Cours de biochimie métabolique

Chapitre 1 : Bioénergétique et ATP

Introduction

Pour survivre, croître et se reproduire les cellules de tout organisme vivant ont besoin d’énergie.
Cette énergie peut être qualifiée de :

 Chimique : celle qui permet de réaliser une réaction chimique dans diverses voies
métaboliques.
 Mécanique : celle qui permet de réaliser un mouvement au cours de la contraction
musculaire.
 Calorifique : lorsqu’il y a production de chaleur.
 Osmotique : celle qui permet de réaliser des transferts de molécules grâce à un gradient
de concentration dans les divers compartiments cellulaires.
 Electrique : celle qui permet de réaliser des transferts de molécules grâce à un gradient
ionique géré par des potentiels membranaires.

Chez l’homme, c’est l’énergie chimique des substances ingérées (glucides, lipides, acides
aminés, bases puriques et pyrimidiques) qui sera utilisée pour être convertie en d’autres
formes d’énergie.

La BIOENERGETIQUE est donc la science qui étudie l’ensemble de ces réactions

énergétiques au niveau des cellules de l’organisme vivant. En d’autres termes, c’est la
branche de la biochimie qui analyse les flux d’énergie dans les systèmes du vivant.

I. BIOENERGETIQUE ET THERMODYNAMIQUE
La production d’énergie obéit aux lois de la thermodynamique qui comportent deux
principes.

Le concept de système : Un système : La partie de l’univers étudiée, c’est l’ensemble de

matière qui doit subir des changements physiques ou chimiques, tout ce qui entoure le
système est son environnement ; Exemples de systèmes : un organisme, une cellule, deux
composés impliqués dans une réaction chimique ;

Un système est dit ouvert lorsque l’échange d’énergie et de matière se fait avec
l’environnement, ex : la cellule vivante. Un système est dit isolé quand il n’y a ni échange
de matière ni échange d’énergie avec l’environnement, ex : l’univers.

Le 1er principe : Principe de conservation de l’énergie (Lavoisier 1773)

Il n’y a ni création ni perte d’énergie, mais uniquement des transformations de l’énergie ;
le contenu total de l’énergie de l’univers est constant. « Rien ne se perd, rien ne se forme,
tout se transforme ».

Exemple : l’hydrolyse de l’ATP (énergie chimique) est nécessaire à la contraction

musculaire (énergie mécanique) transformation d’une forme d’énergie à une autre.
 Le 2ème principe : Augmentation de l’entropie
Lors de la production d’énergie, les systèmes intervenants évoluent d’un état ordonné vers un
état moins ordonné.
- Le désordre obtenu est appelé Entropie (S).
- La mesure quantitative de la variation de ce désordre (d’un état initial à un état final)
est désignée par la variation de l’entropie (=∆S).
II. Energie libre
L’énergie libre de Gibbs «G» est l’énergie d’un système qui produit un travail utile dans des
conditions de température et de pression constantes.
Soit comme le système de la réaction biochimique :

1. Notion d’énergie interne U et de l’enthalpie

On considère la Fonction d’état extensive U « énergie interne » j.mol-1, elle est indépendante
de la manière dont on passe de 1 vers 2. Les variations de U sont associées à des échanges
d’énergie S/F de travail w et/ou de transfert de chaleur Q.

∆U=variation de l’énergie interne, c’est la variation d’énergie entre l’état final et initial de notre
système.

U : l’énergie totale contenue dans un système, pour une molécule donnée c’est l’énergie de
liaisons, de vibrations ou de rotations.
Q : est la quantité de chaleur échangée avec le système.
W : est le travail effectué par le système sur le milieu extérieur ou inversement.
w=vx∆p, P : pression, V : volume .Dans la cellule, la pression est constante ∆p=0 donc w=0.

En biologie, le plus souvent la variation d’énergie interne se résume à la chaleur de la réaction

Qp c’est-à-dire : ∆U=Qp=∆H

Cette quantité d’énergie est appelé enthalpie H, qui est aussi une fonction d’état du système
dont l’unité est le J/mol.

L’Enthalpie est la quantité de chaleur échangée par le système au cours d’une transformation
réalisée à P constant :

 Si ∆H>0 la réaction absorbe de la chaleur = réaction endothermique

 Si ∆H<0 la réaction produit de la chaleur = réaction exothermique.
Remarque : L’unité de mesure de toutes ces énergies et variations d’énergie est joule/mole ou
calories/mole. 1 calorie=4,184 joules.

2. Relation entre l’enthalpie H et l’énergie libre de Gibbs

L’enthalpie est l’énergie totale, l’énergie libre de Gibbs est la partie de l’énergie susceptible de
fournir un travail.
La différence est l’énergie entropique ou l’énergie du désordre défini par :

T.S
H=G+TS où T: température

G=H-TS
∆G=∆H-T∆S Intérêt majeur du ∆G : Permet de prévoir le sens d’une réaction chimique

 ∆G0 : La réaction est dite endergonique, elle se fait que s’il y a un apport extérieur en
énergie.
 ∆G=0 : La réaction se fait sans consommation d’énergie, elle tend vers l’équilibre.
III. L’énergie libre de Gibbs et la constante d’équilibre
Soit l’équilibre suivant : A+B C+D …. (1)
Définition d’un état standard ou conditions standards chimiques et biochimiques :
En chimie :

• 1 pression de 1 atmosphère
• Une température de 25°C soit 298 K.
• Une concentration de chaque réactant à 1M (1mole/L)
• Un pH=0
Dans ces conditions, l’énergie libre standard de Gibbs est notée Gº.
En biochimie :
• Le pH = 7 (pH cellulaire)
Dans ces conditions, l’énergie libre standard de Gibbs est notée Gº`
Pour la réaction biochimique 1 :
L’énergie libre d’une molécule (A, B, C, D) à la concentration à laquelle se retrouve dans le
milieu est liée à l’énergie libre standard Gº` ,
Exemple pour A : GA= Gº` A+RT Ln [A] …. (2)

 Gº`A : L’énergie libre de Gibbs à l’état standard biochimique

 R : constante des gaz parfaits : 8,31 J/mol/K
 T : la température absolue en Kelvin
 [A] : concentration de la molécule A
La variation de l’énergie libre de Gibbs de la réaction (1) :
∆G= (GC+GD)-(GA+GB)
En substituant l’énergie libre de chaque composé par la relation (2), on obtient :
∆G= ∆G°`+RT Ln ([C] [D]/ [A] [B])
A l’équilibre la variation de l’énergie libre de la réaction est nulle :∆G=0
∆G°`=-RT LnKéq

On peut ainsi déterminer ∆G°` d’une réaction à partir de la constante d’équilibre et Inversement
la constante d’équilibre à partir de ∆G°`.
ΔG° exprimé en joule par mol et kelvin peut ainsi être calculé sur la base de la connaissance de
Keq qui est connu pour les réactions biochimiques. Si Keq>>1, alors ΔG° est élevé et négatif ;
si Keq<<1, ΔG° est élevé et positif. Même si l’énergie libre standard permet de dire si la réaction
peut être spontanée, elle ne dit rien sur la vitesse d’une réaction qui est gouvernée par la
cinétique.

Les macromolécules sont instables thermodynamiquement, mais stables cinétiquement, car leur
dégradation sans catalyseur se fait très lentement. Théoriquement toute réaction qui se fait dans
un organisme vivant est catalysée par une enzyme, les biocatalyseurs qui, comme d’autres
catalyseurs augmentent de façon considérable la vitesse d’une réaction sans être consommé.
Toute réaction pour avoir lieu doit traverser une barrière énergétique appelée énergie de
transition. L’enzyme catalyse la réaction en abaissant cette énergie de transition par la libération
de l’énergie entre l’enzyme et le substrat. Les enzymes augmentent ainsi les vitesses de
réactions de l’ordre de 1012 celles des réactions non catalysées.

Exemple d’application : La phosphoglucoisomérase catalyse la réaction :

Glucose-6-phosphate Fructose-6-phosphate
Avec Ke=2 on en déduit que : ∆G°`=-8,314*298*ln2=-1,7kJ/mol

1. La nature additive des ∆G et couplage réactionnel

Les variations de l’énergie libre de deux réactions sont additives.

Ainsi, une réaction endergonique, thermodynamiquement défavorable peut être couplée à une
réaction exergonique, thermodynamiquement favorable, la somme de leur ∆G doit être
négative.
Réaction1 : Glucose+Pi G6P ∆G°`=+3 Kcal/mol (endergonique)
Réaction2 : ATP ADP+Pi ∆G°`= -7 Kcal/mol (exergonique)
1+2 : Glucose + ATP G6P+ADP ∆G°`= -4 Kcal/mol

IV. Molécules à haut potentiel énergétique : L’Adénosine Triphosphate (ATP)

L'ATP,molécule universelle présente dans toutes les cellules, comporte une série de trois
groupements phosphate. L'hydrolyse de l'ATP produit de l'ADP et un ion phosphate libre (noté
Pi).

Ce sont des molécules qui ont des liaisons dont l’hydrolyse libère beaucoup d’énergie. La
contraction musculaire et plus généralement l'ensemble des activités cellulaires consomment de
l'énergie. La principale source d'énergie immédiatement disponible pour la cellule est
l'adénosine triphosphate ou ATP. Les besoins en ATP sont constants, les réserves presque
inexistantes : pour être disponible, cette molécule doit être générée en permanence.
L’hydrolyse de l’ATP en ADP fournit l’énergie cellulaire (30 kJ).

Le sang distribue les nutriments aux différents organes. Les nutriments sont utilisés pour fournir
aux cellules :

- De l’énergie, c’est surtout le cas du glucose qui est catabolisé (dégradé) pour la
formation d’ATP. Le catabolisme est un ensemble de réactions exergoniques (qui
libèrent de l’énergie).
- De la matière. Les cellules synthétisent des molécules. Ces réactions sont
endergoniques (qui consomment de l’énergie (ATP) et constituent l’anabolisme.

La phosphorilation de l’ADP permet la synthèse d’ATP et est couplée à une réaction

exergonique (catabolisme du glucose par ex).

ATP est donc une molécule universelle pour transférer de l’énergie libre, et possède deux
liaisons phosphanhydre très riches en énergie.

L’ATP joue un rôle central dans la cellule :

- En apportant l’énergie nécessaire aux réactions endergoniques (synthèse des lipides,

glycogène…)
- En donnant de groupement phosphate et l’énergie nécessaire à la phosphorylation
NB : l’ATP est utilisé dans les processus cellulaire nécessitant de l’énergie.
L'énergie libérée par l'hydrolyse de l'ATP varie suivant les conditions du milieu (concentration
des autres substances, température, pH etc.). Dans les conditions qui règnent dans les cellules,
elle est de l'ordre de 50 KJ·mo1-1. L'énergie libérée est ensuite transférée aux réactions bio-
chimiques qui la consomment. Au repos, une personne hydrolyse environ 45 kg d'ATP par jour.
Inversement, la synthèse d'ATP nécessite un apport d'énergie :

DP + Pi + apport d’énergie ATP + H2O

Plusieurs voies métaboliques permettent d’obtenir l’énergie nécessaire à cette régénération de
l’ATP.

NB : L’énergie est apportée sous forme de molécules d’ATP à toutes les cellules. Il n’y a pas
de stockage de l’ATP, cette molécule est produite par des cellules à partir de matière
organique, notamment le glucose.