TD de Biochimie Structurale : Protéines

Question 1 : Répondre par vrai ou faux avec justification

1- la formule générale d’un acide aminé est
2- La tyrosine fait partie des acides aminés apolaire.
3- Le résidu R est variable d’un acide aminé à un autre.
4- Les acides aminés des protéines appartiennent tous à la série D.
5- La racémisation est le passage d’un énantiomère à un autre
6- La désamination de l’histidine conduit à la formation de l’histamine.
7- La méthionine est un acide aminé à radical hydroxylé.
8- la méthode de Sanger est une méthode enzymatique qui permet la libération des acides aminés
C-terminale.
9- L’histidine est un acide aminé indispensable chez l’enfant.
10- L’hélice α fait partie de la structure primaire des protéines.
11- Les coudes simples sont des courts segments indispensables aux feuillets β antiparallèles.
12- L’hémoglobine est une protéine globulaire de structure tertiaire.
13- A son point isoélectrique, une protéine exprime un nombre égale de charges positives et
négatives.
14- Tous les acides aminés sont actifs à la lumière polarisée sauf l’alanine.
QCM
1. Dans une colonne de chromatographie par échange d’ions dont le support est composé de billes
chargées positivement
a. les molécules chargées négativement sortiront dans les premières fractions
b. les molécules chargées positivement sortiront dans les premières fractions
c. les molécules de grande taille sortiront dans les premières fractions
d. les molécules possédant deux charges négatives sortiront avant celles possédant une charge
négative
e. les molécules possédant deux charges négatives sortiront après celles possédant une charge
négative

2.La fonction d’une protéine

• o a. dépend de sa structure primaire.
• o b. ne dépend pas de sa structure tridimensionnelle.
• o c. varie avec le pH.
• o d. est insensible à la température.
• o e. est toujours sensible aux agents réducteurs.

3. Les immunoglobulines

• o a. sont des anticorps

• o b. sont des antigènes
• o c. sont toujours un tétramère comportant un domaine constant et un domaine variable
• o d. comprennent toujours deux types de chaînes : chaînes lourdes et chaînes légères
• o e. possèdent toujours deux sites identiques de reconnaissance d’un antigène

Question 2 : Réponde aux différentes questions de généralités sur les protéines

1) Citez 02 acides aminés avec une chaine latérale carboxylique.
2) Donnez les différents types de liaisons rencontrés dans la structure tertiaire des protéines. 3)
Donnez les caractéristiques des coudes croisés ?
4) Citez 02 propriétés physiques des peptides ?
5) Quel est l’effet du bromure de Cyanogène (BrCN) sur les peptides.

Question 3 :
Soit le mélange suivant : Gly (pHi = 6), Tyr (pHi = 5,65), Arg (pHi = 10,7). On soumet ce mélange à
une électrophorèse à pH = 8,5.
1) Donner le principe de la technique d’électrophorèse.
2) Donner le résultat obtenu sous forme d’électrophorégramme.

Exercice 1
- Donnez la définition d'un acide a-aminé et un exemple.

Dr Ngoua Meye Misso Rick-Léonid, Biochimie-Pharmacologie-Oncologie

Exercice 2
- L'acide aminé tryptophane a un coefficient d'extinction à 280 nm pour un chemin optique de 1 cm et
à une concentration de 100g/litre égal à : ε 1% = 28. Calculez la densité optique 280, 1
(D.O) d'une solution de concentration de 1mg/ml.
- L'acide aminé tyrosine a un coefficient d'extinction molaire à 280 nm pour un chemin
optique de 1 cm et à pH 7,4, égal à ε M = 1,1 103 . Calculez la concentration de la 280, 1
tyrosine en solution à pH 7,4 et qui a une D.O de 0,55.

Exercice 3
- Explicitez la réaction d'a-décarboxylation d'un aminoacide
- Citez un produit de décarboxylation d'un aminoacide ayant des propriétés biologiques.

Exercice 4
L'aminoacide glutamique est mis en solution aqueuse à la concentration de 10-2 M. - Calculez le pH
de la solution.
- Calculez le pH du point isoélectrique (pI)
- Pourcentage des différentes formes à un pH de 7.
On donne : pKa-COOH = 2,2 pKR-COOH = 4,3 pKa = 9,7
-NH3+
Exercice 5
- Calculez le pH du point isoélectrique (pI) de la lysine
- Tracez la charge moyenne nette de la molécule en fonction du pH
On donne : pKa-COOH = 2,2 pKa = 8,95 pK = 10,5
-NH3+ R-NH3+
Exercice 6
- Quelles sont les contraintes géométriques de la liaison peptidique.

Exercice 7
Le peptide Ala-Glu-Glu-Met-Glu -Ile (AEEMEI) est mis en solution aqueuse à la
concentration de 10-2 M.
- Quel est pH de la solution obtenue ?
- Calculez le pH du point isoélectrique (pI)
- Pourcentage des différentes formes à un pH de 8.
On donne :
Ileα-COOH : pK = 2,6
GluR-COOH : pK = 4,3 Alaα-NH3+ : pK = 9,8

Exercice 8
Un mélange de trois peptides est soumis à une électrophorèse sur papier à un pH de 6,5.
-Indiquez la position des 3 peptides à la fin de l'expérience.
- Déterminez un pH pour optimiser cette séparation.
Les trois peptides sont :
1 : His-Gly-Pro-Lys
2 : Glu-Leu-Cys-Asp
3 : Ala-Gly-Ile-Ser
On donne : Hisa-NH3+ : pK = 9,2 HisR-amine : pK = 6 Lysa-COOH : pK = 2,2 LysR-amine
pK=10,5 Glua-NH3+ : pK= 9,7 GluR-COOH : pK = 4,3 Aspa-COOH : pK=2,1 AspR-COOH pK =
3,9 Alaα-NH3+ :pK = 9,8 Sera-COOH : pK = 2,2

Exercice 9
L'étude d'un pentapeptide donne les résultats suivants :
- Une hydrolyse acide (HCl 6N, 110° C, 48h) donne la composition suivante :
Ala, Arg, Cys, Lys, Ser
- L'action de la trypsine donne un tripeptide et un dipeptide - L'action du DNFB sur le tripeptide donne
le DNP-Ser
Dr Ngoua Meye Misso Rick-Léonid, Biochimie-Pharmacologie-Oncologie
Parmi les séquences primaires suivantes, laquelle ou lesquelles sont compatibles avec les séquences
ci-dessous :
1. a) Lys-Ala-Arg-Cys-Ser
2. b) Ala-Arg-Cys-Ser-Lys
3. c) Ala-Arg-Cys-Lys-Ser
4. d) Ser-Ala-Arg-Cys-Lys
5. e) Ser-Lys-Ala-Arg-Cys
6. f) Ser-Arg-Ala-Cys-Lys

Exercice 10
- Quelle est la méthode de séquençage la plus utilisée pour les peptides ?

Exercice 11
- Citez un peptide d'intérêt biologique et ses propriétés physicochimiques.

Exercice 12
- Quelles sont les interactions qui stabilisent une structure secondaire en feuillet ß-plissé ?

Exercice 13

1. Déterminez la séquence ce peptide en détaillant les étapes

Soit un peptides de 14 acides aminés, en C terminal on a la Lysine K et en N terminal on a la

Tyrosine Y. Après hydrolyse acide complète, les acides aminés suivants ont été retrouvés:
D;A;G;I;R;K;Y;Q;M;F;
En utilise le CNBr qui hydrolyse spécifiquement après Met (M – X) et analyse séquentielle
d’Edman: on obtient D-I-K-Q- M;K; K-F-A-M; Y-R-G-M

En utilise la trypsine qui hydrolyse les liaisons peptidiques après des résidus chargés
positivement (K, R) et analyse séquentielle d’Edman Q-M–K; G-M-D-I–K; F-A-M–K; Y-R

2. Soit le mélange suivant : Gly (pHi = 6), Tyr (pHi = 5,65), Arg (pHi = 10,7). On soumet
ce mélange à une électrophorèse à pH = 8,5.
a) Donner le principe de la technique d’électrophorèse.
b) Donner le résultat obtenu sous forme d’électrophorégramme.
c) Un autre mélange d’acides aminés constitué d'acide glutamique (Glu), leucine
(Leu) et lysine (Lys) a été placé dans la chromatographie d'échange d'ions. Le
support de la chromatographie est composé de la résine sulfonique (groupements
sulfonatés : SO3-). Les pH isoélectriques du Glu, Leu et Lys sont 3,25, 6 et 9,72,
respectivement. Les 03 acides aminés sont déposes sur la colonne à pH = 2,0,
puis au cours de la chromatographie, le pH est amené́ progressivement à 7,0.
Quels sont les acides aminés élues dans ces conditions et quel est leur ordre
d'élution ? Justifier.
3. Soit un peptide X, composé de 8 acides aminés suivants pris par hasard :

Asp (R :- CH2-COOH); Met (R :-(CH2)2-S-CH3), Arg (R :-(CH2)3-NH-C(NH2)=NH), Phe (R

:-CH2-C6H6) , Arg (R :- (CH2)3-NH-C(NH2)=NH), Cys (R :-CH2-SH), Tyr (R :-CH2-(C6H6)-
OH), Lys (R :- (CH2)4-NH2). Le traitement à l’aminopeptidase permet d’isoler une Arginine
(Arg). Le traitement à une carboxypeptidase libère une Asparagine (Asp).

Le traitement à la pepsine libère une Arginine et deux peptides A et B. A est un tétrapeptide

contenant l’Asparagine et la Cystéine (Cys). B est un tripeptide dont le résidu carboxyterminal
est une Méthionine (Met). Le traitement à la trypsine libère un dipeptide contenant la Cystéine
et l’Asparagine et un tripeptide contenant une Tyrosine. Reconstituer l’enchainement des 8
acides aminés du peptide X et Donner sa formule développée

Dr Ngoua Meye Misso Rick-Léonid, Biochimie-Pharmacologie-Oncologie

NB: Aminopeptidase coupe l’acide aminé situé à l’extrémité N-terminale et la
Carboxypeptidase coupe l’acide aminé situé à l’extrémité C-terminale. Pepsine scinde la
liaison peptidique à un acide aminé aromatique (Phe, Tyr) par son groupement amine (vers
N-teminale) et Trypsine scinde la liaison peptidique à un acide aminé basique (Arg, Lys) par
son groupement carboxyl (vers C-terminale). La Chymotrypsine scinde la liaison peptidique à
un acide aminé aromatique (Phe, Tyr, Trp) par son groupement carbonyl (vers c-terminale).

EXERCICE
On se propose d'étudier deux protéines A et B dont l'importance biologique a été
soulignée dans le cours de biochimie des protéines. On a produit une protéine A
particulière capable d'interagir avec la protéine B. Pour étudier ces deux protéines on
utilise une approche classique qui consiste soit à digérer chacune des protéines
d'intérêt par une ou plusieurs enzymes dont les spécificités de clivage sont connues,
soit à appliquer des traitements physiques ou chimiques.

1. Etude de la protéine A
- La protéine A est tout d'abord traitée par du â-mercapto-ethanol (â-ME) puis
soumise à une électrophorèse monodimensionnelle en présence de Sodium Dodecyl
Sulfate (SDS). Le résultat de l'électrophorèse est schématisé sur la figure 1A.
- La protéine A est également traitée (de manière indépendante à l'expérience
précédente) par une enzyme E1. Le produit de la digestion enzymatique est également
analysé par électrophorèse monodimen- sionnelle en SDS. Cette analyse est
effectuée dans deux conditions : soit le produit de la digestion enzymatique est analysé
directement, soit ce produit est traité par du â-ME avant d'être analysé. Les résultats
de cette expérience sont schématisés sur la figure 1B.
ATTENTION : (1) la présence d'une bande à un poids moléculaire donné signifie qu'au
moins un polypeptide de cette masse est présent. (2) la masse totale de la protéine
est égale à la somme des masses de ses constituants.
Q1.1. A quoi sert le â-ME ?
Q 1.2. Quel est l'acide aminé susceptible de générer une liaison chimique sensible au
â-ME ?
Q 1.3. Comment s'appelle la molécule résultant de la formation de cette liaison
chimique sensible au â-ME ?
Q 1.4. Interprétez brièvement le résultat de la figure 1A
Q 1.5. Interprétez brièvement le résultat de la figure 1B.
Q 1.6. En fonction de ces résultats et de vos connaissances de cours, donnez le nom
de la famille à laquelle appartient la protéine A.

2. Etude de la protéine B.
Dr Ngoua Meye Misso Rick-Léonid, Biochimie-Pharmacologie-Oncologie
La protéine B est une protéine multimérique. On ne considère ici que l'un des
monomères de grande taille. Ce monomère est traité par deux enzymes E1 (la même
que celle utilisée pour l'étude de la protéine A) et E2. Plusieurs protocoles
expérimentaux sont réalisés dans lesquels soit E1, soit E2 soit les 2 enzymes E1 et
E2 sont utilisés (d'abord E2 puis E1). Le produit de la ou des digestion(s)
enzymatique(s) est analysé par électrophorèse monodimensionnelle en SDS. Les
résultats sont schématisés sur la figure 2 (page suivante).
Q 2.1. Expliquer brièvement le résultat obtenu sur la piste 1
Q 2.2. Expliquer brièvement le résultat obtenu sur la piste 2
Q 2.3. Expliquer brièvement le résultat obtenu sur la piste 3
Q 2.4. Expliquer brièvement le résultat obtenu sur la piste 4
Q 2.5. En fonction de ces résultats et de vos connaissances de cours donnez le nom
de la protéine B.
Q 2.6. Quel est le nom de l'enzyme E1 ?
Q 2.7. Quel est le nom de l'enzyme E2 ?

TD de Biochimie Structurale : Acides Nucléiques

Questions
a) Donnez un exemple de nucléotide ayant une fonction biologique.
b) Donnez la liste des purique et pyrimidique avec leur structure.
c) Quelle molécule est le support de ce patrimoine génétique ?
d) Quel pentose est retrouvé dans l’ADN ? Donnez sa structure
e) Quel pentose est retrouvé dans l’ARN ? Donnez sa structure
f) Quelles sont les bases azotées retrouvées à la fois dans l’ADN et l’ARN? Donnez leur structure
g) Quelle est la base azotée retrouvée uniquement dans l’ADN ? Donnez sa structure
h) Quelle est la base azotée retrouvée uniquement dans l’ARN ? Donnez sa structure
i) Donnez la liste des purique et pyrimidique avec leur structure ?
j) Donnez la formule chimique du dAMP (désoxyadénosine monophosphate) ?
k) Écrire le brin complémentaire du brin d'ADN suivant :
Dr Ngoua Meye Misso Rick-Léonid, Biochimie-Pharmacologie-Oncologie
 5'-GGTCCAAAATGCGAACCCAGATTGTAAGACTATT-3'
l) Le site de coupure de l'enzyme de restriction Ava III est : ATGCAT en position 3. Le site de coupure
de l'enzyme de restriction Nsi I est : ATGCAT en position 5. Quels sont les doubles brins obtenus
après action de chacun des deux enzymes sur l'ADN suivant dont la séquence de l'un des 2 brins est :
5'-GCGAACCATGCATTGTAAGA-3'
m) Quelle est la charge moyenne nette à un pH de 8
a. double brin d'ADN de 30 pb (paires de bases) ?
b. un ARN de 30 b (bases) ?

Dr Ngoua Meye Misso Rick-Léonid, Biochimie-Pharmacologie-Oncologie