UE2 – Biologie cellulaire

Le Réticulum Endoplasmique

I. La traduction  : les ribosomes et le RE

Les ribosomes : le ribosome est un complexe nucléoprotéique présent dans le cytoplasme
des cellules. Son rôle est de déchiffrer le code de l’ARNm pour synthétiser les prot.
Ils sont présents chez les procaryotes et chez les eucaryotes.

II. Les ribosomes

A. Les ribosomes libres dans le cytoplasme
Sur les ARNm vont se fixer des ribosome du côté 5’, il va commencer la traduction avec un
codon de départ qui est AUG (Méthionine). Puis il va se déplacer le long de la mol d’ARN
pour créer la protéine. A l’extrémité on a les codons stop qui sont UAG, UGA et UAA. Ils
donnent l’arrêt de la traduction, la protéine est libérée dans le cytoplasme tout comme le
ribosome.
C’est le cas pour les protéine qui vont rester dans le cytoplasme.

Ils vont se fixer sur les ARNm et on les retrouve dans le cytoplasme. On les appelle des
polysomes ou des polyribosomes. Au niveau des ribosomes on a deux sites de fixations,
quand la petite et la grande sous unités s’assemblent ils vont former une gouttière et donner
deux sites de liaisons qui sont des sites de fixation pour les ARN de transfert. Quand on
arrive au niveau du codon stop, c’est un ARNt spécifique qui ne peut pas se fixer à un AA, il
n’y a plus de synthèse, la protéine est libérée dans le milieu et les ARNt sont relargués et
non fonctionnels.

1. Initiation de la synthèse
Elle débute toujours au niveau d’un codon AUG de l’ARNm. Ce codon initiateur (ou codon
début) détermine la mise en place :

- D’un ribosome qui s’assemble à partir de ses deux sons unités jusque-là
indépendantes
- De l’ARNt-méthionine se liant par son anticodon au codon AUG. Le ribosome
possède alors deux sites fonctionnels : le site P (où est installé l’ARNt ; la Met est liée
au codon AUG) et le site A (au niveau duquel est situé le codon suivant de l’ARNm)

2. Elongation de la chaine
La mise en place, sur le codon présent au site A, d’un nouvel ARNt ; AA est suivie :

- De la libération de l’ARNt fixé au site P qui se décroche de son AA

- De la création d’une liaison peptidique entre les deux AA présents dans le ribosome
- Du déplacement relatif du ribosome par rapport à l’ARNm qui permet la libération du
site A (l’ARNt portant es AA accrochés « arrive » au site P et un nouveau codon
« apparait » au site A)

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3. Terminaison de la synthèse
C’est l’arrivée au niveau du site A s’un codon stop qui interrompt la synthèse en déclenchant
la dissociation du complexe ARNm-ribosome-ARNt-polypeptide :

- Les sous unités du ribosome se séparent

- La chaine polypeptidique est libérée et la méthionine, premier AA incorporé, est
détachée de cette chaine

B. Les ribosomes liés à la membrane du RER

Le RER se nomme comme ça car les ribosome vont se fixer sur sa membrane et donner un
aspect rugueux. Le RER forme des saccules aplaties qui sont interconnectées ; cette
membrane est en continuité avec la membrane externe du noyau.
On va avoir une élongation de la protéine, sur cette protéine on va retrouver un peptide
signal qui va indiquer au complexe de se rapprocher de la membrane du RE pour venir se
fixer au niveau du canal pour continuer l’élongation de la protéine. Elle va soit se libérer à
l’intérieur du RE soit elle va se fixer au niveau de la membrane du RER et elle aura un
domaine transmembranaire.

On ne peut pas voir le RE en microscopie.

III. Le réticulum endoplasmique

A. Localisation
On trouve le ribosome fixé sur la face cytosolique de la membrane du RER. On a des
saccules aplatis interconnectés. Elle est en continuité avec la membrane externe du noyau.
Il est abondant dans les cellules qui sécrètent les protéines (exemples : les cellules
pancréatiques, les plasmocytes).
On l’appelle le RE rugueux car il y a la fixation des ribosomes qui lui donne cet aspect.

- Le RER : usine de fabrication des protéines modifiées

- Le REL : usine de fabrication de phospholipides

Ces deux RE sont en continuité l’un avec l’autre.

B. Fonction
1. Synthèse des protéines sécrétées
L’ARNm avec le ribosome et l’ARNt qui va permettre la formation et l’élongation du
polypeptide.
On a une séquence signale que l’on appelle le peptide signal, il va permettre de stocker les
ribosomes à la surface de la membrane du RE. Ce peptide signal est reconnu par une prot
de reconnaissance (PRS) qui va venir se fixer dessus et va être reconnu par un récepteur du
PRS. Cela va permettre de bloquer le ribosome à la surface d’un canal, et avec cette

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structure la synthèse de la protéine va pouvoir reprendre (elle était bloqué avec d’être
reconnue par le PRS).
La BiP est une protéine chaperone qui est importante pour le repliement de la protéine. Une
protéine n’est juste un enchaînement d’AA, elle a besoin d’une structure pour être
fonctionnelle avec des modifications post-traductionnelles.
On va alors retrouver la protéine dans la lumière du RE.

2. Synthèse des protéines membranaires

Le mécanisme de base est le même que pour les protéines sécrétées.
Elle a un enchainent d’AA hydrophobes, qui va donner un domaine transmembranaire. Au
lieu de rester libre dans le RE elle va se positionner au niveau de la membrane du RE. Une
protéine synthétisée dans la lumière ou au niveau de la membrane du RE pourra soit être
adresser à la membrane plasmique ou être relarguée à l’extérieur de la cellule.

3. Modification des prot

a. N-Glycosylation des protéines
› Etape 1  : fixation des sucres sur le Dolichol-P
Tout commence à partir d’un précurseur lipidique qui est le Dolichol-Phosphate. Il doit
s’inverser dans la membrane pour être fonctionnel ; on va alors avoir un basculement de
cette molécule de base et ensuite différentes étapes de façon à construire un « arbre »
composé de 2 Phosphates, 2 N-AcétylGlucosamines, de 9 Mannoses et 3 Glucoses.
C’est l’élément de base permettant de faire la glycosylation des protéines.

› Etape 2  : Fixation des sucres sur la protéine

La protéine est synthétisée, on va avoir un transfert du sucre.
Premier exemple ; il est réalisé par une enzyme qui est l’oligosaccharyltransférase. La
protéine va subir des transformations et va perdre un premier sucre puis en perdre un
deuxième ; ici c’est la glucosidase 1 et 2 qui vont enlever les résidus sucres. On obtient une
molécule avec les 9 mannoses, mais la partie fonctionnelle est quand le mannose central est
éliminé.
On part d’un transporteur lipide pour lequel on a le transfert de l’oligosaccharide, puis on a
différent degrés de transformation pour obtenir la protéine.
Mais ce n’est qu’une initiation, la glycosylation n’est pas terminée.
Pour terminer la glycosylation il faut passer dans un autre compartiment qui est l’appareil de
Golgi. A ce moment est réalisé un check up, un contrôle est fait sur la cavité de la protéine.
Si tout est bon la protéine pas dans le Golgi ; mais si ça se passe on mal, on peut revenir en
arrière et la protéine peut servir de substrat pour donner la bonne protéine. Mais si cela ne
fonctionne toujours pas elle va être envoyée vers le protéasome pour être détruite,
destructurée.

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b. Formation des liaisons disulfures

C’est la formation d’une liaison covalente entre deux groupements thiols. On les retrouve sur
les AA cystéines. On va avoir la formation d’une liaison covalente entre les deux groupement
S.
Mais on ne retrouve pas ces liaisons que sur les AA qui sont l’un à côté de l’autre, cela va
permettre de retenir la protéine repliée dans l’espace. On peut donc réaliser des liaison
disulfures dans des régions de la protéine relativement éloignées.

c. Contrôle du repliement correct des protéines

On a des protéines qui sont localisé au niveau de la membrane plasmique, elles sont
reconnues par d’autres cellules pour faire des interaction cellule-cellule.
La protéine est prise en charge par les chaperonnes ce qui va lui acquérir une structure 3D.
Si tout va bien, la protéine va avoir un domaine transmembranaire et elle sera alors localisée
au niveau de la membrane du RE. On aura alors la possibilité de la formation d’une vésicule
qui va transporter la molécules dans l’appareil de Golgi qui va permettre de finir les
modifications post-traductionnelles.
Si la protéine n’est pas bien fonctionnelle ; avec un contrôle qui ne peut rien faire, la protéine
va passer par un canal qui l’emmène vers le protéasome qui va dégrader la molécule en
peptides ou AA pour que la cellule puissent les réutiliser.
La dégradation se fait au niveau du protéasome, qui est un ensemble de protéines ; ce n’est
pas un compartiment. C’est un ensemble de protéines qui va permettre de dégrader les
protéines qui sont mal repliées.
On a la protéine chaperonne et la protéine candidate ma repliée. Cette dernière est
reconnue par un translocon (canal) qui va faire que la protéine va être libérée dans le cytosol
où elle sera prise en charge par une enzyme qui va rajouter des ubiquitines. Ce signal est un
signal d’adressage au protéasome.
½ des protéines du RER aboutissent au protéasome.

d. Conclusion
Au niveau du noyau on a la transcription et la présence d’un ARNm qui va dans le
cytoplasme. Cette ARNm est :

- Soit lu par les ribosomes libres : on synthétise des protéines. Ces protéines sont
synthétisées dans le cytosol, elles vont se replier dans l’espace et devenir des
protéines matures qui vont rester dans le cytosol. Elles peuvent aller au niveau de la
mitochondrie, du chloroplastes, du peroxysome ou revenir à l’intérieur du noyau.
- Soit lu par les ribosomes fixés à la membrane du RER : on a la protéine avec un
début d’élongation avec le peptide signal. Grâce à ce dernier on va avoir un docking
des ARNm et des ribosomes sur le RE. Soit les protéines restent dans la lumière du
RE, soit elles vont rester dans la membrane du RE. Si tout est bien fait la protéine
passe ensuite dans le Golgi qui va envoyer les protéines soit à l’extérieur des cellules
soit on les retrouve à la surface de la membrane plasmique soit elles vont être
adressées au lysosome. Ce schéma est bon pour 1/3 des protéines du RE.

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› Immunomarquage par des anticorps anti-Calnexine  :

Ils sont fluorescent dans le rouge sur des cellules Cos-7.
 Comment est-ce que l’on fait ? On utilise des Ac.
Les Ac : protéines qui reconnaissent une autre protéine (Ag) de manière très spécifique.
Ils sont fabriqués naturellement par les lymphocytes B de notre corps et participent à
l’immunité. Ils vont reconnaitre une protéines portée par la bactérie ou par un virus.

Outil biotechnologique : les sociétés biotechnologiques les fabriquent pour reconnaitre la

molécule que l’on veut. En plus, ils sont rendus fluorescents ; rouge, vert, bleu ; par greffage
chimique.

 Comment cela fonctionne ?

On a la cellule avec sa membrane, on imagine que l’on a une protéine membranaire ; ici un
Ac. On veut savoir qu’elle est la localisation de cette protéine. On va incuber la cellule avec
l’Ac qui est fluorescent ; l’Ac a deux chaines lourdes et deux chaines légères. Sur une des
extrémités on va fixer le marqueur fluorescent : le fluorochrome ; l’autre extrémité est
réservée à l’Ag.

 Rappel Calnexine : protéine membranaire résidente du RER.

C’est une fluorescence que l’on voit à l’intérieur de la cellule.

- Observation : comment se répartit la fluorescence ? quelle est la forme de la

fluorescence ?
- Conclusion : qu’est-ce que cela veut dire ?

La fluorescence n’est pas répartie de façon homogène, de façon diffuse : elle est répartie de
manière organisée sous forme de petit point, elle n’est pas homogène. Cela prouve que la
protéine observés n’est pas partout mais à des endroits spécifiques. La fluorescence peut
former des traits.

L’immunomarquage par un Ac anti-Calnexine fluorescent dans le rouge sur les cellules Cos-
7. Coloration au DAPI du noyau, fluorescence bleue, double marquage.
L’immunomarquage par un Ac anti-Calnexine fluorescent dans le vert, un Ac anti-actine
fluorescent dans le rouge. Coloration au DAPI du noyau, fluorescence bleue, triple
marquage, MERGED image superposée des trois couleurs.

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› Résumé RER et REL  :

C’est une structure dynamique et une structure de stockage.
Elle est dynamique car on y trouve :

- Transfert des lipides

- Transfert des protéines

C’est une structure de stockage des :

- Lipides
- Protéines
- Sucres

L’activité du RER et du REL sont modulés selon les cellules.

Les protéines sont sécrétées différentiellement au cours du temps et selon les cellules.

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