LES PROTIDES

Dr Jocelyne ANDRIAMBELO
 PLAN GENERAL
I Acides aminés

II Peptides

III Protéines

IV Biosynthèse des protéines

V Modifications post-traductionnelles
 INTRODUCTION
I- Objectifs
• Connaître la structure d’un acide aminé
• Reconnaître des molécules simples (AA) dans une
structure complexe (protéine)
• Mettre en évidence une propriété physique ou
chimique
• Savoir les différentes structure protéiques
• Décrire les domaines d’une protéine qui participent
à la fonction (relation structure-fonction)
 II- Généralités
• Protéines : molécules les plus compléxes et les. Plus variées
des êtres vivants.
• ~ 100 000 protéines différentes qui constituent près de 50%
du poids sec
• Une protéine est un polymère d’ acide aminé
• Toutes les protéines résultent de la combinaison de 20 AA
différents
• Un AA est une substance organique avec une fonction
amine et une fonction carboxylique
• Un peptide est formé d’un nombre restreint d’AA
• Une protéine est formé d’un ensemble de plusieurs
peptides
 I- LES ACIDES AMINES
Les protéines sont de longues chaîne
composées d’une succession de maillons et
repliée dans l’ espace.
Les maillons de ces chaînes sont de petites
molécules appelées acides aminés
Ils sont au nombre de vingt dans les protéines.
On retrouve plusieurs autres acides aminés dans
l’organisme, mais ils n’entrent pas dans la
composition des protéines
 I.1- définition
Les acides aminés retrouvés dans les protéines
ont tous la même structure de base; ils sont
orientés autour d’un atome de carbone centrale
α, sur lequel s’articulent :
- un groupement carboxyle (-COOH)
- un groupement amine(-NH2)
- un atome d’ hydrogène (-H)
- et une chaîne latérale notée R
STRUCTURE DE BASE D’UN AA

COOH
ǀ
NH2 – Cα – H
ǀ
R
 I.2- propriétés physiques
I.2.1- Carbone asymétrique et isomérie
Le carbone α central est asymétrique dans tous les
cas mis à part celui de la glycine (H à la place
d’une chaîne latérale)
Cela signifie qu’il est possible d’avoir 2
conformations différentes d’un même acide aminé
: L et D
Seule la forme L est utilisée dans la protéine
Ces molécules sont dotées d’un pouvoir rotatoire
 I.2.2- dissociation
En fonction du pH du milieu, les fonctions acides
ou basiques se dissocient
En milieu acide, la fonction carboxyle ne se
dissocie pas, elle est sous forme COOH et la
fonction amine peut accepter un proton
supplémentaire et prend la forme NH3+
En milieu basique, les groupes carboxyles sont sous
forme COO- et les groupes animés non dissociés
sous forme NH2
 En milieu neutre, les groupement carboxyle se
dissocient en COO- et les fonctions amines en
NH3+
Les acides aminés sont donc des composés
amphotères (2 fonctions ionisables)
On définit le point isoélectrique pHi comme la
valeur du pH pour laquelle on obtient une
forme comportant les 2 fonctions ionisées et
appelée amphiion
En fonction de l’ ionisation de l’acide aminé, il
se déplacera dans un champ éléctrique

- soit vers la cathode s’il est chargé

positivement

- soit vers l’anode s’il est chargé négativement

I.2.3- hydrophobicité
La chaîne latérale des acides aminés peut être
plus ou moins hydrophobe
Les cycles et les chaînes aliphatiques sont plus
hydrophobes que les chaînes chargées
ioniquement. Ces différences joueront un rôle
dans les structures supérieures des protéines
La phénylalanine est le plus hydrophobe et
l’acide aspartique le plus hydrophile
 I.2.4- solubilité
Les acides aminés sont solubles dans l’eau, pas
dans les solvants organiques

La structure du radical peut cependant modifier

cette solubilité
 I.3- propriétés chimiques

I.3.1- propriétés liées au groupement carboxyle

• Liaison peptidique
Elle est liée à la présence des 2 groupements qui
peuvent réagir ensemble pour former une
liaison peptidique
NH2-CH-COOH + H2N-CH-COOH ---------
ǀ ǀ
R R’
 NH2-CH-CO-NH-CH-COOH
ǀ ǀ
R R’
Les atomes engagés dans la liaison peptidique
sont tous placés dans le même plan
• décarboxylation
Elle peut être réalisée chimiquement ou par une
enzyme. Elle conduit à la formation d’une
amine simple (R-CH2-NH2) qui intervient
fréquemment dans le métabolisme
(interconversion des composés)
 I.3.2- réactions liées à l’amine
Les hydrogènes de l’amine peuvent être
substitués par d’autres radicaux, aliphatiques,
aromatiques, etc.…..

Les acides dicarboxyliques et leurs amines sont

importantes pour le transfert des groupements
aminés; il y a intervention des transaminases
• N-alkylation : réaction avec le DNPB
DNPB + AA 2-4 DNP-aminoacide

Le DNP-AA est caractérisé par une coloration

jaune

N- dansylation : réaction avec le chlorure de dansyl

DNS-cl + AA DNS-aminoacide
Le DNS-aminoacide est fluorescent et peut être
caractériser à l’aide d’ acides aminés témoins
 I.4- les principaux acides aminés
❖ classification basée sur la structure de la chaîne latérale
R:
I.4.1- les acides aminés aliphatiques (VILA)
La chaîne latérale est une chaîne carbonée ramifiée ou non
et consiste en une succession de groupements éthylique
et méthylique
Ils comprennent
- l’alanine ou Ala (A)
- la valine ou Val (V)
- la leucine ou Leu (L)
- l’isoleucine ou Ile (I)
I.4.2- les acides aminés hydroxylés (TS ou
ST)
Ce sont des acides aminés dont la chaîne
latérale contiennent des groupements
hydroxylés (OH) qui leur permet d’interagir
avec l’eau ou d’être la cible des réactions
utilisant les groupements hydroxyles
Ils sont représentés par :
- la sérine ou Ser (S)
- la thréonine ou Thr (T)
 I.4.3- les acides aminés soufrés
(CM)
Ils contiennent dans leur chaîne latérale des
groupements soufrés
La cystéine ou Cys (C) contient un groupement
sulfhydol réactif
La méthionine ou Met (M) possède un soufre
non réactif et la chaîne latérale est plutôt
aliphatique
I.4.4- les acides aminés dicarboxyliques et
leurs amides (DENQ)

Leur chaîne latérale porte un groupement acide

supplément (COOH)
Ce sont :
- l’acide aspartique ou Asp (D)
- l’acide glutamique ou Glu (G)E
Leurs amides sont
- l’asparagine ou Asn (N)
- la glutamine ou Gln (Q)
I.4.5- les acides aminés dibasiques (HRK)

Ce sont des acides aminés dont la chaîne

latérale porte un groupement aminé
- NH3+ pour la lysine ou Lys (K)
- NH2+ pour l’arginine ou Arg (R)
- l’histidine possède un noyau imidazolé
I.4.6- les acides aminés aromatiques (WYF)

Ce sont des acides aminés dont la chaîne

latérale contiennent un cycle aromatique
Ils sont représentés par
- la phénylalanine ou Phe (P)F
- le tryptophane ou Try (T)W
- la tyrosine ou Tyr (Y)
I.4.7- les autres acides aminés (PG)

La glycine ou glycocolle ou Gly (G) n’a en

guise de chaîne latérale qu’un atome
d’hydrogène
La proline ou Pro (P) a une chaîne latérale en
forme de boucle (anneau pyrrolidone) qui va
contacter l’azote de son groupement aminé
pour former un acide iminé
I.4.8- les acides aminés indispensables

Certains acides aminés sont synthétisés dans

nos cellules; d’autres doivent faire partie de
notre alimentation (d’où notre besoin de
manger des protéines). Ces derniers sont dits
essentiels
Ce sont :Val, Leu, Ile, Lys, Arg, His, Met, Thr,
Phe et Try
❖Classification basée sur la polarité de la chaîne
latérale R; on distingue 2 groupes :
1- groupes à chaîne latérale R non polaire
(hydrophobe) : Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Met,
Phe, Try, Pro
2- groupes à chaîne latérale R polaire
(hydrophile) :
• Non ionisable : Ser, Thr, Asn,Gln
• Ionisable : Asp, Glu, Lys, Arg, His, Cys, Tyr
Remarques
Le groupement thiol (S-H) de la cystéine et le
phénol de la tyrosine peuvent s’ioniser
négativement par perte de proton en milieu
alcalin
En général, les AA à chaîne latérale polaire et
hydrophile émergent à la surface des protéines
Les AA à chaîne latérale non polaire hydrophobe
sont à l’intérieur des chaînes sans contact avec
l’eau
 I.4.9- les dérivés des acides aminés
• Les amines : se forment par décarboxylation
enzymatique de certains acides aminés
- cystéamine : par décarboxylation de la cystéine
- histamine : par décarboxylation de l’histidine
- acide γ aminobutyrique : par décarboxylation
de l’acide glutamique
- éthanolamine : par décarboxylation de la sérine
 - tyramine : par décarboxylation de la tyrosine

• Les bétaïnes : se forment par méthylation de

certains acides aminés

• L’urée est un produit de catabolisme azoté

chez l’homme

• La créatine est un dérivé de Gly, de Arg ou de

Met (GROM)
 I.5- méthodes d’analyses
L’extraction des acides aminés libres peut se
faire simplement à l’eau puisqu’ils sont
solubles.
On les sépare sur des colonnes échangeuses
d’anions ou de cations, c’est-à-dire en fonction
de leur caractère acide ou basique à un pH
donné : on recueille ainsi trois fractions : acide,
basique, neutre. La fraction neutre contient en
plus des glucides solubles
 La séparation fine se fait généralement par
chromatographie (papier, basse ou haute
pression,…)
On utilise fréquemment l’électrophorèse (sur
papier ou sur gel) pour analyser les acides
aminés. Le support est placé dans une solution
tamponnée et soumis à un champ électrique.
En fonction du pH et du champ, les acides
aminés migrent dans un sens, dans l’autre, ou
restent au niveau du dépôt
 II- PEPTIDES
II.1- Généralités
Les peptides sont de petits polymères des acides
aminés, liés entre eux par des liaisons peptidiques
La réaction de Biuret permet le dosage des peptides
en milieu alcalin; les liaisons peptidiques forment
un complexe violet en présence d’ions cuivriques
Leurs propriétés sont intermédiaires entre celles
des acides aminés et celle des protéines
 II-2 Classification
II.2.1 classification basée sur 2 critères
a) nombre d’acides aminés
• Oligopeptides fondés par l’assemblage de 1 à 10
acides aminés
2 AA : dipeptides
3 AA : tripeptides …..
• Polypeptides > 10 AA (10 à 100 AA). La notion
peptide est une notion empirique, la limite n’est
pas nette. En général, un polypeptide est appelé
protéine quand il possède plus de 100 résidus
d’AA
 b) structure
On distingue
• Les peptides linéaires ayant un ‒NH2 libre à
l’une des extrémités et un ‒COOH libre à
l’autre
• Les peptides ramifiés : au niveau des courtes
chaînes d’acides aminés sont branchés une
chaîne linéaire sur le groupement ‒COOH de
R de l’Asp ou Glu ou sur le groupement NH2
de R de la lysine
• Les peptides cycliques qui n’ont ni extrémité N
terminal ni extrémité C terminal
• Les peptides semi-cycliques n’ayant qu’une
seule extrémité
II.2.2 nomenclature
Un acide aminé incorporé dans une chaîne
peptidique perd un H à partir du groupement ‒
NH2 et un hydroxyle ‒OH à partir du ‒COOH
ou l’un des deux seulement si c’est un AA
terminal. Il est alors appelé résidu d’acide aminé
et on ajoute le suffixe « yl » à la racine du nom
 ex : glycyl, séryl, alanyl
On écrit un peptide en plaçant son extrémité N
terminal à gauche puis les autres dans l’ordre
avec un suffixe « yl ». Seul l’acide aminé
terminal garde son nom inchangé
ex : glycyl-aspartyl-alanine ou
H2N-Gly-Asp-Ala-COOH
 II.3- propriétés ioniques

Les propriétés ioniques du peptide dérivent de

celles des acides aminés qui les composent.
Les groupements qui participent aux liaisons ne
sont plus ionisables.
La charge nette est déterminée par ionisation
des groupements COOH et NH2 des
extrémités ainsi que les groupements des
chaînes latérales
II.4- détermination de la structure
des peptides
II.4.1 méthode d’isolement
Il faut utiliser plusieurs méthodes successives
a) méthode de purification
Ce sont
• La chromatographie sur résine échangeuse d’ions
• Le partage dans les solvants non miscibles
• La dialyse ou diffusion
• La filtration sur gel
 b) séparation des chaînes peptidiques
Les peptides purifiés peuvent être formés d’une
seule chaîne ou contenir deux ou plusieurs
chaînes; dans ces derniers cas, il faut séparer
les chaînes
• Si les chaînes sont liées par des liaisons H ou
par des liaisons électrostatiques, le peptide est
placé dans un milieu qui contient une forte
concentration en sel ou en urée pour séparer
les chaînes
• Dans le cas ou les chaînes sont liées par des
ponts disulfures qui sont des liaisons covalentes,
on utilise la méthode par oxydation performique
ou des réducteurs
ex : le mercapoéthanol

II.4.2 composition en acides aminés

Connaître la séquence en acides aminés, c’est
savoir quel est l’acide aminé à sa place. Pour
cela, il faut d’abord déterminer la composition en
acide aminé du peptide
Il existe 2 méthodes : l’hydrolyse chimique et
l’hydrolyse enzymatique

a) hydrolyse chimique
L’hydrolyse par l’HCL concentré 6N à 105°C pendant
24 à 72 heures permet le clivage de toutes les
liaisons peptidiques d’un peptide. C’est une
hydrolyse totale et la coupure est non spécifique
Cette méthode présente l’inconvénient de détruire
le Try et de libérer le groupement NH2 de l’Asn et
la Gln qui se transforment en Asp et en Glu
On peut alors utiliser l’hydrolyse alcaline qui
respecte le Try; le mélange d’acides aminés
obtenu est analysé par chromatographie sur
papier ou par électrophorèse.La composition
en acides aminés est exprimée en formule
brute. Ex Arg 3, Ala 2, glu 5

b) hydrolyse enzymatique
Elle est difficile à mettre en place car les
enzymes agissent de manière spécifique et
doivent être utilisées simultanément
II.4.3 détermination de la séquence

H2N-AA1 AAn-COOH
AA2 AA3

résidu N term résidu C term

 a) détermination du résidu N terminal
• méthode enzymatique
Les aminopeptidases coupent de façon séquentielle
les peptides à partir de l’extrémité N terminal : c’est
une exopeptidase
Comme elle progresse plus loin de la chaîne, on peut
en déduire la séquence des acides aminés de la
région N terminal : c’est une méthode récurrente
Les aminopeptidases n’agissent pas sur la proline,
dans ce cas, on utilise la prolidase
• méthode chimique
‒ méthode de dansylation : l’acide aminé dansylé
est un composé fluorescent facile à mettre en
évidence après hydrolyse du peptide

‒ méthode d’EDMAN : permet de fixer au

groupement NH2 terminal le
phénythioisocyanate. Le réactif peut réagir à
nouveau jusqu’à 40 résidus d’acides aminés.
Cette méthode est récurrente et automatisée
 b) détermination du résidu C terminal
• méthode enzymatique
Les carboxypeptidases sont des exopeptidases
qui coupent de façon séquentielle les
liaisons peptidiques à partir de l’extrémité
C terminal des peptides (méthode
récurrente). On distingue :
‒ la carboxypeptidase A qui coupe la liaison
peptidique du côté C terminal pour tous les
acides aminés sauf Arg, Lys, pro (PORK)
‒ la carboxypeptidase B coupe du côté C
terminal avant Arg ou Lys (ROK)
‒ la prolinase détache le résidu proline du côté C
terminal

• méthode chimique
‒ réduction du groupement COOH : les
réducteurs forts tels que le BH6 ou le NaBH4
réduisent le groupement COOH des acides
aminés terminaux en groupement alcool
primaire
Cette réduction est suivie d’hydrolyse totale
permettant l’analyse, la composition et la mise en
évidence de l’aminoalcool obtenu

‒ hydrazinolyse ; si on traite un peptide par

l’hydrazine à 100°C, toutes les liaisons
peptidiques sont rompues et tous les résidus
sont transformés en hydrazides sauf le résidu C
terminal qu’on trouve sous forme d’ acides
aminés libres faciles à isoler et à identifier
c) fragmentation des chaînes peptidiques
Certains peptides ont un nombre très élevé
d’acides aminés. Leur étude nécessite leur coupure
par des méthodes chimiques. On utilise plusieurs
méthodes différentes pour un même peptide et on
obtient des fragments qui se chevauchent
• méthode chimique
‒ hydrolyse chlorhydrique partielle: c’est une action
non spécifique qui aboutit au clivage de quelques
liaisons peptidiques. Le produit est un mélange de
courts peptides
‒ méthode au BrCN: c’est la seule méthode
spécifique. Elle provoque une coupure de la
chaîne après un résidu méthionine et la
transforme en homosérine

• méthode enzymatique
Les enzymes sont des endopeptidases qui
proviennent des différents sucs digestifs,
gastriques, pancréatiques ou intestinales ou
des sucs vasculaires
• La pepsine: suc gastrique qui coupe la liaison
peptidique CO ‒ NH des AA suivants: Leu,
Met, Phe, Tyr, Try(WYFLOM)
• La trypsine: suc pancréatique clivant des
liaisons peptidiques après les AA basiques
(Lys, Arg.) ‒ CO ‒ NH (ROK)
• La chymotrypsine: suc pancréatique qui coupe
les liaisons peptidiques après les AA
aromatiques ou quelquefois les AA apolaires
Tyr, Phe, Try
 II.5- les hormones peptidiques
1- hormone hypophysaire
La vasopressine qui possède une action anti-diurétique (9
AA)

2- hormones hypothalamiques
- La somatostatine : 2 chaînes (14 AA et 28 AA); elle a
une action inhibitrice sur plusieurs hormones dont
l’insuline et le glucagon
- La TRH : tripeptide
3- hormones pancréatiques
- insuline : hormone hypoglycémiante formée de
2 chaînes A (21 AA) et B (30 AA) liées par des
ponts disulfures

- glucagon : hormone hyperglycémiante formée

de 29 acides aminés
 III- LES PROTEINES
Ce sont les composants les plus importants de
l’organisme tant au point de vue nombre (plus
de la moitié du matériel biologique) qu’au
point de vue activité biologique
Ce sont des polymère d’acides aminés reliés
par des liaisons peptidiques
Il existe vingt acides aminés majeurs entrant
dans la composition des protéines
La limite entre peptide et protéine est empirique.
Les protéines possèdent au moins 100 AA, donc
il existe une diversité incalculable de protéines
Les conventions d’écriture placent la fonction N
terminal à gauche et la fonction C terminal à
droite
Les protéines jouent différents rôles dans
l’organisme : structurales (maintien de la
membrane plasmique) ou métaboliques
(enzymes, protéines porteuses)
 Fonction des protéines
- Structure : les fibres protéiques et le
cytosquelette
- Mouvement coordonné : muscle et
spermatozoïde
- Transport et mise en réserve : hémoglobine
- Transport de substances à travers les
membranes cellulaires
- Constituent des messages : hormones et
neurotransmetteurs
 - catalysent des réactions chimiques : les
enzymes
- identité d’un organisme et sa défense : les
anticorps
- régulation de la machinerie biosynthétique et
métabolique : activateurs et répresseurs
- les protéines peuvent être nuisibles : toxines et
protéines virales
 La séquence des acides aminés peut être
déterminée c’est-à-dire la séquence primaire.
Mais les chaînes polypeptidiques sont flexibles et
s’enroulent dans l’espace : on parle de
configuration tridimensionnelle
La protéine native a une structure secondaire,
tertiaire et même quaternaire
Dans certains cas, il existe des forces qui
stabilisent la structure spatiale de la protéine et
lui permettent de prendre une forme spécifique
dans l’espace
 III.1- liaisons intervenant dans la
conformation des protéines

III.1.1- pont disulfure

C’est une liaison covalente qui s’établit
entre deux résidus cystéine existant soit à
la même chaîne peptidique (liaison
intrachaîne) soit à 2 chaînes différentes
(pont interchaîne)
III.1.2- liaison ionique ou électrostatique
C’est une liaison non covalente qui se forme
entre un radical chargé positivement et un
radical chargé négativement. On a soit une
liaison entre 2 parties d’une même chaîne, soit
une liaison entre 2 chaînes différentes
Au niveau des protéines, il y a plusieurs radicaux
chargés
Ex : ‒NH3+ ou ‒NH2+ de Lys et Arg.
‒O- de Tyr ou ‒S- de Cys
III.1.3- liaison hydrogène
Cette liaison non covalente apparaît lorsque 2
atomes d’électrons N et O sont liés par un H
N H‒O‒
Les liaisons hydrogènes peuvent être intra ou inter
chaîne
III.1.4- liaison hydrophobe
La formation d’une liaison hydrophobe dans une
protéine résulte du rapprochement de 2 ou plusieurs
radicaux d’acides aminés à chaîne non polaire
hydrophobe (Ala, Val, Leu, Ile)(VILA)
 Les radicaux ne forment pas de liaison
hydrogène avec l’eau et sont ainsi repoussés
pour entrer en contact le plus étroit possible
entre eux. Ce phénomène permet les
interactions entre différentes parties d’une
chaîne peptidique
 III.2- structure des protéines
III.2.1- structure primaire
C’est la séquence en acides aminés constituant
la chaîne principale
- chaque acide aminé est lié au suivant par un
lien peptidique qui se forme quand le
groupement carboxylique d’un premier acide
aminé réagit avec le groupement aminé d’un
second avec élimination d’eau
- quand les acides aminés sont incorporés dans
une chaîne principale (chaîne polypeptidique)
on les appelle des résidus
- par convention on désigne le premier acide
aminé de la chaîne comme étant celui dont le
groupement aminé reste libre = 5’ ou
extrémité N-terminale libre
- on désigne comme étant le dernier résidu de
la chaîne celui dont le groupement
carboxylique reste libre = 3’ ou extrémité C-
terminale libre
- chaque lien peptidique est rigide, mais de part
et d’autre les liens peuvent effectuer une
rotation.
- l’angle de rotation d’un plan amide par
rapport au carbone α ou 5’ est noté angle ψ.
- l’angle entre le plan amide précédent et ce
même carbone α est noté angle φ
 III.2.2- structure secondaire
C’est la succession de structures régulières ,
hélices, feuillets avec tours qu’on appelle la
structure secondaire d’une protéine
a) l’hélice α
- elle résulte de la succession d’angles ϕ de –
57° et d’angles ψ de – 47°
- elle s’élève de 0,15nm par résidu et de 0,54nm
à chaque tour. Elle compte 3,6 résidus par tour
- elle est stabilisée dans sa forme hélicale par
des ponts hydrogènes établis entre
l’hydrogène d’un groupement aminé –NH et
l’oxygène d’un groupement carboxylique C=O
et situé 4 résidus plus loin
- les chaînes latérales des résidus dans une
hélice se pointent à l’extrémité de la structure
- elle est représentée par une spirale dans les
modèles structuraux
b) le feuillet β
- il se forme quand les parties de la longue chaîne
polypeptidique se replient et se longent l’une à l’autre,
côte à côte, en formant des ponts hydrogènes avec la
voisine
- on parle de feuillets β parallèles quand les chaînes
vont dans le même sens et d’antiparallèles quand elles
vont dans des directions opposées
- la distance entre 2 résidus est de 0,335nm; chaque
chaîne est séparée de sa voisine de 0,0465nm
- les feuillets β sont représentés par des flèches
 c)- structure en pelote statistique
• La chaîne peptidique n’a pas de forme
régulière dans l’espace; il n’y a pas de motif
qui se répète : c’est une forme non ordonnée

• Dans les protéines, on a des régions où on a

une forme hélicoïdale, d’autres sous forme de
pelote statistique; la structure en feuillet
plissé est plus rare
 III.2.3- structure tertiaire
• organisation dans l’espace des structures secondaires
des protéines : configuration tridimensionnelle
• a une importance capitale pour l’activité biologique
des protéines.
• en effet, des AA très éloignés des uns et des autres
dans la structure primaire peuvent se trouver très
proches et former des régions indispensables au
fonctionnement des protéines (sites actifs des
enzymes)
 Les chaînes latérales polaires sont souvent
groupées en surface alors que les radicaux
hydrophobes sont pour la plupart repoussés vers
l’intérieur. La protéine peut se lier grâce aux
groupements accessibles en surface à d’autres
composés protéiques ou non
Les forces qui stabilisent la structure tertiaire sont
les liaisons hydrogènes, hydrostatiques,
hydrophobes et les ponts disulfures dont les
repliements, les régions coudées correspondent à
des résidus Pro et Gly
 Ces repliements dans l’espace donnent une
forme globuleuse à la protéine , d’où les
protéines globulaires ou sphéroproteiques qui
constituent la plupart des protéines biologiques
actives
 III.2.4- structure quaternaire
Il arrive qu’une protéine seule ne soit pas
fonctionnelle. Il faut que plusieurs molécules
de la même protéine s’associent pour que la
fonction soit assurée. On parle alors de
monomères et l’assemblage de ces sous unités
entre elles constituent la structure quaternaire
d’une protéine
Exemple
- les immunoglobulines
- les protéines globulaires et fibrillaires
- l’hémoglobine : chez l’adulte , elle est
constituée de 2 sous unités d’α globine et de
sous unités de β globine; chaque unité globine
est associée à un groupe hème qui contient un
atome de fer capable , quand il est bien enligné
avec ce groupe de s’associer à l’oxygène
 III.3- propriétés des protéines
III.3.1- solubilité
Elle est très variable et dépend de plusieurs facteurs
• Électrolytes : les sels neutres à faible concentration
ont un effet dissolvant, tandis qu’à forte
concentration ils provoquent la précipitation des
protéines. On peut alors séparer les différentes
classes des protéines en fonction de la
concentration à laquelle elles précipitent
• pH : la solubilité d’une protéine est minimale
au voisinage de son phi. Dans certains cas , on
peut obtenir la cristallisation d’une protéine en
augmentant sa concentration tout en la
maintenant à son phi
• Solvants organiques : l’éthanol, le méthanol et
l’acétone peuvent être utilisés pour faire
précipiter les protéines
 III.3.2- détermination de la masse
moléculaire
Les masses moléculaires peuvent varier de 10 000 à
plus de 1 000 000
On peut déterminer la masse moléculaire par
différents moyens :
- filtration sur gel de dextrane
- ultracentrifugation sédimentation
- électrophorèse
La comparaison à des protéines de référence
permet de savoir leur masse moléculaire
 III.4- classification des protéines

III.4.1- selon la forme des molécules

• Protéines fibreuses ou scléroprotéines
pratiquement insolubles ; fibroïnes de la soie,
collagène du tissu conjonctif transformable par
la chaleur en gélatine
• Protéines globulaires ou sphéroprotéines de
forme généralement sphérique ou ovoïde
 a)-les protéines fibreuses
• Le collagène : le derme de la peau est formé d’un
dense treillis de fibres de collagène
• La kératine : les ongles, la couche cornée de la
peau, la corne des animaux, les cheveux, les poils
et les plumes sont toutes des structures
essentiellement constituées de kératine
• Le cytosquelette : il forme l’armature de la cellule,
il est constitué de 3 types de fibres de protéines :
les microtubules, les microfilaments et les filets
intermédiaires
 b) les protéines globulaires :
• Le lysozyme : formé de zones non
ordonnées, 3 segments d’hélice α et 2
segments de feuillet β

• La myoglobine : formée de 8 segments

d’hélice α séparée par des structures non
ordonnées
 III.4.2- selon la solubilité
• Albumines : solubles dans l’eau distillée
• Globulines : insolubles dans l’eau pure, mais
solubles dans les solutions salines diluées (Nacl
5%); ce sont souvent des glycoprotéines ou des
lipoprotéines
• Protamines et histones : de taille petite (plutôt
polypeptides que protéines), ils sont solubles et
très basiques à phi élevé
• Globines : solubles dans l’eau
 III.4.3- selon la composition
• Holoprotéines : ne sont constituées que
d’acides aminés.
• Hétéroprotéines : elles comportent une ou
plusieurs chaînes peptidiques associées
(homoprotéines) liées par covalence à un
groupement prosthétique de nature non
protidique. La nature de ce groupement est
extrêmement variée.
- glucides : glycoprotéines

- lipides : lipoprotéines

- phosphate : phosphoprotéines

- ions métalliques : chromoprotéines

( hémoglobine, cytochrome)
 IV- SYNTHESE DES PROTEINES
IV.1-ADN support de l’information génétique
La molécule d’ADN est composée de 2 brins formant
une structure de double hélice. Chacun des 2 brins
d’ADN est une séquence de bases. Les bases différentes
sont utilisées dans un brin d’ADN : Adénine (A),
Thymine (T), Cytosine ( C) et Guanine (G)
Ces 2 brins d’ADN sont complémentaires, c’est-à-dire
que les bases de chaque brin sont face à face suivant le
schéma suivant
 - brin 1 : A T C G
- brin 2 : T A G C

Sur les 2 brins d’ADN, un seul code

l’information génétique
Le brin complémentaire n’est là que pour
assurer la stabilité dans le temps de la
molécule d’ADN
 IV.2- synthèse d’une protéine
La synthèse d’une protéine à partir de
l’information contenue dans l’ADN se
déroule en 2 étapes :
- la transcription de l’ADN en ARNm au
niveau du noyau. Elle est réalisée grâce à
l’ARN polymérase
- la traduction de l’ARN messager en une
protéine grâce au code génétique
 IV.2.1- l’ARN messager
- la molécule d’ARN messager est une
séquence de bases. Les bases différentes sont
utilisées dans une molécule d’ARN messager
Adénine (A), Uracile (U), Cytosine (C), Guanine
(G)
- la première étape de la synthèse des protéines
est la transcription du brin codant de l’ADN en
ARN messager
- le brin d’ADN transcrit et le brin d’ARN
messager créé sont aussi complémentaires

ADN transcrit : A T C G

ARNm créé :U A G C
 IV.2.2- synthèse d’une protéine
La seconde étape de la synthèse d’une protéine est
la traduction de l’ARN messager en une séquence
d’acides aminés représentant une protéine
Autrement dit , il faut donner une signification à
une suite de bases; en associant à un triplet de
bases ou codon un acide aminé, il devient possible
de traduire une molécule d’ARN messager en une
séquence d’acides aminés c’est-à-dire une protéine
La traduction a lieu au niveau des ribosomes par
des ARNt chargés avec les AA correspondants.
La fixation des ARNt se fait par reconnaissance
moléculaire entre le triplet de nucléotides de
l’ARNm (codon) et le triplet de l’ARNt (anti-
codon).
On peut distinguer 3 étapes successives :
- l’initiation
- l’élongation
- la terminaison
 IV.2.3- exemple
L’illustration suivante montre les 2 brins d’une
molécule d’ADN; ces derniers sont
complémentaires
Le brin codant est situé en bas
Le brin codant de la molécule d’ADN est alors
transcrit en ARN messager
Enfin, la molécule d’ARN messager peut être
traduite en une séquence d ’acides aminés à l’aide
du code génétique suivant
 A-U-G donne la méthionine, puis C-G-U
donne l’arginine, G-C-U l’alanine, etc.… et U-
A-A le codon stop
Cette séquence d’acides aminés forme la
protéine qu’il fallait synthétiser
brin non codant AT G C G T G C T TAA
Brin codant TA C G C A C G AAT T

TRANSCRIPTION

ARN messager A U G C G U G C U U AA

TRADUCTION
Protéine Met – Arg – Ala - Stop
 IV.3- synthèse des protéines
Dans la réalité, un brin d’ADN est très long et contient
de l’information pour synthétiser un grand nombre de
protéines
Une partie du brin codant de l’ADN correspondant à
une (et une seule) protéine est appelée un gène, le
brin codant d’ADN est donc une juxtaposition de
gènes
Afin de pouvoir distinguer les différents gènes
présents, ceux- ci sont séparés par des indicateurs
« stop »; les stops font partie du code génétique
Comme les protéines sont générées à partir d’une
molécule d’ARN, il est commode de définir un
gène comme étant une partie d’une molécule
d’ARN située :
- soit entre le début de la molécule et un stop
- soit entre deux stops
Ceux-ci expliquent pourquoi sur l’exemple
précédent, la synthèse est arrêtée au bout de trois
acides aminés : la suite de l’ARN messager U-A-
A, est un marqueur stop
 V- MODIFICATIONS POST-
TRADUCTIONNELLES

V.1- Généralités
Les protéines subissent d’abondantes
modifications covalentes pendant et après leur
synthèse. Celles-ci vont de la simple
protéolyse contrôlée à l’ajout covalent de
groupements énormes
Ces modifications peuvent servir
- à la régulation de l’activité des protéines
 - à leur étiquetage pour qu’elles soient
reconnus par des partenaires métaboliques ou
par des systèmes de dégradation
- à les ancrer dans une membrane
- à les faire participer à des cascades de
signalisation
- à leur adressage pour qu’elles se rendent au
bon endroit dans la cellule
- à définir une identité immunologique
Les modifications post-traductionnelles qu’on
peut rencontrer dans une protéine sont :

- ajout ou retrait de groupements divers

- acylation ou ajout d’acides gras divers
- ajout de glucides simples ou complexes
- ajout de polypeptides
 V.2- ajout ou retrait de petits
groupements divers
V.2.1- acétylation (ajout d’un groupement acétyl –
CH3-CO)
- dirigée par des enzymes : les acétyltransférases
- réversible par un autre type d’enzymes, les
déacétylases
- elle se produit sur un groupement aminé qui peut
se trouver soit à l’extrémité N-terminal d’une
protéine ou à l’extrémité de la chaîne latérale d’une
lysine
 V.2.2- carboxylation
C’est l’ajout d’un groupement –COOH
- elle peut se produire sur une lysine, sur un
acide aspartique (facteur IX de la coagulation)
ou sur un acide glutamique. Cette dernière
réaction qui donne de l’acide – g-
carboxyglutamique se produit dans de
nombreuses protéines impliquées dans la
coagulation sanguine (II, VII, IX, X), les autres
protéines (protéines anticoagulantes C,S et Z),
certaines protéines ribosomiques
V.2.3- hydroxylation (ajout d’un groupement
–OH)
On retrouve plusieurs résidus hydroxylés :
lysine, proline, acide aspartique, tyrosine
L’hydroxylation de la lysine et de la proline
est particulièrement importante parce que
ces résidus modifiés comptent pour une
grande part dans la stabilité du collagène
(protéine essentielle du collagène)
 V.2.4- phosphorylation
C’est l’ajout du groupement phosphate
H3PO4
- la modification est réversible, ce qui permet
d’activer ou d’inactiver les voies de
signalisation au besoin
- la déphosphorylation est assurée par des
phosphatases
- elle se produit surtout sur une tyrosine, une
sérine, une thréonine
 V.3- ajout d’acides gras ou de composés
hydrophobiques

Qu’il s’agisse d’une chaîne organique,

hydrophobique, d’un acide gras simple ou
d’un complexe glycophosphatidyl inositol,
on retrouve de nombreux « ancres » qui
permettent à des protéines de rester attachées
aux membranes biologiques
→ important pour l ’adressage des protéines à
la membrane des cellules
 Il peut s’agir de :
• Myristoylation: liaison d’un lipide avec la
glycine.
• Palmitoylation: liaison d’un lipide avec
n’importe quelle cystine de la protéine.
• Farnésylation = prénylation: liaison d’un lipide
avec une cystine en C-terminale.
• Glypiation: liaison d’un GPI (Glycosyl
Phosphatidyl Inositol) avec n’importe quel
acide aminé.
V.4- ajout de glucides simples ou complexes

Glycosylation en N et en O
- les glycoprotéines sont composées de protéines
liées de façon covalente à des sucres , qui
peuvent contribuer à leur stabilité, leur
adressage, leur solubilité, ou faciliter l’adoption
d’une structure
- les chaînes glucidiques de glycoprotéines sont
dites liées en N ou en O selon leur site d’ancrage
• Liées en O : les sucres sont ancrés sur
l’oxygène du groupement hydroxyle de la
sérine, thréonine, hydroxylysine (collagène);
le sucre accroché à l’hydroxyle de la sérine
ou la thréonine est le N acétyl galactosamine
• Liées en N : les sucres sont ancrés sur l’azote
du groupement aminé de l ’asparagine; le
sucre qui contacte l’asparagine est le N acétyl
glucosamine
Les structures liées en N ou en O sont très
différentes. Les chaînes liées en O sont plus
courtes et plus variables que celles en N et
ne contiennent la plupart du temps qu’un ,
deux, ou trois résidus glucidiques
Les chaînes en N peuvent former de
véritables arborisations
• Rôle de la glycosylation

- Reconnaissance et adhésion cellulaire

- Contrôle du repliement des protéines
- Modulation métabolique d’enzymes
- Transport et adressage des protéines
- Rôle structural
• Conséquences analytiques de la glycosylation
- Modifie la masse apparente de la protéine
- Parfois plusieurs variantes de la glycosylation
→ plusieurs spots / bandes
- Parfois change le phi (si acide sialique)
- Moins bonne focalisation
→ parfois traitement par des N- glycosidases et
O- glycosidases
V.5- ajout de polypeptides : ubiquitination

L’ubiquitine est une protéine de 76 acides

aminés extrêmement conservées dans le
monde vivant. Son rôle principal consiste à
marquer une protéine pour la dégradation
par le protéasome 26 S
• Fixation covalente d’ubiquitine , petite protéine
de 76 AA uniquement eucaryote très conservée
• Fixation par la lysine C-terminale aux NH2 des
lysines des protéines
• Par action d’un complexe enzymatique composé
de 3 enzymes
• Permet la destruction des protéines par la
protéasome
• Rôle dans le cycle cellulaire, la réparation de
l’ADN, l’embryogenèse, la régulation de la
transcription, l’apoptose