TUTORAT PASS

Université Paris Cité

*

UE 2
BIOCHIMIE
FICHE DE COURS 2
Acides aminés - Peptides

ASSOCIATION POUR L'ACCÈS SANTÉ UNIVERSITÉ PARIS CITÉ

A2SUP

Bureau T203 – 45 rue des Saints-Pères, 75006 Paris

Bureau TP15 – 4 avenue de l’Observatoire, 75006 Paris
Bureau 101 – 15 rue de l’École de Médecine, 75006 Paris

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 Acides Aminés - Peptides

PLAN :

I - Acides Aminés

A – Définitions

1) Structure commune et acides aminés communs

2) Acides aminés spécifiques

B - Propriétés physico-chimiques

1) Masse Moléculaire
2) Stéréochimie, chiralité
3) Propriétés acido-basiques
4) Propriétés spectrales
5) Propriété d'hydrophobicité

C - Réactivités chimiques

II - Les Peptides

A - Nomenclature des peptides

1) Définition
2) Liaison peptidique

B - Propriétés physico-chimiques

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 I - Acides Aminés

A - Définitions

1) Structure commune et acides aminés communs

Les acides α-aminés, ou acides aminés (AA), sont des monomères (molécules non
hydrolysables) qui forment les protéines. Les protéines sont donc des polymères d’acides
aminés (AA). Petite métaphore : si on a un collier : les perles sont les acides aminés et les
protéines le collier ;).
Les AA possèdent un motif structural commun sur lequel on va ajouter un radical :

● Un carbone α asymétrique en position centrale (sauf chez la glycine,ou le carbone n’est

pas asymétrique car le radical est un hydrogène, il s’agit aussi du plus petit AA)
● Une fonction carboxylique COOH
● Une fonction amine NH2
● Un atome d’hydrogène H
● Une chaîne latérale ou radical R variable en fonction de l’AA

Rappel : un carbone asymétrique est un carbone portant quatre substituants différents

Remarque : le premier carbone, en nomenclature chiffrée, est le carbone du groupement

COOH, et non le carbone α.
En suivant l’alphabet grec, le premier carbone est le carbone asymétrique (α) et les carbones
suivants (s’il y en a) dans la chaîne latérale R porteront comme nom β, γ, δ, ε, etc.

Exemple de la lysine :

nomenclature en alphabet grec nomenclature chiffrée :

Il en existe plusieurs centaines de différents mais seulement 21 acides aminés sont retrouvés
dans les protéines. Ils s’associent entre eux via une liaison peptidique pour former une
protéine.

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Voici un tableau de classification des acides aminés très important à connaître :
A la fin vous trouverez un tableau avec toutes les notations à savoir +++ !

à chaîne aliphatique glycine , alanine, valine,

acides aminés APOLAIRES (chaîne hydrocarbonée non leucine, isoleucine,
(ils ne sont pas chargés) aromatique) méthionine, proline

phénylalanine, tryptophane
à chaîne aromatique

à fonction alcool sérine, thréonine, tyrosine

acides aminés POLAIRES
NEUTRES (ils sont chargés à fonction soufrée cystéine
mais les charges se
compensent) à fonction amide glutamine, asparagine

à fonction acide acide glutamique, acide

acides aminés POLAIRES aspartique
IONISABLES
à fonction basique histidine, lysine, arginine

Les acides aminés soulignés sont essentiels. Ils ne sont pas synthétisés par l’homme (ou trop
faible quantité ), un apport exogène est nécessaire. (voir partie B - Acides aminés
spécifiques)

Voici maintenant une description plus précise des différents acides aminés dont il faut connaître
les spécificités pour l’examen :

● Acides aminés APOLAIRES à chaîne aliphatique :

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5
 ● Acides aminés APOLAIRES à chaîne aromatique :

Ce sont les acides aminés avec le plus grand encombrement stérique. Avec la tyrosine, ces
2 AA possèdent des cycles aromatiques avec des électrons capables d’absorber fortement dans
l’ultraviolet ce qui permet le dosage des protéines en solution. La phénylalanine et la tyrosine
possèdent un cycle phényl et le tryptophane un groupe indole.

Remarque : vous reverrez la notion de cycle aromatique en chimie :).

● Acides aminés POLAIRES NEUTRES à fonction alcool

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Ces 3 AA peuvent être phosphorylés : fixation d’un groupement phosphate. C’est l’un des
modes de régulation des fonctions des protéines les plus fréquents !

● Acides aminés à fonction POLAIRE NEUTRE à fonction soufrée

La formation d’un pont disulfure aboutit à la formation d’une cystine. Les cystines sont
présentes dans de nombreux peptides et protéines (INTRA ou INTER-caténaire : insuline,
immunoglobuline, récepteurs à l’insuline, à l’acétylcholine, récepteur des cellules T…).

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 ● Acides aminés POLAIRES NEUTRES à fonction amide:

Dans les glycoprotéines, les oses se fixent sur l’atome d’azote de la fonction amide de la chaîne
latérale de l’asparagine c’est la N-GLYCOSYLATION.

● Acides aminés POLAIRES IONISABLES à fonction acide (chargé

NÉGATIVEMENT)

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 ● Acides aminés POLAIRES IONISABLES à fonction basique (chargé
POSITIVEMENT)

Remarque : L’histidine présente un certain caractère aromatique.

2) Acides aminés spécifiques

Deux AA « rares »
● Sélénocystéine : On la retrouve souvent dans les protéines impliquées dans les
réactions d’oxydo-réduction. Elle est codée par un codon stop (AUG) par un mécanisme
particulier.
● Pyrrolysine : Elle est présente uniquement chez certains procaryotes.

Les AA « non-standard »

● Ils ne participent pas à la formation des protéines mais jouent un rôle biologique :
neurotransmetteurs, médiateurs de réactions allergiques, précurseurs d’hormones
(plus couramment appelés amino-acides pour les différencier des AA constitutifs
des protéines) ...
● AA du métabolisme intermédiaire, ex : ornithine, citrulline
● Acides aminés ayant subi des modifications chimiques ; ex : hydroxyproline

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 Les AA « essentiels »

● Certains sont appelés comme cela car ils ne peuvent pas être synthétisés par l’organisme
et doivent donc être apportés par l’alimentation.
● Il s’agit de : leucine, thréonine, lysine, tryptophane, phénylalanine, valine, méthionine,
isoleucine
● MNÉMO : “Le (Leucine) Très (thréonine) Lyrique (lysine) Tristan (tryptophane) fait
(phénylalanine) vachement (valine) méditer (méthionine) Iseult (isoleucine)."

Les AA « semi-essentiels »

● Ils sont appelés comme cela car ils sont essentiels seulement pendant une période de la
vie (chez le nourrisson)
● Il s’agit de : histidine, arginine

Remarque : il existe une grande diversité d’acides aminés, mais seuls les 20 acides aminés
constitutifs des protéines sont à connaître.

B - Propriétés physico-chimiques

1) Masse Moléculaire

La masse moléculaire moyenne d’un AA est d’environ 100 à 110 Da (dalton). Le plus léger
est la glycine et le plus lourd est le tryptophane.

Un résidu d’AA est la structure de l’AA que l’on retrouve dans les chaînes peptidiques. Il
n’existe pas à l'état libre.

2) Stéréochimie, chiralité

Le carbone α est asymétrique, c’est un centre chiral (c’est-à-dire non superposable à

son image dans un miroir, mais vous reverrez cette notion en chimie). Ainsi, la grande majorité
des acides aminés (19 sur les 20) sont des composés optiquement actifs, sauf la glycine (dont
le carbone α n’est pas asymétrique).
Ce carbone peut prendre deux configurations spatiales qui définissent la série de l’acide aminé.
Les AA de série L ont leur fonction amine à gauche du Cα en écriture de Fisher, les AA de
série D ont leur fonction amine à droite.
Les AA qui constituent les protéines eucaryotes sont de série L (série naturelle chez les
eucaryotes).

Remarque : Tout cela sera expliqué en cours de stéréochimie ! Vous pourrez relire cette partie
après avoir compris ce cours :).

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Voici un exemple avec la thréonine :

Mnémo : pour connaître la série d’un acide aminé, en représentation de Fischer, tourner dans
le sens des aiguilles d’une montre ; si l’AA est de série L, on doit lire “CORN” (CO pour le
COO-, R pour la chaîne latérale et N pour le NH.).

3) Propriétés acido-basiques

Le pH physiologique est de 7,4

● La fonction acide carboxylique (COOH/COO-) est un acide faible (pKa ≈ 2). A pH
physiologique : elle perd son proton et est chargée négativement (COO-)
● La fonction amine (NH3+/NH2) est une base faible (pKa ≈ 9). A pH physiologique
: elle garde son proton et est chargée positivement (NH3+)

Donc en milieu physiologique les deux groupements sont tous les deux ionisés.

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Un AA est un ampholyte (à la fois une base et un acide) et un zwitterion (il porte 2 charges
opposées avec une charge globale neutre).
/!\ Certains AAs possèdent aussi une fonction d’acide faible ou de base faible dans leur
chaîne latérale. Ils ont alors un pKR (le pKa de la chaîne latérale). Ces fonctions sont chargées,
ces AA ne sont donc pas des zwitterion à pH 7,4.

Rappel de chimie : Le pka est le pH auquel on retrouve la moitié du composé sous forme
protonée (acide) et la moitié du composé sous forme déprotonée (basique).

Le pH pour lequel la charge électrique nette d’une molécule est nulle est appelée point
isoélectrique (pI). Le pH auquel l’AA est sous forme zwitterionique correspond donc au pI.
Pour calculer le pI on emploi les formules suivantes :

AA à chaîne latérale non ionisable AA à chaîne latérale ionisable

AA basiques : pI = ½ (pK2 + pKR)

pI = ½ (pK1 + pK2) AA acides : pI = ½ (pK1 + pKR)
Cas de l'histidine : pI = ½ (pK2 + pKR)

Dans une zone de pH physiologique, les groupes acides carboxylique et amine sont, tous deux,
complètement ionisés (la molécule est sous forme zwitterionique).

pH milieu > pI → AA chargé négativement

pH milieu < pI → AA chargé positivement

Remarque : On peut utiliser ces caractéristiques pour faire un titrage acido-basique ; chaque
point d’inflexion de la courbe de titrage correspond à un pKa.

Zwitterion en milieu acide : Avec l’ajout Zwitterion en milieu basique : le

d’un acide plus fort que le HCl, le groupement NH3+ donne son H+ et la
groupement COO- acquiert un H+ et la charge globale de l’AA devient négative.
charge globale de l’AA devient positive.

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Finalement :

Le pH auquel l’AA est neutre est son point isoélectrique = pI.

Chaque AA possède son propre pI :

● AA basiques → pI élevé (ex : la lysine a un pI de 9,47)

● AA acide → pI bas (ex : l’acide aspartique a un pI de 2,98)

4) Propriétés spectrales

Elles permettent, en fonction de la densité optique dans le domaine UV, de savoir si la protéine
contient :
● du tryptophane ou de la tyrosine à 280 nm environ
● de la phénylalanine à 260 nm environ

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 5) Propriété d'hydrophobicité

Ce graphique montre les affinités qu’ont les différents AA avec l’eau.

Dans la partie gauche, on a des acides aminés qui seront plus aptes à se mélanger à l’eau.
Tout est écrit avec la notation par lettre. On a tout à gauche la glutamine par exemple. Plus on
avance vers la droite, plus les AA sont hydrophobes comme le tryptophane tout à gauche.

C - Réactivités chimiques

● Réaction avec des groupements amines ou NH3+, soit pour les groupements α-amino-
terminal ou la chaîne latérale de la lysine (qui possède un petit groupement NH3+ en
plus) :

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 ● Destruction des ponts disulfures :

Sur cette image on vous montre comment couper un pont disulfure (donc 2 cystéines ensemble)
donc on utilise soit le Dithiothréitol (ou DTT) qui va détruire les ponts disulfures. Cette
technique est très utilisée dans les figures que vous aurez à étudier.

La 2ème méthode abordée ici est l’oxydation par l’acide performique pour enlever les ponts
disulfures d’une autre manière.

● Chaînes latérales et réactions

Voici différentes réactions que peuvent subir les chaînes latérales des certains acides aminés.

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 II - Les Peptides
A - Nomenclature des peptides

1) Définition

Les acides aminés se polymérisent par création d’une liaison peptidique et permet d’obtenir
un peptide.
Le nombre d’acides aminés dans un peptide détermine la nomenclature utilisée. Ainsi, si l'on
a 2 ou 3 acides aminés liés entre eux, on aura un di ou tripeptide.
Au-delà d'une cinquantaine d'acides aminés, on parle de protéine. En deçà, il s'agit d'un
polypeptide.
Cette nomenclature n'est pas stricte, le terme polypeptide est souvent utilisé pour des protéines
de plus de 50 acides aminés.

2) Liaison peptidique

La liaison peptidique est une liaison covalente qui se forme par condensation du groupe α-
carboxyle d’un acide aminé avec le groupe α-aminé d’un autre acide aminé et l’élimination
d’une molécule d’eau.

La liaison peptidique n’est ni une liaison simple ni une liaison double. Il s’agit d’un hybride
de résonance entre deux formes extrêmes, un intermédiaire entre la liaison simple et double.
Dans la première forme, l’azote de l’amine possède une paire d’électrons non partagés, il est
donc fortement réactif. Cela peut conduire à la formation de la deuxième forme extrême. En
réalité, les électrons se répartissent entre le O, le N et le C (orbitale pi).

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Par conséquent, la liaison possède des propriétés chimiques qui lui sont propres :

La liaison peptidique présente certaines caractéristiques d’une double liaison, elle est Plane,
Rigide et Polaire.
Les atomes Cα, C, le O du résidu n et les atomes N, H et Cα du résidu n+1 définissent un plan
peptidique.

Ainsi, il n’y a pas de libre rotation autour de l’axe C-N et les atomes cités sont dits coplanaires
(dans le même plan que le Cα).

Remarque : La distance C-N est plus courte que la distance C-C.

Les angles entre les atomes sont une autre caractéristique de la liaison peptidique :
Au sein d’une protéine, les chaînes latérales R des différents AAs sont agencées de part et
d’autre des plans peptidiques. Selon la structure et l’encombrement stérique des chaînes
latérales, les plans peptidiques vont prendre des orientations spécifiques.
Des rotations sont théoriquement possibles au niveau de 3 liaisons :
C-Cα (angle ψ) ; N-Cα (angle Φ) ; C-N (angle Ω)

Étant donné le caractère de double liaison de la liaison C-N (mésomérie), la rotation autour
de cette dernière (angle Ω) n’est pas possible. Une liaison double empêche toute rotation.
Cependant, on observe deux conformations : Ω=0° (conformation cis) Ω=180° (conformation
trans).

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La conformation trans est largement prépondérante pour des raisons de contraintes stériques,
les deux chaînes latérales ne sont pas dans le même plan (les deux « grands » groupes ne sont
pas « du même côté » de la liaison).
Les angles Φ et ψ ne peuvent prendre qu’un nombre de valeurs limité pour chaque AA, en
raison de l’encombrement stérique. L’angle pris aura une incidence sur la structure secondaire
(voir diagramme de Ramachandran).

B - Propriétés physico-chimiques

● Molécules chargées avec caractère amphotère (peut être à la fois un acide et une
base)
● Possèdent un pI
● Absorbent dans l’UV entre 180 et 230 nm caractéristique de la liaison peptidique en
relation avec son caractère de double liaison
● Réaction du Biuret : CuSO4 en milieu alcalin donne un complexe violet avec les AA
libres (longueur d’onde 535 nm)

Quelques exemples d’intérêt sont donnés dans votre cours pour illustrer la diversité des
peptides biologiques ; vous êtes encouragés à en prendre connaissance dans votre polycopié
de cours. Notez notamment qu’une modification de structure secondaire ou tertiaire peut
entraîner un changement majeur de fonction.

Pour aller plus loin :

N’hésitez pas à vous entraîner avec les QCM sur la plateforme A2Practice.
Voir outil pédagogique pour plus de supports.

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Questions de compréhension :

1) Quels sont les acides aminés hydrophobes ? Quelle est leur classification ?
2) Quels acides aminés sont basiques ? Acides ?
3) Quels acides aminés peuvent établir des interactions ioniques à pH physiologique ?
4) Quels sont les AA phosphorylables ?
5) De quoi dépend l’encombrement stérique d’un AA ?
6) Concernant la lysine, on donne :
pKa1 = 2,2 ; pKa2 = 9,0 et pKr = 10,5
avec pKa1 est le pKa de la fonction COOH, pKa2 celui de NH2 et pKr le pKa de sa
chaîne latérale.
Quel est le pI de la lysine ? Est-elle chargée positivement ou négativement au pH
physiologique ?

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Correction questions de compréhension :

1) Quels sont les acides aminés hydrophobes ? Quelle est leur classification ?

A chaîne aliphatique A chaîne aromatique

Glycine, Alanine, Valine, Phenylalanine, Tryptophane
Isoleucine, Leucine,
Methionine, Proline

2) Quels acides aminés sont basiques ? Acides ?

Basiques Acides
Arginine, Lysine, Histidine Acide aspartique, acide
Glutamique

3) Quels acides aminés peuvent établir des interactions ioniques à pH physiologique ?

Les acides aminés polaires ionisables à fonction acide ou basique.
4) Quels sont les AA phosphorylables ?
Les acides aminés à fonction alcool sont la sérine, la thréonine et la tyrosine.
5) De quoi dépend l’encombrement stérique d’un AA ?
L’encombrement stérique dépend de la chaîne latérale.
6) Concernant la lysine, on donne :
pKa1 = 2,2 ; pKa2 = 9,0 et pKr = 10,5
avec pKa1 est le pKa de la fonction COOH, pKa2 celui de NH2 et pKr le pKa de sa chaîne
latérale.
Quel est le pI de la lysine ? Est-elle chargée positivement ou négativement au pH
physiologique ?
La lysine est un acide aminé basique. La formule du pI d’un AA basique est pI = 1⁄2 (pK2 +
pKR).
Application numérique :
pI = ½ (pK2 + pKR)
pI = ½ ( 9,0 + 10,5)
pI = 9,75
pI > pH physiologique, la lysine est donc protonée et est donc chargée positivement.

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 NOTATION DES ACIDES AMINÉS
(n’est pas à connaître mais à force de les voir tu vas les connaître)
Les notations de la feuille suivante sont utilisées ++ dans les figures et pour écrire, lire les
séquences protéiques. (Tu peux détacher cette feuille pour la mettre ou tu veux : voir des
infos fréquemment ça les fait rentrer plus facilement hehe ;))

GLYCINE Gly G

ALANINE Ala A

VALINE Val V

LEUCINE Leu L

ISOLEUCINE Ileu I

METHIONINE Met M

PROLINE Pro P

SERINE Ser S

THREONINE Thr T

TYROSINE Tyr Y

CYSTEINE Cys C

GLUTAMINE Gln Q

ASPARAGINE Asn N

ACIDE GLUTAMIQUE Glu E

ACIDE ASPARTIQUE Asp D

PHENYLALANINE Phe F

TRYPTOPHANE Trp W

HISTIDINE His H

LYSINE Lys K

ARGININE Arg R

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20
 Cette fiche de cours a été réalisé par :

Rédacteurs : Auriane Coffin (RM EB Biochimie 2021-2022, DFGSM3), Louison Durand

(DFGSM2), Yanis Korchi ( DFGSM2), Maragadhame Vassoudevane (DFGSM2)
Un grand merci aux rédacteurs de la fiche de l’année dernière qui nous a servi de base pour
élaborer celui de cette année.

Relecteurs :  Yanis Korchi (DFGSM2), Rose-Rebecca Nassar (DFGSM2), Thomas

Vernimmen (DFGSM2) 

Un grand merci aux VP Tuto PASS :

Jenifer Eid (DFGSM2) et Solange Pierrot Deseilligny (DFGSM2)

Et enfin un immense merci aux tuteurs et tutrices de la team Cathécolateam

Ce support est proposé en collaboration avec l'équipe 

pédagogique de l'université

Sous la coordination de Yanis Korchi (RM GT Biochimie 2022-2023, DFGSM2),

Rose-Rebecca Nassar (RM LAS Biochimie 2022-2023, DFGSM2)
et Thomas Vernimmen (RM EB Biochimie 2022-2023, DFGSM2)

L’A2SUP répond à toutes vos questions sur le forum : http://forum.a2sup.fr

/!\ Les bases du forum /!\

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