Acides aminés, peptides et protéines

III. Etude de quelques protéines particulières

1. Peptides
Il s'agit de l'association covalente (liaisons amides) de plusieurs acides aminés AA (jusqu'à
100). Ce sont des combinaisons linéaires le plus souvent.
La séquence se note : Nt-AA1-AA2-AA3- ••.••••••.•• AAn-Ct
Lorsque l’AA est incorporé dans une séquence, on parle de résidu.
Les rôles sont nombreux, mais on peut citer :
- rôle hormonal ;
- rôle de messager chimique local : parahormone ;
- rôle dans le fonctionnement du système cardiovasculaire, du système nerveux, des
fonctions digestives.
Généralement, l'action biologique est courte, les peptides étant très vite dégradés par des
peptidases.
1.1. Insuline et glucagon
Ces deux hormones sont synthétisées par les îlots de Langhérans du pancréas : les ilots β
synthétisent l'insuline et les ilots , le glucagon.
L'insuline est hypoglycémiante (favorise la pénétration du glucose dans les cellules
périphériques), le glucagon à l'effet inverse : hyperglycémiant. L'équilibre entre ces deux
hormones régule le taux de glucose sanguin.
• L’insuline
Elle présente une structure ramifiée : deux chaînes peptidiques A (21 AA) et B (30 AA),
réunies par des ponts disulfures (liaisons covalentes).
Les ponts disulfures permettent une structure tridimensionnelle rigide, compacte et globulaire
sous la forme d'un quartier d'orange. C'est la partie convexe externe qui est reconnue par le
récepteur membranaire spécifique.
Ce sont surtout les régions Ct de A et de B au voisinage du 2e pont disulfure qui sont engagées
dans les interactions avec le récepteur.
Les résidus qui interagissent directement avec le récepteur sont A19, A20, A21, Bl2, B21 et
B23.
Importance des ponts disulfures : s'il y a réduction, l'activité biologique est suspendue.
Synthèse de l'insuline :
• Pré-pro-insuline (chaîne unique avec 33 AA en plus représentant le peptide de connexion,
entre Ct de B et Nt de A) qui commence par l'extrémité Nt de B.
• Sécrétion à l'extérieur de la cellule de la pro-insuline.
• Action de peptidases spécifiques qui reconnaissent les AA basiques.
Libération de trois chaînes A, B et C ; A et B sont oxydées, et C n'a pas de rôle physiologique
dans la régulation de la glycémie.
• Le glucagon
Il s'agit d'une hormone plus courte (29 AA), avec un effet hyperglycémiant.

1.2. Glutathion
Il est présent dans presque toutes les cellules et lutte contre l'oxydation cellulaire.
Le glutathion est un tripeptide (pseudo) : Nt-Glu-Cys-Gly-Ct ou GSH (-SH : fonction thiol de
la cystéine). Il existe sous deux formes : GSH ou G-S-S-G (forme dimérique)

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 Coexistence des deux formes du glutathion.

Dans la majorité de nos cellules, le rapport [GSH]/[GSSG] est d'environ 500 grâce à la
glutathion réductase. Ceci explique le caractère fortement réducteur du compartiment
cytosolique.
Dans la cellule, il lutte contre les radicaux peroxydants tels que les hydroperoxydes ROOH,
hydroxydes radicalaires qui restent agressifs pour la cellule

Action du glutathion contre les radicaux peroxydes

Au niveau des globules rouges, il maintient l'ion fer sous sa forme Fe2+ indispensable pour le
bon fonctionnement de l'hémoglobine (cf. Hémoprotéines)

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 Action du glutathion sur l'hémoglobine des globules rouges

1.3. La pénicilline
C'est un peptide antibiotique isolé d'un champignon, Penicillium chrysogenum, qui agit par
mimétisme moléculaire à effet bactéricide.
Ce peptide possède un cycle organique lactame qui ressemble au dipeptide D-Ala-D-Ala naturel
produit par les bactéries. Lorsque la bactérie se développe (coque de muréine pour certaines
d'entre elles), elle utilise le D-Ala-D-Ala. En présence de pénicilline, la bactérie confond les
structures et utilise l'antibiotique d'où arrêt de la fabrication de la muréine (cf. inhibition des
enzymes).

2. Les hémoprotéines : Hémoglobine et myoglobine

L'hémoglobine (Hb): Elle représente 90% des protéines des globules rouges. Un globule rouge
(GR) contient 290 x 106 molécules d'hémoglobine (Hb) dans le sang. La couleur est due au fer
de l'hème. Son rôle est de transporter de l’oxygène O2 des alvéoles aux tissus périphériques.

Le transport et le stockage de l'oxygène chez les animaux est assuré par deux molécules que
sont l'hémoglobine et la myoglobine.

La myoglobine (Mb) : Son rôle est de stocker l'oxygène dans les muscles. Il s'agit de protéines
globulaires (environ 150 AA par chaîne) : 2 500 atomes pour la Mb et plus de 10 000 atomes
pour l'Hb.

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Elles possèdent une partie non protéique (groupement prosthétique) appelée hème
(tétracyclique, hydrophobe, avec un noyau porphyrine).
• L'hème (groupement prosthétique)
Constituée de quatre noyaux pyrroles (quatre hétérocycles) reliés entre eux par un carbone
méthénique, on parle ainsi de structure tétrapyrrolique.
Toutes les doubles liaisons y sont conjuguées : les électrons sont donc délocalisés sur l'ensemble
des doubles liaisons.
L'hème est une molécule très hydrophobe.
-CH= : carbone méthénique.
-CH3 : méthyle 1, 3, 5, 8.
-CH =CH2 : vinyle 2, 4.
-CH2-CH2-COOH: propanoïque 6, 7.
La protoporphyrine IX et le fer forment la molécule d'hème.
La poche de l'hème est très hydrophobe, ce qui empêche l'entrée de l'eau qui pourrait oxyder
l'ion fer2+ en fer3+.
Les substituants propanoïques sont orientés vers l'extérieur de l'hème (I'hème peut se loger
dans l'Hb ou dans la Mb ). Ils présentent un caractère acide, par déprotonation, avec
introduction de deux charges négatives. Ces charges permettent d'orienter l'hème dans une
cavité ménagée dans la structure tertiaire de la partie protéique.
Présence d'un ion Fe2+ pour former l’hème. Si l’ion se transforme en ion Fe3+, il ne peut pas
y avoir de fixation de l’O2 sur Hb et sur Mb. Ce caractère réducteur est maintenu grâce à
une enzyme~ la glutathion réductase.

Structure de l’hème (protoporphyrine IX + Fer).

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 • Les chaines protéiques

• Structure primaire : la Mb possède une seule chaîne de 153 AA.

L'Hb possède quatre chaînes différentes deux à deux. Deux chaînes  de 141 AA et deux
chaînes β de 146 AA, mais le repliement est à peu près identique.
• Structure secondaire : 75% de la chaîne de Mb et de chaque chaîne d'Hb sont sous forme
d'hélices a. Il existe, au total, 8 hélices annotées de A à H.
• Structure tertiaire : présence de nombreuses liaisons hydrophobes (Van der Waals) avec
formation de la poche de l’hème.
• Structure quaternaire : uniquement pour Hb (pour Mb, une seule chaîne protéique et une
molécule d'hème, donc pas de structure IV).
L'Hb est tétramérique ou oligomérique : quatre chaînes (2 a et 2 β) et quatre hèmes, ce qui
entraîne quatre sous-unités indépendante.
La structure IV est stabilisée par des liaisons faibles : liaisons hydrogène, interactions
hydrophobes et ioniques. Chaque chaîne a entre en interaction avec deux chaînes β mais il
n'existe que très peu d'interactions entre deux chaînes de même type, ce qui a pour conséquence
la mobilité de la protéine pendant la respiration. Quand il y a interaction avec 1'O2, les chaînes
bougent un peu les unes par rapport aux autres.

Structure des chaînes de globine

• Les liaisons de coordination
Dans ce type de liaison, un atome apporte les deux électrons de la liaison.
Au centre de la structure tétrapyrrolique se place un atome de Fe2+ à égale distance de chaque
atome d'azote. Il s'établit quatre liaisons de coordinance avec les quatre atomes d'azote aux

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sommets des cycles pyrroles. Une cinquième liaison de coordination perpendiculaire au plan
de la molécule s'établit avec l'His F8 (histidine en 8è position de la chaîne F de la partie
protéique) dite His proximale.
L'hème est donc liée par une seule liaison avec la partie protéique. Pour comprendre la
formation des liaisons de coordination, il faut regarder la répartition des électrons autour de
l'atome de fer. Le fer est entouré de 26 électrons.
Fer non ionisé : Fe : 1 s2 2s2 2p6 3s2 3p6 3d6 4s2
Fe2+ : ls2 2s2 2p6 3s2 3p6 3d6 (perte de 2 électrons, il en reste 24).

On voit qu'il y a la possibilité d'établir une sixième liaison de coordination avec l'ion fer II, ce
qui se produira lorsque le dioxygène se fixera sur la molécule.

• Formation de la sixième liaison de coordination

Dans la suite de ce chapitre, on notera Hb pour la désoxyHb et HbO2 pour l'oxyHb ; de même,
on notera Mb pour la désoxyMb et MbO2 pour l'oxyMb.
- À l’état désoxygéné
La sixième case quantique est vide, le fer est donc déséquilibré, et la molécule se « courbe »
comme un dôme. Il y a en fait un léger déplacement du fer vers la région proximale (His F8).
L'His tire sur l'hème ce qui entraîne une torsion du plan de l'hème de 0,4 A°.
La sixième liaison de coordination ne s'établit pas, même avec d'autres AA car il y a un
encombrement important dans la partie distale.
- À l’état oxygéné
L'O2 est dans la poche de l'hème et interagit directement avec l'ion Fe2+ en formant la sixième
liaison de coordination.
Un déplacement de 0,4 A se produit vers l'His E7 ou His distale, ce qui entraîne l'attraction de
l'His F8 vers le centre de la poche de l'hème.
Il existe une inclinaison de la molécule d'0 2 d'un angle de 60 ° entre la double liaison O=O et
le plan de l'hème. L'0 2 est stabilisé grâce à des liaisons hydrogène avec la fonction amine II du
noyau imidazol de l'His distale.

3. Les immunoglobulines
- Relation structure fonction
Les immunoglobulines sont sécrétées et doivent donc être résistantes. La structure quaternaire
est donc fortement stabilisée par des ponts disulfures.

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On trouve ces ponts disulfures intrachaînes au niveau des VH et des VL et deux ponts disulfures
interchaînes réunissant les deux chaînes lourdes. Ces deux domaines possèdent des structures
identiques.
On trouve une chaîne légère unie à chaîne lourde par pont disulfure au niveau du C-terminal :
ceci forme une zone charnière qui permet de forn1er un angle variable pour l'adaptation à la
taille de l'antigène.
La chaîne H possède quatre domaines : VH, CH1, CH2, CH3 très proches dans leurs structures
secondaires.
- 110 AA par domaine.
- Un pont disulfure par domaine.
- Les chaînes H sont stabilisées par deux ponts disulfures au début du 3e domaine (donc
CH2).
Une chaîne L possède deux domaines VLet CL
- 110 AA par domaine vers Nt (région variable).
- Chaque domaine est stabilisé par un pont disulfure intrachaîne.
- 20 à 30 AA différents correspondent à la capacité à reconnaître l'antigène.
- Il existe un pont disulfure entre H et L (au niveau de chaque Fab).
(4 domaines par chaîne H + 2 domaines par chaîne L) x 2 = 12 domaines = 1 320 AA.
2 x 6 ponts disulfures intrachaînes + 4 ponts disulfures interchaînes = 16 ponts disulfures.
Les Ig ont toutes 110 AA par domaine car elles proviennent de la duplication d'un même gène
qui code pour une protéine de 110 AA.
Les chaînes L peuvent varier au niveau de leur domaine constant ; on peut avoir des chaînes K
(kappa) ou λ (lambda), soit 2 λ, ou 2 K, mais on ne connaît pas de répercutions fonctionnelles
majeures en fonction de la présence d'un type de chaîne plutôt qu'un autre.

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 Structure des immunoglobulines

4. Hormones thyroïdiennes
Sont des dérivés de la tyrosine.
La glande thyroïde située à la base du coup joue un rôle essentiel dans la croissance.
Elle fabrique des dérivés iodés de la tyrosine à partir d'ions iodure issus de l'alimentation.

Mono-iodotyrosine Di-iodotyrosine

Tri-iodothyronine (T3)

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 Tétra-iodothyronine ou thyroxine (T4)

En plus de l'intervention dans le développement, la glande thyroïde intervient comme un

thermostat pour l'organisme ; En cas de sur fonctionnement, la température de l'organisme
s'élève.

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