LES PROTEINES : STRUCTURE, PROPRIETES ET FONCTIONS

En 1839, le chimiste hollandais Gerrit MULDER publia des résultats sur l'analyse de
la fibrine du sang, des albumines du sérum sanguin et de l'œuf. Ceux-ci indiquaient que
c'étaient des composés quaternaires (C, H, O, N) avec des pourcentages quasiment identiques
pour ces quatre atomes et qui contenaient des traces variables de soufre et de phosphore. En
1938, sur la suggestion du chimiste suédois BERZELIUS, MULDER désigna ces
composés sous le nom de protéines (du grec : prééminence).

Après une période d'identification des composants, les acides α -aminés, FISCHER et
HOFMEISTER présentèrent chacun, le même jour, lors d'un congrès en 1902 le mode de
liaison des acides aminés dans les protéines: la liaison peptidique.

Les protéines: les molécules les plus complexes et les plus variées des êtres vivants. On
fabriquerait ~100 000 protéines différentes qui constituent plus de 50% du poids sec des
cellules. Une protéine, est une macromolécule composée par une chaine d'acides aminés liés
entre eux par des liaisons peptidiques.

 On parle de protéine lorsque la chaîne contient plus de 100 acides aminés.

 protéine lorsque la chaîne contient plus de 100 acides aminés.

Toutes les protéines résultent de la combinaison de 20 acides aminés différents.

L'enchaînement de ces AA est codé par le génome. Un acide aminé est une substance
organique avec une fonction amine et une fonction carboxylique.

Un peptide est formé d’un nombre restreint d’AA (<100)

Une protéine est formée d’un ou de plusieurs peptides

Les protéines sont des biomolécules de première importance :

- par leur présence universelle dans le monde vivant, seuls des viroïdes en sont dépourvus.

- par leur abondance cellulaire : c'est le premier constituant après l'eau (10 fois plus que des
glucides)

Sur un ensemble de quelques 300 aminoacides, pour le moment inventoriés, seuls 20 de ceux-
ci composent les protéines en tenant compte du fait que certains aminoacides non standard,

trouvés dans les protéines, sont modifiés après la traduction (modification post-
traductionnelle). Les noms de ces 20 aminoacides, dont le dernier à être caractérisé fut la
thréonine en 1935, n'obéissent à aucune nomenclature et évoquent soit leurs sources, soit leurs
propriétés physiques ou encore un quelconque caractère analytique.

On a l'habitude d'utiliser des abréviations à trois lettres ou à une lettre pour cette série de

vingt aminoacides.
Les animaux supérieurs sont incapables de biosynthétiser la totalité de ces aminoacides. Chez
l'homme, l'isoleucine, la leucine, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la thréonine, le

tryptophane et la valine doivent être apportés par la ration alimentaire, ils sont
qualifiés d'indispensables. A ceux-ci, on peut ajouter des aminoacides essentiels que
l'organisme synthétise à une vitesse trop lente : l'arginine et l'histidine, qui sont indispensables
pour le nouveau-né ou l'enfant. - par leur extrême diversité : elles assurent des fonctions
vitales tant structurales que dynamiques et de plus elles sont le support de la spécificité des
"espèces"

Les acides aminés

Formules générales :

Les aminoacides ont en commun d'être des molécules bifonctionnelles portant un groupement
amine (primaire) sur le carbone porteur du groupement carboxyle, dit α. La fonction amine est
une base et la fonction carboxyle est un acide (fonctions ionisables). Ce sont des acides α -
aminés (ou encore 2-amino-acides), exception pour la proline qui a une amine secondaire
(acide α -iminé). Leur formule générique s'écrit :

Le résidu R est un résidu variable qu'on appelle la chaîne latérale. On distingue :

Propriétés physiques des acides aminés :
Solubilité et point de fusion :

Propriétés optiques : pouvoir rotatoire

Absorption dans l’ultraviolet

Propriétés chimiques :

Propriétés ioniques :
- les R aliphatiques à - chaîne carbonée de type carbure, linéaire ou branchée

- chaîne carbonée portant des groupements fonctionnels (acide, amide, alcool, thiol, amine,
guanidine)

- les R cycliques :
- aromatiques

- hétérocycles à azote

La liaison peptidique :

Généralement, les protéines sont de longues chaînes d'acides aminés réunis par des
liaisons formées au cours de réactions de synthèse, le groupe aminé de chaque acide aminé
s'étant lié au

groupe acide de l'acide aminé suivant. Cette liaison forme l'arrangement d'atomes
caractéristique de la liaison peptidique

Liaison peptidique :

Cette synthèse s’accompagne de la perte d’une molécule d’eau. Les liaisons peptidiques se
rompent lorsque de l’eau s’y ajoute (hydrolyse des polypeptides). L'union de deux acides
aminés donne un dipeptide; celle de trois acides aminés, un tripeptide; celle de dix
acides aminés ou plus, un polypeptide. Les molécules contenant plus de 50 acides aminés
sont des protéines. La plupart des protéines sont cependant des macromolécules, c’est-à-dire
de grosses molécules complexes formées de 100 à 1000 acides aminés.

Dissociation des acides aminés

Les peptides

Liaisons peptidiques

Classification des composés peptidiques

Propriétés des liaisons peptidiques :
Les protéines :
Fonctions des protéines :

Les protéines ont des fonctions très diverses

Structure des protéines:
Structure primaire des protéines :

La structure primaire d’une protéine correspond à l’ordre d’enchaînement des acides

aminés, la séquence commence par l’AA Nt et se termine par l’AA Ct, cette succession
correspond au sens de la traduction de la protéine.

Les AA sont reliés entre eux p

ar des liaisons peptidiques covalentes, formant des plans successifs et dont la disposition les
uns par rapport aux autres donnera la structure de la protéine dans l’espace

La structure primaire des protéines est représentée par la séquence d’acides aminés qui se lient de
manière à former une chaîne polypeptidique.
Les propriétés uniques de chaque protéine dépendent des types d’acides aminés qui la
composent et de leur séquence. On peut considérer les 20 acides aminés comme un « alphabet » de

20 lettres, utilisées pour construire des « mots » (les protéines). De même, qu’on peut changer le
sens d’un mot en remplaçant une lettre par une autre (faire → foire), on peut créer une
nouvelle protéine de fonction différente en remplaçant un acide aminé ou en changeant sa position.
Parfois, le nouveau mot n’a aucun sens (faire → faore), tout comme il arrive que les changements
de la combinaison des acides aminés donnent des protéines non fonctionnelles. Exemple :
les hémoglobines pathologiques humaines (hémoglobines falciforme S et anémiante C) ne diffèrent
de l’hémoglobine normale qu’au niveau du sixième résidu de la chaîne β (remplacement de l’acide
glutamique respectivement par la valine et la lysine).

Les êtres vivants renferment des milliers de protéines différentes, aux propriétés fonctionnelles
distinctes, toutes construites à partir d’une vingtaine d’acides aminés

La structure secondaire

La structure secondaire : forme de la chaîne peptidique possédant des liaisons non covalentes.

Les protéines n'existent pas sous forme de chaînes linéaires d'acides aminés : elles se tordent et se
replient sur elles-mêmes. C'est leur structure secondaire.

La structure secondaire la plus courante est celle de l’hélice alpha (α).

C'est une structure locale répétitive et relativement compacte dont les caractéristiques
principales sont :

- la structure est stabilisée par les liaisons hydrogène de l'atome d'oxygène (C=0 d'une liaison
peptidique i avec l'atome d'hydrogène (N-H) de la liaison peptidique (i+4)

- les radicaux des résidus sont à l'extérieur de l'hélice, ce qui minimise les encombrements stériques

- l'hélice ne peut s'établir qu'avec des résidus de la même série (L ou D)

- la configuration L des aminoacides privilégie un enroulement à droite (dans un enroulement

à gauche, les chaînes latérales recouvrent trop le squelette de l'hélice)

- les plans des liaisons peptidiques sont parallèles à l'axe de l'hélice et forment le squelette de
l'hélice. Dans l'hélice alpha, la chaîne primaire s'enroule sur elle- même puis est stabilisée par des
liaisons hydrogène entre les groupes NH et CO, à tous les quatre acides aminés environ
Cette structure est favorisée par les résidus dont les chaînes latérales ne portent pas de
charges et dont l'encombrement stérique est faible.

Certains résidus déstabilisent l'hélice par la présence de charge dans leurs chaînes latérales

(Asp, Glu, Arg et Lys). La proline est un point de rupture d'une hélice pour deux raisons : - il n'existe
pas de NH pour une liaison hydrogène

- le cycle rigide pyrrolidone engagé dans la liaison peptidique bloque la rotation, détruisant la
continuité de l'hélice.

Le feuillet plissé bêta ( β ) :

Les liaisons hydrogène des atomes d'oxygène (C=0) et d'hydrogène (N-H) d'une liaison
peptidique se répètent non plus sur une portion continue de la chaîne peptidique mais entre des
segments différents qui peuvent appartenir à la même chaîne ou à des chaînes différente est une
autre structure secondaire, où les chaînes polypeptidiques primaires ne s'enroulent pas mais se lient
côte à côte au moyen de liaisons hydrogène et forment une sorte d'échelle pliante .

Le sens peptidique des deux brins adjacents peut être identique ou contraire, les feuillets sont
respectivement dits parallèles ou anti-parallèles. Ces derniers sont plus stables, les liaisons

H subissant de plus faibles distorsions. Les chaînes latérales des résidus se distribuent
alternativement de part et d'autre du plan moyen.

Les feuillets β parallèles et anti-parallèles ont des caractéristiques très similaires :

- β parallèle

- translation : 0,32 nm
- angles dièdre : φ = - 119° et ψ = 113°

- β anti-parallèle

- translation : 0,34 nm

- angles dièdre : φ = - 139° et ψ = 135°

Dans ce type de structure secondaire, les liaisons hydrogène peuvent unir différentes parties d'une
même chaîne qui s'est repliée sur elle-même en accordéon ou encore différentes chaînes
polypeptidiques. Dans les hélices alpha, les liaisons hydrogène unissent toujours différentes
parties d'une même chaîne. Une chaîne polypeptidique peu présenter les deux types de structure

secondaire.

Structure tertiaire :

Forme de l’ensemble de la chaîne peptidique avec ses repliements éventuels.

L'arrangement spatial des structures secondaires locales aboutit à une forme globale spécifique
de la protéine maintenue par des interactions qui peuvent être de nature différente :

- liaison covalente : pont disulfure

- liaisons ioniques entre groupements chargés de signe opposé (pont salin).

interactions électrostatiques entre dipôles permanents et groupements ionisés ou encore entre deux
dipôles : les plus répandues sont les liaisons hydrogène

- attractions hydrophobes (force de Van der Waals entre groupes apolaires subissant des forces de
répulsion par l'eau, ce qui favorise leur rapprochement)

- interactions des chaînes latérales des résidus avec le solvant : dans l'eau, les chaînes
latérales polaires pourront être exposées au solvant, alors que les chaînes latérales apolaires auront
tendance à "s'enfouir" dans des poches hydrophobes de la protéine
La structure tertiaire d'une protéine est le paramètre fondamental dont dépend l'expression de ses
fonctions biologiques qu'elles soient structurales ou dynamiques (protéines des membranes ou
du cytosquelette ou etc, récepteurs, enzymes, etc). Cette structure est très dépendante des
interactions que nous venons de décrire. Ces interactions subissent l'influence du milieu dans
lequel elles se trouvent (solvant, température, pH, force ionique, agents détruisant ces
interactions, etc).

La conformation native de la protéine est la structure tertiaire qui correspond à celle qui exprime sa
fonction biologique dans les conditions physiologiques. Un traitement détruisant cette structure qui
a pour conséquence de supprimer sa fonction est appelé dénaturation : elle aboutit à un état plus
désorganisé de la molécule.

L'étude des protéines est la partie la plus importante de l'enseignement de deuxième cycle, nous
n'aborderons pas les relations structure-fonction, ni les propriétés physicochimiques.

- protéines fibreuses : elles forment des agrégats ordonnés de protéines qui sont en général sous ne
unique conformation principale, soit α -hélice (la kératine a est sous formes de torsades de
dimères en α -hélice) ou feuillets plissés β (les fibroïnes sont des empilements de protéines en
feuillets plissés β ).

- les autres protéines sont dites globulaires : leurs structures tertiaires sont très dépendantes, des
interactions. Elles peuvent comprendre des motifs de structure α -hélice ou feuillets plissés β.
On les subdivise en groupes par rapport à la dominance des motifs de structure secondaire :

- protéines à domaine α

- protéines à domaine β

- protéines α / β : elles comprennent des domaines α et des domaines β (les plus

nombreuses).
 Structure quaternaire :

géométrie de l’association des différentes chaînes ente elles : C'est l'organisation des protomères qui
définit la structure quaternaire d'une protéine formée de multimères. De manière très succincte,
indiquons que :

- l'association ou la dissociation des protomères permettent à ces protéines d'avoir des

fonctions de signalisation ou de contrôle (l'enzyme protéine-kinase dépendante de l'AMP
cyclique)

- l'interaction entre les protomères (sous-unités) est un moyen très précis de régulation : phénomène
coopératif de fixation de ligands, enzymes allostériques, récepteurs membranaires

- les isoformes des protéines : elles ont les mêmes fonctions, toutefois leur structure est dépendante
du tissu soit au niveau du nombre de protomères dans l'association soit une différence au
niveau du protomère.

Les protéines constituent le principal matériau de construction des êtres vivants. Elles jouent un rôle
actif et vital dans le fonctionnement des cellules (enzymes, anticorps, antigènes, toxines ...). Toutes
les protéines contiennent du carbone, de l’oxygène, de l’hydrogène et de l’azote, plusieurs
contiennent aussi du soufre et du phosphore

Étude des séquences peptiques

La détermination de la nature exacte, des proportions de chacun des AA constitutifs et de l’ordre
de leur enchainement dans un peptide ou une protéine donne nécessite en premier lieu le clivage
des liaisons covalentes.
. Clivage des ponts disulfures et séparation des chaines peptidiques
La structure covalente des peptides représente des ponts disulfures qui peuvent s’établir entre les
chaines dans le cas de molécules polypeptidiques. Ces liaisons disulfures sont engagées entre
deux demi-résidus de Cystéine. La dissociation de cette liaison se fait par : scission de ponts
disulfures au :
β-Mercaptoéthanol : la protéine échange avec le β-Mercaptoéthanol ses groupes S-S, chaque
cystine est réduite en deux Cystéines alors que les deux molécules de β-Mercaptoéthanol sont
oxydées en disulfure . Pour empêcher la ré-oxydation de la cystéine formée on ajoute l’Iodacétate

Réduction du 2-mercaptoéthanol
Empêchement la ré-oxydation de la cystéine par Iodoacétate
Acide performique : toutes les cystéines dans une protéine sont oxydées (celles qui sont
liées ensemble par des ponts disulfures et celles qui sont en forme de thiol). Acide performique
scinde les ponts S-S des protéines et prévient leur reformation en transformant le résidu Cystéine
en deux résidus d’acide cystique

Oxydation avec de l’acide performique

Détermination du nombre de type des acides aminés
Le nombre des acides aminés dans une chaine peptidique peut déterminer via :
1. Hydrolyse complète Acide
L’hydrolyse complète de la liaison peptidique en présence d’acide fort à chaud est effectuée en
utilisant l’acide chlorhydrique (HCl) 6N à 105 °, à ébullition pendant au moins 24 heures, aboutit
à un hydrolysat contenant les aminoacides avec toutefois les inconvénients suivants :
L'aminoacide acide Tryptophane est entièrement détruit à cause de la sensibilité de noyau indole
aux acides. Son dosage nécessite une hydrolyse alcaline.
Les amides (Asn, Gln) sont hydrolysés en ammoniac et acides correspondants (Asp, Glu).

C’est la méthode la plus utilisée, mais, nécessite d’autres méthodes pour compléter les résultats de
l’analyse.
2. Hydrolyse complète alcaline L’hydrolyse complète de la liaison peptidique en présence d’une
base forte à chaud est effectuée en utilisant la soude (NaOH) à 4N à 105°, à ébullition pendant au
moins 24-72 heures, aboutit à un hydrolysat contenant les aminoacides avec toutefois les
inconvénients suivants :
Les AA Ser, Thr, Arg et Cys sont partiellement détruits.

Utilisation limité à la détermination de la teneur en Tryptophane.

Détermination de la structure des chaînes peptidiques

Pour connaître la séquence des acides aminés, il faut d’abord déterminer les acides aminés N- et
C- terminaux, puis l’ordre d’enchaînement des autres acides aminés.
1. Identification d’aminoacide N- terminale
a)- Méthodes chimique
Le principe de la méthode chimique consiste à faire fixer le NH2 terminal libre d’un peptide sur un
réactif, puis on réalise une hydrolyse du produit qui permet de donner un mélange d’AA et un
dérivé de réactif lié à l’acide aminé N-terminal.
Tableau. I : Identification d’AA Nter par des méthodes chimiques

b)- Méthode enzymatique

L'hydrolyse des liaisons peptidiques peut être réalisée par des enzymes protéolytiques (ou
protéases ou encore peptidases) qui sont des hydrolases. La spécificité principale de ce groupe
d'enzymes est l'hydrolyse des liaisons peptidiques.
L'enzyme Aminopeptidase (exopeptidase) n’hydrolyse que la première liaison peptidique en
libérant l'aminoacide terminal (sauf celles dans lesquelles la proline est impliquée, dans ce cas,
c’est la Proline amino-peptidase qui va intervenir). L’AA libère est identifié par
chromatographie. L’enzyme pouvant poursuivre son hydrolyse sur le peptide à n-1 résidus,
plusieurs cycles peuvent être ainsi réalisés.
b)- Méthode enzymatique
L'hydrolyse des liaisons peptidiques peut être réalisée par des enzymes protéolytiques (ou
protéases ou encore peptidases) qui sont des hydrolases. La spécificité principale de ce groupe
d'enzymes est l'hydrolyse des liaisons peptidiques.
L'enzyme Aminopeptidase (exopeptidase) n’hydrolyse que la première liaison peptidique en
libérant l'aminoacide terminal (sauf celles dans lesquelles la proline est impliquée, dans ce cas,
c’est la Proline amino-peptidase qui va intervenir). L’AA libère est identifié par
chromatographie. L’enzyme pouvant poursuivre son hydrolyse sur le peptide à n-1 résidus,
plusieurs cycles peuvent être ainsi réalisés.

Effet d’une Aminopeptidase

Tableau. II : Spécificité de quelques endopeptidases

Identification d’aminoacide C- terminale

a)- Méthodes chimique
Hydrazynolyse: un traitement à l'hydrazine à 100°C hydrolyse toutes les liaisons peptidiques, et
libère des hydrazides de tous les AA sauf le C terminal, qui se présente comme un AA libre
normal. Il est alors facile à isoler et à identifier

Hydrazynolyse permet la détermination d’aminoacide C- terminale

Méthode enzymatique
Carboxypeptidase (exopeptidases) hydrolysent les liaisons peptidiques à partir du résidu C-
terminal ; il existe plusieurs types d’enzymes Carboxypeptidase :
Carboxypeptidase A est une métallo-enzyme du suc pancréatique hydrolysant toutes les
liaisons sauf si l’acide aminé C-terminal est glycocolle, Pro ou AA basiques (Arg, Lys). Ainsi
que si la proline est l’avant dernier AA de la chaine peptidique.
Carboxypeptidases B extraite du pancréas détache les AA basiques (Lys, Arg) sauf si la
proline est l’avant dernier AA.
Carboxypeptidase C détache tous les acides aminés C-terminaux.
Proline carboxypeptidase détache spécifiquement la proline C-terminale.

NB : L’enzyme pouvant poursuivre son hydrolyse sur le peptide à n-1 résidus, plusieurs cycles
peuvent être ainsi réalisés.
Effet d’une Carboxypeptidase

Détermination de l’ordre d’enchaînement des AA

a)- Méthodes chimique (Hydrolyse chimique spécifique)
Bromure de cyanogène (BrCN)

BrCN hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de la Méthionine (après) (AA-Met-AA)

Réaction de Bromure de cyanogène

2-Nitro-5-Thiocyanobenzoate (NTCB)
NTCB hydrolyse la liaison peptidique du côté amine de la cystéine (Avant) (AA – Cys - AA).
b)- Hydrolyse enzymatiques.
Endopeptidases sont des enzymes qui hydrolysent les liaisons peptidiques internes entre deux
aminoacides [i et (i+1)]. Il peut être spécifique du résidu en position i ou (i+1). L'hydrolyse d'un
peptide par une endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques : si on a m coupures
(m liaisons peptidiques hydrolysées), le peptide sera dégradé en (m+1) fragments peptidiques.
Le tableau II présente quelques endopeptidases avec leurs spécificités.
Fragmentation des chaines peptidique

1)- Action du 1-fluoro 2,4- dinitrobenzéne (FDNB)

Le FDNB réagit facilement avec les fonctions aminées (Fig. 01) pour former un dérivé N-2,4-
dinitrophénylé (DNP). Ce composé jaune est facile à identifier par chromatographie et doser par
spectrophotométrie à 360 nm. Cette réaction a permis à Frederik SANGER (1953) d'établir la
première structure primaire d'une protéine : l'insuline.

Action du phénylisothiocyanate (Réaction d’Edman)

La carbamylation avec le phénylisothiocyanate (PTC), à un pH basique de 9, donne un dérivé
phénylthiohydantoineaminoacide (PTH-aminoacide) qui absorbe dans l’UV et facilement
séparable par chromatographie

Dansylation
L’action du chlorure de dansyle (1-diméthyl-amino-naphtalène5-sulfonyle) donne un DNS
aminoacide stable et fluorescent
Action du chlorure de dansyle

Réaction avec la Ninhydrine

Comme on peut le voir sur la figure 04, cette réaction comporte plusieurs étapes. Dans un
premier temps, on observe la formation de ninhydrine réduite, cependant que l’AA est
transformé en iminoacide ; celui-ci s’hydrolyse en α-céto-acide qui est décarboxylé en un
aldéhyde ayant un atome de moins que l’AA de départ. Puis le NH3 réagit avec une molécule de
ninhydrine réduite et une molécule de ninhydrine oxydée pour donner un produit ayant une
couleur bleue-violette avec les amines primaires et un produit jaune pour les amines
secondaires (Pro).

Réaction des AA avec la ninhydrine