1) Connaitre la nature des différents acides aminés qui constituent la protéine

1. Les acides aminés non polaires : Ils ont des chaînes latérales hydrophobes et
n'interagissent pas facilement avec l'eau. Les exemples incluent la glycine, l'alanine, la
valine, la leucine, l'isoleucine, la méthionine, la proline et la phénylalanine.
2. Les acides aminés polaires non chargés : Ils ont des chaînes latérales hydrophiles et
peuvent interagir avec l'eau, mais ne portent pas de charge électrique. Les exemples
incluent la sérine, la thréonine, la cystéine, l'asparagine, la glutamine et la tyrosine + le
tryptophane.
3. Les acides aminés acides (polaires, chargés négativement) : Ils ont des chaînes
latérales acides et portent une charge négative à pH physiologique. Les exemples
incluent l'acide aspartique et l'acide glutamique.
4. Les acides aminés basiques (polaires chargés positivement) : Ils ont des chaînes
latérales basiques et portent une charge positive à pH physiologique. Les exemples
incluent la lysine, l'arginine et l'histidine.
2) Connaitre le mécanisme de synthèse des protéines avec la formation du lien
peptidique
1. L'ADN est transcrit en ARN messager (ARNm) dans le noyau de la cellule.
2. L'ARNm est transporté dans le cytoplasme, où il se lie à un ribosome, qui est la
machine de synthèse des protéines.
3. Le ribosome se déplace le long de l'ARNm, codon par codon, et chaque codon
correspond à un acide aminé spécifique.
4. Des molécules d'ARN de transfert (ARNt) transportent les acides aminés spécifiques au
ribosome, en utilisant l'information codée dans l'ARNm pour sélectionner le bon acide
aminé.
5. Lorsque l'ARNt portant l'acide aminé correspondant atteint le ribosome, un lien
peptidique est formé entre l'acide aminé et le peptide en croissance.
6. Le ribosome se déplace ensuite vers le codon suivant sur l'ARNm, et le processus de
liaison de l'acide aminé et de formation du lien peptidique se répète jusqu'à ce que la
protéine soit complète.
Le lien peptidique est formé par une réaction de condensation entre le groupe
carboxyle (-COOH) d'un acide aminé et le groupe amine (-NH2) d'un autre acide aminé.
Cette réaction libère une molécule d'eau et forme un lien covalent appelé lien
peptidique, qui relie les acides aminés ensemble pour former une chaîne
polypeptidique. La formation de chaque lien peptidique nécessite de l'énergie sous
forme d'ATP.
Une fois la synthèse de la protéine terminée, elle subit souvent des modifications post-
traductionnelles pour devenir fonctionnelle. Ces modifications comprennent des
changements chimiques tels que l'ajout de groupes chimiques spécifiques ou la clivage
de parties de la protéine.
3) Connaitre les niveaux de structure d'une protéine (primaire, secondaire, tertiaire
et quaternaire)
1. Structure primaire : Il s'agit de la séquence linéaire d'acides aminés qui composent la
protéine. La structure primaire est déterminée par la séquence d'ADN codant la
protéine.
2. Structure secondaire : Il s'agit de la structure tridimensionnelle locale de segments de
la protéine. Les structures secondaires les plus courantes sont les hélices alpha et les
feuillets bêta. Ces structures sont maintenues par des liaisons hydrogène entre les
groupes amine et les groupes carboxyle des acides aminés.
3. Structure tertiaire : Il s'agit de la structure tridimensionnelle globale de toute la
protéine. Cette structure est maintenue par une variété de liaisons, y compris des
liaisons hydrogène, des interactions ioniques, des liaisons covalentes et des
interactions hydrophobes.
4. Structure quaternaire : Cette structure n'est présente que dans les protéines qui ont
plusieurs sous-unités, et elle décrit la manière dont les sous-unités s'assemblent pour
former une protéine fonctionnelle. Les liaisons qui maintiennent la structure
quaternaire sont similaires à celles qui maintiennent la structure tertiaire.
4) Connaitre les mécanismes de repliement des protéines du point de vue
thermodynamique et cinétique
Du point de vue thermodynamique, les protéines se replient de manière à minimiser
leur énergie libre d'ensemble. Les protéines adoptent une structure tridimensionnelle
compacte qui minimise les interactions désordonnées entre les résidus d'acides
aminés qui ne contribuent pas à la stabilité de la protéine. La structure finale adoptée
par la protéine doit être suffisamment stable pour permettre à la protéine de remplir sa
fonction biologique, tout en étant suffisamment flexible pour permettre des
mouvements nécessaires à cette fonction.
Du point de vue cinétique, le repliement des protéines est un processus complexe et
souvent rapide qui dépend de nombreux facteurs, notamment la séquence d'acides
aminés, les conditions environnementales et la présence de chaperons. Les protéines
se replient par une série d'interactions entre différents résidus d'acides aminés qui
peuvent être favorisées ou entravées par des facteurs cinétiques tels que les
interactions avec d'autres protéines, les forces ioniques et la concentration de sel.
Le mécanisme de repliement des protéines implique une série de transitions
conformationnelles qui sont souvent décrites par des modèles cinétiques tels que le
modèle de folding nucléation diffusion. Ce modèle décrit le repliement des protéines
comme un processus de diffusion dans un espace de configuration multidimensionnel,
où les différentes étapes du repliement sont décrites par des états intermédiaires ou
des noyaux qui représentent des configurations partiellement repliées. Les processus
de repliement et de dépliement des protéines sont continus, et les protéines peuvent
se replier et se déplier de manière réversible en fonction des conditions
environnementales. Les chaperons, qui sont des protéines spécialisées qui aident les
protéines à se replier correctement, peuvent jouer un rôle important dans le maintien
de la stabilité des protéines en aidant à leur repliement correct et en prévenant la
formation de structures mal repliées qui pourraient être toxiques pour la cellule.
5) Connaitre les facteurs influençant le repliement des protéines

1. La séquence d'acides aminés : La séquence d'acides aminés détermine la structure et

la stabilité finale de la protéine, et donc la facilité de repliement. Certains acides
aminés ont des propriétés particulières qui peuvent faciliter ou entraver le repliement.
2. Les conditions environnementales : Les conditions environnementales, telles que la
température, le pH, la force ionique et la concentration de solvants organiques,
peuvent influencer le repliement des protéines. Les protéines sont généralement plus
stables à des températures et des pH spécifiques, et des changements de ces
conditions peuvent perturber le repliement des protéines.
3. Les interactions intermoléculaires : Les protéines peuvent interagir avec d'autres
molécules, telles que des chaperons ou des cofacteurs, qui peuvent faciliter ou
entraver leur repliement. Les interactions entre les résidus d'acides aminés dans la
protéine elle-même peuvent également avoir un impact sur le repliement.
4. Les mutations : Les mutations dans la séquence d'acides aminés peuvent avoir un
impact sur le repliement des protéines en modifiant les interactions entre les résidus
d'acides aminés.
5. Les modifications post-traductionnelles : Les modifications post-traductionnelles
telles que la phosphorylation ou la glycosylation peuvent modifier la charge électrique
ou la conformation de la protéine, ce qui peut affecter son repliement.
6. Les chaperons : Les chaperons sont des protéines spécialisées qui aident les protéines
à se replier correctement. La présence ou l'absence de chaperons peut influencer le
repliement des protéines.
7. Les forces mécaniques : Les protéines peuvent être soumises à des forces mécaniques,
telles que l'étirement ou la compression, qui peuvent affecter leur conformation et leur
stabilité.
6) Expliquer les diverses étapes permettant l'épissage des protéines (y compris
savoir citer des exemples d'épissage)
L'épissage protéique s'effectue en quatre étapes, les trois premières étapes sont
catalysées par l'intéine, tandis que la dernière s'effectue spontanément
Première étape : transformation de la liaison peptidique N-terminale en ester.
- la jonction d'épissage N-terminale est activée par un réarrangement acyl N-O de la
sérine N- terminale (ou N-S dans le cas d'une cystéine N-terminale)
- la N-extéine est de ce fait déplacée vers la chaîne latérale de la sérine
- une liaison ester se forme entre entre la N-extéine et l'intéine
Cette première étape permet donc la formation de l'intermédiaire linéaire ester (ou
thio-ester dans le cas de la cystéine). Il s'agit d'une attaque nucléophile de la liaison
peptidique par la chaîne latérale du premier résidu de l'intéine.
Deuxième étape : trans-estérification - changement de l'ester en un autre ester
- la liaison ester (ou thio-ester) amont est attaquée par le groupement hydroxyle (ou
thiol) du résidu +1 de l'extéine avale (S, T ou C)
 - cette attaque conduit au clivage de la liaison ester de la jonction d'épissage
Nterminale
- la N-extéine est transférée vers la chaîne latérale du résidu +1 de la C-extéine
Cette seconde étape permet la formation de l'intermédiaire branché la molécule a
donc deux extrémités N-terminales, celle de l'intéine et celle de la N-extéine. L'intéine
et la N-extéine sont toutes deux liées au résidu +1 de la C-extéine par :
- une liaison peptidique entre l'intéine et la C-extéine
- une liaison ester (ou thio-ester) entre la N-extéine et la C-extéine
Troisième étape : cyclisation de l'asparagine
L'asparagine située à l'extrémité C-terminale de l'intéine se cyclise, ce qui entraîne la
formation d'un cycle succinimide et le clivage de la jonction d'épissage C-terminale,
avec pour conséquence la libération de l'intéine. La N-extéine et la C-extéine sont
toujours liées par une liaison ester. Cette réaction est assistée par l'avant-dernière
histidine de l'intéine
Quatrième étape : transition O-N
- la liaison ester (ou thio-ester) entre les deux extéines se réarrange spontanément en
liaison peptidique
- c'est une transition O-N (ou O-S)
- au niveau de l'intéine épissée, le cycle succinimide C-terminal se réarrange
spontanément en asparagine ou isoasparagine

Épissage alternatif de l'exon 10 du gène tau : Le gène tau code pour une protéine
appelée tau qui est exprimée dans les neurones. L'épissage alternatif de l'exon 10 de ce
gène donne naissance à six isoformes de la protéine tau, qui ont été impliquées dans
les maladies neurodégénératives telles que la maladie d'Alzheimer.
7) Comparer la protéolyse et l'épissage des protéines (y compris maîtriser des
exemples de protéolyse: insuline, chymotrypsine, etc.)
Epissage des protéines
« Intéine = segment interne d'une protéine, retiré post-traductionnellement par un
processus d'épissage, suivi de la ligation des deux fragments externes (les extéines) par
une véritable liaison peptidique. »
Le mécanisme d'excision de l'intéine, suivi de la ligation des extéines, est nommé
épissage protéique, la ligation des extéines différencie l'épissage protéique de l'auto-
protéolyse effectuée par certaines protéines.
Protéolyse
De nombreuses protéines subissent une modification post-traductionnelle par une
digestion protéolytique limitée, qui produit une forme active à partir de précurseurs
inactifs ou peu actifs. La protéolyse limitée aboutit au clivage d'une protéine cible en
quelques sites spécifiques seulement - souvent en un seul site - en général par une
protéase spécifique. La protéine clivée résultante peut se transformer de deux façons:
les fragments protéiques restent associés covalentiellement (s'ils sont liés par une
 liaison disulfure) ou non covalentiellement, ou bien ils se dissocient en deux
polypeptides différents ou davantage qui auront un destin et une fonction propres. On
observe dans la réalité ces deux possibilités au cours de la maturation du
chymotrypsinogène, le précurseur inactif de l'alpha- chymotrypsine, une protéase
digestive active.
8) Définir la glycosylation (rôle, lieu, intérêt, y compris maîtriser des exemples)

La glycosylation est un processus biochimique dans lequel des sucres (glucides) sont
ajoutés à des protéines ou à des lipides pour former des glycoprotéines ou des
glycolipides. La glycosylation est un processus important dans la régulation de
nombreuses fonctions biologiques, notamment la reconnaissance cellulaire, la
signalisation et l'immunité.
Les glycosylations peuvent se produire dans différentes parties de la cellule,
notamment dans le réticulum endoplasmique (RE) et l'appareil de Golgi. Dans le RE,
des sucres précurseurs sont ajoutés aux protéines nouvellement synthétisées, tandis
que dans l'appareil de Golgi, les sucres sont modifiés et les glycoprotéines sont triées
en fonction de leur destination cellulaire.
La glycosylation est importante pour la stabilité et la fonction des protéines. Les sucres
ajoutés peuvent modifier la solubilité, la charge électrique, la conformation et
l'interaction avec d'autres protéines. Les glycosylations peuvent également servir de
marqueurs pour la reconnaissance cellulaire et la signalisation, et sont impliquées
dans le processus d'adhésion cellulaire.
Il existe différents types de glycosylations, tels que la N-glycosylation, la O-
glycosylation et la glycosylation des lipides. La N-glycosylation se produit sur
l'asparagine des protéines dans le RE, tandis que la O-glycosylation se produit sur la
sérine et la thréonine dans le RE et l'appareil de Golgi. Les glycosylations peuvent
également être spécifiques à des cellules ou des tissus particuliers, et leur profil de
glycosylation peut varier en fonction de l'état de santé ou de la maladie.
Des exemples de glycosylations incluent la glycosylation des immunoglobulines, des
enzymes et des récepteurs cellulaires. Par exemple, les anticorps (immunoglobulines)
sont des glycoprotéines qui reconnaissent et neutralisent les antigènes, et la
glycosylation peut affecter leur fonction. Les enzymes glycosylées peuvent également
avoir des propriétés différentes des enzymes non glycosylées. De plus, la glycosylation
des récepteurs cellulaires est importante pour la signalisation cellulaire et peut être
modifiée en réponse à des stimuli environnementaux.
9) Définir les différents modes de lipidations et illustrer par des exemples

La fixation d'un lipide est l'une des modifications post-traductionnelles les plus
courantes dans les cellules eucaryotes. Le processus est séquence-spécifique. Il
implique toujours des résidus au niveau de l'extrémité carboxy-terminale ou amine-
terminale de la protéine.
Il existe quatre grands types de modifications lipidiques avec des propriétés
fonctionnelles distinctes, classifiées selon l'identité du lipide attaché : la
myristylation, dans laquelle une chaîne d'acides gras à 14 carbones est attachée par
une liaison amide stable à un résidu glycine amine-terminal, ; la palmitylation, dans
laquelle une chaîne d'acides gras à 16 carbones est attachée par une liaison thioester
 labile à des résidus cystéine (d'autres chaînes d'acides gras peuvent parfois remplacer
le groupement palmityle, c'est pourquoi on appelle souvent cette modification une S-
acylation); la prénylation dans laquelle un groupement prényle (un groupement
farnésyl ou géranylgéranyl) est attaché par une liaison thioéther à un résidu cystéine
distant initialement de quatre résidus de l'extrémité carboxy-terminale, qui devient
ensuite lui-même l'extrémité carboxy-terminale après le traitement protéolytique et la
rnéthylation de la nouvelle extrémité carboxyle ; et enfin, la modification par la liaison
d'une ancre glycosylphosphatidylinositol (GPI) qui est liée par un élément
glucidique
Parmi les protéines N-myristylées, citons entre autres certaines sous-unités alpha de
protéines G hétérotrimériques, de nombreuses tyrosines kinases non réceptrices et
quelques protéines G monomériques.
Les protéines S-acylées comprennent la plupart des sous-unités alpha des protéines G
hétérotrimériques, des membres des protéines G monomériques de la superfamille Ras
et de nombreux récepteurs couplés aux protéines G
La S-prénylation s'observe avec la GTPase Ras.
Les protéines à ancre GPI participent à des processus tels que l'absorption de
nutriments, l'adhérence cellulaire et les événements de signalisation membranaire
10) Définir l'acétylation mode de régulation, rôles biochimiques (y compris maîtriser
des exemples: histones)
L'acétylation des histones est une modification post-traductionnelle des histones, qui
sont des protéines qui constituent la chromatine. Cette modification consiste à ajouter
un groupement acétyle sur les résidus de lysine des histones, catalysée par les
enzymes appelées histones acétyltransférases (HATs). Cette acétylation modifie
l'interaction entre l'ADN et les histones, en relâchant la structure de la chromatine et
en facilitant l'accès des facteurs de transcription aux séquences régulatrices des gènes,
ce qui peut activer leur expression
On attribue deux grandes fonctions aux histones acétyltransférases (HATs) : leur
activité enzymatique acétyltransférase, et leur capacité à former des complexes
multiprotéiques («molecular scaffolding») en recrutant divers éléments de la
machinerie transcriptionnelle. Les HATs catalysent le transfert d’un résidu acétyl
depuis le cofacteur acétylcoenzyme A sur les groupements amines des résidus lysines
des histones, ou de protéines non-histones telles que les facteurs de transcription.
Le premier signal de répression est localisé sur l’ADN lui-même. Il s’agit de
groupements méthyl fixés sur des cytosines situées en 5’ de guanosines (« CpG island
»). Ces îlots CpG permettent le recrutement des HDACs par l’intermédiaire de protéines
liant ces groupements méthyls (methy-CpG- binding-domain-containing-protein) ou
d’enzymes de méthylation de l’ADN (DNA methyltransferases). La formation de tels
complexes constitue l’un des modes de régulation de l’activité HDAC, auquel il faut
ajouter la localisation subcellulaire de ces enzymes et les modifications post-
traductionnelles dont elles font l’objet, telles que la phosphorylation et la sumoylation.
L’activité enzymatique des HDACs, ainsi que leur participation à de nombreux
complexes de répression en font des corépresseurs transcriptionnels.
 La régulation des acétylations/déacétylations apparaît donc comme un phénomène
hautement contrôlé, en raison du grand nombre de HATs et HDACs mises en jeu, de
leur appartenance à divers complexes protéiques, au sein desquels peuvent se trouver
plusieurs HATs ou HDACs, des régulations post-traductionnelles dont elles font l’objet
et qui contrôlent leurs activités, ainsi que de la quantité grandissante de substrats non-
histones jouant un rôle particulier dans la transcription
11) Définir la phosphorylation des protéines. Indiquer le(s) résidu(s) sur le(s)quel(s) à
lieu la modification. Expliquer son mode de régulation et ses rôles biochimiques et
cellulaires.
-La phosphorylation est une réaction d'estérification de la chaîne latérale de la sérine,
de la thréonine ou de la tyrosine (chez les eucaryotes), par addition d'un ou plusieurs
groupement(s) phosphate.
-catalysées par des protéines kinases et des protéines phosphatases, est une
modification covalente qui peut modifier la fonction des protéines, soit en augmentant
ou en diminuant leur activité biologique, soit en les stabilisant ou en les dirigeant vers
le protéasome, soit en facilitant ou en inhibant leurs mouvements entre les
compartiments subcellulaires, soit en initiant ou en dissociant leurs interactions avec
d’autres protéines
-ATP comme donneur de phosphate
(Le mécanisme initial de la voie de signalisation des RTK implique
l’autophosphorylation du récepteur et le recrutement subséquent d’effecteurs
cytoplasmiques comportant des domaines SH2 ou PTB (phosphotyrosine-binding
domain). Ces protéines à domaine SH2 ou PTB transduisent ensuite le signal ou
modulent l’activité du récepteur. À l’inverse, les tyrosine kinases cytoplasmiques
possèdent des domaines d’interaction intrinsèques (SH2, SH3, PH...), qui peuvent
moduler l’activité de la kinase par des interactions intramoléculaires, ou diriger la
kinase activée vers des substrats spécifiques.)
12) Définir l'ubiquitination des protéines. Son procédé. Mono et poly-ubiquitination
en terme de rôles biochimiques et cellulaires.
-La fixation de l’ubiquitine sur une protéine cible se fait en trois étapes, catalysées par
trois enzymes. Le premier active l'ubiquitine. Le deuxième, appelé ubiquitine
conjugase ou UBC, fixe l’ubiquitine sur lui-même. Le troisième, appelé ubiquitine
ligase, transfère l'ubiquitine à la protéine cible. Remarquons cependant que
l’ubiquitination est un processus réversible. Il existe des hydrolases qui enlèvent les
ubiquitines de leurs cibles et permettent de les recycler.
-Dans le cadre de la mono-ubiquitination, certaines protéines marquées par
l’ubiquitine changent de localisation dans la cellule. C’est par exemple le cas pour la
protéine P53, qui se concentre normalement dans le noyau parce qu’elle porte deux
signaux d’adressage nucléaire, comportant de courtes séries d’acides aminés basiques
(arginine et lysine). Les signaux sont perçus par un système d’importation sélectif,
localisé dans les pores de l’enveloppe nucléaire. L’ubiquitination de la protéine P53 par
la ligase MDM2 l’autorise à quitter le noyau, vraisemblablement parce que ses deux
sites d’adressage nucléaire sont masqués. Curieusement, l’ubiquitination de la
protéine PTEN la fait migrer dans le noyau, où elle pourrait contribuer à maintenir
 l’intégrité des chromosomes, peut-être en stimulant le système de réparation des
coupures db dans l’ADN.
-La poly-ubiquitination se rencontre pour les protéines destinées à être détruites par le
protéasome. Le système ubiquitine / protéasome présente deux caractéristiques
essentielles, qui le distinguent du mode de dégradation assuré par de simples
protéases : il requiert pour fonctionner la fourniture d'énergie sous la forme d'ATP et
ne détruit qu'une partie des protéines, variable suivant les cellules et les circonstances.
Le protéasome est une protéase de très grande taille, comprenant une cinquantaine de
sousunités. Il reconnaît les protéines polyubiquitinées, les séquestre dans une cavité,
les coupe en petits fragments et relarque finalement l'ubiquitine, qui peut servir à
nouveau. Ces opérations s'accompagnent de l'hydrolyse de l’ATP en ADP et Pi
-L’ubiquitination favoriserait également l’internalisation des protéines
transmembranaires, et en particulier des récepteurs localisés dans la membrane
plasmique. Les récepteurs ubiquitinés seraient reconnus par des protéines
adaptatrices, qui facilitent la formation de vésicules à partir de la membrane.
L’ubiquitination renforce aussi l’efficacité de certains facteurs de transcription.
L’ubiquitine, fixée à un domaine d’activation du facteur, est reconnue par une protéine
coactivatrice, qui accroît l’affinité de l’ensemble pour l’ADN du promoteur.
13) Donner la définition de la fonction biochimique. Citer les 4 fonctions
biochimiques. Pour chacune des fonctions, pouvoir illustrer par des exemples
spécifiques, y compris les adaptations structurelles des protéines pour répondre à
une fonction donnée.
Fct bioch= rôle chimique d’une prot dans une cellule. Quatre fonctions biochimiques
des protéines peuvent être décrites : la fixation (ex : les enzymes doivent fixer des
substrats ainsi que des cofacteurs qui contribuent à la catalyse et des molécules
régulatrices qui les activent ou les inhibent.), la catalyse( enzymes), le rôle de
commutateur (ou switching protein( leurs propriétés de commutateurs reposent
essentiellement sur la fixation et sur l'hydrolyse de GTP)) et celui d'élément structural
(prot de structures se fixent à d'autres types de molécules pour former des structures
spécialisées telles que les microvillosités intestinales.) Plusieurs fonctions
biochimiques peuvent être remplies par une même protéine.
14) Définir les différences entre une fonction biochimique et une fonction cellulaire.
Illustrer par des exemples en comparant les deux catégories de fonction.
Bioch : le rôle biochimique d'une protéine donnée : s'il s'agit d'une enzyme, la fonction
fait référence à la réaction catalysée.
Cellulaire : la fonction englobe tous ces rôles, mais également les rôles cellulaires de la
protéine révélés, par exemple, par le phénotype de la délétion du gène qui la code ou
de la suppression de la voie dans laquelle elle intervient
Exemple de l’insuline :
• Fonction biochimique : binding protein (interagit avec un récepteur tyrosine kinase) •
Fonction cellulaire : augmentation de la synthèse protéique et prolifération
15) Décrire sur le plan structurel (primaire, secondaire, tertiaire) et fonctionnel (quel
type de fonction biochimique) la myoglobine, la TATA binding polymerase, EF-TU,
le collagène, les protéines Kinase.
Myoglobine : La myosine II est un homodimère formé de deux sous-unités principales,
chacune possédant une longue « queue » hélicoïdale et un domaine de tête contenant
un site de liaison pour un filament d'actine et un site catalytique. Structure primaire= 1
chaine polypeptidique de 154 résidus et structure secondaire= 8 hélices alpha
structure tertiaire= globine + hème. Les deux queues constituent un faisceau d'hélices
étiré qui s'associe aux faisceaux d'autres molécules de myosine pour former le filament
épais de myosine, dont saillent les têtes à intervalles réguliers. L’hydrolyse d'ATP au
niveau du site catalytique produit un changement conformationnel dans le domaine
de tête qui aboutit à une modification de la position de la tête sur le filament d'actine.
Ce mouvement fait glisser les filaments d'actine et de myosine l'un contre l'autre,
entraînant alors la contraction de la fibre musculaire. La myosine II est donc une
protéine structurale (elle forme des filaments), une protéine catalytique (une ATPase)
et une protéine motrice impliquée dans la mobilité cellulaire.
TATA binding polymérase :
EF-TU : facteur d’élongation au niveau des ribosomes qui permet l’interaction avec
l’ARNt en fct de la présence de GTP ou non
Collagène : Prot fibrillaire sécrétée par cellules du TC. La structure du collagène
cylindre hélicoïdal à triple hélice du collagène est une structure en faisceau dans
laquelle chacune des trois chaînes protéiques est constituée de séquencées répétées
GlyXY, où X est souvent une proline (dans l'exemple représenté ici, Y est également une
proline). La nature hydrophobe de cette répétition aboutit à un ensemble de sites
hydrophobes régulièrement espacés le long de chaque chaîne ; ces sites
complémentaires ainsi que les liaisons hydrogène entre ces chaînes (lignes rouges en
pointillés) maintiennent la triple hélice intacte. Dans les fibres de collagène, de
multiples triples hélices sont alignées bout à bout et côte à côte de manière régulière,
produisant les bandes sombres et claires observées lors de l'examen des fibres de
collagène sous microscope électronique. Fct= résistance méca à l’étirement
16) Définir un domaine protéique. Citer des exemples (noms + fonctions)

Le terme domaine est utilisé pour désigner différentes entités protéiques.

-le domaine comme une unité structurale capable de se replier indépendamment du
reste de la protéine.
-régions protéiques dont la fonction a été expérimentalement caractérisée
-séquences homologues que l’on peut rencontrer dans des contextes moléculaires
différents.
+ VOIR SCHÉMA EN ANNEXE
17) Illustrer par des exemples des protéines avec plusieurs fonctions biochimiques

1. L'hémoglobine : cette protéine est principalement connue pour sa fonction de

transporteur d'oxygène dans le sang. Cependant, elle joue également un rôle
important dans la régulation de l'acidité du sang et dans le transport de dioxyde de
carbone.
2. La myoglobine : tout comme l'hémoglobine, cette protéine est impliquée dans le
transport de l'oxygène. Cependant, elle est principalement présente dans les muscles
et joue un rôle crucial dans la fourniture d'oxygène aux cellules musculaires lors de
l'activité physique.
3. La transferrine : cette protéine est impliquée dans le transport du fer dans le sang.
Cependant, elle joue également un rôle important dans la réponse immunitaire en
aidant à éliminer les bactéries en se liant à l'ion fer.
4. Les collagènes : ces protéines sont les principaux constituants de la matrice
extracellulaire. Ils sont responsables de la résistance et de la souplesse des tissus
conjonctifs comme la peau, les os et les tendons. Cependant, ils sont également
impliqués dans la signalisation cellulaire et la régulation de la croissance cellulaire.
18) Définir une enzyme sur le plan structurel et fonctionnel.

Les enzymes sont des macromolécules spécialisées qui catalysent les réactions
biologiques et transforment différentes formes d'énergie.
- Leur taux de réaction est élevé. Les enzymes ont un pouvoir catalytique de 106 à 1012
fois supérieur aux réactions non catalysées, et de plusieurs ordres de grandeur
supérieurs aux réactions catalysées par des réactifs chimiques.
- Les réactions enzymatiques se font principalement dans des conditions
physiologiques.
- Les réactions enzymatiques sont très spécifiques, à la fois pour le substrat et pour le
type de réaction.
- Les réactions enzymatiques peuvent être modulées. La régulation de l'activité
enzymatique peut s'effectuer de façon allostérique, par des protéines régulatrices, par
une modification covalente de l'enzyme, par une activation protéolytique, par la
quantité d'enzyme produite, etc.
Sur le plan structurel : fonction due à la présence d’une site actif.
Sur la plan fonctionnel : site actif permet la transformation du substrat en produit.
19) Citer 5 caractéristiques qui définissent le site actif d'une enzyme

- Le site actif est une région restreinte par rapport à la protéine totale
- Le site actif est une région tridimensionnelle bâti à partir d'acides aminés qui
proviennent de différentes régions de la chaîne polypeptidique.
- Le substrat se fixe au site actif par des interactions faibles
- Les études cristallographiques des enzymes indiquent que le site actif est préformé,
c'est-à-dire qu'il existe à la surface des enzymes (hypothèse clé serrure), même en
absence du substrat. Cependant il est quelque peu flexible et s'ajuste après fixation du
substrat, selon l'hypothèse de l'induction de complémentarité ("induced fit").
- La spécificité de l'association enzyme-substrat dépend de l'arrangement précis des
atomes au site actif.
20) Définir : cinétique enzymatique, Vmax, KM, et Kcat

-Cinétique enzymatique : vitesse initiale de la réaction en fonction de la concentration

initiale de substrat
-Vmax : VM = k2 [E]0 = kcat [E]0 est la vitesse maximale initiale v atteinte pour la
concentration [E]0 et pour une concentration très grande de [S]0 devant KM
-KM : la valeur de la concentration en substrat lorsque la valeur de Vmax est divisée par
2
-Kcat : kcat (ou k2) est une constante de vitesse du premier ordre (unité s-1, c'est une
fréquence). kcat représente la fréquence à laquelle l'enzyme accomplit l'acte
catalytique (en anglais "turn over") lorsque l'enzyme est saturé en substrat
21) Définir un inhibiteur enzymatique. Citer les différents types d'inhibiteurs et
connaître leur influence au niveau de la cinétique d'une réaction enzymatique (KM
et VMax).
Un inhibiteur enzymatique est une substance se liant à une enzyme et qui en diminue
l'activité. Un inhibiteur peut empêcher la fixation du substrat sur le site actif en se
fixant à sa place (inhibiteur compétitif), ou provoquer une déformation de l'enzyme qui
rend celle-ci inactive (inhibiteur allostérique).
Inhibiteur allostérique : Vmax diminue, KM constante
Inhibiteur compétitif : Vmax constante, KM augmente (car affinité enzyme substrat
diminue)
22) Concernant la protéase HIV : de quel type de protéase s'agit-il, quels sont les
caractéristiques du site actif (liaison et catalytique) et la stratégie développée
pour la transformation du substrat en produit ?
L’aspartyl protéase, protéase HIV, change de conformation pour protéger le site actif
de l’eau et accélère la réaction à catalyser. Possède une structure semi ouverte, dimère
d’aspartate qui sont accessibles fermés, exclusion de l’eau et environnement
catalytique favorable, 2 aspartates sont collées et s’influencent mutuellement pour
favoriser la réaction, une molécule d’eau coordonnée par les 2 aspartates est activée
par un proton, la molécule d’eau polarisée (nucléophile fort) attaque le C du C=O de la
liaison peptidique.
23) Définir les adaptations structurelles et le mode de fonctionnement du site actif de
la chymotrypsine.
La chymotrypsine est une enzyme digestive qui catalyse la hydrolyse des liaisons
peptidiques des protéines. Son site actif est une crevasse profonde qui contient trois
résidus d'acides aminés catalytiques: l'aspartate 102, l'histidine 57 et la sérine 195.
Lorsque le substrat se lie au site actif, l'histidine 57 agit comme un acide, arrachant un
proton de la sérine 195, ce qui crée un nucléophile qui attaque le carbone central du
substrat, coupant la liaison peptidique. Les adaptations structurelles du site actif
permettent une spécificité pour les résidus d'acides aminés aromatiques, tels que la
phénylalanine, la tyrosine et le tryptophane.
24) Citer 5 stratégies que peuvent mettre en place les enzymes afin de leur permettre
de réaliser la transformation chimique du substrat en conditions adéquates.
-La capacité de certaines enzymes à protéger leur substrat du solvant aqueux en
utilisant des changements conformationnels qui referment le site actif et le protègent
de tout contact avec le solvant est importante pour leur permettre d'accélérer les
réactions qu'ils catalysent.
-Pour catalyser ces réactions, les enzymes doivent réussir à dépasser l'état de
transition d'énergie libre très élevée qui empêche la réaction de se dérouler dans des
conditions modérées. Un des moyens d'y parvenir, consiste à fractionner la réaction en
de multiples étapes ; chacune ayant un état de transition d'énergie libre plus faible. Le
« produit » de chaque étape individuelle est un intermédiaire réactionnel relativement
instable.
-Dans certains cas, une enzyme peut catalyser plusieurs transformations chimiques. Ce
type d'enzyme peut alors parfois être composé d'une chaîne polypeptidique unique
avec un ou plusieurs sites actifs, ou de plusieurs chaînes polypeptidiques possédant
chacune un site actif.
-Dans les enzymes bifonctionnelles qui catalysent deux réactions différentes dans le
même site actif, la seconde réaction est simplement une conséquence chimique
inévitable de la première, car le produit de la réaction initiale est chimiquement
instable.
-Une deuxième classe d'enzymes bifonctionnelles contient deux domaines repliés
indépendamment dont les sites actifs sont distincts et ne se chevauchent pas. Bien
qu'il existe quelques exceptions, le produit d'un site actif est généralement le substrat
de l'autre site.
25) Citer 4 types de protéases et définir pour chacune de ces protéases le principe de
transformation du substrat en produit (Nucleophile fort, nombre étapes, etc.).
4 classes de protéases :
-à sérine, à cystéine (mécanisme à 2 étapes en utilisant la sérine/cystéine pour
promouvoir l’attaque nucléophile de la liaison peptidique par un autre a.a. du site
actif).
- à glutamate, à aspartate (mécanisme en 1 étape où l’eau est activée pour jouer le rôle
de nucléophile fort pour attaquer le lien peptidique).
26) Expliquer pourquoi l'isoleucine est considérée comme inhibiteur allostérique.

Dans les chaînes métaboliques, le produit final obtenu en bout de chaîne peut être un
effecteur inhibiteur d'une enzyme allostérique du début de la chaîne. Plus la quantité
du produit final augmente, plus la réaction qui le produit ralentit. C'est ce qu'on
appelle un mécanisme de contrôle par rétro-inhibition (plus l'effet augmente, plus la
cause responsable de cet effet diminue). L'isoleucine est un acide aminé essentiel dans
la synthèse des protéines. Si cet acide aminé vient à manquer, certaines cellules (les
bactéries, par exemple) peuvent en fabriquer à partir d'un autre acide aminé, la
thréonine. Si l'isoleucine est abondante dans la cellule, la plupart des thréonine-
désaminases (l'enzyme 1 sur le dessin) sont inactivées. En effet, l'isoleucine est un
 effecteur inhibiteur de cette enzyme. Plus l'isoleucine est abondante, plus il y a de
thréonine-désaminases inactivées et moins il y a d'isoleucine produite.
27) Expliquer le mode de régulation de l'activité de la cyclooxygénase en présence de
substrat et/ou d'inhibiteur. Citer 2 inhibiteurs de la cyclo-oxygénase.
-L'aspirine inhibe la cyclooxygénase active (L'inhibition irréversible est un mécanisme
où l'inhibiteur forme un complexe stable avec l'enzyme qui l'inactive de façon
permanente. L'enzyme reconnait l'inhibiteur comme son substrat et entame le
processus de modification de ce dernier. Intervient alors une étape au cours de
laquelle l'inhibiteur modifié devient très réactif et se lie de façon très stable à l'enzyme.
L'enzyme contribue ainsi à sa propre inactivation irréversible d'où le nom d'inhibition «
suicide »).
Inhibiteurs : aspirine et ibuprofène.
28) Décrire le mécanisme d'adressage des protéines à la membrane plasmique.
Pouvoir envisager tous les cas de figure. Faire un schémas de la structure
primaire.
ANNEXE 3
29) Décrire le mécanisme d'adressage des protéines vers l'appareil de Golgi ou
lysosomes, ou le RE, ou la mitochondrie, ou le noyau (lieu de synthèse des
protéines, types de peptides signaux et reconnaissance, acteurs du transport,
etc.)
-noyau : synthèse dans le cytosol. Le mécanisme de transport des protéines et des
autres macromolécules à travers les pores de l'enveloppe nucléaire est tout à fait
différent de celui qui intervient dans le transport des protéines à travers les
membranes des autres organites. Les transferts s’effectuent en effet par un pore
aqueux à ouverture contrôlée et non par l'intermédiaire d'un transporteur. Le passage
des grosses protéines à travers les pores nécessite des signaux, qui correspondent à de
courtes séquences d'acides aminés, variables selon les protéines, mais toujours riches
en résidus chargés positivement, lysine et arginine. Il fait intervenir le transporteur
central. Il peut se faire dans les deux sens. Les séquences NLS (Nuclear Localisation
Signal) permettent le transport cytoplasme-noyau et les séquences NES (Nuclear
Exportation Signal) permettent le transport noyau/cytoplasme. Certaines protéines
portent les deux signaux NLS et NES. La séquence NLS peut être bipartite comme dans
la nucléoplasmine. Le transport d'une protéine nucléaire requiert son interaction avec
des protéines cytosoliques, les importines, qui se lient aux signaux de reconnaissance
nucléaires « NLS » des protéines transportées (ou aux exportines qui reconnaissent les
signaux d’exportation « NES ») et à une protéine G monomérique, la protéine Ran.
L’importine a reconnaît dans le cytoplasme la séquence NLS puis s’associe à
l’importine b. L’importine b assure la fixation sur le complexe pore et la translocation
énergie-dépendante jusqu’au noyau. L’importine b interagirait avec les
nucléoprotéines et faciliterait la traversée du transporteur central. Au cours du
passage, l'ouverture du pore se dilate très largement à la manière d'un diaphragme,
passant de 9 nm à 25-30 nm.
-Mitochondrie : 1% des prots mitocondriales sont produites dans la matrice
mitochondriale. La majorité des protéines mitochondriales est codée par l’ADN
nucléaire et produite dans le cytosol sous forme de précurseurs. Accompagnés ou non
 de chaperonnes, les précurseurs intègrent la mitochondrie via le complexe TOM,
localisé au niveau de la membrane externe (Figure 7.8). Ce
complexe est une translocase composée de différents modules, dont un canal, qui peut
faire passer des macromolécules à travers la membrane externe. Les protéines
adressées à l’intérieur de la mitochondrie doivent traverser le canal, sous forme repliée
ou non. Les protéines contenant une région cationique sont guidées à travers le
complexe par des interactions électrostatiques et hydrophobes et traversent le canal
sous forme linéaire. Les protéines complexées à des chaperonnes peuvent se replier
sous forme de boucle et traverser le canal, la boucle en premier et les extrémités en
dernier. Toutes les protéines mitochondriales possèdent un signal d’adressage
responsable de leur translocation vers les différents compartiments mitochondriaux.
Malgré leur grande diversité, nous pouvons séparer ces signaux en trois catégories : les
clivables, les non clivables et les signaux internes possédant une cystéine.
-RE : La translocation de protéines au travers des membranes du RE a été caractérisée
et implique la reconnaissance d'une séquence signal hydrophobe en la partie N-
terminale de la protéine en cours de synthèse par le complexe SRP (pour Signal
Recognition Particle), son attachement à la membrane via un récepteur pour le SRP
ainsi que la liaison entre le ribosome et le complexe protéique Sec61p qui assure le
passage du brin protéique au travers de la membrane. La translocation correspond à
un passage direct des protéines au travers de la membrane via des complexes
protéiques formant des pores, spécifiques de chaque organelle. Il a lieu de façon co-
traductionnelle dans les membranes du RE des cellules de mammifère.
-Appareil de Golgi : L'appareil de Golgi ne contient pas vraiment de membranes ou
même de protéines qui lui sont propres ; il représente un point de rencontre
transitoire, pour les lipides et protéines en route pour des destinations cellulaires ou
extracellulaires multiples. Le transport des macromolécules entre deux compartiments
repose sur un flux bidirectionnel de vésicules tant pour la voie de l'exocytose
(biosynthèse-sécrétion) que celle de l'endocytose.
-Lysosome : Tri et ciblage des hydrolases lysosomales nécessite deux signaux: 1er
signal de tri : acquisition d'un ou plusieurs groupements mannose 6 phosphate (M6P)
par les hydrolases. Les hydrolases lysosomales sont des protéines N-glycosylées qui
acquièrent ce groupement au niveau des compartiments golgiens cis et médian. 2ème
signal de tri: liaison du M6P à son récepteur (M6P- R) La capacité de liaison n'est
acquise que dans le trans Golgi. Les hydrolases sont ensuite dirigées vers le
compartiment post-golgien. Lors de la formation du lysosome dans ce compartiment
le pH devient acide, ce qui conduit à la dissociation des hydrolases de leur récepteur
(M6P-R). Les hydrolases restent dans la lumière du lysosome alors que les récepteurs
sont recyclés par formation de vésicules à partir du lysosome.
30) Décrire les étapes d'exocytose constitutive des protéines en commençant par leur
synthèse
La synthèse des protéines commence dans le cytosol, puis chaque molécule néo
synthétisée est ensuite transmise spécifiquement au compartiment cellulaire qui en a
besoin. Toutes les protéines sont synthétisées par les ribosomes au niveau du cytosol,
hormis quelques-unes qui sont produites par les ribosomes des mitochondries et des
chloroplastes. Les ribosomes traduisant une molécule d'ARNm peuvent être libres
dans le cytosol ou liés à la membrane du réticulum endoplasmique (RE). Mais à partir
 de ce site de synthèse, elles sont acheminées vers leur destination finale selon trois
voies essentielles.
Une fois synthétisées, la majorité des protéines demeurent dans le cytosol.
D'autres sont dirigées vers différents organites, mitochondries, chloroplastes,
peroxysomes, noyau. Ces protéines doivent passer du cytosol à l'un des organites
mentionnés ci-dessus à travers la membrane de l'organite, ce qui nécessite la présence
dans celle-ci de protéines de translocation particulières.
Dans une autre voie, les protéines sont tout d'abord transférées dans le RE, dans ce cas
les synthèses protéiques sont réalisées par des ribosomes associés à la face
cytosolique des membranes du RE, ce qui définit un RE granulaire ou rugueux, le REG).
Ce transfert nécessite également la présence d'un signal de tri, situé au début de la
protéine, et d’un complexe de translocation (parfois appelé translocon) à la membrane
du RE. Une fois parvenues dans la lumière du RE, les protéines peuvent soit rester
partiellement intégrées dans la membrane du RE, en tant que protéines constitutives
ou non, soit être entièrement libérées de toute attache avec la membrane. Les
protéines intégrées et les protéines luminales sont alors transportées par
l'intermédiaire de vésicules de transport du RE via l'appareil de Golgi où elles sont
triées et dirigées vers d'autres compartiments cellulaires, lysosomes, vésicules de
sécrétion, ou vers la surface cellulaire, mais les protéines luminales résid
31) Décrire les signaux intrinsèques qui gouvernent leur transport et la localisation
des protéines lors des mécanismes d'adressage.
 Les séquences signal qui mettent en route la translocation d’une protéine à travers une
membrane (RE, mitochondrie, chloroplaste). Quand une protéine est transférée à
travers une membrane (RE, chloroplaste, mitochondrie), son signal de tri est reconnu
par la protéine membranaire de translocation. Dans beaucoup de transferts, le signal
de tri correspond à une séquence particulière d'acides aminés, appelée peptide signal,
qui peut être enlevé de la protéine par un signal peptidase, une fois le tri réalisé.
 Les séquences de tri permettant de diriger (et/ou de retenir) les protéines vers des
compartiments spécifiques (noyau, peroxysomes, lysosomes, rétention dans RE,...).
 Des séquences d’insertion responsables de l’intégration des protéines dans les
membranes.
 Les séquences d’arrêt de transfert capables d’interrompre le processus d’intégration
dans la membrane. Ces signaux de tri peuvent prendre la forme de courtes séquences
d’acide aminés (le devenir cellulaire d’une protéine est bien inscrite dans son gène) ou
de modifications covalentes dans les protéines (ex : glycosylation, phosphorylation,
ubiquitination).
32) Définir une canalopathie. Spécifier le type de protéine(s) impliquée(s). Donnez des
exemples de canalopathie
Une canalopathie est une maladie générée par une mutation des gènes qui codent
pour des protéines et des canaux ioniques. Cette mutation peut être caractérisée par
un gain ou une perte de fonction. On retrouve des canalopahties cardiaque, cérébrale,
musculaire, épithéliale ou encore rénale.
 Les canalopathies musculaires sont des maladies génétiques rares qui sont le résultat
de mutations génétiques sur un gène codant pour un canal ionique musculaire
voltage-dépendant (au niveau de la membrane). Cette mutation perturbe l’excitation
de la membrane musculaire et donc la contraction du muscle. La transmission peut
être autosomique dominante ou récessive selon la maladie. Il existe 2 grandes
catégories, les paralyses périodiques et les syndromes myotoniques non-
dystrophiques. Ces maladies se caractérisent par des excès de paralysies ou de
myotonies qui apparaissent dans les 20 premières années de vie.
Les myotonies congénitales sont un type de canalopathies musculaires. C’est un
syndrome myotonique non-dystrophique et plus précisément une canalopathie du
canal chlore. Il correspond à un retard de relaxation après une contraction qui peut
provoquer une raideur musculaire. Il existe 2 formes, la maladie de Thomsen et la
maladie de Becker. Elles impliquent le même gène ClCN-1 qui code pour un canal
chlore. Celui-ci est presque exclusivement exprimé dans les MSS. L’ouverture et la
fermeture du canal est contrôlé par 2 mécanismes. Le mécanisme de la porte
commune (dysfonctionnement -> Thomsen) commande l’ouverture et la fermeture des
2 pores du canal en même temps et le mécanisme de la porte dite rapide
(dysfonctionnement -> Becker) qui commande chaque proto-pore individuel. Ces 2
mécanismes sont les principales différences entre Thomsen et Becker (plus sévère).
Les mutations sur gène vont conduire à une perte de fonction résultant en une
hyperexcitabilité de la membrane musculaire ce qui augmente la probabilité
d’ouverture des canaux sodiques dont les décharges répétées se traduisent par la
myotonie. La mutation G411C entraine une impossibilité pour la protéine produite
d’attendre la membrane plasmique et elle reste donc bloquée dans le cytoplasme. Il y
a un mauvais repliement de la protéine. Cette mutation est une forme sévère de la
maladie de Becker.
Mucoviscidose : C’est une maladie héréditaire autosomique récessive. Les fonctions
respiratoires et digestives sont les plus touchées. Il s’agit d’une canalopathie
épithéliale avec un trouble du fonctionnement des canaux chlorure. Il y a de
nombreuses mutations du gène CFTR causant une perte de fonction. Ce gène est
exprimé au niveau de l’épithélium des voies aériennes supérieures, au niveau de
l’intestin et du pancréas. Quand le canal CFTR est non-fonctionnel, il y un amas de
mucus qui se forme à la surface de la cellule. Le délétion de la phénylalanine 508
engendre un mauvais repliement qui fait que la protéine va mal s’insérer ou ne pas
s’insérer dans le membrane. Le chlore est mal transporté ce qui entraine une mauvaise
conductance des fluides. Le gène CFTR code pour une protéine multifonctionnelle
(nombreuses fonctions). Il y a 6 classes de mutations. delF508 fait partie de la classe 2
(protéine mal synthétisée) et est la plus fréquente. Dans les classe 1 et 2, la protéine
n’atteint pas le membrane et n’est donc pas fonctionnelle contrairement aux classes 3
à 6 où la protéine arrive à la membrane.
33) Définir une amyloïdose (origine, propagation, mode de fonctionnement). Donner
des exemples d'amyloïdose en spécifiant les protéines impliquées et le tissu
majoritairement affecté.
Les amyloïdoses sont un ensemble de pathologie avec comme caractéristique
commune, une accumulation de dépôts protéiques appelé substance amyloïde. Cette
substance peut se former dans pratiquement tous les tissus et organes dans lesquels
elle va occuper un certain espace et causer un dysfonctionnement parfois multiviscéral
car elle engendre un perturbation mécanique. Les dépôts amyloïdes sont inertes
même si certaines substances amyloïdes ont une toxicité cellulaire directe. Ces
maladies engendrent de nombreuses lésions ischémiques, hémorragiques entrainant
d’importantes lésions vasculaires. C’est une maladie qui fait partie des maladies de
surcharge.
Il existe une grande variété de causes qui dépendent de la protéine mal repliée. Les
protéines sensibles au mauvais repliement et à l’agrégation peuvent être mutantes ou
normales de type sauvage. Les amyloïdoses peuvent être primitives et n’avoir aucun
rapport avec une maladie préexistante ou être secondaire à une inflammation.
Organes les plus touchés : cœur, rein, TD, foie, peau, nerfs et œil
Les dépôts d’amyloïdoses sont de nature essentiellement protéique et peu glucidique.
Ils sont formée de fibrilles amyloïdes, elles-mêmes constituées de protéines mal
repliées qui se regroupent en oligomères puis en fibrilles insolubles. De plus, on y
retrouve le composant amyloïde P et des glycosaminoglycanes. Les fibrilles font partie
des facteurs de développement de la maladie ainsi qu’un dysfonctionnement de
l’élimination des protéines mal repliée. Environ 20 protéines forment ces agrégations
pathologiques. L’étape clé du mauvais repliement de ces protéines est un changement
de conformation de la protéine native en une protéine apte à l’auto-agrégation
essentiellement formé de feuillet béta.
Le substance amyloïde est composée à 95% de protéines fibrillaires (dépend de
chaque type d’amyloïdose) et à 5% de glycoprotéines (composant P -> constant pour
tous les types d’amyloïdoses). Les amyloïdoses sont formée de fibrilles droites non
branchée d’environ 10nm de diamètre et d’une longueur variable. Chaque fibrille est
composée de 2 filaments dont les chaines polypeptidiques sont disposées en feuillets
béta antiparallèle (responsable de l’insolubilité et du dépôt sous forme de fibrille).
NB : repliement des protéine afin d’obtenir une configuration 3
thermodynamiquement favorable (partie hydrophobe vers l’intérieur).
Les liaisons covalents qui stabilisent le repliement normal d’un protéine entrainent
une certaine flexibilité et donc un mauvais repliement. Les parties hydrophobes
peuvent se retrouvées exposées et interagir avec d’autres parties hydrophobes ce qui
provoquent l’agglomération.
Causes du mauvais repliement : âge, maladies infectieuses/inflammatoires, personne
ayant subi dialyse, mutation héréditaire
Exemples d’amyloïdoses : protéine AL (chaine légère amyloïde) venant des
plasmocytes et correspond à une chaine légère d’Ig, protéine AA qui est le dépôt de
substance amyloïde dérivé de la protéine YA (métabolisé par le foie en réponse à une
inflammation), transthyrétine (mutée ou sénile), protéine béta-amyloïde (lésions
cérébrales de la maladie d’Alzheimer), béta-2-microglobuline (insuffisance rénale
chronique).
Les symptômes sont souvent vagues et peu spécifique au début. La biopsie est la
technique de
détection la plus efficace et permet de détecter n’importe quel type d’amyloïdose. Les
autres mode de diagnostic sont propre à chaque type d’amyloïdoses.
 Selon le type d’amyloïdose, les organes touchés ne sont pas les même.
Il y a des traitements différents selon le type d’amyloïdose et donc de l’organe touché.

34) Décrire la structure du collagène. Quelle enzyme est impliquée dans la maladie
d'Ehlers-Danlos?
La maladie d’Ehlers-Danlos est un groupe de maladie génétique autosomale
dominante causée par une synthèse de collagène défectueuse. Il existe 13 variantes de
la maladie toute causant des mutations affectant différents types de collagène.
Le collagène est une protéine qui procure soutient et élasticité au TC. On le retrouve
dans le peau, les ligaments, les tendons et les os. Le collagène est produit par les
cellules de soutien du TC et il en existe 28 types. Tous les collagènes ont des
caractéristiques communes. Ce sont des protéines trimériques, ils possèdent au moins
une partie en triple hélice et sont sécrétés dans le MEC.
Normalement la synthèse de collagène se fait en 2 phases, une phase intracellulaire et
une phase extracellulaire. L’ARNm est traduit en propeptide qui sont les chaines alpha.
Ces chaine alpha sont constituées d’une séquence en AA avec une glycine tous les 3 AA
suivi le plus suivant d’une proline et d’une hydroxyproline. Elles vont ensuite subir
l’hydroxylation des résidus proline et lysine. Le phénomène de glycosylation va former
le procollagène qui va s’associer par 3 pour former une triple hélice. Les régions
terminale de la triple hélice ne sont pas hélicoïdales et forment des ponts disulfure
entre elles pour maintenir la structure du procollagène. Après passage dans l’appareil
de Golgi, les molécules sont expulsées par exocytose. Au cours de la phase
extracellulaire, les peptidases clivent les extrémités non-hélicoïdales pour former le
tropocollagène. Les molécules de tropocollagène s’associent en fibrilles, en fibres puis
en faisceaux. La lysine oxydase intervient ensuite par transformer les groupements
hydroxyles en carbonyles. Cela permet le pontage des molécules de tropocollagènes
entre elles pour former le collagène. Le collagène est constitué de 3 chaines
polypeptidiques alpha enroulées entre elles en triple hélice.
Dans le cas du syndrome d’Ehlers-Danlos classique, il y a des mutations dans le
collagène de type 5. La synthèse de collagène va alors être défectueuse. Dû à des
mutations, la lysyl oxydase se retrouve en déficit donc les groupe hydroxyles ne seront
plus transformée en aldéhyde. Le pontage sera ainsi perturbé et le collagène
désorganisé et altéré.
35) Définir la bio-production de protéine recombinante. Quels sont les hôtes
possibles. Citer les avantages et inconvénients de ce mode de production pour
chacun des hôtes. Connaitre des exemples spécifiques.
La bio-production est la production de médicaments basés sur des macromolécules
biologiques si complexes qu’elles ne peuvent être fabriquées que par des systèmes
biologiques vivants. Les fruits de la bio-production sont notamment les vaccins, la
thérapie génique et la thérapie cellulaire.
Les techniques de bio-production sont basée sur l’ADN recombinant, c’est-à-dire de la
sélection et fusion de gènes.
Il faut produire la protéine d’intérêt dans une cellule hôte via un vecteur d’expression
préalablement modifié de telle sorte qu’il contienne le gène cible.
Il existe une grande variété d’hôte pouvant être utilisé pour produire une protéine
recombinante. Le choix de ceux-ci se fait en fonction de l’utilisation désirée. Les
mécanismes cellulaires de l’hôte ont une grande influence sur ce choix. Un critère
important pour la sélection d’hôtes est le rendement génique, il s’agit de la capacité de
l’hôte à exprimer une protéine d’intérêt insérée dans son génome.
Bactéries : E. coli est la plus utilisée
Avantages : faible cout, rendement élevé, facilité pour une culture en masse et la
modification génétique
Inconvénients : modifications post-traductionnelles impossibles, mauvais repliement
des protéines, contamination des protéines par des endotoxines
Levures et champignons : saccaromyces cerevisiae (utilisé pour le vaccin contre
l’hépatite B car il a la capacité de sécrété des molécules semblent aux humaines ce qui
les rend moins immunogène)
Avantages : faible coût, rendement élevé, modifications post-traductionnelles
possibles
Inconvénients : hyperglycolisation (provoque réactions immunitaires non désirées),
protéines complexes reste compliquées à fabriquer
Insectes :
Avantages : modifications post-traductionnelles similaires à celles de mammifères,
présence de chitine (grande résistance contre agression physique, par des virus et
pathogènes variés) dont les dérivés ont des propriétés antifongiques et
antibactériennes remarquable, faible coût
Inconvénients : système protéolytique qui limite la production de protéines
Végétaux :
Avantages : capacité de production de protéines complexes, faible coût, modifications
post- traductionnelles possibles, immunité des eucaryotes contre les pathogènes
végétaux
Inconvénients : hyperglycolisation (production de protéines immunogènes)
Mammifères : utilisation de cellules de mammifères comme hôte est la plus efficace
pour produire des protéines humaines
Avantages : modifications post-traductionnelles identiques à tous les mammifères,
repliement toujours adéquat, destination adéquate, glycolisation identique,
élaboration de vaccins pour certaines lignées
Inconvénients : coût très élevé, durée de production longue, culture complexe
Œufs embryonnés :
Avantages : modifications post-traductionnelles identique, repliement toujours
adéquat, technique répandue pour la fabrication de vaccin contre la grippe (humaine
et animale)
Inconvénients : culture complexe, durée de production longue, pas de production
massive, processus de sélection qui ralentissent la production
 Animaux transgéniques (animal dont le patrimoine génétique fut modifié par
l’Homme) : peu utilisé à l’heure actuelle
Avantages : production de grande quantité de protéines dans le sang, le plasma
séminal ou le lait (gène de l’antithrombine de l’Homme inséré dans le génome d’un
embryon de chèvre qui produit la protéine dans son lait)
Inconvénients : onéreux, durée de production longue. Le choix de l’espèce se fait en
fonction du facteur temps. Le cycle de développement des animaux de grande taille
n’est pas compatible avec le développement pharmaceutique.
La production de protéines via bactéries et levures est le système par excellence pour
l’obtention de molécules simples car ils sont très compétitifs. Le système utilisant les
cellules de mammifères permet de produire des molécules complexes à potentiel
thérapeutique élevé.
36) Expliquer en quoi un peptide peut constituer un agent thérapeutique. Spécifier les
catégories de peptides et leur intérêt.
Les peptides sont récemment devenu une nouvelle source de solutions thérapeutiques
en raison de leur taille adéquate, de leur faible risque de toxicité ainsi que de leur
sélectivité et spécificité.
Peptides naturels (= peptides bioactifs) : ils sont produit par notre organisme ou sont
des dérivés de certaines protéines. Les AA qui les composent ont des groupes
fonctionnels qui permettent une bonne sélectivité et affinité envers leur cible. Un
peptide peut être considéré comme bioactif s’il a un effet physiologique positif au sein
de l’organisme. Propriétés pharmacologique : antioxydantes, antimicrobiennes, anti-
inflammatoires, antivirales, anti-cancéreuses Ils sont une taille inférieur à 20 AA Ex :
cyclosporine (propriétés immunosuppressives)
Peptides vecteurs : ce ne sont pas réellement des molécules médicamenteuses mais
servent au transport de molécules thérapeutiques dans le corps. Ils doivent donc être
capable de traverser la membrane plasmique des cellules (soluble dans milieu
hydrophile et hydrophobe). Pour rentrer dans la cellule, ils doivent interagir avec un
récepteur. Caractéristiques : taille de 30 AA, amphipatique, nature cationique, liaisons
covalentes ou non des molécules médicamenteuses au peptide vecteur Ils sont aussi
utilisés pour transporter des marqueurs fluorophores ou radioactifs en IRM. Avantage :
transport d’un grand nombre de molécules différentes comme des Ac ou Ac.
nucléiques Ex : maurocalcine, peptide pVec (dérive d’une protéine transmembranaire),
peptide TAT, peptide PEP-1
Peptidomimétriques (pseudo-peptides) : ce sont de petites molécules qui miment
les propriétés bioactives d’un peptide. Elles sont donc utilisés comme substitut de
peptides actifs. Avantage : améliorent les propriétés physiologiques des peptides en
augmentant la stabilité métabolique ou restreindre la mobilité conformationnelle
Utilisation des AA D au lieu de L pour diminuer leur vitesse de dégradation dans le
corps car ils sont moins sensible aux enzymes qui éliminent les peptides. 3 catégories
qui se différencient par leur structure, type, conformation et interaction
Ex : enfuvirtide, traitements de cancers, antimicrobiens