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DE BIOCHIMIE
DR CHAO DE LA BARCA
COURS & EXERCICES
Année 2019-2020
UE1
POLYCOPIE DE BIOCHIMIE
Page 1 sur 84
Année 2019-2020
Avant-propos
Salut à toi !
Ce document a été créé pour t’aider à comprendre et à assimiler les cours de biochimie. Tu trouveras
les cinq cours retranscrits du docteur Chao de la Barca, le cours du docteur Simard et à la fin, des
petits exercices pour voir si tu as tout compris !
Attention, il faut cependant préciser qu’il s’agit d’un document du tutorat, et non d’un document
officiel de la faculté, du docteur Chao de la Barca ou du docteur Simard qui serait contractuel pour
l’examen. De plus les cours de biochimie peuvent changer un peu d’une année à l’autre... Ce n’est
donc qu’un support pour t’aider dans ton apprentissage !
SOMMAIRE
§ Définition
§ Classification des acides aminés
§ Chiralité des acides aminés
§ Rôle des acides aminés
§ Acides aminés essentiels, conditionnellement essentiels et non essentiels
§ Structure et propriétés des AAPS
Ø Polarité des AA
Ø Ionisation et charges des AA
Ø Spectre d’absorption des AA
Ø pH, charge et quantification des AA
§ Les AA non protéinogènes
§ Les amines biogènes
§ Traitement de la maladie du sommeil par un cheval de Troie « biochimique »
I – Définition :
ð Une molécule amphotère est une molécule qui présente à la fois une fonction acide et
une fonction basique. Ce qui est le cas des acides aminés.
Une molécule a un carbone asymétrique lorsque ce carbone est lié à quatre substituants
différents. L’isomère de cette molécule n’est pas superposable à celle-ci, mais images de celle-ci dans
un miroir (= image spéculaire). Le carbone asymétrique est donc le centre chiral de la molécule.
En revanche, si dans une molécule un carbone a deux substituants identiques, on pourra
superposer l’isomère de la molécule par simple rotation. Le carbone est alors symétrique et n’est
pas le centre chiral de la molécule.
Þ Les carbones alpha dans les AA (sauf pour la glycine) sont des carbones asymétriques
et donc des centres chiraux.
Pour la notation des centres chiraux on va utiliser la notation de Fischer. Cette classification va
permettre de classer les AA en D ou L. On place le groupement carboxyle (COO-) en haut.
Ø Lorsque le groupement amine (NH3+) est à gauche, l’AA est L, on parle de L-AA.
Ø Lorsque le groupement amine (NH3+) est à droite, l’AA est D, on parle de D-AA.
Þ Tous les AA protéinogènes (sauf la glycine, car non chirale) sont dans la
CONFIGURATION L.
L’homme, à la différence des plantes et des bactéries, ne peut pas synthétiser tous les AA à partir de
l’azote inorganique.
Les AA impossibles à synthétiser pour l’homme, doivent être apportés par l’alimentation : ce
sont les acides aminés essentiels. On retrouve la leucine, l’isoleucine, la valine, la méthionine, la
phénylalanine, le tryptophane, la thréonine et la lysine.
Les AA pouvant être synthétisés par notre organisme sont appelés les AA non essentiels.
Les AA qui sont synthétisés par notre organisme mais en quantité insuffisante sont appelés les
AA conditionnellement essentiels. On retrouve la glutamine, la tyrosine, l’arginine, l’histidine et la
cystéine. Lors de la croissance chez l’enfant ou chez la femme enceinte, ces AA conditionnellement
essentiels vont devenir essentiels.
A) Polarité :
Une liaison est polaire lorsqu’il y a un déséquilibre (ou apolaire lorsqu’il n’y a pas de déséquilibre)
dans le nuage électronique des groupes fonctionnels de la chaine latérale.
Þ En solution et à pH physiologique (environ 7,4), tous les AA sont polaires du fait de leur
groupe amine (chargé positivement) et de leur groupe carboxyle (chargé négativement). Les
résidus aminoacyls sont en revanche plus ou moins polaires en fonction de la polarité
de leur chaine latérale.
Valine
Aliphatique
Cyclique = Aromatique
Le tryptophane est composé d’un noyau indole qui lui donne aussi
Tryptophane une certaine polarité.
C’est un précurseur d’amines biogènes comme la sérotonine.
Aspartate
Ø le point isoélectrique (ou pHi), le pH où la charge nette de l’AA est nulle. L’AA prend
alors le nom de zwittérion.
Ø il existe aussi le pKr, le pH de demi-dissociation de la chaîne latérale (même chose que
le pKc ou le pKn mais pour la chaine latérale des AA acides et basiques).
Grâce à ces propriétés acido-basiques, on va pouvoir réaliser des courbes de titrage d’un AA qu’on
appellera X. Elles sont construites en ajoutant des « équivalents OH » (= une base forte, comme la
soude) à une solution très acide contenant de l’acide aminé X :
Ø à chaque fois qu’on ajoute une quantité connue et faible de la base, on mesure le pH.
Ø si dans la solution il n’y a pas de composé avec une fonction acide ou basique, alors on
obtient une droite car le pH augmente linéairement au fur et à mesure qu’on ajoute de la base
forte.
Ø pour les AA, on n’obtient jamais une droite car ils possèdent tous au moins une fonction acide
(COOH) et une fonction basique (NH2), ainsi que les éventuelles fonctions acide ou basique
dans les chaines latérales des AA acides ou basiques.
Exemples :
Il n’y a pas de pKr pour la glycine car sa chaine latérale ne comporte pas de fonction acide ou basique.
NH2). A ce stade le pH est égal à 9,60, la charge nette est de - 0,5. Il y a 50% de la glycine sous
sa forme de zwittérion et 50% sous sa forme avec le pH basique.
5. On continue à verser de la soude et on arrive sur une solution très basique. Il y a donc de
nombreux OH- dans la solution et la glycine va libérer les H+ dans la solution, le NH3+ va donc
devenir NH2. La charge totale à un pH supérieur au pKn et va donner -1. La seule charge
déterminante de la charge de la glycine à ce stade est la charge - portée par le carboxyle.
7. On continue à verser de la soude et on arrive sur une solution très basique. Il y a donc de
nombreux OH- dans la solution et le glutamate va libérer les H+ dans la solution, le NH3+ va
donc devenir NH2. La charge totale à un pH supérieur au pKn et va donner -2. Les charges
déterminantes sont les deux charges – portées par les deux carboxyles du glutamate.
Spectrophotomètre :
Dans le détecteur (ex : le spectrophotomètre), on
applique la loi de Beer-Lambert pour connaitre la
concentration de chaque AA. Comme les AA vont tomber
les uns à la suite des autres, on va pouvoir les quantifier
individuellement. La loi de Beer-Lambert va pouvoir
s’appliquer : on connait le temps de rétention de
chaque AA, donc une fois identifié, il suffira de
regarder leur coefficient d’absorption pour appliquer
la formule.
Exemple :
Sur cette courbe, on voit que le glutamate a été détecté à un pH relativement acide, et l’histidine à un
pH relativement basique. On voit aussi que le glutamate est moins concentré dans la solution que
l’histidine.
Les amines biogènes sont obtenues après décarboxylation des AA et on va presque utiliser
systématiquement le phosphate de pyridoxal (PLP) comme cofacteur des carboxylases.
Réaction générale :
Une histidine décarboxylase lié à son cofacteur le PLP, va décarboxyler l’histidine pour former
l’histamine.
L’histamine est retrouvée dans les cellules de l’allergie, comme les
mastocytes. Une fois que les cellules sont en contact avec l’allergène
(représenté en jaune), elles vont se dégranuler, ce qui va libérer
l’histamine. L’histamine va être responsable en partie des symptômes
allergiques comme l’hyper-sécrétion bronchique ou nasale. Il existe des
médicaments appelés les anti-histaminiques qui vont aller agir sur le
récepteur à l’histamine et qui vont combattre ces symptômes d’hyper-
sécrétion.
La maladie du sommeil est une maladie endémique de certains pays africains. Des chercheurs ont
trouvé « un cheval de Troie biochimique » pour traiter cette maladie.
Auparavant on essayait de traiter cette maladie par monothérapie avec des anticorps, mais cette
maladie causée par les tripanosum brucei (transmis par des morsures de mouche tsé-tsé) va muter très
vite les antigènes de surface des cellules, donc les anticorps vont devenir inefficaces.
Le tripanosum brucei va envahir le système nerveux central des patients, ce qui va provoquer :
Ø un état d’insomnie la nuit et de léthargie le jour.
Ø des céphalées intenses.
Ø les tâches les plus simples deviennent de plus en plus difficile à réaliser.
Ø la mort du patient in fine.
SOMMAIRE
§ Définition
§ Rôle des glucides
§ Classification des glucides
Ø Monosaccharides
- Les objets chiraux et non chiraux
- Les monosaccharides de plus de trois carbones
- La cyclisation des oses en solution aqueuse
- La réaction de Bénédict
-
Ø Disaccharides
- Le maltose
- Le saccharose
- Le lactose
Ø Polysaccharides
Ø Les homopolysaccharides
Ø Les hétéropolysaccharides
I – Définition :
Exemple des deux monosaccharides les plus simples :
Ce sont des composés organiques qui vont posséder
une fonction carbonyle : soit une cétone (= cétose) ou
un aldéhyde (= aldose), ainsi qu’au moins 2
groupements alcool.
En assemblant plusieurs monosaccharides entre eux, on peut créer soit des disaccharides (2 unités
monosaccharidiques) soit des polysaccharides (plus long avec plus d’unités monosaccharidiques). A
contrario, l’hydrolyse d’oses plus compliqués (plus gros), permet d’obtenir des oses « simples » : des
monosaccharides.
Les glucides sont également connus sous le nom de « sucre », « hydrate de carbone » ou encore
« carbohydrate ». Ils se nomment ainsi car leur formule brute est (CH2O)n -> (on remplace le « n »
par un chiffre, le nombre de carbone de l’ose, et cela donne un glucide). Les glucides grâce à leur
présence dans la cellulose des parois des bactéries sont considérés comme les biomolécules les
plus abondantes sur Terre.
On distingue les :
Ø Monosaccharides = ose simple : Une seule unité comportant au moins une fonction
aldéhyde ou cétone (carbonyle) et 2 groupement –OH.
Ø Oligosaccharides : molécules formées par un court enchaînement de monosaccharides (2 à
environ 20), liés par des liaisons osidiques ; les plus abondants sont les disaccharides (2
unités).
Ø Polysaccharides : polymères de > 20 unités monosaccharidiques (identiques =
homosaccharidique ou pas = hétérosaccharidiques), ils présentent une chaine linéaire
(cellulose, hyaluronate) ou une chaine avec des embranchements (amylopectine et
glycogène).
A) Les monosaccharides :
ð Ces molécules peuvent parfois avoir une certaine symétrie, ainsi que des carbones asymétriques
(C*) ou non, on va alors parler de chiralité.
La chiralité est importante dans le monde vivant car, par exemple, les enzymes n’agissent souvent
que sur un seul énantiomère (L ou D) mais pas sur les deux !
Exemple :
- Les énantiomères des différents AA de la série D ne vont pas être reconnus des différentes enzymes
responsables du métabolisme des AA (car ces AA sont de série L).
- Il en est de même pour beaucoup de récepteurs chiraux (ils ne vont que reconnaitre une
molécule de la série D ou L à la fois). Exemple du limonène : s’il est D on aura une odeur plutôt
d’orange et si on est dans une série L, l’odeur sera celle d’un conifère.
ð Retenir que la chiralité est présente partout et importante et qu’elle ne concerne pas que les
oses ! (ex : des récepteurs et des enzymes)
Moyen mnémotechnique : coder sur la droite, les fonctions alcool : « 2 » et les atomes d’hydrogène : « 1 »,
puis apprendre les combinaisons de chiffres : le D glucose = 2122, puis comme le mannose est un
épimère en C1, il prend le numéro 1122 et enfin le galactose est épimère en C3 donc 2112.
Il faut juste retenir le D fructose (Fru) qui correspond au numéro 122, avec le
même procédé que pour les aldoses.
Les aldoses (si ≥ 4 C) et les cétoses (si ≥5C) en solution aqueuse sont plus stables sous forme
cyclique :
Carbone anomérique
→ Conséquence : le carbone de la fonction aldé hyde/cé tose devient asymé trique (perte de la double
liaison) = carbone anomérique et donc création de nouveaux stéréoisomères (= anomères). C’est
un phénomène réversible. La molécule du glucose est en permanence en train de cycliser ou de se
dé-cycliser.
Un ose cyclique peut donc avoir deux anomères (alpha ou beta) en fonction de la position du –OH sur
le carbone anomérique : s’il est placé en haut du plan => beta et en bas => alpha.
Le suffixe pyranose est utilisé pour les aldoses car il rappelle le pyrane (molécule cyclique). Pour les
cétoses, on utilisera le suffixe furanose car il rappelle le furane (molécule cyclique).
Exemple : L’α-D-glucopyranose et le
β–D-glucopyranose sont des β
anomères, il est très facile de passer
de l’un à l’autre (équilibre en solution
entre forme linéaire et cyclique).
α
Þ Pour les aldoses la liaison est une liaison hémi-acétal et pour les cétoses c’est une liaison
hémi-cétale.
Þ La mutarotation désigne le passage entre la forme linéaire et cyclique. Elle s’applique à
toutes les formes cycliques, furanoses et pyranoses.
Certains oses s’oxydent facilement via leur fonction carbonyle pour donner un carboxyle.
Réaction de Benedict :
Il s’agit d’une réduction des ions cuivriques (Cu 2+) par des sucres
réducteurs (ayant une fonction aldéhyde) en ions cuivreux (Cu1+),
en présence de chaleur. Ce test n’est plus utilisé dans les pays
développés mais il permettait de suivre la glycosurie chez les
diabétiques.
Il existe des dérivés des oses simples par modification des fonctions alcool
ou carbonyle :
Ø Substitution –OH du carbone 2 par une amine –NH2 → Hexosamines
Ø Oxydation de la fonction aldé hyde (aldohexoses)→ Acides aldoniques
Ø Oxydation du carbone 6 (aldohexoses) →Acides uroniques
Ø Phosphorylation du C1 ou C6 (glucose/fructose), participe à des réactions métaboliques
Ø Sulfatation des oses dans les hé té ropolyosides
v Acides gluconique/gluconate :
Cette réaction est sous le contrôle d’enzymes, comme ici avec le glucose oxydase.
Il y a un équilibre entre la molécule du milieu et celle de droite.
Sur la molécule de droite il n’y a pas d’alpha ou beta car pas de carbone asymétrique (plus
d’anomérie). La flèche est plus épaisse dans le sens de la cyclisation car c’est plus stable.
La phosphorylation, via l’hexokinase, « active » le D-glucose qui s’engage ainsi dans la glycolyse ou
dans d’autres processus métaboliques.
Rôle très important : le glucose phosphorylé ne peut pas é chapper de la cellule alors que s’il ne l’était
pas il pourrait s’échapper par diffusion simple.
Cette réaction catalysée par l’hexokinase est utilisée pour la quantification du glucose pour les
patients hospitalisés. C’est important pour le diagnostic et le suivi du diabè te et des hypoglycé mies
(mortelles par convulsions ou dysfonctionnement neuro permanent, si la détection n’est pas rapide).
Les méthodes les plus couramment utilisées font appel à la formation des dé rivé s acides ou
phosphorylés du glucose (hexokinase ou gluco-oxydase). Les glycémies se font soit par ponction
veineuse (pour le diagnostic du diabète, par exemple) ou par la glycémie capillaire (avant c’était le
test de Bénédict).
Quand tous les réactifs sont en excès, la concentration en NADH (grâce à la réaction de la G6PD) est
directement proportionnelle à celle du glucose, c’est comme ça qu’on obtient la glycémie en
mesurant la concentration en NADH formé.
1ère réaction : phosphorylation du glucose
2ème réaction : déshydrogénation du glucose-6-phosphate, réduction du NAD
Quand tous les ré actifs sont en excè s, à 340 nm (lumiè re incidente) l’absorbance est directement
proportionnelle à la concentration en NADH qui elle-mê me est directement proportionnelle à celle
du glucose. Plus il y a d’absorbance plus il y a de NADH et donc de glucose.
B) Les disaccharides :
Ils résultent de la liaison de deux oses simples (liaison osidique). Il y en a trois à connaitre :
Ø le maltose (origine végétale) = 2 glucoses
Ø le saccharose (sucre de canne/betterave) = 1 glucose + 1 fructose
Ø le lactose (sucre du lait) (si déficit en lactase (enzyme qui hydrolyse la liaison osidique) →
intolérance au lait (diarrhée…)) = 1 galactose + 1 glucose
Ré action de synthè se catalysé e par des enzymes : les disaccharides synthases, la réaction ne se fait
pas spontanément (¹ mutarotation).
Le maltose :
1 4
Le carbone 1 anomé rique d’un ré sidu de glucose se lie au carbone C4 d’un autre ré sidu (liaison
osidique, Glc α(1→4) Glc). Réaction de condensation avec formation d’une molécule d’eau.
Conséquence : le premier résidu de glucose perd sa propriété réductrice (due a la liaison osidique),
mais pas le deuxiè me ré sidu qui peut reformer le groupement aldé hyde et s’oxyder (il est libre).
→ Le maltose est donc un sucre réducteur : le premier résidu n’est pas réducteur car engagé dans la
liaison osidique mais le deuxième résidu pourra repasser en forme linéaire (et reprendre la fonction
aldéhyde) ou s’oxyder en acide carboxylique. Pour le nommer on commence toujours à nommer le
résidu non réducteur puis alpha, puis les numéros des carbones de liaison et nommer le deuxième
résidu. (Glc α(1→4) Glc = maltose)
Le saccharose :
Le carbone anomé rique (C1) d’un résidu de glucose se lie au carbone anomé rique C2 d’un ré sidu de
fructose (liaison osidique, Glc α(1→2)β Fru ). Le fructose n’est pas un sucre réducteur car il ne
possède pas dans sa forme linéaire un aldéhyde mais une cétone très dure à oxyder.
Conséquence : le premier résidu de glucose perd sa proprié té́ ré ductrice et le carbonyle du ré sidu du
fructose est aussi engagé dans la liaison osidique.
→Le saccharose n’est donc PAS un sucre réducteur (on a inversé le sens de la deuxième molécule et
aucun sucre ne peut se décycliser pour former la fonction aldéhyde). Pour la nomenclature, on
rajoute beta, car le fructose est de configuration beta contrairement au glucose de configuration
alpha.
Le lactose :
Le carbone anomé rique (C1) d’un ré sidu de galactose se lie au carbone C4 d’un ré sidu de glucose
(liaison osidique, Gal β(1→4) Glc )
Conséquence : le premier ré sidu (Gal) perd sa proprié té ré ductrice mais le deuxiè me ré sidu (Glc)
conserve la fonction aldé hyde qui peut s’oxyder.
C) Les polysaccharides :
Le schéma montre bien que les hétéropolysaccharides sont formés d’unités monosaccharidiques différentes.
Les homopolysaccharides :
C’est la principale forme de stockage du glucose chez les plantes. L’amidon est composé de deux
types d’homopolymè res de α-D-glucose : amylose et amylopectine.
Amylose: chaı̂ne liné aire de plusieurs milliers de ré sidus de D-glucose lié s par des liaisons osidiques
α(1→4)
Þ Glycogène :
C’est la même structure que l’amylopectine mais elle est plus compacte avec des
ramifications tous les 8-12 ré sidus de glucose par des liaisons osidiques α(1→6).
On le trouve dans le foie +++ et dans le muscle (en noir sur cette coupe de foie).
Sa synthè se commence par une proté ine : la glycogé nine, qui s’autoglycosyle (sur
–OH d’un ré sidu tyrosyl) gé né rant ainsi une molé cule de glycogè ne amorce.
Þ Amidon et glycogène :
Ce sont des structures trè s dynamiques (raccourcissement/ allongement constants). Cela dé pend des
apports et des besoins en glucose et est sous contrôle hormonal.
Ex : en cas d’hyperglycémie, l’insuline se libère et favorise la synthèse du glycogène (ramifications +++)
mais en cas d’hypoglycémie, le glucagon se libère et diminue la synthèse de glycogène (ramifications --).
Les hétéropolysaccharides :
Ce sont les glycosaminoglycanes et proté oglycanes = rôle non pas énergétique mais structurel.
Exemple de GAG :
Hyaluronate: un GAG qui ne s’associe pas aux protéines de manière covalente.
(¹ des autres GAG qui peuvent s’associer aux protéines et formés des protéoglycanes).
Le hyaluronate peut exister « pur » (humeur vitré e dans la chambre posté rieure de l’oeil, liquide
synovial) ou comme composant de la M.E.C (ex : M.E.C de cartilages et tendons).
Pour les autres GAG:
Les unité s disaccharidiques sont souvent sulfaté es, ce qui augmente les charges né gatives, donc
l’interaction avec des cations (Na+) et donc la rétention d’eau (cartilage et tendons). Ils sont associé s
de maniè re covalente à des proté ines (proté oglycanes) et sont plus courts que l’hyaluronate.
Ex: chondroïtine sulfate et kératane sulfate
SOMMAIRE
§ Définition
§ Les lipides de réserve énergétique
Ø Les acides gras (AG)
Ø Les triglycérides
§ Les lipides composant les membranes biologiques
Ø Les phospholipides
- Les glycérophospholipides (GPL)
- Les sphingolipides (type sphingomyéline)
Ø Les glycolipides
- Les glycosphingolipides (neutres et acides)
§ Lipidomique
I – Définition :
C’est un groupe de molécules organiques très diverses ayant en commun leur insolubilité dans l’eau
et leur solubilité dans les solvants organiques (chloroforme, benzène, hexane, éther…).
On distingue :
Ø les lipides simples, composés de C,H,O
Ø les lipides complexes, composés de C,H,O + S,N,P
On appelle les AG les graisses et les huiles. Ce sont les principales formes de stockage d’énergie.
Les AG sont composés :
Ø d’une chaine plus ou moins longue de groupement méthylène (-CH2-), de 2 à 34 unités ->
apolaire
Ø d’un groupement méthyle (-CH3)
Ø d’une tête polaire carboxyle (-COOH) à l’autre extrémité.
Les AG sont soit linéaires (la majorité), soit branchés. Ils possèdent ou non des insaturations
(=liaison double), on distingue alors :
® les AG saturés (sans insaturation) qu’on classe suivant la longueur de leur chaine :
- AG à chaine courte -> 4-6 carbones
- AG à chaine moyenne -> 8-12 carbones
- AG à longue chaine -> 14-20 carbones
- AG à très longue chaine -> plus de 22 carbones (22 compris)
® les AG insaturés (ou non saturés) avec :
- les MUFA (MonoUnsaturated Fatty Acids) -> AG mono-insaturé
- les PUFA (PolyUnsaturated Fatty Acids) -> AG poly-insaturé
4 AG saturés sont à connaitre avec leurs différentes nomenclatures, ce sont les plus fréquents :
Nomenclature Dénomination Dénomination usuelle Source
simplifiée systématique
C4:0 Acide butanoïque Acide butyrique Beurre
Les configurations « cis » prédominent largement dans la nature alors que les AG « trans » sont
généralement industriels.
v Nomenclature simplifiée
EXEMPLES :
C18 : 1 (Δ9) AG de 18 carbones avec une double liaison « cis » entre les
carbones C-9 et C-10
C20 : 2 (Δ9,12) AG de 20 carbones avec deux doubles liaisons « cis » entre les
carbones C-9 et C-10 et entre les carbones C-12 et C-13
C18 : 1 (Δ9t) AG de 18 carbones avec une double liaison de configuration
« trans » entre les carbones C-9 et C-10
v Dénomination systématique
On écrit « acide » puis la configuration de la (des) double(s) liaison(s) puis «-», puis leur position,
puis «-», puis « alcène de la chaine de même longueur » suivi de « oïque ».
Ex :
- C18 : 1 (Δ9) est l’acide cis-9-octadécènoïque
- C18 : 1 (Δ9t) est l’acide trans-9-octadécènoïque
- C20 : 4 (Δ5,8,11,14) est l’acide toute-cis-eicosatétraénoïque (on écrit « toute » pour éviter la
répétition de plus de trois « cis » ou « trans »)
v Dénomination usuelle
Comme pour les AG saturés, c’est une dénomination répandue par l’usage mais qui n’est pas
informative de la structure de l’AG.
Ex : l’acide cis-9-hexadécènoïque ou C16 : 1 (Δ9) est connu comme l’« acide palmitoléique » dans la
dénomination commune.
v La dénomination ω
Il existe une autre dénomination pour les AG insaturés qui n’utilise plus Δ mais ω. On ne compte plus
la position des insaturations à partir du groupe carboxyle mais à partir du groupement méthyle à
l’autre extrémité de la chaine.
C’est une classification plus fonctionnelle car elle permet d’établir un « lien de parenté » entre les
PUFA (de plus de 16 carbones).
v Les PUFA
Les désaturases créent des doubles liaisons (insaturations), les élongases ajoutent des groupements
acétate (= 2 carbones) pour allonger la chaine à partir de l’extrémité carboxyle.
Ex :
§ Quelques PUFA de la série ω6
Le passage du delta à l’oméga permet de mettre en évidence le lien de parenté entre ces AG.
« n- » et « ω » sont « synonymes », ils désignent le fait de compter à partir de l’extrémité méthyle.
On sait que les doubles liaisons sont séparées par des groupes méthylènes donc dans C18 : 2 ω6, il y a
une double liaison entre le 6e et le 7e carbone avant la fin de la chaine puis on laisse passer un
groupement méthylène et on place la deuxième double liaison entre le 9e et le 10e carbone avant la
fin de la chaine…
Erreur schéma : pour C20 : 4 (Δ8,11,14,17) ce n’est pas « n-6 » mais « n-3 » et « ω3 » !
L’élongase ajoute des carbones à partir du groupement carboxyle, donc rien ne change à l’autre
extrémité et oméga reste toujours pareil !
A RETENIR :
Nomenclature Série (n-x) ω Dénomination usuelle Source
simplifiée
C18 : 2 (Δ9,12) 6 Acide linoléique Noix de pécan, graines
(et huile) de tournesol
C18 : 3 (Δ9,12,15) 3 Acide α-linolénique Huiles végétales (soja,
lin, colza)
v Les AG « naturels » :
Plus la chaine hydrocarbonée est longue et moins il y a des insaturations, plus la solubilité
dans l’eau est faible.
L’influence du groupe fonctionnel polaire –COOH (chargé à pH physiologique) est plus forte dans les
AG à chaine courte. Mais plus la chaine sera longue moins cette polarité aura d’importance, et moins
l’AG sera soluble dans l’eau.
ex : C4:0 est soluble dans l’eau mais les AG sont complètement insolubles à partir de C10:0.
v Point de fusion :
C’est la température à partir de laquelle on passe de l’état solide à l’état liquide. En fonction de
leur état (solide ou liquide) à température ambiante (25°C), on définit les graisses (état solide) ou les
huiles (état liquide).
Le point de fusion dépend des mêmes paramètres : la longueur de la chaine et le degré d’insaturation.
Ex : à température ambiante, tous les AG saturés entre 12 et 24 carbones sont des graisses mais les
AG de même longueur de chaine avec des insaturations (mono ou polyinsaturés) sont des huiles.
è Plus il y a d’insaturations, plus le point de fusion est bas -> on obtient des huiles.
Ce sont des savons à propriétés moussantes, mouillantes et émulsionnantes. Dans l’eau, les savons
(ce sont des sels) vont se dissocier en ions Na+ et R-COO-, formant ainsi une molécule amphiphile
capable de dissoudre les graisses.
On peut former des ester avec le glycérol et le cholestérol, et des thioester avec le coenzyme A. (non
traité ici, sera vu avec Mr Larcher)
® Il est très difficile de doser les AG individuels, car il est délicat de différencier spécifiquement
deux AG qui ne sont différents que par quelques carbones en plus ou en moins. On peut
néanmoins utiliser la spectrophotométrie de masse couplée à une méthode séparative
(chromatographie en phase gazeuse ou liquide). Non traité ici, car très complexe.
® Autrement, on peut faire la somme des AG non-estérifiés ou « libres » (dans le plasma par
exemple). Mais comme ils sont très apolaires, ils ne peuvent être transportés tout seuls et sont
donc liés à l’albumine pour le transport dans le sang. Les variations de ces AG « libres » vont
s’effectuer lors de :
- l’exercice physique (consommation musculaire)
- le jeûne (production adipocytaire des AG qui vont se greffer sur l’albumine, donc
augmentation des AG « libres »)
- le froid
- le tabac
- les maladies hépatiques et endocriniennes (ex : diabètes)
B) Les triglycérides
C’est un résidu glycérol auquel sont attachés 3 résidus AG par des liaisons ester.
Le glycérol est composé d’un carbone dit pro-chiral (et non asymétrique), lié à un groupement OH,
deux groupements CH2OH et un atome H. On parle de pro-chiralité, car il suffit de brancher deux
« choses » différentes au bout des groupements CH2OH pour que la molécule devienne chirale.
Généralement les trois AG qui se branchent au glycérol sont différents, on parle de triglycérides
hétérogènes (en oppositions aux triglycérides homogènes qui sont constitués de trois AG
identiques).
Les triglycérides sont encore plus apolaires que les AG « libres » car la fonction carboxyle des AG
et les fonctions alcool du glycérol sont engagées dans des liaisons ester. Cette hydrophobie est très
importante pour leur fonction de stockage des AG.
Ä Ex : pour le stockage d’1g de polysaccharide, il faut 2g d’eau, donc ce n’est pas une forme
efficiente de stocker de l’énegie. Alors que le stockage des AG ne requiert pas d’eau sous
forme triglycéride, donc c’est un stockage pur, très concentré.
Les triglycérides peuvent s’hydrolyser et libérer des AG et du glycérol (ou des monoglycérides), via :
- des lipases pancréatiques pour les triglycérides de l’alimentation, pour qu’on puisse les
absorber
- des lipases hormono-sensibles dans le tissu adipeux, qui face à des signaux hormonaux (ex :
adrénaline ou cortisol) vont libérer des AG pour nourrir le muscle ou le foie
-
è Les triglycérides permettent donc de fournir des AG (source d’énergie) et jouent un
rôle dans l’isolement thermique.
A) Les phospholipides :
Les résidus polaires sont des alcools comme la choline, l’éthanolamine, la sérine, l’inositol et le
glycérol. On parlera alors de phosphatidylcholine, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylsérine,
phosphatidylinositol et phosphatidylglycérol.
La liaison entre le groupe fonctionnel phosphate et la fonction alcool de l’autre résidu polaire
(choline, éthalonamine, sérine, inositol ou glycérol), se fait par une réaction d’estérification.
Généralement, le deuxième AG lié sur le glycérol est insaturé.
Ces GPL peuvent être hydrolysés par des enzymes : des phospholipases. Il existe 4 phospholipases
spécifiques : A1, A2, C et D.
Ce sont des dérivés du céramide, lui-même constitué d’une sphingosine N-acylée (en rose). L’AG (en
jaune) est lié à la sphingosine par le groupement amine de celle-ci. On parle de céramide quand cette
structure est seulement lié à un atome d’hydrogène.
Le céramide à un rôle :
-structurel : c’est le constituant principal d’une des couches de l’épiderme,
-de signalisation cellulaire : intervient dans la prolifération, la différenciation cellulaire et
la mort cellulaire programmée (apoptose).
C’est un sphingolipide des membranes plasmiques, spécialement dans la gaine de myéline qui
entoure et isole (électriquement) les axones des neurones. La sphingomyéline est donc très
importante dans le SNC et le SNP.
B) Les glycolipides :
Les sphingolipides :
Ø Les glycosphingolipides
Ils ne contiennent pas de phosphate, donc ils ne sont pas polaires et ne sont pas chargés à pH=7.
On parlera de glycolipides neutres.
Ø Les gangliosides
Ce sont les sphingolipides les plus complexes. On retrouve une tête polaire reliée au résidu
céramide, qui est composée d’un oligosaccharide et un (ou plusieurs) résidus d’acide N-
acétylneuraminique ou acide sialique. Ils sont chargés négativement à pH physiologique.
ex : ganglioside GM1
IV – Lipidomique :
A) Définition :
C’est l’étude (identification et quantification souvent relative) de l’ensemble des lipides (ou lipidome)
contenus dans un échantillon biologique ainsi que de la réponse du lipidome aux différents facteurs
environnementaux ou génétiques (ex : maladie, régime alimentaire…).
C’est un travail énorme demandant des multiples compétences : chimie, biochimie, biologie
cellulaire, bio-informatique, statistiques…
On estime à 200 000 le nombre d’espèces lipidiques !
Aujourd’hui aucune méthode analytique n’est capable de détecter et quantifier tous les
lipides des matrices biologiques complexes (plasma, différents tissus : cœur, foie, cerveau…).
C) Organisation de l’analyse :
1) La question biologique est définie. Ex : « le lipidome plasmatique est-il modifié dans la maladie
d’Alzheimer ? »
2) On récupère des échantillons de sang des témoins (personnes sans la maladie d’Alzheimer) et
des cas (patients avec la maladie d’Alzheimer). On peut dire par exemple qu’on étudie 10 000
personnes, en faisant une cohorte prospective dans le temps, et on regarde sur les dix années
suivantes, ceux développent la maladie et ceux qui ne la développent pas. On pourra alors
éventuellement trouver des biomarqueurs prédictifs de la maladie d’Alzheimer.
3) On extrait les lipides présents dans les échantillons de plasma (par exemple avec du
chloroforme, car lipide soluble dans les solvants organiques).
4) On analyse ces extraits dans le MS ou la RMN.
5) Les profils obtenus sont analysés par des méthodes bio-informatiques qui permettent
d’identifier et de faire une quantification (relative) des différents lipides contenus dans ces
échantillons.
6) Les concentrations (relatives) des lipides entre les patients Alzheimer et les témoins sont
comparées (par des méthodes statistiques multivariées) : les lipides discriminants sont des
potentiels biomarqueurs de la maladie d’Alzheimer et peuvent aussi aider à avancer sur la
physiopathologie de cette maladie.
Ils ont ensuite proposé une hypothèse biologique permettant d’expliquer certaines anomalies de la
maladie d’Alzheimer. Il y a peut-être un problème dans la sphingomyélinase (enzyme qui dégrade les
sphingomyélines), qui est mutée, entrainant une hausse de la concentration de céramides et une
baisse de la concentration de sphingomyélines, qui induit une destruction des « lipid rafts » (au
niveau de la membrane plasmatique, région avec une certaine composition lipidique, qui ont un role
très important dans la signalisation cellulaire), et donc une défience dans le transporteur du glucose
Glut4 (présent sur les membranes). Cela expliquerait que l’on retrouve chez les malades Alzheimer
une hyperglycémie (le glucose ne peut plus rentrer dans les cellules). En thérapeuthique, on pourrait
donner des inhibiteurs de la sphingomyélinase, pour rétablir l’équilibre entre céramide et
sphingomyéline.
SOMMAIRE
§ Le cholestérol
Ø Etapes de formation du cholestérol
Ø Propriétés physicochimiques et biologiques
Ø Origine du cholestérol
Ø Métabolisme du cholestérol
- La synthèse endogène
- Les esters de cholestérol
- Les sels biliaires
- Les hormones stéroïdes
Ø Elimination du cholestérol
§ Les lipoprotéines (LP)
Ø Structure globale d’une LP
Ø Les différentes familles
Ø Les fonctions des LP
Ø Le métabolisme des LP
- Voie exogène
- Voie endogène
- Voie retour du cholestérol
- Risque cardio-vasculaire
Ø Le bilan lipidique
I – Le cholestérol :
C’est le plus abondant des stérols (lipides structuraux présents dans les membranes de la plupart
des cellules eucaryotes y compris chez les plantes, mêmes si chez elles, se sont les stérols végétaux
qui dominent).
Ø Amphiphilie (ou amphipathique) : une grande région apolaire (noyau stéroïde) et une
région polaire modeste (groupe fonctionnel alcool -OH).
Ce caractère permet au cholestérol d’éviter de former des micelles comme peuvent le faire
les phospholipides (savon)
Ø Structure rigide (grâce aux cycles) avec un point de fusion élevé → solide à 37 °C
Ø Formation des esters en C3 (grâce à la fonction alcool), très utiles pour le stockage et le
transport, on rend donc la molécule complètement apolaire: avec des acides gras (esters de
cholestérols ou stérides, très apolaire) ou l’acide sulfurique (sulfate de cholestérol)
Ø Participe à la constitution des membranes (où il diminue la fluidité et la permé abilité
passive) et forme des lipoprotéines (soit au niveau de l’enveloppe des lipoprotéines mais
surtout avec des esters de cholestérol au niveau du cœur de ces lipoprotéines).
Ø Production de ses dérivés : les acides ou sels biliaires, les hormones stéroïdiennes (ou
hormones stéroïdes) et la vitamine D, indispensables au bon fonctionnement de l’organisme.
C) Origine du cholestérol :
Les besoins et apports en cholestérol de l’organisme sont de l’ordre de 1,2 – 1,5 g/jour.
D) Métabolisme du cholestérol :
Le mé tabolisme du cholesté rol se dé roule dans tous les tissus. Toutes les cellules nuclé ées ont des
ré cepteurs (LDLr) qui leur permettent de capter les lipoproté ines riches en cholesté rol : les LDL et
IDL.
La dynamique du mé tabolisme du cholesté rol, à l’é chelle de l’organisme entier, peut ê tre divisé e en
trois compartiments :
Ø un compartiment hé patique
Ø un compartiment intestinal
Ø un compartiment pé riphé rique
v Au niveau du foie
On a une synthè se endogène du cholestérol, avec une ré cupé ration du cholesté rol provenant de
l’intestin et des tissus pé riphé riques (qui va se faire grâ ce aux lipoproté ines HDL) et une é limination
du cholesté rol dans la bile.
v Au niveau de l’intestin
On a une absorption du cholesté rol alimentaire et une réabsorption du cholestérol biliaire qui a été
éliminé dans la bile grâce au foie, réabsorbé dans les intestins puis envoyé à nouveau dans le foie qui
va à nouveau l’éliminer dans la bile (=cycle entéro-hépatique).
On a une récupération du cholestérol des lipoprotéines (IDL, et LDL) et une synthèse des
hormones stéroïdes (gonade ou glande surrénale). Les tissus renvoient vers le foie le cholesté rol en
excè s (via les HDL - lipoprotéine à haute densité).
La synthè se du cholesté rol se dé roule dans le Ne pas connaître ce schéma mais juste les principes généraux (la première étape !)
cytoplasme et dans le réticulum endoplasmique
lisse (le rugueux c’est un RE lisse + ribosome qui sert à la synthese protéique, ici pas besoin de
ribosome donc synthèse dans le RE lisse) et est finement ré gulé e, par une régulation à court et long
terme.
C’est une synthèse très compliquée et qui doit donc être finement régulée pour n’avoir que le taux de
cholestérol souhaité.
v La régulation de la synthèse
• Allostérique : le mé valonate (produit direct) et le cholesté rol (produit final) inhibent la
HMG-CoA ré ductase (les produits de la ré action sont eux-mêmes inhibiteurs de l’enzyme =
rétrocontrôle négatif).
S’il y a une diminution du cholestérol, la protéine SCAP va pouvoir en sortant du RE migrer avec
SREBP vers le Golgi, pour ensuite activer le clivage de SREBP par des protéases, qui en migrant vers
le noyau entraîneront l’augmentation de la transcription pour la synthèse de LDLr et de HMG-CoA
réductase. Il y aura en parallèle, une diminution de l’activité de ACAT donc moins de cholestérol
estérifié et stocké et plus de cholestérol libre.
Au contraire s’il y a une augmentation du cholestérol alors celui-ci va se lier à la protéine SCAP
empêchant la migration de SCAP-SREBP vers le Golgi et inhibant donc la transcription de LDLr et de
HMG-CoA Réductase. En parallèle de l’augmentation de l’activité ACAT qui forme des esters de
cholestérol pour les stocker et ainsi diminuer le taux de cholestérol libre.
La synthèse du cholestérol :
Ø est trè s endergonique (né cessite 18 molé cules d’ATP par molé cule de cholesté rol), d’où
l’inté rê t pour la cellule de bien ré guler cette synthè se en fonction des besoins. C’est une
ré gulation pré cise à court et à long terme.
Ø né cessite de nombreux intermé diaires/cofacteurs: 18 acé tyl-CoA, des coenzymes ré duits (13
NADPH), O2, 18 ATP.
Les intermé diaires de synthèse peuvent ê tre divisé s en 3 groupes chimiquement distincts :
molé cules contenant du CoA (acé tyl-CoA), des molé cules pyrophosphatées et des molé cules
lipophiles (plus la chaine est longue moins la molécule est hydrophile et donc de plus en plus
lipophile). Attention, le mévalonate ne rentre pas dans ses trois groupes !
Ces ré actions d’esté rification sont assuré es par deux enzymes :
Ø l’acyl-CoA-cholesté rol acyltransfé rase (ACAT)
Ø la lé cithine-cholesté rol acyl transfé rase (LCAT)
La réaction d’hydrolyse des esters de cholesté rol via les cholesté rol esté rases,
libè re du cholesté rol et un acide gras (= linoléate sur le schéma) : c’est
l’inverse de l‘estérification.
Les lipides ou les vitamines liposolubles, venant de l’alimentation sont présents sous la forme de gros
globules difficiles à digérer dans le milieu aqueux du mucus intestinal. Il faut donc les « désagréger »
(= émulsifier) pour augmenter la surface de contact avec les lipases pancré atiques.
C’est le rôle des micelles formées par les sels biliaires (plus polaire que le
cholestérol) qui vont permettre l’émulsification (mise en forme de petites
gouttelettes lipidiques dans une solution aqueuse) des lipides et contribuer à
leur absorption en facilitant l’action des lipases pancréatiques en
augmentant le surface d’échange.
La formation de ces sels biliaires est complexe et peut ê tre ré sumé e en 4 é tapes principales :
1) Ré duction de la double liaison entre C5 et C6.
2) Oxydation du (des) carbone(s) C7 (+/- C12), grâce à la 7α hydroxylase, avec formation
d’une (ou deux) fonction(s) alcool en configuration alpha.
3) Isomé risation de la fonction alcool du carbone C3 (passe de bé ta = au-dessus du plan
esté rol, à alpha = en dessous).
4) Raccourcissement de la chaı̂ne laté rale (lié e au carbone 17) et oxydation du carbone
terminal en acide carboxylique.
Les acides biliaires (= sels biliaires) obtenus à la fin de ces étapes sont des acides biliaires primitifs :
l’acide cholique et chénodesoxycholique. Ils seront ensuite conjugué s (ce qui augmentera leur
solubilité dans l’eau et permettra le passage biliaire) avec la glycine ou la taurine pour former les
acides biliaires primaires (ex : glycocholate).
Dans l’intestin les acides biliaires primaires vont ê tre déconjugués (hydrolyse de la liaison avec la
taurine ou la glycine) et ré duits au niveau du 7α pour former les acides biliaires secondaires, via les
bacté ries de la flore intestinale.
Les acides biliaires secondaires sont absorbé s dans l’intestin pour retourner au foie (= cycle
entérohépatique) où ils peuvent ê tre à nouveau excré té s dans la bile et inhiber la synthè se des
acides biliaires (inhibition de la 7α hydroxylase).
Il y a une é limination nette du cholesté rol grâ ce à sa transformation en acides biliaires, mais elle
reste très faible car le cycle enté rohé patique des acides biliaires est trè s efficace.
Le cholestérol sert de précurseur à la synthèse des hormones stéroïdes. Cette synthè se se dé roule
dans les tissus glandulaires : corticosurré nales, gonades, unité fœtoplacentaire.
Le cholestérol est d’abord coupé et oxydé grâce au cytochrome P450
pour former la prégnénolone : le point de dé part de toutes les autres
hormones sté roı̈des.
La voie du cytochrome P450 est très importante dans la voie des
médicaments car cette voie va les rendre polaire.
La dé gradation des hormones sté roı̈des se fait au niveau hé patique par conjugaison avec le
glucuronate ou le sulfate, ce qui augmente leur polarité et donc leur hydrophilie pour ensuite ê tre
é liminé es dans les urines.
E) Elimination du cholestérol :
Elle se fait par voie intestinale sous forme de sels biliaires ou est directement libérée dans le liquide
biliaire.
Les acides gras et le cholesté rol sont amphipathiques mais la partie polaire est trè s petite :
- pour l’AG la partie polaire est le groupement carboxylique
- pour le cholestérol c’est le fonction alcool lié en C3
Ils sont incapables de former des micelles dans une solution aqueuse ou hydrophile, ils sont donc
insolubles dans le plasma.
Les lipoprotéines sont des structures discrè tes transportant le cholesté rol et les acides gras entre
les sites de production (foie, intestin) et les sites de stockage, utilisation, é limination (tissus
pé riphé riques : musculaire et adipeux) pour les ré-estérifier en triglycérides et les stocker, et ceci de
façon ré gulé e grâ ce aux apolipoproté ines à la surface des lipoproté ines.
C’est grâce aux apolipoprotéines, que la lipoprotéine va être « guider » et va savoir avec quelles
enzymes elle doit interagir.
Plus une LP (lipoprotéine) a des triglycérides plus son volume est grand et sa densité faible.
L’ultracentrifugation du sérum permet de séparer les LP suivant leur densité, celles qui flottent le
plus sont les LP les plus riches en triglycérides :
Ø Chylomicrons
Ø VLDL (Very Low Density Lipoproteins)
Ø IDL (Intermediate Density Lipoproteins) Niveau de densité
Ø LDL (Low Density Lipoproteins) (du – au +)
Ø HDL (High Density Lipoproteins)
On observe une migration rapide des HDL qui migrent vers alpha (d’où le nom de Apo A) et les autres
qui migrent plus lentement dans la zone bêta (d’où le nom de Apo B).
En résumé :
Les densités ne sont pas à retenir par contre le reste si. Bien connaître la composante lipidique majeure et les
principales Apo des LP !!!
Ø Elles ont un rôle structurel : les Apo B sont des charpentes inamovibles de plusieurs LP
(VLDL, IDL, LDL, chylomicrons) où l’on trouve qu’une seule apolipoprotéine par lipoprotéine
de la série B par exemple pour les LDL, VLDL, IDL on ne retrouvera qu’une Apo B-100 alors
que dans HLD on peut trouver plusieurs Apo A-I.
Ø Elles confè rent un caractère « intelligent » à la LP (vers quel ré cepteur aller, avec quel
enzyme agir, etc.) :
- Reconnaissance par des récepteurs : Apo B48 reconnue par LRP (LDL récepteur protéine), Apo
B100 reconnue par LDLr, Apo A-I interagit avec 2 récepteurs pompes (consommateur de l’ATP) qui vont
sortir le cholestérol des cellules ABCA1 et ABCG1… .
- Activateur/inhibiteur d’enzymes ou de récepteurs : Apo A-I active LCAT, Apo E cofacteur de
Apo B100 dans la reconnaissance par LDLr et c’est pour ça que les LDL sont très hétérogènes car ils
n’ont pas de Apo E, mais seulement la B100 et vont donc avoir du mal à se lier aux recepteurs LDLr, leur
demi-vie va donc être beaucoup plus longue (ce qui participe à leur pouvoir athérogène), Apo C active la
LPL (lipase), etc.
ð Ces Apo sont très importantes pour nos LP car soit elles sont structurellement très
importantes surtout pour les Apo B donc les LP type VLDL, IDL, LDL et chylomicrons ; soit
elles vont permettre l’adressage vers différents tissus et donner l’interaction avec les
récepteurs ou l’activation/inhibition de certaines enzymes.
D) Métabolisme des LP :
Il y a deux grandes voies de distribution du cholestérol et des triglycérides (TG) vers les tissus
pé riphé riques : exogène (voie des chylomicrons (CM)) et endogène (voie des VLDL) ainsi qu’une
voie de retour du cholestérol vers le foie (pour synthèse acides biliaires) : voie des HDL.
Les chylomicrons contiennent surtout des triglycérides et des esters de cholestérol. Ils sont
synthé tisé s dans l’enté rocyte aprè s un repas riche en lipides (TG +++).
Dans leur noyau, on retrouve des TG+++ et des ester de cholestérol. Sur leur surface, on retrouve des
phospholipide(PL), du cholestérol non estérifié et des Apo B-48, A, C et E.
Les chylomicrons sont secrétés dans les vaisseaux lymphatiques intestinaux puis rejoint la
circulation sanguine pour aller dans les tissus musculaires. Ce trajet par la lymphe, court-circuite
donc le passage par le foie.
Au niveau des muscles, la lipoprotéine lipase (LPL) appauvri le chylomicron en TG qui sont
transformé en AG, grâce à la LPL, pour aller dans les muscles (énergie) ou dans les adipocytes pour
être ré-estérifiés et être stockés en TG.
Le chylomicron appauvri devient ensuite « remnants » (= résidus de la lipase), ils libèrent de l’Apo A-
I (seules précurseurs d’HDL) puis les « remnants » sont endocyté s/catabolisé s par le foie grâ ce aux
Apo B-48 et Apo E pour y finir leur vie.
Les VLDL ont une synthè se hé patocytaire à un taux basal qui augmente aprè s un repas riche en
lipides. Dans le noyau des VLDL on retrouve des TG+++ et des ester-CH. Sur leur surface, on retrouve
des phospholipides, du cholestérol non estérifié et des Apo B-100 (en bleu sur le schéma), C et E.
Les VLDL sont secré té s directement dans la circulation sanguine et sont dé gradé s rapidement par les
LPL (Apo C) (endothé lium muscle, tissu adipeux). Cette dé gradation est une source d’AG pour les
tissus (é nergie, stockage).
La densité va donc augmenter, et le VLDL va devenir une IDL. Elle va échanger des TG contre du
cholestérol grâce à la CETP puis devenir une HDL (très riche en cholestérol).
Les « remnants » des VLDL sont :
- les IDL qui sont internalisé s dans le foie et toutes les cellules de l’organisme, en fonction des
besoins en cholesté rol, grâ ce au LDLr qui reconnaı̂t Apo B100/E. Quelques IDL « é chappent » à
l’internalisation et subissent l’action de la lipase hé patique donnant lieu aux LDL (elles sont donc
plus petites, ont plus d’ester de cholestérol et moins de TG que les IDL)
- les LDL qui n’ont que l’Apo B-100 (pas d’Apo E) et donc sont moins facilement dé gradé s que
les IDL, leur demi-vie est donc plus longue que les IDL et sont à l’origine des plaques d’athérome.
• Peut donner son cholestérol au foie pour la synthèse d’acides biliaires primitifs puis
recommencent leur circuit (ApoA1 → … → HDL → ApoA1 → ….)
Risque cardio-vasculaire :
Les HDL vont avoir un caractère anti-athérogène et diminuent les risques cardio-vasculaires.
Ils vont inhiber les molécules d’adhérence, le macrophage va donner le cholestérol aux HDL qui va les
transporter au foie et également inhiber l’oxydation des LDL dans l’intima, grâce à leur contenu en
antioxydant (vitamine E et paraoxonase).
E) Le bilan lipidique :
Il comprend :
Ø Aspect du sérum à +4°C
Ø Dosage des triglycérides
Ø Dosage du cholestérol total
Ø Dosage du cholestérol-LDL (calculé ou mesuré)
Ø Dosage du cholestérol-HDL
L’aspect trouble du sé rum est toujours dû aux triglycerides (avec une
augmentation des chylomicrons) → aspect lactescent
Donc il faut mettre cô te à cô te l’aspect du sé rum avec les dosages des TG
autrement dit il n’y a pas d’hypertriglyceridemie sans serum trouble.
Il y a deux lipoproté ines riches en TG : les chylomicrons (lactescent) et
les VLDL (opalescent).
Ce dosage est basé sur la mesure du glycérol libre dans le sérum des
patients qui est normalement négligeable sauf en cas de
pathologies.
La teinture de quinone imine est un composé coloré qui va absorber
de la lumière à une longueur d’onde définie qui va être le reflet de la
concentration en TG dans le sang (le TG étant composé de glycérol).
Quand tous les ré actifs sont en excè s, à 510 nm (lumiè re incidente)
l’absorbance est directement proportionnelle à la concentration en
quinone imine qui elle-mê me est directement proportionnelle à celle
du glycé rol qui est le reflet de la concentration en TG.
On peut trouver des « fausses hypertriglycé ridé mies » due à des hyperglycé rolé mie :
• Troubles du rythme cardiaque et diabè tes type 2 dé sé quilibré
• Mé dicaments : hé parine (activation LPL), glycé rol (œdè me cé ré bral), dé rivé s
trinitré s du glycé rol (angor stable), etc.
• Lors du jeû ne
• Dé ficit congé nital en glycé rokinase (trè s rare)
Mais dans les fausses hypertriglycéridémies le sérum est limpide = différenciation des
vraies/fausses. Doser le glycé rol libre par la mê me ré action mais sans lipase (que dans le sérum)
puis calculer le vrai taux de TG par soustraction TG calculé = TG mesuré - Glycérol, permet de
s’affranchir de ce problème.
Il comprend le dosage du cholesté rol esté rifie (cœur hydrophobe des lipoproté ines) et le cholesté rol
non-esté rifié (de l’enveloppe de la lipoproté ine.
Quand tous les ré actifs sont en excè s, à 510 nm (lumiè re
incidente) l’absorbance est directement proportionnelle à la
concentration en quinone imine qui elle- mê me est
directement proportionnelle à celle du cholesté rol.
On ajoute à l’é chantillon des anticorps dirigé s contre Apo B qui vont pré cipiter toutes les
lipoproté ines à Apo B (VLDL, IDL, LDL, chylomicrons). On dose le cholesté rol dans le surnageant
(donc le HDLc).
Ø Si les TG ne sont pas trè s é levé s on calcule le LDLc grâ ce à la formule de Friedwald :
LDLc (g/L) = cholestérol total - HDLc - (TG/5) en g/L
(Basé sur le fait que la proportion TG/CH dans les VLDL est de 5/1, car on suppose que tous les TG
viennent du VLDL)
Ø Si les TG sont trè s é levé s on fait une mesure directe du LDLc comme pour les HDLc :
masquage des lipoproté ines (chylomicrons, VLDL, IDL, HDL) au ré actif de dosage du
cholesté rol puis dosage du cholesté rol.
SOMMAIRE
§ Introduction
§ Les vitamines hydrosolubles
Ø Les vitamines du groupe B
Ø La vitamine C
§ Les vitamines liposolubles
Ø La vitamine A et ses dérivés
Ø Les vitamines D ou calciférols (D3 et D2)
Ø La vitamine E
Ø La vitamine K
I- Introduction
Les vitamines sont des molécules organiques de faible poids moléculaire, sans valeur
énergétique (¹ lipides, protéines et glucides) (l’organisme ne peut pas les oxyder pour produire de
l’énergie), indispensables au bon développement et au fonctionnement normal de l'organisme
d'où ce nom de vitamine (vitale = vie, amine = molécule organique).
Ces molécules ne sont pas ou insuffisamment synthétisées par l'organisme. Elles doivent donc être
apportées par l'alimentation (notion de micronutriment).
- Celles qui sont des coenzymes (participe à l’activité catalytique) ou leur précurseur
(vitamines du groupe B)
- Celles qui agissent par d'autres mécanismes (ligand de récepteur nucléaire comme, par
exemple, la vitamine A ou la vitamine D).
Les vitamines sont chimiquement classées en deux groupes selon leur solubilité :
Sur un plan fonctionnel, on distingue deux groupes: les coenzymes vitaminiques transporteurs
d'électrons (Vitamine B3, Vitamine B2) que nous détaillerons et les coenzymes vitaminiques
transporteurs de groupements carbonés et aminés qui seront présentées sous forme d'un
tableau.
l'enzyme) (exemple : vitamine B2) et cosubstrat : partie non protéique, faiblement liée à
l'apoenzyme, il s'en dissocie facilement après la réaction (Exemple : vitamine B3).
Cette vitamine est précurseur de deux coenzymes importants des oxydo-réductions, le NAD
(nicotinamide adénine dinucléotide) et le NADP (nicotinamide adénine dinucléotide phosphate). Le
nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+ dans sa forme oxydée) et le nicotinamide adénine
dinucléotide phosphate (NADP+) sont composés de 2 nucléotides reliés par une liaison anhydride-
acide phosphorique entre leurs groupement phosphate. L'AMP est uni par une liaison anhydride
phosphorique à un pseudo nucléotide, dont la base est remplacée par le nicotinamide ou
vitamine PP (ou nico-tinamide mononucléotide). Le coenzyme NAD par phosphorylation en position
2' du ribose de l'AMP devient le NADP.
En pratique courante, on note plus simplement NADH2 ou NADPH2 (même si erreur chimique). Le
rapport NAD+/NADH2 est élevé dans les cellules ce qui favorise la captation de l'ion hydrure sur
le NAD+. Le NAD+ (le plus nombreux dans l’organisme) est principalement utilisé lors des
oxydations métaboliques et plus de 200 enzymes (oxydoréductases ou déshydrogénases) utilisent
ce coenzyme dans la cellule. Elles catalysent des réactions suivantes :
Le NADP est le coenzyme d'un nombre plus restreint de déshydrogénase. En revanche, le rapport
NADPH2/NADP+ est élevé ce qui favorise la perte de l'ion hydrure par NADPH2. Le NADPH2
participe ainsi au maintien du potentiel réducteur de la cellule et est un donneur de protons dans
les voies de synthèse réductrices (cf. synthèse cholestérol).
NAD+ et NADP+ sont des formes oxydées/ NADH+ et NADPH+ sont des formes réduites
L'association entre déshydrogénase et NAD ou NADP est faible. Elle est utilisée en clinique pour un
certain nombre de dosages notamment dit des dosages dit spectrophotométriques. Le coenzyme
(co substrat) va pouvoir facilement diffuser d'une enzyme à une autre, agissant comme un
transporteur soluble d'électrons entre deux métabolites. Spectres d'absorption UV de NAD et NADH2
: La forme oxydée présente un pic d’absorbance à 260 nm. La réduction du NAD+ en NADH2 induit
une nouvelle bande d'absorption avec un maximum à 340 nm (il y a encore le pic à 260 nm). La
production de NADH lors d'une oxydation peut donc facilement être suivie en observant l'apparition
d'une absorbance à 340 nm. Elle permet de mesurer des activités enzymatiques principalement.
La réduction de l'anneau pyridinique modifie les propriétés optiques des coenzymes, avec apparition
d'un pic d'absorption à 340 nm.
Vitamine PP et besoin quotidien : Il faut environ 20 mg par jour de vitamine, que l'on trouve
principalement dans la viande et les germes de blé. Les féculents en contiennent moins et les légumes
verts et fruits très peu.
La vitamine B2 ou riboflavine est une vitamine nécessaire à la synthèse du FAD (flavine adénine
dinucléotide) et du FMN (flavine mononucléotide). Ce sont également des coenzymes des
déshydrogénases, mais contrairement au NAD, le FMN et le FAD sont liés de façon covalente à leurs
déshydrogénase correspondante (d'où le nom de flavoprotéines donné à ces enzymes qui
catalysent des réactions d'oxydoréduction en utilisant soit le FMN soit le FAD comme groupement
prosthétique = coenzyme vrai). Parmi celles-ci, on peut citer la succinate déshydrogénase ou
complexe II (à la fois enzyme du cycle de Krebs et point d'entrée des électrons dans la chaîne
respiratoire, les acyl-CoA déshydrogénase, enzyme du métabolisme oxydatif des acides gras).
Besoin quotidien : Il faut 2 à 3 mg par jour de la vitamine que l'on trouve abondamment dans
l'alimentation, surtout la viande, les abats et les laitages. Les préparations à base de levure en sont
particulièrement riches (consommé par les végétariens). La carence n'est pas fréquente à l'état
isolé.
Nom
(Source) Fonction (Remarques)
chimique
Carence = béri béri (sujets
CoE des décarboxylases
B1 Thiamine Levure de bière alcooliques), provoque des
oxydatives (pyruvate)
problèmes neurologiques
Acide
B5 Germes de céréale Précurseur du Coenzyme A
pantothénique
Coenzyme à fonction
Pyridoxine, multiple (transamination, Enzyme primitif ?
B6 Volailles, viandes
pyridoxal décarboxylation,
catabolisme copule C)
B8 Biotine Céréales CoE des carboxylases
CoE de transfert des Synthèse base purique et
B9 Acide folique Végétaux
radicaux mono carbonés pyrimidique
Métabolisme des acides
nucléiques (maladies de
B12 Cobalamine Viande, poisson, œuf CoE de transfert Biermer)
Transporteur de fonction
méthyle
B) La vitamine C
Deux sources sont possibles, les esters du rétinol présents dans les aliments d'origine animale (le
beurre, les huiles de foie de poisson, foie d’agneau) et le bêta carotène présent dans les végétaux
(carottes) qui sera converti en rétinal après clivage au niveau de la cellule intestinale puis en
rétinol après réduction ou en acide rétinoïque (mauvais rendement tout de même de 1 à 6).
Le rétinol est transporté dans le plasma par la RBP (rétinol binding protéine), elle-même complexée
à la pré albumine. Elle est également transportée par les lipoprotéines.
v Régulation du développement
Les rétinoïdes, et surtout l'acide rétinoïque (dérivé de la vit A), sont des morphogènes puissants,
impliqués dans la régulation de l'embryogenèse, l'organogenèse et la différenciation cellulaire. Ils
jouent ce rôle par l'intermédiaire de ligands de récepteurs nucléaires qui sont des trans-
régulateurs de la transcription (RXR et RAR). Ceci explique que la vitamine A est tératogène
lorsqu'elle est administrée en excès au cours de la grossesse, et qu'elle est exclue des préparations
vitaminiques administrées chez la femme enceinte. De nombreuses formes moléculaires tant des
récepteurs que des rétinoïdes, modulent cette action morphogène (all trans, 11 cis, 9 dihydro, etc.).
4) Carence en vitamine A
v L'avitaminose A
L'avitaminose A conduit à des troubles cutanéo-muqueux, une kératinisation de la cornée
(xérophtalmie, cf. Coutu) et une diminution de la vision nocturne (héméralopie).
Ce sont des vitamines antirachitiques. Leur formule résulte de l'ouverture du cycle B du noyau
stérol entre les atomes de carbone 9 et 10.
1) Sources de la vitamine D
Dans l'organisme, la vitamine D (D2 ou D3) est hydroxylée en 1 dans le rein et 25 dans le foie. La
25 hydroxyVitD (ou 25OHD3) est la forme circulante majeure de la vitamine et le 1-25
dihydroxyVit D (ou 1-25OHD3), la forme active. Il se fixe sur des récepteurs nucléaires qui
appartiennent à la super famille des récepteurs aux hormones stéroïdes. Son action est de stimuler
l'absorption intestinale du Ca++ et sa fixation dans les os. La carence en vitamines D entraîne chez
l'enfant une ostéomalacie, le rachitisme (défaut de fixation de Ca sur l’os donc os tout souple), que
l'on peut prévenir par l'administration de vitamine lorsque l'ensoleillement n'est pas favorable.
C) La vitamine E
On la trouve en abondance dans toutes les huiles végétales et il n'y a pas d'avitaminose
caractérisée chez l'homme. C'est une hydroquinone substituée appartenant au groupe des
tocophérols. La chaîne latérale est celle du phytol dans l'α tocophérol.
Ses propriétés antioxydants viennent des propriétés oxydoréductrices des fonctions quinones
(donneurs d’électrons non couplés, donne à un radical libre). Ce pouvoir réducteur en fait un
protecteur puissant en milieu hydrophobe contre la peroxydation des acides gras polyinsaturés des
lipides, de la vitamine A, des carotènes etc. Elle est utilisée à ce titre dans bien des huiles
commerciales.
D) La vitamine K
La vitamine K1 est largement répandue dans les feuilles vertes (choux, navets...), elle est
thermorésistante, et les bactéries intestinales synthétisent des quantités de quantité importante de
Vitamine K2 qui peuvent être transformé en vitamine K1. Il y a donc très peu de déficit en
vitamine K. Cependant, une carence d’absorption en vitamine K peut s'observer en cas de trouble
de l'absorption des graisses d'origine biliaire ou pancréatique (car vitamine liposoluble).
L'administration intra veineuse de vitamine K permet de corriger ce déficit et de rattacher celui-ci à
une malabsorption de la vitamine K (Test de Koller : chute du taux de prothrombine donc
administration parentérale de la vitamine K et 2 possibilités soit persistance d’un taux de
prothrombine faible = insuffisance hépatocellulaire ou correction = carence en vit K lié à un
défaut d’absorption de la vit K).
La vitamine K, sous une forme coenzymatique, est nécessaire à une modification post-traductionnelle
de certaines protéines appelée γ carboxylation. Des résidus GLU sont transformés en γ carboxyl
GLU (Gla), ce qui rend la molécule particulièrement apte à complexer le Ca++. La vitamine K est
ainsi nécessaire à la maturation de plusieurs facteurs de coagulation synthétisés dans le foie
(prothrombine, proconvertine, facteur Stuart, etc.) intervenant dans la phase finale de la
coagulation.
Cette action de la vitamine K ne se limite pas qu'aux seules protéines de la coagulation. D'autres
protéines affectant le métabolisme osseux (ostéocalcine), les calcifications vasculaires, la
croissance cellulaire, l'apoptose sont régulées par γ carboxylation.
SOMMAIRE
§ Définition et rappel
§ Les glycoprotéines
Ø Les rôles de la glycosylation
Ø Le sugar code
Ø Lectines et lecture du code génétique
§ Les glycolipides
Ø L’oxydation contrôlée de l’acide arachidonique et la production des
eicosanoïdes
I – Définition et rappel :
Une molécule « informationnelle » est un « corps chimique » produit par une cellule vivante (ou un virus)
pour transmettre un signal à une autre cellule (ou à elle-même). La réception de signal via un récepteur
spécifique va alors modifier un mécanisme dans la cellule cible.
Ce sont des protéines ayant un ou plusieurs chaines oligosaccharidiques liées par des liaisons
covalentes.
La liaison va se faire entre le carbone anomérique de l’ose et :
- la fonction alcool d’un résidu sérine ou thréonine -> liaison O-glycosidique
- l’azote de la fonction amide d’un résidu asparagine -> liaison N-glycosidique
Exemple : la glycophorine A est très abondante dans la membrane des globules rouges. Tous les
hexagones en rouge ou en bleu, sur le versant EC de la protéine, sont des résidus glucidiques qui vont
être attachés soit à des résidus sérine ou à des résidus thréonine de cette protéine (hexagone rouge)
ou soit à un résidu asparagine (hexagone bleu).
« Le sugar code » :
Les motifs glucidiques peuvent être extrêmement variés. Ce code est donc la conséquence de ces
variations mais aussi des différents branchements présents sur les molécules.
Les motifs glucidiques des glycoprotéines (et des glycolipides) peuvent générer plus
d’information que le code génétique ou la variabilité de la séquence des protéines ! Même si l’on
retrouve les sept résidus de manière récurrente, il peut y avoir de nombreuses variations :
• dans la séquence des oses
• dans la configuration (alpha/beta)
• dans les branchements
• dans les réactions de substitution (acétylation, sulfatation, phosphorylation).
Les lectines ont un site de reconnaissance des sucres (ex : CRD = Carbohydrate Recognition
Domain) hautement spécifique d’un motif glycane donné.
Ces sites permettent même la reconnaissance d’un seul type d’ose grâce à leur composition en
acides aminée permettant la formation de liaisons spécifiques avec les différents sucres et la lectine
(pont hydrogène, liaison de coordination avec des cations divalents, force de Van der Waals,
interactions hydrophobes…).
Exemples :
On retrouve un galactose (en réalité un résidu galactosyl de la
partie glycane de la glycoprotéine) et une lectine avec une partie
hydrophile et une partie hydrophobe. Des liaisons hydrogènes
vont se former entre la partie hydrophile et le résidu galactosyl
(avec les OH) et d’autres stabilisations vont avoir lieu dans la partie
hydrophobe de la molécule grâce au groupement indole
(hydrophobe) du tryptophane.
Les virus utilisent aussi ce système du code glucidique, pour infecter les cellules, se multiplier et en
sortir pour proliférer. De nombreux virus se fixent aux cellules de l’hôte grâce à leur hémagglutinine
A (HA) présente sur leur capside (= leur enveloppe), une lectine qui reconnait l’acide sialique (à la
surface de la cellule hôte). Cette liaison va faire entre les virus dans la cellule, puis une fois reproduit,
une neuraminidase, présente aussi sur leur capside va les faire sortir de la cellule en coupant la
liaison HA-acide sialique.
Des médicaments comme le Tamiflu est basé sur l’inhibition des neuraminidases.
Le virus rentre dans la cellule grâce à la liaison HA-acide sialique, mais le tamiflu bloque les
neuraminidases, donc les virus se trouvent bloqués dans la surface des cellules sans pouvoir s’en
dégager. Donc ils ne peuvent plus aller infecter d’autres cellules.
C’est une famille de lectines de la membrane plasmique qui intervient dans l’interaction cellule-
cellule et dans l’adhésion cellulaire.
Ex : - arrêt de la multiplication des cellules en culture lorsqu’elles rentrent en contact les unes aux
autres.
- mécanisme d’adhésion cellulaire
Les polynucléaires neutrophiles expriment la sélectine L, les plaquettes la sélectine P et les cellules
endothéliales expriment deux sélectines P et E.
Les sélectines E et P de l’endothélium vont s’exprimer lorsque la cellule endothéliale est activée (ex :
infection dans le tissu irrigué).
Les résidus osidiques reconnus par les sélectines P et E sont une combinaison de 4 oses :
Ø acide sialique (Neu5Ac)
Ø N-acétylglucosamine (GlcNAc)
Ø fucose
Ø galactose : ils forment le motif sialyl-Lewis (= sugar code »).
Lorsque l’endothélium est activé il exprime les sélectines P et E qui se lient au motif des
leucocytes facilitant le rolling (leucocytes (type neutrophiles) « roulent » ou « marchent » sur
l’endothélium des vaisseaux au lieu d’être libres dans le flux sanguin) et ainsi la diapédèse (des
intégrines vont arrêter le rolling des leucocytes, puis les leucocytes vont être « aspirés » vers le tissu
infecté, entre deux cellules endothéliales).
Le groupe ABO est un système majeur parmi tous les systèmes de groupes sanguins (Résus, P, Diego,
Duffy, Lutheran…). C’est le système ABO qui est le plus immunogène.
• Si on transfuse un individu de groupe A (ou B) avec des globules rouges du groupe B (ou A),
on provoque une hémolyse aigue pourvant amener à la mort. (anémie aigue + insuffisance
rénale)
• Les individus du groupe O ne peuvent recevoir que du sang du même groupe mais peuvent
donner leur sang à tous les autres groupes (donneurs universels).
• Les individus du groupe AB peuvent recevoir du sang de tous les autres groupes (receveurs
universels) mais ne peuvent en donner qu’à des individus du même groupe.
A) Les prostaglandines :
Ils ont été isolés par Sune Bergström et Bengt Samuelsson (Prix Nobel Médecine 1982) dans le tissu
prostatique (d’où leur nom).
Ø Ils résultent de l’action des cyclooxygénases (Cox) sur l’AA.
Ø Ils contiennent un cycle à 5 carbones saturé ou insaturé, résultant de la liaison entre les
carbones 8 et 12 de l’AA.
Le noyau porte des substituants qui définissent les principaux groupes de prostaglandines : A à I. On
précise ensuite E1 par exemple, 1 pour le nombre d’insaturation.
Ils ont une action (autocrine ou paracrine) extrêmement diverse en fonction des tissus.
Ex :
• contraction du muscle utérin (règles et accouchement)
• cycle sommeil-veille
• fièvre, inflammation, douleur
John Vane montre que l’aspirine et d’autres médicaments anti-inflammatoires agissent en bloquant la
synthèse de certaines prostaglandines (et aussi du TxA2) (Prix Nobel Médecine 1982 partagé avec
Bergström et Samuelsson.
Ils résultent aussi de l’action des COX, ce sont des dérivés de la PGH2 sous l’action de la
thromboxane synthase (dans les plaquettes+++).
Ils contractent les muscles lisses et induit l’agrégation plaquettaire (coagulation sanguine).
L’aspirine, à faible dose, inhibe la synthèse de la TxA2 dans les plaquettes (inhibition irréversible de
la Cox plaquettaire) et donc préviendrait la formation de thrombus dans les artères coronaires et
cérébrales. (recommandé pour les personnes âgées)
6 cotés sur le cycle mais 5 carbones car il y a de l’oxygène. On retrouve aussi une fonction éther.
C) Les leucotriènes :
Ils ont été isolées dans les leucocytes pour la première fois, où ils sont majoritairement produits.
Ils contiennent trois doubles liaisons conjuguées (alors que normalement les doubles liaisons
sont séparées par un groupement méthylène) !
Ils résultent de l’action de la 5-lipoxygénase sur l’AA avec production de leucotriène A4 (LTA4),
rapidement métabolisé.
Les autres leucotriènes (B4, C4, D4, E4, F4) dérivent du LTA4.
Le montélukast va inhiber l’action des leucotriènes sur les bronches, pour éviter les crises d’asthme.
Exercices
Exercice 1 :
Exercice 3 :
Exercice 4 :
Données :
His (pKn = 9,2 / pKc = 1,8 / pKr = 6,0)
Val (pKn = 9,6 / pKc = 2,3)
Glu (pKn = 9,7 / pKc = 2,2 / pKr = 4,2)
Exercice 1 :
D-MANNOSE
D-GALACTOSE
D-FRUCTOSE
DIHYDROXYACETONE
D-GLUCOSE
GLYCERALDEHYDE
Exercice 2 :
Exercice 3 :
VRAI/FAUX
A) La chiralité n’a aucune importante pour les glucides.
B) Un épimère est un ose qui diffère dans la configuration d’un seul carbone asymétrique.
C) La plupart des oses naturels appartiennent à la série D.
D) La fonction alcool est noté 2 et la fonction hydrogènes est noté 1.
E) Pour les anomères alpha, le groupement OH est vers le haut.
Exercice 4 :
QCM 1 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 2 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 3 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 4 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 5 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 6 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
A) Plus il y a d’insaturations au sein d’un AG, plus son point de fusion sera bas.
B) A température ambiante, un AG saturé de 18 carbones sera retrouvé sous forme d’huile alors
qu’un AG insaturé (3 insaturations) de 18 carbones sera retrouvé sous forme de graisse.
C) L’oxydation enzymatique des AG abouti à la formation de prostaglandines.
D) L’oxydation non enzymatique des AG abouti à la formation de graisses rances.
E) Aucune des réponses ci-dessus n’est exacte.
QCM 7 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 8 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
A) Un triglycéride est un résidu glycérol auquel est attaché 3 résidus d’AG via des liaisons ether.
B) Les triglycérides sont encore moins solubles que les AG libres.
C) Les triglycérides permettent de fournir de l’énergie (indirectement).
D) Les lipides ne sont pas apolaires.
E) Aucune des réponses ci-dessus n’est exacte.
QCM 9 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
D) Analyser des lipides via la résonance magnétique nucléaire sera plus lent que par
spectrophotométrie de masse.
E) Aucune des réponses ci-dessus n’est exacte.
Exercice 1 :
Relier ces organes aux actions qu’ils accomplissent dans le métabolisme du cholestérol :
Exercice 2 :
Exercice 3 :
VRAI/FAUX
A) Les chylomicrons passent par la lymphe avant de rejoindre les tissus périphériques.
B) Les remnants des chylomicrons sont riches en Apo A-I.
C) Le HDL est considéré comme le bon cholestérol.
D) Dans la voie endogène du cholestérol, l’IDL se transforme en VLDL.
E) L’HDL peut donner son cholestérol pour la formation des sels biliaires.
F) La présence d’Apo E sur les LDL rend difficile la liaison sur leur récepteur (LDLr).
G) L’absence d’anti-oxydant sur les HDL est responsable de la formation des plaques d’athérome
dans l’intima des artères.
H) Dans la voir retour du cholestérol, l’Apo A-I se transforme en pré-beta HDL puis en HDL.
Exercice 2 :
VRAI/FAUX
A) Les glycosyltransférases permettent de glycolyser les protéines.
B) La glycolysation se fait sur des protéines nucléaires.
C) La glycolysation des protéines diminue leur polarité.
D) La glycolisation des protéines a une fonction informationnelle.
E) La glycolisation des protéines augmente toujours la durée de vie des protéines plasmatiques.
Exercice 1 :
Exercice 2 :
Exercice 3 :
Exercice 4 :
Données :
His (pKc = 1,8 / pKn = 9,2 / pKr = 6,0)
Val (pKc = 2,3 / pKn = 9,6)
Glu (pKc = 2,2 / pKn = 9,7 / pKr = 4,2)
Etape 1 : Représenter le peptide pour savoir quelles fonctions entrent en jeu dans le calcul de charge.
NH2-His-Val-Glu-COOH
I I
NH2 COOH
C’est un peptide donc certains groupements NH2 et COOH sont engagés dans la liaison peptidique et
perdent donc la capacité à se protoner. C’est le cas du COOH lié au carbone alpha de l’histidine et de
la valine et du NH2 lié au carbone alpha de la valine et du glutamate. De plus, la valine n’étant pas
chargée, on ne la prend pas en compte dans le calcul des charges.
Au final seulement quatre valeurs de pK vont nous intéresser :
Etape 2 : Il est important de savoir comment prédire si une fonction est ionique ou non selon le pH,
et ce en connaissant les inégalités suivantes :
Ø NH2 ionisé positivement si pH < pkn
Ø COOH ionisé négativement si pH > pkc
Ø NH2 ionisé positivement si pH < pkr
Ø COOH ionisé négativement si pH > pkr
Toutes ces inégalités découlent du cours et des trois grands exemples sur l’ionisation des AA suivant
les pH.
A pH = 1 :
Le NH2 lié au carbone alpha de l’histidine ainsi que le NH2 de la chaine latérale de l’histidine sont
ionisés (sous la forme NH3+), le COO- lié au carbone alpha du glutamate ainsi que celui de la chaine
latérale du glutamate sont protonés (sous la forme COOH). Donc : + 1 + 1 = 2
ð La charge du tétrapeptide à pH=1 est +2.
A pH = 7 :
Le NH2 lié au carbone alpha de l’histidine est ionisé (sous la forme NH3+), le NH2 de la chaine latérale
de l’histidine n’est pas ionisé, le COO- lié au carbone alpha du glutamate ainsi que celui de la chaine
latérale du glutamate sont ionisés (sous la forme COO-). Donc : + 1 – 1 – 1 = -1
ð La charge du tétrapeptide à pH=7 est -1.
Exercice 1 :
D-MANNOSE
D-GALACTOSE
D-FRUCTOSE
DIHYDROXYACETONE
D-GLUCOSE
GLYCERALDEHYDE
Exercice 2 :
Exercice 3 :
VRAI/FAUX
A) FAUX, la chiralité est extrêmement importante, particulièrement pour les glucides. En effet,
certaines enzymes ne vont reconnaitre qu’un seul des deux énantiomères et n’agiront pas sur l’autre.
B) VRAI
C) VRAI
D) VRAI
E) FAUX, il est vers le bas.
Exercice 4 :
QCM 1 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
A) Faux : ce sont majoritairement les lipides complexes qui sont impliqués dans la signalisation
cellulaire. Les lipides simples quant à eux peuvent jouent un rôle clé dans le stockage
énergétique.
B) Vrai : de même que du C,H, O, S et P
C) Vrai.
D) Faux : qu’à une seule extrémité, c’est ce qui confère une forme très minoritaire de polarité
aux AG.
E) Faux.
QCM 2 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
A) Faux : ce sont les AG saturés à chaine longue qui font entre 14 et 20 carbones.
B) Faux : on parle d’AG saturés lorsqu’on souhaite les classer selon la longueur de leur chaine,
de plus les AG saturés à chaine moyenne font entre 8 et 12 carbones.
C) Faux : Acide eicosanoïque est la dénomination systématique de l’acide arachidique
(dénomination usuelle).
D) Faux : C16:0 est l’acide hexadécanoïque, « 0 » car il y a aucune insaturation.
E) Vrai.
QCM 3 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
A) Vrai : ils sont solubles dans les solvants organiques tels que le chloroforme ou le benzène.
B) Faux : tout est vrai mais l’insaturation se trouve entre le 9ème et le 10ème carbone.
C) Vrai.
D) Faux : ils en ont une, tout comme les AG saturés, néanmoins cette dénomination ne
renseigne pas sur la structure de l’AG en question.
E) Faux.
QCM 4 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 5 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 6 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
A) Vrai.
B) Faux, c’est l’inverse : plus il y a d’insaturations moins l’AG est organisé (formation de coudes
sur la chaine), donc moins de cohésion donc point de fusion abaissé par rapport à son
homologue (même longueur de chaine carbonnée) saturé qui lui à une bonne cohésion est
sera donc retrouvé sous forme de graisse (solide) à température ambiante.
C) Vrai.
D) Vrai, graisses rances à chaines courtes et volatiles.
E) Faux.
QCM 7 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
A) Faux : c’est difficile car il est délicat de différencier spécifiquement deux AG qui ne sont
différents que par quelques carbones en plus ou en moins.
B) Faux : car les AG sont hydrophobes et donc ne peuvent être transportés seuls dans notre
circulation sanguine, de ce fait ils se lient à l’albumine.
C) Faux : ils sont dits non-estérifiés.
D) Faux : ils sont bien transportés sous forme de triglycérides mais par les lipoprotéines, les
adipocytes eux sont le lieu de stockage.
E) Vrai.
QCM 8 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 9 – Parmi les propositions ci-dessous, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s) ?
QCM 1 – Concernant la structure du cholestérol, laquelle (lesquelles) des propositions suivantes est
(sont) exacte(s) ?
A) Vrai
B) Faux : il est polaire grâce à sa fonction hydroxyle.
C) Faux : il est composé de 27 atomes de carbone.
D) Faux : il fait partie de la famille des stérols.
E) Faux
A) Vrai
B) Faux : ils entrent en jeu dans la formation des esters de cholestérol.
C) Vrai
D) Faux : le prégnénolone devient d’abord de la progestérone avant de se différencier en
androgène dans les testicules.
E) Faux
Exercice 1 :
Relier ces organes aux actions qu’ils accomplissent dans le métabolisme du cholestérol :
Tous les tissus comportant des cellules nucléées sont capables de produire du cholestérol endogène,
même si ce rôle revient très largement au foie.
Exercice 2 :
Exercice 3 :
VRAI/FAUX
A) VRAI
B) VRAI
C) VRAI
D) FAUX, c’est l’inverse, dans la voie endogène du cholestérol, le VLDL se transforme en IDL.
E) VRAI, c’est un système d’élimination du cholestérol.
F) FAUX, c’est l’absence d’Apo E sur les LDL qui rend difficile la liaison sur leur récepteur (LDLr), ce
qui allonge leur durée de vie et augmente le risque de formation de plaques d’athérome.
G) FAUX, c’est l’absence d’anti-oxydant sur les LDL qui est responsable de la formation des plaques
d’athérome dans l’intima des artères.
H) VRAI
Exercice 1 :
Exercice 2 :
VRAI/FAUX
A) VRAI
B) FAUX : elle se fait sur des protéines membranaires en extracellulaire.
C) FAUX : au contraire la polarité augmente.
D) VRAI
E) FAUX : la glycolysation des protéines peut aussi diminuer la durée de vie des protéines
plasmatiques.
A) VRAI : puis les cyclooxygénases ou les lipoxygénases donneront des leucotriènes, des
prostaglandines et des thromboxanes.
B) VRAI
C) VRAI
D) VRAI
E) FAUX