Biochimie structurale

1ère année
 Biochimie structurale
Chapitre 1: les glucides
Chapitre2: Les lipides
Chapitre 3: Les acides aminés et les protéines
Chapitre 4: les enzymes

Pr kabbaj Benmansour. M
 Objectifs généraux et spécifiques
• Connaître la nomenclature, la classification et les propriétés
des glucides
• Donner la structure, la classification et les propriétés des
acides gras
• Donner la structure des triglycérides, des phospholipides , des
sphingolipides et du cholestérol.
• Connaître la formule générale, la classification et les
propriétés des acides aminés.
• Décrire la liaison peptidique et préciser les propriétés de cette
liaison
 Objectifs généraux et spécifiques
• Faire la distinction entre la structure primaire, secondaire,
tertiaire et quaternaire des protéines
• Décrire la structure de l’hémoglobine et ses propriétés
chimiques
• Définir la nomenclature et la classification des enzymes
• Décrire la cinétique enzymatique et définir ses paramètres
Chapitre 1 : les glucides
 Importance en Biologie
Rôle énergétique
• 40 à 50 % des calories apportées par
l’alimentation humaine sont des glucides
• Ils ont un rôle de réserve énergétique dans le foie
et les muscles (glycogène).
 Rôle structural Les glucides interviennent
comme :
• Eléments de soutien (cellulose), de protection et
de reconnaissance dans la cellule.
• Constituants de molécules fondamentales : acides
nucléiques, coenzymes, vitamines, …
 La place du glucose

• Principal carburant des tissus

• Seul carburant du fœtus

• Tous les glucides sont synthétisés à partir du

glucose dans l’organisme.
 Définition
 Ce sont des molécules organiques dont les carbones sont
porteurs:
• — de fonctions alcools (alcool secondaire, alcool
primaire)
• — d’une fonction aldéhyde ou cétonique : fonction
carbonyle
• — parfois d’une fonction acide ou amine.

 il s’agit d’aldéhyde ou de cétone polyhydroxylées

(un carbone est porteur soit d’un aldéhyde (C1)soit d’une
cétone(C2), tous les autres étant porteurs de fonctions
alcools)
Plan de base des oses
 Critère de classification
Quatre caractéristiques permettant de classifier
les oses:
Le nombre de carbone présent sur chaîne
La localisation de la fonction réductrice
La structure stéréochimique du composé
Le nombre de maillon sucrés composant le
sucre
 Classification des glucides
On distingue:
• les oses : glucides simples non hydrolysables

• les osides : hydrolysables

holosides (n molécules d’oses ou dérivés d’oses)
et
hétérosides (oses + aglycone : partie non sucrée
:protéines…)
 Classification des glucides
aldoses (1 fonction aldéhyde en C1)
MONOSACCHARIDES
OSES cétoses (1 fonction cétone en C2)
(DERIVES D’OSES)

Diholosides(2oses)
OLIGOSIDES: Oligosaccharides(< 12oses)
HOLOSIDES
(par hydrolyse donnent Homopolyosides
oses identiques ou différents) POLYOSIDES (amidon,glycogène)
OSIDES Hétéropolyosides
(oses + dérivés d’oses)
HETEROSIDES
( par hydrolyse: fraction glucidique + fraction non glucidique= aglycone)
 1. Les oses
La classification des oses repose à la fois sur:

 Le nombre d’atomes de carbone de l’ose et

 La nature du carbonyle

• Le nombre d’atomes de carbone : 3C (triose) ; 6C (hexose)

• La nature du carbonyle : on distingue deux fonctions carbonyle:
Aldéhyde caractérise un Aldose (C1)
Cétone caractérise une Cétose(C2)
• La combinaison de ces 2 critères caractérise l’ose :

— Aldopentose, Aldohexose, …
— Cétopentose, Cétohexose…..
 Nomenclature et classification en
fonction du nombre de carbone

 Les sucres les plus courts possèdent 3C on note :

Classification en fonction de la fonction
réductrice
 Nomenclature stéréochimique
Glycéraldéhyde GA (3C) (1er de la série des aldoses)
La molécule présente un carbone asymétrique : 2
énantiomères
 Appartenance à la série D ou L
L’appartenance à la série D ou L pour un ose à nC
est déterminé par la configuration du Cn-1
Les formes D et L sont appelées énantiomères

• Isomère D : OH du Cn-1 à droite

• Isomère L : 0H du Cn-1 à gauche

La grande majorité des oses naturels appartient à

la série D
 Filiation des oses
• Filiation des aldoses:
 Tout aldose dérive d’un glycéraldéhyde par
l’addition
par voie chimique d’un chaînon H-C-OH.

 La réaction permet de passer d’un Aldose à n C à

un Aldose à (n+1)C (réaction de Kiliani)

 Triose → Tétrose → Pentose → Hexose

3C 4C 5C 6C
Principaux oses naturels selon Fischer

Epimères
 Epimères
 Deux épimères sont deux isomères ne différant
que par la configuration absolue d’un seul C chiral

 L’épimérisation se fait par voie chimique ou

enzymatique (épimérase).

 Le Galactose est épimère enC4 du Glucose.

 Le Mannose est épimère en C2 du Glucose .

 Structure cyclique des oses
 Les oses ne sont pas des structures rigides et rectilignes.

 La cyclisation permet leur stabilité

 Dans le vivant, tous les sucres sont cycliques

 Cette cyclisation fait intervenir une hémi-acétylisation,

entre la fonction réductrice du sucre (en C1 pour aldoses et
C2 pour cétoses) et un alcool avec libération d’une
molécule d’eau
 Formation d’une liaison hémiacétalique
Cyclisation des aldoses: cycle pyrane
Cyclisation des aldoses: cycle furane
Deux structures cycliques sont possibles

La forme pyranique correspond à un hérérocycle à 6 sommets

(5 C et 1 O).

Pont oxydique C1-C5 Pyranoses

La forme furanique correspond à un hétérocycle à 5 sommets

(4 C et 1 O).

Pont oxydique C1-C4 furanoses

 Notion d’anomérie

• Lors de la fermeture du cycle, se forment 2

anomères :

Anomère α: si 0H du C1 est en dessous du plan (OH

du C1 orienté vers le bas )

Anomère β :si OH du C1 est au dessus du plan

( OH du C1 orienté vers le haut)
Exemple : alpha Glucopyranose
 Cyclisation des cétoses
• cyclisation fait intervenir une hémi-acétylisation,
entre la fonction réductrice du sucre (en C2) et
un alcool avec libération d’une molécule d’eau

• Formation de pyranoses : pont oxydique entre C2

et C6

• Formation de furanoses : pont oxydique entre C2

et C5
EXEMPLES D’OSES
 D Glucopyranose:

Le Glucose naturel (D) Glucose) . Liaison 1-5 ; anomère alpha

 D-Galactopyranose:

Intervient dans la composition du : Lactose = D Gal + D Glc

 D-Mannopyranose:

 Il est présent surtout dans les végétaux.

 C’est un constituant des glycoprotéines chez l’homme.
 D-Fructofuranose:
 On le trouve surtout dans les fruits d’où son nom
 Il est présent sous forme furanique dans le saccharose.
 D Ribofuranose:
 La forme furanique est la forme habituelle des pentoses combinés
dans les acides nucléiques (ARN).
 Il intervient dans la structure des coenzymes : NAD, NADP, ATP.

Dans le Désoxyribose le OH en 2 est remplacé par H (ADN).

 Propriétés chimiques des oses
• Les oses sont très hydrosolubles en raison de
leurs nombreuses fonctions alcooliques.

• Les aldoses sont réducteurs par leur fonction

hémiacétalique (pseudoaldéhydique).
 Propriétés chimiques des oses

 L’oxyde cuivrique (bleu ) est réduit en oxyde cuivreux

(rouge brique insoluble)
 Propriétés chimiques des oses
• Les oses subissent une interconversion
 Propriétés chimiques des oses
• Les oses subissent une épimérisation en
milieu alcalin

• Epimères en C2( Glucose /Mannose)

• Epimères en C4 (Glucose/Galactose)
 Propriétés chimiques des oses
 Les oses sont estérifiables : la fonction alcool
primaire (C6) peut être estérifié:

Alcool + acide ester + eau

Glucose + acide phosphorique Glucose 6 phosphate

• Exemples: Glucose - 6 - Phosphate, Fructose 1, 6 - bis

Phosphate( molécules importantes du métabolisme
énergétique).
composés apparentés aux oses
 Dérivés amines d’oses biologiques:
les osamines
 Ce sont des oses dans lesquels une fonction alcool est
substituée par une amine:
 Deux osamines ont un intérêt biologique :

• la Glucosamine et la Galactosamine [-OH porté par

Carbone2 remplacé par -NH2(groupement amine)]

 Le -NH2 est souvent acétylé pour donner une

• N-acétylglucosamine ou une N-acétylgalactosamine

• Les osamines sont des constituants des glycolipides, des

glycosaminoglycanes et des glycoprotéines
 Dérivés acides d’oses biologiques:
les acides uroniques
• On les obtient par oxydation de la fonction
alcool primaire sur C6 en fonction
carboxylique(COOH).

• Constituants des Glycosaminoglycanes

• Rôle biologique est essentiel dans la
détoxification hépatique
Les acides uroniques
 Dérivés acides d’oses biologiques:
acide sialique
• Acide sialique = Acide N-acétylneuraminique
(NANA)

• les acides sialiques sont des constituants des

glycoprotéines et glycolipides
 Dérivés acides d’oses biologiques:
acide ascorbique ou vitamine C
 Dérive d’un hexose par oxydation de la fonction
aldéhyde en acide
 Fonction éne-diol
 Participe aux processus d’oxydo-réduction