Le rôle des enzymes dans les réactions métaboliques

Introduction :

L’ensemble des réactions biochimiques d’un organisme ou d’une cellule

s’appelle le métabolisme : il permet la transformation de matière et
d'énergie. Son intégrité garantit donc le bon fonctionnement de
l’organisme. Mais, ces réactions chimiques peuvent parfois prendre du
temps. C’est pourquoi l’évolution a doté les organismes de protéines
particulières, les enzymes, qui permettent d'accélérer ces réactions.

Nous nous attacherons tout d’abord à décrire les enzymes, et analyser

leur mode d'action. Nous verrons ensuite comment leurs structures
permettent la catalyse.

1 La catalyse enzymatique

a. Les enzymes, des protéines particulières

Définition

Enzymes :

Les enzymes sont des protéines qui facilitent une réaction métabolique.
En fonction de leur séquence en acides aminés, les enzymes ont des
structures différentes qui déterminent leurs propriétés catalytiques.

À retenir

On dit des enzymes qu’elles sont des catalyseurs : elles facilitent et

accélèrent une réaction métabolique.

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 Après la réaction, elles restent intactes et leurs actions catalytiques
s’enchaînent. Schématiquement, elles agissent sur un substrat pour
donner un produit.

En outre, les enzymes possèdent une double spécificité.

1 La spécificité de substrat

Par exemple, l’amylase est une enzyme dont le substrat est l’amidon. Ainsi,
l’amylase ne pourra pas se fixer sur une autre molécule que l’amidon.

2 La spécificité d’action

Attention

Pour un substrat donné, une enzyme ne peut catalyser qu’un seul type
de réaction.

Ainsi, une oxydase ne peut qu’oxyder, une hydrolase ne peut qu’hydrolyser,

etc.

À retenir

Mais le substrat, quant à lui, peut être reconnu par plusieurs enzymes.
En fonction de l’enzyme à laquelle il sera lié, il donnera des produits
différents.

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 b. Le mode d’action des enzymes

1 Vitesse de réaction

Définition

Vitesse de réaction :

La vitesse de réaction caractérise l’efficacité enzymatique. Elle est

définie par l’équation suivante :
quantitˊe de produit
vitesse rˊe action =
temps
​

Pour une quantité d’enzyme fixée, quand on augmente la concentration

du substrat S, la vitesse de réaction augmente rapidement, jusqu'à ce
qu’elle atteigne son maximum. Au-delà de cette limite, l'augmentation de
concentration ne produit plus d’augmentation de vitesse.

À retenir

La vitesse se stabilise donc quand l’enzyme est saturée : on parle de

Vmax, ou vitesse maximale.

Ainsi, si on augmente la
concentration en substrat,
la vitesse de réaction
augmente
proportionnellement.

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 2 Le complexe enzyme-substrat

Définition

Complexe enzyme-substrat :

Le complexe enzyme-substrat est la fixation temporaire de l’enzyme (E )

sur son substrat (S) avant de former le produit (P ). De telle façon que :

S+E→E-S→E+P

Cette fixation se fait au niveau du site actif de l’enzyme, via des liaisons
faibles. Quand tous les sites sont occupés, on dit que l’enzyme est saturée.

À retenir

Cette saturation de l’enzyme va induire la vitesse maximale de la

catalyse enzymatique.

Définition

Site actif :

Le site actif désigne l'endroit de l'enzyme où se fixe le substrat.

2 Structure et activité des enzymes

a. Propriétés structurales

Les enzymes sont des protéines, et comme toutes les protéines, elles ont
une configuration 3D dans l’espace.

La structure primaire d’une protéine est la séquence des acides aminés

qui la constituent. Pour illustrer cette structure, on peut développer la
métaphore du collier de perles : les perles se suivent les unes après les
autres, selon la dimension du fil.

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 Les structures secondaire et tertiaire sont la configuration
tridimensionnelle des protéines dans l’espace.

À retenir

Cette configuration est possible grâce à des liaisons faibles qui vont
entraîner un repliement spécifique de la protéine sur elle-même.

Si nous reprenons l’exemple du collier dans sa configuration 3D, c’est alors

comme si nous le repliions sur lui-même pour lui donner des formes
spécifiques.

Le site actif occupe une très petite place de l’enzyme, et c’est sa forme
tridimensionnelle qui explique sa spécificité. Un peu comme une clé
pourrait s’imbriquer dans une serrure.

 C’est la structure tridimensionnelle de l’enzyme qui lui permet d’interagir avec

ses substrats.

b. Influence des conditions du milieu sur l’activité enzymatique

1 Température

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 La température influe sur l’activité de la catalyse à deux niveaux. Elle
accélère la vitesse de réaction : si la température est trop basse,
l’agitation moléculaire est beaucoup trop faible, et les chances pour le
substrat de se fixer correctement sur le site actif sont réduites. Mais si la
température augmente, cette probabilité augmente en conséquence.

Rappel

Les molécules sont libres dans leur milieu, mais elles ne sont pas fixes.
Au contraire, elles sont mobiles et peuvent se déplacer de façon plus ou
moins chaotique. C'est cela qu'on appelle l'agitation des molécules.

La température agit également sur la configuration 3D des protéines.

Dès 40°C, la protéine perd sa configuration spatiale, on dit qu’elle se
dénature.

Exemple

Par exemple, pour les enzymes qui interviennent dans la digestion, la

température idéale se situe entre 30 et 40°C, ce qui correspond à la
température corporelle de 37°C. En acceptant une échelle de variations
possibles, cela garantit le bon fonctionnement du métabolisme, même
dans des conditions extrêmes (si on a de la fièvre, ou si on habite au pôle
nord par exemple).

2 pH

En outre, le pH influe sur la catalyse. Les configurations

tridimensionnelles des protéines reposent sur des liaisons faibles et des
liaisons qui sont sensibles au pH.

À retenir

Ainsi, les enzymes ont un pH optimum qui dépend des milieux. En

fonction des changements de pH, les changements de configuration
peuvent entraîner une dénaturation des protéines, et donc empêcher la
reconnaissance du substrat par l’enzyme.

Définition
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 é to

Dénaturation :

La dénaturation désigne la perte de la configuration 3D de la protéine.

Pour reprendre l’exemple précédent, si nous faisons fondre la clé, nous ne

pouvons plus la mettre dans la serrure.

Ainsi, les enzymes qui permettent la dégradation des aliments dans

l'estomac ont un pH optimal acide, en accord avec leur milieu.

Conclusion :

Les enzymes sont des protéines qui catalysent les réactions

métaboliques. Leur configuration tridimensionnelle permet une
reconnaissance spécifique d’un substrat. Ce dernier subira une
transformation à son contact et deviendra le produit de la réaction.
Le substrat se fixe sur le site actif de l’enzyme et forme une association
temporaire avec cette dernière. Cette association induit une vitesse
propre à la réaction que catalyse l'enzyme : la Vmax. Au-delà de cette
vitesse, l'augmentation de substrat n’induit plus d’accélération de la
réaction.
Comme toutes les protéines, les enzymes et leur réaction sont sensibles
aux conditions extérieures comme la température et le pH.

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