COURS DE BIOCHIMIE

MÉTABOLIQUE

Par: MBAÏADOUM NGARGUINAM Rodrigue

Biologiste, Nutritionniste
 INTRODUCTION GÉNÉRALE

• Pourquoi mangeons-nous?

• Que devient ce que nous mangeons?

• Où va ce que nous mangeons?

• Qu’est ce que la biochimie?

• Que signifie métabolisme?

• Que signifie biochimie métabolique?

 INTRODUCTION GÉNÉRALE

• La Biochimie décrit en termes moléculaires les structures, les

mécanismes et les processus chimiques qui ont lieu dans un
organisme vivant et donne les principes organisationnels qui
décrivent la vie dans toutes ses formes ; principes qui se réfèrent
collectivement à « la logique moléculaire de la vie ».

• Les fondements de la biochimie reposent sur 4 principes

fondamentaux: cellulaires, chimiques, physiques et génétiques.
 INTRODUCTION GÉNÉRALE

• Fondements biologiques : L’unité de base fonctionnelle et

structurale d’un organisme est la cellule. Les organismes les plus
petits sont unicellulaires et donc microscopiques. Malgré la diversité
évidente des cellules (forme, taille, fonction), toutes les cellules des
organismes aussi complexes que simples ont des propriétés
fondamentales identiques au niveau biochimique.
 INTRODUCTION GÉNÉRALE
• Fondements chimiques: Tous les organismes vivants contiennent des
macromolécules organiques assemblées suivant un plan commun. Environ
seulement 30 éléments chimiques sur les 90 connus sont essentiels à un
organisme vivant. Les plus abondants en terme de pourcentage sont H, O, N et
C qui forment 99% de la masse des cellules. On leur associe P, S, Cl, K, Ca,
Na. Les éléments traces incluent Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I.
Les macromolécules protéines, acides nucléiques, les glucides sont des
complexes assemblés selon le même principe, bien que les fonctions soient
très variées. Les biomolécules présentent des stéréospécificités. Ainsi les
acides aminés dans les protéines sont de la série L alors que les sucres sont
des isomères D.
 INTRODUCTION GÉNÉRALE
• Fondements physiques La production et la consommation d’énergie au niveau
cellulaire par les cellules vivantes s’inscrit dans un contexte de lois de la
thermodynamique qui s’applique aussi bien en physique qu’en biologie:

• Première loi de la thermodynamique : Tous les organismes existent dans un état

stationnaire dynamique, et non en équilibre avec leur environnement.
Par exemple la teneur en hémoglobine, glucose de notre sang restera toujours
constante. L’hémoglobine a une durée de vie de 1 mois, et le glucose 1 journée, tous
sont dégradés (hémoglobine) ou intégrés (glucose) dans d’autres molécules. Les
molécules de l’organisme ont donc une durée de vie courte, ils sont continuellement
dégradées/utilisées et synthétisées. On dit qu’elles sont dans un état stationnaire
dynamique. Cet état est maintenu grâce à un apport d’énergie.
 INTRODUCTION GÉNÉRALE

Tout organisme est un système ouvert car il échange avec le milieu

extérieur/son environnement de la matière et l’énergie. Le premier
principe de la thermodynamique repose sur la conservation d’énergie
dans tout changement physique ou chimique, l’énergie totale de
l’univers reste constante, seule la forme change.

- Dans les cellules photosynthétiques, l’énergie solaire est transformée

en énergie organique selon la réaction: 6CO2 + 12H2O C6H12O6 +
6O2 + 6H20 (équation de la photosynthèse)
 INTRODUCTION GÉNÉRALE

- Dans les cellules non photosynthétiques, le glucose et autres produits

photosynthétiques sont utilisés comme source d’énergie pour former de
l’eau et le CO2 selon la réaction: C6H12O6 + 6H20 6CO2 + 6H2O
 INTRODUCTION GÉNÉRALE
• Deuxième loi de la thermodynamique : l’entropie totale de l’univers est
continuellement en croissance. On sait que les macromolécules sont
ordonnées. Or la tendance dans la nature est orientée vers le désordre.
Ainsi la synthèse des molécules conduisant à l’ordre, l’énergie libre doit
être apportée au système (cellule). Le désordre des composés d’un
système chimique est exprimé comme entropie, S, et tout changement
d’entropie est ΔS. Par convention l’augmentation d’entropie se traduit par
ΔS>0. L’énergie libre de tout système est G et peut être défini par 3
entités quantitatives : l’enthalpie H qui reflète la quantité et le nombre de
liaison, l’entropie S et la température absolue T.
 INTRODUCTION GÉNÉRALE
• On pose G = H – TS (T dégré kelvin). La variation d’énergie s’écrit

ΔG= ΔH- T.ΔS. Pour un processus spontané, ΔG<0.

• Fondement génétiques : la propriété remarquable des cellules et

organismes vivants est qu’ils ont l’habilité de se reproduire pour des
générations futures avec une parfaite fidélité. Cette fidélité implique une
constante des molécules biologiques contenues dans le matériel génétique.
L’information génétique est contenue dans l’ADN, l’acide désoxyribonucléotide
L’ADN peut se répliquer et se réparer avec une parfaite fidélité. La structure
linéaire de l’ADN code pour de nombreuses protéines tridimensionnelles. Les
modifications dans l’information génétique sont responsables des mutations.
 NOTIONS ESSENTIELLES
• Les enzymes sont, à quelques exceptions près, des protéines. A quelques
exceptions, chaque enzyme catalyse une réaction, et chaque réaction est
catalysée par une enzyme différente. Dans les cellules de centaines d’enzymes
catalysent les réactions métaboliques; elles sont organisées fonctionnellement
en séquences consécutives de réactions appelées voies métaboliques. Ces
voies métaboliques se divisent en deux grandes séquences: Le catabolisme :
ensemble de réactions enzymatiques de dégradation de macromolécules en
molécules de faible taille. Ces réactions s'effectuent avec une libération
d'énergie libre dont une partie est stockée sous forme d'ATP et de
transporteurs d'électrons réduits (NAD(P)H et FADH2). Les voies cataboliques
aboutissent, après oxydation complète, à des produits terminaux communs
(CO2 et H2O) et conduisent à la synthèse d'ATP.
 NOTIONS ESSENTIELLES
• L'anabolisme : ensemble de réactions enzymatiques de biosynthèse
de macromolécules ou de leurs précurseurs. Ces réactions
nécessitent un apport d'énergie libre fournie généralement par
l'hydrolyse de l'ATP et/ou par le pouvoir réducteur du NAD(P)H et du
FADH2. Toutes les voies métaboliques impliquant les protéines, les
glucides, les lipides et les acides nucléiques sont théoriquement
identiques dans toutes les cellules vivantes. Afin de gérer ces
multiples réactions dans une cellule, les voies métaboliques sont
régulées. Les enzymes fonctionnent grâce à certaines molécules
appelées cofacteurs.
 NOTIONS ESSENTIELLES
• Les cofacteurs eux-mêmes dérivent pour la plupart des vitamines qui sont
des composés organiques actifs à très faible dose indispensables au bon
fonctionnement de l'organisme à la croissance et à la reproduction. Les
vitamines sont en majorité apportées par l'alimentation car le corps humain
ne les synthétise pas (exceptées la vitamine D1 synthétisée dans la peau et
les vitamines B8 et K dont une partie est synthétisée par les bactéries du
gros intestin).

• En effet en l'absence de vitamines les glucides, lipides et protides de

l'alimentation seraient inutilisables. Notre alimentation peut apporter 13
vitamines. L'organisme sait produire 3 d'entre elles (vitamines A, D et K) à
partir de précurseurs et dans certaines conditions.
 NOTIONS SUR
LES COENZYME
ET VITAMINES
 INTRODUCTION

• Un Cofacteur est une molécule dont l’enzyme a besoin pour son

activité.

• On distingue les cofacteurs métalliques et les cofacteurs organiques.

• Cofacteurs métalliques: Plus de 25% de toutes les enzymes

nécessitent la présence d’un cofacteur métallique qui sont
généralement des cations divalents Mg++, Ca++, Mn++, Fe++, Zn++,
Cu++. Ils sont soit nécessaires à l’action de l’enzyme mais sans liaison
étroite, soit fortement lié à la protéine et purifié avec elle.
 INTRODUCTION
• Cofacteurs organiques non protéiques: On les appelle également
Coenzymes. Ils sont de petite taille, de structure souvent cyclique. Parmi eux
on distingue les groupements prosthétiques, liés par covalence à l’apoenzyme;
et les co-substrats ou coenzymes libres car faiblement liés à la protéine.

• De nature organique, les vitamines sont en général des composés organiques

non synthétisées par l’organisme, utiles en petites quantités pour assurer leurs
fonctions biochimiques. Chez l’homme la plupart des coenzymes dérivent de
vitamines. Une carence vitaminique entraîne une diminution de synthèse du
coenzyme dérivé et donc une pathologie liée à une perte d’activité
enzymatique. Les symptômes de telles carences varient en fonction des
métabolismes touchés.
 1. FONCTIONS DES COENZYMES

Les coenzymes interviennent dans les transferts de groupements autres

que H+; ou de transfert d’e- et de protons au cours des réactions d’oxydo-
réduction. Les enzymes nécessitant des coenzymes catalysent ainsi des
réactions d’oxydo-réduction (oxydo-reductases EC1), de transfert de
groupement (transférases EC2 toujours CoE) ; de formation de liaisons
covalentes (ligases EC6) et d’isomérisation (isomérases EC5 CoE).

• On distingue ainsi: Les vitamines du groupes B et transfert de

groupement; Les vitamines du groupe B, vitamine C et oxydoréduction;
Les autres coenzymes d’oxydoréduction
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT DE
GROUPEMENT
La vitamine B1 ou Thiamine et TPP
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT DE
GROUPEMENT
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT DE
GROUPEMENT
• La vitamine B6 et phosphate de pyridoxal (existe sous 3 formes)
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT
DE GROUPEMENT
L’acide pantothénique (B5) et le CoA
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT DE
GROUPEMENT
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT DE
GROUPEMENT
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT DE
GROUPEMENT
• La vitamine B8 (ou H) ou biotine
1.1. LES VITAMINES DU GROUPE B ET TRANSFERT DE
GROUPEMENT
• La vitamine B9 et l’interconversion des folates
1.2. - LES VITAMINES DU GROUPE B, VITAMINE C ET
OXYDOREDUCTION
• La vitamine B12 ou cobalamine
1.2. - LES VITAMINES DU GROUPE B, VITAMINE C
ET OXYDOREDUCTION
• La vitamine B2 ou riboflavine et les CoE flaviniques
1.2. - LES VITAMINES DU GROUPE B, VITAMINE C
ET OXYDOREDUCTION
1.2. - LES VITAMINES DU GROUPE B, VITAMINE C
ET OXYDOREDUCTION
• La niacine (vitamine PP ou B3) et les pyridines nucléotides
1.2. - LES VITAMINES DU GROUPE B, VITAMINE C
ET OXYDOREDUCTION
• La vitamine C
1.3. AUTRES COENZYMES D’OXYDOREDUCTION
• L’Acide lipoïque
1.3. AUTRES COENZYMES D’OXYDOREDUCTION
• La bioptérine; intervient sous forme de dihydroptéridine réductase dans
diverses réactions;

• L’ ubiquinone ou CoEQ;
1.3. AUTRES COENZYMES D’OXYDOREDUCTION
Vit K ou
phylloquinone
coenzymatiques
Vit E ou
tocophérol
Vitamines
liposolubles

La vitamine A
ou rétinol
Non
coenzymatiques La vitamine D
ou calciférol
LES VITAMINES LIPOSOLUBLES
1.3. AUTRES COENZYMES D’OXYDOREDUCTION