Université SAAD DAHLAB, BLIDA1

Dr. CHELGHOUM H.

Chapitre I
1.1. Définitions

- Définition d’une enzyme

Protéine présentant des propriétés de catalyse spécifiques d’une réaction chimique du
métabolisme de l’être vivant qui la produit :
· Toutes les enzymes sont des biomolécules (synthétisées par des êtres vivants) de
nature protéique.
· Les enzymes sont des catalyseurs, c’est-à-dire qu’en agissant à des concentrations
très faibles, elles augmentent la vitesse des réactions chimiques, sans en modifier le
résultat. A la fin de la réaction, la structure de l’enzyme se retrouve inchangée.
· Une enzyme donnée est spécifique d’une réaction, c’est-à-dire qu’elle catalyse
toujours la même transformation, se produisant sur les mêmes corps chimiques initiaux.
- Définition d’un substrat
Molécule qui entre dans une réaction pour y être transformée grâce à l’action
catalytique d’une enzyme.
- Définition d’un produit
Molécule qui apparaît au cours d’une réaction catalysée par une enzyme.
- Définition d’un cofacteur
Corps chimique intervenant obligatoirement dans une réaction enzymatique :·
 Les cofacteurs peuvent être des ions comme l’atome de Zinc de l’anhydrase
carbonique ou de petites molécules minérales habituellement présentes dans les
milieux biologiques (la molécule d’eau).
 Certains cofacteurs sont des molécules plus complexes synthétisées par les
cellules: nous les appellerons coenzymes.
- Définition d’une coenzyme
Molécule biologique intervenant comme cofacteur indispensable dans la catalyse
enzymatique d’une réaction :
- Une apoenzyme est une enzyme sans son cofacteur, c'est-à-dire la protéine à laquelle
le cofacteur se liera pour produire une hétéroenzyme (ou holoenzyme ) active.
apoenzyme + coenzyme = holoenzyme
La majorité des réactions enzymatiques du métabolisme intermédiaire auxquelles
prennent part des enzymes à structure double peuvent se ramener à des réactions de
transfert. Si à partir d’un substrat A-R il y a transfert du groupement R sur le substrat B
en présence de l’enzyme E et du coenzyme Co, l’équation de réaction doit être
décomposée en deux temps, le coenzyme servant d’accepteur intermédiaire du radical
R.

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1) Fixation

2) Transfert

En fonction du mode de fixation des coenzymes aux enzymes, nous distinguons deux
types de coenzymes :
1- Coenzymes groupements prosthétiques (ou coenzymes liés):
Les deux temps de la réaction peuvent être catalysés par la même enzyme, le composé
intermédiaire Co-R n’est pas libéré et son identification est souvent difficile. Les
coenzymes groupements prosthétiques jouent le rôle d’activateurs seulement. Ils sont
liés aux enzymes de façon non dissociable et sa libération entraine la dénaturation de la
protéine.
2- Coenzymes cosubstrats (les coenzymes libres ):
Les deux temps de la réaction peuvent être catalysés par deux enzymes distinctes, ce
qui nécessite que le complexe E-Co soit facilement dissociable pour permettre le
transfert du groupement Co-R. Les coenzymes cosubstrats jouent le rôle de
transporteurs ente deux enzymes et parfois plus (plusieurs enzymes peuvent utiliser le
même coenzyme).
Remarque : dans certaines réactions enzymatiques complexes, où interviennent
plusieurs enzymes distinctes, il est difficile de savoir quel est le comportement du
coenzyme.
1.2. Notion de spécificité
1.2.1. Spécificité aux substrats
Théoriquement, une seule réaction possible, sur un seul substrat. En réalité, il existe une
relation structure- activité : il faut que la bonne liaison soit placée au bon endroit. Il est
fréquent qu’une enzyme intervienne non sur une molécule unique, mais sur une classe
de substrats.
• Exemple 1 : Galactose épimère en C4 du glucose, non pris en charge par les enzymes
de la glycolyse
• Exemple 2 : ß - oxydation des acides gras - Les enzymes prennent en charge des acyl
CoA. A chaque dégradation, il y aura une perte d’un motif à 2 carbones, mais les mêmes
enzymes fonctionnent sur le nouvel acylCoA.
1.2.2. Spécificité de réaction
En fonction de l’environnement atomique du site catalytique, un seul type de réaction
sera possible :
• redox, par échange d’électrons avec des ions métalliques (cytochromes)
• transferts de groupements
1.3. Classification des enzymes
Avant 1961, les enzymes ont été dénommées selon le nom du S sur lequel elles
agissent en ajoutant le suffixe "ase".

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Exemple : uréase, lipase, transaminase,…etc.

Puis il y a eu, une nomenclature fonctionnelle, ou le nom de l’enzyme indique à
la fois :
• le nom du substrat
•la réaction catalysée
•Suivis du suffixe « ase »
Exemples : Glucose-6 phosphatase : l’enzyme hydrolyse la liaison ester-phosphate en
C-6 du glucose ;
Lorsque l’enzyme utilise deux substrats, on désigne tous les deux en indiquant :
- Le substrat donneur du radical
- Puis le substrat accepteur du radical libéré
- Le radical échangé
- On ajoute à la fin ‘ase’
Exp : ATP-glucose phosphotransférase
glutamate – pyruvate aminotransférase
La Commission des enzymes (Enzyme Commission) a établi une classification
officielle qui permet d’avoir une référence unique à l’échelle mondiale pour la
désignation des enzymes. Cette nomenclature attribue à chaque enzyme un nombre à
quatre chiffres : E.C. X.X.X.X.
- Le premier nombre pouvant varier de 1 à 6 indique le type de réactions
- Le deuxième désigne la sous-classe de l'enzyme qui est définie suivant son
mécanisme d'action.
- Le 3e nombre désigne la nature de la molécule qui sert d'accepteur, lorsqu'il s'agit
d'un transfert d'électrons.
- Le 4e nombre est un numéro d'ordre dans le groupe et dans le sous-groupe.
Lorsqu'une enzyme se termine par 99, cela signifie qu'elle est incomplètement
caractérisée.
1.4. Les différentes classes d’enzymes selon la nomenclature officielle :
1 : Oxydoréductases : réaction redox portant sur différents résidus, associant des
coenzymes, des cytochromes, des accepteurs comme O2, … les oxydoréductases sont
des enzymes catalysant les réactions d'oxydoréduction en transférant les ions H+ et des
électrons.
•Elles sont associées à des coenzymes d'oxydoréduction : NAD+, FAD, FMN, etc.
•Plusieurs de ces enzymes sont connues en tant que :
- oxydases
- réductases
- peroxydases
- oxygénases
- déshydrogénases

2 : Transférases : transfert d’un groupement carboné, phosphoré, azoté, etc. d’une

molécule à une autre.

3 : Hydrolases : liaisons ester, résidus glycosylés, etc.

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4 : Lyases : catalysent l’enlèvement ou l’addition d’un groupement par des moyens

autres que l'hydrolyse ou l'oxydation
- Par exemple une enzyme lyase catalyse la réaction de transformation de l'adénosine
triphosphate (ATP) en adénosine monophosphate cyclique (AMPc) :
ATP → AMPc + PPi
5 : Isomérases : est une enzyme qui catalyse les changements au sein d'une molécule,
souvent par réarrangement des groupements fonctionnels et conversion de la molécule
en l'un de ses isomères. Les isomérases catalysent des réactions du type :
A → B où B est un isomère de A.
6 : Ligases : création d’une liaison entre 2 molécules couplée avec la dégradation d’une
liaison à haut potentiel énergétique.

1.5. Structure des enzymes

Les enzymes font partie d’une classe biologiquement importante sont les protéines, qui
sont constituées de chaînes d’acides aminés de la série L liés les uns autres par des
liaisons peptidiques. Les protéines possèdent plusieurs degrés structuraux :
1.5.1. La structure primaire :
L’ordre dans lequel les acides aminés sont liés les uns aux autres.
Les caractéristiques de la liaison peptidique :

* L’oxygène du CO et l’Hydrogène de NH sont en position trans.

* La liaison peptidique se fait par des liaisons covalentes, mais des rotations sont
possibles autour de chaque liaison peptidique.
* Le squelette peptidique possède deux degrés de rotation
- Au tour de la liaison Cα-NH : phi φ
- Au tour de la liaison Cα-CO : psi ψ
* les atomes H, N, C et O sont coplanaires.
Les propriétés enzymatiques n’apparaissent qu’à partir de certaine complexité, il faut
au minimum 100 Ac Am pour avoir une activité enzymatique.
1.5.2. La structure secondaire :
- Le premier degré de repliement de la chaîne peptidique.
- Dépend de la conformation du squelette peptidique et des angles de rotations φ et ψ .
- Stabilisée par des liaisons hydrogènes et des forces non covalentes.

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Les principales formes secondaires : hélices α, feuillets plissés β, les coudes et les
boucles.

1.5.3. La structure tertiaire :

Le second degré de repliement de la chaîne peptidique.
Elle confère à l’enzyme une conformation spatiale tridimensionnelle caractéristique.
Elle dépend à la fois de la structure secondaire et de la nature des chaînes latérales.
Cette organisation entraîne l’exposition des Ac Am polaires en surface et les Ac Am
non polaires vers l’intérieure, ce qui aboutis à la formation d’une zone hydrophobe.
Exemple d’enzyme monomérique : La chymotrypsine
La chymotrypsine est synthétisée dans le pancréas et sécrété dans l'intestin grêle sous
forme d'un zymogène, la chymotrypsinogène (ou proenzyme : un précurseur protéique de la
chymotrypsine, inactif et dépourvu d'activité enzymatique). Sa forme active est une protéase à très
large spectre : elle coupe le lien peptidique qui suit les acides aminés dotés d'une grosse chaîne
latérale hydrophobique comme Trp, Tyr, ou Phe.
Le délai dans l'activation de la chymotrypsinogène protège le pancréas de la protéolyse
par la chymotrypsine. L'activation se produit quand deux dipeptides sont retirés au
chymotrypsinogène: Ser14-Arg15 et Thr147-Asn148..

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L'enzyme compte trois chaînes polypeptidiques (A, B et, C) reliées entre elles par des
ponts disulfures. Le site actif de la chymotrypsine consiste en une région bordée d'acides
aminés hydrophobiques. La conformation de cette région permet à ces acides aminés
hydrophobes d'interagir avec les chaînes latérales hydrophobiques présentes dans les
substrats. Les protéines globulaires protègent la plupart de leurs résidus hydrophobiques
à l'intérieur de leur structure; la chymotrypsine aurait donc du mal à les dégrader si ceux-
ci ne transitaient pas d'abord dans l'estomac (le pH de l’estomac est très acide entre 1 et
2, dénature la plus grande part des protéines, exposant leurs résidus hydrophobiques à
l'extérieur).
Son mécanisme catalytique est de type ping pong. L’enzyme se lie rapidement au substrat et
libère le premier produit, l’ion p-nitrophenolate, mais le deuxième produit, l’ion acétate est
libéré plus lentement.

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Le groupe réactif au site actif est constitué d’une triade catalytique ; la sérine 195 est l’acide
aminé qui réagit avec le substrat, alors que l’histidine 57 et l’acide aspartique 102 contribuent
à rendre la sérine particulièrement réactive.

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1.5.4. La structure quaternaire :

Les protéines enzymatiques disposent d’un degré d’organisation supplémentaire, il
correspond à l’association de plusieurs structures élémentaires (sous unité) qui vont
former un complexe enzymatique capable d’assurer une fonction biologique.
Exemple d’enzyme oligomérique : voir cours enzymes allostériques
Exemple d’isoenzymes : Lactate déshydrogénase (EC 1.1.1.27)
Le terme isoenzyme désigne les différentes formes sous lesquelles une enzyme existe. Il existe
une trentaine d'enzymes qui possèdent des formes isoenzymatiques. Ces modifications sont
d'origine génétique (modification génétique de la structure primaire de la protéine). Selon ses
formes, l'enzyme possédera des propriétés de régulation différentes. Par ailleurs chaque tissu
possède ses propres enzymes avec des fonctions spécifiques.
Exemple d’isoenzymes hétéromériques dues à l’expression simultanée de plusieurs allèles, en
même temps : Lactate déshydrogénase (EC 1.1.1.27) est une enzyme qui transforme le lactate
en pyruvate, est un tétramère (n = 4) à 2 sous-unités différentes α et β. Les polypeptides dérivant
des allèles LDHA et LDHB, correspondant aux sous unités α et β, respectivement, donnent
naissance non seulement aux isoenzymes homomériques avec comme structure αααα et ββββ,
mais également aux isoenzymes hétéromériques ααββ, αααβ et αβββ. Les 5 isoenzymes varient
largement dans leur proportion. Dans certains tissus (foie et muscle squelettique), le polypeptide

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α est produit en grande quantité par rapport au polypeptide β. Par contre, dans d’autres tissus
(cœur, rein) l’inverse est observé. Ainsi, les profils électrophorétiques observés tendent à être
très asymétriques.
1.5.5. Le complexe multienzymatique : (exp Le complexe pyruvate déshydrogénase )
Le complexe pyruvate déshydrogénase (CPD) est l'association de trois enzymes intervenant
séquentiellement pour catalyser la décarboxylation oxydative du pyruvate en acétyl-CoA. Le
pyruvate est notamment issu de la glycolyse, tandis que l'acétyl-CoA est le point d'entrée
du cycle de Krebs.
Chez les procaryotes, il est organisé selon les espèces, chez les bactéries à Gram négatif, avec
24 sous-unités, et chez les bactéries à Gram positif, avec 60 sous-unités. Chez les eucaryotes,
on le trouve dans la matrice mitochondriale, l'enzyme humaine étant constituée de 96 sous-
unités.
CPD catalysent trois activités enzymatiques successives : une décarboxylase, une
transacétylase et une déshydrogénase. Elle comprend aussi trois espèces de coenzymes liés :
des thiamine pyrophosphates, des lipoamides et des flavines adénine dinucléotides. Son activité
fera intervenir des coenzymes libres : NAD et coenzyme A.

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1.6. Le site actif de l’enzyme :

Le site actif est le centre catalytique, où il y a transformation du substrat en produit. Il
nécessite une complexité structurale minimale, il faut en moins 100 Ac Am pour avoir
une structure assez complexe et donc une certaine spécificité.
1.6.1. Trois paramètres fondamentaux qui interviennent dans le fonctionnement
du site actif :
1- la présence de ce site dans un environnement particulier ou zone hydrophobe interne,
c’est une cavité tapissée d’Ac Am hydrophobes non polaires, contribue à individualiser
le substrat dans une microambiance non aqueuse et cette micro- ambiance est essentielle
au bon déroulement de la catalyse.
2- L’organisation de ce site en une forme géométrique définie nécessaire et suffisante
pour être accessible au substrat.
3- Quelques résidus se distinguent de l’ensemble des Ac Am de cette zone hydrophobe:
His, Ser, Trp, Asp, Glu, Met, Lys, Cys et Tyr, se sont souvent retrouvés dans le site
actif.

1.6.2. Le site actif de l’enzyme est constitué par :

Site de fixation : qui correspond aux Ac Am de l’enzyme établissant une liaison avec
le substrat par des liaisons covalentes.
Site conformationnelle : qui correspond aux résidus d’Ac Am spécifiques important
pour maintenir une conformation active de l’enzyme.
Site catalytique : qui concerne les Ac Am intervenant directement dans la réaction
enzymatique.

Références bibliographiques:
- Pr laraba- Djebari Fatima et Dr Boukhalfa-abib Hinda. 2016. ENZYMOLOGIE sciences de la nature et
de la vie, édition Houma.
- CORNISH-BOWDEN,A. 2012. Cinétique enzymatique, EPD sciences.
- Pr. A. Raisonnier.2002. cours d’Enzymologie élémentaire. Faculté de
médecine, université Pierre et Marie Curie.
- Enzymes - CHUPS Jussieu : www.chups.jussieu.fr › polys › biochimie ›
EEbioch › eebioch.
- DR K.AKSAS. Cours de nomenclature et classification des enzymes. 2ème
année Pharmacie. 2015/2016.

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