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Les enzymes,
biomolécules aux propriétés catalytiques
Rappels :
Il existe plusieurs catégories d’enzymes. Par exemple, les enzymes digestives permettent la
transformation des aliments en nutriments pour les rendre absorbables au niveau de l’intestin.
Il existe également des enzymes intervenant dans la réplication ou encore la transcription de
l’ADN.
Les enzymes sont donc des molécules qui catalysent des réactions métaboliques.
En chimie, un catalyseur est espèce qui augmente la vitesse de transformation sans figurer
dans l’équation de la réaction et sans modifier la composition du système à l’état final. Il
possède plusieurs caractéristiques :
Les enzymes sont différentes des catalyseurs chimiques en ce sens qu’elles ne peuvent agir à
100° et n’agissent pas sur différentes molécules. Elles fonctionnent à la température du corps
c’est pourquoi on parle de « biocatalyseur ». Les enzymes sont nécessaires au métabolisme des
cellules car à 37° les réactions chimiques seraient trop lentes pour apporter aux cellules ce
dont elles auraient besoin.
Une enzyme catalyse un seul type de réaction sur un seul type de molécule appelée
« substrat ». Il y a donc spécificité d’action et spécificité de substrat : on parle
de double spécificité.
Les enzymes sont des protéines constituées d’acides aminés. Elles possèdent donc une
structure tridimensionnelle dans laquelle on va observer un site de fixation du substrat. Ce
site de fixation se décline en un site de reconnaissance et un site de catalyse. Dans le site de
reconnaissance il y a, des acides aminés qui effectuent des liaisons faibles avec le substrat
stabilisant le complexe nommé ainsi complexe enzyme-substrat. Le site actif de l’enzyme et le
substrat sont alors complémentaires (tels une clé dans une serrure), ils ajustent mutuellement
leur forme respective permettant la fixation du substrat. Ceci explique la spécificité des
enzymes à un seul type de substrat. Ainsi l’amylase est une enzyme qui catalyse l’hydrolyse des
chaînes polyglucidiques (comme l’amidon ou le glycogène) et qui ne peut pas agir sur d’autres
substrats tels que le saccharose par exemple. Dans le site de catalyse, d’autres acides aminés
situés sont responsable de la transformation du substrat en produit. La nature des acides
aminés en contact avec le substrat explique la spécificité d’action.
2. La Structure d’une enzyme :
http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/spip.php?article1418
http://www.ac-grenoble.fr/disciplines/svt/file/ancien_site/log/1_s/1s_genotype/1s_genphe_ch2.htm
La vitesse de réaction initiale dépend de la capacité d’une enzyme à se lier à son substrat. Pour
une concentration en substrat nettement inférieure à la concentration en enzymes, l’enzyme
n’est pas saturée et la vitesse initiale de réaction sera faible. Plus la concentration en substrat
se rapprochera de la concentration en enzymes plus la vitesse initiale de catalyse sera élevée.
La vitesse initiale maximale sera atteinte quand la concentration en substrat sera égale à la
concentration en enzyme : on dit que l’enzyme est « saturée ». Pour toute concentration en
substrat supérieure à la concentration en enzyme, la vitesse initiale de réaction restera la
même qu’en cas de saturation, une enzyme ne pouvant pas transformer plus d’une molécule de
substrat à la fois, d’où le palier sur la courbe vi =f(S). Ainsi la quantité de produits formés est
limitée par la concentration en enzymes.
Michaelis Menten curve 2.svg par Thomas Shafee via Wikimédia Commons, CC-BY-4.0, modifié par Sandra
Rivière, https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Michaelis_Menten_curve_2.svg?uselang=fr
Les enzymes étant des protéines, leur production dépend donc de l’expression de
certains gènes. Chaque cellule de l’organisme détient le génome complet. Cependant chaque
cellule de l’organisme n’exprime pas la totalité des gènes. L’expression est régulée en amont
d’un gène grâce à une séquence régulatrice. Ainsi gènes correspondant à des enzymes non utiles
dans une cellule d’un organe spécialisé seront réprimés. Les enzymes constituent donc un
marqueur de la spécialisation cellulaire.
VOCABULAIRE
Catalyseur : espèce chimique qui augmente la vitesse de transformation sans figurer dans l’équation de la réaction et sans
modifier la composition du système à l’état final
Enzyme : macromolécule de nature protéique ayant des propriétés catalytiques. On parle de biocatalyseur.
Site actif : partie du catalyseur qui va interagir avec le substrat pour donner un produit
Site de reconnaissance : partie du site de fixation de l’enzyme dont les Acides aminés réalisent des liaisons faibles avec le
substrat
Site de catalyse ou site catalytique : partie du site actif dont les acides aminés sont responsables de la transformation su
substrat en produit
Vitesse de réaction : quantité de substrat dégradé ou de produit par unité de temps. F(S) = vi en µmol.min-1 ou mol.min-1
Vitesse initiale de réaction : vitesse de réaction, en début de réaction, pendant la durée où elle apparait comme quasi
constante