République Algérienne Démocratique et Populaire

Ministère de l’enseignement Supérieur et de la Recherche scientifique

Université Abderrahmane Mira Bejaia

Faculté des Sciences de la Nature et de la vie
Département des Sciences alimentaires

Enzymologie fondamentale

Support pédagogique destiné aux étudiants de L3

«Alimentation, Nutrition Pathologie ».

Fait par ALOUI-BERKATI Salima

Année universitaire : 2020-2021

1
 CHAPITRE I : INTRODUCTION

L’enzymologie est la partie de la biochimie qui étudie les propriétés structurales et fonctionnelles des
enzymes. Elle s’intéresse aussi à décrire la vitesse des réactions catalysées par les enzymes, c’est-à-dire la
cinétique enzymatique.

Les organismes vivants sont le siège de nombreuses réactions biochimiques. Ces réactions constituent le
métabolisme, c’est-à-dire la biosynthèse (anabolisme) et la dégradation (catabolisme) d’un grand nombre
de molécules biologiques. Ces réactions se déroulent dans des conditions physiologiques qui ne pourraient
pas avoir lieu sans la présence d’enzymes. Les enzymes ont donc un rôle vital.

I-Définitions

Catalyseur : substance qui agit à faible concentration, qui accélère une réaction chimique sans être
modifiée, permettant la transformation d’un substrat en un produit.

Biocatalyseur : catalyseur synthétisé par un organisme vivant agissant sous des conditions physico-
chimiques compatibles avec la vie.

Enzyme : Les enzymes sont des catalyseurs biologiques ou biocatalyseurs de nature protéique. Ce sont des
acteurs omniprésents dans la vie de la cellule. Sans ces protéines, aucune réaction du métabolisme
(anabolisme et catabolisme) des cellules ne serait possible. Toutes les réactions chimiques se déroulent dans
la cellule ou le milieu cellulaire, en présence d’une enzyme. Comme tous les catalyseurs, les enzymes
agissent à des concentrations très petites. Elles augmentent la vitesse des réactions chimiques, sans en
modifier le résultat ou l’équilibre thermodynamique. A la fin de la réaction, la structure de l’enzyme se
retrouve inchangée. Les protéines enzymatiques sont synthétisées par les êtres vivants, synthèse déterminée
génétiquement.

Substrat : Molécule qui entre dans une réaction pour y être transformée grâce à l’action catalytique d’une
enzyme.

Produit : Molécule qui apparaît au cours d’une réaction catalysée par une enzyme.

Ligand : Corps chimique ayant une liaison spécifique avec une enzyme.

Cofacteur : En enzymologie, le terme cofacteur désigne une petite molécule de nature non protéique ou un
ion métallique associé à l'enzyme et rendant son activité catalytique possible. La plupart des enzymes qui
nécessitent une liaison aux cofacteurs, en fait, perdent toute fonctionnalité en cas d'absence.

2
Coenzymes : C’est une molécule biologique intervenant comme cofacteur indispensable dans la catalyse
enzymatique d’une réaction. Les coenzymes libres interviennent stœchiométriquement dans la réaction de
manière catalytique. Les coenzymes sont des molécules biologiques c’est à dire que leur synthèse naturelle
ne peut être faite que par des cellules vivantes. Lorsque cette synthèse n’est pas inscrite dans le patrimoine
génétique d’une espèce, alors tout ou partie de la molécule du coenzyme doit être apportée à cette espèce
par son alimentation : cet aliment indispensable s’appelle une vitamine. Les coenzymes sont des cofacteurs
donc des molécules indispensables à la catalyse enzymatique.

Lorsque les coenzymes sont liés à l’enzyme par des liaisons de type électrostatique ou plus faiblement
encore, cette liaison est renouvelée à chaque réaction effectuée : en effet, l’énergie mise en jeu par la liaison
enzyme - coenzyme est du même ordre de grandeur que l’énergie mise en jeu dans la liaison enzyme
substrat; dans ce cas, la concentration des coenzymes doit être du même ordre de grandeur que celle du
substrat (on dit stœchiométrique). Ces coenzymes sont appelés coenzymes libres parce qu’ils se dissocient
de l’enzyme à chaque réaction catalysée. · Lorsque au contraire les coenzymes sont liés aux enzymes par
des liaisons fortes de type covalentes, leur concentration est nécessairement la même que celle de l’enzyme,
c’est à dire très petite (on dit catalytique). Ces coenzymes sont appelé coenzymes liés parce qu’ils ne se
dissocient pas de l’enzyme. Par exemple, NADP + (nicotine-adénine dinucléotide phosphate). ;
FAD (flavine-adénine dinucléotide): transfert d'électrons et de protons.

Pro-enzymes ou zymogènes : sont enzymes synthétisés sous forme inactive ; l’activité ne s’exerce que
lorsqu’elle perd une partie de sa structure. Prenons l’exemple de quelques enzymes digestives :

Pepsinogène (pro-enzyme) + HCL------- Pepsine (enzyme)

Trypsinogène (pro-enzyme) en présence de la pepsine-------------Trypsine (enzyme)

II-Propriétés générales des enzymes

• Les enzymes sont des catalyseurs biologiques ou biocatalyseurs.

• Catalyseur : Un catalyseur est une substance qui augmente la vitesse d’une réaction en
diminuant l’énergie d’activation. Il se trouve intacte à la fin de la réaction. (Comment les
catalyseurs accélèrent-ils donc les réactions chimiques? Ils permettent à la réaction de se
produire alors que l'énergie d'activation est insuffisante. En d'autres termes, en présence d'un
catalyseur adéquat, les molécules réactantes auront besoin de moins d'énergie pour se
transformer en produits).

3
 Au cours des réactions chimiques réversibles, le catalyseur accélère de la même manière les 2
vitesses de réaction évoluant simultanément en sens inverse. Il ne modifie pas l’équilibre final de
la réaction.

Toutes ces caractéristiques sont applicables aux enzymes, mais les enzymes sont plus efficaces que les
catalyseurs chimiques :

-Ils agissent à très faible dose

-Ils abaissent l’énergie d’activation d’une manière plus importante qu’un catalyseur chimique.
Les enzymes présentent un énorme pouvoir catalytique ou efficacité catalytique. Le niveau
d’accélération de la vitesse de réaction augmente de 106 que la vitesse sans enzyme.

k ins = constante de vitesse instantanée.

k c = constante de vitesse catalytique

𝐤𝐜
k c ˃ k ins donc = 106
𝐤 𝐢𝐧𝐬

• Les enzymes sont de nature protéique : Toutes les enzymes sont des protéines.
• Les enzymes ont un maximum d’activité pour une température et un pH donnés
(conditions optimales).
• Les enzymes sont détruites par une forte élévation de température et inactivées à basses
températures.
• Les enzymes ont une double spécificité :
Spécificité de substrat (stériospécificité): La spécificité de substrat est variable,
certaines enzymes ont une spécificité absolue ; transformant un substrat unique en un
produit unique.

Exemple : Glucokinase : phosphoryle que le glucose. D’autres ont une spécificité plus large,
transformant le substrat d’une classe de substrat en autant de produits.

Exemple : Hexokinase : phosphoryle divers hexoses, dont le glucose

4
 Spécificité d’action : Une enzyme Une seule réaction catalysée

Exemples :
Kinases : Ne catalysent que les réactions de phosphorylation en présence d’ATP
Décarboxylases : catalysent la décarboxylation des molécules contenant un groupement
carboxyle.

Figure 01: Double spécificité des enzymes

5
• Les enzymes sont soumises à la régulation de leurs activités catalytique: L’activité d’une
enzyme est contrôlée par des modulateurs, ce qui permet d’ajuster la vitesse globale d’un
métabolisme au besoin cellulaire : les activateurs augmentent l’activité, les inhibiteurs la
diminuent.

Exemple: La phosphofructokinase est activée par l’AMP et inhibée par l’ATP. Cette modulation active
ou inhibe la glycolyse selon que la charge énergétique est faible ou élevée.

III. Nomenclature et Classification des enzymes : Il existe deux types de nomenclature

1. Nomenclature Fonctionnelle : Elle est très utilisée. Elle prend en compte le nom du substrat de
l’enzyme et le type de réaction catalysée. Pour désigner une enzyme on indique :
• d'abord le nom du substrat
• puis le type de réaction catalysée
• on ajoute enfin le suffixe ase.

Exemples : glucose-6-phosphate isomérase ; Isocitrate lyase ; pyruvate carboxylase

Lorsque l'enzyme utilise 2 substrats on les désigne tous les deux en indiquant :

• le substrat donneur de radicaux

• puis le substrat accepteur du radical libéré
• le radical échangé
• le type de réaction
• on ajoute enfin ase.

Exemple : ATP-glucose phosphotransférase ; UDPglucose-fructose glucosyltransférase ; Glutamate

pyruvate aminotransférase.

2. Nomenclature Officielle : Depuis 1961, l'Union Internationale de Biochimie et biologie

moléculaire a codifié la nomenclature et la classification des enzymes sous une nomenclature dite
officielle. Un certain nombre d’appellations traditionnelles subsistent, mais l’emploi des numéros
de code est aujourd’hui obligatoire dans toutes les publications scientifiques et les documentations
techniques et commerciales. Toutes les enzymes actuellement connues sont répertoriées sous un
numéro portant 4 nombres séparés par des points et précédés de EC soit (EC x1.x2.x3.x4). La
signification des nombres est la suivante :
• X1 indique la réaction catalysée
• X2 indique le substrat général (ou groupe de substrats) impliqué
• X3 indique le substrat spécifique ou la coenzyme
• X4 le numéro de série de l’enzyme
6
X1 : Le premier nombre pouvant varier de 1 à 6 indique les six grandes classes d’enzymes correspondant
aux types de réactions :

1 : Classe des Oxydoréductases (transfert d'électrons, d’atomes d’hydrogène ou fixation d’oxygène)

2 : Classe des Transférases (transfert d'atomes ou de groupes d'atomes autres que ceux 1)

3 : Classe des Hydrolases (Coupure des liaisons avec fixation de radicaux H et OH issus de l’eau)

4 : Classe des Lyases (Coupure des liaisons par d'autres modes autres que l'hydrolyse).

5 : Classe des Isomérases (réaction conservant la formule brute du composé)

6 : Classe des Ligases (formation des liaisons entre C et un autre métalloïde en utilisant l'énergie de l'ATP)

X2 : Le deuxième désigne la sous-classe de l'enzyme qui est définie suivant son mécanisme d'action. Dans
le cas des oxydoréductases on distingue les déshydrogénases, les monooxygénases et les dioxygénases.

X3 : Le 3e nombre désigne la nature de la molécule qui sert d'accepteur, lorsqu'il s'agit d'un transfert
d'électrons.

X4 : Le 4e nombre est un numéro d'ordre dans le groupe et dans le sous-groupe. Lorsqu'une enzyme se
termine par 99, cela signifie qu'elle est incomplètement caractérisée.

Cette classification officielle précise et complète la nomenclature fonctionnelle. Dans un rapport ou une
publication le nom fonctionnel continue à être utilisé mais ce dernier est toujours suivi entre parenthèses
par son numéro dans la nomenclature officielle.

Exemple : en classification EC la lactate déshydrogénase est nommée : EC 1.1.1.27

• le premier chiffre correspond au mécanisme catalysé, c'est-à-dire à la classe de l'enzyme (classe EC

1)
• le deuxième chiffre caractérise la sous-classe d’enzyme, classée en fonction de la nature de la
fonction réagissant (1 par exemple correspond à une fonction alcool)
• le troisième chiffre caractérise le deuxième substrat de la réaction (1 par exemple correspond au
coenzyme NAD+)
• le quatrième chiffre est le rang de l'enzyme si plusieurs enzymes ont les mêmes trois premiers
chiffres...

7
Figure 02 : Classification des enzymes