoenzymes.
• Exp: la pepsine, la trypsine, la ribonucléase
b)Les enzymes en deux parties : une partie
protéique appelée apoenzyme et une partie
non protéique appelée cofacteur (nécessaire à
l’activité biologique de l’apoenzyme)
L’association des 2 parties forme l’hétéroenzyme.
 Cofacteurs enzymatiques
• molécule d’assistance « aidant aux transformations
biochimiques »
• peuvent être classés selon leur mode de liaison aux
enzymes :
- des cofacteurs faiblement liés à l’enzyme (liaison
hydrogène ou ionique) seront appelés coenzymes
Exp : les dérivés du nicotinamide : NAD et NADP

- des cofacteurs fortement liés à l’enzyme (liaison

covalente) seront appelés groupements prosthétiques.
Exp : la porphyrine liée aux cytochromes
• AH2 + NAD 1 A + NADH + H+

• NADH + H + + B 2 BH2 + NAD+

1 et 2 : 2 enzymes différents

Ces enzymes sont des hétéroprotéines qui ont toujours

un site actif mais c’est le groupement associé qui

détermine la nature de la réaction enzymatique

• C) De nombreux enzymes : métallo-enzymes
(l’ion associé à la partie protéique) nécessitent
un cation métallique pour leur activité
(cofacteur minéraux).
• Exp : le cation Zn++ présent dans le site actif
de nombreux enzymes : carboxypeptidases,
phosphatase alcaline, de nombreuses
déshydrogénases.
• Cet ion Zn++ fortement lié à la protéine
participe à la fois à la reconnaissance du
substrat et à la catalyse. Il stabilise la
conformation spatiale efficace du site actif

• D’autres enzymes ont besoin de Fer

Exp : catalase avec hème
Ca++, Mg++,Mn++, Cu++, etc…..
Exp : ATPases Ca++ ou Na+ ou K+ ou Mg2+
dépendantes
 III- REACTION ENZYMATIQUE
1- Vitesse initiale d’une réaction enzymatique

Définition : vitesse où l’enzyme commence à

catalyser son substrat
(Vitesse déterminée dans les conditions initiales )
Vitesse initiale d’une réaction enzymatique
 2- Fixation du substrat

Les enzymes fixent rapidement leurs substrats et

les transforment en produits.

Schéma général (1substrat)

 Constante de Michaelis
• Km = Constante de Michaelis traduit l’affinité
de l’enzyme pour le substrat
• Plus Km est petit, plus [E-S] est grand et donc
plus l’enzyme a de l’affinité pour le substrat
• Plus Km est grand, plus [E-S] est petit, et donc
moins l’enzyme a de l’affinité pour le substrat
• Exemple :
• Invertase + Saccharose

Invertase – Saccharose

Invertase + Glucose + Fructose

On retrouve l’enzyme intact à la fin de la réaction

Etat stationnaire dans les conditions initiales d’une réaction
enzymatique selon Michaelis-Menten
Vitesse initiale à l’état stationnaire
Equation de Michaelis-Menten
 3- Notion de site actif
Seule une petite partie de la molécule
enzymatique intervient dans la fixation du
substrat (en effet, le substrat est
généralement une petite molécule)
 Site actif
Le site actif est formé par des acides aminés
qui sont éloignés les uns des autres dans la
séquence mais qui sont rapprochés dans
l’espace par les repliements de la chaine
peptidique
Site actif
Les acides aminés du site actif peuvent être
divisés en 2 groupes.
• Les acides aminés qui participent à la
reconnaissance spatiale et la fixation du
substrat grâce à des liaisons non covalentes :
Acides aminés de reconnaissance
• Les acides aminés catalytiques qui effectuent
la transformation du substrat en produit
Les autres acides aminés sont nécessaires au
maintien de la conformation
tridimensionnelle active de l’enzyme
 4- Spécificité
• La spécificité enzymatique est le pouvoir que
possède un enzyme de catalyser une réaction
spécifique et essentiellement aucune autre.
• La spécificité permet d’éviter la formation de
sous-produit ou produits parasites qui
apparaissent avec les catalyseurs chimiques
• La spécificité peut se manifester à plusieurs
niveaux :
 a- Spécificité liée à la réaction
• Un enzyme donné ne peut catalyser qu’un
seul type de réaction.
• Exp : une réaction d’oxydation ou une réaction
de décarboxylation ou une réaction de
désamination
 b- Spécificité liée au substrat
• Un enzyme donné catalyse un seul type de
réaction sur un type donné de substrat.

• Exp : la maltase est une hydrolase catalyse la

réaction de type A-B A+B
qui hydrolyse la liaison unissant 2 molécules de
glucose dans le maltose (c’est une OSIDASE)
• La spécificité est ainsi liée à la nature de la
liaison et on distingue par exemple dans le cas
des hydrolases, des estérases, des peptidases,
des osidases …….
 c) Spécificité de groupe
Parmi les estérases :
• les carboxyestérases : R- CO – O-R’
• les phosphoestérases :

HO P O R’

O
Parmi les protéases :
• Les exopeptidases
• Les endopeptidases : trypsine, chymotrypsine
Certains enzymes n’agissent que sur un seul
substrat
Exp : l’anhydrase carbonique agit uniquement
sur le CO2
 d) Stéréospécificité
Beaucoup d’enzymes sont capables de
distinguer des isomères L des isomères D.
L-aminoacide-oxydase ne reconnait qu’un acide
aminé de la série L
D-aminoacide-oxydase pour transformer un
acide aminé D
α ou β : La β galactosidase catalyse l’hydrolyse
des β galactosides (l’enzyme n’hydrolyse pas
les α galactosides )
 IV Facteurs qui influencent l’activité
enzymatique

A- Facteurs qui agissent sur la structure des protéines

• Tous les facteurs qui modifient la structure d’une

protéine dans l’espace vont modifier l’activité
enzymatique. Ce sont les agents dénaturants.
 Les agents dénaturants
• La température
• Le pH
• La nature des sels et leur concentration dans
le milieu
 1- Influence de la température
• Pour la plupart des enzymes eucaryotes, la
température optimale est de 37°C.
• Il existe néanmoins des enzymes
hyperthermophiles à très haute température
optimale (Certains enzymes sont actifs à 100°C
comme la ribonucléase : thermostables.
D’autres sont thermosensibles)
 2- Influence du pH
• Il existe un pH optimal correspondant à l’activité
maximale de l’enzyme.
• pH optimum entre pK1 et pK2 : forme zwitterion
dénaturation aux pH extrêmes (réversible ou non),
changement de conformation et perte d’activité
• substrat ionisable : l’activité va dépendre de sa
forme ionique (pH)
• Dans la nature, le pH optimum est de 7, celui
de la pepsine est de 2
 B- Activateur de la réaction enzymatique

Ce sont les composés qui transforment un

proenzyme, forme inactive de synthèse d’un
enzyme, en enzyme actif

• Exp :
Chymotrypsinogène Trypsine chymotrypsine active
forme inactive secrétée par le pancréas
C- Influence de la quantité de substrat
• Pour une quantité d’enzyme donnée, la vitesse
d’une réaction enzymatique augmente lorsque
on augmente le nombre de molécules de
substrats.
En effet, le nombre de complexes E-S qui seront
transformés en produits va augmenter
• A un moment donné, tous les sites actifs de
toutes les molécules d’enzyme vont fixer une
molécule de substrat, on dira qu’on est à la
vitesse maximale. Toutes les molécules seront
sous la forme ES
• A un moment donné, tous les sites actifs de
toutes les molécules d’enzyme vont fixer une
molécule de substrat, on dira qu’on est à la
vitesse maximale. Toutes les molécules seront
sous la forme [ES]
E-S P+E
• L’enzyme libre sera immédiatement combinée
à une molécule de S.
• La vitesse n’est plus modifiée et il y a un
phénomène de saturation.
D- Inhibition de la réaction enzymatique

Un enzyme est inhibé par le substrat si l’addition

de ce substrat au milieu d’incubation
provoque une diminution de la vitesse de la
réaction enzymatique.
 1- Inhibition compétitive
Pour certains enzymes, il existe des substances
dont la structure ressemble à celle de leur
substrat et qui peuvent occuper le site actif
sans pour cela être transformées en produits
P.
1- Inhibition compétitive
 2- Inhibition non compétitive
L’inhibiteur non compétitif possède sur l’enzyme
un site de fixation différent du site de
reconnaissance du substrat mais induit une
transformation telle que le substrat ne peut
être transformé en produit.
• Par conséquent, la présence d’un inhibiteur
non compétitif provoque la diminution de la
concentration en enzymes opérationnels et
donc une diminution de la vitesse de la
réaction.
Inhibiteur non compétitif : V max diminue
Km ne change pas
Inhibiteur non compétitif
 3- Inhibiteur incompétitif
• L’inhibiteur se fixe uniquement au complexe
ES et non à l’enzyme libre donc fixation
séquentielle ( ES se forme d’abord et I ensuite
ESI)

• Km diminue et Vmax diminue

Application
V- CLASSIFICATION des enzymes