Introduction au cours

de biochimie : les
échelles du vivant
I. Une frontière en pointillés

II. Les échelles de grandeur

III. Des atomes aux molécules

IV. Des molécules aux cellules

V. Des cellules à l’organisme

VI. Flux d’information et

interactions moléculaires

JP Feugeas – 1
I. Une frontière en pointillés entre
l’inerte et le vivant

Un « être » vivant est une entité constituée

d’une « matière biologique organisée » et
capable de créer d’autres entités de même
nature Þ il existe un flux d’informations et
des interactions entre les êtres vivants

Il est habituel de caractériser les être

vivants par leur capacité de reproduction
« autonome »

Et la cellule est classiquement considérée

comme la plus petite unité morphologique
vivante.
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 - Monde minéral
- Les prions, information
Inerte
protéique conformationnelle
- Les virus, information
« génétique », ADN ou ARN
utilisent une cellule hôte pour se
reproduire (procaryote ou
eucaryote)

Cellules
- Les eubactéries
(les « vraies » bactéries) procaryotes
Vivant

« pas » de noyau
- Les archéobactéries
(« extrêmophiles »)

- Les eucaryotes uni ou pluricellulaires

ADN dans « vrai » noyau
animaux, végétaux, parasites,
champignons…
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Deux coups de tonnerre dans le domaine de la
virologie : des virus géants (2003) et d’autres
virus « parasitant » ces virus géants (2008)

Mimivirus « microbe mimicking virus »

(plus gros que certaines bactéries !
Contient ADN et ARN !). Infectent des
amibes

Virophages
(« Spoutnik »)

(D. Raoult et al, 2008)

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II Les échelles de grandeur du vivant
microscopie optique
microscopie électronique œil
virus grain
prion de sable
10-10 10-9 10-8 10-7 10-6 10-5 10-4 1m

protéine eucaryote
globulaire bactérie organisme
ribosome mitochondrie multicellulaire
petites noyau
molécules chromosome
(ac. aminés, glucose
acides gras)
Prot fibrillaires
atomes ADN
C,H,O,N,P,S

embryologie
chimie biologie cellulaire

physique histologie
quantique physiologie
biochimie et biologie moléculaire

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III Des atomes aux macromolécules
constiturices de la matière biologique

A – Les atomes de la chimie organique

C, H, O, N, P, S …

Place importante du carbone:

Carbone asymétrique

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 B – Les "petites" molécules
acides aminés, monosaccharides, acides gras,
molécules "énergétiques".. H 2
N
C N
Adénine C
C H

Exemple de l’ATP : N C N
adénosine
C N
triphosphate
H

O 1’
groupements 5’
C H 2
H H
phosphoryls O - 2’
-O H 3’
-P 4’ OH
O
-O OH H OH
O -P
-O OH ribose
-P
HO
2 liaison riches
OH en énergie

- Constituant des acides nucléiques (dATP pour l’ADN)

- transporteur d ’énergie 7
C - 4 groupes de macromolécules
1- acides nucléiques:
ADN (acide désoxyribonucléique),
ARN (acide ribonucléique)

Ils sont constitués d'un enchainement de

nucléotides

Chaque nucléotide est composé de :

- 1 base azotée
- 1 sucre (ribose pour l'ARN, désoxyribose pour
l'ADN)
-1à3 groupements phosphoryls

Les variations le long de la chaîne

viennent seulement de la nature de la
base : A, T (U pour l'ARN), G ou C

Cette variation (= séquence) est la base

de l'information génétique

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Structure spatiale des ac. nucléiques
ARN : fragments simple brin hélicoidaux
avec des repliements stabilisés par des
portions double-brin

ADN chromosomique : très longue molécule

double brin formant une double hélice
stabilisée par complémentarité des bases A:T
et G:C

Dans la cellule humaine

- 46 chromosomes = 46 molécules d’ADN
- >> 30 000 molécules d’ARN (~20 000 gènes) 9
 2. protéines
les éléments de base : acides aminés (aa)

Chaîne latérale R
Fonction
acide
CH2 CH COO-
b a
NH3 +
Fonction amine
20 aa différents pour former ~ tous les
peptides (<50aa) et proteines
Liaison peptidique
H R1 H H Extrémité
C-terminale
H N C C N C C OH
Extrémité
N-terminale H O R2 O

La séquence définit la structure primaire 10

Conformation des protéines

protéines globulaires
ex. l ’hémoglobine

a b

b a

protéines fibrillaires
ex. collagène, rôle de structure

Fibrille de collagène

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 3. Glucides (sucres, Cn(H2O)n)

les éléments de base : oses

6 CH2OH
5 O OH
Ex. le glucose
4 1

2
Les macromolécules :
- Les disacharides (2 oses)
Ex. le lactose (« gal + glc »)
6
CH2O
H
5
6
CH2O liaison osidique
O H
4 5
O
1 O 4 1
3 2
a
3 2

- Les polysaccharides: de 200 à 25000 oses

Ex. Le glycogène (5000 à 25 000 glc)

synthèse (=stockage) et dégradation
dans le foie et le muscle

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 4. Lipides (graisses)
2 éléments de base
1 alcool 1 ou plusieurs ac. gras
ex. glycérol HOOC- (CH2)n- CH3

CH2-OH ex. acide palmitique C16

l HOOC- (CH2)14- CH3
CHOH
l
CH2-OH réunis par une liaison ester

Les triglycérides

queue apolaire
hydrophobe

CH2-O-CO CH3
tête polaire l
hydrophile CH-O-CO CH3
l
CH2-O-CO CH3

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IV – Des macromolécules à la cellule
Exemple de la répartition de la
matière biologique chez E. coli
Nombre
% du poids de composés
différents

Eau 70 1
molécules Ac. Nucléiques
informationnelles- ADN 1 1
- ARN 6 > 3.000

Protéines 15 ~ 4.000
Éléments Polysaccharides 3 5
de structure
Lipides 2 ~20
intermédiaires
métaboliques Petites molécules 2 ~500

Ions 1 20

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V – De la cellule à l’organisme

Cellule, entité vivante autonome

Tissu, regroupement de cellules du

même type

Organe, ensemble de tissus concourant

à une fonction physiologique

Système, ensemble de tissus et

organes qui permettent la réalisation
de fonctions complémentaires

Organisme, ensemble coordonné de systèmes

Le « fonctionnement » de l’ensemble est

sous-tendu par des interactions 15
moléculaires
 VI – Les flux d’information et les
interactions moléculaires
A – Dans les cellules, l’information génétique
est « stockée » dans l’ADN et devient
« active » avec les ARN et les protéines

L ’information est contenue dans la séquence

des nucléotides ou des acides aminés (alphabet
génétique à 4 lettres et protéique à 20 lettres)

Flux de l’information génétique dans une cellule vivante

5’ 3’
ADN Brin codant

5’ 3’ transcription
ARN

N C traduction
protéine

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B - Les interactions moléculaires
produisent de nouvelles informations
permettant l’expression d’une activité
biologique (métabolisme, réplication des
acides nucléiques…)

ADN Réplication

ARN

Protéines

Lipides Glucides Métabolisme

Intermédiaires
métaboliques
Communications
intercellulaires
Autres cellules
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 Exemple des interactions protéine-ligand

protéine
Ligand

Interaction spécifique, par complémentarité

stérique (=liaisons non covalentes
= H, électrosatiques, hydrophobes…)

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