Enzymes-Coenzymes

Pr. ERRAFIY Nadia

Chimie-Biochimie
Biochimie structurale
Chapitre 2

S1
2023-2024

www.um6ss.ma
 Plan

 Caractéristiques générales des enzymes

 Les notions de base de l’enzymologie
 Classification des enzymes
 Spécificité des enzymes
 Régulation des enzymes
 Variation de l’activité enzymatique
 Cinétique enzymatique
 Enzymes allostériques
 Les coenzymes

Pr. Nadia ERRAFIY

 Objectifs du chapitre
 Décrire les principales caractéristiques des enzymes

 Retenir les notions de base de l’enzymologie

 Déterminer la nomenclature des enzymes

 recenser les différentes classes d’enzymes

 Etudier la double spécificité des enzymes

 Déterminer les facteurs influençant l’activité enzymatique

 Etudier la cinétique enzymatique michaelienne et allostérique

 Etudier les principaux coenzymes Pr. Nadia ERRAFIY

 Enzymes

Nature protéique
Accélèrent la
excepté les ARN
vitesse des
(ribosomes à
réactions
activité catalytique)

Diminuent l’énergie Spécifiques au

d’activation substrat

Ne sont pas
modifiées au cours
des réactions
qu’elles catalysent
 Enzymes

Vitesse de
Quantité du produit formé par unité de temps
réaction

Energie Energie minimale nécessaire pour initier une réaction

d’activation chimique

Substrat Molécule sur laquelle agit l’enzyme pour former le produit

Zone de l’enzyme où se fixe le substrat et où se produit la

Site actif
réaction enzymatique
 Enzymes

Partie protéique de l’enzyme, sans cofacteurs ou groupements

Apoenzyme prosthétiques. Inactive

Petites molécules, organiques ou inorganiques, nécessaires à

Cofacteur
l’apoenzyme pour être activé

Groupement Similaire au cofacteur, mais lié à l’apoenzyme par des liaisons

prosthétique covalentes permanentes

Enzyme active. Formée par l’addition du cofacteur ou le

Holoenzyme groupement prosthétique à l’apoenzyme
 Nomenclature des enzymes
 Nom systématique (fonctionnelle) : un nom d'enzyme se compose de deux parties :

 La première partie est le nom des substrats de l'enzyme

 La deuxième partie est le type de réaction catalysée par l'enzyme. Cette partie se
termine par le suffixe "ase".

 Exemple : Lactate déshydrogénase

 Nomenclature des enzymes
 Nom officiel (EC number) : la nomenclature a été déterminée par la commission des
enzymes en 1961
 Toutes les enzymes actuellement connues sont répertoriées sous un numéro portant
4 nombres séparés par des points et précédés de EC soit :

 EC n1, n2, n3, n4

N° de la classe
(1 à 6) Sous-classe : type de Numéro d’ordre identifiant
chaque activité
composant
Nature de la
réaction
Nomenclature des enzymes
Classification des enzymes

Oxydoréductases

Transférases

Hydrolases
Lyases

Isomérases
Ligases
 Classification des enzymes
Oxydoréductases (E.C.1)
Catalysent les réactions d’oxydo-réduction, c’est-à-dire le transfert d’électrons ou
atomes d’hydrogènes entre les différents substrats
AH2 + B A + BH2

Alcool + NAD+ Aldéhyde + NADH + H+

Alcool déshydrogénase
(E.C.1.1.1.1)
Cette réaction consiste dans l’oxydation d’une fonction alcool primaire ou secondaire (sous-classe 1) ; l’accepteur
d’électrons est le NAD+ (sous-sous classe 1).

Déshydrogénases, oxydases, peroxydases, hydroxylases et les oxygénases

 Classification des enzymes

Transférases (E.C.2)
Transfèrent un groupement fonctionnel (ex : un méthyle) d’une molécule (donneurà
à une autre (accepteur)
A-R + B A + B-R

Glucose + ATP Glucose-6-phosphate + ADP

Hexokinase
E.C.2.7.1.1
Cette enzyme transfère le groupe phosphate (sous-classe 7) sur une fonction alcool (sous-sous classe 1), et cette réaction
est la première de la liste. En général, les hexokinases phosphorylent tous les hexoses, sans distinction ; certaines
hexokinases se révèlent très spécifiques, et on leur attribue alors un n° de code différent, comme la glucokinase,
spécifique du glucose : E.C.2.7.1.2.

Phosphotransférases, acyltransférases, méthyltransférases

 Classification des enzymes

Hydrolases (E.C.3)
Catalysent l’hydrolyse de diverses liaisons, par introduction d’une molécule d’eau
Hydrolysent les polymères en monomères
Toutes les enzymes digestives sont des hydrolases
Digestion des lipides, glucides et protéines

Acétylcholine + H2O Choline + Acétate

Acétylcholine
estérase
E.C.3.1.1.7

Estérases, peptidases, phosphatases, glucosidases

 Classification des enzymes

Lyases (E.C.4)
Rompent diverses liaisons par d’autres procédés que l’hydrolyse

Fructose-1,6-biphosphate Glycéraldéhyde-3-P + dihydroxyacétone phosphate

Aldolase
E.C.4.1.2.13

Aldolases, décarboxylases, synthases

 Classification des enzymes

Isomérases (E.C.5)
Catalysent les réactions d’isomérisation dans une simple molécule (réarrangement
intramoléculaires)

Glycéraldéhyde-3-phospahte Dihydroxyacétone phosphate

Triose phosphate
isomérase
E.C.5.3.1.1

Epimérases, Cis-trans isomérases

 Classification des enzymes

Ligases (E.C.6)
Unir deux molécules par des liaisons covalentes (C-C ou C-O ou C-N). Ça nécessite
l’hydrolyse d’une molécule d’ATP

AcétylCoA + CO2 + ATP MalonylCoA + ADP + Pi

AcétylCoA
carboxylase
E.C.6.4.1.2

Carboxylases, synthétases
 Spécificité des enzymes
Spécificité de substrat

 Une enzyme fixe et transforme un substrat donné et non un autre.

 Ex : Saccharase (saccharose), protéase (protéines)
 L’enzyme est capable de reconnaître un acide aminé L ou D. De même pour
l’hydrolyse des oses (liaison alpha ou béta).
 Spécificité des enzymes
Spécificité d’action

 Une enzyme catalyse une réaction chimique donnée et non une autre. Une enzyme
peut ainsi ouvrir une voie métabolique en dirigeant le métabolisme d’un substrat
vers une cascade de réactions, au détriment d’autres possibilités métaboliques pour
ce même substrat.
 Ex : hydrolyse, oxydation ou réduction, phosphorylation…
 Spécificité des enzymes

Deux modèles pour expliquer la spécificité des enzymes

Clé-serrure : la forme du site actif est Forme induite : l’enzyme change sa

complémentaire à celle du substrat conformation lors de la liaison du substrat
 Régulation des enzymes

 Régulation par :
 Effet coopératif
 allostérique (activateur/inhibiteur),
 phosphorylation/déphosphorylation,
Association/dissociation.
 Site actif des enzymes
 Le site actif d’une enzyme est la région tridimensionnelle qui
se lie au substrat
 Les sites actifs sont des cavités de caractère non polaire et
dans lesquelles les substrats s’insèrent
 Le site actif comporte deux parties fonctionnelles, qui
peuvent ou non être voisines sur la chaîne polypeptidique :

o Site de reconnaissance (fixation) : cette partie du site actif

reconnaît le substrat et le maintien bien positionné grâce à
des liaisons faibles qui s’établissent entre le substrat et les
acides aminés.
o Site catalytique : cette partie correspond à un ensemble
d’acides aminés qui interagiront directement avec le substrat
pour faciliter sa transformation en produit. Ces acides aminés
sont souvent localisés dans le fond de la cavité, et dans la
majorité des cas, possèdent des chaînes latérales ioniques ou
réactives (ex : his, lys, ser…)
 Site actif des enzymes
Produit

Complexe Complexe
Enzyme + Substrat Enzyme + Produit
Enzyme-Substrat Enzyme-Produit
 Energie d’activation

Les enzymes catalysent la réaction en diminuant l’énergie nécessaire pour passer du substrat au
produit

v v
 Variation de l’activité enzymatique

 Influence de la température

 Une augmentation de la température

- augmente la vitesse de la réaction
chimique
- augmente la vitesse de dénaturation de
l’enzyme, diminuant ainsi son activité
catalytique

 La température optimale est celle où les

deux phénomènes s’équilibrent
 Variation de l’activité enzymatique
 Influence du pH

 Les enzymes sont très sensibles aux

variations du pH et fonctionnent bien sur
une gamme limitée du pH
 La plupart des enzymes ont un pH optimal

 Le pH peut agir sur plusieurs facteurs :

- Ionisation des résidus de l’enzyme et du
substrat et/ou du produit
- La structure tertiaire des protéines et
donc la stabilité de l’enzyme
- La liaison du substrat à l’enzyme
- L’activité catalytique de l’enzyme
 Variation de l’activité enzymatique
 Influence de la concentration du substrat

 Pour une quantité fixe d’enzyme :

- À faible concentration du substrat, la

vitesse de la réaction est proportionnelle
à la concentration du substrat
- À des concentrations de substrat élevées,
la vitesse de la réaction est indépendante
de la concentration du substrat et tend
vers une valeur constante (vitesse
maximale)
 Cinétique enzymatique

 Etude de la vitesse des

réactions catalysées par des
enzymes
 Diagramme de Michaelis
Menten : comparaison de la
vitesse de la réaction avec la
concentration du substrat
Cinétique enzymatique

Pr. ERRAFIY Nadia

 Enzymes allostériques
 Sont des enzymes comportant en plus du site actif, un ou
plusieurs sites permettant la fixation de composés effecteurs
(inhibiteurs ou activateurs)
 Elles peuvent changer de forme spatiale pour passer d’un état
inactivé à activé :
 Fixation de composés inhibiteurs : l’enzyme adopte une
conformation tendue qui compresse la protéine et bloque les
accès au site actif, l’enzyme est alors sous forme inactive
 En absence de composés inhibiteurs : l’enzyme change de
forme et se décompresse adoptant ainsi une conformation
relâchée, le site actif devient accessible pour le substrat,
l’enzyme est donc active
 En présence de composés activateurs : c’est la même chose
qu’en absence d’inhibiteurs: l’enzyme passe sous forme
relâchée active. Il y a donc un effet de coopération, puisque
l’activateur favorise la fixation du substrat.
 Les coenzymes
 Certaines enzymes fonctionnent avec des coenzymes :
 ont une structure simple
 ne sont pas des protéines mais des composés organiques
 agissent à faible concentration
 doivent, comme les enzymes, être régénérés à la fin d’une réaction ou d’une séquence de
réactions
 sont thermostables
 Ils sont libres ou associés à l’enzyme

 Chaque coenzyme peut participer au fonctionnement de plusieurs enzymes

 Les coenzymes
 Coenzyme libre :  Des enzymes comportent dans leur
 Le coenzyme (Co) s’associe au structure un Coenzyme :
moment de la catalyse à la partie  Le coenzyme est lié à l’apoenzyme par
protéique de l’enzyme appelée une liaison covalente
‘’apoenzyme’’  Le coenzyme est appelé groupement
 Ces coenzymes prennent le nom de prosthétique
cosubstrats
 Les coenzymes
 Les coenzymes d’oxydo-réduction ou coenzymes de transfert d’équivalents réducteurs
(électron e-, atomes d’hydrogène H ou ion hydrure H-) : un équivalent réducteur
correspond à un électron transféré dans une réaction d’oxydoréduction de quelque façon
qu’ai lieu ce transfert.
 NAD+ dérive de la vit B3 et FAD de la vit B2
 Les coenzymes

 Les coenzymes d’oxydo-réduction ou coenzymes de transfert d’équivalents réducteurs

 Le coenzyme lipoïque (2H) : décarboxylation oxydative des acides α-cétoniques, ne
dérive pas des vitamines
 Les coenzymes quinoniques (2H) : ubiquinone (coenzyme Q) et plastoquinone ;
transporteurs mobiles de la chaine respiratoire, ne dérive pas des vitamines
 Les coenzymes héminiques (1 e-) : les cytochromes; transporteurs de la chaine
respiratoire (réaction d’hydroxylation), ne dérive pas des vitamines
 Les protéines à centre Fer-soufre (1 e-) : transporteurs de la chaine respiratoire
 Les coenzymes

 Les coenzymes de transfert de groupement d’atomes :

 La biotine : CO2 (vit B8)

 Acide tétrahydrofolique (THF) : groupement monocarbonés (vit B9)
 Coenzymes B12 ou cobalamines : groupement monocarbonés
 Coenzymes A (CoA) : groupement pluricarbonés (vit B5)
 Pyrophosphate de thiamine (TPP) : groupement pluricarbonés (vit B1)
 Phosphate de pyridoxal (Ppal) : (vit B6)
 Enzymes

Cofacteurs inorganiques Coenzymes (cofacteurs organiques)