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UE1 : BIOCHIMIE
COURS 6 - Introduction AU
GÉNOME
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UE1 - Biochimie - 6 - Structure du génome humain - Dr. Fabre - ../../.. - ..H..
I. Acides nucléiques
A) Phosphates
B) Pentoses
C) Bases azotées
D) Nucléosides
E) Nucléotides
IV. La chromatine
A) Nucléosomes
B) Solénoïde
C) Modifications des histones
D) Types de chromatine
V. Génome humain
A) Zones répétées
B) Zones uniques
Annales corrigées
ACC
ASTUCES, pour répondre rapidement et sans erreurs
Correction détaillée
I. Acides nucléiques
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L’ADN a été découvert en 1870 dans le noyau des globules blancs par Friedrich Miescher, il a
donc appelé cette entité la nucléine. Ce seront d’autres biologistes qui feront le lien entre
nucléine et caractères génétiques.
La nucléine contenant de l’acide phosphorique, elle est rebaptisée « acide nucléique ». Kossel et
Levene montreront ensuite que l’acide nucléique est un assemblage de nucléotides contenant du
désoxyribose : l’acide désoxyribonucléique ou ADN.
Les acides nucléiques (acide désoxyribonucléique/ADN et acide ribonucléique/ARN) sont tous
deux composés d’éléments de base :
- des phosphates
- des pentoses
- des bases azotées
L’association de ces 3 éléments forme les « unités de base » des acides nucléiques :
- pentose + base azotée = nucléoside
- pentose + base azotée + phosphate(s) = nucléotide
A) Phosphates
Liaison non-énergétique.
Liaison Liaison entre l’hydroxyle d’un acide phosphorique et un autre groupement
phosphoester hydroxyle :
Liaison énergétique.
Liaison Liaison entre 2 hydroxyles d’un acide phosphorique et 2 autres
phosphodiester groupements hydroxyle :
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Liaison énergétique.
B) Pentoses
Les atomes des sucres sont notés avec des ‘ pour éviter la confusion avec les bases azotées
(2’ correspond au 2ème atome d’un sucre, 2 au 2ème atome d’une base azotée).
C) Bases azotées
La base azotée est l’élément qui permet de différencier 2 nucléotides d’ARN ou 2 nucléotides
d’ADN.
Il y a 2 familles de bases azotées : les purines et les pyrimidines, qui se différencient par leur
noyau (purique ou pyrimidique). La numérotation des atomes du noyau est également
différente en fonction de la famille.
Purines (noyau purique) Pyrimidines (noyau pyrimidique)
Ce sont les substituants des noyaux (-NH2, =O, -CH3) qui conditionnent la complémentarité
des bases. Dans tous les cas, une base purique est complémentaire d’une base
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pyrimidique.
Complémentarité Complémentarité
Base Famille
ADN ARN
Adénine Thymine Uracile
Purine
Guanine Cytosine
Cytosine Guanine
Uracile Pyrimidine Adénine
Thymine Adénine
D) Nucléosides
Le nucléoside désigne l’association sucre + base azotée par une liaison N-osidique (l’azote de la
base azotée remplace le groupement hydroxyle en 1’ du sucre). Cependant, l’atome d’azote n’est
pas le même en fonction des purines ou des pyrimidines :
- c’est l’atome d’azote en position 9 pour les purines (liaison 1’-9)
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Le phosphate vient se fixer sur le pentose (pas sur la base azotée), en position 5’ (sur la
fonction -OH dépassant du cycle furane). La liaison entre les 2 nucléotides se fait par le
biais de ce phosphate, sur l’atome 5’. C’est pour cela que l’ADN possède 2 pôles :
- 1 pôle 5’-phosphate, qui marque le début de la molécule
- 1 pôle 3’-OH, qui marque la fin de la molécule
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A) ARNm
L’ARNm (pour ARN messager) est le plus connu des ARN, alors qu’il ne représente que 2 à 3%
de la quantité totale des ARN cellulaires. C’est une copie transitoire d’une portion de l’ADN
cellulaire correspondant à un ou plusieurs gènes : un intermédiaire pour la synthèse de
protéines.
B) ARNr
L’ARNr (pour ARN ribosomal) est le plus présent quantitativement dans la cellule : 80% des
ARN. Chez les eucaryotes, il en existe 4 différents, qui s’associent à des protéines pour
former le ribosome (un complexe ribonucléoprotéique). les ARNr possèdent une activité
catalytique, qui permet la traduction des protéines.
Chez les eucaryotes, le ribosome est de sédimentation 80s, formé de 2 sous-unités : une grosse
de sédimentation 60s et une petite de sédimentation 40s, toutes deux formées de protéines et
d’ARNr :
Ribosome 80s
Grosse sous-unité 60s Petite sous-unité 40s
ARNr 28s (4700 nucléotides)
ARNr 5,8s (160 nucléotides) ARNr 18s (1900 nucléotides)
ARNr 5s (120 nucléotides) 33 protéines
49 protéines
C) ARNt
Les ARNt (pour ARN de transfert) représentent 15% des ARN totaux. Ils sont composés de 75 à
95 nucléotides, et servent d’adaptateurs entre le codon de l’ARNm et l’acide aminé, lors de
la traduction protéique. Il existe au moins 1 ARNt par acide aminé.
Leur structure est grossièrement en forme de trèfle en 2D, et en forme de L en 3D. Ils
comportent 5 régions.
D) ARNsn
Les ARNsn (pour small nuclear ARN, petit ARN nucléaire) représentent moins de 1% des ARN
cellulaires. Leur rôle est peu connu, mais ils ont une fonction dans la régulation de la
maturation des ARNm et dans d’autres processus nucléaires. Ce sont des ARN dont la
séquence est très riche en uracile.
E) ARNnc
Les ARNnc (pour ARN non-codant) régulent l’expression des gènes et des transposons
(séquence d’ADN capable de se déplacer de façon autonome dans un génome). Il y en a 2 sortes :
- les ARNmi (micro ARN), monobrins, de 21 à 25 nucléotides, qui sont
spécifiquement codés par des gènes dont ils sont les uniques produits
- les ARNsi (small interfering ARN, petit ARN interférent), double-brins, qui
proviennent des exons d’autres gènes
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F) ARN-amorce
Les ARN-amorce sont synthétisés par la primase lors de la réplication, et servent de point
de départ à la synthèse d’ADN (pour un brin en entier ou un fragment d’Okasaki).
G) ARN7SL
L’ARN7SL représente moins d’1% des ARN. Il entre dans la composition du SRP (signal
recognition particule), complexe ribonucléoprotéique (6 protéines + ARN7SL) qui est chargé
d’amener certains ARNm vers la membrane du REG, où ils seront traduits, et de déplacer
les ribosomes dans le cytosol.
L’ADN est une molécule linéaire complexe formée de nucléotides assemblés en chaîne. Sa
structure est double-brin (les 2 brins étant antiparallèles dans leur sens de lecture), et ses
nucléotides comportent un D-2’-désoxyribose comme sucre. La séquence des 2 brins d’ADN
est complémentaire.
Au sein de l’ADN, les nucléotides sont orientés dans un sens bien particulier : le squelette
pentose-phosphate est tourné vers l’extérieur de la chaîne, tandis que la base azotée est
vers l’intérieur, formant des liaisons hydrogène entre elles.
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La double-hélice s’enroule vers la droite dans la majorité des cas, cependant il existe
plusieurs types de structures de l’ADN que l’on peut retrouver, en fonction de la séquence
et des propriétés du milieu dans lequel est contenu l’ADN.
Forme ADN A ADN B ADN Z
Séquences riches en
In vivo ? Majoritaire
GC
Rotation Droite Droite Gauche
Sillon 2 : grand + petit 2 : grand + petit 1 seul
Nucléotides/tour 11 10 12
Pas 2,46nm 3,32nm 4,56nm
Diamètre 2,55nm 2,37nm 1,84nm
Dénaturation Les liaisons hydrogène de l’ADN absorbent la lumière dans les UV, à
260nm. Lorsque l’on dénature la molécule d’ADN (dissociation réversible
des liaisons hydrogène), on observe la modification d’absorption à 260nm.
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IV. La chromatine
La chromatine désigne la forme que prend l’ADN dans le noyau, c’est-à-dire un complexe
contenant de l’ADN + des protéines. La chromatine est composée d’1/3 d’ADN, 2/3 de protéines
dont la moitié sont des histones.
A) Nucléosomes
Le nucléosome est l’unité de base de la chromatine. Il s’ agit d’une structure formée de 8 histones
autour desquelles s’enroule l’ADN. La structure formée est un cylindre de 6nm sur 11nm, autour
duquel 142 nucléotides s’enroulent. L’octamère d’histones est formé de :
- 2 histones H2A
- 2 histones H2B
- 2 histones H3
- 2 histones H4
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La tête des histones est orientée vers l’intérieur du nucléosome, la queue vers l’extérieur
et donc en contact avec l’ADN. Cette structure permet de compacter l’ADN 6 fois plus que
la normale. Cette compaction protège l’ADN des endonucléases, et lui donne la taille
nécessaire pour entrer dans le noyau.
Les histones sont des protéines basiques, dont la tête correspond à l’extrémité C-terminale,
et la queue à l’extrémité N-terminale. La queue, lors de la maturation, subit des modifications
post-traductionnelles qui lui permettent d’acquérir une conformation particulière, une
activation (la capacitation de histones), et un accès à l’ADN pour qu’il s’enroule autour de
la protéine.
Les histones sont très riches en lysine et arginine (basiques), et portent donc une charge + à
pH 7,4. L’ADN étant anionique (charge - à cause des phosphates) à ce pH, l’interaction entre
eux est facilitée par leurs charges complémentaires.
Au sein de la molécule d’ADN, les nucléosomes sont espacés de 200 paires de bases, ce qui lui
confère un aspect de « collier de perles » au microscope électronique.
B) Solénoïde
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Pour passer d’une forme de la chromatine à une autre, plusieurs modifications de la structure
des histones existent :
Acétylation Méthylation Phosphorylation
Modification
De plus, il existerait des liaisons inter-nucléosomiques entre les queues des différentes
histones. Ces liaisons permettraient une décompaction de l’ADN, et la liaison de protéines
spécifiques sur certaines séquences nucléotidiques.
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D) Types de chromatine
V. Génome humain
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Le génome contient 50% de séquences uniques, et 50% de séquences répétées. En tout, seul
20% du génome forme des gènes, et ces gènes sont formés de 15% d’introns, et 5%
d’exons : seul 5% du génome est exprimé par le corps.
Génome humain
(indicatif et explicatif, pas à connaître par cœur !)
Séquences répétées Séquences uniques
50% 50%
Transposons Gènes
ADN non-
48% 20%
Tandems répétitif
ADN répété
LINEs SINEs RLE 2% autre Introns Exons
dispersé
20% 12% 8% 30% 15% 5%
8%
A) Zones répétées
Le génome humain est constitué de 50% de zones répétées, de 2 sortes : les zones répétées en
tandem (répétées les unes à la suite des autres) ou dispersées.
Zones répétées Satellite Ce sont des motifs de 5 à 170 paires de bases, répétés
en tandem jusqu’à 5000 fois, particulièrement au niveau des
centromères.
Minisatellite Motifs de 6 à 64 paires de bases, répétés de 1000 à 2000
fois, particulièrement au niveau des télomères.
Microsatellite Séquence de 1 à 6 paires de bases, répétées entre 5 et 50
fois dans l’ensemble du génome.
Zones répétées SINEs (short Ce sont des rétrotransposons non-rétroviraux
dispersées interpersed nuclear (différents des RLE) constitués de 100 à 400
elements) paires de bases (séquences Alu provenant de la
rétrotransposition de l’ARN7SL, par exemple).
LINEs (long Rétrotransposons non-rétroviraux consitutés
interpersed nuclear généralement d’environ 6000 paires de bases
elements) (6kb).
B) Zones uniques
Les zones uniques servent principalement à coder des gènes (dans leur utilité, pas au niveau de
leur composition, les régions codantes des gènes n’en représentant qu’1/10).
Un gène est une région d’ADN qui contrôle un caractère héréditaire, et correspond en général à
une seule protéine ou un seul ARN. Il est composé de plusieurs parties :
- 1 région régulatrice, en amont de la partie codante, comportant des séquences de
fixation pour des facteurs de transcription, et un promoteur
- des introns (1-80 par gène), qui sont les parties codantes qui vont constituer
l’ARNm final, et donner la protéine
- des exons, qui sont des parties non-codantes qui seront retirées de l’ARNm au
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La séquence d’un gène se lit dans le sens 5’-3’ (5’-phosphate-3’-OH) sur le brin dit « brin-
sens ». L’autre brin d’ADN, à séquence complémentaire, est dit brin-antisens.
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A TOI DE JOUER
ACC : Structure du génome
QUESTION N° 86
Concernant l’ADN bicaténaire, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A. la forme B de l’ADN est une hélice droite dont le pas est de 2,4 nm
B. la dénaturation thermique de l’ADN s’accompagne d’une élévation de l’absorbance
moléculaire à 260 nm
C. les rapports T/A et C/G sont toujours égaux à 1
D. pour un contenu en adénine et thymine donné, la température de fusion augmente
avec la salinité
E. aucune de ces propositions n’est exacte
QUESTION N° 87
Concernant la structure de la chromatine, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A. le diamètre de la fibre de chromatine est de 30 nm
B. les histones sont généralement hypo-acétylées dans l’euchromatine
C. la méthylation des histones est généralement associée à une activation des gènes
D. la chromatine est composée pour : 2/3 d’ADN et 1/3 d’histones
E. la fibre de chromatine est six fois plus compacte que la structure en "collier de
perles"
QUESTION N° 88
Concernant l’organisation du génome, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s).
A. l’ADN répété représente plus de 80% du génome
B. l’ADN codant pour les protéines (exome) représente moins de 5% du génome
C. les séquences LINE et SINE sont des rétrotransposons rétroviraux
D. l’ADN répété minisatellite est localisé au niveau des télomères
E. les microsatellites peuvent être localisés au niveau des centromères
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Décembre 2013
QUESTION N° 84
Concernant la structure des acides nucléiques, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) :
A. La cytidine est la 2-oxy-4-amino-pyrimidine
B. La guanine est la 2-amino-4-oxy-purine
C. La conformation Z de la double hélice d’ADN est favorisée par une séquence
riche en GC
D. Un tour de la double hélice d’ADN en conformation B comporte 10 paires de
bases
E. La structure d’un nucléotide triphosphate comprend 3 liaisons de type
anhydride d’acide
QUESTION N° 85
Concernant l’organisation du génome, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) :
A. Les histones sont majoritairement méthylées et hypoacétylées dans
l’hétérochromatine
B. Le génome mitochondrial est formé d’une seule molécule d’ADN linéaire
C. Approximativement 25% du génome nucléaire correspond à de l’ADN codant
qui sera transcrit puis traduit en protéine
D. Les séquences les plus abondantes dans le génome nucléaire sont les séquences
répétées en tandem
E. Il n’existe pas de localisation préférentielle des microsatellites dans le
génome
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CORRECTION
Questions à choix multiples
Décembre 2014 Décembre 2013
Q85 : A B D Q84 : C D
Q86 : B C D Q85 : A E
Q87 : A E
Q88 : B D E
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