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FACULTE DE MEDECINE ET DE
PHARMACIE
Biochimie
Structurale
2ème Année de Pharmacie
S3
Pr. Balouch Lhoussine
2020 - 2021
Chapitre préliminaire : Composition élémentaire de
l’organisme
(PO4)6 Ca10 F2
3-les ions
Intérêt :
La structure d’une molécule nous renseigne sur ce qu’il
serait son comportement dans un milieu, avec quelles
autres molécules elle peut réagir, et quelles seront les
conséquences de cette interaction sur elle, sur le milieu et
sur les autres molécules.
Connaissons les structures des molécules biologiques, on peut
alors deviner les interactions qu’elles peuvent engendrer
entre elles et avec le milieu. Cette connaissance permet de
comprendre les phénomènes physiologiques et pathologiques
et ainsi de les maitriser davantage. Donc on peut rien que par
analyse théorique suspecter l’implication de composés donnés
(à travers leurs interactions avec d’autres) dans un mécanisme
physiologique ou pathologique qui sera par la suite confirmé
par des recherches pratiques
Exemple : connaissons la structure du glucose avec sa fonction
pseudoaldhéydique et celle des protéines avec leurs fonctions
amines, il a été déduit que le glucose peut réagir avec les
protéines pour donner des protéines glyquées. C’était une
déduction théorique rien que sur la base des structures et les
interactions possibles entre différentes structures. Cette donnée
théorique a été vérifiée après dans la pratique. Ce qui a permis
de comprendre, comment le glucose qui reste en excès dans le
milieu extracellulaire longtemps chez les diabétiques
endommage les structures faites essentiellement de protéines.
Nous allons étudier les structures de quatre grandes
classes de composés biologiques organiques :
-Structure des Glucides
-Structure des Lipides
-Structures des Protéines
-Structure des Acides Nucléiques
Structure des Glucides
I) Introduction
-Ce sont des molécules polyhydroxylées qui porte en plus
un groupement carbonyle : aldéhyde ou cétone,
-Rôles divers :
*Production de l’énergie : les glucides sont la
principale source d’énergie
*Structural : Glycoprotéines membranaires
*Fonctionnel : éléments de reconnaissance cellulaire
Les Glucides peuvent être simple, ce sont les oses comme ils peuvent
être complexes, ce sont les osides
-Ose : sucre simple constitué d’une seule molécule irréductible
-Osides : sont constitués de deux ou plusieurs molécules d’oses
*Holosides : constitués uniquement de molécules d’oses
+Diholosides, triholosides…
+Oligosides : constitués de deux à dix molécules d’oses
+Polyosides : constitués de plus de 10 molécules d’oses
*Hétérosides : sont constitués de deux types de molécules, des
molécule de nature glucidique et d’autre de nature non glucidique
appelées aglycone ou génine
II) Les Oses
A-Données générales
1-Définition
Ce sont des molécules hydrocarbonées possédant deux types de
fonction :
- Fonction de type carbonyle : aldéhyde ou cétone
-Fonction de type alcool
Si la fonction carbonyle est aldéhyde, l’ose est un Aldose
Si la fonction carbonyle est cétone, l’ose est un Cétose
2-Classification
Se fait selon la nature de la fonction carbonyle et le nombre
d’atome de carbone
3 C= Triose 4 C= 5 C= 6 C=
Tetrose Pentose Hexose
Aldoses Aldotriose Aldotetrose Aldopentos Aldohexose
e
Cétoses Cétotriose Cétotetrose Cétopentose Cétohexose
3-Quelques notions d’isomérie des oses
a- Isomérie optique
Chaque ose possède au moins un carbone asymétrique
(sauf la dihydroxyacétone), donc il possède des
isomères optiques dit aussi énantiomères. L’isomère
optique d’une molécule, c’est son image dans un
miroir.
Pouvoir rotatoire
B-les Aldoses
Ce sont des oses qui possèdent une fonction aldéhyde comme
fonction carbonyle, le plus simple et qui est aussi le précurseur
des autres est le glycéraldéhyde
Les autres aldoses plus long dérivent du glycéraldéhyde selon
la filiation de Kiliani-Fisher qui allonge le glycéraldéhyde
d’un carbone à chaque étape:
Il y a création d’un carbone asymétrique supplémentaire, ce
nouveau carbone est porteur d’un OH, ce OH peut se situer à
droite de l’axe de la molécule comme il peut se situer à
gauche, donc on aura création de deux isomères à chaque
étape (voir schéma dessous)
Toujours chaque carbone asymétrique crée est porteur d’un
OH qui peut se situer à droite ou à gauche de la molécule
d’où deux possibilités et donc à chaque élongation d’une
molécule on a production de deux qui ne diffèrent que par
la position de OH sur le carbone créé.
L’élongation continue sur chacune des molécules produites
ainsi, on aura création de deux pentoses à partir du D-
Erythrose et deux autres pentoses à partir du D-Thréose,
donc 4 pentoses. Chacun des quatre pentoses va lui aussi
subir une élongation d’un carbone pour donner deux
hexoses, pour enfin avoir 8 Hexoses
Remarquez que le Glucose et le Galactose sont épimères en
C4 et le Glucose et le Mannose sont épimères en C2
Remarque :
Il existe une écriture simplifiée des oses présentée par
Reichstein où seuls les carbones aux extrémités de la
molécule y figurent, les autres sont représentés par les
points de croisement entre le segment représentant la
liaison OH et l’axe de la molécule. Les hydrogènes n’y
figurent pas et les OH sont simplifiés en un tiret :
D Glucose D Glucose
-Les Aldose de la série D dérivent du D glycéraldéhyde
-La plupart des oses naturels sont de la série D.
C)Les Cétoses
Ce sont des oses qui possèdent une fonction cétone comme
fonction carbonyle.
Le plus simple des cétoses est le cétotriose:
Dihydroxyacétone
D Fructose D Fructose
D)Structure cyclique des oses
1)Données générales
Au début, la structure des oses a été imaginée comme
linéaire, après on s’est rendu compte que ce modèle
linéaire n’explique pas certains comportement des oses :
-Si les oses étaient linéaires, leur fonction aldéhyde par
exemple va réagir avec les alcools pour donner un acétal
selon la réaction suivante :
Alcool
Ose (Aldéhyde) Acétal
*les hydrazines
2)Les polyosides
Sont des osides constitués d’un nombre élevé d’oses en chaines
linéaire ou ramifiée
a)Glycogène
-Polysaccharide de réserve des cellules animales, plus abondants au
niveau hépatique (10% du poids de l’organe) et au niveau musculaire
(1à 2%)
-Formé d’unités glucopyranose, liées entre elle par une liaison 1-4,
donnant une chaine principale sur laquelle se greffent des ramifications
de type 1-6 tous les huit à quatorze résidus glucopyranoses, et vers
l’intérieur tout les trois à cinq résidus glucopyranose. C’est une structure
en buisson. En général, il y a presque 50 000/molécule de glycogène.
-Rôle : le glucose est le principale élément énergétique, il doit être tout
le temps disponible, le glycogène en est une réserve logistique mis
immédiatement à la disposition de l’organisme pour la satisfaction de
ses besoins dans ce sens ; ainsi le glycogène permet d’avoir une sécurité
en glucose tout en le stockant dans un minimum d’espace cellulaire et
sans répercussion cytoplasmique en matière de pression osmotique. Une
molécule de glycogène faite de dizaine de milliers de glucose exerce
l’équivalent de pression osmotique d’une molécule de glucose.
-le glycogène subit une dégradation par une enzyme appelée Glycogène
phosphorylase et libère le glucose à partir de l’extrémité non réductrice
vers l’intérieur de la molécule. Une structure très branchée possède
plusieurs extrémités non réductrices d’où son utilité pour une
mobilisation rapide d’une quantité suffisante de glucose pour répondre
aux besoins. Les liaisons 1-6 sont rompues par une enzyme
débranchante.
b)Amidon
-C’est un polymère constitué d’unité glucopyranose, c’est une forme de
réserve de glucose dans la cellule végétale
-l’amidon est formée de deux fractions distinctes : l’Amylose (5 à 30%
de l’amidon) et l’Amylopectine (70 à 95% de l’amidon)
*Amylose
C’est un polymère fait de chaine linéaire formée par des unités
glucopyranose liées entre elles par des liaisons 1-4. Le degré de
polymérisation est généralement supérieur à 200 (1000 à 4000 résidus
glucoses
*Amylopectine
-elle est constituée de chaine constituée d’unités glucopyranose liées
entre elles par des liaisons 1-4. Sur cette chaine principale se
greffent des ramifications 1-6 qui apparaissent généralement tous les
20 à 30 résidus glucoses. L’amylopectine se compte parmi les plus
grosses molécules dans la nature, elle est faite de plus d’un million de
résidus glucose
-la structure de l’amylopectine est semblable à celle du glycogène sauf
qu’elle est moins branchée.
+Dégradation enzymatique de l’amidon
-L’ amylase, enzyme salivaire permet l’hydrolyse de l’amidon en des
fragments de longueurs plus courte (dizaines de résidus glucoses).
- L’ amylase est inactivée par l’acidité au niveau gastrique, c’est l’
amylase pancréatique qui prend le relai pour compléter la digestion de
l’amidon dans l’intestin, pour donner du maltose, du maltotriose et des
oligosaccharides avec des branchements 1-6 (Dextrines limites)
-des enzymes spécifiques des membranes des bordures en brosse de
la muqueuse intestinale vont terminer l’hydrolyse jusqu’à l’unité de
base qui est le glucose :
-Maltase : permet d’hydrolyser le maltose en 2 glucoses
-L’enzyme débranchante : hydrolyse les liaisons 1-6 pour donner
du glucose libre
-le glucose sera après absorbé par la muqueuse intestinale et passe
dans la circulation qui l’achemine vers son site d’utilisation ou de
stockage sous forme de glycogène.
c)Dextrane
-C’est un élément de réserve pour les bactéries et les champignons
-c’est un polymère de glucoses liés par des liaisons 1-6 avec des
ramifications occasionnelles sur les carbones 3 ou 4
-sont utilisés comme des substituts au plasma en thérapeutique
-le dextrane sulfate est utilisé comme anticoagulant
-C’est un des composants de la plaque dentaire produite par les
bactéries de la flore buccale.
d)Inuline :
-c’est un polymère formé d’unité fructofuranose liées par des liaisons
osidiques 2-1
-c’est un composé de réserve retrouvé chez certains végétaux tels les
artichauts
-utilisé dans l’exploration de la fonction rénale et précisément de la
filtration glomérulaire.
e)Cellulose
-Polymère constitué d’unités glucopyranose (2000 à 10000) liées
entre elles par des liaisons 1-4
-les polymères s’organisent en feuillets parallèles pour constituer des
microfibrilles s’associant elles mêmes en fibre de celluloses. Les liaisons
hydrogène permettent la stabilisation de ces édifices.
-la cellulose est un constituant principal de la paroi des cellules végétales
-95% du coton, c’est de la cellulose
-La cellulose peut être modifiée chimiquement pour donner des
composés utilisés dans différentes techniques d’exploration biologique :
+Nitrocellulose
+Acétate de cellulose
+Carboxyméthyle cellulose
-la cellulose est dégradée par une glucosidase présente chez les
bactéries et champignons mais absente chez les animaux supérieurs y
compris l’homme, celui-ci ne peut pas utiliser la cellulose comme
sources d’énergie. Cependant les ruminants peuvent le faire et c’est grâce
à une flore bactérienne qui se trouve au niveau de leur panse (estomac).
Ces bactéries produisent une glucosidase qui dégrade la cellulose en
glucose profitable pour ces animaux
3)Les Muccopolysaccharides ou les Glycosaminoglycanes acides
-sont des polymères constitués d’unité diholosidique faite d’une osamine
et d’acide glucuronique
-ils rentrent dans la structure des protéoglycanes des tissus conjonctifs et
des secrétions muqueuses
- les sites anioniques des unités diholosidique peuvent fixés des cations
tels que le calcium.
a)Acide hyaluronique
-constitué d’une répétition n fois (environ 50000) d’un diholoside
de base constitué de l’acide D glucuronique lié à la N acétyl
glucosamine par une liaison 1-3. Les liaisons entre les motifs
diholosidiques sont de type 1-4:
-l’hyaluronidase est une enzyme retrouvée chez des bactéries, dans le
sperme, le venin du serpent, elle coupe les liaisons 1-4
-l’acide hyaluronique représente une barrière pour les substances
étrangères
-c’est un constituant principal de la matrice extra cellulaire
-on le retrouve dans l’humeur vitré, le liquide synovial où il joue le rôle
d’un lubrifiant
b)Chondroitine sulfate
Polymère constitué de n unités (20 à 60) diholosidique de base faite
de l’acide D glucuronique lié au N acétyl D galactosamine 4
sulfate par une liaison 1-3. Les unités diholosidiques sont liées
entre elles par une liaison 1-4
-c’est un composant de la matrice du cartilage, il aide à son hydratation
et contribue à la flexibilité et à l’élasticité de l’os.
-les sites anioniques permettent la fixation des cations
c)Kératane sulfate
-constitué de la répétition (environ 25 fois) d’un diholoside de base qui
est constitué de D galactose lié au N acétyl D glucosamine 6 sulfate.
Les unités diholosidiques sont liées entre elles par des liaisons 1-3
-se trouve dans les cartilages costaux et dans les disques intervertébraux
d)Dermatane sulfate
-c’est un polymère constitué d’un diholoside de base= acide β L
iduronique lié par une liaison β (1-3) au N acétyle β D galactosamine
4 sulfate
-localisé essentiellement dans la peau et les tendons
e)Les Héparines
-c’est un polymère constitué d’unités disaccharidiques de base faite
d’acide L iduronique (parfois remplacé par l’acide glucuronique) lié par
une liaison 1-4 à une glucosamine N sulfate qui est sulfatée en C6 et en
C3. L’acide iduronique ou glucuronique est sulfaté en C2 une fois sur
deux.
-C’est un anticoagulant
B)Les Hétérosides
-Sont constitués d’une partie osidique et d’une partie non osidique
appelée aglycone ou génine
-Glycoprotéines (voir plus loin)
-Protéoglycanes (voir plus loin)
-Glycolipides (voir plus loin)
-Nucléosides (voir plus loin)
- il existe d’autres hétérosides :
*Amygdaloside
-Se trouve dans la graine d’amande amère
-lors de la digestion des amandes amères, il y a libération du
mandélonitrile qui après son hydrolyse va libérer l’ion cyanure qui
est très toxiques respiratoire
*Digoxine
-hétéroside cardiotonique extrait de la digitale laineuse
Structure des Lipides
I-Définition
-Composés organiques insolubles dans l’eau, solubles dans les
solvants organiques : chloroforme, éther, benzène…
-la majorité de ces molécules sont faites d’acide gras et d’alcool
-certaines substances sont rattachées aux lipides par leur caractère
hydrophobe : stéroïdes, vitamines liposolubles (A, D, E, K),
Alcools gras, carotènes
-Rôles :
*réserve énergétique
*précurseurs de vitamines, de stéroïdes et de médiateurs
*structurale : membrane plasmique
*protecteur : tissu adipeux sous cutané
Les Acides gras
-Ce sont souvent des acides souvent monocarboxylique à chaine
linéaire et à nombre paire d’atomes de carbone.
-Ils peuvent :
* être dicarboxyliques ou
* être porteur d’une autre fonction acide non carboxylique
*avoir d’autres groupements fonctionnels non acides : alcool par
exemple
*être ramifiés
*être cyclique
* être à nombre impair d’atome de carbone
* être saturés ou insaturés
I-Données générales
1-Les Acides Gras saturés
-Acides gras qui ne portent pas de liaisons insaturées (doubles liaison)
-leur structure s’écrit en zig-zag
Les alcools sont estérifiés par les acides gras pour donner les différents
lipides
1-Glycérol
2-Sphingosine
3-Cholestérol
6-Alcool amines
a-Sérine
b-Ethanolamine
c-Choline
Les Lipides
-Sont des esters d’acides gras et d’alcool
-Lipides simples : ne contenant que du C, H, O
-Lipides complexes : C, H, O et P ou N ou S
-Isoprènoides : apparentés aux lipides par leurs caractères gras
I-Lipides simples
A-Glycérides
1-Introduction
-Esters d’acides gras et de
glycérol
*Monoglycérides
*Diglycérides
-Les acides gras peuvent être identiques ou différents, ils peuvent être
saturés ou insaturés
-Les triglycérides sont les plus abondants des lipides naturels, ils sont
présents dans les tissus adipeux (graisses de réserve= réserve importante
d’énergie chez l’homme) et dans les huiles végétales.
2-Propriétés chimiques
-Sont relatives aux acides gras qui les constituent
a-Fixation de l’iode
-par les éventuels acides gras insaturés qu’ils contiennent :
On définie l’indice d’iode par la quantité d’iode en g fixée par 100 g de
matière grasse en milieu chloroformique. L’indice d’iode nous renseigne
sur la présence des acides gras insaturés dans un lipide.
b-Formation du savon
3-Vitamine D
-Rôle important dans la minéralisation osseuse
-Rôles extra osseux prouvés : dans l’immunité, dans l’équilibre du
système cardiovasculaire et respiratoire, dans le diabète…
-Dérive du cholestérol :
La vitamine D3 est une prohormone, elle va subir deux
hydroxylations successives, une au niveau hépatique en 25 et l’autre
au niveau rénale en 1 pour donner 1, 25 dihyroxyvitamine D3 appelée
aussi Calcitriol qui est la forme active de cette vitamine
4-Les Hormones stéroïdiennes
a-Cortisol
-Glucorticoïde
-Intervient dans la régulation du métabolisme du glucose
-Favorise la dégradation des protéines
-Rôle anti-inflammatoire
-Rôle immunomodulateur
b-Aldostérone
-Minéralocorticoïde
-Intervient dans la régulation de l’équilibre hydroélectrolytique
-Important dans la régulation de la tension artérielle
c-Testostérone
-Le palmitate de céryle dit aussi blanc de baleine est une réserve
énergétique très importante des Cétacés. Il est utilisé en industrie
cosmétologique.
-On retrouve les cires aussi chez les végétaux et chez les bactéries et
les insectes (cire d’abeille)
II-Les lipides complexes
-Contiennent dans leurs structure en plus du C, H, O, soit du P ou S ou N
A-Glycérophospholipides
1-Données générales
-Sont des constituants majoritaires des membranes cellulaires
-Sont des agents émulsionnants
-Sont précurseurs de second messagers
-la molécule de base est l’acide phosphatidque :
Exemple de lécithines :
-Si X= Inositol, on obtient le phospholipide : Phosphatidylinositol