Biochimie - Pré-Rentrée S1 - Activité 1 Macromolécules

Activité 1
Macromolécules biologiques et
activité protéines
Plan
01 Les sucres
Les oses, stéréochimie, cyclisation,
03 Les acides nucléiques
nucléotide/ désoxynucléotide,
polymères de (désoxy)nucléotides,
polymérisation, glycoprotéines
ADN/ structure du DNA B
02 Les lipides
Les acides gras, les glycérides, les
stérols
04 Activité protéines
Introduction
Les macromolécules sont de très grosses molécules qui sont
responsables des caractéristiques structurales et fonctionnelles de
tous les systèmes biologiques des organismes du vivant. On peut citer
par exemple les sucres ou encore les protéines.
Elles sont formées par polymérisation : soit une succession de
réactions chimiques qui vont, à partir de monomères, former des
polymères. Ces réactions sont généralement des réactions de
condensation.
Les monomères sont des petites molécules qui, selon leur classe,
portent des noms différents. Ce sont les unités fondamentales qui
permettent de former des polymères.
Monomères Type de liaison Polymères
Acides aminés Peptidique Protéines
Monosaccharides Osido-ose/ osido-osidique Glucides
Nucléotides N-glycosidique/ ester-phosphorique Acides nucléiques
Les macromolécules ont des structures bien différentes : leurs

arrangements, bien particuliers dans l'espace, ont une incidence
majeure en milieu biologique. Par exemple, une enzyme ne va
reconnaître son substrat uniquement s’il a une conformation bien
particulière. Une structure particulière définit une fonction
particulière.
1
Les sucres
Structure générale
Les glucides sont des molécules présentes dans toutes les cellules du
monde vivant. Elles n’ont pas seulement un rôle énergétique, ce sont
également des éléments structuraux et des composants de métabolites
fondamentaux. Elles jouent aussi un rôle dans la communication entre les
cellules en tant que signaux de reconnaissance et déterminants
antigéniques.
Leur formule brute est de la forme Cn(H2O)n . On les distingue en deux
catégories :
- les oses (= monosaccharides), molécules élémentaires non
hydrolysables.
- les osides (= polysaccharides), composés de plusieurs oses et donc
hydrolysables.
Plan détaillé
A B C D E F
Les oses Stéréochimie : Cyclisation Exercice Polymérisation Glycoprotéines

1. Série L/D d’application
2. Notion d’épimère
Les oses
La formule brute d’un ose est Cn(H2O)n avec n ≥ 3. Ils sont constitués
d’un squelette carboné, portent des groupements hydroxyle ainsi qu’une
fonction caractéristique : cétone pour les cétoses et aldéhyde pour les
aldoses. Tous les oses vont dériver de deux molécules : le
glycéraldéhyde et la dihydroxyacétone.
Stéréochimie
1. Série L/D, énantiomèrie:
Pour déterminer à quelle série appartient un ose, on se base sur la position
du OH porté par le carbone asymétrique le plus éloigné de la fonction
aldéhyde ou cétone (l’avant dernier de la chapine) en représentation de
Fisher, c’est à dire le carbone numéroté “5” dans cet exemple :
- Si le -OH est à droite, la molécule est un énantiomère de série D
- Si le -OH est à gauche, la molécule est un énantiomère de série L.
Ici, le Le D-glucose et le L- glucose diffèrent par la
configuration absolue de tous leurs carbones
asymétriques (C4) ; ce sont des énantiomères.
Ils sont images l'un de l'autre dans un miroir et
leurs activités optiques sont égales, mais de signes
opposés. Ils ne sont pas superposables.
Les oses naturels sont de série D.
Stéréochimie
2. Epimérie :
Deux épimères sont des molécules qui ne diffèrent que par la configuration
absolue d’un seul carbone asymétrique.
On voit ci-contre que le L-Galactose et le
L-Glucose ont la même configuration sur
tous leurs carbones asymétriques, excepté
celle du carbone 4, ce qui fait d’eux des
épimères.
Cyclisation
En solution, les oses se réorganisent dans
l'espace et sont capables de se cycliser. Une
fonction alcool -OH va réagir avec la
fonction carbonyle ou aldéhyde pour donner
deux types de cycles :
- furanose (hétérocycles de 5 atomes : 4
C et 1 O)
- pyranose (hétérocycles de 6 atomes : 5
C et 1 O)
En se cyclisant, les aldoses créent une
fonction hémiacétal, on parle
d’hémiacétalisation.
Cyclisation
Lors de la cyclisation on observe la
création d’un carbone asymétrique
supplémentaire qui provient du carbone
de la fonction carbonyl-C=O (chez les
aldoses, c’est le carbone de la fonction
hémiacétal nouvellement formée) : on le
nomme carbone anomérique. Par
conséquent, de nouveaux
stéréo-isomères apparaissent : les anomères α et β. Voici la
représentation de ces deux anomères en écriture de Haworth
(spécifique aux sucres, elle permet seulement de visualiser les liaisons
et ne rend pas compte de la vraie conformation 3D de ces molécules)
Exercice d’application
Le D-Mannose
Deux amis s’ennuient après avoir écouté tous les épisodes du PUPS et se
demandent comment ils pourraient bien passer le temps… Ils décident donc
de réviser leur cours de biochimie en étudiant un sucre : le D-Mannose.
Malheureusement ils ne trouvent sur internet que la représentation de
Cram de la molécule ci- contre:
Questions :
1. De quelle grande famille d’oses fait partie le
D-Mannose ?
2. Quel est la représentation de Fisher de cette
molécule ?
3. Bien qu’ils n’arrivent pas à trouver la représentation de fisher du
D-Mannose, ils trouvent celle du D-Galactose :
Quelle est la représentation de Fisher de cette molécule ?

4. A quoi fait référence le D dans le nom de ces deux molécules ?
5. Comment s’appelle le carbone créé lors de la cyclisation ?
Représentation Cram du D-Mannose
Deux amis s’ennuient après avoir écouté tous les

épisodes du PUPS et se demandent comment ils
pourraient bien passer le temps… Ils décident donc de
réviser leur cours de biochimie en étudiant un sucre :
le D-Mannose. Malheureusement ils ne trouvent sur
internet que la représentation de Cram de la
molécule qui est la suivante :
1) De quelle grande famille d’oses fait partie le
D-Mannose ?
Représentation Cram du D-Mannose
1) De quelle grande famille d’oses fait partie
le D-Mannose ?
-> nombre de carbone ? 6 = racine “hex”
-> fonction cétone ou aldéhyde ? Ici, on a
bien un aldéhyde ! petit rappel =
-> C’est donc un aldohexose !!
ERRATA DANS LA QUESTION 3, LA BONNE VERSION EST DANS LE DIAPO :
3) Les deux amis trouvent alors la configuration Fisher d’une molécule inconnue !
Quel est le lien entre celle-ci et le D- Mannose ?
Représentation Fisher du D-Mannose Représentation Fisher de X

ERRATA DANS LA QUESTION 3, LA BONNE VERSION EST DANS LE DIAPO :
3) Les deux amis trouvent alors la configuration Fisher d’une molécule inconnue !
Quel est le lien entre celle-ci et le D- Mannose ?
EPIMERE !

4) A quoi correspond le D du D-Mannose ? Quelle serait alors la représentation de la
molécule X ? (D ou L)

4) A quoi correspond le D du D-Mannose ? Quelle serait alors la représentation de la
molécule X ? (D ou L)
Ici on voit que la Et du coup ici c’est

fonction alcool est à D aussi !!
droite, c’est donc la
configuration D du
mannose !

4) Comment s'appelle le carbone créé lors de la cyclisation ?
=====>>>>> LE CARBON ANOMÉRIQUE allez on passe à la suite babe !

Polymérisation
Les oses que l’on vient de voir peuvent former des osides, en s'enchaînant à deux ou
plusieurs par une liaison osidique (ou glycosidique), on en distingue deux types
différents :
- Les holosides : composés de n molécules d’oses liées par liaison glycosidique
- Les hétérosides : composés d’oses mais aussi d’un aglycone (une partie non
sucrée)
La liaison glycosidique
il y a deux types de liaisons possibles :
La liaison osido-ose: forme un oside réducteur: il y a condensation de la

fonction hémiacétalique (C1) d’un ose avec une fonction alcool du C4 d’un
autre ose et élimination d’une molécule d’eau. Le second ose possède encore
un OH hémiacétalique (sur C1) libre responsable du pouvoir réducteur du
diholoside obtenu
La liaison osido-osidique: qui forme un oside non réducteur. Ici, la

fonction hémiacétalique de chaque ose est condensée par une liaison
osido-oside
Les glycoprotéines
- Les glycoprotéines sont des chaînes d’acides aminés sur lesquelles
viennent se greffer par des liaisons covalentes des petites chaînes
constituées de un ou plusieurs oses ou dérivés d’oses.
- La fixation de ces oligosaccharides sur la partie protéique se fait par
liaison N-glycosidique sur une asparagine (on parle alors de protéine
N-glycosylée) ou par liaison O-glycosidique sur sérine ou une
thréonine.
2
Les lipides
Définition
Les lipides sont des molécules hydrophobes ou amphipathiques (avec une
partie hydrophobe et une partie hydrophile). Les lipides peuvent être simples
(uniquement composés de C,H,O) ou complexes (avec d’autres atomes en plus,
ou d’autres composés comportant uniquement des C,H,O comme les oses).
Les lipides simples sont des esters d’acides gras + alcool. Selon le type
d’alcool qui est estérifié par les acides gras, les lipides changent de
dénomination
Plan détaillé
A B C
Les acides gras Les glycérides Les stérides

a. Structure générale
b. Nomenclature
Les acides gras
1. Structure générale :
Un acide gras est une molécule amphipathique constituée d’une queue
hydrocarbonée (nombre pair de carbones, 4 à 24 carbones) et d’une
fonction acide carboxylique COOH (tête hydrophile). Dans le sang, ils
circulent sous la forme d’esters d’alcools.
2. Nomenclature, saturation/ insaturation:

Il existe deux types de nomenclature pour les acides gras :
- La première est celle utilisée par les chimistes : elle est appelée delta
(Δ) : le carbone 1 est celui qui porte la fonction COOH.
Les acides gras
- La deuxième est celle utilisée par les biologistes: elle est appelée
omega (⍵) : elle numérote les carbones dans l’ordre inverse de la
nomenclature delta (le carbone ω1 est le dernier Δ)
Les acides gras saturés ne possèdent pas de double liaison.

Les acides gras
Les acides gras insaturés possèdent une ou des doubles liaisons
(= insaturations) que l’on indique de deux manières (selon les deux
nomenclatures) :
→ soit en partant du carboxyle selon la nomenclature Δ
→ soit en partant du méthyl (dernier carbone) selon la nomenclature ω, ce
qui permet de définir des classes d’acides gras insaturés, comme les ω3 ou
les ω6.
Selon la nomenclature ω, on place le nombre d’insaturations au début, puis
on ajoute la position de la première insaturation après le signe ω, par
exemple :
Les acides gras
Les acides gras peuvent être endogènes, synthétisés par notre
métabolisme, ou exogènes, apportés par l’alimentation. Certains acides
gras insaturés ne peuvent pas être synthétisés par notre organisme et sont
donc apportés par notre alimentation : ils sont dits essentiels. C’est le cas
par exemple, des acides gras insaturés ω3 ou ω6.
Les glycérides
Les glycérides proviennent de la molécule de glycérol. Cette molécule peut
estérifier au maximum 3 acides gras. On différencie alors les
monoglycérides, les diglycérides et les triglycérides.
Les stérides et lipides
complexes
Les stérols sont une famille d’alcools qui ont un noyau
stérane commun, une molécule apolaire formée de 4 cycles.
Le stérol le plus connu est le cholestérol. Ils forment avec
des acides gras les stérides. Il existe également des lipides
complexes qui s’estérifient avec des phosphates, en voici
quelques exemples :
3
Les acides
nucléiques
Définition
Les acides nucléiques sont des molécules biologiques qui portent

l’information génétique (ADN, ARN). Ce sont des polymères de
nucléotides.
Plan détaillé
A B C
Le nucléotide/ désoxynucléotide Polyméres de ADN, structure

a. L’ose et le phosphate (désoxy)nucléotides du DNA B
b. Les bases azotées
c. Nucléoside, nucléotide
Nucléotide/ désoxynucléotide
Chaque nucléotide peut être décomposé en 3 constituants :
➔ une base azotée
➔ un sucre
➔ un phosphate
a. L’ose ((désoxy)ribose):
L’ose est un pentose, soit un sucre à 5 carbones. Il peut
s’agir du Désoxyribose dans les molécules d’ADN ou du Ribose dans celle
d’ARN. La présence du -OH (plus réactif qu’un - H) au niveau du carbone 2 du
ribose en fait un sucre moins stable. C’est pour cela que l’ADN est beaucoup
plus stable que l’ARN.
b. Phosphate :
Il est inorganique. C’est un ion stable qui est formé à
partir de l’acide phosphorique
c. Les bases azotées :

Les acides nucléiques sont composés de 4 modules élémentaires : ce sont
les bases. Il en existe deux types : les purines (ou bases puriques) et les
pyrimidines (bases pyrimidiques)
Les bases puriques sont constituées
d’un noyau pyrimidine et d’un
imidazole, il s’agit de la guanine et
de l’adénine .
Les bases pyrimidiques sont la

cytosine (dans l’ARN et L’ADN), la
thymine (exclusive à l’ADN) et
l’uracile (exclusivement dans l’ARN).
Les bases s’apparient entre elles grâce à des liaisons hydrogène : c’est la
complémentarité des bases. La guanine et la cytosine s’associent via 3 liaisons
hydrogène tandis que l’adénine et la thymine ou l’uracile ne s’associent que par 2 liaisons
hydrogènes.
d. Nucléoside, nucléotide, liaisons :
Un nucléoside est une base azotée
à qui on ajoute un ose par une liaison
N-osidique entre le C1 du pentose et un
azote de la base.
Un nucléotide est un nucléoside

à qui on ajoute un acide
phosphorique (donc une base
azotée, un ose, et un phosphate)
Polymères de (désoxy)nucléotides
Extrémité 5’ Les molécules d’acides nucléiques sont
des polymères de nucléotides. On lit une
séquence d’acide nucléique de son
extrémité 5’ P vers son extrémité 3’-OH
libre. Les nucléotides sont liés entre eux
par des ponts phosphodiesters : qui
Liaison phosphodiester relient deux sucres entre eux par les
groupes hydroxyles du carbone 3’ du
premier sucre et le phosphate lié au
carbone 5’ du suivant.
Extrémité 3’
Structure de la double hélice d’ADN
L’ADN est composé d’un double brin de polymère de
nucléotides. Les deux brins sont complémentaires et
antiparallèles, c'est-à-dire que l’extrémité 5’ d’un brin est en
face de l’extrémité 3’ de l’autre. Ils sont stabilisés par des
liaisons hydrogène et des interactions entre les cycles
aromatiques des bases.
L’ADN est sous la forme d’une double hélice droite, en
spirale/en escalier. Le squelette ose-phosphate est orienté
vers l’extérieur. Au centre, il y a les bases. Les bases sont
positionnées de façon planes . La surface de l’hélice est
chargée négativement (par les phosphates).
Structure de la double hélice d’ADN
Il y a 34 Angströms de hauteur par tour d’hélice, on

compte 10 bases par tour et l’hélice fait 20 Angströms
de diamètre !
On observe alors un grand sillon et un petit sillon, des

zones d’interaction entre l’ADN et des protéines. L’ADN
existe sous plusieurs conformations, la principale étant
la conformation B (ADN B). (Rq : d’autres conformations
existent comme l’ADN A et l’ADN Z)
4
Activité
protéines
Plan détaillé
1 2
Structure des Méthodes d’

protéines études
Structure des protéines
La phosphofructokinase-1 (PFK-1) est
une enzyme qui catalyse une réaction
de transfert de phosphate sur certains
sucres, elle se trouve principalement
dans le foie, dans les plaquettes, et
dans les muscles. On décide d’étudier
la structure de l'isoforme du foie qu’on
appellera PFK-1H. Elle est composée
de 3120 AAs.
Figure 1 : structure
tridimensionnelle de la
PFK-1H
Question 1: Laquelle (ou lesquelles) de ces affirmations est (sont) exacte(s) ?
A. La PFK-1 semble être un homotétramère

B. La PFK-1 semble être un hétérodimère
C. La PFK-1 a une masse moléculaire comprise entre 340 kDa et 345 kDa
D. Au moins une sous unité de la PFK-1 a une masse moléculaire comprise entre 40
kDa et 45 kDa
E. Les sous-unités peuvent être reliées entre elles par des liaisons peptidiques
A. La La PFK-1 semble être un homotétramère

VRAI- On voit bien dans cette cristallographie un motif qui se répète en 4, donc 4
sous unités qui semblent être identiques et qui forment notre protéines. De plus
on observe 4 fois les extrémités N-ter et C-ter, il y a donc 4 chaînes
polypeptidiques et donc 4 sous-unité.

A. La La PFK-1 semble être un homotétramère

VRAI- On voit bien dans cette cristallographie un motif qui se répète en 4, donc 4
sous unités qui semblent être identiques et qui forment notre protéines. De plus
on observe 4 fois les extrémités N-ter et C-ter, il y a donc 4 chaînes
polypeptidiques et donc 4 sous-unité.
FAUX - Comme on l’a dit plus haut, on voit un motif qui se répète 4 fois, c’est donc
un homotétramère.
kDa et 45 kDa
E. Les sous-unités peuvent être reliées entre elles par des liaisons peptidiques.
VRAI- petit point mathématiques. Un acide aminé fait à peu près 110 Da, on nous
donne dans le texte que la PFK-1 fait 3120 acides aminés. Petite multiplication
rapide: 3120 * 110 = 343200 Da, un kda = 1000Da donc la protéine fait ~343 Kda
, ce qui est compris dans notre fourchette :)
kDa et 45 kDa
FAUX - référez vous à la correction de l’item précédent ! on a bien vu que nos sous
unités sont les mêmes et que chaque sous unité faisait ~85 kDA, ce qui est bien loin
de la fourchette énoncées ici
FAUX- Les liaisons peptidiques ne relient que les acides aminés entre eux dans une
même sous unité. La structure quaternaire est dû soit à des liaisons faibles (liaisons
hydrogènes, ioniques…) soit à des ponts disulfures (liaisons covalentes).
On s'intéresse maintenant à la structure secondaire de l’enzyme. Pour ce faire, on
analyse le diagramme de ramachandran de PFK-1H.
Figure 2 : Diagramme
de ramachandran de la
PFK-1H
Le diagramme de
Ramachandran, c’est quoi ?
On vous explique :)
On peut répertorier les couples d’angles φ et ψ d’AA (cf cours
1) qui composent une structure dans le diagramme de
Ramachandran. On remarque que certains couples d’angles
sont souvent retrouvés dans les mêmes structures. On peut
alors délimiter des zones du diagramme associées à une
structure secondaire donnée.
Les structures que l’on a déjà abordé dans les cours
précédents se répartissent dans le diagramme sous cette
forme
On peut maintenant lire la figure qui nous est fournie pour
l’énoncé de la question 2 !! incroyable !!
Question 2 : Laquelle (ou lesquelles) de ces affirmations est (sont) exacte(s) ?
A. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère

de PFK-1 est (sont) de classe mainly β c2
B. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère
de PFK-1 est (sont) de classe mainly α c1
C. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère de
PFK-1 est (sont) d’architecture α/β
D. Les structures secondaires décrites par le diagramme
de Ramachandran sont uniquement stabilisées par des liaisons covalentes
E. Le diagramme de Ramachandran semble nous indiquer que la protéine est
composée de domaine(s) mixed alpha beta
A. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère de PFK-1 est (sont) de classe mainly
β c2
FAUX- On transpose les connaissances qu’on vient d’acquérir sur la figure à
analyser. On voit qu’il y a un mélange de feuillets bêta et d’hélices alpha. Donc le
domaine constitutif n’est pas majoritairement bêta.
B. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère de PFK-1 est (sont) de classe mainly
α c1
FAUX- cf. item A
C. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère de PFK-1 est (sont) d’architecture
α/β
FAUX- cf item A
D. Les structures secondaires décrites par le diagramme de Ramachandran sont
uniquement stabilisées par des liaisons covalentes
E. Le diagramme de Ramachandran semble nous indiquer que la protéine est composé
de domaine mixed alpha beta
α c1
FAUX- cf. item A
α/β
VRAI- cf item A
FAUX- la structure secondaire d’une protéine est due aux interactions fortes et
faibles entre les acides aminés.
α c1
FAUX- cf. item A
α/β
VRAI- cf item A
α c1
FAUX- cf. item A
C. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère de PFK-1 est (sont) de classe mixed
α/β
VRAI- cf item A
E. Le diagramme de Ramachandran semble nous indiquer que la protéine est
composé de domaine mixed alpha beta
VRAI- Grâce au diagramme de ramachandran on arrive seulement à déduire la
composition mais pas l’organisation de la protéine.
Les chercheurs s'intéressent maintenant à la séquence d’un site de fixation du substrat,
pour cela ils décident de réaliser une spectrométrie de masse en tandem des acides aminés
163 à 169
NOTEZ
L’ERRATA SUR
LE TABLEAU 2
LA CYSTEINE
A UN
RAPPORT M/Z
DE 103 !!
A. La séquence du peptide peut être GSIDNDF (ajoutez le F sur vos polys)

B. La séquence du peptide peut être GSIDNDY
C. La séquence du peptide peut être GSLDNDF
D. Cette séquence comprend au moins un acide aminé phosphorylable
E. Cette séquence comprend 4 acides aminés polaires
Question 3 : Laquelle (ou lesquelles) de ces
affirmations est (sont) exacte(s) ?
Valeurs AA
A. La séquence du peptide peut être 767-710=57 GLY (G)
GSIDNDF
VRAI- voir le tableau à droite 710-623=87 SER (S)
FAUX- voir tableau 623-510=113 LEU (L) ou ILE (I)
C. La séquence du peptide peut être
GSLDNDF 510-395=115 ASP (D)
VRAI- voir tableau
395-281=114 ASN (N)
D. Cette séquence comprend au moins un
acide aminé phosphorylable
281-166=115 ASP (D)
E. Cette séquence comprend 4 acides aminés
polaires 166-19=147 PHE (F)
A. La séquence du peptide peut être GSIDNDF

VRAI-
FAUX- cf item A
VRAI- cf item A
A. La séquence du peptide peut être GSIDNDF

VRAI-
FAUX- cf item A
VRAI- cf item A
VRAI- La sérine est un des acides aminés phosphorylables.
A. La séquence du peptide peut être GSIDND

VRAI-
FAUX- cf item A
VRAI - cf item A
VRAI- La sérine est un des acides aminés phosphorylables.
VRAI- La sérine (S) , l’asparagine (N), et 2 acides aspartiques (D)
On s'intéresse maintenant à une toute autre protéine qui se trouve également dans notre
foie, la GAPDH, une enzyme qui intervient dans la glycolyse (la dégradation du glucose qui
aboutit à la formation d’énergie pour la cellule). Il en existe plusieurs isoformes chez
l’Homme. Elle est constituée de 1352 acides aminés.
Dans la GAPDH, les acides aminés 320 à 337 de chaque chaîne constituent une hélice α.
Le modèle de la roue hélicoïdale permet de représenter en 2D leur position dans l’hélice α

comme si elle était vue “de dessous”.
La roue hélicoïdale, c’est
quoi ?
Petit point explicatif
Pour savoir lire une roue hélicoïdale, on doit se faire un petit
point structure secondaire :
- 3,6 acides aminés font un tour de spire d’hélice α.
- 2 résidus consécutifs sont séparés de 100°.
- 18 acides aminés font 5 tours de spire
- Le 1er et le 19e AA de l’hélice α sont “superposables”.
Pour retrouver la séquence primaire à partir de la roue
hélicoïdale, on repère le premier AA de l’hélice (marqué par
une flèche), puis on compte les AA de 5 en 5 sur la roue. Nous
sommes ici dans le cas d’une hélice α à pas droit : il faut les
compter en suivant le sens des aiguilles d’une montre.
-
A. La séquence de l’hélice comportant les acides aminés 320 à 337 est

EFGYSNRVVDLMAHMASK
B. La séquence de l’hélice comportant les acides aminés 320 à 337 est
EMSAVFANSDGHRKLYMV
C. Dans la séquence d’AA 320 à 337, l’histidine et la tyrosine sont séparée de plus de
2 tour et de moins de 3 tours de spires
D. La méthionine peut former des ponts disulfures grâce à sa fonction thioéther
E. L’hélice comportant les acides aminés 320 à 337 comporte un acide aminé N
glycosylable
A. La séquence de l’hélice comportant les acides

aminés 320 à 337 est EFGYSNRVVDLMAHMASK.
VRAI- On compte bien de 5 en 5, et on arrive au résultat
ci-contre
B. La séquence de l’hélice comportant les acides
aminés 320 à 337 est EMSAVFANSDGHRKLYMV
C. Dans la séquence d’AA 320 à 337, l’histidine et
la tyrosine sont séparée de plus de 2 tour et de moins de 3
tours de spires
D. La méthionine peut former des ponts disulfures grâce à
sa fonction thioéther
glycosylable

ci-contre
FAUX- cf item A
la tyrosine sont séparée de plus de 2 tour et de moins de 3
tours de spires
glycosylable

ci-contre
FAUX- cf item A
la tyrosine sont séparées de plus de 2 tour et de moins de 3
tours de spires
VRAI- ils ont 2,7 tours de spire d’écart
glycosylable

sa fonction thioéther.
E. L’hélice comportant les acides aminés 320 à 337 comporte
un acide aminé N glycosylable.

FAUX- le souffre de la méthionine peut vous induire en
erreur mais le seul acide aminé qui est capable de former
des ponts disulfures est la Cystéine avec sa fonction thiol.
La fonction thioéther n’est pas capable de former des
Ponts disulfure.

FAUX- le souffre de la méthionine peut vous induire en
erreur mais le seul acide aminé qui est capable de former
des ponts disulfures est la Cystéine avec sa fonction thiol.
La fonction thioéther n’est pas capable de former des
Ponts disulfure.
VRAI- on voit bien une asparagine, qui est un AA
N-glycosylable.
Méthodes d’études
Pour pouvoir analyser la PFK-1, les chercheurs doivent d’abord la purifier, ils réalisent
alors une chromatographie d’affinité pour séparer les différentes isoformes de l’enzyme.
A. Ce sont les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm

B. Tous les acides aminés aromatiques absorbent à 280nm
C. Les protéines détectées dans la partie 1 sont celles qui ont le plus d’affinité avec la
phase stationnaire
D. Les protéines détectées dans la partie 3 sont celles qui ont le plus d’affinité avec la
phase fixe
E. Une chromatographie repose sur les intéractions plus ou moins importantes entre
les protéines et la phase fixe
A. C’est les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm.

FAUX- elles absorbent à 230nm.
phase stationnaire..
phase fixe

FAUX- la phénylalanine absorbe à 260nm.
phase stationnaire.
phase fixe
A. C’est les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm

phase stationnaire
FAUX- Les premières protéines que l’on détecte sont celles qui ont le moins
d’affinité avec la phase stationnaire, en effet, plus les protéines ont de l’affinité avec
le support de chromatographie, plus elles vont interagir longtemps avec lui, et donc
rester collées.
phase fixe

phase stationnaire.
FAUX- Les premières protéines que l’on détecte sont celles qui ont le moins
d’affinité avec la phase stationnaire, en effet, plus les protéines ont de l’affinité avec
le support de chromatographie, plus elles vont interagir longtemps avec lui, et donc
rester collées.
D. Les protéines détectées dans la partie 3 sont celles qui ont le plus d’affinité avec
la phase fixe
VRAI- les dernières protéines que l’on détecte sont celles qui ont le plus d’affinité
avec la phase stationnaire
E. Une chromatographie repose sur les intéractions plus ou moins importantes entre les
protéines et la phase fixe.
les protéines et la phase fixe.
VRAI- Séparation des différents composant se fait en fonction de leur affinité pour
un ligand
On fait un SDS page de plusieurs variant d’une même protéine afin de savoir si la structure
quaternaire de cette protéine change selon les variants.
A. On suppose que le variant B est un dimère

B. Un monomère du variant C fait environ 35kDa
C. Un pont disulfure est impliqué dans la structure quaternaire du variant A
D. Un pont disulfure est impliqué dans la structure quaternaire du variant B
E. Le variant B est composé de sous unités identiques
FAUX- Notre SDS page montre qu’avec le B-Mercaptoethanol, on retrouve une
bande à 35 kda, et sans on retrouve 2 bandes, une de 70 et une de 35 kda, on voit
alors que deux fragments de 35 liés par des ponts disulfures se réunissent dans la
bande à 70. On peut supposer un trimère, tétramère voire plus avec 2 fragments de
35 liés par un pont disulfure, et plein d’autres fragments de 35 qui pourraient être
liés par des liaisons H ou autres !
B. Un monomère du variant C fait environ 35 kDa
FAUX - Quand il n’y a pas de 𝛽 mercaptoethanol, on voit que le poid d’un
monomère est de 35 kDa et qu’il n’y en a aucun autre (une seule bande). Quand il y
a du 𝛽 mercaptoéthanol, on voit une ligne à 94 kDa et une à 35 kDa or pour faire
une bande à 94 kDa, il faut au moins 2 sous unités.
VRAI - On regarde dans la condition dénaturante avec 𝛽 mercaptoethanol, cela veut
dire qu’il n’y a plus de structure quaternaire. Donc la seule bande que l’on voit
correspond à un monomère et en lisant le poid on voit 35 kDA
C. Un pont disulfure est impliqué dans la structure quaternaire du variant A.
FAUX- Quand il n’y a pas de 𝛽 mercaptoethanol, on voit que le poid d’un monomère
est de 35 kDa et qu’il n’y en a aucun autre (une seule bande). Quand il y a du 𝛽
mercaptoéthanol, on voit une ligne à 94 kDa et une à 35 kDa or pour faire une
bande à 94 kDa, il faut au moins 2 sous unités.
VRAI - On regarde dans la condition dénaturante avec 𝛽 mercaptoethanol, cela veut
dire qu’il n’y a plus de structure quaternaire. Donc la seule bande que l’on voit
correspond à un monomère et en lisant le poid on voit 35 kDA
FAUX - Il n’y a pas de différence entre la situation sans et avec 𝛽 mercaptoethanol,
cela veut dire qu’il n’y a pas de pont disulfure qui lient les sous unités entre elles.
VRAI, On remarque qu’en présence de 𝛽 mercaptoethanol, il y a qu’une seule ligne
alors que sans, il y a plusieurs lignes de poids différents, cela veut dire qu’il y a un
pont disulfure impliqué dans la structure quaternaire du variant B.
VRAI, On remarque qu’en présence de 𝛽 mercaptoethanol, il y a qu’une seule ligne
alors que sans, il y a plusieurs lignes de poids différents, cela veut dire qu’il y a un
pont disulfure impliqué dans la structure quaternaire du variant B.
FAUX, On ne peut pas le dire, les sous unités font toutes le même poid mais on ne
peut pas savoir si elles sont identiques, (si elles ont la même séquence primaire)
On s'intéresse maintenant au Western Blot de la protéine GRP78 de cellules HeLa
transfectée (Whole cell), ou de leur réticulum endoplasmique (ER fraction)
A. Le témoin de charge est valide
B. L’expression de GRP78 augmente dans la cellule après transfection
C. Le contrôle montre qu’il y a beaucoup de GRP78 dans une cellule HeLa non
transfectée
D. GRP78 est un tétramère
E. Il y a trois fois plus de GRP78 dans la cellule 72h après transfection que 24h après
transfection
VRAI- on voit bien que notre témoin de charge (l’actine) se retrouve en même
quantité dans chaque puits
B. L’expression de GRP78 augmente dans la cellule après transfection .

transfectée
transfection
VRAI- on voit bien que notre témoin de charge (l’actine) se retrouve en m^me
VRAI- On peut voir que la bande GRP78 s’épaissit au fur et à mesure avec le
temps.
NB: le WB reste semi-quantitatif.
transfectée
transfection
VRAI- on voit bien que notre témoin de charge (l’actine) se retrouve en m^me
VRAI- On peut voir que la bande GRP78 s’épaissit au fur et à mesure avec le
temps.
NB: le WB reste semi-quantitatif.
transfectée
FAUX- On ne voit presque pas de bande dans le contrôle

transfection.

FAUX- Le western blot ne nous donne aucune indication sur la structure quaternaire
de notre protéine.
transfection.

FAUX- Le western blot ne nous donne aucune indication sur la structure quaternaire
de notre protéine.
transfection.
FAUX- même si on pourrait penser que c’est le cas, le WB est semi-quantitatif c’est
à dire qu’on ne peut pas dire avec précision que c’est le cas.
L'Acétaminophène ou paracétamol (APAP) est une molécule qui, si surdosée dans le corps,
provoque des lésions hépatiques.
On s'intéresse maintenant à la protéine Sirtuin 6 (Sirt-6). Il a été découvert que cette
protéine protège nos cellules contre des dommages de l’ADN associés au stress oxydatif,
mais on n'est toujours pas certains qu’elle puisse réguler la toxicité hépatique de l’APAP !
Votre mission (si vous l’acceptez) est de chercher si cette protéine interagit avec d’autres
pour savoir si elle est capable (ou non) d'exécuter cette fonction.
On décide de procéder à une co-immunoprécipitation de Sirt6 avec une protéine spécifique,
NRF2, également connue pour sa
fonction protectrice contre le
stress oxydatif. Le tout dans une
lignée de cellules hépatiques
AML-2 traitées sans APAP (A), ou
avec de l’APAP pendant 24 heures (B) .
A. La protéine SIRT6 fait 97 kDA
B. La protéine NRF2 fait 97 kDA
C. SIRT6 et NRF 2 interagissent directement dans les cellules AML-2
D. Le traitement à l’APAP affecte significativement l'interaction entre NRF2 et SIRT6
E. Sirt6 est composée de 2 sous unités qui font 42 et 55 kDA
FAUX- Ahh la méchante lecture des co-ip, quand tu nous tiens… Je vous explique :
les protéines que l’on détecte se lisent en ligne, on voit donc ici que la protéine qui
fait 97 kDA est bien NRF2 et pas SIRT6.

FAUX- Très vilain piège voyez vous.. Les poids moléculaires donnés ont inclu les
poids moléculaires des anticorps utilisés ! la co-ip ne vous indique pas le poids
moléculaire des protéines d’intérêt.

VRAI - cf item A.
FAUX- Ahh la méchante lecture des co-ip, quand tu nous tiens… Je vous explique :
les protéines que l’on détecte se lisent en ligne, on voit donc ici que la protéine qui
fait 97 kDA est bien NRF2 et pas SIRT6.

VRAI- cf. item A
FAUX- Rien sur cette figure ne nous confirme que c’est le cas ! elles interagissent
entre elles, certes. Mais il se peut que cette interaction se fasse avec une protéine
qui s'intercale entre les deux ! La seule manière d’affirmer que cette interaction est
directe est de faire une co-IP avec ces deux seules protéines seulement, ici, ces
protéines sont détectées dans les cellules AML-2, qui ne contiennent pas seulement
nos protéines d’intérêt.
FAUX- on voit bien que nos figures A et B sont similaires (ont le même nombre de
tâches qui ont à peu près la même intensité) donc l’effet de notre traitement ne se
voit pas trop après 24h!

FAUX- on voit bien que nos figures A et B sont similaires (ont le même nombre de
tâches qui ont à peu près la même intensité) donc l’effet de notre traitement ne se
voit pas trop après 24h!

FAUX-(on a été méchantes sur ce coup mais vous inquiétez pas ça viendra ;-;). La
Co-Immunoprécipitation ne nous donne aucune indication sur la structure quaternaire de
nos protéines d’intérêt. Elle nous permet simplement de voir si oui ou non elles
interagissent entre elles.
– – Fin de l’activité protéines – –

Merci
On vous offre un pack de 3 memes qui portent sur le cours pour vous remercier de votre écoute
Des questions ?

Biochimie - Pré-Rentrée S1 - Activité 1 Macromolécules

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Biochimie - Pré-Rentrée S1 - Activité 1 Macromolécules

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Activité 1

Acides aminés Peptidique Protéines

Monosaccharides Osido-ose/ osido-osidique Glucides

Nucléotides N-glycosidique/ ester-phosphorique Acides nucléiques

Les macromolécules ont des structures bien différentes : leurs

Les oses Stéréochimie : Cyclisation Exercice Polymérisation Glycoprotéines

Quelle est la représentation de Fisher de cette molécule ?

Deux amis s’ennuient après avoir écouté tous les

Représentation Fisher du D-Mannose Représentation Fisher de X

Représentation Fisher du D-Mannose Représentation Fisher de X

Représentation Fisher du D-Mannose Représentation Fisher de X

Ici on voit que la Et du coup ici c’est

Représentation Fisher du D-Mannose Représentation Fisher de X

=====>>>>> LE CARBON ANOMÉRIQUE allez on passe à la suite babe !

La liaison osido-ose: forme un oside réducteur: il y a condensation de la

La liaison osido-osidique: qui forme un oside non réducteur. Ici, la

Les acides gras Les glycérides Les stérides

2. Nomenclature, saturation/ insaturation:

Les acides gras saturés ne possèdent pas de double liaison.

Les acides nucléiques sont des molécules biologiques qui portent

Le nucléotide/ désoxynucléotide Polyméres de ADN, structure

c. Les bases azotées :

Les bases pyrimidiques sont la

Un nucléotide est un nucléoside

Il y a 34 Angströms de hauteur par tour d’hélice, on

On observe alors un grand sillon et un petit sillon, des

Structure des Méthodes d’

A. La PFK-1 semble être un homotétramère

A. La La PFK-1 semble être un homotétramère

B. La PFK-1 semble être un hétérodimère

A. La La PFK-1 semble être un homotétramère

A. Le(s) domaine(s) constitutif(s) d’un monomère

A. La séquence du peptide peut être GSIDNDF (ajoutez le F sur vos polys)

A. La séquence du peptide peut être GSIDNDF

A. La séquence du peptide peut être GSIDNDF

A. La séquence du peptide peut être GSIDND

Le modèle de la roue hélicoïdale permet de représenter en 2D leur position dans l’hélice α

A. La séquence de l’hélice comportant les acides aminés 320 à 337 est

A. La séquence de l’hélice comportant les acides

A. La séquence de l’hélice comportant les acides

A. La séquence de l’hélice comportant les acides

D. La méthionine peut former des ponts disulfures grâce à

D. La méthionine peut former des ponts disulfures grâce à

D. La méthionine peut former des ponts disulfures grâce à

A. Ce sont les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm

A. C’est les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm.

A. C’est les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm.

A. C’est les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm

A. C’est les liaisons peptidiques qui absorbent à 280 nm.

A. On suppose que le variant B est un dimère

B. L’expression de GRP78 augmente dans la cellule après transfection .

D. GRP78 est un tétramère

D. GRP78 est un tétramère

D. GRP78 est un tétramère

B. La protéine NRF2 fait 97 kDA

B. La protéine NRF2 fait 97 kDA

B. La protéine NRF2 fait 97 kDA

E. Sirt6 est composée de 2 sous unités qui font 42 et 55 kDA

E. Sirt6 est composée de 2 sous unités qui font 42 et 55 kDA

– – Fin de l’activité protéines – –

Vous aimerez peut-être aussi