Biologie cellulaire et moléculaire

COMPARTIMENTS INTRACELLULAIRES ET TRI DES PROTÉINES

n Où sont fabriquées les

protéines dans la cellule ?
n Comment sont-elles dirigées
vers chaque compartiment ?
n Quels sont les mécanismes de
transport et de signalisation
mis en jeu dans l’adressage
des protéines dans la cellule ?

Les différents types de transport des protéines

- Par franchissement de bicouches lipidiques : translocation

à Transport co-traductionnel : se réalise sur des molécules en cours de traduction
(élongation), c’est le cas des protéines dirigées vers le RE.
à Transport post-traductionnel : concerne des protéines dont la synthèse est
terminée, c’est le cas des protéines entrant dans les peroxysomes, dans les
mitochondries et les chloroplastes.
 - Par transport vésiculaire
à Transport antérograde : de la membrane interne à la membrane plasmique.
à Transport rétrograde : de la membrane plasmique à la membrane interne.

- Transport à travers la membrane nucléaire

à Le passage des protéines à travers l’enveloppe nucléaire est un transport sélectif.

LE RÉTICULUM ENDOPLAMSIQUE

C’est un ensemble de membranes internes interconnectées (citernes) issues des

membranes nucléaires, il est limité par une seule membrane qui est en
continuité avec la membrane externe du noyau. Le compartiment est formé
d’un seul sac fermé. L’espace interne est appelé lumière du RE. Ce même RE peut
représenter 50-60% de la surface des membranes cellulaires totales.

Le type de RE et son étendue varient entre les cellules en fonction de leur activité de
synthèse.
On a 2 sortes de RE :
Ø Le réticulum endoplasmique rugueux ou granulaire (RER) dont la surface externe est
tapissée de ribosomes.
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Ces 2 types de RE sont fonctionnellement différent mais en continuité physique.
Le réticulum endoplasmique rugueux
On peut faire une analyse « pulse-chase » : avec des cellules pancréatiques (sécrétrices
d’enzymes digestive).
à On suit par autoradiographie le trajet de protéines synthétisées marquées à la leucine
tritiée.

Résultat : voie de sécrétion définie.

On observe un déplacement de la radioactivité dans le temps :
RER à Golgi à Lumière de la glande

Les microsomes
Ce sont des vésicules se formant après homogénéisation du RE. Ils gardent la même polarité
structurale que celle du RE d’origine et donc les mêmes propriétés fonctionnelles.
Ceux-ci sont faciles à purifier et ont donc permis de mettre en évidence la séquence signal
des protéines sécrétées.
Le peptide signal
Il est composé d’une 20 aine d’acides aminés hydrophobes en N-terminale. Il est le signal
d’adressage au RE et peut être clivé par une signal peptidase, c’est le cas des protéines
luminales.

Mécanisme de translocation des protéines dans le RE

1. Le peptide signal est reconnu et est fixé par la particule de reconnaissance du signal
(SRP), ceci bloque l’élongation de la synthèse de la protéine.
2. On a ensuite l’accrochage du complexe au RE via le récepteur de la SRP exposé à la
surface cytosolique de la membrane du RE.
3. La SRP est libérée, le ribosome se lie à son récepteur dans le translocon et le peptide
signal s’insère dans le translocon à la traduction reprend à la surface du RE.
4. La protéine est transférée vers la lumière du RE à travers du translocon au cours de
son élongation.
5. Dans le cas des protéines solubles le peptide signal est, en général, éliminée pendant
la translocation par la signal-peptidase et sont libérées dans la lumière du RE.
 Les protéines transmembranaires traversent la membrane en utilisant une région d’une 20
aine d’acide aminés hydrophobes en hélice a, chacune adoptant une orientation propre
déterminée par sa structure primaire.

Modalités d’insertion des protéines transmembranaires du RE

- Peptide signal N-terminal clivé + peptide d’arrêt de transfert : protéines

transmembranaires de type I (protéine unipass)

C’est le cas le plus simple, un peptide signal en position N-terminal (peptide d’initiation de
transfert) initie la translocation, comme pour les protéines solubles. Mais un segment
hydrophobe supplémentaire, appelé peptide d’arrêt de transfert ancre la protéine dans la
membrane.
 - Peptide signal interne, aves acides aminés chargés (+) précédant le segment
hydrophobe : protéines transmembranaires de type II (protéine unipass)

Ces protéines possèdent un peptide signal interne qui ne sera pas clivé.
S’il y a plus de résidus chargés (+) dans la partie qui précède ce segment hydrophobe, la
protéine sera insérée dans le translocon de telle sorte que la partie C-terminale sera
luminale et la partie N-terminale cytosolique.

- Peptide signal interne, avec acides aminés chargés (+) suivant le segment
hydrophobe : protéines transmembranaires de type III (protéine unipass)

L’orientation sera inversée s’il y a plus de résidus d’acides aminés chargés (+) dans la partie
qui suit le peptide signal interne. La partie C-terminale cytosolique et la N-terminale
luminale.
 - Combinaison de peptide signal interne et de peptides d’arrêt de transfert :
protéines transmembranaires de type IV (protéines multipass)

Dans le cas des protéines qui traversent 2 fois la membrane, un peptide signal interne sert
de signal de translocation et initie la translocation, jusqu’ ‘à ce qu’un peptide d’arrêt de
transfert pénètre dans le translocon et provoque son retour à l’état inactif. Dans ce cas, la
protéine présente ses 2 extrémités côté cytosolique.

La combinaison de peptides d’initiation de transfert et de peptides d’arrêt de transfert

détermine la topologie des protéines transmembranaires.

Modifications post-traductionnelles des protéines dans le RE :

n Acquisition de la conformation spatiale des protéines : « folding ».
n Les modifications subies dépendent de la destination finale de la protéine.
n N-glycosylation des protéines.
n Addition de glycolipides d’ancrage des protéines membranaires.
N-glycosylation des protéines

Cette glycosylation est faite par une liaison N-osidique

d’un précurseur oligosaccharique sur l’asparagine de la
protéine dans le RE, côté luminale.

L’oligosaccharide est composé de :

Ø 2 N-acétylglucosamine
Ø 9 mannose
Ø 3 glucose

Mécanisme N-glycosylation des protéines

- Assemblage et fixation de l’oligosaccharide au dolichol (lipide de la membrane

luminale du RE).

Ø N-glycosyl transférase : transfert de l’oligosaccharide sur la protéine naissante

(N/Asn).
Ø Glycosidase : réduction de 14 à 10 sucres : 3 glucoses et 1 mannose.

La poursuite de la maturation se fera dans l’appareil de Golgi.

Contrôle qualité des protéines avant l’exportation

Les protéines mal repliées sont exportées vers le cytosol et sont dégradées par le
protéasome.

Addition d’un ancrage GPI

Des protéines membranaires peuvent être ancrées aux bicouches membranaires par
l’intermédiaire d’un groupement glycosyl-phosphatidyl-inositol (GPI). La liaison covalente
entre la protéine et ce groupement se fait dans le RE.

Mécanisme :

1. Clivage du peptide
C-terminal de la
protéine.
2. Liaison covalente
de la protéine au
groupement NH2
de GPI, permettant
l’ancrage de la
protéine
membranaire.
 Le réticulum endoplasmique lisse

La synthèse des lipides membranaires

La phosphatidylcholine est le principal phospholipide des cellules animales. Toutes les

enzymes intervenant dans la synthèse sont dans la membrane du REL, le site actif tourné
vers le cytosol.

Ne pas retenir le schéma

Seule la couche cytosolique du REL

s’enrichit en lipides car le basculement vers
l’autre couche est presque impossible.

SAUF : il y a l’existence de protéines de

translocation : flipases, flopases et
scramblases.
Transport des lipides vers d’autres compartiments

- Compartiments ayant continuité physique avec le RER à mobilité latérale.

- Compartiments situés en aval du RE à passage via les vésicules de transport.
- Mitochondries, chloroplastes et peroxysomes en dehors du flux membranaire à
protéines d’échange de phospholipides.

Autres fonctions :

Détoxification moléculaire
- Des substances toxiques liposolubles sont rendues hydrosolubles par hydroxylation
par les enzymes du REL, facilitant leur élimination dans l’urine
Exemple : phénobarbital.
- Ce processus a lieu dans les cellules du foie et des reins.

Synthèse d’hormones stéroïdes à partir du cholestérol

- Dans les testicules et ovaires expliquant le grand réseau de REL dans ces tissus.

Stockage du calcium intracellulaire

- REL siège de la Ca2+ ATPase de la cellule musculaire.
 APPAREIL DE GOLGI

L’appareil de Golgi est constitué par un ensemble de dictyosomes, eux-mêmes composés

par l’empilement de saccules dont les cavités sont délimitées par une membrane.

Le Golgi est une structure polarisée. Chaque dictyosome comprend 3 compartiments

chacun composé d’un ou à plusieurs saccules, morphologiquement identiques, mais
physiologiquement distincts :
Ø Un compartiment cis – situé au voisinage du RE.
Ø Un compartiment médian – intermédiaire.
Ø Un compartiment trans – situé sur la face opposée à la face cis.

Les compartiments cis et trans sont connectés avec 2 compartiments spéciaux composés
d’un réseau de structures tubulaires : le compartiment cis est en relation avec le réseau cis-
golgien (RCG) et le compartiment trans avec le réseau trans-golgien (RTG).

Le RCG et le RTG jouent des rôles importants dans le tri des protéines.
Les protéines sont modifiées au fur et à mesure qu’elles
traversent les différents compartiments de Golgi, avant
d’être acheminées vers leur destination finale.

Fonctions
L’appareil de Golgi reçoit, modifie et exporte constamment, il y a donc un flux
membranaire vectoriel permanent.

Ø Glycosylations
Ø Maturation des protéines sécrétées
Ø Sulfatations
Ø Formation des lysosomes
Ø Biogenèse et récupération des membranes
Ø Régulation de la teneur hydrique de la cellule
Ø Synthèse des composants de la paroi des cellules végétales

Glycosylation des protéines à … poursuite de la N-glycosylation

- La glycosylation des protéines initiée dans le RE continue dans la lumière du Golgi. À

ce niveau, les oligosaccharides N-glycosylés subissent 2 modifications en fonction
de leur destination :

1. Les oligosaccharides riches en mannose demeurent identiques à l’oligosaccharide

provenant du RE. Les mannoses terminaux subissent cependant une
phosphorylation en position-6 dans le compartiment cis.
è Ces protéines sont destinées aux lysosomes.

2. L’oligosaccharide est transformé en oligosaccharide complexe par ajout successifs de

N-acétylglucosamine, de galactose et d’acide sialique.
è Les protéines sont destinées à la membrane plasmique ou à la sécrétion.

- Les mannose terminaux subissent une phosphorylation en position-6 (M6-P) dans le

compartiment cis. Ceci caractérise les protéines destinées aux lysosomes.
Les oligosaccharides complexes obtenus après déglycosylation dans le saccule cis jusqu’à
l’obtention d’un motif minimum à 7 sucres (sur les 14 départ) et une élongation de
chaînes (dans les saccules médian et trans) par ajout successifs de N-acétylglucosamine,
de galactose et d’acide sialique.

Ensuite, sur le noyau mannose, des glycosyl-transférases membranaires agissent

toujours séquentiellement pour élaborer généralement 3 oligosaccharides identiques,
comportant, dans l’ordre d’apparition, NaGlc (N-acétylglucosamine), Gal (galactose) et
AS (acide sialique ou neuraminique, parfois noté NANA).
 Le réseau trans golgien : un centre tri

3 destinations sont possibles pour les protéines arrivant dans le RTG :

1. Lysosome – les protéines qui ont le marqueur M-6P sont détournées vers les
lysosomes dans des vésicules recouvertes e clathrine.
2. Sécrétion contrôlée – les protéines avec des signaux qui les dirigent vers la sécrétion
sont concentrées dans des vésicules recouvertes de clathrine. Cette voie existe
seulement dans des cellules sécrétrices spécialisées.
3. Sécrétion constitutive (membrane plasmique ou espace extracellulaire) – les
protéines sans caractéristiques particulières suivent par défaut la voie de la
sécrétion.

Signal de rétention et de récupération : KDEL et KKXX à l’extrémité carboxyle terminale

- Les protéines solubles résidentes dans le RE contiennent un peptide signal C-

terminal : séquence KDEL (Lys-Asp-Glu-Leu).
- Les protéines transmembranaires résidentes dans le RE contiennent un peptide signa
C-terminal : séquence KKXX (X = n’importe quel acide aminé).

Les protéines résidentes dans le RE peuvent s’échapper vers le RCG. Là, un récepteur
membranaire présent dans la membrane du RCG reconnaît le signal de rétention et ramène
ces protéines dans le RE par l’intermédiaire de vésicules de transport. Les récepteurs sont
ensuite réacheminés vers le RCG avec la membrane des vésicules de transition pour être
réutilisés.
 Signal de rétention : KDEL à l’extrémité carboxyle terminale

Orientation des glycoprotéines transmembranaires durant le flux membranaire

L’orientation d’une protéine transmembranaire

dans la membrane du RE est conservée lorsque
cette protéine est transportée vers d’autres
membranes – la boule colorée représente
l’oligosaccharide N-glycosylé ajouté aux protéines
dans la lumière du RE.
 LYSOSOME

Ce sont des vésicules limitées par une membrane et sont impliquées dans la
digestion intracellulaire.

Ils contiennent une variété d’enzymes hydrolytiques (hydrolase acide) active dans
des conditions acide – pH de 3 à 6 – et non neutres comme le cytosol.

La lumière du lysosome est maintenue à un pH acide par une pompe H+ localisée dans la
membrane qui utilise l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP pour pomper des H+ dans la vésicule.

Les lysosomes sont des organites hétérogènes, présentant une diversité morphologique.
Morphologiquement, on distingue 3 types de lysosomes :
1 Lysosomes primaires : d’aspect homogène au MET, sont nés à partir du Golgi,
renfermant des hydrolases actives mais n’ont pas encore rencontré de matériel à
digérer.
2 Lysosomes secondaires : d’aspect hétérogène au MET, renfermant du matériel à
digérer en plus des hydrolases.
3 Corps résiduels : ce sont des vacuoles dans lesquels persistent des résidus non
digérés.
Biogenèse

Le lysosome est composé d’une vésicule de transport contenants les enzymes lysosomales
et des endosome (phagosome) où il y a les matériaux à dégrader.

Transport des hydrolases néo synthétisées vers le lysosome

Étapes :

- Les précurseurs des hydrolases lysosomales sont « étiquetés » avec des groupements
M6P dans le Golgi cis et séparés de tous les autres types de protéines dans le RTG.

- Les vésicules recouvertes de clathrine bourgeonnent à partir du RTG concentrant les

récepteurs spécifiques du M6P, qui se fixent aux hydrolases lysosomales.

- Ces vésicules perdent leur enveloppe et fusionnent avec les lysosomes. À pH acide de
l’endolysosome, les hydrolases se dissocient des récepteurs qui sont recyclés vers le
Golgi.

- Les hydrolases perdent le phosphate et deviennent actives dans le lysosome.

Voies d’accès des matériaux à dégrader dans le lysosome
Il y a plusieurs voies de dégradation du matériel :
Ø Phagocytose
Ø Endocytose
Ø Autophagie
 PEROXYSOME

C’est un organite sphérique de 0,5 – 1,5 µm de diamètre, entourés d’une

membrane, ils sont ubiquitaires (chez les eucaryotes), ils n’ont pas de génome, ils
utilisent les protéines du cytosol et on un grand polymorphisme : taille, nombre,
composition.

La matrice peroxysomale est le siège des réactions d’oxydation (utilisant le O2)

comme la b-oxydation, production et dégradation de H2O2 et hydroxylation de
molécules.

Enzymes de la matrice peroxysomale

- Oxydases : production d’H2O2

RH2 + O2 à R + H2O2
Ø b-oxydation des acides gras pour les acides gras supérieur à 22 carbones pour
donner des acides gras à moins de 12 carbones et de l’acétyl-CoA.
Ø Aminoacides oxydase qui permettent la dégradation des acides aminés et des
protéines.

- Catalases : utilisation d’H2O2

Ø Peroxydation de substrats : H2O2 + R’H2 à R’ + 2 H20
Ø Détoxification d’H2O2: H2O2 + H2O2 à 2 H2O + O2

Ces réactions permettent de protéger les cellules du stress oxydant.

Le R’H2 peut être un phénol, de l’acide formique, un formaldéhyde ou encore un alcool, …
Les organes comme le foie ou les reins ont ce rôle de détoxification.

Fonctions

- Oxydation d’acide gras à chaîne très longue.

- Oxydation d’acides aminés et d’autres molécules.
- Biosynthèse du cholestérol, dolichol, acides biliaires, plasmalogène.
- Plantes : cycle glyoxylique (synthèse de sucres à partir d’acide gras) et photo
respiration.

Biogenèse

Les peroxysomes se forment par bourgeonnement à partir du RE et par adressage au

peroxysome des protéines synthétisées dans le cytosol.

Adressage des protéines peroxysomales

Les protéines destinées aux peroxysomes contiennent un peptide signal appelé PTS.

« Peroxisome Targeting Signal » (PTS) : il y en a 2 types :

Ø PTS1 (Ser-Lys-Leu) en C-terminal à la majorité des protéines peroxysomales ce
signal est reconnu par le récepteur cytosolique PEX 5.
Ø PTS2 en N-terminal, reconnue par le récepteur cytosolique PEX 7.
Maladies peroxysomales

Ce sont des maladies génétiques (mutations) associées à des déficits peroxysomaux : il y en

de 2 types :

1. Déficit d’une seule enzyme peroxysomale affecte une seule voie métabolique
comme par exemple, l’adrénoleucodystrophie liée à l’X (mutation d’une enzyme de la
b-oxydation) qui entraîne l’accumulation d’acides gras à très longues chaînes.
2. Déficit dans la biogenèse du peroxysome (létale) comme le syndrome de Zellweger
ce sont des peroxysomes vides où il n’y a pas d’importation de protéines.

LE NOYAU CELLULAIRE

C’est le siège de l’ADN chez les eucaryotes, c’est également le lieu de la réplication de l’ADN,
de la transcription et de la modification de l’ARN.
 Structure
Il est composé d’une enveloppe nucléaire, d’une matrice nucléaire, d’un nucléole et de
chromatine.

L’enveloppe nucléaire
Il se forme à partir de 2 membranes lipidiques (bicouche lipidique) interne et externe, entre
les membranes lipidiques on a un espace péri nucléaire.
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- La lamina nucléaire est associée à la membrane interne sous forme d’une structure
fibreuse dense, qui sert de support physique à l’enveloppe nucléaire, lieu
d’accrochage de l’hétérochromatine périphérique.

Laminopathies: mutations dans les gènes codant les lamines qui constituent la lamina nucléaire ➜
défauts de l'enveloppe nucléaire ➜ pathologies humaines

Exemple: Hutchinson-Gilford progeria syndrome

La matrice nucléaire
- C’est un ensemble de matériel insoluble dans le noyau après une série d’extractions
biochimiques.
- C’est une structure analogue au cytosquelette sur laquelle les chromosomes et
d’autres composants du noyau sont organisés.
- Elle joue un rôle dans l’organisation des chromosomes, la régulation de l’expression
des gènes et la réplication de l’ADN.

Territoires chromosomiques

- Les chromosomes occupent en général des

territoires bien déterminés et se mélangent
que rarement.

- Les gènes actifs sont localisés à la surface de

ces territoires.

Complexes pores nucléaires

Ils permettent l’essentiel des échanges entre le noyau et le cytoplasme. Ils sont d’autant
plus nombreux que la cellule est active et le trafic est intense.

Ils ont une structure spécifiques – forme de canaux octogonaux dont les nombreuses
protéines, nucléoporines, s’organisent en 3 anneaux (cytoplasmique, central et nucléo
plasmique), avec des filaments et un anneau distal.
 Aspect au microscope électronique :

Transport à travers les pores nucléaires :

C’est un transport bidirectionnel, avec 2 types de

transport :

1. Diffusion passive : pour les petites molécules de poids

moléculaire < 50 kDa.
2. Transport actif : pour les macromolécules : ARN,
protéines, ribonucléo protéines.

Les différents signaux d’adressage :

è « Nuclear Localization Signal » : NLS à séquence de localisation nucléaire.

Signal import : - Pro-Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val- (acides amines chargés (+)).
 è “Nuclear Export Signal”: NES à séquence d’export nucléaire.
Signal exportation : -Leu-X-Leu-X-Leu- (acides aminés hydrophobes).

Transport à travers les pores nucléaires :

Ø LES KARYOPHÉRINES

Ce sont les protéines qui assurent le transport bidirectionnel de protéines et ARN entre le
cytoplasme et le noyau. On a 2 classes :
- Les importines : cytoplasme vers le noyau.
- Les exportines : noyau vers le cytoplasme.

La direction du transport est déterminée par la protéine Ran.

- Ran est une GTPase : hydrolyse le GTP en

GDP.
- Il existe 2 formes de Ran : Ran-GDP «
Ran-GTP, la transition de Ran-GTP à Ran-
GDP est catalysée par Ran-GAP, et celle
de Ran-GDP à Ran-GTP par Ran-GEF.

Ran-GAP prédomine dans le cytosol. C’est

pourquoi Ran-GDP prédomine dans le cytosol et
inversement pour le Ran-GEF qui prédomine
dans le noyau, c’est donc pourquoi Ran-GTP
prédomine dans le noyau.

Ce gradient des 2 formes de Ran détermine la direction du transport.

À noté :
à GAP : « GTPase-activating protein ».
à GEF : « Guanine exchange factor ».

n IMPORT : du cytosol vers le noyau

1. Les importines s’associent avec le NLS de la protéine cargo et la transporte au niveau du
pore nucléaire.
2. Le complexe importine/cargo traverse le pore : mécanisme mal connu.
3. Dans le noyau, RanGTP déplace la protéine cargo des importines.

n EXPORT : du noyau vers le cytosol

1. Le complexe exportine/RanGTP/cargo sort du noyau à travers le pore.
2. Dans le cytosol, RanGAP promeut l’hydrolyse de RanGTP en RanGDP.
3. RanGDP se dissocie des exportines et la protéine cargo est libérée dans le cytosol.
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Transport des ARN

- Les ARN sont transportés à travers les pores nucléaires sous formes de complexes
ribonucléoprotéiques (RNP).
- Les tRNA, rRNA, snRNA ont besoin d’un transport RanGTP dépendant par des
exportines.
- Les mRNA sont transportés par un transport RanGTP indépendant par « mRNA
exporter », durant leur transport, ils s’associent avec une 20 aine de protéines
formant les particules hnRNPs : « heterogeneous nuclear ribonucleoproteins ».
 MITOCHONDRIE

Structure

Elle est spécifique des eucaryotes aérobies, elle joue un rôle primordial dans la vie et
la mort cellulaire. Elles mesurent en moyenne de 1-2 µm de longueur et 0,5-1 µm de
largeur.

Elle est entourée de 2 membranes : interne et externe, séparées par l’espace inter
membranaire. La membrane interne projette plusieurs crêtes vers la matrice
mitochondriale. La membrane interne et matrice sont les compartiments les plus
importants de la mitochondrie.

La matrice mitochondriale :

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La membrane interne :

Elle est riche en cardiolipine. Les crêtes formées sont de formes et de nombres très variables.
Il y a différentes protéines – 3 types fonctionnels :
1. Complexe de la chaîne respiratoire.
2. ATP synthétase : synthèse de l’ATP à partir de l’ADP et les protons.
3. Protéines de transport : symport, antiport, protéines TIM d’importation.

Mais, elle est imperméable aux ions et molécules non chargées.

L’espace inter membranaire :

C’est un espace très étroit, lieu de transit pour les molécules. Il y a beaucoup d’ion H+, du
cytochrome C et des enzymes.

La membrane externe :

On y retrouve des porines, qui vont permettre le transport passif des molécules de moins de
10 kDa, des récepteurs d’importation TOM, des enzymes du métabolisme mitochondriale des
lipides mais aussi la protéine bcl-2 qui bloque l’apoptose.

Comme dit précédemment, l’activité des

mitochondries varie selon l’activité de la cellule.
De plus, leur localisation cellulaire dépend de la
demande d’énergie, par exemple le tissu
cardiaque possède beaucoup plus de
mitochondries.

L’hérédité
La mitochondrie possède un ADN circulaire, présent en plusieurs copies, en petits groupes de
4 à 5 copies formant des nucléotides.

à ADNmit humaine est composé de 16 569 paires de base.

Certaines protéines sont codifiées par le génome mitochondriale, la plupart par le génome
cellulaire. Surtout les protéines – enzymes – de la respiration cellulaire.

La transmission de l’ADNmit se fait de mère en fils et celle des maladies mitochondriales

également.
La biogenèse
Elles se renouvellent par division – scissiparité – de mitochondries préexistantes après
croissance et réplication de l’ADNmit. Il y a l’élimination des mitochondries défaillantes ou en
excès par autophagie.

L’importation de protéines

Les protéines mitochondriales sont synthétisées

dans le cytosol.

Les protéines importées sont nécessaires :

- À la réplication de l’ADNmit, transcription
et traduction.
- Au cycle de Krebs.

Les phospholipides sont acquis à partir du REL.

Les protéines destinées à la mitochondrie portent dans la région N-terminale un signal

d’adressage – appelé pré-séquence de 20 à 35 acides aminés chargés positivement.

Mécanisme d’importation :

1. Reconnaissance de la pré-séquence par un récepteur de la membrane externe

mitochondriale.
2. Insertion dans la membrane, aidée par le gradient électrochimique.
3. Translocation dans la matrice ce qui requiert de l’ATP.
4. Clivage de la pré-séquence par la signal-peptidase dans la matrice.
Les protéines précurseurs mitochondriales sont
importés sous forme de polypeptides non repliés.

Des protéines cytosoliques empêchent les protéines

mitochondriales de se replier sous leur forme native :
- Sont le plus souvent des protéines chaperons :
appartenant à la famille des Hsp70.
- Puis sont retirées avant l’engagement dans le
TOM.

Les complexes dirigeant la translocation des protéines

vers la matrice :
Ø TOM – « Translocases of the Outer Membrane ».
Ø TIM – «Translocases of the Inner Membrane ».
Source d’énergie de la mitochondrie

Transfert du pyruvate dans la mitochondrie.

Il passera par des

porines (passif) dans la
membrane externe.

Et par des symports

dans la membrane
interne.

Les apports énergétiques de la glycolyse à la mitochondrie.

Cycle de Krebs
L’objectif principal du cycle de Krebs est d’oxyder au maximum les métabolites pour en tirer
le maximum d’électrons (sous forme d’ions d’hydrogène). Ces électrons sont utilisés par la
pompe qui synthétise l’ATP.

Les électrons sont captés et ensuite transportées par NAD et FAD vers la membrane interne
mitochondriale pour être utilisés dans la chaîne
respiratoire.

Pour une molécule de pyruvate le résultat est :

Ø Pyruvate à Acétyl-CoA : 1 NADH.
Ø Cycle de Krebs : 1 GTP, 3 NADH et 1 FADH2.
Durant la phosphorylation oxydative, les électrons transportés par le NADH et le FADH2 sont
transférés à l’O2 et l’énergie libérée suite à cette réaction d’oxydo-réduction est utilisée pour
promouvoir la synthèse d’ATP à partir de l’ADP et Pi.

À chaque transfert d’un transporteur à l’autre le long de la chaîne respiratoire, les

électrons perdent de l’énergie.

Phosphorylation oxydative

La chaîne respiratoire :

C’est un ensemble ordonné d’enzymes :

- Complexe I – NADH déshydrogénase.
- Complexe II – Succinate-Q réductase.
- Complexe III – Cytochrome b-c1.
- Complexe IV – Cytochrome c oxydase.

Il n’y a pas de pompage de protons dans le complexe II.

L’énergie provenant du transfert d’électrons sert à « pomper » 4 ions H+, de la matrice vers
l’espace inter membranaire, au niveau de chaque complexe de la chaîne respiratoire.

À quoi servent ces protons pompés ?

➜ 4 protons H+ forment 1 molécules d’ATP.

Théorie chimiosmotique :

- Le gradient de concentration qui se

forme de part et d’autre de la
membrane interne sert de réservoir
d’énergie libre pour la synthèse
d’ATP.

- La force protomotrice – ions H+ qui

diffusent à travers l’ATP synthétase
– permet la formation d’ATP à partir
d’ADP et Pi.

- Le passage des ions H+ entraîne la

rotation de la sous-unité « F1 ».

- C’est ce mouvement qui permet la

formation d’ATP à partir d’ADP et
de Pi dans la partie qui dépasse de
la membrane.

On peut inverser la rotation et le passage des ions H+ en transformant des ATP en ADP.
L’ATP synthétase peut donc être convertie en un nanomoteur.

L’oxydation d’une molécule de NADH conduit à la formation de 2,5 molécules d’ATP alors
que l’oxydation d’une molécule de FADH2 conduit seulement à la synthèse de 1,5 molécules
d’ATP.

- Les molécules de NADH formées dans la glycolyse peuvent être transportées vers la
mitochondrie par 2 transporteurs différents.
- Selon le mode transport, il se forme du NADH ou du FADH2 mitochondrial. Et 3 ou 5
ATP.
Gradient électrochimique de H+

Ce gradient électrochimique joue un rôle dans le transport actif de petites molécules à

travers la membrane interne.
Comme par exemple : antiport ADP/ATP et les symports métabolites/H+.
 CHLOROPLASTE

C’est un organite responsable de la photosynthèse, il partage plusieurs aspects

communs avec la mitochondrie comme la production d’énergie, origine
endosymbiotique, matériel génétique propre et division par scissiparité.

Mais les chloroplastes sont plus grands et plus complexes pour avoir un 3ème système
membranaire : les thylakoïdes.

Les thylakoïdes forment souvent des empilements de disques ou granum unis par les
thylakoïdes inter-granaires.
Système génétique

Le génome du chloroplaste consiste en une molécule d’ADN circulaire, présente en plusieurs

copies. Ce génome est plus grand et plus complexe que celui de la mitochondrie.
Le génome code pour environ 150 protéines impliquées dans l’expression génétique et la
photosynthèse.

Importation des protéines vers le stroma

Les protéines destinées au chloroplaste portent un signal

de transit en N-terminale, d’une 50aine d’acides aminés.

Mécanismes d’importation :

1. Le signal de transit dirige la translocation de la

protéine vers le stroma à travers les complexes
Toc et Tic.
2. Une fois dans le stroma le signal de transit est
clivé.
3. Les chaperons cytosoliques et chloroplastiques
(Hsp70 et Hsp60) sont nécessaires durant
l’importation.
Importation des protéines thylacoïdales

Les protéines thylacoïdales possèdent 2 signaux :

signal de transit et une séquence signal
hydrophobe.

Mécanisme d’importation :

1. Translocation dans le stroma, dirigée par le

signal de transit.
2. Clivage du signal de transit, la séquence
signal hydrophobe est ainsi exposé.
3. La séquence signal dirige la translocation de
la protéine à travers la membrane
thylacoïdale.

Gradient chimiosmotique et synthèse d’ATP : mitochondrie versus chloroplaste

- Dans la mitochondrie : le transport des électrons crée un gradient de protons à

travers la membrane interne, ce gradient est responsable de la synthèse d’ATP dans
la matrice.

- Dans le chloroplaste : le gradient de protons est créé à travers la membrane

thylacoïdale, ce gradient est responsable de la synthèse d’ATP dans le stroma.
Photosynthèse

Durant la photosynthèse, l’énergie solaire est

captée et convertie en énergie chimique – ATP et
NADPH – qui est ensuite utilisée pour produire
des molécules organiques. L’H20 est oxydée et l’O2
est libérée dans la première série de réaction,
alors que le C02 est assimilé (fixé) pour produire
des molécules organiques dans la 2ÈME série de
réaction.

La photosynthèse est la source d’énergie

métaboliques de tous les systèmes biologiques.

La photosynthèse se déroule en 2 grandes phases :

1. Phase claire : l’énergie lumineuse produit l’ATP et le NADPH.
2. Phase sombre : l’ATP et le NADPH produits dans la phase claire sont utilisés pour la
synthèse de sucres à partir de CO2.

Chez les eucaryotes, les 2 phases ont lieu dans le chloroplaste : la phase claire au niveau de
la membrane thylacoïdale et la phase sombre dans le stroma.
Les photosystèmes

- Ce sont les centres photo récepteurs de la

membrane thylacoïdale, constitués d’une
antenne collectrice – chlorophylle a et b et
les caroténoïdes – et d’un centre
réactionnel contenant une paire de
chlorophylle a spéciale.

- L’énergie lumineuse captées par l’antenne

collectrice est transférée par résonnance
aux 2 molécules de chlorophylle du centre
réactionnel.

Complexes protéiques de la chaîne de transport d ‘électrons chloroplastique

Mécanisme

1. Photosystème II – complexe P680

- L’antenne collectrice absorbe lumineuse et la transmet à la chlorophylle a du
complexe P680.
- La chlorophylle a libère alors les électrons qui seront transportés par la
plastoquinone (PQ).
- Ces électrons passent ensuite par le complexe de cytochromes où ils induisent le
passage de protons du stroma vers l’espace intra-thylakoïdien.

Les protons ainsi accumulés forment le gradient de protons qui permettra à l’ATP
synthétase de produire de l’ATP.
 En quittant le complexe de cytochromes, les électrons sont transmis au photosystème I. La
chlorophylle a du P680 a donc perdu des électrons qu’elle doit récupérer pour continuer à
fonctionner, ils lui sont fourni via la photolyse de l’eau.

2. Photosystème I – complexe P700 … poursuite de la photosynthèse

- L’antenne collectrice absorbe l’énergie lumineuse et la transmet au complexe P700.
- Les électrons de la chlorophylle a seront transportés jusqu’à la ferrédoxine qui les
transportera jusqu’à la NADP réductase qui réduira le NADP+ en NADPH et H+.

La chlorophylle a du P700 a donc perdu 2 électrons qu’elle doit récupérer pour que le
système fonctionne, ces électrons lui sont fournis par le PSII par la plastocyanine (PC).

Mécanisme

Le flux de 4 protons dans le sens du gradient à travers le complexe F0F1 est couplé à la
synthèse d’ATP à partir d’ADP et de Pi dans le stroma.

Transport cyclique des électrons

Ce flux cyclique se produit chaque fois que le rapport NADPH/NADP+ est élevé.

Ø L’antenne collectrice absorbe l’énergie lumineuse et la transmet au complexe P700.

Ø Les électrons de grande énergie de la chlorophylle a sont transférés à la ferrédoxine.
Ø La plastoquinone les transfère au complexe cytochrome, ce transfert est accompagné
de pompage de H+ dans l’espace intra thylakoïdien.
Ø Les électrons à basse énergie reviennent au PSI via la plastocyanine.

Ce trajet cyclique permet d’accumuler des protons supplémentaires dans l’espace intra-
thylakoïdien sans réduire de NADP+ mas en favorisant la production d’ATP au niveau du
stroma.
Transport couplé à la pompe de protons. Mais on n’a pas la production de NADPH. Ce cycle
se réalise lorsque la quantité de CO2 est trop limitée, le cycle de Calvin est bloqué par
l’absence de NADPH (pas d’énergie) et il n’y a pas de production de glucides.

Phosphorylation oxydative versus photosynthèse

ANNEXES :