Technique de Bio Mol

FILIERE BIOCHIMIE - MICROBIOLOGIE
LICENCE 1
UE: BIOLOGIE CELLULAIRE ET NOTIONS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE
ECUE 2: NOTIONS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE
AKPA E. E., PhD

Maître de Conférences au Laboratoire de Biotechnologies / akpae@yahoo.fr
SOMMAIRE
CHAPITRE I: LES ACIDES NUCLEIQUES
I.1.- DEFINITION ET MISE EN EVIDENCE

I.2.- STRUCTURES ET CARACTERISTIQUES DES ACIDES NUCLEIQUES
CHAPITRE II: PROPRIETES PHYSIQUES ET CHIMIQUES DES ACIDES NUCLEIQUES
II.1.- DENATURATION DE L’ADN

II.2.- RENATURATION DE L’ADN
II.3.- ENROULEMENT DE L’ADN ET CHROMATINE
II.4.- PROPRIETES ET SPECIFICITES DES ARN
CHAPITRE III: REPLICATION DE L’ADN

III.1.- MECANISME DE LA REPLICATION
III.2.- REPLICATION CHEZ LES PROCARYOTES

III.3.- REPLICATION CHEZ LES EUCARYOTES
CHAPITRE IV: EXPRESSION DES GENES
IV.1.- TRANSCRIPTION DE L’INFORMATION GENETIQUE

IV.2.- TRADUCTION
IV.3.- PRINCIPES DE LA REGULATION DE L’ACTIVITE DES GENES
Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 3

C’est quoi la Biologie moléculaire?
Discipline scientifique au croisement de la Génétique, de la

Biochimie et de la Physique, dont l'objet est la compréhension
des mécanismes de fonctionnement de la cellule au niveau
moléculaire.
•Science consacrée à l'étude des molécules porteuses du message

héréditaire (ADN, ARN), de leur structure, de leur synthèse, de
leur altérations (mutations).
Elle est donc consacrée à l’étude des processus de réplication, de

transcription et de traduction du matériel génétique

 Biochimie = étude des substances chimiques et des processus
vitaux qui se produisent dans les organismes vivants.
 Génétique = étude des effets des différences génétiques entre

les organismes.
 Génie génétique = ensemble des outils et des techniques de la

biologie moléculaire.

PREAMBULE La cellule
6
Que trouve-t-on dans la cellule?
Ions, … 4%
30% Phospholipides 2%
ADN 1%
ARN 6%
22 %
70% Matériel de
la Biologie
Eau Protéines 15 % Moléculaire
Polysaccharides 2 %

Les protéines
3000 à 4000 protéines dans une cellule
Les protéines sont partout:
Composant des muscles
Transport: hémoglobines (oxygène), albumine (corps gras), …
Régulation: insuline, …
Récepteur
Anticorps
Structure: collagène dans la peau, kératine dans les cheveux, …
etc.
8
Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr
20 acides aminés distincts
A C D E F G H I K L
Ala cys asp glu phe gly his ile lys leu
M N P Q R S T V W Y
Met asn pro gln arg ser thr val trp tyr
Longueur: 50 à 1000 acides aminés
Une protéine se replie en «pelote», adoptant une configuration

spatiale caractéristique de sa fonction
Ex: Triose phosphate isomérase 9

3D Squelette
Qui fournit le «plan» de construction des protéines?
L’ Acide DésoxyriboNucléique
ou
A. D. N.


I.1.- DEFINITION ET MISE EN EVIDENCE DES ACIDES
NUCLEIQUES
I.1.1– Définition
L’ADN (acide désoxyribonucléique) = macromolécule composée d’un

enchainement d’unités srtucturales appelées nucléotides, qui forment
ainsi un polynucléotide.
Quelle est la Composition du nucléotide?
- 1 groupe phosphate
- 1 ose à cinq atomes de carbone (pentose)
- 1 base azotée: soit une pyrimidine (1 hétérocycle azoté)
soit une purine (2 hétérocycles azotés)
Dans l’ADN pentose = désoxyribose
nucléotides = désoxyribonucléotides
bases = Adénine, Guanine, Cytosine, Thymine
Dans l’ARN pentose = ribose

nucléotides = ribonucléotides
bases = Adénine, Guanine, Cytosine, Uracile
(unité structurale ADN) 13

I.1.2– Mise en évidence de l’ADN
Constat !!!
- La souche S tuée par la chaleur transforme la souche R vivante.
- La bactérie virulente apparue est de type S.
14
Conclusion:
Existence dans les bactéries virulentes (tuées par la chaleur) d’un
facteur qui transforme les bactéries non virulentes en bactéries
virulentes.
Remarque:
Le changement obtenu est permanent. Les pneumocoques isolées de
ces bactéries sont virulentes et peuvent se propager.
C’est un facteur qui est transmissible à la descendance.

(Griffith, 1928)

En 1944, expérience de Avery, Mc Leod et Mc Carty pour montrer que
l’ADN est le facteur transmissible
16

I.2.- STRUCTURES DES ACIDES NUCLEIQUES
Structure des nucléotides

Numérotation conventionnelle des atomes de carbone et d’azote des
bases et des sucres
Bases pyrimidiques N° 1 à 6
2 hydroxy 2,4-dihydroxypyrimidine 2,4-dihydroxy

4-aminopyrimidine 5-méthylpyrimidine
Bases puriques N° 1 à 9
6-aminopurine 2-amino, 6 hydroxypurine
18
Structure des nucléotides (suite)
Sucres (pentoses) N° 1’ à 5’
Acide phosphorique
19
Ajout du suffixe «osine» aux bases puriques Ajout du suffixe « idine » aux bases pyrimidiques
20
Nucléotides précurseurs de l’ADN
Bases Nucléosides Nucléotides Abréviations
PURINES
Adénine (A) désoxyadénosine Désoxyadénosine 5’ dATP
triphosphate
Guanine (G) désoxyguanosine désoxyguanosine 5’ dGTP
triphosphate
PYRIMIDINES
Cytosine (C) désoxycytidine désoxycytidine 5’ dCTP
triphosphate
Tymine (T) désoxythymidine désoxytymidine 5’ dTTP
triphosphate

Etablissement d’une liaison N-glycosidique entre le Carbone 1’ de

l’ose et l’azote 1 des pyrimidines ou l’azote 9 des purines
Etablissement d’une liaison ester entre le Carbone 5’ de l’ose et le

phosphate a
Le même phosphate peut former des liaisons anhydride d’acide

avec d’autres groupes phosphate b et g
7 6
5 1
g b a 8
5’ 9 4 2
4’ 1’ 3
3’ 2’
22
Le même phosphate peut aussi former des liaisons ester avec un

groupe hydroxyle du Carbone 3’ de l’ose

La polymérisation de l’ADN repose sur la formation de liaisons
phosphodiester. Elles relient les différents nucléotides pour aboutir à
la formation d’un brin d’ADN
Polymérase
24
Tout brin d’ADN linéaire est orienté avec une extrémité 5’ P libre, et
une extrémité 3’ OH libre

Structure en double hélice de l’ADN
- L’ADN est un acide nucléique bicaténaire. Il est constitué de 2 brins

complémentaires associés par des liaisons hydrogènes (H)
- Les liaisons H s’établissent entre une purine et une pyrimidine
- L’adénine (A) est reliée à la thymine (T) par 2 liaisons H (A T)

la guanine (G) est reliée à la cytosine (C) par 3 liaisons H (G C)
26
Structure en double hélice de l’ADN (suite)
Les travaux de Chargaff ont montré que A = T et G = C ; A+G/C+T = 1
!!! Cependant: A+T/G+C varie selon l’origine de l’ADN
Origine de l’ADN % GC
Escherichia coli 53.2
Drosophile 39.8
Poule 43.7
Vache 45.0
Homme 40.7

- Les 2 brins de l’ADN sont antiparallèles = L’orientation d’un brin

(5’ P et 3’ OH) est toujours inverse de celle du brin complémentaire
28
- L’association entre les 2 brins par les liaisons H génère une contrainte
physique qui impose à la molécule sa forme en double hélice (duplex)

- La molécule d’ADN est définie par le pas de l’hélice (tour complet de
chaque brin), la distance entre 2 plateaux de bases appariées, et le
diamètre axial de l’hélice
30
CHAPITRE II: PROPRIETES PHYSIQUES ET
CHIMIQUES DES ACIDES NUCLEIQUES

- Quand on chauffe une solution d’ADN, l’agitation thermique provoque

la rupture des liaisons hydrogène et la séparation des deux brins
d’ADN, on parle de dénaturation
- La dénaturation peut être suivie par la mesure de DO à 260nm (effet

hyperchrome)
Absorption
(Densité Optique)
Absorption
(Densité Optique)
ADN monocaténaire
D.O.2
D.O.1 + D.O.2
-------------------
95°C
2
D.O.1
ADN bicaténaire
Température
Tm 32
- Tm = température de fusion = température provoquant la dénaturation
de la moitié des molécules d’ADN
- Plus un ADN est riche en GC, plus la valeur de Tm est élevée
NB:
La dénaturation dépend aussi de la concentration en sels du milieu.
Des traitements avec des solutions concentrées en formamide ou en
urée déstabilisent les liaisons H
Formamide
Urée
33

- Un ADN dénaturé peut retrouver, dans certaines conditions

expérimentales, sa structure en double brin, c’est la renaturation ou
hybridation.
- Ainsi, le refroidissement lent de solutions d’ADN dénaturé par la

chaleur favorise la réunion des brins complémentaires pour former à
nouveau une double hélice
Facteurs importants pour la renaturation:

• Concentration saline suffisante pour éliminer les répulsions
électrostatiques entre les 2 chaînes. NaCl [0.15 - 0.5 M]
• Température idéale d’hybridation = 10 °C en dessous du Tm

35
Applications des expériences de renaturation ou d’hybridation
- Recherche de séquences particulières d’ADN (espèces différentes

ou au sein d’une même espèce)
- Réactions de séquençage de l’ADN par allongement d’amorces en

présence de ddNTP
- Amplification d’un fragment d’ADN par la réaction de PCR


Chez les porocaryotes
- L’ADN des bactéries, de nombreux virus et de la mitochondrie existe

sous une forme circulaire sans extrémités libres
- La plus grande partie de l’ADN dans les cellules procaryotes est sous la
forme surenroulée
• Le surenroulement de l’ADN est important pour son conditionnement dans les cellules
• Le surenroulement de l'ADN intervient également lors de la réplication de l’ADN et de
sa transcription en ARN
- L’état surenroulé peut se relâcher pour redonner une forme circulaire,

par coupure et ligature de l’un des brins de l’ADN sous l’action des
topoisomérases (hélicases)
Superhélice gauche Surenroulement (+) = resserre les brins
Surenroulement (-) = aide à séparer les brins
ADN rélaché
Ssuperhélice droite
Trois topoisomères d'un Surenroulement pendant la

même ADN circulaire réplication ou la transcription

Chez les eucaryotes
- L’ADN est fréquemment associé à des protéines (histones) pour
donner l’ensemble appelé chromatine
- Il existe 5 types d’histones: H1, H2A, H2B, H3 et H4
- 8 Histones (octamère) + 145 pb ADN = nucléosome
- On trouve 1 nucléosome tous les 200 pb
Organisation de l’ADN en histones 40

41

ARN = polymère linéaire constitué d'un enchaînement de nucléotides
 Il est monobrin (alors que ADN est double brin)
 L'ARN contient un ribose à la place du désoxyribose de l'ADN
 Dans l’ARN, la Thymine (T) est remplacée par l’Uracile(U)
 Les enzymes qui copient ADN en ARN = ARN polymérases
 L’ARN est plus instable que ADN

II.4.- PROPRIETES ET SPECIFICITES DES ARN (suite)
 Les ARN ont 3 fonctions :
1) être support de l'information génétique d'un ou de plusieurs

gènes codant des protéines (on parle alors d'ARN messagers)
2) accomplir des fonctions catalytiques (par exemple l'ARN

ribosomique)
3) servir de guide ou de matrice pour des fonctions catalytiques

accomplies par des facteurs protéiques comme c'est le cas des
microARN (ARN anti-sens qui permettent un blocage de la
traduction des messagers en protéines)

III.1 PRINCIPES ET ELEMENTS DE LA REPLICATION
III.2 REPLICATION CHEZ LES PROCARYOTES
III.3 REPLICATION CHEZ LES EUCARYOTES

QUELQUES DEFINITIONS
 Réplication = reproduction de l’ADN à l’identique
 Réplication de l’ADN doit respecter deux principes:

1) l’ensemble du génome doit être répliqué à chaque division
cellulaire
2) chaque molécule d’ADN n’est répliquée qu’une seule fois par
cycle cellulaire
 Le Réplicon = unité de réplication de l’ADN eucaryote, qui comprend

une origine et une terminaison
 Chez les eucaryotes sa taille varie de 30 000 à 150 000 bases et on
trouve de 1 à 35 000 réplicons;
 Une Ori = séquences répétées d’environ 200 pdb pour les
procaryotes et 2000 pdb pour les eucaryotes.
 Chez E. coli, l’origine de réplication possède une séquence répétée

de 13 pdb riche en thymine (T), ainsi qu’une séquence GATC
présente une dizaine de fois. 46
Semi-conservatisme de la réplication!!!
Dans la molécule fille d’ADN issue de la réplication, un brin

provient de la molécule mère (conservation d’une fibre
parentale), et un autre brin est nouvellement synthétisé
Mise en évidence par Meselson et Stahl en 1957

- Culture de bactéries E. coli en présence de 15NH4Cl (isotope N lourd)
- Transfert de ces bactéries dans un milieu «léger» contenant 14NH4Cl
- Extraction de l’ADN
- Séparation de l’ADN par centrifugation en gradient de chlorure de césium
Culture sur Une génération Deux générations

milieu lourd après transfert sur après transfert sur
15N milieu léger milieu léger
14N 14N
Bande d’ADN léger

Bande d’ADN hybride
Bande d’ADN lourd
100% 15N 100% 15N 14N 50% 15N 14N
50% 14N 14N
Semi-conservatisme de la réplication de l’ADN

48
Les Enzymes de la réplication de l’ADN (ADN Polymérases)
"Désoxynucléotidyl-transférase"
- Elles ont besoin d’une matrice d’ADN pour produire le brin néo-synthétisé
- Elles ont besoin d’une amorce
- Elles ont un sens de déplacement précis: * elles lisent le brin matriciel de 3’ vers 5’
* elles synthétisent le néo-brin de 5’ vers 3’
Brin matrice
anti-parallèle
complémentaire
amorce
Sens de lecture
3’ 5’
Sens de synthèse
5’ 3’ 49
Les différents types de polymérases
⌂ Chez les procaryotes: 3 types (I, II et III)

- Possèdent toutes une activité de polymérisation 5’, 3’
- Possèdent toutes une activité exonucléasique 3’, 5’ (proofreading)
- ADN poly I possède, en plus, une activité exonucléasique 5’, 3’ (dégradation
ARN amorce)
⌂ Chez les eucaryotes supérieurs: 5 types (α, β, δ, ε et γ)
NB: conditions d’activité des ADN polymérases
• Les 4 désoxy-ribo-nucléotides 5’ tri-phosphate (dATP, dTTP, dCTP et dGTP)

• Des ions magnésiums (Mg2+ ) qui stabilisent l’ADN et les protéines.
50
Les origines de réplications
Procaryotes Eucaryotes
ori
1 seule ori 104 à 105 ori

Vitesse: 100 kpb/min Vitesse: 5 kpb/min


Les différentes protéines mise en jeu
1. Les protéines de reconnaissance des sites d’initiation et de terminaison
2. Les hélicases (ou DNA B) déroulent la double hélice
3. Les protéines SSB (pour single strand binding protein) se fixent sur l’ADN
simple brin et l’empêche de se réenrouler
4. La primase (ARN polymérase ADN dépendante) synthétise l’amorce
5. Les topo-isomérases (2 types) relâchent les contraintes de torsion de l’ADN,

la topo-isomérase de type II d’E-Coli s’appelle l’ADN-gyrase
6. Les ADN ligases (ou DNA G) catalyse la formation de la liaison phosphodiester

Les étapes de la réplication chez les procaryotes
• Ouverture de la double hélice et formation de la fourche réplicative:

(sur 40 pdb après reconnaissance de l’ori par les DNA A)
L’ouverture de l’ADN entraîne la formation de l’œil de réplication et des

deux fourches de réplication.
• Elongation du brin précoce (dans le sens de déplacement de la fourche)

- Le brin qui servira de matrice au brin précoce est lu dans le sens 3’ vers 5’
- L’ amorce est ici de l’ARN, l’ADN pouvant être utilisé in vitro

- L’ADN polymérase III est responsable de l’initiation et de l’élongation du
brin précoce.

• Elongation du brin tardif (dans le sens inverse du déplacement de la
fourche):
- Le brin matrice pour le brin tardif doit également être lu dans le sens 3’ 5’,
mais la fourche se déplace dans le sens inverse.
- l’ADN polymérase III est également responsable de l’élongation du brin tardif.
- La synthèse sera segmentée en fragment de taille relativement constante

(fragments d’Okasaki, 1000 à 2000 pdb).
- A chaque segment il y a recrutement d’une primase pour la synthèse d’une

amorce d’ARN constitué de 10 à 50 nucléotides
- Les amorces vont, ensuite, être détruites par l’activité exonucléase 5’3’
des poly I ou des Rnases et la poly I va compléter la brèche .
- La dernière liaison phosphodiester sera réalisée par la ligase.

• Terminaison:
- Le terminateur est le site de fixation de protéines « Tus » qui reconnaît les

régions Ter.
- Chez E-Coli, la partie entre les deux terminateurs n’est pas répliqué,
les deux ADN circulaires sont ainsi associés, la topo-isomérase II est alors
utilisée pour les dissociés.
- L’ADN polymérase I complète ensuite les parties non répliquées.
Topoisomérases II
Réplication complète d’un ADN circulaire 57


- Les grands principes de la réplication sont les mêmes que ceux des
procaryotes
- L’ ADN d’eucaryote organisé en chromatine (ADN +histones) conduit

à un degré supérieur de complexité
- Réplication bidirectionnelle mais les fourches de réplication avancent

lentement (de l’ordre de 10-10 )
- La présence de plusieurs ori permet de corriger la lenteur de réplication

Les télomères
Schéma d’un chromosome avec des télomères
- Un télomère est un morceau (séquences répétitives) d’ADN, non

codant, situé à l’extrémité de chaque chromosome.
- Les télomères raccourcissent avec l’âge, devenant de plus en plus

court à chaque division de la cellule (horloge biologique).
- Lorsque le télomère disparaît, la cellule meurt par apoptose.

60
Rôles des télomères:
- Maintenir l’intégrité des informations génétiques,
- Protéger les ADN vis-à-vis des exo-nucléases,
- Eviter les fusions des chromosomes au niveau des extrémités,
- Rôle dans l’organisation de la chromatine durant l’interphase par

interaction avec la membrane nucléaire.

IV.2.- TRADUCTION
IV.2.3. PRINCIPES DE LA REGULATION DE L’ACTIVITE DES GENES

Le gène = unité fondamentale de la transmission de l’information
génétique
Le gène = fragment d’ADN portant l’information nécessaire à la

biosynthèse d’un produit biologiquement actif (souvent protéine)
Dogme central de la biologie moléculaire

ADN réplication
transcription Transcription inverse
ARN
traduction
PROTEINE
63
IV.1.1. PRINCIPES ET ELEMENTS DE LA TRANSCRIPTION
IV.1.2. TRANSCRIPTION CHEZ LES PROCARYOTES
IV.1.3 TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES

- Les ARN sont obtenus par transcription de l’information génétique portée par
l’ADN
- C’est la séquence des bases puriques et pyrimidiques de l’ADN qui commande

la séquence des bases (A,G,U,C) de l’ARN
- Il existe 3 types d’ARN: ARNr, ARNt et ARNm
- L’ARN est une molécule monocaténaire linéaire (exception dans certaines

configurations et chez certains virus)
- Les ARN sont synthétisés suivant le même principe observé lors de la

duplication de l’ADN (appariement complémentaire des bases)

- La synthèse de l’ARN résulte de l’action de l’ARN polymérase qui se fixe sur la
région promotrice
- La synthèse de l’ARN s’effectue toujours dans le sens 5’ 3’
- Seule l’une des 2 séquences complémentaires d’un gène est transcrite en ARN,
l’autre est dite séquence codante (séquence identique à l’ARN transcrit)
5’ 3’ Brin codant (+)

ADN
3’ 5’ Brin transcrit (-)
5’ ARN 3’
- Pour certains gènes, l’ARN résulte de la transcription de l’un des brins, et pour
d’autres gènes, de l’autre brin
5’ 3’ ADN
3’ 5’
5’ 3’
3’ 5’ ADN
66
Les Enzymes de la réplication de l’ARN (ARN Polymérases)
- La fixation de l’ARN polymérase sur le promoteur entraîne la séparation

localisée des brins d’ADN
- L’orientation 5’, 3’ de la séquence nucléotidique du promoteur définit le

brin d’ADN qui servira de matrice à la transcription
- Le nucléotide, point de départ de la transcription est par convention

numéroté +1, les suivants en aval sont numérotés +2, +3, etc.; alors que
ceux en amont sont numérotés -1, -2, -3, etc.

Chez les procaryotes
- 1 seule ARN polymérase (ARN pol) assure la synthèse de tous les ARN.
- L’ARN pol (450 kDa) est composée de 4 sous-unités polypeptidiques,

auxquelles s’ajoute transitoirement le facteur de transcription σ (sigma)
Chez les eucaryotes

- 3 ARN poly nucléaires I, II et III, et 1 ARN poly mitochondriale (MM ˃ 500 kDa)
L’ARN poly I ARNr (60%)

L’ARN poly II ARNm (30%)
L’ARN poly III ARNt (10%)
68

3 étapes: Initiation, allongement et terminaison
Phase d’initiation
- Reconnaissance du promoteur par l’ARN pol-σ et assemblage des premiers
ribonucléotides
- Composition du promoteur bactérien: la boîte de Pribnow ou boîte TATA (séquences

autour de – 10) et les séquences ou boîte CAAT autour de -35
Site de démarrage Région d’arrêt
3’ (Boîte TATA) 5’
-35 -10 +1 ter
- Promoteurs forts (déclenchent plusieurs transcriptions successives)

≠ promoteurs faibles 70
Phase d’allongement
- Le facteur σ se détache après l’allongement des 90 premiers nucléotides pour aller
assurer une nouvelle initiation
- L’ARN pol poursuit l’allongement de la chaîne d’ARN par addition de ribonucléotides
- A mesure que l’ARN pol avance la molécule d’ARN se détache de l’ADN permettant ainsi
à la double hélice d’ADN de se reconstituer
ADN
Fixation du complexe
sur l’ADN et recherche
Fixation facteur σ
du point de démarrage
sur l’ARN pol
de la transcription
Début de la
transcription et Facteur σ
libération du facteur σ
ARN pol
ARNm
Allongement du transcrit
71
Phase de terminaison
● 2 manières:
a- Par la reconnaissance de la séquence terminateur (séquence palyndromique riche en GC suivi

d’une séquence riche en A) de l’ADN
L’ARN transcrit à ce niveau forme une structure en épingle à cheveux (transcrit primaire)
b- L’action du facteur ρ (Rhô) qui interagit avec l’hybride ADN/ARN et le dissocie
GACCGC
CTGGCG
AUUU
5’ 3’
ARN (transcrit primaire)
72
PARTICULARITES DES ARNm PROCARYOTES
- Un Cistron = segment d’ADN codant une chaîne polypeptidique (signaux de début et de

fin inclus)
- Les ARNm procaryotes sont polycistroniques
- Les espaceurs = espaces intercistroniques (jusqu’à quelques centaines de nucléotides)
- Un promoteur régis souvent un groupe de gènes appelé opéron dont les produits
participent à une même chaîne de réactions métaboliques
OPERON
Promoteur +1 Gène X Gène Y Gène Z ter

ADN
Transcription
Transcrit primaire
ou
ARNm polycistronique Traduction
Protéine X Protéine Y Protéine Z

73

- Mêmes principes que chez les procaryotes avec des différences dues à la structure de
la matrice d’ADN, aux ARN polym et aux modifications post-transcriptionnelles des ARN
primaires
- Le démarrage de la transcription s’effectue grâce aux séquences promotrices en position

-25 et -75
Séquence -75 Séquence -25

Consensus Consensus
TTATT
CAAT TATAAAA +1
ADN
3’ Boîte TATA ter 5’
Promoteurs et terminateurs eucaryotes

A/ Transcription par l’ARN polymérase I
° 4 formes d’ARNr existent chez les eucaryotes: 5S, 5.8S, 18 S et 28S
- 5.8S, 18 S et 28S sont synthétisés en quantité équimolaire par ARN

poly I sous forme d’un ARN précurseur 45S dans le nucléole
18S 5.8S 28S

Transcrit primaire
ARNr 45S
Maturation par clivage des
régions non méthylées
18S 5.8S 28S
Unités de transcription de l’ARNr 45S

B/ Transcription par l’ARN polymérase III
- Les ARNt eucaryotes sont produits par l’ARN poly III sous l’influence
des facteurs TFIII B et TFIII C
- Les ARNr 5S sont produits par l’ARN poly III sous l’influence
du facteur TFIII A
- D’autres petits ARN (sn ARN = small nuclear ARN) sont aussi transcrits
par l’ARN poly III
**NB: les sn RNP (small nuclear ribonucleoprotein) interviennent dans l’épissage

et le transport de protéines

C/ Transcription par l’ARN polymérase II
- Les ARNm eucaryotes sont produits grâce à l’ARN poly II; ces ARNm
sont monocistroniques
- Les hnARNm (ARN hétérogènes nucléaires, 2-30 kb) sont les précurseurs
des ARNm
- Pour donner les ARNm, les hnARN subissent les modifications suivantes:
° Fixation par la Guanidyl terminale transférase d’une coiffe

(m7Gpp-Pu) à l’extrémité 5’ pour la protéger
° Ajout par la polyA-polymérase d’une queue polyA (20-200) à

l’extrémité 3’ pour jouer un rôle dans le transport de l’ARN vers
le cytoplasme et dans la stabilité du transcrit
° Elimination des introns et raboutage des exons de l’ARN par le

processus d’épissage

Séquence ultérieurement
Promoteur +1 traduite en protéine ter
ADN
ARN polymérase II Démarrage puis addition de la coiffe (Capping)
CH3
Gppp Elongation
5’
CH3
Gppp
5’ Reconnaissance des signaux d’arrêt
et libération de l’ARNm
AAUAA 3’
CH3
hnARNm Gppp
Site de clivage
5’
Clivage par une endonucléase d’un petit
fragment à l’extrémité 3’ et fixation d’une
polymérase poly A
AAUAA
CH3
Polymérase poly A
Gppp
5’ Polyadénylation et libération de la
polymérase poly A
Transcription chez les
AAUAA AAA…(A)n
eucaryotes dans le noyau CH3
Gppp 3’
5’ 79
Elimination des introns et raboutage des exons (Epissage)
ARNm transcrit primaire

Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4
5’ m7G-PPP AAAAA 3’
Région 5’UTR* Région 3’UTR
Epissage
ARNm mature m7G-PPP AAAAA
*=Untranslated Transcribed Region 80

IV.2.- TRADUCTION

IV.2.- TRADUCTION
IV.2.1. LE CODE GENETIQUE
IV.2.2. LA BIOSYNTHESE DES PROTEINES

IV.2.1. LE CODE GENETIQUE
C’est le système de code qui permet le transfert de l’information de la

séquence nucléotidique (ARNm) à la séquence protéique
- Séquences nucléotidiques sont lues par triplets (codons) sans

chevauchement
- 4 bases dans l’ARN et 3 nucléotides par codon 43 = 64

codons
- 3 codons sont non sens ou stop (UAA, UAG et UGA) 61 codons
Or, il existe 20 acides aminés protéiques naturels un même A.A.

peut posséder plusieurs codons
Le code génétique est dit dégénéré ou redondant
83
Code génétique universel
1ere Base 2e Base 3e Base

(5’) (3’)
U C A G
Phe (F) Ser (S) Tyr (Y) Cys (C) U
Phe (F) Ser (S) Tyr (Y) Cys (C) C
U Leu (L) Ser (S) Stop Stop A
Leu (L) Ser (S) Stop Trp (W) G
Leu (L) Pro (P) His (H) Arg (R) U
Leu (L) Pro (P) His (H) Arg (R) C
C Leu (L) Pro (P) Gln (Q) Arg (R) A
Leu (L) Pro (P) Gln (Q) Arg (R) G
Ile (I) Thr (T) Asn (N) Ser (S) U
Ile (I) Thr (T) Asn (N) Ser (S) C
A Ile (I) Thr (T) Lys (K) Arg (R) A
Met (M) Thr (T) Lys (K) Arg (R) G
Val (V) Ala (A) Asp (D) Gly (G) U
Val (V) Ala (A) Asp (D) Gly (G) C
G Val (V) Ala (A) Glu (E) Gly (G) A
Val (V) Ala (A) Glu (E) Gly (G) G
L’initiation de la traduction utilise souvent le codon AUG et parfois GUG et UUG

84
Exceptions au code génétique universel
Codons Code Code mitochondrial

universel mammifères levures
UGA Stop Trp Trp
AUA Ile Met Met
CUX Leu Leu Thr
AGA Arg Stop Arg
AGG Arg Stop Arg

IV.2.2. LA BIOSYNTHESE DES PROTEINES
Intervention de trois types d’ARN: ARNm, ARNt et ARNr
Les ARNt isoaccepteurs
Les A.A. n’ont pas d’affinité spécifique pour l’ARNm
besoin d’adaptateurs (ARNt) pour s’y attacher
- Les ARNt sont des molécules de petites tailles (25 kDa), très riches en GC.
- Les ARNt sont modifiés après leur synthèse (méthylation de certaines bases,
transformation de certaines bases en bases inhabituelles t.q. Dihydrouridine,
inosine , etc.)

- Configuration spatiale compacte en forme de L renversée mais représentation
fréquente de la structure dépliée en forme de feuille de trèfle
ARNt en forme de feuille de trèfle et en forme de L renversé
87
Les ribosomes
- Constitués de l’association de l’ARNr avec des protéines ribosomales
- Comportent 2 sous unités séparables en fonction de leur coefficient de

sédimentation
Ribosome
Procaryote Eucaryote
ARNr 23S ARNr 28S

ARNr 5S grande ARNr 5,8S Sous-unité
Sous-unité
Ribosome 80S
34 protéines sous-unité ARNr 5S 60S
Ribosome 70S
50S
(L1-L34) 49 protéines
ARNr 16S
Sous-unité 21 protéines petite ARNr 16S Sous-unité
30S (S1-S21) sous-unité 33 protéines 40S
Compositions des ribosomes procaryote et eucaryote

88
Les aminoacyl-ARNt synthétases
Ce sont des enzymes qui catalysent la réaction de fixation des A.A. sur les ARNt
correspondants
- Cette réaction se fait en 2 étapes:
1* Formation d’un complexe AA-Enzyme-AMP
Enzyme O
R CH COOH + ATP R CH C • Enzyme + PPi
NH2 Mg++ O-AMP
NH2
2* Charge de l’ARNt
O O
R CH C • Enzyme + 3’HO-ARNt R CH C + AMP + Enzyme
NH2 O-AMP O-ARNt
NH2
AA A
̴ RNt ou ARNt Chargé 89
La traduction
Elle peut être subdivisée en 3 étapes:
- Démarrage ou initiation
- Allongement ou élongation
- Arrêt ou terminaison
Sens de synthèse: N- Teminale C- Terminale
+ AA2 + AA3
NH2-AA1-COOH NH2-AA1-AA2-COOH NH2-AA1-AA2-AA3-COOH

H – C – NH – CH - COOH
A- Formation du complexe d’initiation
et démarrage de la traduction O CH2
CH2
5’ rbs 3’ S
ARNm
(SD) AUG
f-Met CH3

B- Elongation ou allongement

O H O
H – C –NH - fMet -C N - Lys -C
O O H O
fMet-ARNt fMet A UG
+ Lys-ARNt Lys U UU
(site P) (site A)
O
H – C –NH - fMet Lys -C
O O
U UU
Liaison peptidique entre
des aminoacyl-ARNt (site A)

- 2 GTP pour l’ajout de
chaque A.A.
- Chez les Eucaryotes
3 EF (EF1a, b et EF2)
- Chez les Procaryotes
(EF-Tu, EF-Ts et EF-G)
C- Arrêt ou Terminaison
Codons stop: UAA, UAG, UGA
Libération de la chaîne (facteur de dissociation Rf)
Dissociation du ribosome

IV.2.- TRADUCTION

Les quantités de protéines synthétisées par une cellule ne sont pas

nécessairement fixes mais varient en fonction des besoins de la cellule.
L’un ou l’autre de ces mécanismes est déclenché selon les besoins de

la cellule et selon que les métabolites en question sont présents ou
absents du milieu.
Généralement la bactérie ne synthétise des métabolites que lorsqu’elle

ne peut les prélever du milieu. Elle fait ainsi l’économie de synthèses
inutiles.

Qu’entend-on par régulation de l’expression des gènes?
Il existe différents niveaux d’expression des gènes qui témoignent de

l’ajustement permanent entre les besoins cellulaires et les
mécanismes moléculaires destinés à y faire face.
* Différences de reconnaissance des promoteurs par l’ARN

polymérase
* Différences dans le démarrage de la traduction
* Systèmes de régulation qui font exprimer les gènes à la

demande
* Systèmes d’ajustement de la concentration d’une protéine

dans la cellule en fonction des besoins imposés par
l’environnement

Les mécanismes de régulation peuvent être répartis en 2 catégories:
* Système de Régulation Positive

Une molécule effectrice de nature protéique ou autre (petite
molécule, complexe moléculaire) active le promoteur
* Système de Régulation Négative

Un inhibiteur, présent dans la cellule, bloque la transcription
NB: Les 2 systèmes ne sont pas exclusifs!!!

- Dans un processus de dégradation, la régulation opère souvent en
impliquant la molécule à dégrader elle-même. Cette régulation peut être
négative ou positive (ex. opéron lactose)
- Dans un processus de biosynthèse, c’est le produit final qui régule

d’une manière négative en générale (ex. opéron tryptophane)

Régulation positive Régulation négative
Régulation du catabolisme du lactose 100

ATTENTION!!!
La régulation de la synthèse d’une protéine doit être bien distinguée de
la régulation portant sur l’activité de la protéine
- S’il s’agit d’une enzyme, c’est fréquemment le produit final qui est
inhibiteur, on parle alors de rétroinhibition
- D’autres molécules peuvent également activer ou inhiber une

enzymes, ce sont des effecteurs allostériques
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FILIERE BIOCHIMIE - MICROBIOLOGIE

UE: BIOLOGIE CELLULAIRE ET NOTIONS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE

ECUE 2: NOTIONS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE

AKPA E. E., PhD

I.1.- DEFINITION ET MISE EN EVIDENCE

CHAPITRE II: PROPRIETES PHYSIQUES ET CHIMIQUES DES ACIDES NUCLEIQUES

II.1.- DENATURATION DE L’ADN

CHAPITRE III: REPLICATION DE L’ADN

III.2.- REPLICATION CHEZ LES PROCARYOTES

IV.1.- TRANSCRIPTION DE L’INFORMATION GENETIQUE

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 3

Discipline scientifique au croisement de la Génétique, de la

•Science consacrée à l'étude des molécules porteuses du message

Elle est donc consacrée à l’étude des processus de réplication, de

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 4

 Génétique = étude des effets des différences génétiques entre

 Génie génétique = ensemble des outils et des techniques de la

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 5

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 7

3000 à 4000 protéines dans une cellule

Les protéines sont partout:

Composant des muscles

Transport: hémoglobines (oxygène), albumine (corps gras), …

Structure: collagène dans la peau, kératine dans les cheveux, …

Longueur: 50 à 1000 acides aminés

Une protéine se replie en «pelote», adoptant une configuration

Ex: Triose phosphate isomérase 9

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 10

I.2.- STRUCTURES ET CARACTERISTIQUES DES ACIDES NUCLEIQUES

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 11

L’ADN (acide désoxyribonucléique) = macromolécule composée d’un

Quelle est la Composition du nucléotide?

Dans l’ARN pentose = ribose

(unité structurale ADN) 13

C’est un facteur qui est transmissible à la descendance.

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 15

I.1.- DEFINITION ET MISE EN EVIDENCE

I.2.- STRUCTURES ET CARACTERISTIQUES DES ACIDES NUCLEIQUES

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 17

Structure des nucléotides

2 hydroxy 2,4-dihydroxypyrimidine 2,4-dihydroxy

6-aminopurine 2-amino, 6 hydroxypurine

Nucléotides précurseurs de l’ADN

Bases Nucléosides Nucléotides Abréviations

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Etablissement d’une liaison N-glycosidique entre le Carbone 1’ de

Etablissement d’une liaison ester entre le Carbone 5’ de l’ose et le

Le même phosphate peut former des liaisons anhydride d’acide

Le même phosphate peut aussi former des liaisons ester avec un

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Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 25

- L’ADN est un acide nucléique bicaténaire. Il est constitué de 2 brins

- Les liaisons H s’établissent entre une purine et une pyrimidine

- L’adénine (A) est reliée à la thymine (T) par 2 liaisons H (A T)

Les travaux de Chargaff ont montré que A = T et G = C ; A+G/C+T = 1

!!! Cependant: A+T/G+C varie selon l’origine de l’ADN

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 27

- Les 2 brins de l’ADN sont antiparallèles = L’orientation d’un brin

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 29

II.2.- RENATURATION DE L’ADN

II.3.- ENROULEMENT DE L’ADN ET CHROMATINE

II.4.- PROPRIETES ET SPECIFICITES DES ARN

Cours de AKPA E. Essoh, PhD, Maître de Conférences, Labo de Biotechnologies; akpae@yahoo.fr 31

- Quand on chauffe une solution d’ADN, l’agitation thermique provoque