Biochimie

Semestre 1
UE : Physique et Chimie Appliquée (7 crédits)

Pr Saïdou N. SALL
Courriel : saidou-nourou.sall@ugb.edu.sn
Bureau : Maison de l’université, B12
 BIOCHIMIE ?

La biochimie est l’étude de la vie à l’échelle moléculaire

But:
Donner une explication chimique au
fonctionnement
des cellules vivantes
 Contenu du cours Syllabus
PARTIE I BIOCHIMIE STRUCTURALE
1. Les acides aminés
2. Les structures tridimensionnelles des protéines TD1 + TD2
3. Les glucides
4. Les lipides

PARTIE II ENZYMES ET CATALYSE ENZYMATIQUE

1. Introduction aux enzymes
2. Vitesses des réactions enzymatiques
3. Catalyse enzymatique TD3
PARTIE III ENERGETIQUE BIOCHIMIQUE
1. Introduction au métabolisme
2. Les chaînons métaboliques
3. Catabolisme des glucides
4. Décarboxylation des α - cétoacides
5. Cycle de Krebs
TD3
6. Chaîne respiratoire

1. Information et organisation TP (Matériel, Calcul d’incertitude, sécurité…)

TP 2. Dosage des protéines
3. Séparation et identification des sucres
 Chapitre 1
Acides aminés
1. Acides aminés des protéines
1.1. Classification et caractéristiques
1.2. Propriétés acido-basiques
1.3. Propriétés optiques
1.4. Propriétés chimiques et techniques d’analyse
2. Acides aminés « non standards »
1. Acides aminés des protéines
Molécules qui présentent un groupe amine primaire et un groupe acide
carboxylique substitués sur le même atome de carbone (exception de la
proline)

a-aminoacides
1.1. Classification et caractéristiques
Selon:
- La nature du Groupe R (structure de la chaîne R détermine la réactivité de chaque a.a.)
Les acides aminés à chaîne aliphatique

Les acides aminés hydroxylés ou soufrés

Les acides aminés dicarboxyliques et leurs amides

Les acides aminés dibasiques

Les acides aminés cycliques

Acides aminés à chaîne latérale non polaire

Chaque aa présente le suffixe ine

dans son nom sauf exceptions
(tryptophan, aspartic, glutamic).
Il y’a un alphabet à 3 lettres (en
général les 3 premières lettres) et
un alphabet à une lettre
Acides aminés à chaîne latérale polaire non chargée

Amino-acides à chaîne latérale polaire chargée

1.1. Classification et caractéristiques
Selon:
La polarité du Groupe R

Acides aminés hydrophobes (apolaires) 9 Acides aminés hydrophiles (polaires) 11

Glycine Phénylalanine Sérine Lysine
Alanine Tryptophane Thréonine Arginine
Valine Proline Asparagine Histidine
Leucine Méthionine Glutamine Aspartate
Isoleucine Tyrosine Glutamate
Cystéine

Trois groupes: apolaires, polaires neutres (non chargés) et polaires

ionisables (chargés).
1.1. Classification et caractéristiques
Besoin en acides aminés chez l’homme: les 20 aa
Indispensables. Non-indispensable.
Isoleucine. Alanine.
Leucine. Asparagine.
Lysine. Aspartate.
Méthionine. Cystéine.
Phénylalanine. Glutamate.
Thréonine. Glutamine.
Tryptophane. Glycine.
Valine. Proline.
Arginine. Sérine.
Semi-indispensable, car
synthétisé mais pas en Histidine. Tyrosine.
quantité suffisante.

Petit moyen mnémotechnique pour les acides aminés indispensables ?

1.1. Classification et caractéristiques

■ Les acides aminés se présentent sous forme de poudre blanche

cristallisée (taille des cristaux dépend de la nature de l’acide
aminé)
■ Solubilité dans l’eau et dans les solvants organiques dépend du
radical
Les formes ioniques sont les plus solubles
La solubilité est minimale au pHi
 1.2. Propriétés acido-basiques

Chaque a.a. possède au moins 2 groupements ionisables:

-COOH à -COO- + H+ (faite avec un pH particulier appelé pK1)

-NH2 + H+ à NH3+ (faite avec un pH particulier appelé pK2)

pK1 et pK2 correspondent respectivement à l’ionisation des

groupes a-carboxylate et a-aminé;
pKR correspond aux groupes de chaînes latérales ayant des
propriétés acido-basiques.
1.2. Propriétés acido-basiques

Dans une zone de pH physiologique (pHi) les groupes acide

carboxylique et aminé sont, tous deux, complètement ionisés

Les substances douées de cette propriété sont des

amphotères. Les molécules porteuses de groupes chargés
opposés sont appelées zwitterions (zwitter = hybride)
 1.2. Propriétés acido-basiques

Le pH auquel une molécule possède aucune charge nette est

appelé son point isoélectrique, pHi = 1/2 (pKi + pKj)
pKi et pKj sont pour les 2 étapes d’ionisation qui font intervenir la
forme neutre
Ac. Aminé neutre
K1 K2
A+ A0 A-

Ac. Aminé acide

K1 KR K2
A+ A0 A- A2-

Ac. Aminé basique

K1 K2 KR
A2+ A+ A0 A-
 1.3. Activité optique
19 des 20 acides amines sont optiquement actifs (font tourner
le plan de la lumière polarisée plane)
 1.3. Activité optique Voir cours chimie orga.

■ Les a.a. appartiennent alors à la série L (du latin laevus,

côté gauche) ou à la série D (du latin dexter, côté droit),
respectivement.
■ Il existe donc, pour chaque a.a., sauf pour la glycine où R =
H, deux stéréoisomères (énantiomères), images l’un de l’autre
dans un miroir
Absorption dans l’UV
Tous les acides aminés possèdent un spectre
d’absorption dans les longueurs d’onde UltraViolette
λ<260 nm, sauf pour les acides aminés aromatiques:

Trp λ=280 nm
Tyr 275<λ<280 nm
Phe λ=260 nm

Utilisé en diagnostic pour savoir si une protéine est présente dans la substance analysée
1.4. Propriétés chimiques

• Dues au groupement amine

• Dues au groupement carboxyle

• Propriétés chimiques dues aux chaînes latérales

1.5. Techniques d’analyse

Chromatographie sur couche mince (technique qualitative)

Chromatographie échangeuse d’ions
Chromatographie en phase gazeuse
2. Acides aminés « non standard »
Rôles particuliers des acides aminés que l’on ne
trouve pas dans les protéines
neurotransmetteurs, médiateur des réactions allergiques,
hormone thyroïdienne, cycle de l’urée, coenzyme,
métabolisme des acides aminés, antibiotique
 Chapitre 2
Structures tridimensionnelles des protéines

1. Structure secondaire
1.1. Structures en hélice α
1.2. Structures b
2. Structure tertiaire
3. Structure quaternaire
4. Méthodes de séparation des protéines
Les acides aminés se polymérisent théoriquement
avec élimination d’une molécule d’eau pour donner
les liaisons peptidiques

Extrémité Extrémité
N-terminale C-terminale

Les polymères constitués de deux, de trois, d’un petit nombre

(3-10) ou d’un grand nombre de résidus d’acide aminé sont
appelés respectivement dipeptides, tripeptides, oligopeptides
ou polypeptides
Les chaînes polypeptidiques sont décrites en
commençant par le groupe amino-terminal (appelé N-
terminal ) en donnant ensuite le nom de chaque résidu
jusqu’au groupe carboxy-terminal (C-terminal)

Alanyltyrosylaspartylglycine (Ala Tyr Asp Gly) ou AYDG

C’est la structure primaire des protéines
 Détermination de la structure primaire des protéines
■ Détermination du contenu en acides aminés : l’hydrolyse
acide

■ Détermination de l’extrémité N terminale

Méthode du dinitrophényl-acide aminé de Sanger
Méthode d’Edman : Dégradation récurrente d’Edman avec
l’isothiocyanate de phényle :
Aminopeptidase : enzyme qui hydrolyse de l’acide aminé
terminal

■ Détermination du C terminal
Carboxypeptidase (biochimique)

■ Coupures à l’intérieur de la chaîne peptidique

 Détermination de la structure primaire des protéines
Séquençage des amino-acides des chaînes peptidiques : spécificité de clivage des
agents utilisés
Clivage des extrémités Site d’action Spécificité
Dégradation d’Edman ou Aminoacide N-terminal Tout aminoacide
de Sanger
Carboxypeptidase Aminoacide C-terminal Tout aminoacide
Aminopeptidase Aminoacide N-terminal Tout aminoacide
Hydrazinolyse Toutes les liaisons Libère l’aminoacide C-terminal
Clivage intrapeptidique Site d’action Spécificité

Bromure de cyanogène Côté C-terminal Met

Trypsine Côté C-terminal Lys, Arg (sauf si Pro C-lié)
Chymotrypsine Côté C-terminal Phe, Trp, Tyr (sauf si Pro C-lié)
Thermolysine Côté N-terminal Leu, Ile, Val (sauf si Pro N-lié)
Pepsine Côté N-terminal Phe, Trp, Tyr, Leu, Asp,Glu
(sauf si Pro N-lié)
 Détermination de la structure primaire des protéines

Exemple: Structure d’un heptapeptide

L’hydrolyse acide HCl (6M) d’un peptide donne les acides

aminés suivants : 1Arg, 1Gly, 1Leu, 1Met, 1Phe, 1Tyr et
1Asp.
La méthode d’EDMAN libère Leu puis Phe.
La carboxypeptidase permet de séparer Tyr puis Arg.
Le Bromure de Cyanogène libère un oligopeptide contenant
Phe, Met, Leu et Gly.
La chymotrypsine donne un oligopeptide contenant Arg, Met,
Tyr, Gly et Asn.
Ecrire la séquence du peptide.
1. Structure secondaire

Rappel: Le groupement peptidique

Le groupement peptidique possède une structure plane

rigide, due à des interactions en résonance, qui
confèrent à la liaison peptidique un caractère partiel -
environ 40% - de double liaison:
-
O O ∂- O

C C C C C C
+
C N C N C N ∂+

H H H
Forme de
résonance
(≈ 40 %)
 Liaisons peptidiques cis et trans

- Les groupements peptidiques, sauf quelques exceptions, présentent la

configuration trans: les Ca qui se suivent sont de part et d'autre de la liaison
peptidique.
- L'interférence stérique rend la configuration cis moins stable
1.1. Structures en hélice α

- Hélice à pas droit

- Chaînes latérales tournées vers 5,4 Å

extérieur et vers arrière (sauf Gly et Pro) 1,5 Å

- Stabilisation par
- Liaisons hydrogène
- Forces van der Waals
1.2. Structures β

Dans les feuillets plissés b, les liaisons

hydrogène s'établissent entre chaînes
polypeptidiques voisines plutôt qu'à intérieur
d'une chaîne comme dans les hélices a:
2. Structure tertiaire

• Résultat liaisons (H, hydrophobes, covalentes, interactions groupe R

telles que ponts disulfure) entre a.a de même chaîne
• Structure Iaire d'une protéine détermine sa structure IIIaire.
• Þ Surenroulement : repliement hélice a sur elle même
3. Structure quaternaire
• Résultat de liaisons (hydrogène, hydrophobe, électrovalente,..) entre a.a. de
chaînes peptidiques ¹ mais unies en 1 seule molécule.
• Association des chaînes polypeptidiques (sous-unité ou protomère).

Donc : Pour protéines formées que d’1 seule chaîne d'aa Þ pas de str. IVaire

Forme finale des protéines dépend des liaisons.

Dénaturation : (principaux facteurs)
- Chaleur : agitation thermique Þ briser faibles liaisons H reliant
les R.
- pH extrême: Plupart se dénaturent en milieu trop acide ou trop
alcalin
- Milieu très concentré en électrolytes (ions)
 Chapitre 3
Les Glucides

1. Les monosaccharides

2. Les polysaccharides
Importance des glucides
► Glucides (sucres simples et leurs polymères), biomolécules les plus
abondantes
► Les polymères de glucides forment les parois et les revêtements
protecteurs de nombreux organismes.
► L'oxydation des ces molécules fournit l'énergie qui entraîne les
processus métaboliques (réserve d'énergie).
► Les glucides de la face extérieure de la membrane cellulaire
interviennent dans la reconnaissance cellulaire et dans la
communication intercellulaire.
► Les glucides sont aussi des constituants essentiels des acides
nucléiques et des éléments importants des lipides complexes.
Classement …selon le nombre de monomères
Les monosaccharides sont les molécules de base, formule
(CH2O)n ou n est au moins égal à trois.

Oligosaccharides de 2 à 20 résidus de monosaccharides.

Polysaccharides de plus de 20 résidus de monosaccharides.

Monosaccharides et Disaccharides: généralement très soluble

dans l'eau (solides incolores, cristallins au goût sucré).

Un glucide se caractérise par le suffixe "ose".

 1. Les monosaccharides

Aldose: groupement carbonyle est un aldéhyde (cas glucose)

Cétose: groupement carbonyle est une cétone (cas ribulose)
 Isoméries

Isomère D du glycéraldéhyde: présente son groupe hydroxyle secondaire à la

droite de l’observateur.
Pour n carbones chiraux, il existe 2n stéréoisomères potentiels. Pour les
aldohexoses, qui possèdent 4 carbones chiraux, il y a 24, soit 16 stéréoisomères.

Les stéréoisomères dont la configuration de l’avant-dernier atome de carbone

est identique à celle du C-2 du D-glycéraldéhyde appartiennent à la série D, les
autres à la série L.

Deux oses qui ne différent que par la configuration d’un seul atome de
carbone sont dits épimères.
Cyclisation des aldoses et cétoses
Configurations

Alpha = OH en-dessous du cycle (pour sucre série D)

Bêta = OH au-dessus du cycle (pour sucre série D)
Interconversion spontanée ± lente

36 % << 1 % 64 %
 Dérivés de monosaccharides
La chimie des monosaccharides est essentiellement celle de
leurs groupement hydroxyle et cabonyle

1. Esters phosphoriques : glucose-6-phosphate, fructose-6-phosphate

2. Sucres aminés: glucosamine (2-amino-2-désoxyglucose) dérivé : N-
acétyl-glucosamine
3. Sucres désoxy: 2-désoxyribose
2. Les polysaccharides
Polymères de résidus monosaccharidiques (appelés également Glycanes)

Homopolysaccharides : un seul type de monosaccharides

Hétéropolysaccharides : au moins deux types de résidus

Polysaccharides de structure (cellulose, chitine)

- insoluble
- extracellulaire
Polysaccharides de réserve (glycogène, amidon)
- généralement soluble
- intracellulaire

Polysaccharides linéaires (amylose, cellulose) ou ramifiés (glycogène,

amylopectine)

Extrémités « réductrice » et non-réductrice

Les homopolysaccharides

Biopolymères polyosidiques de réserve d’énergie : amidon (chez les

végétaux), glycogène (chez les animaux)
 Les homopolysaccharides

La cellulose, principal
biopolymère de structure
des végétaux très abondante
dans la biosphère

La chitine est présente dans

l’exosquelette des
Crustacés et des Insectes
 Les hétéropolysaccharides

Glycosaminoglycanes (GAG): groupe homogène de glycanes linéaires

anioniques avec répétition de structures diosidiques, où l’un des résidus est un
ose aminé, N-acétylglucosamine ou N-acétylgalactosamine.
 Les hétéropolysaccharides
Glycoprotéines: protéines membranaires et certaines protéines sécrétées
(immunoglobulines), certaines hormones protéines du lait, ribonucléase,
mucines, qui contiennent des glycanes (protéines solubles ou sécrétées
dans la matrice extracellulaire ou comme des protéines intrinsèques
transmembranaires).
 Les hétéropolysaccharides
Lipopolysaccharides (LPS) sont des constituants de la membrane
externe des bactéries gram négatives. Certains LPS sont toxiques pour
l’Homme et les animaux
 Chapitre 4
Les Lipides

1. Les acides gras

2. Les triglycérides

3. Les lipides membranaires

4. Le cholestérol
Définition
Groupe hétérogène de molécules de propriétés physico-chimiques
communes :
- Insolubles dans l’eau (hydrophobe).
- Solubles dans les solvants organiques (éther, chloroforme, cétone,…)

Rôles physiologiques
• Les lipides de réserve : importante réserve d’énergie chez les êtres
vivants.
• Les lipides de structure: phospholipides et sphingolipides s’associent
pour former une double couche lipidique (lipides membranaires).
Cette dernière avec le cholestérol délimitent les cellules et les
organites intracellulaires.
• Vitamines liposolubles (A, D, E et K).
 1. Les acides gras

AG saturé (saturation en H) : pas de =

AG insaturé : existe 1 ou plus de = (C=C)

Systématique : nbre de C, position et nbre de =

 1. Les acides gras
Palmitate C16

16:0

Oléate C18, Δ9

18:1 (9)

► Position de = indiquée par Δ (en comptant à partir de COO-)

► Dans la plupart des acides gras monoinsaturés, la double liaison se
situe entre les carbones C-9 et C-10 (Δ9) et dans les acides gras
polyinsaturés les autres doubles liaisons sont en Δ12 et Δ15 ; l’acide
arachidonique 20 : 4(Δ5,8,11,14), est une remarquable exception.
 1. Les acides gras

► Doubles liaisons presque

jamais conjuguées
(généralement configuration
cis)
1. Les acides gras

Ac. Palmitique 16:0

Existe dans huiles Animale (20-30%) ou Végétales (35-45%)

Excellent aliment énergétique
Utilisé ® biscuits, gâteaux, margarines

Acide oléique C18 D9 ou 18:1 (9)

(w9)

Le + abondant des AG dans notre organisme. Abondant dans toutes les huiles
Animales ou Végétales. Excellent aliment énergétique. Utilisé pour faire des
savonnettes.
 1. Les acides gras

Acide linoléique C18 D9,12

(w6)

Existe dans huiles végétales, indispensable (ration alimentaire)

Besoins quotidiens : 3- 4 g.

Acide linolénique 18 : 3 (9, 12, 15)

(w3)

Existe dans huiles végétales et des poissons

2. Les triglycérides (triacylglycérols ou lipides neutres)

Lipides de réserve (dénommés graisses ou huiles)

Acides gras + Glycérol® mono-, di- et triglycérides.

● Les triacylglycérols: forme majeure de

stockage de l’énergie sous forme de
graisse, chez l’homme, au sein des
cellules spécialisées : les adipocytes
 3. Les lipides membranaires

Glycérophospholipides
(ou phosphoglycérides): composants
principaux des membranes biologiques

Ils sont formés de sn-glycérol-3-

phosphate estérifié sur ces positions
C1 et C2 par des acides gras et sur
son groupement phosphoryle par un
groupement X (aminoalcool: sérine,
éthanolamine, choline).

Amphiphiles
Amphotères
Hydrolysables
 3. Les lipides membranaires

Sphingolipides

Sphingosine: diol-amine à 18 :1 (4) Céramides

Alcool secondaire jamais substitué Liaison amide entre acide gras et
Alcool primaire (ou phosphoryl choline ou ose) spingosine
Hydrolyse enzymatique
Clivage par les enzymes (phospholipases A1; A2; C et D)

Ex: lecithine
Phopspholipase D
Phopspholipase A2

Phopspholipase A1

Phopspholipase C
4. Le cholestérol
Stéroïde le + important, le + abondant et le + connu, polycyclique

formule (trouvée en 1888) ;

structure (1955).

Contient 8 *C (® 256 stéréoisomères, dont 1 seul existe à l’état naturel).

Précurseur de nombre de molécules douées d’une activité biologique

importante : sels biliaires (interviennent dans la digestion des graisses), les
hormones stéroïdes et la vitamine D (régulent l’expression de certains gènes)
Propriétés physiques
Fonction de la longueur et du degré d’insaturation de la chaîne
carbonée: chaîne courte et/ou doubles liaisons entraîne point de fusion
bas, fluidité élevée
Propriétés chimiques
Liées au groupement -COOH

Estérification

Salification ou saponification

Liées à la double liaison

Réaction d’addition d’halogène

Réaction d’addition d’hydrogène

Réaction d’oxydation