MODULE DE CHIMIE –BIOCHIMIE

Cours de Biochimie Structurale

LES PROTÉINES

Pr Aissam EL MAATAOUI
1
2
 Objectifs
• Expliquer et illustrer les structures, primaire, secondaire, tertiaire
et quaternaires des protéines.

• Décrire la nature et la force relative des forces qui stabilisent chaque

ordre de structure protéique.

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 PLAN
1.INTRODUCTION
2. LA LIAISON PEPTIDIQUE
3- PEPTIDES
4. PROTEINES
4. DENATURATION DES PROTEINES
5. RELATION STRUCTURE FONCTION

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 1.Introduction (1)
 Synthèse à partir de 20 acides aminés (AA).
 Séquences d ’AA reliés par des liaisons peptidiques .
 Contrôle génétique de chaque séquence spécifique.
 Azote = N est leur constituant caractéristique.
 Renouvellement perpétuel « turnover protéique ».
 Grande quantité (10 000 protéines chez un eucaryote).
 Grande diversité de taille, de structure.
 Le nombre de combinaison est illimitée

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 1.Introduction (2)
Diversité des fonctions
 Structure (collagène, kératine).
 Enzymatiques (quasi-totalité).
 Hormonales et neuromédiatrices.
 Motrices (Actine, Myosine).
 Transport (Albumine).
 Transduction (Récepteurs, Prot G).

 Immunité (Cytokines).

 Régulation de l ’expression du génome (Facteur de transcription)

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 Les protéines le pouvoir
exécutif

L’ADN détient le
pouvoir législatif

7
 1.La liaison peptidique
Formation d’une liaison covalente entre le COOH d’1 AA et le
NH2 d’un autre AA par perte d’une molécule d’eau :

8
 2-CARACTERISTIQUES DE LIAISON PEPTIDIQUE
 est un « hybride de résonance » entre les deux
formes extrêmes

Forme hybride
Les électrons partagés entre les atomes O, C et N
et sont distribués sur une orbitale moléculaire p qui
recouvre les 3 atomes
En conséquence, la liaison peptidique
possède3 propriétés fondamentales :
plane rigide polaire9
Nature partiellement double à cause d’une
délocalisation des électrons de valence créant une
mésomérie
10
Première forme extrême Seconde forme extrême
C O = double liaison C O = simple liaison
C N = simple liaison C N = double liaison
Sur N de l’amide une paire Sur O de l’acide une paire
d’électrons non partagés d’électrons non partagés

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La liaison peptidique présente des dimensions pratiquement
fixes

Ca 1,0 A

1,52 A 1,33 A

1,45 A
Ca
1,23 A

carbone oxygène Chaîne latérale

azote hydrogène
12
Il existe cependant 3 angles qui peuvent prendre des valeurs
variables : F , Y

115,6°
Y
Ca
121,1° F
123,2° 119,5°
118,2°

Ca
121,9°

(psi) Y F (phi)
13
deux Angles de rotation : F , Y

 Les liaisons dont l’orientation reste libre sont celles

qui entourent chacun des carbones asymétriques

-l’angle de rotation = f.
- La liberté de rotation de l ’angle F (phi) autour de la
liaison entre le Ca et l ’azote amidique .

- l’angle de rotation = y
La liberté de rotation de l ’angle Y (psi) autour de la liaison
entre le Ca et le groupe carbonyle

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 Le plan rigide de la structure de la liaison peptidique
interdit la rotation des atomes
On définit W, angle de torsion autour de la liaison C-N.
Cet angle ne peut prendre que 2 valeurs

Vers le
C-terminal

Vers le
N-terminal
Vers le
N-terminal

Vers le
C-terminal

W = 0° CIS W = 180° TRANS

configuration TRANS, plus stable 15

 3- PEPTIDES

 Connaitre la définition d’un peptide

 Énumérer quelques exemples de peptides

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 3- PEPTIDES

 Peptide = Molécule comprenant (2-99) résidus

AA reliés par la liaison peptidique

 oligopeptides : entre 2 à 10 résidus AA

 polypeptides : nombre résidus aa de 10 - 100

 Protéines : à partir de 100 résidus AA

17
18
 Dans chaînes peptidiques :2 types de liberté de rotation qui
permettent de modifier la conformation spatiale

N-terminal C-terminal

Ca

La liberté de rotation de l ’angle F (phi)

La liberté de rotation de l ’angle Y (psi) 19
 Les chaînes polypeptidiques

N-terminal C-terminal

 Nombre variable de résidus aa

 Structure spatiale spécifique

Commence par : extrémité N-terminale à gauche

Se termine par extrémité C-terminale, à droite 20

 EXEMPLES DE PEPTIDES

le glutathion (GSH) =
tripeptide

 Propriétés oxydoréductrices est un puissant anti-oxydant

 Globules rouges, il empêche l’hémoglobine d’être

oxydée en méthémoglobine.

 Usages thérapeutiques et nutritionnels :

complément alimentaire 21
Vasopressine = hormone peptidique post-hypophysaire
 9 résidus aa
22
La pénicilline est un tripeptide produit par un
Champignon Penicillium chrysogenum.
Premier antibiotique naturel découvert

23
Hormone peptidique : hyperglycémiante
 chaîne 29 résidus aa

24
Hormone peptidique : Chaîne A = 21 et Chaîne B= 30
résidus d'acides aminés

 Hormone hypoglycémiante
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 4. PROTEINES

 Connaitre les différentes structures des

protéines.

 Étudier quelques protéines caractéristiques.

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 JE SAIS DÉFINIR

 Structure primaires, secondaires, tertiaires et quaternaires.

 Protéines

 Liaisons peptidiques

 Hélice alpha

 Feuillet béta

 Coude

 Sous unité
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 Dénaturation protéique
 4. PROTEINES

Les protéines : premières actrices du

monde vivant

 « Protéine » vient de (proteion) = qui occupe le premier

rang.

 Il n ’existe pratiquement pas de processus biologique non

régi par une/des protéine(s).

 Comprendre le fonctionnement d ’une protéine, c ’est donc

comprendre in fine « la logique du vivant »
28
 4.1.Classification
Rôle biologique
Créer et maintenir Transformer
Les enzymes
une structure
P. cytosquelette
P. tissus soutien Bouger-se déplacer
P.motrice
Reconnaître et P.mouvements
intracellulaires
se défendre
Immunoglobulines

Transporter Informer-signaler
petites
Les récepteurs
Molécules ex O2
& Hormones
trans-membranaires 29
 Composition

 Holoprotéines,
 Hétéroprotéines
Glycoprotéines, lipoprotéines, nucléoprotéines.
Métalloprotéines…
Forme globale
 globulaires,
 fibreuses
30
 4.2. STRUCTUE DES PROTEINES
L’architecture des protéines comporte 4 types de structures :

Primaire

 Primaire,
Secondaire
 Secondaire,
Tertiaire
 Tertiaire,
 Quaternaire. Quaternaire
31
 4.2. STRUCTUE DES PROTEINES
a - Structure primaire

 Séquence des acides aminés

 Déterminée par les gènes.

 Définie par les liaisons covalentes : peptidique et ponts
disulfures présents dans la protéine

 Commence par l’extrémité N-terminale, à gauche)

 Se termine par l’extrémité C-terminale, à droite.)

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 4.2. STRUCTUE DES PROTEINES
b- Structure secondaire
2 types de structures régulières et repetitives :

 hélice a est stabilisée par des liaisons hydrogène intra-

chaîne.

 feuillets b Stabilisées par Les liaisons hydrogènes inter-

chaînes

 boucles et coudes sont des structures non régulières,

non répétitives permettant des connections entre les
structures secondaires 33
 hélice alpha
hélice hélice C-term.
C-O pointent gauche droite
vers le haut C-term.

N-H pointent
vers le bas

Liaison
hydrogène

1 tour =
3,6 résidus
Pas ou Pitch 5,41 A
R4
Liaison N-term.
Hydrogène
R1R4
R1
R2

34
N-term.
 Feuillets plissés béta

CN CN
(brin 1) (brin 1)

NC CN
(brin 2) (brin 2)

CN CN
(brin 3) (brin 3)

feuillet bêta parallèle

feuillet bêta anti-parallèle 3,4 A vu de dessus
vu de dessus

feuillet bêta anti-parallèle feuillet bêta parallèle 35

vu de côté vu de côté
36
37
 Boucles et coudes

Structures (souvent) non régulières, non répétitives permettant des

connections entre les structures secondaires :

- Brins polypeptidiques des feuillets plissés β

- Hélices α et brins de feuillets β Longueurs différentes et formes
irrégulières

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 Boucles et coudes
Les tours (Coudes)

C'est la structure qui connecte deux brins β antiparallèles. Les tours sont
généralement courts : 2 à 4 acides aminés en dehors des brins.

Les boucles

Les structures des protéines sont souvent des combinaisons d'hélice et

de feuillets reliées par des boucles de longueurs trés variables : de 1 à
12 résidus (voire jusqu'à 22) avec le plus fréquemment 1, 3, 4 ou 7
résidus.
39
 4.2. STRUCTUE DES PROTEINES
c -Structure tertiaire

-La séquence des acides aminés (structure primaire)

détermine la structure tridimensionnelle

Dans un environnement biologique, les protéines exposent

leurs résidus hydrophiles à l ’extérieur et les résidus
hydrophobes à l ’intérieur

Cette règle est pratiquement générale, à l’exception

notable des protéines transmembranaires

40
Myoglobine
41
Modèle à haute résolution
Ribonucléase 42
 4 types de liaisons non covalentes stabilisant la
structures tertiaire et quaternaire:

 Les liaisons électrostatiques (= ioniques)

 Les liaisons hydrogènes Hs+ - Os- ou Hs+ - Ns-

 Les liaisons hydrophobes

 Les liaisons de van der Waals

1 liaisons covalentes stabilisant parfois la structures

tertiaire et quaternaire :

 Ponts disulfures S-S

43
44
Liaisons disulfures : Ponts disulfures.
Liaisons covalentes entre deux résidus cystéyles (réaction d'oxydation)
appartenant à la même chaîne peptidique ou à deux chaînes différentes

o Liaisons ioniques (interactions électrostatiques)

Implique un radical chargé positivement (-NH3+) et un radical

chargé négativement (-COO-) (Ex. Lys-Glu), liant soit 2 parties
d'une même chaîne soit 2 chaînes différentes. Dépendent de la
force ionique du milieu et du pH. 45
o Liaisons hydrophobes (interactions apolaires)

AA avec chaînes latérales hydrophobes, non polaires (Ala, Val, Leu, Ile, Phe…)
ont tendance à se rapprocher (vers l'intérieur de la molécule) et permettent
ainsi des interactions entre différentes parties d'une chaîne peptidique.
Les interactions de Van der Waals sont favorisées
Rôle essentiel dans le maintien de la structure
Elles sont très faibles mais de part leur nombre elles sont importantes !

o Liaisons hydrogène

Entre chaînes latérales des résidus d'AA en impliquant un H d’un groupement

OH ou NH et un O d’un groupement COO. Les liaisons hydrogène entre les
chaînes latérales se forment en absence d'eau : dans environnement hydrophobe à
l'intérieur de la structure. 46
 4.2. STRUCTUE DES PROTEINES
d-Structure quaternaire

 Sous unités identiques ou différentes

 Chaque sous unités est un protomère

 Plusieurs sous unités = oligomères stabilisées par des

liaisons faibles et parfois des ponts dissulfures

2 sous unités = dimère,

4 sous unités = tetramère,
6 sous unités = héxamère
47
Hémoglobine
48
Les immunoglobulines

49
Le motif de base, « immunoglobulinique » est principalement
formé de feuillets bêta

50
 PROTEINES FIBREUSES :

Super structures avec 2 types de structures de base:

hélice a , feuillets b

Les scléroprotéines sont constituées de fibres ou fibrilles

insolubles :
 collagènes du tissu conjonctif, du cartilage et
des tendons
 kératine de la peau et des cheveux.

Kératines : plusieurs chaînes en hélice alpha stabilisés par

des Les liaisons hydrogènes intra et interchaînes et des
ponts disulfures interchaînes
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Enroulements super hélicoïdaux : le Collagène
Enroulement Hélicoïdal

52
5. DENATURATION DES PROTEINES

La modification de la structure tridimentionnelle d’une

protéine = Dénaturation = Perte de la fonction ou de
l’activité biologique

Agents dénaturants :

physiques : Chaleur, radiations, pH extrème,

Chimiques : Urée, solvants organiques, détergents... …

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5. RELATION STRUCTURE FONCTION

La séquence des acides aminés (structure primaire)

détermine la structure tridimensionnelle

La séquence des acides aminés (structure primaire)

est déterminée par les gènes
structure primaire structure tridimensionnell
Liaisons
hydrogènes

Résidus
hydropho
bes
Résidus
hydrophiles
Cœur extérieur
hydrophob hydrophile
e 54
Exemple : Ribonucléase

Extrémité
N terminale

Extrémité C
terminale

55