03/02/2015

ENZYMOLOGIE
Pr Layachi CHABRAOUI

Cours1re Anne Mdecine Rabat 2014-2015

ENZYMOLOGIE?
L'enzymologie est ltude biochimique des enzymes.
Elle consiste tudier les proprits structurales et
fonctionnelles des enzymes. Elle consiste aussi
dcrire la vitesse des ractions catalyses par les
enzymes et tudier les facteurs qui linfluence.

Introduction
Les organismes vivants sont le sige d'une multitude de
ractions biochimiques. Ces ractions concernent le
mtabolisme (biosynthse et/ou catabolisme) dun grand
nombre de molcules biologiques. Ce sont des ractions
qui s'effectuent dans les conditions physiologiques (pH:7,
temprature :37oC) grce la prsence des enzymes

Les enzymes ont donc un rle vital

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Les chapitres du cours

Structure et proprits des enzymes

Cintique enzymatique
Mcanisme de la raction enzymatique

Chapitre 1
Structure des enzymes
Objectifs:
Distinguer les diffrents groupes denzymes
Dcrire la structure des enzymes
Expliquer le mode daction des enzymes et des coenzymes
Distinguer les diffrents types de facteurs qui influencent
la cintique enzymatique

1- Dfinitions
1.1- Les enzymes
Protines spcialises dans la catalyse de ractions.

Ce sont des catalyseurs biologiques trs puissants

Elles augmentent les vitesses de ractions
biochimiques, sans en modifier lquilibre.
A + B

C +D

Les protines enzymatiques sont synthtises par des tres

vivants. Cette synthse est dtermine gntiquement.
Chaque enzyme est le produit dexpression dun gne
(parfois 2 gnes)
Les anomalies de ces gnes peuvent entrainer des
dficits enzymatiques qui se traduisent par des maladies
hrditaires du mtabolisme

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1.2- Un substrat (S):est la molcule qui est transforme sous

laction de lactivit de lenzyme
1.3- Un produit (P): est la molcule qui apparat au cours
dune raction catalyse par lenzyme
Site actif

S
S
Enzyme

Enzyme

Enzyme

ES

S + E

Complexe
ES

substrat

P + E
produit

1.4- Le site actif : la partie de lenzyme qui fixe le substrat

et le transforme.

2- Historique
1730: La digestion est un phnomne plus chimique que
mcanique
1850: Pasteur dmontra que la fermentation du sucre en
alcool par la levure est catalyse par une substance
qui existe dans la levure

En zyme
dans

levure

1897:

Buchner a extrait de la levure les premires enzymes

1929:

La 1re enzyme purifie et cristallise est lurase

Ure

Urase

CO2 + 2NH3
+ de 3000 E <<< nombre denzymes effectivement prsentes

3- PROPRIETS ET CARACTRISTIQUES DES ENZYMES

3.1- Agissent en trs faible quantit:
une molcule de catalase peut hydrolyser 5 millions de
molcules dH2O2 en une min dans des conditions de pH et
de temprature physiologiques
3.2- Ne sont pas consommes au cours de la raction:
comme les catalyseurs chimiques, elles se retrouvent
intactes la fin de la raction
3.3- Sont spcifiques:
Une enzyme transforme un S donn (spcificit de substrat)
grce une raction donne (spcificit de raction)

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Spcificit lie la raction : Spcificit troite

Exemples: AA = substrat de 3 types denzymes (3 ractions)

dcarboxylation
R

CH

COOH

NH2

oxydase

oxydation
dsamination

AA

Spcificit vis vis du substrat:

Spcificit troite
Certaines E peuvent distinguer entre la forme D et L
ou entre la forme et = strospcificit
Spcificit large
Phosphatase
R+ P
R-P
alcaline
Autres exemples: HK et GK

3.4- Mode daction des enzymes

S

nergie
tat de transition
sans catalyseur
catalyseur
Energie
dactivation
enzyme
tat initial
tat final
droulement
de la raction

Les enzymes abaissent

lnergie dactivation

Illustration:
H2O2

O2 + H2O

Sans catalyseur : 18 kcal/mole dH2O2

Catalyseur chimique (le platine) : 11,7 kcal/mole dH2O2
Enzyme (catalase) : 2 Kcal/mole dH2O2
Les enzymes abaissent lnergie dactivation
Elles ne modifient pas lquilibre
Elles augmentent la vitesse de raction
3.5- Les enzymes sont rgulables
Lactivit catalytique de nombreuses enzymes varie
en rponse des signaux mtaboliques (inhibiteurs,
activateurs)

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4- Structure des enzymes: 2 types

ex:
Chymotrypsine

- Enzymes entirement protiques

=
holoenzyme
totalit

cofacteur

- Enzymes formes de deux parties

apoenzyme

Une partie protique: apoenzyme

Une partie non protique: cofacteur

ion mtallique
coenzyme: - cosubstrat ou
- groupement prosthtique

Apoenzyme: intervient dans la spcificit, thermolabile

Cofacteur: effectue la raction chimique, thermostable

4.1- Les enzymes holoprotiques:

Les enzymes sont des protines globulaires.
Elles peuvent tre formes:
- dune seule chane polypeptidique ex: le lysozyme
130 acides amins

- de plusieurs chanes identiques ou diffrentes

Exemples: Isoenzymes
enzymes allostriques

4.1.1- Le site actif

- Dfinition:
= enzymatique:
acides amins qui entrent en contact avec le S
4-1 La protine
site actif

- le site de fixation qui se combine au substrat

- le site catalytique qui agit sur le substrat
pour lui faire subir la raction chimique.

- Constitution: srine, cystine, histidine, tyrosine

- Mise en vidence des AA du site actif:

a- Utilisation des composs qui se fixent spcifiquement
un AA
Diisopropylfluorophosphate (DFP): Srine
Parachloromercuribenzoate: Cystine
Drivs arsenicaux: Cystine
b- Mthodes de gnie gntique

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4.1.2- Relation entre la structure spatiale et la fonction catalytique

Exemple: : la trypsine: enzyme pancratique
Nt

His

Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys

Trypsinogne
Zymogne
inactif

His

49

29
Ser

183
S

entrokinase : E intestinale
Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys

Trypsine
active

Site actif
His His
29 49

Ser

183

S
S

Le dpart de lhexapeptide, fortement charg (-) par les 4 Asp, modifie la

conformation de la protine, en favorisant la formation dhlice .

4.1.3- forme du site actif

1890: Fischer a propos que la forme du substrat est
complmentaire de la forme du site actif de lenzyme
= modle de la cl et de la serrure

1958: Koshland a propos que lenzyme et le substrat

adaptent mutuellement leurs formes respectives
Une molcule denzyme nest pas rigide mais flexible
= modle de lajustement induit
(comme la main et le gant)

4-2 Enzymes htroprotiques: Cofacteurs

- de nature inorganique: les ions mtalliques,
- de nature organique: les

coenzymes

Lorsque le coenzyme se lie la protine enzymatique par une

liaison covalente, on parle de groupement prosthtique
Lorsque la liaison est faible on parle de

cofacteur

cosubstrat
apoenzyme

4-2-1 Ions mtalliques

Mg2+, Mn2+, Cu2+, Zn2+, Fe2+
Exemples: Fer dans les cytochromes (structure hminique)
Zn2+ dans lalcool dshydognase forme un pont entre
lenzyme et son substrat

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4-2-2 Coenzyme
Molcule indispensable la raction enzymatique. La raction se produit
avec le coenzyme et non avec la protine (coenzyme = site catalytique)
Lapoenzyme intervient dans la spcificit (site de fixation)
Mode daction des coenzymes

Exemple:

A-X + Co

A + Co-X

Co-X + B
A-X + B

A + B-X

B-X + Co
dshydrognase

AH2 + FAD

hydrognase

FADH2 + B

A + FADH2
BH2 + FAD

Le coenzyme nest pas spcifique: plusieurs enzymes diffrentes

peuvent avoir le mme coenzyme
certaines enzymes ont besoin dun ion mtallique et dun groupement
prosthtique: cas des cytochromes: noyau porphyrique + Fe2+

5- NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION DES ENZYMES

Avant 1961 : les enzymes ont t dnommes selon le nom du S sur
lequel elles agissent en ajoutant le suffixe "ase ou le nom
de la raction
Exemples:

Substrat

Enzyme

amidon
ure

amylase
urase

E1 Dcarboxylase
Acide amin

E2 Aminotransfrase
E3 Oxydase

1961: lunion internationale de biochimie (UIB) : nouvelle classification

des enzymes selon le type de la raction catalyse

6 classes denzymes
On a attribu chaque enzyme un numro: EC a.b.c.d
(EC = Enzyme Commission)

5.1- Les oxydorductases(EC 1. avec 23 sous groupes)

ncessitent un coenzyme (NAD, NADP, FAD ou FMN)

Aox + Bred
Hydroxylases:

-CH3
-CH2 Dshydrognases:

catalysent la fixation dun

atome doxygne(EC 1.13.)

-CH2OH
-CHOHL-lactate dshydrognase (EC 1.1.1.27)

CH3- CHOH-COOH + NAD+

ac. lactique

Ared + Box

(=monooxygnases)

CH3-CO-COOH
ac. pyruvique

+ NADH + H+

Autre exemple: Glucose oxydase = (EC 1.1.3.4)

Cytochromes: ont un coenzyme hminique avec un ion, qui prsente 2
tats doxydation, ce qui en fait un transporteur
dlectrons.
Fe2+
Fe3+ + 1erduit
oxyd