UE2 : BIOCELLULAIRE

LE CYTOSOL
I- Introduction
A- Définitions

A l’intérieur des cellules, le trafic peut s’effectuer soit via des vésicules soit dans le cytoplasme à
travers le cytosol via, éventuellement, l’aide du cytosquelette.
 Le cytoplasme est l’espace situé entre la membrane plasmique et l’enveloppe nucléaire qui
contient des organites et des macromolécules. C’est la phase liquide qui comporte de
nombreux organites (RE, Golgi…), des structures en suspension dans le cytosol (ribosomes,
macromolécules du cytosquelettte, inclusions lipidiques…) et les ARNm matures.
 Le cytosol/hyaloplasme : phase liquide, translucide du cytoplasme non occupé par les
organismes.
→ Il s’agit du surnageant du cytoplasme après élimination du matériel particulaire
(organites, vésicules …) par des centrifugations successives.
→ Son volume varie selon les types cellulaires il représente jusqu’à 50% du volume de
la cellule
→ =lieu de trafic intracellulaire des molécules qui transitent soit par des molécules de
transports soit par le système vésiculaire
→ Lieu de synthèse, de modification (ex : isoprénylation des lamines) et de
dégradation des molécules.

B- Composition

Le cytosol est composé de :

- 85% d’eau contenant de nombreuses substances chimiques,
- acides aminés, nucléotides, des sucres simples servant à la fabrication des molécules
complexes
- ions en très grande quantité : sodium, potassium et calcium
- dioxyde carbone produit par des réactions biochimiques
- Inclusions lipidiques et du glycogène
- macromolécules endocytées
- enzymes nécessaires aux réactions biochimiques.
- acides nucléiques, en particulier des ARN qui vont intervenir dans les mécanismes de
traduction
- protéines du cytosquelette et associées.
Selon les interactions des protéines à l’intérieur du cytosol, la consistance du cytosol peut varier : +/-
visqueux. Lorsque les interactions sont fortes, on aura un cytosol qui va être plutôt visqueux et
inversement. La viscosité étant basée sur des interactions, elle peut donc changer rapidement.

II- Fonctions du cytosol

1- Le métabolisme du glucose et la production d'énergie
Le glucose entre dans les cellules pour subir la glycolyse (processus anaérobie).
 Ceci aboutit à la formation de pyruvate qui suite à son entrée dans la mitochondrie aboutit à
la formation d’ATP.

2- La synthèse des protéines, leurs modifications et leur adressage

1- Synthèse
Le cytosol est lieu où s’effectue le début de la synthèse protéique, et ce quel que soit le devenir de la
protéine.

La première étape préalable à la synthèse des protéines est l’activation des acides aminés.
 Chaque acide aminé se lie à un ARNt et ceci au cours d’une réaction enzymatique
consommant de l’énergie.
 On considère que le cytosol est le site de synthèse :
 De la totalité de ses propres protéines (enzymes, constituants du cytosquelette, …),
 De la majoritédes protéines des mitochondries (matrice et protéine de la membrane),
 De la totalité des protéines contenues dans le nucléoplasme,
 Des protéines extrinsèques de la membrane plasmique (face cytosolique)
 Des protéines G (capable d'hydrolyser le GTP)

La synthèse des protéines est aussi appelé phénomène de traduction.

 En effet des ARNm vont être décodés pour être transformés en polymères.
 On passe d’une succession de nucléotides à une succession d’acides aminés d’où le terme de
traduction. Elle nécessite l’usage de « dictionnaire » : le code génétique.

Dans un nucléotide, la seule partie variable est la base (le sucre et le phosphate sont identiques).
Ainsi seules les bases sont impliquées dans le code génétique.
 On dénombre 4 bases pour 20 acides aminés.
 Un code à trois lettres permet de coder l’ensemble des acides aminés (43= 64).
 On parle de codon.
 Il existe un codon initiateur : AUG = Méthionine
 Il existe trois codon dits «STOP» ou « non-sens : UAA, UAG et UGA. Ces derniers ne codent
pas pour des acides aminés mais servent à arrêter la synthèse de la chaine polypeptique.
 Mis à part la méthionine et le tryptophane, tous les acides aminés sont codés par deux
codons ou plus.

 Liaison peptidique : formation d’une liaison amide entre un acide aminé par son extrémité
COOH avec le groupement NH2 de l’acide aminé suivant avec élimination d’une molécule
d’eau.
  Le code génétique possède 3 propriétés :
→ Universel : il est identique pour TOUS les organismes (animaux, plantes, bactérie)
→ Dégénéré : un même acide aminé peut être codé par plusieurs codons
→ Non chevauchant : l’ARNm est lu codon par codon

La traduction se déroule dans le cytoplasme au niveau des ribosomes. Ces deniers vont recevoir
divers éléments nécessaires à la traduction : ARNm et ARNt.
Dans la grande sous-unité, on note l’existence de la peptidyl transférase permettant l’allongement de
la chaine polypeptique. Cette dernière est constituée d’une succession d’acides aminés liés par des
liaisons amides. A chaque liaison, il y a élimination d’une molécule d’eau.
 L’ordre des acides aminés est défini par l’ARNm.

La traduction s’effectue en 3 étapes :

 Initiation
 Elongation : accrochage des acides aminés les uns aux autres
 Terminaison : libération de la chaine peptidique suite à la rencontre d’un codon
STOP
Les mécanismes généraux sont identiques mais on note des différences entre les eucaryotes et les
procaryotes notamment au niveau des facteurs d’initiation, élongation et terminaison.
a- 1ère étape de la traduction : L’initiation

La traduction commence par l’activation du premier acide aminé : la méthionine (/!\ : ce n’est pas
forcément le premier acide aminé de la protéine).
 L’amino-acyl ARNt synthétase transforme l’amino-acyl (via de l’ATP) en amico-acyl-AMP
(libération Pi).
 Puis, par rupture de la liaison, l’enzyme transfère l’amino-acyl sur l’ARNt.
 On obtient ainsi un acide aminé lié à un ARNt.
 Ce mécanisme se fait pour la méthionine mais aussi pour chaque acide aminé ajouté.
 L’activation est obligatoire.

Au début de l’initiation, les deux sous-unités deux ribosomes sont dissociées.

 Des facteurs d’initiation (eIF) vont s’associer à la coiffe située à l’extrémité 5’.
Ils seront rejoints par la petite sous-unité (40S) elle-même associée à d’autres facteurs : eIF
2A+GTP, ARNt lié à la méthionine.
 Cet ensemble va commencer la lecture de l’ARNm via une hélicase à activité ATPasique.
 Lorsque qu’il rencontre un codon AUG, le facteur eIF 2A hydrolyse le GTP auquel il est lié,
entrainant la dissociation des facteurs d’initiation.
 Ce départ permet à la grosse sous-unité de venir se fixer. On obtient ainsi un complexe de
80S fonctionnel. L’initiation est terminée

b- 2ème étape de la traduction : L’élongation

A chaque ajout on observe :
 L’activation de l’amino-acyl ARNt sur le ribosome grâce au GTP et à eEF1
 La formation d’une liaison entre l’amino-acyl et le site A (petite sous-unité)
  Transfert spontané du peptide sur le site A : transpetidation (par une peptidyltransferase
présente dans la grande sous unité)
 La libération de l’ARNt « vide » (site P)
 La translocation du site A au site P grâce au facteur eEF2 (=translocase) et l’hydrolyse du
GTP
Ce cycle va avoir lieu jusqu’à l’étape de terminaison

c- 3ème étape de la traduction : La terminaison

Lorsque la machinerie traductionnelle rencontre un codon STOP, le facteur eRF (=facteur de
terminaison unique eRF chez les eucaryotes. Le facteur eRF a une structure tridimensionnelle, très
proche d’un ARNt) va s’y lier au niveau du site A.
La libération du peptide se fait par hydrolyse de la liaison ester peptidique ARNt sur le site P par
une phospho-di-estérase.
(Il n’existe pas d’ARNt capable de reconnaître le codon stop)

 Ce mécanisme est gourmand en GTP

2- Adressage des protéines synthétisées

Dans le cytosol, il y’a des facteurs capables de reconnaître spécifiquement des séquences
d’adressage et de diriger les protéines vers leur destination finale.
- Facteur SRP : présent dans le cytosol, reconnaît la séquence signal qui permet l’entrée dans
le RER de la protéine en cours de synthèse.
- Séquences NLS : contenue dans la protéine synthétisée et qui permet l’adressage vers le
noyau.

3- Modification des protéines synthétisées

Le cytosol est aussi en mesure de modifier les protéines soit co-traductionnellement soit post-
traductionnellement.
On dénombre plusieurs dizaines de modifications :
- Phosphorylation
- Déphosphorylation
- modification des acides aminés (méthylation, sulfatation, acétylation),
- O- glycosylation
- Accrochage d’acide gras : exemple ; isoprénylation des lamines.

4- Les protéines de choc thermique (Heat shock proteins = HSP) :

 Ces protéines chaperonnes ou protéines de choc thermique ont étés découvertes de

manière accidentelle chez les levures suite à une élévation de la température, puis observées
chez les eucaryotes.
 Elles existent chez la plupart des animaux et végétaux (↗T°C → modification de la
conformation des protéines avec formation d’agrégats, toxique pour la cellule. Cette ↗T°C se
traduit par une ↗ de la transcription des gènes des HSP et leur traduction).
 Certaines protéines chaperonnes existent aussi dans des conditions physiologiques et ont
été décrites comme ayant un rôle de surveillance d’où leur nom de « chaperonnes ».
  Elles sont très conservées au cours de l’évolution (= retrouvé chez de nombreux êtres
vivants : HSP70 humaine et bactérien homologues à 50%).
 Poids moléculaire variable (10 à 110kDa) et ubiquitaire : on les retrouve dans le cytosol,
mitochondries, noyau, lumière du RE, membranes et des lysosomes.
 Elles ont TOUTES une activité ATPasique excepté l’ubiquitine.
 Elles sont notamment en mesure de renaturer les protéines à 37° dans le milieu
intracellulaire.


 Il existe deux types de HSP :

 HSP constitutives : présentes dans les cellules à l’état normal (ex : ubiquitine)
 HSP inductibles : apparaissent lors de phénomène de stimulation ou de stress (manque
d’O2, chaleur, action virale)
 Il existe plusieurs inducteurs des HSP :
 Stress environnemental : chaleur, hypoxie, substances toxiques…
 Stress pathophysiologique : infections virales..
 Conditions physiologiques : cycle cellulaire, stimulation hotmonale…

Quelques fonctions particulières :

 Acquisition de la conformation tridimensionnelle des protéines : le repliement des protéines
est effectué conjointement par les chaperonnes et les co-chaperonnes. Elles peuvent
également faciliter leur entrée dans des organites en les dépliants.
 Déshabillage des vésicules : c’est le cas pour les vésicules à clathrine ou à COP. Ce sont les
HSP 70 qui sont responsable du désassemblage du manteau, permettant ainsi à la vésicule
d’aller fusionner avec le compartiment cible
 Traversée de la membrane du REG/Entrée dans les mitochondries
 Action des récepteurs nucléaires : certaines molécules informatives (hydrophobes) après
traversée de la membrane plasmique se fixe sur des récepteurs nucléaires. Ces derniers
peuvent se lier préalablement à des HSP90. Ce phénomène permet l’inactivation du
récepteur. La liaison à l’hormone provoque le départ de la protéine de choc thermique
provoquant ainsi l’activation du récepteur (dimérisation puis liaison à l’ADN)
→ A des fins thérapeutiques, il est possible de bloquer le départ de l’HSP90 ou encore la
fixation sur l’ADN (ex : pilule du lendemain)

5- Dégradation des protéines

Le cytosol est le siège de protéolyse importante.
Cette dégradation a lieu lorsque les protéines ont atteint la fin de leur durée de vie (quelques
minutes à quelques heures).
Ce phénomène permet donc un renouvellement permanent du stock protéique et enzymatique.
Il concerne toutes les protéines (fonctionnelles ou défectueuses) mais également les enzymes.
La concentration d’une protéine dépend ainsi de facteurs multiples : vitesse de synthèse, durée de
vie, vitesse de dégradation. Il est donc possible d’observer une variation rapide des concentrations
protéiques intracellulaires.

A l’intérieur des cellules on dénombre deux types de protéases :

  Fonctionnement à pH acide : retrouvées dans les lysosomes.
 Fonctionnement pH neutre : retrouvées dans le cytosol ou dans la lumière des
organites.
→ Protéasome (enzymes regroupées en tonneaux, 2 types chez les eucaryotes 20S et
26S, 1700 kDa et 45 nm de long pour le plus grand).
→ Exopeptidase : dégrade les extrémités des protéines en présence de Ca2+
(catalyseur)
→ Caspase (apoptose)
→ Clipase dans la lumière du RE et mitochondrie : dégrade la séquence signal.

Il existe des signaux contrôlant la durée de vie des protéines.

- Nature du 1er acide aminé
- La présence de séquences spécifiques ou la nature du premier acide aminé peuvent jouer le
rôle de signal. Parmi les séquences particulières, il existe des séquences :
→ PEST (Proline, Acide Glutamique, Sérine, Thréonine)
→ D-Box (9 acides aminés). Les D-Box sont notamment présentes chez les cyclines
(protéines régulatrices du cycle cellulaire).
- Certains acides aminés sont déstabilisants (Isoleucine), moyennement déstabilisant
(leucine) ou stabilisante (méthionine ou lysine). En fonction de la
quantité de ces acides aminés, la protéine aura une durée de vie
plus ou moins longue.

La dégradation se divise en plusieurs étapes :

 1 : Accrochage d’une molécule d’ubiqutine (sur lysine) : protéine de
8,5kDa, ubiquitaire. D’autres protéines (E1, E2 et E3) viennent
compléter le signal. L’enzyme d’activation de l’ubiquitine E1
(105KDa) vient se fixer sur E2 puis sur E3. Cette dernière sélectionne
la protéine à dégrader en reconnaissant la nature de N-Ter
 2 : Transfert de l’ubiquitine sur le substrat
 3 : Adressage du substrat au protéasome qui contient les enzymes
protéolytiques
 4 : recyclage de l’ubiquitine
 5 : transformation de la protéine en petits peptides par les enzymes protéolytiques
A la sortie du protéasome, 2 voies possibles :
→ Voies lysosomale afin de finir l’hydrolyse à pH acide
→ Dégradation en acide aminés par des exopeptidases présentes dans le cytosol
 Les acides aminés sont réutilisés pour la synthèse des protéines ou transformés en pyruvate
afin d’être réutilisé comme source énergétique.
L’ubiquitinylation peut être réversible (dé-ubiquitinylation) : ex des récepteurs
cytosoliques, nucléoplasmiques ou membranaires, des histones permettant ainsi leur
recyclage.
Il existe un mécanisme particulièrement important faisant appel au protéasome. Il s’agit des
infections virales.
1 : Fixation de la particule virale (=antigène) sur un récepteur.
2 : Endocytose et formation d’une vésicule
3 : Ubiquitinylation de la vésicule et dégradation partielle des protéines virales en peptide par le
protéasome.
4 : Passage des peptides dans le RE qui contient dans sa membrane des molécules du CMH I
(complexe majeure d’histocompatibilité de type I).
5 : Ce complexe CMHI transporte les peptides antigéniques à la surface de la membrane
plasmique où ils sont reconnus par des récepteurs CD8+ des lymphocytes T.
6 : activation du système immunitaire et fabrication d’anticorps dirigés contre ces peptides.

III- Autres acteurs présents dans le cytosol

A- Les protéines G
Ce sont des molécules capables de fixer du GTP/GDP, et d’hydrolyser le GTP en GDP.
Elles sont synthétisées dans le cytosol et susceptibles de subir d’éventuelles modifications
(accrochage de résidus glucidiques permettant l’ancrage dans les membranes).
Il existe deux familles :
Les grandes protéines G ou hétérotrimériques Les petites protéines G ou monomériques
 Constituées de trois sous-unités (α, β &  Associées temporairement à la membrane
γ)  Rôle principal : hydrolyse du GTP
 Accrochage permanent à la membrane  Plusieurs familles avec des rôles très différents :
(pour certaines sous unités)  ARF : bourgeonnement de vésicules, flux
 Rôle dans la transmission de signaux membranaire, contrôle du revêtement des
 chimiques hydrosolubles où ils sont
couplés aux récepteurs aux protéines G
(RCPG à 7 domaines
transmembranaires)
 Inactivation irréversible par des
toxines (toxine cholérique, coqueluche)
molécules de COP.
 Rab : flux membranaires, système SNAREs
 Ras : prolifération en réponse aux facteurs de
croissance ou récepteurs membranaires
 Dynamine : fermeture et internalisation de
vésicules à cavéoles et à clathrines lors de
l’endocytose.
 Rho &Rac : liaison avec le cytosquelette

B- Le calcium et les molécules associées

C’est un ion qui joue un rôle prépondérant dans la vie de la cellule.

La variation de la concentration en calcium est à l’origine de très nombreux phénomènes

physiologiques cellulaires.
 Rôle de catalyseur pour de nombreuses enzymes
 Activateur de certaines protéines régulatrices du génome nucléaire : facteurs de croissance,
facteurs de transcription
 Activateur de protéines contractiles →Mobilité cellulaire, transpotr intracellulaire,
contraction et formation de jonctions
 Activateur de protéines de fusion → flux membranaires, exocytose.
 Activation de la calmoduline (liaison à 4 Ca2+ qui active à son tour : phosphatases, kinases,
adényl-cyclases, phosphodiestérases.
 Pompes à calcium sur les différentes membranes qui régulent les entrées et les sorties de
calcium.

Les lieux majoritaires de stockage de calcium sont les mitochondries, le RE, le Golgi, et
l’enveloppe nucléaire.
 Cytosol

Questions à choix simples

Décembre 2014

QUESTION N°13
A propos du cytosol, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) ?
A. il est le siège de la transcription
B. il est le siège de la O-glycosylation
C. il est le siège des réactions d’isoprénylation
D. il contient de nombreuses ribonucléoprotéines
E. il est essentiellement constitué d’eau

QUESTION N°14
A propos des protéines chaperonnes (hsp), quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s)
exacte(s) ?
A. l’hsp 70 intervient dans le déshabillage des vésicules recouvertes de COP
(coatomères)
B. elles interviennent dans les modifications co-traductionnelles des protéines
C. elles interviennent dans les mécanismes de dénaturation des protéines
D. elles interviennent dans les mécanismes liés aux récepteurs membranaires des
facteurs de croissance
E. elles interviennent dans les mécanismes de dégradation des protéines

QUESTION N°15
A propos des mécanismes de dégradation des protéines, quelle(s) est (sont) la (les)
proposition(s) exacte(s) ?
A. ils ont lieu uniquement dans le cytosol
B. il faut en tenir compte dans le calcul de la concentration en protéines dans le
cytosol
C. certains sont calcium-dépendants
D. ils mettent en jeu des enzymes comme les caspases
E. ils peuvent faire appel à l’ubiquitine
 Décembre 2013

QUESTION N°50
A propos des protéines chaperonnes, quelle(s) est (sont) la (les) réponse(s) exacte(s) ?
A. Elles interviennent dans le repliement des protéines
B. On les appelle aussi les protéines de choc thermique
C. Elles interviennent dans la dégradation de protéines
D. Elles sont synthétisées dans le réticulum endoplasmique
E. Aucune de ces propositions

Questions type association

Décembre 2014

Parmi les pathologies suivantes :

A. Progeria
B. Asbestose
C. Choléra
D. Infection virale
E. Myopathie familiale

QUESTION N°60
Quelle est celle qui peut faire intervenir le réticulum endoplasmique ?
 Questions types association

Décembre 2014

Q60 : D

Questions à choix multiples

Décembre 2014 Décembre 2013

Q13 : C D E Q50 : A B C

Q14 : C E

Q15 : B C D E