Biochimie Structurale 2

BIOCHIMIE
STRUCTURALE 2
Acides aminés et protéines
Professeur Latifou LAGNIKA

INTITULE DU COURS : Acides aminés et protéines
UNITE D’ENSEIGNEMENT: Biochimie structurale
I. IDENTIFICATION DU COURS
Etablissement (UFR) : Faculté des Sciences et Techniques
Domaine de formation : Sciences de la Vie et de la Terre
Mention : Chimie-Biologie-Géologie
Spécialité : Biochimie
Grade : L2
Semestre : 6
Masse horaire : 25 par groupe pédagogique (2 groupes pédagogiques)
Nombre de crédit : 1 par groupe pédagogique (2 groupes pédagogiques)
Nom et grade de l’enseignant responsable : Latifou LAGNIKA, PT
Nom et grade de l’enseignant à charge du cours : Latifou LAGNIKA, PT

II. DESCRIPTIF DU COURS
1.Objectifs
❖ Objectif général
Ce cours vise à permettre à l’apprenant de connaître l’unité de structure et de fonction sous-
jacente à la diversité biologique du monde vivant.
❖ Objectifs spécifiques
 Identifier et Nommer les 20 (+1) acides aminés présents dans les protéines;
 dessiner les structures des 20 (+1) acides aminés ;
 Ecrire les symboles à 3 lettres et à une lettre de chacun des acides aminés courants;
 Classifier les 20 (+1) acides aminés standards;
 Décrire la contribution de chaque type du radical R des acides aminés standard à leur propriétés chimiques;
 Donner les constantes de dissociation des groupements ionisables des acides aminés;
 Décrire les propriétés physiques et chimiques des acides aminés ;
 Décrire la polarité, la nomenclature et la structure des peptides ;
 Connaître la classification des protéines et leurs importances biologiques;
 Expliquer la reconstitution de la structure primaire d’une séquence peptidique (Edman, Sanger, DNFB, ….);
 Décrire les méthodes chromatographiques couramment utilisées pour isoler les acides aminés et protéines.
A la fin du cours l’apprenant doit être capable de :
 Identifier un acide aminé standard;
 définir un peptide et une protéine ;
 Décrire les bases structurales et l’utilité des acides aminés standards et protéines;
 Définir les propriétés physiques et chimiques des acides aminés et des protéines;
 Décrire les réactions caractéristiques des acides aminés et protéines;
 Reconstituer la séquence d’un peptide.
2. Contenu du cours
BIOCHIMIE STRUCTURALE (Acides aminés, protéines )
Chapitre 1 LES ACIDES AMINES

Structure générale des acides aminés
Nomenclature des 20 acides α-aminés standards
Classification des acides α-aminés
Structure, localisation et utilité des acides α-aminés standards dans le métabolisme
Importances biologiques des acides α-aminés
Propriétés physico-chimiques des acides aminés
Méthodes de séparation et d’identification des acides aminés
Chapitre 2 LES PROTEINES

Structures des protéines et liaison peptidique
Importance biologique (Rôles)
Classification
Structure primaire et liaison peptidique
Méthodes chimiques d’identification de la structure primaire
Méthodes enzymatiques d’identification de la structure primaire
Purification des protéines
Structure secondaire et super-secondaires des protéines
Structure tertiaire
Structure quaternaire (liée aux fonctions biologiques)
3. Méthodes et modalités d’évaluation
Les évaluations sont faites à travers les questions orales lors des enseignements et à la fin des
cours et des travaux pratiques. L'examen porte sur les cours théoriques ainsi que sur certains
aspects développés au cours des travaux pratiques. Les examens sont constitués de Questions
à Choix Multiples (QCM), d’Analyse, de Compréhension et de Synthèse.
L'examen est noté sur 20 points. L’étudiant est déclaré admis lorsqu’il réunit une moyenne de
10 sur 20. Pour les troncs communs (CBG2), des coefficients de 3-2-1 sont respectivement
affectés à la note de l’écrit, des travaux pratiques et à la note d’oral.
4. Méthode d’enseignement
Les cours se font en mode présentiel par projection power point ou non. Les étudiants
disposent du cours complet dès le début de l'année ou quelques semaines avant les cours. Des
versions imprimées du cours sont mises à la disposition des apprenants afin qu’ils puissent
mieux comprendre et faire un travail personnel avant le cours.
5. Matériel pédagogique
Il est composé de : Note de cours, figures, photos, images, matériels de laboratoire, tableau,
craies, marqueurs, vidéoprojecteur, microphone, portable speaker, …
6. Références bibliographiques
 Biochimie de Harper. Murray, Bender, Botham, Kennelly, Rodwell et Weil. 5ème edition de boeck
Université, Bruxelles, 2013;
 Toute la Biochimie. Serge Weinman, Pierre Méhul. Edition Dunod, 2013, France.
 BIOCHEMISTRY. Berg M.J, Tymoczko J.L, Stryer L. 7ème édition, 2012. M.H. Freeman et Company,
Houndmills, Basinstoke RG England.
 BIOCHIMIE GENERALE. Jacques-Henry WEIL. 8ème édition. MASSON.
 BIOCHIMIE STRUCTURALE ET METABOLIQUE. Médecine, Pharmacie, Sciences. Christian MOUSSARD.
2ème édition. De boeck;
 Travaux dirigés de Biochimie, Biologie Moléculaire et Bioinformatique. G. Coutouly, E. Klein, E. Barbieri,
L. Kriat. 4ème édition, doin, 2012, France.
Tous les livres d'édition récente et les sites internet spécialisés servent également de
compléments aux cours théoriques et aux notes de cours rédigées. Sur présentation de la
carte d’étudiante, les apprenants peuvent utiliser les livres disponibles au sein de la
Bibliothèque du laboratoire de Biochimie et Substances Naturelles Bioactives.
BIOCHIMIE STRUCTURALE 2
1ère partie
Les acides α-aminés
I. Généralités sur les acides α aminés
Les acides aminés (ou amino-acides): molécules qui possèdent dans leur structure
• un groupe carboxyle
 un groupe amine
• un atome d’hydrogène
* • un radical R (chaî lat.)
• Carbone alpha*
Les acides α –aminés sont des molécules (acide aminé) dans lesquelles la
fonction amine est adjacent (position α) au groupement carboxylique
Les acides aminés naturels sont essentiellement

des acides α –aminés.
Role important: Deux catégories
Constitution des protéines Métabolisme

Les acides aminés
Constitution des protéines
CONSTITUANTS Non CONSTITUANTS

des protéines des protéines
aa constitutifs des protéines

(nombre = 21) aa non utilisés pour la aa du métabolisme
synthèse protéique intermédiaire
(cystine, hydroxyproline) (+ 300)
Les acides aminés
Acides aminés constitutifs des protéines naturelles (nombre = 21)
Acides Abbreviat. Abbreviat. Acides Abbreviat. Abbreviat.

aminés 3 lettre 1 lettre aminés 3 lettre 1 lettre
Sélénocystine (homologue; S = Se)

20 aa fréquents
Très rare
Les acides aminés

Du point de vue du métabolisme
les aa indispensables (9) pour l’homme: les aa non indispensables proviennent

ne peuvent pas être synthétisés dans les cellules humaines;
doivent être apportés par l’alimentation. des interrelations métaboliques
II. Structure et importance des acides α-aminés
Glycine : plus petit des acides aminés
Chaîne latérale est réduite à sa plus simple expression, un
atome d’hydrogène
Glycine Seul acide aminé sans carbone asymétrique;

Il confère à la chaîne polypeptidique une grande flexibilité
La glycine est le principal acide aminé de la canne à sucre. Elle est utilisée en
recherche biochimique.
De nombreuses études ont démontré les propriétés pharmacologique comme :
Antiride, réparation des cellules endommagées, …

Alanine: C’est l’homologue supérieur de la glycine,

présent dans la plupart des protéines.
H = -CH3
Glycine
Fonction importante transfert azote des tissus périphériques
jusqu’au foie;
Aide le métabolisme du glucose (énergie);
Alanine Autres propriétés biologiques confirmées
• Les Chaînes latérales de ces 3 acides aminés sont

Valine ramifiées et relativement rigide. Elles jouent un rôle
charnière lors de l’établissement de la structure tertiaire
de la protéine.
Leucine Valine
Propriétés bilogiques: métabolisme musculaire;
traitement des maladies du foie;
…
Isoleucine
• Les Chaînes latérales de ces acides aminés sont
ramifiées et relativement rigide. Ils jouent un rôle
Valine
de la protéine.
Leucine
Leucine  Nécessaire à la croissance et au maintien du taux d’azote;

 Optimise la récupération musculaire;
 …
Isoleucine
• Les Chaînes latérales de ces acides aminés sont
ramifiées et relativement rigide. Elles jouent un rôle
Valine
de la protéine.
Isoleucine: Isomère de la leucine
Leucine Endurance (footballeurs américains)

Indispensables à la formation de la masse musculaire;
…
Isoleucine
Sérine: version hydroxylée de l’alanine

Thréonine: analogue supérieur de alanine
Sérine
Ils Entrent dans la composition de la plupart des

protéines, interviennent dans la Régulation de
l’activité des protéines et Contrôlent l’activité
de certains enzymes
Thréonine
La cystéine joue un rôle important dans la conformation

dans l’espace des protéines.
La cystéine fonctionne comme un antioxydant

Cystéine
important dans la désintoxication de toxines nocives
(radiations, vieillissement, …).
Méthionine: Utilisation comme complément diététique.

Rôle spécifique dans le complexe d’initiation de la
Méthionine biosynthèse
Antioxydant puissant et bonne source de soufre;
Deux acides aminés acides et leur amides

Acide aspartique
• Les deux aa acides jouent un rôle important dans
les réactions de transamination.
Asparagine
Ac aspartique: Abondant dans la canne à sucre et
betterave
Ac glutamique: plus fréquent des aa. Origine
Acide glutamique végétale et animale
•Asparagine, Glutamine: impliquées dans le

transport et la mise en réserve de l’azote,
Glutamine
Lysine Lysine: Aa essentiel nécessaire à la croissance
Arginine: Origines végétale et animale. essentiel

Arginine pour les adolescents
Histidine: Acide aminé essentiel. Impliqué dans

la croissance et dans la réparation des tissus
Histidine
Phénylalanine: Aa essentiel retrouvé dans la plupart des

protéines. Nécessaire à la croissance et au maintien du taux
Phénylalanine d’azote.
Tyrosine: Précurseur de biomolécules comme l’adrénaline, la

thyroxine, la mélanine. Sert au dosage des protéines dans les
Tyrosine liquides biologiques.
Tryptophane: aa essentiel. Provient de l’hydrolyse des

protéines dans le tube digestif
Tryptophane
Proline: C’est le seul acide aminé dont la fonction amine est

secondaire. Elle se retrouve dans le collagène.
Proline
III. Importance biologique (2)
Les acides aminés sont des unités structurales de base des protéines.
III. Importance biologique (2)
Déterminent la structure et la fonction des protéines

Nature, ordre d’enchaînement, rapports spatiaux
Même type d’acides aminés mais
protéines ayant des fonctions différentes:
due à l’enchaînement, des spatiaux, …

III. Importance biologique
Substrats énergétiques
glucose, les ac. Gras, corps cétoniques
Acides aminés glucoformateurs

Acides aminés cétogènes
Acides aminés glucoformateurs
et cétogènes
III. Importance biologique
Métabolique: précurseurs plus ou moins direct des molécules d’intérêt biologique
hormones, neurotransmetteurs, acides nucléiques…

IV. Classification des acides α-aminés
Plusieurs critères de classification
Plus utile celle basée sur la polarité de la chaine latérale (détermine leur
interaction avec l’eau à un pH voisin de la neutralité).
Quatre groupes: les acides aminés apolaires, polaires, acides et basiques
Autres classifications: aa à groupement aliphatique (Ala, Val, Leu et Ile) ,

aa soufrés (Cys, Met)
aa à chaîne latérale aromatique (Phe, Tyr, Trp).
Sept groupes d'aminoacides peuvent être définis par rapport à leurs chaînes latérales :
Groupe 1 : acides aminés aliphatiques

Sept groupes d'aminoacides peuvent être définis par rapport à leurs chaînes latérales :
Groupe 2 : acides aminés aromatiques
Tryptophane
Phénylalanine (Phe, F) Tyrosine (Tyr, Y)
Tryptophane (Trp, W)
GROUPE 3 : acides aminés dicarboxyliques et leurs amides
La chaîne latérale contient un groupement carbonyle libre ou sous forme d'amide.
Acide aspartique (Asp, D) Acide glutamique (Glu, E)
Asparagine (Asn, N)
Glutamine (Gln, Q)
Groupe 4 : acides aminés dibasiques
La chaîne latérale contient une fonction amine qui porte sous la forme acide
conjuguée une charge positive.
Lysine (Lys, K)
Arginine (Arg, R)
Groupe 4 : acides aminés dibasiques
La chaîne latérale contient une fonction amine qui porte sous la forme acide
conjuguée une charge positive.
Histidine (His, H) : groupement imidazole

Groupe 5 : acides aminés alcools
La chaîne latérale contient une fonction alcool. Les groupes OH ne sont pas
ionisables.
Groupe 6 : acides aminés soufrés

La chaîne latérale contient un atome de soufre.
Cystéine (Cys, C) : groupement thiol
Méthionine (Met, M)
La cystéine se retrouve dans les protéines également sous forme de cystine. Elle est obtenue par
condensation de deux cystéines.
Elle est souvent retrouvée dans les protéines

secrétées dans lesquelles elle relie deux chaÏnes
olypeptidiques entre elles ((insuline,
immunoglobuline).
Groupe 7 : iminoacide
L'amine de l'acide aminé est une amine secondaire (imine).
Proline (Pro, P) :
IV. Propriétés physiques des acides α-aminés
1. Asymétrie
2. Propriétés optiques
3. Absorption moléculaire
4. Polarité - hydrophilie
5. Propriétés ioniques
1. Asymétrie
Propriété d'un objet à trois
dimensions non superposable à son
image dans une symétrie par rapport
à un plan. Les acides aminés
comportent au moins un carbone
asymétrique (Elles sont appelées
molécules chirales).
Exp: Glycine.
1. Asymétrie
Détermination de la forme L ou D: Cα depuis son atome H:

 CO-R-N dans le sens horaire pour un L-α-aminoacide
 N-R-C0 forme D
1. Asymétrie (Représentation de Fisher)
Convention: Fonction amine orientée Convention: Fonction amine orientée à

à gauche => série L (Left). droite => série D
Les acides aminés des protéines des Animaux et des Végétaux appartiennent à la série L
1. Asymétrie (Représentation de Fisher)
aa naturels sont tous de configuration “L” selon la convention de Fischer.

Certains acides aminés possèdent 2 C* donc 4 stéréoisomères
Cependant, seule une forme isomère se retrouve dans les protéines naturelles
L-Thréonine D-Thréonine L-allo-Thréonine D-allo-Thréonine

Les molécules asymétriques dévient la lumière polarisée: ils sont optiquement actives*.
Le pouvoir rotatoire d’une molécule peut être mesure en utilisant un polarimètre ou
calculé (solution) en utilisant la formule ci-dessous:
Loi de BIOT : A° = [a]tl x C x l
A° = rotation observée en degrés

[a]tl = le pouvoir rotatoire spécifique d’un aa
à une température T (25°C) et à une
longueur d’onde l (589,3 nm, raie D du sodium)
exprimé en °.ml/g/dm
C = la concentration de l’acide aminé en g/ml
l = le trajet optique en dm
= pouvoir rotatoire
La série (L,D) ne désigne pas le sens dans lequel une solution d’acide
aminé dévie le plan de polarisation de la lumière.
Pas de C asymétrique
La L alanine est dextrogyre La L leucine est lévogyre Le seul acide aminé dont la
(dévie la lumière polarisée à (dévie la lumière polarisée à structure est symétrique.
droite) gauche) => pas de pouvoir rotatoire
Les acides aminés ont une importante absorption aux longueurs d’ondes
inférieures à 230 nm. Certains absorbent entre 250 – 300 nm (acides aminés
possédant des noyaux phényle ou indole etc.)
Cystine 240 nm
Phenylalanine 260 nm
Tyrosine, Tryptophane 280 nm
Propriétés utilisées pour dosage spectrophotométrique des protéines ;

évaluation quantitative des protéines dans la bande 280 nm
Les acides aminés possèdent deux groupements ionisables: Fonction amine (NH3+), et
une fonction carboxyle (COOˉ). Ce qui leur confère leur nature dipolaire, base de stabilité
des cristaux qu’ils forment à travers les interactions ioniques.
Représentation de Bronsted: évolution des charges

pK1 (pKa): 2 pH 3; dissociation carboxylique [-COOH en -COO-]
pK2 (pKb): pH≈ 10; dissociation du groupement [NH3+ en -NH2]
Entre les deux constantes de dissociation, il existe un point isoélectrique noté pHi.
pHi = 1/2 (pKa+ pKb)

Equation Henderson-Hasselbalch
Ces différentes formes permettent de tracer la courbe de titration de l’aa
1. début de la titration: prépondérance la forme

doublement protonée (FDP)
2. concentration égale entre les formes COOˉ et

NH3+ et la forme doublement protonée (pka)
3. Disparition progressive de la FDP jusqu’à un

pH ou seul le dipôle chargé positivement et
négativement est présent (pHi)
4. Ce dernier commence par disparaitre au profit

de la forme COOˉ et NH2 en passant par l’égalité
des deux formes en concentration (pkb)
5. fin de la titration seule la forme doublement

basique subsiste.
Courbe de titration d’un ac am mono
amine et mono acide
Les acides α-aminé et α-carboxylé, mono

aminé et mono carboxylé ont une courbe
de titration similaire á celle de l’alanine.
Contrairement aux ac am ayant un radical

hydrolisable.
Courbe de titration de la glycine
Les acides α-aminé et α-carboxylé,

mono aminé et mono carboxylé ont
une courbe de titration similaire á celle
de l’alanine.
Lorsque le radical -R de l’acide aminé comporte des groupes ayant des propriétés
acido-basiques, on définit alors une troisième constante appélée pKR:
constante d’ionisation du radical –R
Lorsque le radical -R comporte des groupes ionisables, une troisième constante est
définie pKR: Constante d’ionisation du radical –R
Identifier les
différentes formes
ioniques de la titration
de l’acide glutamique
Courbe de titration de
l’histidine
V. Réactions de mise en évidence des ac am
1. Réaction avec la ninhydrine
V. Réactions de mise en évidence des ac am
2- Propriétés liées au groupement [–COOH]
Décarboxylation
 Catalysée par la décarboxylases
 Conduit à la formation d’une amine

VII. Propriétés chimiques des acides α-aminés
a- Propriétés liées au groupement [–COOH]
Estérification
Utilisée pour séparer les acides aminés en phase gazeuse et en phase liquide en produisant
des dérivés ester
V. Propriétés chimiques des acides α-aminés
a- Propriétés liées au groupement [–COOH]
Formation d’amide (liaison peptidique)
R-CH-COOH + H2N-R’ R-CH-CO-NH-R’ + H2O
NH2 NH2
Ac. aminé amine Amide par liaison peptidique
VI. Quelques méthodes de séparation et d’identification des aa
a- Chromatographie d’exclusion sur gel
 séparation fonction de taille;
 Système composé de éluent
et phase stationnaire.
Séparation
suivant la
(gel composé de billes poreuses taille des
Phase stationnaire molécules
(gel) poreuse
capable de retenir ou non les
molécules.
VI. Quelques méthodes d’identification et de séparation des aa
b- Chromatographie échangeuse d’ions
Les échangeurs d’ions sont des macromolécules insolubles portant des groupements
ionisables, qui ont la propriétés d’échanger de façon réversible certains de leurs ions, au
contact d’autres ions provenant d’une solution.
+ - NaCl + - NaCl
Dépôt + - Lavage Elution Dépôt + - Lavage Elution
+- +- +-
+- +- +-
+- - +- -
- -
+- - +- -
+ - - -
+ -
+ - - -
+ - - -
+ -
+ -
Echange de cations sur CM Echange d’anions sur DEAE- cellulose

b- Chromatographie échangeuse d’ions
+
+ + +
++ +
+
 A pH acide, les acides aminés sont

chargés positivement mais diffère le
radical R;
 Les acides aminés à charge positive se

lient à la phase stationnaire et migrent
lentement;
 Les acides aminés ayant moins de

charge positive migrent rapidement.
c- Chromatographie d’affinité
Permet de séparer un composé en utilisant des interactions biologiques entre un

ligand spécifique
d- Chromatographie sur Couche Mince (CCM)
Permet la séparation des acides aminés entre deux

phases:
 Phase stationnaire: couche mince de silice ou
de cellulose
 Phase mobile: éluent ou système de migration
 Révélation à la ninhydrine et identification par
comparaison avec des témoins.
d- Chromatographie Liquide Haute Pression (HPLC)
Permet le dosage qualitatif et quantitatif des

macromolécules
EVALUATION 1
1. Parmi les propositions suivantes concernant la stéréochimie des acides aminés,

laquelle est inexacte?
a. Tous les acides aminés naturels sont chiraux, excepté la glycine
b. Les protéines humaines sont constituées d’acides aminés de configuration L
c. Tous les acides aminés, sauf la glycine, ont deux stéréoisomères
d. La thréonine possède deux atomes de carbones asymétriques
e. Un mélange équimolaire de deux énantiomères est optiquement inactifs
2. Lequel des acides aminés suivant est porteur de la plus grande charge négative à
pH physiologique
a. Alanine
b. Glycine
c. Histidine
d. Arginine
e. Acide glutamique
EVALUATION 1
3. Quels acides aminés possèdent une fonction hydroxyle sur leur chaîne latérale?
a. Cystéine
b. Sérine
c. Thréonine
d. Méthionine
4. Parmi les acides aminés suivants, quel est celui dont la charge nette est égale à +1
à pH 7?
a. Alanine
b. Acide aspartique
c. Histidine
d. Lysine
e. Sérine
LES PROTEINES
2ème partie
Les protéines
Généralités
Les protéines sont des polymères linéaires d’acides aminés unis par une liaison
amide , dite liaison peptidique,
Exemple de l’insuline
Les protéines
Généralités
Par convention, la représentation des peptides commence par l’aa N-terminal
avec le groupe NH2 libre et se termine par le groupe carboxyle libre
appelé aa C-terminal.
• Deux acides aminés unis par une liaison peptidique forment un dipeptide
• Trois acides aminés: tripeptide
• Un petit nombre: oligopeptide
• Quelques dizaine (n < 100) : polypeptide
• Au-dela (n > 100): protéine
Les protéines
Généralités
• Tous les acides aminés sont engagés dans deux liaisons peptidiques:
1. Par le groupement aminé avec le précédent
2. Par le groupement carboxyle et le suivant
Ils perdent leur identité d’acides aminés et sont donc appelés résidus
Les protéines
Généralités
Par convention, une chaîne polypeptidique s’écrit de la gauche vers la droite en
commençant par l’aa N-terminal et en finissant par l’aa C-terminal
a. Dessiner un zigzag avec le groupement aminé N-terminal à gauche
b. Placer les Cα, les CO et les N
c. Puis les chaînes latérales de part et d’autre du zigzag

Les protéines
Importance Biologique
Ce sont des molécules biologiques de première importance
• Quantitative: elles constituent plus de la moitié du poids sec des cellules
• Qualitative: elles participent à presque (toutes) les fonctions cellulaires
Leurs rôles sont multiples:
Pas de biomolécules qui aient autant de fonctions cellulaires

Pas de fonctions cellulaires qui échappent aux protéines
Les protéines
Protection Protection: e.g. des anticorps de l’immunité humorale.
Régulation
Formation de complexe
immuns GP12/Ac GP12
mOuvement Sans anticorps Avec anticorps
Transport Virus VIH

Ac GP121
Energie Mb Cell LT4
Influx
Nerveux Marqueur CD4
Enzymes
Structure
Fusion et multiplication du virus Fusion impossible du VIH av LT4,
dans la cellule multiplication du virus bloquée
Les protéines
Protection Régulation: les protéines participent à la communication

intra- et intercellulaire.
Régulation
mOuvement
Transport
Energie
Influx
Nerveux
Enzymes
Structure
Les protéines
mOuvement: e.g. de l’actine et la myosine qui sont des

Protection protéines de la contraction musculaire.
Régulation
mOuvement
Transport
Energie
Influx
Nerveux
Enzymes
Les cellules formant les muscles sont remplies de ces deux molécules.
Structure
Les protéines
Protection
Transport: e.g. de l’hémoglobine et des lipoprotéines
Régulation
mOuvement
Transport
Energie
Influx
Nerveux
Enzymes
Structure
Les protéines
Protection Energie: les protéines sont des réserves d’acides aminés

Régulation en tant que substrats énergétiques e.g. l’ovalbumine du
mOuvement blanc d’œuf,
Transport
Energie
Influx
Influx Nerveux: e.g. la rhodopsine
Nerveux
Enzymes
Structure
Les protéines
Protection Enzymes: e.g. dans la conservation et la perpétuation de la structure
Régulation vivante, ces catalyseurs de la réaction biochimique ont une place

primordiale. La plupart des réactions chimiques qui se déroulent dans la
mOuvement
cellule sont catalysées par des protéines spéciales: les enzymes
Transport
Energie
Influx Structure: e.g. les protéines soutiennent et protègent les
structures biologiques: e.g. le collagène du tissu conjonctif animal,
Nerveux
Enzymes
Structure
Les protéines
Classification
La classification des protéines se fait selon plusieurs critères:
Selon leur composition
•Holoprotéines: la molécule n’est composé que d’acides aminés
• Hétéroprotéines: la molécules comporte en plus une partie non protéique

(groupement prosthétique): glucides, lipides, acides nucléiques, ions
métalliques…
Les protéines
Classification
La classification se fait selon plusieurs critères:
Selon leur forme globale
• Protéines globulaires
- leur rapport axial est inférieur à 10: elles sont sphéroïdes
- elles sont solubles dans l’eau
• Protéines fibreuses
- leur rapport axial est supérieur à 10: elles sont filiformes
- elles sont insolubles dans l’eau
• Protéines mixtes
- mi-globulaires mi-fibreuses (e.g. la myosine)
Les protéines
Liaison peptidique et structure primaire
La liaison peptidique s’établit par élimination d’une molécules d’eau entre le

groupement carboxyle d’un acide aminé et le groupement aminé de l’acide aminé
suivant:
Les protéines
Détermination de la composition en acides aminés
Dans un peptide
 les Liaisons entre acides aminés se fait dans n’importe quel ordre;
 Pas de règle théorique ou empirique déterminant l’enchaînement des aa;
 Pas d’incompatibilité de liaison;
 Pas de spécificité de liaison;
 Nbre des arrangements linéaires possible de n résidus d’aa est maximum.
Les protéines
Détermination de l’acide aminé terminal
Méthodes chimiques
1- Hydrolyse acide
2- Détermination de l’acide aminé N-terminal
a- Réaction au dinitrofluorobenzène (DNFB): Réaction de Sanger
b- réaction aux phenylthioisocyanate (PTIC): Réaction d’Edman
c- réaction de dansylation (DNS-Cl)
3- Détermination de l’acide aminé C-terminal
L’hydrazinolyse
Les protéines
Détermination de la composition en aa
1- Hydrolyse acide
Elle est réalisée par l’action d’un acide fort à chaud (HCl 6N à 105°C pdt
24-72 h) sur le peptide.
Il existe plusieurs Inconvénients
les liaisons stériquement encombrées ;
la destruction partiel de certains acides aminés comme la Methionine, la Sérine et

le Thryptophane;
les résidus Asn et Gln sont transformés en acides correspondants ;

Les protéines
2- Détermination de l’acide aminé N-terminal:

a. Réaction au dinitrofluorobenzène (DNFB)
Première séquence: hormone peptidique, PM 6000, Insuline (Sanger)
 Détermination de l’aa N-terminal des peptides

 Après hydrolyse total par HCl on obtient tous les aa libres et l’aa N-terminal
 Sous forme de dinitrophenyl-aa (DNP-aa)
fluorodinitrobenzène dinitrophenyl-aa
Réaction de Sanger (1945) (jaune)
Action du fluoro-1,4-dinitrobenzène sur le groupement aminé d’un aa

Les protéines
b- réaction aux phenylthioisocyanate (PTIC)
Réaction de Edman
Détermination de l’aa N-terminal

peptide ≤ 80 aa
Obtention du phenylthiohydantoïne-aa
Hydrolyse acide sans effet:
peptide (n-aa)-1 + PTH-aa

Les protéines
d- réaction de dansylation (DNS-Cl)
 DNS-Cl: réagit avec la fonction amine pour donner des dérivés sulfonamides
fluorescents
H3C CH3
H3C CH3 N
N
H H
N
+ HC R O S O
COOH N H
O S O
HC R
Cl
COOH
Cl- de dansyl aa
fluorescent
Les protéines
3- Détermination de l’acide aminé C-terminal:
a- L’hydrazinolyse
Méthode chimique qui consiste à traiter le peptide par l’hydrazine à 100°C

Les liaisons peptidiques sont rompues et les aa apparaissent sous forment
d’hydrazides
R R R’
(H2N-CH-CO-NH-CH-CO)n-HN-CH-COOH + H2N-NH2
R R R’
H2N-CH-CO-NH-CH-CO-NH-NH2 + H2N-CH-COOH
Hydrazide Aa C-terminal libre
Les protéines
Méthodes enzymatiques
1. Détermination de l’acide aminé C-terminal

 La carboxypeptidase A (Peptidyl-L-amino-acide-hydrolase)
 La carboxypeptidase B
2. Détermination de l’acide aminé N-terminal

Les aminopeptidases
Les protéines
3- Détermination de l’acide aminé C-terminal:
b- Méthodes enzymatiques
• La carboxypeptidase A (Peptidyl-L-amino-acide-hydrolase) extraite du pancréas

est la plus utilisée.
• Elle attaque les liaisons C-terminales, sauf celles du glycocolle et des acides aa
basiques
• Ces derniers peuvent être libérés par la carboxypeptidase B, extraite du pancréas
• Les aminopeptidases permettent d’éliminer l’acide aminé N-terminal.

Les protéines
3- Hydrolyse des séquences peptidiques intrachaînes
Méthodes enzymatiques
• Trypsine
• Chymotrypsine
Méthodes chimiques
• N-bromosuccinamide
• Bromure de cyanogène
• Acide performique
Les protéines
 Méthodes enzymatiques
Trypsine: enzyme pancréatique, catalyse l'hydrolyse des liaisons peptidiques dans

lesquelles la fonction carboxyle est fournie par la lysine ou l'arginine
Chymotrypsine : enzyme pancréatique à spectre large, attaque de préférence, les

liaisons auxquelles participe le carboxyle d’un aa aromatique (Phe, Trp et Tyr) et à
un moindre degré la Leu, Met, Asn, Glu.
Les protéines
 Méthodes chimiques
Les méthodes chimiques complètent souvent les méthodes enzymatique. Les

méthodes chimiques sont généralement fondées sur une oxydation.
N-bromosuccinamide: coupure des liaisons incluant le –CO de Tyr et Trp
Bromure de cyanogène: rupture de la liaison adjacente à la Met
Acide performique: rupture des ponts disulfure . Transforme Cys et Cystine en ac.
cystéique
Les protéines
Méthodes de séparation des peptides
L’isolement des peptides peut se faire par des techniques diverses:

Précipitations au point isoélectrique (solubilité minimale)
Extractions sélectives par certains solvants
La purification peut être effectuée par des méthodes très variées:

Cristallisation
Distribution à contre courant
Chromatographie à contre courant
Chromatographie d’adsorption, de partage, échange d’ions, électrophorèse
Les protéines
Structure secondaire
Une structure secondaire est la configuration spatiale d’une séquence courte de
la chaîne polypeptidique (sur 10 à 20 résidus)
Une même protéine peut avoir plusieurs structures secondaires
Dans une structure secondaire donnée, les angles ont des valeurs répétitives d’un
résidu à l’autre
Les structures secondaires sont stabilisées par des liaisons hydrogène formées à
intervalles réguliers à l’intérieur de la chaîne ou entre deux chaînes voisines
Les trois formes principales de structures secondaires sont:
- l’hélice α
- le feuillet plissé β
- et le coude β
Les protéines
L’hélice α
• La chaîne polypeptidique s’enroule autour d’un

axe hypothétique selon une hélice droite.
• Structure stabilisée par des liaisons hydrogènes

intrachaînes, unissant l’atome d’oxygène du –CO de
la nième liaison peptidique et l’atome d’hydrogène du
-NH de la (n+3)ème liaison peptidique
• La largeur de l’hélice est de 0,5 nm, son pas de

0,54 nm et il y a 3,6 résidus par pas
Les protéines
Le feuillet plissé β
• Le brin β est étiré en accordéon (les atomes de carbones α sont tour à tour
légèrement au-dessus et au-dessous du plan du feuillet β), les chaînes latérales
étant rejetées tantôt vers le haut, tantôt vers le bas
• Deux brins β - fragments d’une même chaîne polypeptidique s’associent pour

former un feuillet plissé par des liaisons hydrogènes unissant l’atome d’O du CO
et l’atome d’H du –NH des liaisons peptidiques face à face.
Les protéines
Le coude β
• Les hélices α et feuillets plissés β étant des structures linéaires, leurs chaînes
polypeptidiques forment des boucles ou elles changent de directions, pour qu’elles
puissent se formés dans les protéines globulaires.
• Formé de 4 résidus, il implique la formation

d’un pont hydrogène unissant l’atome d’O du –
CO de la iéme liaison peptidique et l’atome d’H
du –NH de la (i + 2) liaison peptidique en
direction de l’extrémité C-terminal (entre 2 liaison
peptidiques, donc 2 résidus entiers).
Les protéines
Le coude β
• Les hélices α er feuillets plissés β étant des structures linéaires, leurs chaînes
polypeptidiques forment des boucles ou elles changent de directions, pour qu’elles
puissent se formés dans les protéines globulaires. Le coude β est le type de boucle
plus courant
Proline: sa structure cyclique fait prendre à

la chaîne un virage en épingle à cheveu
Glycocolle: petit aa peut se tassé ds le peu
de place du coude
Les protéines
Structures super-secondaires
Ce sont des successions de structures secondaires plus fréquentes .
• Motifs αα
- hélice-tour-hélice: hélices α sont

liées par une boucle
- hélice-boucle –hélice: hélices α liées

par une boucle
Les protéines
Structures super-secondaires
• Motifs ββ
- épingles à cheveux β-β: 2 brins β
antiparallèles liés par un coude
- clé grecque β: des brins β non
adjacents dans la structure primaire
s’associent en feuillets
• Motifs mixtes
- Motif βαβ: 2 brins parallèles formant
feuillet sont reliés par une hélice α
- Motif ββα: des protéines dites à doigt

de Zinc, maintenu par la liaison du zinc
à des résidu cystéine et histidine
Les protéines
Structure tertiaire
Elle se définie par le repliement sur elle-même de la chaîne polypeptidique
• La chaîne forme une pelote de telle sorte que: les chaînes latérales polaires
(hydrophiles) des résidus, soient tournées vers l’extérieur au contact du milieu
aqueux et les chaînes latérales non polaires (hydrophobes) vers l’intérieur;
• Cette structure est stabilisée par des liaisons entre chaînes latérales de résidus
éloignés dans la structure primaire :
- liaisons covalentes: ponts disulfure entre résidus cystéine;
- liaisons non covalentes; liaisons hydrogène,
Les protéines fibreuses n’ont pas de structure tertiaire, leurs molécules

s’assemblent dans un certain état secondaire
Les protéines
Structure tertiaire
Quatre grands types d'interactions interviennent dans le repliement de la chaîne
L'effet hydrophobe
Les liaisons hydrogène
Les aa dont les radicaux sont hydrophobes
ont plus d'affinité entre eux.
Les ponts disulfure

Deux des 20 acides aminés ont des radicaux
contenant un atome de soufre. C'est le cas de la
cystéine.
Les liaisons ioniques

Les radicaux qui s'ionisent positivement forment des liaisons ioniques avec ceux
qui s'ionisent négativement.
Les protéines
Structure quaternaire
Certaines protéines sont oligomériques, ie formées de plusieurs chaînes
polypeptidiques appelées sous-unités ou protomères et dont l’organisation définit
la structure quaternaire.
Selon le nombre des sous-unités, elles sont dites: di, tri, tétramérique, …
- Sous-unités identiques: homopolymériques
- Sous-unités non identiques: hétéromériques
Cette structure est stabilisée par des liaisons hydrogènes, hydrophobes, voire
ioniques entre les chaînes latérales des résidus
La structure quaternaire est obligatoire à la fonction biologique de la protéine

Les protéines
La structure quaternaire présente un double intérêt:
L’association-dissociation est un moyen de contrôle de l’activité
de la protéine
• Proteine kinase A dépendante de l’AMP cyclique (PKA) : Tétramère
R2C2 inactif
• La fixation de l’AMPc, sur les sous-unités régulatrices R provoque la

dissociation de la structure quaternaire, ce qui démasque et rend actives
les sous-unités catalityques C
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Les protéines
La structure quaternaire présente un double intérêt:
L’interactivité entre sous-unités permet:
• l’effet coopératif: la fixation d’un substrat par une sous-unité modifie

l’affinité des autres sous-unités pour ce même substrat
• l’effet allostérique: la fixation d’effecteur (activateurs ou inhibiteurs) sur

certaines des sous-unités , dites régulatrices, modifie l’affinité des autres
sous-unités pour le substrat
Ces différentes propriétés confèrent à l’hémoglobine et aux enzymes

allostériques la possibilité d’une régulation de leur activité

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BIOCHIMIE

Acides aminés et protéines

Professeur Latifou LAGNIKA

UNITE D’ENSEIGNEMENT: Biochimie structurale

Etablissement (UFR) : Faculté des Sciences et Techniques

Domaine de formation : Sciences de la Vie et de la Terre

Masse horaire : 25 par groupe pédagogique (2 groupes pédagogiques)

Nombre de crédit : 1 par groupe pédagogique (2 groupes pédagogiques)

Nom et grade de l’enseignant responsable : Latifou LAGNIKA, PT

Nom et grade de l’enseignant à charge du cours : Latifou LAGNIKA, PT

BIOCHIMIE STRUCTURALE (Acides aminés, protéines )

Chapitre 1 LES ACIDES AMINES

Chapitre 2 LES PROTEINES

Les acides aminés naturels sont essentiellement

Role important: Deux catégories

Constitution des protéines Métabolisme

I. Généralités sur les acides α aminés

Constitution des protéines Métabolisme

Constitution des protéines

CONSTITUANTS Non CONSTITUANTS

aa constitutifs des protéines

Constitution des protéines Métabolisme

Acides aminés constitutifs des protéines naturelles (nombre = 21)

Acides Abbreviat. Abbreviat. Acides Abbreviat. Abbreviat.

Sélénocystine (homologue; S = Se)

I. Généralités sur les acides α aminés

Du point de vue du métabolisme

les aa indispensables (9) pour l’homme: les aa non indispensables proviennent

Glycine Seul acide aminé sans carbone asymétrique;

De nombreuses études ont démontré les propriétés pharmacologique comme :

Antiride, réparation des cellules endommagées, …

II. Structure et importance des acides α-aminés

Alanine: C’est l’homologue supérieur de la glycine,

• Les Chaînes latérales de ces 3 acides aminés sont

Leucine  Nécessaire à la croissance et au maintien du taux d’azote;

Isoleucine: Isomère de la leucine

Leucine Endurance (footballeurs américains)

Sérine: version hydroxylée de l’alanine

Ils Entrent dans la composition de la plupart des

La cystéine joue un rôle important dans la conformation

La cystéine fonctionne comme un antioxydant

Méthionine: Utilisation comme complément diététique.

Deux acides aminés acides et leur amides

•Asparagine, Glutamine: impliquées dans le

II. Structure et importance des acides α-aminés

Lysine Lysine: Aa essentiel nécessaire à la croissance

Arginine: Origines végétale et animale. essentiel

Histidine: Acide aminé essentiel. Impliqué dans

Phénylalanine: Aa essentiel retrouvé dans la plupart des

Tyrosine: Précurseur de biomolécules comme l’adrénaline, la

Tryptophane: aa essentiel. Provient de l’hydrolyse des

Proline: C’est le seul acide aminé dont la fonction amine est

III. Importance biologique (2)

Déterminent la structure et la fonction des protéines

Même type d’acides aminés mais

protéines ayant des fonctions différentes:

due à l’enchaînement, des spatiaux, …

Acides aminés glucoformateurs

hormones, neurotransmetteurs, acides nucléiques…

Plusieurs critères de classification

Quatre groupes: les acides aminés apolaires, polaires, acides et basiques

Autres classifications: aa à groupement aliphatique (Ala, Val, Leu et Ile) ,

Groupe 1 : acides aminés aliphatiques