FACULTE DES SCIENCES

Département des Sciences de la Vie

Kénitra

Filière Sciences de la Vie

(Semestre 4)

Module
Enzymologie et Biochimie Métabolique

COURS

Biochimie Métabolique

par

Pr. El Hassan BERNY

BIOENERGETIQUE

1
I. PRINCIPES GENERAUX DE L’ENERGETIQUE BIOCHIMIQUE

C’est l’étude des transformations de l’énergie dans les cellules vivantes et les organismes. Cette
étude obéit aux principes fondamentaux de la thermodynamique.

On distingue 3 grands systèmes :

Le système isolé :
Il n’y a ni échange de chaleur, ni échange de matière. Q m

Le système clos :
Il permet un échange d’énergie
Mais il ne permet pas un échange de matière. Q m

Le système ouvert :
Il permet l’échange d’énergie
et aussi un échange de matière. Q m

On ne peut pas vérifier les principes de la thermodynamique, mais on peut cependant faire une
extrapolation des deux systèmes thermodynamiques.

A. Premier principe de la thermodynamique et énergie calorifique (Enthalpie) :

Il implique que l’énergie totale (ET) de l’univers demeure constante, donc dans tout système, il y a
principe de conservation de l’énergie (E).

Si on ajoute une quantité de chaleur Q à un système, cette chaleur va se manifester au niveau de la

variation de l’énergie interne du système ou bien va concerner une quantité de travail fournie au milieu
extérieur :

∆U = Q + ∆W

Quelque soit le chemin suivi ou les transformations observées lors d’une réaction, la variation de l’énergie
interne (U) ne dépend que de l’état initial et de l’état final.

2
 Lors d’une réaction chimique :

Pression ( P) = constante
∆U = QP = ∆H (= Enthalpie)
Volume (V) = constant

L’enthalpie est la quantité de chaleur mesurée à pression constante.

La variation d’enthalpie H = QP avec (W = 0), (U = H).

Pression (P) = constante, on a un travail qui est fourni à l’extérieur :

∆ W = P. ∆ V Volume (V) = variable.

PV = constante = RT (gaz parfait)

∆W = RT ∆n où n : est le nombre de moles de gaz consommé (∆n < 0) ou dégagé ( ∆n > 0 ).

∆U = ∆H – RT ∆n
Par convention, les réactions :

 Sont dites exothermiques quand elles sont accompagnées par un dégagement

de chaleur : ∆H < 0
 Sont dites endothermiques quand elles sont accompagnées par une consommation
de chaleur : ∆H > 0

Exemples : La réaction d’oxydation du glucose :

Glucose + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O ∆H = - 673 Kcal,

(P = 1 atm ; T = 298° K) (25°C)

Il n’y a pas de travail fourni, donc V = constante

Cette réaction va libérer de la chaleur ∆H = - 673 Kcal/mol.

- L’hydrolyse du Saccharose ( Glucose + Fructose) s’accompagne d’un dégagement

de chaleur :
∆H = - 4.8 Kcal/mol.

- La neutralisation du NaCl s’accompagne d’une consommation de chaleur :

∆H = + 10.8 Kcal/mol.

3
Remarques :
 La variation de l’énergie enthalpique (∆H) ne nous renseigne pas sur le sens d’une réaction
chimique.
 La plupart des réactions chimiques non réversibles sont des réactions exothermiques avec
∆H < 0. Cependant, il existe des réactions non réversibles avec ∆H > 0.

Exemple : La dissolution de NaCl, la dénaturation des protéines… (Ces réactions se font de

manière spontanée)

 L’enthalpie renseigne mal sur l’énergie (E) utilisée par une réaction chimique, surtout chez
les organismes isothermes.

B. Deuxième principe de Carnot (Entropie) :

C’est la mesure de probabilité d’existence d’un système ou de son degré d’organisation.

Plus les éléments du système sont organisés au hasard, plus ce système possède une grande
probabilité d’existence et plus son entropie est grande.
A l’inverse, les éléments d’un système bien organisé (exemple : le cristal) possède une probabilité
d’existence petite, d’où une entropie faible.

Le niveau 0 d’entropie est constitué par un cristal parfait à 0° absolu (T = - 273° C)

L’entropie est exprimée en Cal / degré.

L’entropie exprime le nombre d’arrangement possible d’un système possédant une énergie (E)
interne donnée.

 Soit P1 : probabilité d’arrangement possible de l’état initial.

 Soit P2 : probabilité d’arrangement possible de l’état final.

P1
Variation d’entropie : ∆S = R
P2
dp / p = R log P2 / P1

Par conséquent, l’entropie de tous les systèmes tend vers l’augmentation ; il y a une évolution vers
les états d’équilibre les plus probables, c’est à dire les plus désordonnés donc les plus homogènes.

∆S  le désordre  grande uniformité du système

Solutions

CHAUD FROID GAZ VIDE C1 C2

T P []
C1 ˃C2
Passage d’un état (I) à un état (II) jusqu’à l’équilibre, donc ↑ ∆S.

4
C. Énergie libre et ses variations :

Les variations d'enthalpie (∆H) et d'entropie (∆S) sont reliées à ∆G par la relation de GIBBS.

∆G : C'est la quantité d'énergie chimique libérée par la réaction, et qui est utilisable pour
faire un travail autre qu'un travail mécanique résultant de la variation de la pression
ou du volume chez les organismes.

Chez les êtres vivants, ∆G représente la seule fraction d'énergie qui soit utilisable pour effectuer
un travail chimique de construction (synthèse) de macromolécules dans les conditions isothermes.

∆G = ∆H - T∆S (Isotherme)

∆G : ∆ d'énergie libre utilisable en calorie.

t
∆H : ∆ d'enthalpie (E. mesurée à P = c e) en calorie.
∆S : ∆ d'entropie (E. dégradée non utilisable) en calorie / degré K.

∆G varie en sens contraire avec ∆S.

L’évolution du système tend vers la valeur maximale de ∆S donc à des valeurs de ∆G

minimales.
Pour toute réaction chimique de ∆G faible, cela correspond à la conformation la plus stable adaptée
par un système.

D. Condition de spontanéité des réactions :

Pour qu’un processus quelconque (réactions chimiques) puisse s’effectuer spontanément sans
apport d’énergie, il doit comporter une variation d’énergie interne (∆U)  0 et supérieure en valeur absolue
à la variation d’entropie ∆S.

∆U  0, ∆U  ∆S .

∆G = ∆H – T ∆S T ∆S  0
(∆G  0) G  ∆S

Par conséquent, un processus spontané doit posséder un ∆G  0 et ∆G  ∆H car ∆S  0.

∆G  0  Réaction exergonique.
Libération d’(E) pour faire les réactions chimiques (ex : réactions de synthèse)

∆G  0  Réaction endergonique.

5
 La réaction ne peut se faire d‘une manière spontanée sans apport d’E du milieu extérieur.

Ces réactions endergoniques se font si elles sont couplées à d’autres réactions

fortement exergoniques.

Exemple :
A B (+) ∆G1  0
∆G2  ∆G1
B C (−) ∆G2  0

Remarques :

- ∆G permet de prévoir le sens d’une réaction biochimique dans la réaction

spontanée. (∆H ne le permet pas).

- Beaucoup de réactions biochimiques sont exergoniques (∆G  0) et en même

temps exothermiques (∆H  0)
(ex : combustion). D’autres réactions biochimiques sont exergoniques
mais endothermiques (∆H  0) avec ∆H  T∆S .
Ces réactions sont spontanées car elles sont fortement exergoniques.

Ex : Formation du complexe « ATP−Mg »

ATP + Mg ATP─Mg (∆H = 4,37 Kcal) ; (∆G = − 8,3 Kcal)

Dans tous les cas, une réaction endothermique (∆H  0) peut se faire si T∆S  ∆H . C’est le cas
de la dissolution de NaCl, de l’urée et de la dénaturation des protéines qui s’accompagnent de
refroidissement et surtout d’une augmentation de l’entropie. (∆S)

Une réaction spontanée ne veut pas dire qu’elle se fait à très grande vitesse ; ∆G permet de
connaître le sens de la réaction mais ne permet pas de déterminer sa vitesse. La vitesse d’une réaction est
définie par une énergie d’activation.

E. Énergie libre et constante 𝒅’é𝒒𝒖𝒊𝒍𝒊𝒃𝒓𝒆 :

(∆G en fonction de K eq)

C D
A + B C + D K eq =
A B
La variation d'énergie libre de cette réaction est reliée à K eq.

∆G = ∆G0 + RT log K eq

∆G0 = − RT log K eq

6
 ∆G 0 : Variation d’Energie (E) libre à l’état standard.

[25°C (= 298 ° K). P = 1 atm. [Réactifs] = 1 mol / l]

Pour les réactions biochimiques, l’influence du pH est très importante.

A pH = 7, on définit ∆G 0 :

- Une réaction est exergonique quand : ∆G 0  0.

- Une réaction est endergonique quand : ∆G 0  0.

Pour une réaction biochimique :


A + B C + D


C D
Elle n’évolue suivant  que si K eq  1 c'est-à-dire >1
A B

On peut en déduire alors la valeur de ∆G 0

Keq ∆Go (Kcal / mole )

103 -4 C D  A B

 102 - 2,7 Réactions

exergoniques et spontanées
101 - 1,4

1 0

10-2 + 2,7 C D  A B
 Réactions
-3
10 +4 endergoniques et non spontanées

7
Remarques :

 Plus K eq est élevé, plus la réaction a tendance à se faire totalement ; plus ∆G o est négative,
plus l’énergie libre est faible.
 La réaction est d’autant plus spontanée que ∆G  0 et la valeur de K eq  1.

 Si les concentrations des réactifs sont maintenues égales à l’unité (1 mole/l), ∆G o est nulle,
c’est à dire que l’équilibre est atteint pour des concentrations équimolaires.

Si on suit le déroulement de la réaction :


B
A B K eq =
A

En faisant le diagramme énergétique de cette réaction :

GB : Réaction endergonique GB : G 0 = 0 GB : Réaction exergonique

Energie libre de A Energie libre de B

GA GB

GA GB

GA GB

(∆G  0)

0% 50% 100% de produits

formés (B)

GA et GB : chacune d'elles diminue jusqu'à arriver à un même niveau d'équilibre

c’est à dire que la réaction évolue pour le même état d'équilibre réactionnel.

La différence d'énergie entre l'état initial A = B et l'état d'équilibre, c'est ∆G o.

Lorsque GB-GA < 0, la réaction est exergonique. L'équilibre est atteint lorsque la B  50 %.

8
 B
K eq =  50 % c’est à dire  1.
A

B
 Au point 50 % de la B K eq = = 1.
A

A ce point, la réaction démarre (état standard) et va évoluer jusqu'à un état d'équilibre, on aura :

GA = GB donc ∆G = 0

 Lorsque GB - GA  0, la réaction est endergonique.

L'équilibre est atteint lorsque la B  50 %.

De nombreuses réactions biochimiques sont endergoniques, ces réactions sont

généralement couplées à d'autres fortement exergoniques pour une compensation
énergétique.

F. Réactions exergoniques : énergie d’activation et catalyse enzymatique :

La vitesse V d'une réaction est donnée par :

V = P. Z. e Ea/RT

P : facteur stérique dépendant de la forme de la molécule.

Z : Fréquence du choc.

e Ea/RT : Probabilité pour qu'au moment de la rencontre entre deux molécules,

L'En de transition thermique est supérieure ou au moins égale à Ea.

Pour que la réaction se réalise, il faut que A atteigne des valeurs de transition thermique.
Cette barrière est généralement située entre (20 – 30) Kcal.

La barrière énergétique et l'évolution spontanée des réactions permettent de donner une limite pour
toutes les organisations vivantes.

9
 Energie Etat de transition thermique

Les enzymes agissent en

La barrière énergétique

Ea

Etat initial
∆G 0  0
Temps

Dans le cas des enzymes et les catalyses enzymatiques, les enzymes vont diminuer la
barrière énergétique jusqu'à l'ordre des grandeurs de l'agitation thermique à la température
physiologique (37°C).

Les enzymes augmentent les vitesses réactionnelles en diminuant les

barrières énergétiques.

Quelque soit le niveau de la barrière énergétique en présence ou en absence d'enzyme, ∆G est

toujours la même. (Pas d'influence d'enzymes sur ∆G).

Pour déterminer l'énergie d'activation de l'enzyme, il suffit de mesurer la vitesse de la réaction à

deux températures différentes suivant la loi d'ARHINUS :

Ea
log V = − + log A
2,3 RT

V Ea 1 1
log = −
Vi 2,3 R T1 T2

10
G. Energétique du transport des électrons :

Oxydation
Réducteur Oxydant + ne- (perte d’e-)
Réduction

Certaines réactions d’oxydation font partie du processus exergonique qui se résume à un équilibre
caractéristique des formes réduites se transformant en formes oxydées par perte d’e- .

Red 1 Ox 1 + ne-
-
(Transport d’e ).
Ox 2 + ne- Red 2

-
 Oxydation : Perte d’e ou perte d’H2.
-
 Réduction : Gain d’e ou gain d’H2.

Il existe des réactions couplées, on parle alors de couple redox.

Ex : Fe2+ / Fe3+ ; (Réducteur)  NADH / NAD+  (Oxydant)

Définition : Potentiel d’oxydoréduction :

C’est la différence de potentiel mesurée aux bornes d’une pile constitué par le couple redox
maintenu dans les conditions standards par rapport à l’électrode à hydrogène normal.

½ H2 H+ + 1e-
Avec P = 1 atm ,  H+  = 1 et E0 = 0 ( par référence )

L’équation du système redox est :

RT OX
E = E’0 + log
nF Red
E’0 : potentiel d’oxyde de Réduction dans les conditions standards.
OX
C'est-à-dire =1  OX = Red
Red

n : nombre d’e- transférés / équivalent gramme.

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 F : Faraday = 96.500 Colomb = 23040 cal / équivalent volts.

Electrodes à hydrogène
Electrodes platine (neutre) Pond

Fe2+ ; Fe3+ ; e- ½ de sous forme de gaz

En fonction de «E0», on peut classer les couples redox.

Le sens du transfert d’e- se fait de composés à :

haut potentiel négatif vers les composés à faible potentiel négatif.

Il existe une relation entre ∆G et la ∆E d’oxydoréduction.

∆G’ 0 =  n F ∆E’0 (n : nombre d’e- transférés)

II. LIAISONS RICHES EN ENERGIE.

A. Énergie libre (∆G ) et force des liaisons covalentes :
Une liaison covalente est stable, donc forte si elle utilise pour sa formation le maximum d‘En
potentiel des atomes qui la constituent ; par conséquence l’énergie libre ∆G est faible.

On distingue plusieurs degrés, en général, une liaison covalente forte libère très peu d’energie libre
∆G au moment de la rupture, à l’inverse, la rupture des liaisons covalentes installées libère une grande En
libre (∆G).

Exemples : l’oxydation du glucose (molécule instable liaisons faibles)

Il va y avoir une grande émission d’Energie libre (∆G).

 Le glucose est considéré comme une importante source d’énergie grâce à l’instabilité de ses
liaisons.

 Par contre, une molécule stable (ex : CO2) ne peut pas être utilisé comme source
d’Energie.

12
B. Énergie libre d’hydrolyse et potentiel du transfert du groupe phosphate :
Réaction d’hydrolyse :

RX + H2 O ROH + XH + ∆G’o

La réaction d’hydrolyse dégage un ∆G’o qu’on appelle énergie d’hydrolyse d’une liaison
covalente.Le potentiel d’hydrolyse permet de classer les liaisons d’après leur force (ou leur stabilité). On
distingue alors :

 Liaison à haut potentiel d’hydrolyse : (∆G’0)

Si ∆G’0 > 5 Kcal / mole.

 Liaison à bas potentiel d’hydrolyse : (∆G’0)

Si ∆G’0  5 Kcal / mole.

Ce n’est pas la liaison qui est riche en énergie mais c’est sa rupture qu’il l’est.
L’utilisation de l’énergie dans les réactions biochimiques se fait par l’intermédiaire du
transfert du groupement P au cours des réactions couplées.

Il est plus logique de parler du « potentiel du transfert » du groupe phosphate plutôt que du
« potentiel d’hydrolyse ».
-
L’instabilité de la liaison est due à la grande densité de présence de e autour de cette liaison.

-
Le groupement P aura tendance à se transférer O
sur des liaisons plus stables
Liaison instable
La réaction (ADP + P ATP) ~ P ═══ O

joue un rôle médian dans les réactions biochimiques.

-
O

Exemples :

  
Adenosine ▬ P ~ P ~ P

 ATP ADP + Pi (∆G’0 = − 7 Kcal / mole).

 ADP AMP + Pi (∆G’0 = − 7 Kcal / mole).

 AMP Adenosine + Pi (∆G’0 = − 3 Kcal / mole).

13
METABOLISMES
CELLULAIRES

14
I. INTRODUCTION
A. Définition :
Le métabolisme : C'est la somme de toutes les réactions enzymatiques qui s'effectuent dans la cellule.
L'ensemble de ces réactions enzymatiques représente une activité hautement intégrée car il s'agit d'un
échange permanent et continu entre la cellule et son environnement direct (Energie et matière).

L'ensemble métabolique assure principalement 4 fonctions spécifiques :

1- Extraire l'énergie chimique à partir des aliments ou à partir de la lumière solaire (organisme
autotrophe et hétérotrophe).

2- C'est de transformer les aliments exogènes en matériaux de construction ou en précurseurs des

composants des macromolécules.

3- Assembler les matériaux de construction en molécules biologiques spécifiques :

(protéines, lipides, acides nucléiques).

4- Les réactions métaboliques permettent de former et de dégrader les molécules nécessaires aux
fonctions spécialisées.

Le métabolisme en général fait appel à 2 activités :

Le catabolisme :

C'est la dégradation enzymatique des molécules puisées soit dans le milieu extracellulaire, soit à
partir des propres réserves cellulaires. Toutes ces réactions s'accompagnent d'une libération
d'énergie emmagasinée sous forme d'ATP.

Au cours du catabolisme, les structures moléculaires changent et les étapes intermédiaires

s'appellent : les métabolites, molécules plus simples et plus petites.

Exemple : (Polysaccharides A. Lactique (CO2).

Remarques : Les acides nucléiques ne sont jamais dégradés pour fournir de l'énergie (E).

L'anabolisme :

Est constitué par l'ensemble des réactions de synthèse qui à partir d'éléments simples permet la
constitution des macromolécules. Cet ensemble réactionnel est catalysé enzymatiquement et
consomme de l'énergie.

L’anabolisme et le catabolisme sont deux voies indépendantes et sont

régulés séparément.

Le catabolisme donne des substances très simples à partir desquelles vont être synthétisées de
grosses molécules.

15
 Pour l'étude du métabolisme, il existe plusieurs approches expérimentales où il faut :

a) Établir la stœchimétrie de la réaction et le mécanisme de chaque étape enzymatique de la

séquence métabolique.
E1 E2 E3
A B C D (Combien de A vont se transformer en D ?)

Donc, il faut extraire l’enzyme, étudier ses propriétés cinétiques, sa spécificité, ses inhibiteurs, etc…

b) Identifier les mécanismes qui règlent une voie métabolique.

Cela signifie que pour toute voie métabolique, il va y avoir un enzyme allostérique (donc il faut
connaître ses modulateurs spécifiques) activateur ou inhibiteur ; pour cela on peut partir soit de l’être entier,
soit d’une cellule isolée, soit d’un organite (ex : la mitochondrie).

Pour suivre les voies métaboliques, on procède par :

 Méthode isotopique : on marque le réactif par du 14C et on détermine quel est le produit
marqué.

 Méthode manométrique (de Warburg) : qui se base sur la pression partielle d’un gaz;
(ex : O2 ; CO2). On mesure la variation de la pression partielle de l’O2, et on établit la
stœchimetrie de la réaction.
 Utilisation des mutants auxotrophes : (s’adapte aux bactéries, aux levures, et aux cellules
isolées) On provoque une mutation d’un gène entraîne une destruction d’un enzyme (E)
d’où accumulation d’un métabolite.

B. Schéma des différentes étapes du métabolisme :

Tous les constituants cellulaires (protéines, A.N, polysaccharides, lipides, ...) se renouvellent
perpétuellement donc il y a un aspect très dynamique du métabolisme.

On peut mesurer donc le temps de demi-vie (t½) pour chaque composé et chaque cellule
(exemple : t½ des cellules intestinales = 2 jours) et à l’intérieur de la cellule elle-même,
il y a aussi des demi-vie (t½) pour les protéines)

♦ Flèches rouges : Dégradation.

♦ Flèches vertes : Biosynthèse.

16
PROTEINES POLY LIPIDES
SACCHARIDES
S
ADP + Pi ADP + Pi
ATP ATP
ATP
ADP + Pi

Aminoacides Hexoses ; Pentoses Acides Gras ;

Glycérols

ADP + Pi ATP
ATP ADP + Pi

ADP + Pi ATP
ADP + Pi
ATP
ACETYL-CoA

ADP + Pi

ATP

Cycle
Tricarboxylique
(KREBS)

ADP + Pi
Transports d’électrons

ATP
Phosphorylation Oxydative
O2

NH2 H2O CO2

17
LA GLYCOLYSE
A. Schéma général:
C’est le premier processus métabolique étudié par les chimistes et les biologistes. Elle a été étudiée
chez la levure et aussi dans les muscles.

 En absence d’O2 (anaérobiose) ;

♦ Les levures tirent leur énergie de la fermentation alcoolique du glucose.

♦ Les muscles tirent leur énergie de la fermentation lactique du glucose.

 La fermentation est l’un des premiers modes de production de l’énergie utilises par les êtres vivants
en absence d’O2 dans l’atmosphère.

 Les enzymes nécessaires à la glycolyse sont présents dans le cytoplasme de toutes les cellules.

 La respiration comme la fermentation sont des accepteurs d’électrons à partir des substances
inorganiques.

 Il y a plusieurs types d’enzymes (10) hydrosolubles dans le cytoplasme.

Sur le plan thermodynamique, on distingue deux types de fermentation :

1) En anaérobiose : (absence d’O2):

a. Fermentation lactique :

C6 H12 O6 2 CH3 CHOH – COOH G’0 = - 47 Kcal / mole.

(Glucose) 2 x (Acide lactique)

b.Fermentation alcoolique :

C6 H12 O6 2 CH3 CH2 OH + 2 CO2 G’0 = - 56 Kcal / mole.

(Glucose) 2 x (Éthanol)

2) En aérobiose : (en présence d’O2 ; ou pendant la respiration) :

Il y a transformation totale du glucose.
(+ 6 O2)
C6 H12 O6 6 CO2 + 6 H2 O G’0 = - 700 Kcal / mole

La glycolyse est définie comme étant la voie métabolique par laquelle la cellule dégrade
le glucose en pyruvate par une série de transformations :

18
 NAD+ Pyruvates

NADH + H+
CO2

Lactates Cycle de KREBS Acetaldéhydes Acides Aminés

[AC-CoA ATP] (Transamination)

NADH + H+

NAD+

Ethanols
B . Réactions et enzymes de la glycolyse :
1) Formation du Glucose-6 P :
(Phosphorylation de L-D-glucose par l'ATP)
Mg ++
- D- Glucose + ATP Glucose 6 P + ADP G’0 = -3, 4 Kcal / mole.
E E : kinases
C’est une réaction très exergonique pratiquement irréversible ; elle nécessite Mg ++ et est catalysé
par une kinase ; on peut en citer 2 types :

 L’hexokinase: (KM = 10-4 M; PM = 105 dalton)

Cette enzyme présente une large spécificité permet la phosphorylation de la part des hexoses.
(Extraite des muscles et levures).

 La glucokinase : (KM = 10-2 M)

Cette enzyme permet la phosphorylation d’un OH du glucose, son affinité est plus faible que le
précédent. (extraite à partir du foie).

2) Formation du Fructose-6 P :
(Isomérisation du glucose - 6 P en fructose - 6 P)
Mg ++
- D - Glucose - 6 P Fructose - 6 P
E E : Phosphogluco-isomérase.
G’0 = + 0,4 Kcal / mole.

C'est une réaction réversible ; l'enzyme est extrait du muscle de lapin et de levure, et présente
une spécificité pour le G 6 P et le F 6 P et nécessite l'existence d'ion bivalent (Mg ++).

3) Formation du Fructose – 1-6 di P :

(Passage du F- 6 P au F 1- 6 diP)
++
E ; Mg
Fructose- 6 P + ATP Fructose-1–6 di P + ADP

G’0 = - 3, 4 Kcal / mole E : PFK = Phosphofructokinase.

19
C'est une étape très importante de la glycolyse, catalysée par le PFK, enzyme allostérique
(= enzyme de régulation).

4) Formation de DHAP et GA3P :

(Coupure du Fructose-1- 6 diphosphate en 2 trioses)

Fructose-1- 6 di P DHAP + GA3 P

E (95 %) (5 %)
G’0 = + 5,7 Kcal / mole
E : Aldolase.
DHAP : Dihydroxyacétone 3- Phosphate.
GA3P : 3 Phosphoglyceraldéhyde.

L’enzyme E appartient au groupe des aldolases. PM : 150.103 D, constituée de 4 sous-unités,

nécessite des ions métalliques.

On distingue 2 types d'aldolases :

 Groupe I : enzymes isolées à partir de levures, de champignons et des bactéries, ce sont des
métalloenzymes qui nécessitent des cations bivalents. Par exemple : Fe2+, Zn2+, Mg2+ de
PM : 65.103 D.

 Groupe II : enzymes isolées à partir d'animaux, exemple : aldolase du muscle de lapin dont
le PM = 160 103 D, à 4 sous-unités, possèdent des groupements thiols (SH) indispensables
à leur activation.

5) Interconversion des trioses phosphates :

DHAP GA3 P
E E : trioses isomérase.
G’0 = + 1,8 Kcal / mole.

Le déplacement de l’équilibre vers la formation de la GA3P obéit à la

« loi d’action de masse ». Le produit sera utilisé par la suite dans la glycolyse.

6) Oxydation du glycéraldéhyde 3 P (GA3 P) :

A ce niveau vont se dérouler les réactions d’oxydo-réduction et les réactions de phosphorylation

qui vont permettre la récupération de l’énergie sous forme d’ATP.
E
+
GA3P + NAD + PO4 H3 1, 3 di Phospho Glycerate + NADH + H +

G’0 = + 1,5 Kcal / mole. E: Glyceraldehyde 3-phosphodéshydrogenase.

L’enzyme est extraite à partir du muscle de lapin et de levure, son PM : 140.103 D.

Cette réaction est très importante car elle aboutit à la formation d'une liaison à potentiel
énergétique très élevé qui est stockée sous forme d'un acylphosphate.

Il y a couplage entre une phosphorylation et une déshydrogénation qui conduit à l'acide

1,3 di phosphoglycérique.

20
 1) Réaction de déshydrogénation :

O OH
∕∕ │
C― H O S―H S―C─R
│ ∕∕ │ │ │
H― C ― OH R―C + Enz Enz H
R │ │
CH2―O~P H NAD+ NAD+
(glycéraldéhyde 3 P)

Transfers D’Electrons Intra-molécullaires

G’0 = + 10, 3 Kcal / mole.

O O
∕∕ ∕∕
S―C―R + NAD +
S―C―R
│ │
Enz Enz

NAD+ + NADH + H+ NADH + H+

2) Transformation du Phosphoryle pour obtenir le Glycérate 1,3 di- Phosphate

O
∕∕
S―C―R OH S―H O O
│ │ │ ∕∕ ║
Enz + ―
O ― P ― O― Enz + R―C ~O ― P ― O ―

║ │
+ +
NAD PO4H3 NAD OH

Liaison à Potentiel Energétique Elevé

3) Produit Finale.

O O
∕∕ ║
~
C O ― P ― O―
1
│ │ G’0 = + 10,3 Kcal / mole.
HO ― C―H OH O
│2 ∕∕
H―C ~O ― P ― O ―

3│ │ ( Glycérate 1,3 di- Phosphate)

H OH

21
 7) Formation d'APT à partir du 1,3 diphosphoglycerate :

(Transfert du phosphate du 1,3 diphosphoglycerate sur l’ADP)

E (3 PGA)
1, 3 diphosphoglycerate + ADP 3 phosphoglycerate + ATP

G’0 = - 4, 5 Kcal / mole. E: Phosphoglycerate Kinase.

L'enzyme est dépendante de la présence d'ion bivalents Mg2+ ou Mn2+

La réaction est exothermique et aboutit à la 1ère synthèse d'ATP.

La réaction résultante des deux précédentes est :

GA3 P + NAD+ + Pi + ADP 3 PGA + NADH + H+ + ATP

8) Isomérisation du 3 phosphoglycerate :

(Passage du 3 phosphoglycerate au 2 phosphoglycerate)

CH2─ O ─ P CH2─ O ─ P
│ E │
CH ─ O ─ H + ADP CH ─ O ─ H + ATP
│ │
O ══ C ─ O ─ H O ══ C ─ O ─ H
(3 phosphoglycerate)
O ─ (H)
│ E
C ══ O
│ E : phosphoglycerate mutase.
CH ─ O ─ P
(2 phosphoglycerate) │
CH2 ─ O ─ H

La réaction est réversible

E
2 PGA PEP + H2O
2+
Mg
G’0 = 0, 4 Kcal / mole. E : Enolase.

Le poids moléculaire de l’enzyme est de 35.000 D et nécessite la présence d'ions bivalents

Mg2+ et Mn2+.

22
 On procéde à une déshydratation du 2 PGA.

O O
∕∕ H2O ∕∕ Liaison à Potentiel
C ― O― (H) C ― O― (H) Energétique Elevé

H ― C― O ~ P C― O ~ P
│ ║
CH2 ― OH CH2

L'enzyme peut être bloquée par le fluorure (F-) et du PO4H3 (Pi) par la formation du complexe
fluoro-phospho-magnésium.

Le PEP possède un fort potentiel d'hydrolyse avec un G’0 = - 14,8 Kcal / mole.

9) Formation du pyruvate :
(Transfert du phosphate de PEP sur l'ADP)
E
PEP + ADP Pyruvate + ATP

G’0 = - 7, 5 Kcal / mole. E: Pyruvate Kinase.

C'est une isoenzyme de PM : 250.103 D.

 Les enzymes M : (Pour muscle et cerveau) sont inhibées par l'ATP et indépendantes
du Fructose-1,6 di P.

 Les enzymes L : (pour foie et rein) enzymes allostériques ; l'ATP est un inhibiteur,
l’activateur est le Fructose-1,6 di P.

O O
∕∕ ∕∕
C ― O― (H) C ― O― (H)

C― O ~ P + NAD C ══ O + ATP
║ │
CH2 CH3 (pyruvate)

Le pyruvate n'est pas le produit final de la glycolyse.

Il va dépendre de la présence ou de l'absence de l'O2.

C. Devenir du pyruvate :
Au cours de la glycolyse, il y a eu formation d'une coenzyme réduite NADH + H+.
Pour que le cycle glycolytique se produise, il est fondamental que le complexe soit oxydé
Pour cela, il existe deux possibilités :

23
 « Soit sans O2  fermentation. » « Soit avec O2  respiration. »

1) Anaérobiose : (sans O2)

a. Formation du lactate : ( au niveau du muscle squelettique )

E
Pyruvate + NADH + H+ Lactate + NAD+

O O
∕∕ ∕∕
C ― O― (H+) C ― O― (H+)
│ E │
C ══ O + NADH + H+ H ― C ― OH + NAD+
│ │
CH3 CH3
G’0 = - 6 Kcal / mole. E : Lactate déshydrogénase.

Conséquence : le produit final de la glycolyse ne peut être le lactate et cela malgré la présence de l'enzyme.

L'énergie formée est perdue sous forme de chaleur et ne peut être utilisé pour de nouvelles synthèses.
Le lactate formé dans le muscle est déversé dans le sang et récupéré au niveau du foie.

b.Formation de l'éthanol (par les microorganismes) :

(Fermentation alcoolique qui se fait en 2 étapes)

 1ère étape : décarboxylation :

G’0 = - 4,7 Kcal / mole.
O E : Pyruvate décarboxylase
∕∕
C ― O― (H+) H
│ E ; TTP ∕
C ══ O C ══ O
│ Mg++  │
CH3 CO2 CH3
(Pyruvate) (Acetaldehyde)

L'enzyme fonctionne avec une coenzyme qui est la TPP (Thiamine Pyrophosphate).
Au cours de la décarboxylation, le pyruvate se lie par covalence à la coenzyme.

 2ème étape : déshydrogénation :

O
∕∕ E
3HC── C + NADH+ + H+ CH3C── CH2 OH + NAD+
\ (Etanol)
(Acetaldehyde) H
G’0 = -7,1 Kcal / mole. E : Alcool déshydrogénase.

La 2ème réaction aboutit à l'éthanol. Il s’agit de la réduction de l'acétaldéhyde actif par le

NADH+ + H+ en alcool.

24
 La réaction est fortement irréversible vers la formation de l'alcool éthylique.
Il existe d'autres types de fermentation propre à chaque micro-organisme.

En général, il y a toujours en premier la décarboxylation

et la formation de l'acétaldéhyde actif.

Le lactate formé au cours de la fermentation constitue un déchet qui traverse la membrane

plasmique pour se déverser dans le milieu extracellulaire puis est transporté par voie sanguine
jusqu'au foie où il sera transformé en glucose.

2) Aérobiose : (avec O2)

O
∕∕
C ― O― (H+)
│ E
C ══ O + 5/2 O2 3 CO2 + 2 H2O
│
CH3
(Pyruvate)
Au niveau de la chaîne respiration des mitochondries
Le NADH est réoxydé en NAD+.

D. Bilan énergétique :
 Bilan de la glycolyse

Glucose+2ATP + 2Pi + 4ADP + 2NAD+ 2 Pyruvate + 2ADP + 4ATP +2NADH + 2H+ +2H2O

 Fermentation lactique : (On multiplie par 2)

2 Pyruvate + 2 NADH + 2H+ 2 Lactate + 2 ATP + 2 H2O

E. Glycolyse à partir d'oses autres que le glucose :

Il existe plusieurs enzymes qui dégradent les polysaccharides :

 Saccharose : E1 : Invertase (Chez les levures) ; E2 : Hydrolase + (H2O)

E1
Saccharose Glucose + Fructose
E2

 Maltose : E : Saccharase (Chez les animaux

E
Maltose 2 Glucose

25
  Lactose :
E E : Lactase.
Lactose Glucose + Galactose

1) A partir du fructose : Le fructose peut subir deux types de réactions.

E
Fructose + ATP Fructose - 6 P + ADP E: Hexokinase.

E
Fructose + ATP Fructose - 1 P + ADP E: Fructokinase.
(Très spécifique)

Le Fructose -1 P peut subir :

Une phosphorilation : (La deuxième au niveau du C6)

E
Fructose - 1P + ATP Fructose 1 - 6 di P + ADP

E : Fructose 1- 6 di P kinase.
Uue action de l'aldolase :

E + ATP
Fructose - 1 P D - Glycéraldéhyde + DHAP

ATP

E : Aldolase.

(La glycolyse) GA3P + ADP

(Glycéraldéhyde 3P)

2) A partir du Mannose :
E1
Mannose + ATP Mannose - 6 P + ADP

Fructose 6 P E2 (Isomérisation)

(La Glycolyse) E1 : Hexokinase ; E2 : Mannose- 6 P isomérase.

3) A partir du Galactose :

E1
Galactose + ATP Galactose 1 P + ADP
E1 : Galactokinase. (très spécifique).
(Uracil triphosphate)
UPT

26
 Galactose 1 P UDP- Galactose + P  P (Pyrophosphate)
E2
E2 : Galactose 1 P Uridyl Transférase.
Après, on a une réaction d’isomérisation :
E3: Epimérase.
E4: Uridyl Transférase.
E3 E5 : Epimérase.
UDP- Galactose UDP- Glucose

E4
UDP- Glucose + Galactose 1 P Glucose 1 P + UDP- Galactose

(La Glycolyse) Glucose 6 P (Epimérisation sur le C4 )

E5

F. Glycolyse à partir des polyosides de réserve : (= Glycogénolyse)

C'est la dégradation des sucres à partir des réserves (c’est à dire le glycogène) chez les
animaux, alors que chez les végétaux c’est l’amidon.

Le glycogène représente entre 10 à 12 % du poids frais du foie et

1 à 3 % des muscles humains.

On a 2 types de réactions, chacune est catalysée par un enzyme différent :

1) Glycogène phosphorylase :
G’0 = + 0,7 Kcal / mole.

E1
(Glycogène) + Pi Glucose 1 P + (glycogène) n-1
E2

E1 : Glycogène phosphorylase. E2 : Amyloglucosidase.

 La Glycogène phosphorylase coupe spécifiquement les liaisons de type α (1– 4), et attaque la
chaîne de glycogène par son extrémité non réductrice.

 L'action de cette enzyme est spécifique au niveau de tous les branchements de la chaîne linéaire
mais reste incapable de s’attaquer aux liaisons β (1– 6) des chaînes ramifiées.

 Une autre enzyme : L’Amyloglucosidase présente une spécificité importante pour les liaisons
β (1– 6) des chaînes ramifiées.

 Le glycogène phosphorylase est spécifique à la dégradation du glycogène. Cet enzyme est très
répandue, elle représente 2% des protéines dans le muscle et se présente sous deux formes :

27
 Forme dite « a »et forme dite « b ».

a. Phosphorylase forme « a » :
Forme dite active (dégradation), son PM = 370.103 D, elle est formée de 4 sous-unités
identiques. Chaque sous-unité contient une « phosphorileserine » et a un important coenzyme
(la phosphate pyridoxale) qui sont liées d'une manière covalente à un résidu E-Lysine.

La forme « a » active sous l'action d'une phosphorylase phosphatase peut se transformer en deux
molécules de la phosphorylase « b » inactive.

4 Pi

A ▬▬▬▬▬▬▬▬▬►2 b
(Active) E (Inactive) E: Phosphatase.

b. Phosphorylase forme « b » :

La phosphorylase « b » est un dimère de PM = 92.500 D. Cette forme est très abondante dans le
muscle au repos, cette forme inactive peut s'activer en présence de l'adenylate. (Acide adenylique).

4 ATP 4 ADP

2b ▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬▬► a
E E : Phosphatase.

Dans le muscle : la phosphorylase kinase est normalement inactive. Elle s'active en présence
de Ca2+ ou après excitation du muscle par un influx nerveux sous l'action de l'adrénaline.

Cette activation met en jeu des modifications chimiques de la phosphorylase kinase, qui existe
sous une forme déphosphorylée inactive et se transforme par phosphorylation après fixation du
phosphate en forme active. (+ ATP)

Cette transformation se fait par l'intermédiaire d'un enzyme:

(protéine kinase = phosphorylase kinase kinase).

Ceci se fait en présence d'ATP et régulée par l’AMP cyclique qui

se fixe sur la sous-unité.
Protéine Kinase Protéine Kinase
(Déphosphorylé) + ATP (Phosphorylation)
(Inactive) (Active)

28
 Schéma Général

E1
Phosphorylase Kinase Phosphorylase Kinase
2+
(Inactive) Ca et Influx Nerveux (AD) (Active)

E1: Protéine Kinase Kinase. 4 ATP 4 ADP

(2) Phosphorylase « b » (1) Phosphorylase « a »

(Inactive) (Active)
(dimère : 180.103 D) (tétramère : 370.103 D)

E2 : Phosphorylase Phosphatase. E2
E3 : Phosphodiestérase.
E4 : Phosphoglycomutase. 4 H3PO4

Activation
Adrénaline Adenyl Cyclase (Au niveau de la membrane)
(Glucagon)
Mg2+
(3’,5’ monophosphate)
ATP AMPc AMP5’
E3
Activation

Phosphorylase Kinase Kinase (Protéine Kinase)

Phosphorylase Kinase Phosphorylase Kinase

(Déphosphorylé Inactive) (Active)

(2) Phosphorylase ―b‖ (1) Phosphorylase―a‖

(Inactive) Mg2+ ATP (Active)

(n) Glycogène (n-1) Glycogène + (1) Glucose 1 P

E4

(1) Glucose 6 P

29
 Dans le foie, le mécanisme est à peu près le même sauf que les phosphorylases hépatiques ont une
structure différente des phosphorylases musculaires.

(Les deux formes «a» et «b» sont des dimères).

2) Phosphoglucomutase :

E4 E5
……. Glucose 1 P Glucose 6 P
Mg2+

G’0 = -1,7 Kcal / mole. E5 : Glucose 1,6 diphosphate.

 La réaction nécessite des ions Mg2+ et du glucose 1,6 diphosphate.

 L'enzyme (E4), la phosphoglucomutase, est fortement inhibée par la DFP

(di-isopropylfluorophosphate). C'est un inhibiteur réversible pour cette réaction.

III. VOIE DES PENTOSES OU H.M.P.

(H.M.P. : hexoses mono phosphates)

A. Schéma général:
La voie des hexoses monophosphate (H.M.P.) n'a pas pour but de fournir l'ATP
mais d'autres buts :

- Fournir à la cellule un pouvoir réducteur sous forme de NADPH

(H.M.P.)
NADP+ NADPH, H+

Le NADPH est un cofacteur indispensable pour la biosynthèse des Ac. Gras.

- Permettre la conversion des hexoses en pentoses

Glucose 6 P Ribose 5 P

Le ribose 5P est indispensable pour la biosynthèse des acides nucléiques.

(ARN ; ADN)

- Permettre de fournir l'Erythrose 4P à partir duquel s'effectue la synthèse

des acides aminés (ex : phenylanaline)

- Permettre l'assimilation du CO2 pendant la photosynthèse chez les végétaux

(Cycle de Calvin).

C'est une voie qui va permettre de fournir beaucoup de pentoses (5C).

30
 Cette voie se branche sur la glycolyse à 3 niveaux :

+ Glucose 6 P .

+ Fructose 6 P.

+ Triose phosphate (GA3 P).

B. Réactions et Enzymes :
1) Première oxydation :
E
Glucose 6 P 6 P -Gluconolactone

NADP+ NADPH, H+ G’0 = - 0,1 Kcal / mole

L'enzyme est spécifique du cofacteur (NADP+), la réaction est faiblement exothermique

(phosphorylase).

2) Formation du 6 P Gluconate : (ou acide 6 P gluconique)

Il y a fixation d'une molécule d'eau (+ H2O), le cycle n'est plus fermé. La réaction nécessite des ions
Mg2+.La réaction est fortement exergonique G’0 = - 5 Kcal / mole.

Les deux réactions ( + ) sont très exergonique et sont en faveur de la formation du coenzyme
réduit, le NADPH, H+.

3) Deuxième oxydation : (2 mécanismes simultanément)

- Décarboxylation du C1 qui va partir sous forme de CO2.

- Déshydrogénation en C3.

- L’hydrogène libre est capté par NADP+ NADPH.

On obtient comme résultat un ribose 5 P. (5 C)

4) Interconversion des pentoses :

a. Formation du ribose 5 P :
Glucose 6 P + 2 NADP+ + H2O Ribose 5 P + CO2 + 2 NADPH + 2 H+

E1 1/3 ─── Ribose 5 P

Rubulose 5
2/3 ─── Xylulose 5 P
E1: Phosphoriboisosterase.

31
 Le bilan de la réaction lorsque celle-ci s'arrête au niveau du ribose 5P.
(1/3 du ribulose est transformé)

Glucose 6 P + 2 NADP+ + H2O Ribose 5 P + CO2 + 2 NADPH + 2 H+.

Parfois le cycle peut se poursuivre sous l'action de 3 enzymes :

- E2 : La phosphocetoépimerase.

- E3 : La transaldolase.

- E4 : La transacétolase.

b. Formation du Xylose 5 P :
E2
Ribulose 5 P Xylulose 5 P

Réaction catalysée par une enzyme E2. E2 : phosphocetoépimérase.

c. Les Transacétolases :
(Transfert d'un groupement glycolaldehyde (à 2 C))
 Réaction  :
Xylulose 5 P + Ribose 5 P Glyceraldehyde 3 P + 7 C
(5C) (5C) E4 (3C) (7C)
( Sédo-heptulose 7 P = (7C))
 Réaction  :
E4
Xylulose 5 P + Erythrose 4 P Glyceraldehyde 3 P + Fructose 6 P
(5C) (4C) + ATP (3C) (6C)

d.Les Transaldolases :
E3
Sédo-heptulose 5 P + Glyceraldehyde 3 P Erythrose 4 P + Fructose 6 P

 La transaldolase agit sans cofacteur. Elle permet le transfert d'un groupement à 3 C.

 L'enzyme possède une lysine active ( - NH3) de la lysine va intervenir dans le mécanisme
de la réaction en formant un complexe intermédiaire : La base de SCHIFT.
 Ce complexe est un dihydroxyacetone transaldolase. (= DHA-transaldolase)

Le mécanisme réactionnel :
♦ 1ère étape :

Fructose 6 P + Transaldolase Glyceraldehyde 3 P + DHA – Transaldolase

♦ 2ème étape :

Erythrose 4 P + DHA– Transaldolase Sédo-heptulose 7 P + Transaldolase

32
 A la fin du cycle, on obtient des pentoses et des trioses
qui sont des intermédiaires.

C. Bilan de la voie des pentoses :

Les transaldolases et les transacétolases :

 permettent la conversion des hexoses en pentoses et inversement, alimentant ainsi la glycolyse

en composés carbonés.

 Rendent possible l’interconversion des sucres à 3, 4, 5, 6, et 7 C.

 Cette interconversion réversible des deux « C » sous forme d’intermédiaire glucolaldehyde est
évidente par action des transaldolases.

 Le transfert des sucres à 3 carbones par les transaldolases sous forme d’intermédiaire
DHA-transaldolase.

Les différences entre voie des pentoses et voie du glucose :

 La voie de glucose est une voie rectiligne (glucose pyruvate).

 La voie des pentoses ne l’est pas (on obtient l’érythrose indispensable pour la
synthèse des acides aminés.

 La voie des pentoses permet d’obtenir plusieurs produits dont l’intérêt est
l’obtention du NADPH indispensable pour les enzymes de la biosynthèse des Ac.
gras et pour les réactions de désintoxication dans le foie.

 On peut dégrader par la voie des pentoses de façon totale le glucose-6 P en CO2.

Bilan des différentes étapes de cette dégradation complète :

6 Glucose 6 P + 12 NADP+ 6 Rubulose 5 P + 12 (NADPH+, H+) + 6 CO2

2/3 4 Rubulose 5 P 4 Xylulose 5 P.

6 Rubulose 5 P
1/3 2 Rubulose 5 P 2 Ribose 5 P.

2 Xylulose 5 P + 2 Ribose 5 P 2 Sédo-héptulose 7 P + 2 Triose 3 P

2 Sédo-héptulose 7 P + 2 Triose 3 P 2 Fructose 6 P + 2 Erythrose 4 P

33
 2 Erythrose 4 P + 2 Xylulose 5 P 2 Fructose 6 P + 2 Triose 3 P

2 Triose 3 P 1 Fructose 1,6 di P

1 Fructose 1,6 di P + H2O 1 Fructose 6 P + Pi

5 Fructose 6 P 5 Glucose 6 P

6 Glucose 6 P + 12 NADP+ + H2O 5 Fructose 6 P + 6 CO2 + 12 (NADPH, H+) + Pi

D. Variante des voies de pentoses (H.M.P) ou voie d’Entner Doudoroff :

Voie découverte en 1952 chez les bactéries, elle commence comme la voie des pentoses excepté
que les enzymes trouvés produisent une oxydation du glucose et non pas seulement du glucose 6 P.

NADP+ NADPH+, H+ ATP ADP

(≡ Ac. 6 P Gluconique)
Glucose Gluconate Gluconate 6 P

*Glucose 6 P ├───── Par la voie des Hexomonophosphates ─┘

Chez certaines bactéries (par exemple : l’azotobacter), il y a, au niveau des Carbones 2 et 3,

une déshydratation de l’acide 6 P- Gluconique.

H OH H (Ac. 6 P Gluconique)
  
HO ─ C ── C ── C ── C─ CHOH ─ CH2O ~ P
1 2 3

∕∕    E1: 6 P Gluconate Déshydratase.

O OH H OH H2O
E1
O (Ac. Pyruvique) O
∕∕ E2 ∕∕
HO ─ C ─ C ─ CH2 ─ CHOH ─ CHOH ─ CH2O ~ P
1 2 3
HO ─ C ─ C ─ 3CH3
1 2

∕∕ ∕∕
O (2 ceto, 3 désoxy-6 P Gluconate) + O
O2
H ─ C ─ CHOH ─ CH2O ~ P Ethanol
∕∕ + 
E2: Aldolase. O (Glyceraldéhyde 3P) CO2

Le pyruvate en absence d’oxygène donne un alcool (fermentation de ces bactéries).

34
IV. CYCLE DE KREBS OU CYCLE DES TRICARBOXYLIQUES

A. Caractéristiques du cycle :

En 1938 a été proposé le cycle de Krebs ; ce cycle comporte plusieurs étapes :

des décarboxylations, des déshydrogénation, condensation

et intervention de plusieurs coenzymes, NAD, NADP, FAD, « CoA SH ».

Les enzymes impliqués dans ce cycle ont été purifiés et ils existent chez tous
les organismes y compris les bactéries.

Les enzymes du cycle de Krebs sont situées dans la mitochondrie (= enzyme particulaire) et
leurs coenzymes sont associées aux membranes internes des mitochondries.

Le cycle peut de faire en absence de O2 ou en présence de O2.

(Chaîne respiratoire)

B. Réaction et enzymes :

1) Entrée du pyruvate dans le cycle :

Elle se situe à la suite de la glycolyse ; le pyruvate se transforme en CoA SH. Cette étape comporte
une décarboxylation oxydative du pyruvate par l’intermédiaire de la thiamine pyrophosphate (TPP) et de
l’acide lipoïtique.
Le groupement Acetyl formé se lie au coenzyme A (CoA) pour donner l’acétyl CoA.

Coenzyme A
Pyruvate Acetyl CoA
E

L’enzyme E est une pyruvate déshydrogénase décarboxylante.

L’acide lipoïque ( = lipoate) sera oxydé en cédant son « H » à FAD.

FADF ADH2

« couple rédose »

NADH NAD+
Ce complexe enzymatique est constitué de trois enzymes dont le PM = (4-5) 105 D.
Ce complexe est formé de la lipoate-réductase transacétylase qui va agir après la
décarboxylase TPP et ensuite intervient la dihydroxylipoate déshydrogénase.

35
 Ø Caractéristiques de ces trois enzymes :

1. La décarboxylase (Thiamine pyrophosphate) TPP : possède 12 à 14 sous-unités

identiques, de PM/SU = 180.103 D.

2. La lipoate réductase a une chaîne de PM = 16.105 D.

3. La dihydroxylipoate déshydrogénase est formée de 6 à 8 sous-unités identiques,

de PM / SU = 112.103 D et contient 2 FAD par molécule d’enzyme.

Dans le système, le coenzyme A et le FAD sont libérés facilement par simple dialyse.
Ce complexe est associé à d’autres enzymes notamment la pyruvate déshydrogénase kinase
et la pyruvate déshydrogénase phosphatase.

La pyruvate déshydrogénase phosphatase va déphosphoriler la pyruvate déshydrogénase kinase

pour la rendre active, cette réaction nécessite les ions Ca2+.

La kinase et la phosphatase permettent la régulation de la réaction de transformation du pyruvate

en Acétyl CoA.

2) Condensation de l’acetyl CoA avec l’oxalaocétate :

E
Acetyl CoA Citrate

C’est un enzyme de condensation. E = Citrate synthétase.

Au niveau de l’Acetyl CoA, le CO va attirer l’électron du groupement CH3 d’où la formation d’une charge
négative attractive.

O O O O
∕∕ ∕∕ ∕∕ ∕∕
C ~SCoA C ~SCoA C ~SCoA C ─ OH
   
H ─ CH2 CH2 2 HC O 2 HC O
+ O- O + O ∕∕ E ∕∕
∕ ∕∕ ∕∕ HO ─ C ─ C ─ O_ HO ─ C ─ C ─ O_+ CoASH
HO ─ C ─ C O ═ C ─ C ─ O_  +H2O 
  CH2 CH2
CH2 CH2  
  HO ─ C ══ O HO ─ C ══ O
HO ─ C ══ O HO ─ C ══ O
(Oxaloacetate) (Citrate) (Coenzyme A)
+ (AcetykCoA) (Citroyl CoA (=Enoyl CoA)) ; Intermédiaire.
G’0 = - 9 Kcal / mole. E : Citrate synthétase.

Cette réaction est en faveur de la formation du citrate grâce à l’hydrolyse de la liaison thioester S-H
riche en énergie.

La citrate synthétase a un PM=105 D et régulé par le taux de l’ [ATP], du [succinate] et des

[Acylgras CoA].

36
 3) 3ème et 4ème isomérisation entre le citrate et l’isocitrate :

la même enzyme : l’Aconitate hydratase qui facilite l’équilibre entre les trois acides
tricarboxyliques : le citrate, l’isocitrate et le cis-aconitate.
O O O
∕∕ ∕∕ ∕∕
C ─ OH C ─ OH C ─ OH
  
2HC O 2HC O 2HC O
 ∕∕ − H2O  ∕∕ + H2O  ∕∕
HO ─ C ─ C ─ OH C ─ C ─ OH H ─ C ─ C ─ OH
 ║ 
CH2 CH HO ─ CH
  
HO ─ C ══ O HO ─ C ══ O HO ─ C ══ O
(Citrate : 89,5%) (Cis-Aconitate : 3-4%) (Isocitrate : 6-7%)

L’isocitrate est utilisé au fur et à mesure de son apparition dans le cycle de Krebs. Il y a un
déplacement de l’équilibre vers la formation de l’isocitrate par la loi d’action des masses.
Le marquage radioactif du carbone carboxylique de l’Acétyl CoA montre que toute la radioactivité
se trouve au niveau du C1 du citrate.
L’enzyme reconnaît la moitié supérieure du substrat. Il est catalysé par des ions Fe²+ et nécessite
des S-H sous forme de cystéine.

4) Décarboxylation de l’isocitrate :(1ème décarboxylation oxydative)

Elle est accompagnée d’une déshydrogénation : c’est donc une décarboxylation oxydative.

O O
∕∕ ∕∕
C ─ OH  C─ OH
  CO2 
2HC O E CH2
 ∕∕ 
H ─ C ─ C ─ OH CH2
 NADPH+  H+ NADP+ 
HO ─ CH C ══ O
 
HO ─ C ══ O (Isocitrate) (-cétoglutarate) HO ─ C ══ O

G’0 = - 1,7 Kcal / mole. E : -cétoglutarate déshydrogénase.

On utilise le carbone de CO2 pour faire la réaction inverse et arriver à l’isocitrate (- carboxylation).
L’enzyme a un PM = 380.103 D, est formé de 8 sous-unités identiques.
Il est régulé par l’ADP. On remarque que lorsque l’ADP augmente, l’affinité de
l’enzyme pour son substrat augmente alors que KM diminue.

On remarque aussi que l’affinité de l’enzyme envers son substrat augmente lorsqu’on a une
augmentation des concentrations de l’isocitrate, du NADP et des ions Mg ++.

37
 V

Vmax
[ADP] 1 < [ADP] 2

[ADP]2
Vmax/2
[ADP]0

[ADP]1

0
0 KM [S]
[]

Il existe aussi des effecteurs (ou modulateurs) négatifs tels les NADH et l’ATP qui ont tendance à
augmenter les KM donc à diminuer l’affinité de l’enzyme envers son substrat.

5) 2ème décarboxylation oxydative :

On va perdre un autre CO2. Cette étape conduit à la formation du succinyl-CoA à partir du

-ceto-glutarate. La réaction est exergonique avec un ΔG’0 = – 8 Kcal /mol.
Cette réaction est comparable à celle de la décarboxylation oxydative du pyruvate.

L’enzyme est l’-ceto-glutarate déshydrogénase, on a isolé un complexe de trois enzymes

de PM = (4 – 5) .106 D comprenant :

- Décarboxylase à TPP.
- Lipoate réductase transacétylase.
- Dihydroxy lipoate déshydrogénase à FAD.

6) Détachement du CoA-SH :

Ce détachement se fait sans perte d’énergie car il y a couplage pour la formation d’une
molécule de GTP à partir de : GDP + Pi ; (GDP + Pi ───> GTP). (GTP ≡ ATP).
E
GTP + ADP ATP + GDP
E : Nucléoside diphosphokinase.

La réaction de l’étape (6), à partir du succinyl CoA — succinate va se faire par la fixation de
l’hydroxyde de H2O et la libération d’un GTP et de CoA-SH, G’0 = – 0,7 Kcal/mol.

38
 7) Déshydrogénation du succinate en fumarate :

On utilise la succinate déshydrogénase comme enzyme et comme coenzyme, le FAD.

O O
∕∕ ∕∕
C ─ OH C ─ OH
 E 
CH2 CH
 ║
CH2 FAD FADH2 CH
 
HO ─ C ══ O HO ─ C ══ O

G’0 ≈ 0 Kcal / mole (Réaction réversible) E : Succinate déshydrogénase.

L’enzyme est fortement lié à la membrane interne mitochondriale ; le coenzyme le FAD est lié à
l’enzyme par une liaison covalente, il ne se détache qu’après hydrolyse trypsique (trypsine) du noyau
imidazole de l’histidine. L’enzyme a un PM = 105. D comprenant 2 sous-unités

* 1 sous-unité : PM = 7.104 D contient : (FAD, 4 Fer, 4 Soufre)

* 1 sous-unité : PM = 3.104 D contient : (4 Fer, 4 soufre) (pas de FAD)

La réaction est réversible avec un G’0 = 0 Kcal/mole.

La succinate déshydrogénase est activée par le phosphate, le succinate et le fumarate, et elle est
inhibée par l’oxaloacétate qui est un inhibiteur plus puissant que le malonate.

8) Hydratation du Fumarate en malate :

O O
∕∕ ∕∕
C ─ OH C ─ OH
 
CH E H ─ C ─ OH
║ 
CH + H2O H─C─H
 
HO ─ C ══ O HO ─ C ══ O

G’0 ≈ 0 Kcal/mole. E : fumarate hydratase.

La réaction est réversible, la Fumarate hydratase a un PM = 2 105 D et constitué de

4 sous-unités. L’inactivation de l’enzyme est obtenue après dissociation de ces 4 unités.

L’action de l’eau se fait en position « trans »de la double liaison du Fumarate.

On peut utiliser de l’eau lourde pour démontrer cette propriété :

L’enzyme conduit à la formation (obligatoire) du L-malate.

39
 9) Déshydrogénation du Malate :

O O
∕∕ ∕∕
C ─ OH C ─ OH
 E 
H─ C ─ OH C ══ O
 
CH2  NADH + H+ NAD+ CH2
 
HO ─ C ══ O HO ─ C ══ O

G’0 = + 7, 1 Kcal/mole. E : malate déshydrogénase.

La réaction est très endergonique et se fait dans le sens de la formation de l’oxaloacétate (qui est
immédiatement utilisé) et du NADH.
Cette réaction est couplée avec une autre réaction qui permet la formation de H2O et grain d’ATP.

NADH + H+ + ½ O2 NAD+ + H2O (réaction exergonique)

Le malate peut traverser la membrane mitochondriale contrairement à l’oxaloacetate.

On distingue deux enzymes, malate déshydrogénase qui ont des propriétés différentes et aussi des
structures différentes :l’une extra mitochondriale (donc cytoplasmique),
l’autre mitochondriale qui est formé de cinq iso enzymes.

C. Bilan du cycle de Krebs :

Pour chaque tour du cycle de Krebs, on élimine 2 C de l’Acetyl CoA sous forme de
CO2 et 8H+.
1 Acetyl CoA 2 CO2 + 4 H2

Les H+ vont pouvoir libérer des ATP par la chaîne respiratoire.

Bilan à partir d’une molécule de glucose :

Glucose + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O

1) Nombre de CO2 :

Glycolyse
1 Glucose 2 Ac. Pyruvique (C3). (Pyruvate)

Cycle de Krebs
1 Pyruvate 3 CO2..

Libère
1 Glucose 6 CO2.

40
 2) Nombre d’ATP :

 Glycolyse 2 ATP consommés

2 ATP + 2 (NADH + H+)
4 ATP gagnés
Chaîne respiratoire
 NADH + H+ 3 ATP

TOTAL : 2 ATP + 2 (3 ATP) = 8 ATP.

 Cycle de Krebs:

(NADH+, H+) ≡ 3 ATP GTP ≡ 1 ATP FADH2 ≡ 2 ATP.

1ère étape: 2 (NADH, H+) = 6 ATP

5ème étape : 2 (NADH, H+) = 6 ATP

6 ème étape : 2 (NADH, H+) = 6 ATP

7 ème étape : 2 (GTP) = 2 ATP

8 ème étape : 2 (FADH2) = 4 ATP

10 ème étape : 2 (NADH, H+) = 6 ATP

—————
30 ATP
TOTAL : 30 ATP + 8 ATP = 38 ATP / Mole de Glucose

3) Rendement de l’oxydation du glucose dans la cellule :

Glucose + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O G’0 = - 690 Kcal/mole.

(1 ATP dégage (7 – 8) Kcal/mole)

* Rendement :

38 ATP  (7 - 8) Kcal/mole
R (%) = —————————————  (100) = 40 %
690 Kcal/mole

(On obtient le même rendement que la β-oxydation des acides gras).

41
D. Méthodes d’études du cycle de Krebs :
L’utilisation d’inhibiteurs d’enzymes et des isotopes radioactifs permet de suivre le cycle et de
caractériser les différents métabolismes.

1) Action des inhibiteurs :

Au niveau du cycle de Krebs.

Le malate est l’inhibiteur de la succinodéshydrogénase.

Le fluoroacétate (FCH2 – COOH), agent toxique qu’on trouve dans certaines plantes ; cette
substance en entrant dans le cycle de Krebs peut se substituer à l’acétate et rendre malades les
animaux qui le mangent. Cette substance va tromper le citrate synthétase et on obtient ainsi la
fluorocitrate qui est un analogue du citrate mais qui n’est pas substrat de l’enzyme suivant c’est-à-
dire l’aconitate hydrolase (très spécifique).

Le cycle de Krebs se trouve ainsi bloqué au niveau du fluorocitrate. (Etapes : 3 et 4).

2) Emploi des isotopes radioactifs :

On utilise comme marqueur l’acétate (Acetyl CoA) au 14C soit en C1 ou en C2 et on

suit les étapes du cycle.
On fait aussi le marquage de l’oxaloacétate au 14C au niveau de l’un des carboxyles.
On peut utiliser de l’eau tritiée (3H2O) et suivre les réactions d’hydroxylation et les
réactions de déshydrogénation.

Ces marquages permettent de suivre le devenir des différents carbones

après l’action des enzymes.

E. Réaction nourricière du cycle :

 Le cycle de Krebs est un cycle de nature amphibolique sous forme de citrate
(catabolique  anabolique) ;
 Il permet la dégradation des métabolites afin de régénérer l’énergie (ATP) mais peut en
même temps permettre des réactions biosynthétiques.
 Parmi les produits susceptibles de quitter le cycle de Krebs pour des réactions
biosynthétiques, on a :

 Citrate : c’est sous forme de citrate que le radical acétyl sort de la mitochondrie
pour assurer la biosynthèse d’acide gras.
 -cétoglutarate : il va conduire à la formation de l’acide glutamique par l’enzyme
qui est la glutamate déshydrogénase.
-Cétoglutarate  NH3  NADPH+  H
E
E : Glutamate déshydrogénase.
+
Glutamate + NADP
L’-cétoglutarate est également impliqué dans les réactions de transamination.

42
  Succinyl CoA : permet la biosynthèse de certains acides aminés ainsi que les noyaux
porphyriniques (nécessaire pour les cytochromes) au niveau de la chaîne respiratoire.

 Malate : il peut sortir de la mitochondrie et servir de substrat au cours de la néoglucogenèse

(synthèse de nouvelles molécules de glucose).

 Oxaloacétate : il ne quitte pas la mitochondrie et permet la synthèse de l’acide aspartique

(ASP) par la réaction de transamination catalysée par la glutamate oxaloacétate transaminase.

1) Fixation du CO2 sur le pyruvate :Il existe deux possibilités : ( Réactions extrat-cycle )

a. Pyruvate carboxylase :
E
Pyruvate + CO2 + ATP Oxaloacétate + ADP + Pi
Mn2+
G’0 = - 0,5 Kcal/mole E : pyruvate carboxylase.

L’enzyme catalyse cette réaction en présence d’ion Mn2+.

L’enzyme est mitochondriale, de PM = 650.103 D, formée de 4 sous-unités ; l’enzyme est liée

à 4 biotines par des liaisons covalentes et à 4 ions Mn++.

L’enzyme se dissocie à une température de 0°C et devient inactive, il est allostérique et son
modulateur positif est l’Acétyl CoA.

Si la concentration en Acétyl CoA est élevée dans les cellules, alors la réaction 
ne se produit pas. La concentration de l’Acétyl CoA va activer la carboxylase pyruvate
dans le sens de la formation de l’oxalo- acétate.

b. Enzyme malique: (qui conduira au malate)

E
Pyruvate + CO2 + NADPH + H+ Malate + NADP+

G’0 = – 0,36 Kcal/mole E: malate déshydrogénase. (≡ E. malique)

2) Ac. Aspartique, Ac. Glutamique  Oxaloacétate, -Cétoglutarate:

On peut ravitailler le cycle de Krebs par l’oxaloacétate ou l’-cétoglutarate à partir de

l’acide Aspartique et l’acide Glutamique.

* ASP Oxalo-acétate.
* Glu -cétoglutarate.

43
 3) Cycle gluoxylique:

C’est un moyen très important pour alimenter le cycle de Krebs ; il permet la formation de
composés intermédiaires très importants chez les végétaux et les microorganimes, il n’intervient pas chez
les animaux. A partir de l’isocitrate, on a formation directe de succinate et de gluoxalate :

c’est la 1ère réaction gluoxylique .

O O
// //
C — OH C — OH O
  //
CH2 O CH2 C — OH
 // E  
CH— C — OH CH2  H— C ═ O
 
CHOH HO — C ══ O (Glyoxalate) (2C)

HO — C ══ O (Succinate) (4C)
(Isocitrate) (6C)

Il y a coupure entre le carbone 3 et 4. G’0 = 2,1 Kcal/mole.

ème
La 2 réaction glyoxylique conduit par condensation à la formation du
malate avec l’Acétyl Co

O O
// //
C — OH O C — OH
 // E 
H — C ══ O  CS-CoA  H2O CHOH  CoA SH
 
H— CH2 CH2

HO — C ══ O
G’0 = − 10, 6 Kcal/mole. E : malate synthétase.

La réaction est exergonique, le cycle peut ainsi continuer normalement.

L’intérêt : on ne perd pas de CO2, ce qui permet la synthèse de sucre à partir de

l’Acétyl CoA.

Bilan du cycle gluoxylique :

2 Acétyl CoA + NAD+ + H2O 2 CoA SH + NADH+ + H+ + Succinate

44
 On peut synthétiser une molécule à 4 carbones à partir de 2  (2 C).

 Ce cycle permet la synthèse de glucides à partir de l’Acétyl CoA, c’est à

dire à partir des Acides gras.

 Les animaux n’utilisent pas ce cycle car ils sont capables de synthétiser les
glucides partir d’autres composés autres que l’Acétyl CoA et les Acides
gras.

Les enzymes du cycle gluoxylique :

 La malate synthétase et l’isocitratase ne sont pas localisées dans la

mitochondrie mais dans des structures particulières qu’on appelle les
« Peroxyzomes » (ou glyoxyzomes).

 On ne les trouve que chez les plantes et les microorganismes capables de

synthèse des glucides à partir des Acides gras. Ces peroxyzomes ont un rôle
important dans le processus de la photosynthèse et dans la fixation de
l’azote (N2).

 Il existe un mécanisme de régulation : c’est l’isocitratase qui est inhibée

fortement par le P.E.P. qui est un intermédiaire clé dans la biosynthèse du
glucose à partir de métabolites non glucidiques.

45
 METABOLISME
DES ACIDES GRAS

46
 PROCESSUS GENERAUX DE SYNTHESE ET DE DEGRADATION

I. BIOSYNTHESE DES ACIDES GRAS.

A. Schéma général :

Le métabolisme des Acides Gras est très important car il y a un stockage de glucose sous forme de
triglucérole ou triacylglucérole formant ainsi une réserve de produits énergétiques.

La biosynthèse des Ac.gras se fait d’une manière différente et avec des enzymes différentes de
celles qu’on rencontrées lors de la dégradation des Ac. gras.

Au niveau des mitochondries, on note une faible activité d’incorporation des carbones dans la
chaîne des Ac. gras, l’intense activité d’incorporation est notée au niveau du cytoplasme. Cette activité est
amplifiée par la présence du citrate.

Le CO2 est essentiel pour la biosynthèse des Ac gras (CO2 ou CO3H) bien qu’il ne soit pas incorporé
dans l’Ac. gras final. Un marquage au 14C le situe au niveau d’un des carboxyls du
malonyl CoA.

Le malonyl CoA (HO2C─CH2─CO~SCoA) est le précurseur de la biosynthèse des Ac.gras.

Les Ac. gras sont synthétisés dans le cytoplasme par un système multienzymatique formé
de 7 enzymes : acides gras synthétases.

Bilan de la synthèse du palmitate à partir de l’acétyl CoA :

NADPH+ + H+
Acetyl CoA + Malonyl CoA Palmitate + H2O + NADP+ + CoA SH
+ CO2

O O O
+ +
// // 14 (NADH +H ) //
+
C~SCoA + 7 C~SCoA (1)C─ OH + 6 H2O + 14 (NADP ) + 8 CoA SH
│ │ │
CH3 CH2 CH2
│ CO2 │
HO ─ C ═ O (CH2)12
│
(15) CH2
│ Acide Palmitique. (C16)
(16) CH 3

47
 Les premiers carbones proviennent de l’acétyl CoA (C15 ; C16) les autres seront obtenus à partir
des malonyl ajoutés.
La fixation se situe au niveau du thioester avec une libération de CO2.

 
HO2C ── CH2 ── CO~SCoA

L’origine de l’acetyl CoA est mitochondrial. Le radical Acyl est transféré grâce à une protéine
spécifique : Carboxy carrier proteine.

*Citrate synthétase : (Réaction C de Krebs)

E
Acétyl CoA + Oxaloacetate Citrate + CoA SH

Le citrate formé est facilement transporté à travers les membranes mitochondriales vers le cytoplasme.

*ATP Citrase –lyase :

E
Citrate + CoASH + ATP Acétyl CoA + Oxaloacetate + ADP + Pi

Le citrate est le porteur des radicaux Acétyl CoA pour amorcer la synthèse des Ac gras.

B. Formation du Malonyl CoA par l’Acétyl CoA carboxylase :

E
Acétyl CoA + CO2 + ATP Malonyl CoA + ADP + Pi

E = Acétyle CoA Carboxylase.

L’enzyme possède la Biotine comme coenzyme.

Biotine-carboxylase + CO2 + ATP Carboxyl biotine-carboxylase + ADP + Pi

Carboxyl biotine-carboxylase + Acétyl CoA Malonyl CoA + Biotine-carboxylase

L’activité de l’enzyme augmente en présence du citrate.On a démontré que c’est la vitesse

maximale (Vmax) qui augmente et par conséquence le citrate n’a pas d’influence sur le KM.

L’enzyme a un PM = 4.105 D (monomérique) présente un site de fixation de CO2, un autre

pour fixer l’Acétyl CoA et un troisième pour fixer l’effecteur allostérique. Sous cette forme monomérique
l’enzyme est inactif, il s’active en se polymérisant en présence du citrate, son PM = 108.

Le polymère est sous forme de filament de 20 monomères ; la longueur de chaque filament

est de 400 nm. En réalité, chaque monomère est constitué de 4 chaînes polypeptidiques :

 Biotine carboxylase.
 Carboxy Carrier Proteine (qui transfère le radical carboxyl).

48
  Carboxyltransferase.
 Sous-unités fixant le citrate.

C. Acyl carrier protéine (ACP) et transacylase :

1) Formation de l’Acetyl~S-ACP et Malonyl~S-ACP :

L’Acyl Carrier Proteine (ACP) a un PM = 104, elle résiste à la chaleur, possède un S-H qui est
porté par le groupement prostetique :

Phospho pantoteine –SH (Forme des liaisons thioesthers)

│
OH
│
── Serine ──

Les groupements Acyl de l’AcetylCoA et du MalonylCoA sont transférés sur le groupement SH

de l’ACP par les enzymes suivants :

E1 : L’A.C.P acétyltransférase. E2 : L’ACP malonyltransférase.

E1
Acétyl CoA + ACP SH Acétyl~S ACP + CoA SH
E2
Malonyl CoA + ACP SH Malonyl~S ACP + CoA SH

2) Formation de l’Acétoacetyl~S-ACP :
E : β-cetoacyl ACP synthétase.
E
Acetyl~S ACP + Malonyl~S ACP Acetoacetyl~S ACP + CO2 +ACP SH

Cette réaction est faite en 2 étapes grâce à la β-cetoacyl ACP synthétase.

2C
Acetyl~SACP + Cys-SH~Synthétase Synthétase~S~Acetyl + ACPSH
3C 4C 1C
Synthétase~S~Acetyl + Malonyl~SACP Acetoacetyl~SACP + Synthétase-Cys-SH + CO2

La réaction est exergonique due à la libération de CO2. Il y a eu intervention d’un corps de

2 C + 3 C pour donner un corps à 4 C + 1 CO2.

2C + 3C 4 C + 1 CO2

3) Formation du D β-hydroxybutyryl~S ACP : (1ère réduction)

La réaction utilise comme enzyme la β-Cetoacyl~ACP réductase, c’est une réaction de réduction qui
utilise le NADPH+ + H+. (C3)

49
 E
Acetoacetyl~SACP + NADPH + H + +
D β-hydroxybutyryl~S ACP + NADP+

E : β-Cetoacyl~ACP réductase.

4) Formation du crotonyl~S ACP : (Déshydratation : - H2O)

Cette réaction est catalysée par l’Enoyl ACP hydratase. (C2 et C3)

O
//
Dβ-hydroxybutyryl~S ACP C ─ S~ACP
│
E : Enoyl ACP hydratase (β) C ─ H
║ 2-3
Crotonyl~S ACP + H2O H─C
│
(Crotonyl~S ACP) CH3

5) Formation du Butyryl~S ACP : (2ème réduction)

Cette réaction est catalysée par une enzyme, l’Enoyl ACP réductase. (C2 et C3)

E
+ +
Crotonyl~S ACP + NADPH + H Butyryl~S ACP + NADP+

E : Enoyl-ACP réductase.

Il existe un facteur limitant pour la formation des Ac.gras qui est le NADPH+, H+. La source
principale est le 6-phosphogluconate car on a constaté une forte activité de la Glucose-6P- déshydrogénase.

Chez les plantes on a une phophoréduction du NADP+, alors que chez la plupart des organismes on
a une autre source :

NADP+

L’enzyme malique : malate pyruvate

E

D. Elongation des acides gras :

1) Elongation des chaînes dans la mitochondrie :

A ce niveau on a un allongement des Ac.gras jusqu'à 12-14 C.

L’allongement se fait par addition d’Acetyl CoA ou bien du Malonyl CoA. On ne note pas de dégagement
de CO2.

50
 Ce sont des réactions inverses de la β-oxydation et elles utilisent le NADPH+, H+.

Ce système permet d’allonger la chaîne des Ac.gras insaturés.

2) Elongation dans le microsome :

Elle se fait de la même manière qu’au niveau des mitochondries mais il faut du Malonyl CoA sans
l’intervention de l’Acyl Carrier Proteine (ACP).

E. Formation des Acides Enoïques :

Ce sont des acides gras possédant les doubles liaisons (insaturés), par exemple :

o L’acide palmito-oleïque :

Il provient de l’acide palmitique avec une double liaison en position « Cis » au niveau des
9-10
carbones 9 et 10. ( )
o l’acide oléïque :

Le précurseur de cet acide est l’acide stéarique, la double liaison « Cis » est au niveau des
carbones 9 et 10. Chez les organismes airoliques, l’introduction de la double liaison se fait grâce à
une enzyme : l’oxygénase microsomale.

o L’acide palmitoleïque :
+O2
+ +
Palmityl CoA + NADPH + H Palmitoleïque CoA + NADP+ + 2 H2O

F. Biosynthèse des triacyl glycerols :

Les Ac.gras n’existent pas à l’état libre mais sous forme de triacyl glycerols.
Pour sa synthèse, il faut du glucerole sous forme de glycérophosphate et de l’Ac.gras sous forme
d’Ac.gras CoA.

1) Formation du glycérol phosphate :

E
** L-Glycerol + ATP L-Glycerol 3 P + ADP E: Glycero-kinase.

E
** Dihydroxyacetone phosphate + NADPH + H + +
L-Glycerol 3 P + NAD+

E: Glycerophosphate déshydrogénase.

51
 2) Formation de l’acide phosphatidique par les transacylases :

L’acide phosphatidique est formé à partir du glycérol 3P.

O
//
H2C ─ OH H2C ─ O ─ C ── R1
O
//
H C ─ OH + 2 Ac .gras-CoA H C ─ O ─ C ── R2 + 2 CoA SH

H2C ─ O ~ P H2C ─ O ~ P
R1 = 16C ; R2 = 18C
(Glycerol 3P) (Ac.Phosphatidique.)

3) Hydrolyse de la liaison phosphoester :

Cette hydrolyse se fait par une hydratase.

E : Phosphatidate phosphatase.

O O
// //
H2C ─ O ─ C ── R1 H2C ─ O ─ C ── R1
O O
// E //
H C ─ O ─ C ── R2 H C ─ O ─ C ── R2 + Pi (H3PO4)
+ H2O

H2C ─ O ~ P H2C ─ OH

R1 = 16 C ; R2 = 18 C

(Ac. Phosphatidique.) (Diacyl glycérol)

4) Formation du triacyl glycérol :

La réaction se fait en présence d’un Ac.gras CoA activé et d’une enzyme.

E : Transacylase.
O O
// //
H2C ─ O ─ C ── R1 H2C ─ O ─ C ── R1
O O
// E //
H C ─ O ─ C ── R2 + Ac.gras CoA H C ─ O ─ C ── R2 + CoA SH
O
//
H2C ─ OH H2C ─ O ─ C ── R3
R1 = 16 C; R2 = 18 C ; R3 = 20 C
(Diacylglycérol) (Triacylglycérol)

52
DEGRADATION DES ACIDES GRAS

A. Généralités :

Ce sont les acides gras, les réserves lipidiques qui permettent d’obtenir le maximum d’énergie pour les
animaux et les végétaux.

Les cellules stockent les lipides dans les adipocytes (cellules pleines de gouttelettes lipidiques).

Ces réserves sont avantageuses à double titre :

 Ils ne prennent pas de grand espace pour leur stockage, n’ont pas besoin d'eau
d'hydratation.

 Leur pouvoir calorifique est très important, la combustion d'un gramme d'ac. Gras libère 9
Kcal par comparaison avec les glucides qui libère 4 Kcal.

 Ces réserves se trouvent sous forme de triglycérides ou triacyl glycérol qui sont hydrolysés
par les lipases, conduisant aux acides gras.

 Les Ac. gras sont généralement insolubles dans l'eau, sont déversés dans le sang ou sont
transportés par le sérum albumine.
 Chez les hibernants ainsi que les oiseaux migrateurs, les lipides constituent la seule source
d'énergie dans le foie et le rein.

 Les acides gras naturels possèdent généralement un nombre pair d'atomes de carbone.
Cette constatation est à la base de l'hypothèse de "Knoop".

Les Ac.gras naturels sont obtenus par scission (séparation) des groupes de 2 C à partir de la fonction
carboxylique. (COOH)


 
C H 3 ......... C H 2 C H 2 C H 2 - COOH C H 3 ...... C H 2 - C H 2 COOH + C H 3 - COOH

  

Principe de l’oxydation de « Knoop ».

« Knoop » a administré à des chiens des Ac. gras artificiels (de synthèse) qui contiennent un
noyau benzénique.

0 ( CH ) - COOH
2 8

53
 Noyau non dégradé dans les cellules Animales va être
libéré dans les urines .Il a trouvé ainsi dans
les urines après analyses:
0 COOH

0 ( CH 2 ) 7 - COOH 0 ( CH 2 ) - COOH
Phenyl acetate.
Composé administré au chien ( ac phenyl acetique )

Donc :L'oxydation des A.G est une -oxydation

Cette théorie a été confirmée par des expériences de marquage. D'autres travaux de Lynem, Lehning
et Kennedy ont montré que la -oxydation requiert l'O2 et nécessite de l'ATP, elle est entièrement
localisée dans la mitochondrie à l'exception de l'activation de l'acide gras.

B. Réactions et Enzymes :
1) Activation des Ac. Gras et pénétration dans la mitochondrie :

Avant l'entrée des Ac.gras dans les mitochondries, ils sont activés.
Cette activation se fait en trois étapes :

 Estérification des Ac.gras libres par le Coenzyme A (= CoA SH)

qui est extra mitochondrial : la réaction se localise au niveau de la membrane mitochondriale

externe. Cette réaction nécessite l'hydrolyse de l'ATP.

 Transfert du groupement Ac.gras-CoA sur la carnitine.

Cette association accélère le passage de l'Ac.gras à travers la membrane interne de

la mitochondrie.

 Transfert des Ac. gras de la carnitine sur le CoA SH intra mitochondrial.

a. Activation des Acides Gras:

Cette réaction d'activation se fait par les thiokinases ou les AcylCoA synthétases.
On distingue 3 types d'enzymes avec des spécificités différentes. Cette spécificité est
fonction de la longueur de la chaîne :

 L'Acétate thiokinase pour les Ac.gras de 2 et 3 carbones.

 Thiokinase des Ac.gras à chaînes moyennes c’est à dire entre 4 et 12 carbones possédant
 des doubles liaisons (Ac.gras insaturés) ou pas (Ac.gras saturés).
 Thiokinase des Ac.gras à longue chaîne c’est à dire Ac.gras saturés dont le nombre de
carbone est supérieur à 12 carbones et aussi spécifique pour les Ac.gras α ou -hydroxy.

54
 O O
// E //
R── C + CoA SH + ATP R── C ~ SCoA + AMP + PPi
│ (- H2O)
OH

Cette réaction se fait en présence d'une 2ème qui va favoriser la réaction dans le sens de
l'activation de l'Ac.gras.

E
P Pi + H2O 2 Pi E : Pyrophosphatase.

b.Transfert sur la carnitine :

O H
// + 
R ── C ~ S CoA + N (CH3)3 ─ CH2─ C ─ CH2─ CO2H (Carnitine: Amine IVaire)

OH
E E : Carnitine Acyl Transferase.
H

N+ (CH3)3 ─ CH2 ─ C ─ CH2 ─ CO2 H + CoASH
O
(Carnitine Acyl Gras) //
O ── C ── R

c. Transfert sur le CoA SH intramitochondriale :

E
Carnitine Acyl Gras + CoA SH Carnitine + Acyle Gras CoA

E : Carnitine Acyl Transferase.

H

N+ (CH3)3 ─ CH2 ─ C ─ CH2 ─ CO2 H
O + CoASH
//
O ── C ── R

E E : Carnitine Acyl Transferase.

H O
 //
N+ (CH3)3 ─ CH2 ─ C ─ CH2 ─ CO2 H + R — C ~ SCoA

OH

55
 2) Oxydation intra mitochondriale des Acyl Gras CoA :

Toutes les réactions vont se passer dans la matrice mitochondriale.

a. 1ère déshydrogénation par l'Acyl gras CoA déshydrogénase à FAD:

On trouve plusieurs enzymes avec une spécificité différente en fonction de la longueur de la

chaîne des carbones. Ils possèdent un cofacteur = FAD (une flavoprotéine)

O H O 2-3 Trans enoyl Acyl gras CoA

() () // E () () //
R’─ CH2 ─ CH2 — C ~ S CoA + FAD R’─ C ═ C — C ~ S CoA + E — FADH2

(Acyle Gras Activé) H
E : Acyl gras CoA déshydrogénase.
Le FAD va fixer les H2.

 Le composé obtenu a une double liaison (=) en position « Trans. ». Or les

composés d’acide gras naturels insaturés possèdent toujours ces liaisons en
position « Cis ».

 L’enzyme sera donc spécifique des configurations « Trans ». Il existe une autre
enzyme spécifique de la transformation des formes «Trans » aux formes «Cis ».

 Le complexe E-FADH2 est réoxydé par la chaîne respiratoire en présence d’une

autre flavoprotéine.

 A ce niveau, on aura une réduction de FAD et un gain de 2 ATP.

b.Hydratation de l'enoyl hydratase (= Crotonase) :

(ou β-hydroxyacyl gras CoA hydrolase)

Cette enzyme a été isolée à partir du foie, le PM = 210.103 D et son activité molaire
AM = 1,4 106 mole de S / mole d’enzyme.

H O OH O
│() // E │ () //
R’ ── C ═ C ── C ~ SCoA + H2O R’ ── C ── CH ── C ~ SCoA
()│ ()│ │
H H H
E : β-hydroxyacyl gras CoA hydrolase.

Fixation de la molécule d’eau (OH, H) et formation de l’isomèreL- hydroxy acyl gras CoA.
(L’isomère L est dextrogyre)

56
 c. Déshydrogénation par la L- hydroxy acyl gras CoA
Déshydrogénase à NAD+:

Le NAD+ va intervenir dans le mécanisme de la réaction :

OH O O O
│ () // (γ) // () //
R’── C── CH2 ── C ~ SCoA + NAD+ R’── CH2 ── C── CH2 ── C ~ SCoA
()│ ()
H + NADH+ + H+

Le NAD+ (forme réduite) est réoxydé le long de la chaîne respiratoire avec une production de l’ATP.

d.Coupure thiolytique par la  cetothiolase :

O O O
(γ) // () // E //
R’──CH2 ──C──↕── CH2 ── C ~ SCoA + CoASH R"─ CH2 ─ C ~ SCoA
() (γ) () O
//
E : -cétothiolase. ( R" < R’) + () CH3── C ~ SCoA
(Acetyl CoA)

O O
// E //
CH3── C ~ SCoA + H2O CH3 ── C + CoA SH
│
(Acetyl CoA) (Ac.Acetique) OH

La -oxydation en détachant successivement deux carbones à partir de l’extrémité

carboxylique dégage ainsi des acétyl CoA.

L’acetyl CoA obtenu par chaque cycle de la -oxydation conduit dans le cycle de
Krebs et au niveau de la chaîne respiratoire à la formation de 12 ATP.

C. Bilan:

Cas du palmitate (ou Ac. palmitique) à 16 C :

après 7 cycles de -oxydation, on obtient 8 Acetyl CoA.

palmetyl CoA (activé) + 7 FAD + 7NAD+ + 7H2O

8 Acetyl CoA + 7 FADH2 +7 NADH + 7 H+

57
1- 1 FADH2 = 2 ATP
(2  7) + (3  7) = 35 ATP
1 NADH = 3 ATP
131 ATP.
2- 1 Acetyl CoA = ( 12 ATP); donc 12  8 ATP = 96 ATP

L’oxydation complète de la palmétate : 1 mole produit 130 ATP.

 Oxydation complète de palmétate en présence d’O2 : (théorique)

Palmetate + 32 O2 16 CO2 + 16 H2O G’0 = - 2340 Kcal / mole.

 Bilan de la cellule :

130 ATP  7 (ou 8) Kcal/mole

Rd (%) = ——————————————  100 = 41,6
2340 Kcal/mole

Rendement dans la cellule ≈ 40%

58
 O
//
R─CH2─CH2─C─OH (Ac.gras saturé).

CoASH ATP

Mb Externe AcétylCoA synthétase

ADP + PPi (+H2O 2 Pi)
O
//
R─CH2─CH2─C~SCoA (Acétyl gras CoA)

CoASH Acétyl Carnitine Carnitine

Carnitine Acétyl Transférase A

Mb Interne Transporteur « T » Transporteur « T »
 Carnitine Acétyl Transférase B 

Acétyl Carnitine Carnitine

CoASH Acyl CoA


Intra mitochondriale
β-Oxydation :
+
4H / Cycle de β-oxydation.

Acyl CoA CYCLE CO2

DE
-
KREBS H + +e

59
METABOLISME DES
ACIDES AMINES

60
 PROCESSUS GENERAUX DE SYNTHESE ET DEGRADATION

I. GENERALITES

Les protéines sont indispensables et sont formées d’enchaînements

d’acides aminés.
Ces acides aminés sont obtenus à partir des aliments ou du renouvellement
(« Turnover ») des protéines de la cellule elle-même.

Les protéines sont nécessaires à l’être humain (400 g pour 70 kg).

Le ¼ va se décomposer en Acides .Aminés et ces Acides aminés vont eux aussi se dégrader
pour donner d’autres composés tels que les glucides.le reste constitue une réserve de
protéine « constitutionnelle » et de « structure ».

II. DESAMINATION – AMINATION .

A. Les différents types de désamination :

1) Oxydation :
O O
½O2 // // 
R — CH ― NH2 R ― C — C — OH + NH3+
|
COOH (Ac. α-cétonique)

2) Hydrolyse :
OH O
H2O | // 
R — CH ― NH2 R ― CH — C— OH + NH3+
| (H /OH)
COOH

3) Réduction :
O
2H+ // 
R — CH ― NH2 R ― CH2 — C — OH + NH3+
|
COOH

61
  Chez les cellules vivantes (animales ou végétales), c’est principalement la désamination
oxydative qui se produit car on a constaté que l’O2 est indispensable pour arracher la
fonction amine.
 Dans certains cas, on peut déterminer comme produit l’acialcoole qui ne provient pas de la
réaction d’hydrolyse mais de la réduction de l’acide α-cétonique.

O O
// //
(l’acide α-cétonique) : (R― C — C — OH)

O O H O
// // Réduction | //
R ― C — C — OH R ― C — C — OH
(2) |
OH (l’acialcoole)

La réaction de réduction peut être réalisée aussi par certains microorganismes.

Pour certains Ac. aminés, on trouve d’autres possibilités de désamination :

 Par désaturation :

On peut obtenir un acide non saturé (insaturé).


R ― CH2 — CH — NH2 R ― CH ═ CH — CO2H + NH3+
|
CO2H


 Arracher l’hydroxyle : (ou le SH) pour libérer le NH3+ :

CH3 ― CHOH — CH —NH2 CH3 ― CH ═ C — NH2 + H2O

| |
CO2H CO2 H

CH3― CH ═ C — NH2 CH3― CH2 — C ═ NH

| |
CO2H CO2 H

NH3+ + CH3— CH2 — C — CO2H + H2O (H /OH)
║
O

62
B. Mécanisme réactionnel de la désamination oxydative ;

Il existe des enzymes qui permettent cette réaction : les aminées acides oxydases qu’on trouve
dans le tissu rénal et hépatique.

On distingue plusieurs types (d’Ac.Aminé oxydases) :

 D-Ac.Aminé : Oxydase ayant comme coenzyme le FAD.

 L-Ac.Aminé : Oxydase ayant comme coenzyme le FMN.

 L-Glutamate : Déshydrogénase ayant comme coenzyme le NAD ou NADP.

Cette dernière enzyme est très abondante chez les animaux où la désamination oxydative
conserve essentiellement l’ac.glutamique.

La réaction catalysée par l’enzyme se déroule en 2 étapes :

1) Déshydrogénation enzymatique conduisant à l’acide aminé :


R — CH―NH2 R — C ═ NH + H2
| |
CO2H CO2 H

Le composé formé est très instable mais indispensable pour la 2ème étape.

Les 2H+ sont captés par FAD pour donner FADH2. L’oxygène (O2) est indispensable.

(O2)
R — C ═ NH + 2 H+ R — C ═ NH + H2O2
| FAD+ |
CO2H CO2H + FADH2

H2 O + ½ O2

2) Hydrolyse spontanée :
O
+ H2O (H / OH) // 
R — C ═ NH R — C + NH3
| \
COOH CO2H (Ac. ά cetonique)

Les 2 étapes nécessitent donc : FAD, O2 et H2.

63
III TRANSAMINATION.

E : Transaminase.
E
Ac. Glutamique + Ac. Pyruvique Alanine + α-Cetoglutarate.

L’enzyme a comme cofacteur (= coenzyme) un dérivé de la vitamine B6 qui est le

Phosphate Pyridoxale.

CH2OH CHO CH2 ─NH2

  

HO ── ─ ─ CH2OH HO ── ─ CH2O~P HO ─ ── CH2O~P

H3C ─ H3C ─ H3C ──

N N N

(Pyridoxine = Vitamine B6) (Phosphate Pyridoxale)

Mécanisme réactionnel de la glutamine Trans-aminase :

O O O
∕∕ ∕∕ ∕∕
C ─ OH CH3 C ─ OH C ─ OH
  (H /OH)  
(CH2)2 + O═C - H2O (CH2)2 CH3 (CH2)2
   ∕ CH3
H─ C ─ NH2 HO ─ C ═ O H─ C ─ N ═ C ∕
  \ C ═ N ─ C─ H
HO ─ C ═ O HO ─ C ═ O CO2H  \
(Ac. Glutamique) (Ac. Pyruvique) HO ─ C ═ O CO2H

2 formes tautomériques en équilibre (= Base de Schift)

Les deux formes tautomériques sont en équilibre (= Base de Schift).

64
 O O
∕∕ ∕∕
C ─ OH C ─ OH
 
(CH2)2 (CH2)2
CH3 + H2O  + CH3 ─ CH─ NH2
∕ C═O 
C═N─C ─H (H /OH)  CO2H
 \ HO─C═O
HO─C═O CO2H (Alanine)

(Base de Schift) (α-Cetoglutarate)

Dans le cas de l’acide aspartique, on a le même mécanisme réactionnel.Cette réaction va avoir:

 Chez les végétaux :

E
ASP + Ac. Pyruvique Oxaloacetate + Alanine.
E: Transaminase.

 Chez les animaux :

E
a. Ac.Glutamique + Ac. Pyruvique α-Cetoglutarate + Alanine.
E
b. α-Cetoglutarate + Ac. Aspartique Oxaloacetate + Ac. Glutamique.

La trans-amination qui prédomine est celle qui utilise : Glu, ASP, Ala.

Cependant le phénomène de trans-amination peut être appliqué à d’autres

acides aminés monocarboxyliques tels que : Val, Leu, Ileu, Tyr,
Tryptophane (Tri), Arg et Cys.

La trans-amination de l’acide glyoxylique conduit au glucocole (Gly).

O
//
H2OC ── C H2OC ── C H2
\ 
(Ac. Glyoxylique) H NH2 (Gly) :(glucocole)

65
 Par trans-amination, l’amine (NH2) peut provenir soit de l’ornitine, soit des Ac. aminés
dicarboxyliques : acide aspartique, acide glutamique ou de la glutamine (Gln) etl’asparagyne (Asn).

 La trans-amination chez les animaux concerne exclusivement les composés L-aminoacides,

alors que chez certains microorganismes on a des D-Trans-aminases spécifiques à la
trans-amination des Ac. aminés de la série D.

Conclusion :

 La trans-amination est un processus général de dégradation et de synthèse

des acides aminés.
 Chez les animaux supérieurs, la trans-amination et l’amination réductrice
(c'est-à-dire fixation d’une fraction amine après une réduction avec H2O)
sont limitées aux Ac. aminés synthétisés à partir des glucides tels que les
acides glutamiques et les acides aspartique.
 L’alanine est synthétisée à partir de l’acide -cetoglutarique.

IV DECARBOXYLATION

Elle permet la libération de CO2 à partir de l’aminoacide en le transformant en l’amine

correspondante.
E 
R ─ CH ─ NH2 R ─ CH2 ─ NH2  COO

CO2H E : Carboxylase.

Ainsi :
l’histidine donne l’histamine,
la thyrosine donne la thyramine,
la phénylanaline (Phe) donne la phényléthylamine,
la dihydroxythyrosine (dopa) donne la dihydroxythyramine
(dopamine).

 Histamine :
Substance toxique provoquant la contraction des muscles lisses, qui détermine la vasodilatation des
artérioles et donne naissance à un syndrome anaphylactique (allergie).

 Phényléthylamine :
Possède des propriétés vasoconstrictives
 hypertensives
──CH2 ─ CH2 ─ NH2

66
  Thyramine :
Mêmes propriétés que la phényléthylamine
mais beaucoup plus accentuées grâce à la
H── ──CH2 ─ CH2 ─ NH2 réaction de l’OH (= adrénaline)

 Dihydroxythyramine (= Dopamine) :

OH Un rôle important au niveau du cerveau ;

 Lorsqu’elle est hydroxylée en β, elle
HO── ──CH2 ─ CH2 ─ NH2 donne la noradrénaline qui est une forme
de réserve de l’adrénaline.

 Noradrénaline :
OH

HO── ── CH ─ CH2 ─ NH2

OH
 Sérotonine :

A partir du tryptophane, base forte vasoconstrictrice et toxique, on obtient la tryptamine.

Le tryptophane hydroxylé en position 5 donne la sérotonine.

La tryptamine et la sérotonine sont toxiques et vasoconstrictrices.

La plupart des enzymes qui permettent cette transformation sont des décarboxylases.
L’activité de ces décarboxylases augmente en présence du phosphate de pyridoxal (au niveau du rein, du
foie ou de l’intestin).Ce composé joue le rôle de coenzyme pour les décarboxylases.

Au niveau du foie, de la rate et du cerveau, on a isolé une décarboxylase qui agit sur l’acide cystéïque pour
donner la taurine.

CH2 ~ SO3 CH2 ~ SO3

 E 
Cysteïne H ─ C ─ NH2 H ─ C ─ NH2
 CO2 
HO ─ C ═ O H

E : décarboxylase. (Ac. Cysteïque) (Taurine)

67
 Au niveau du tissu cérébral, il existe une enzyme :

Le glutamate décarboxylase qui est très active et il transfère l’acide glutamique en

acide -aminobutyrique.

Cet acide joue un rôle important dans la transmission de l’influx nerveux.

Les amines formées par décarboxylation peuvent subir une désamination oxydative grâce à des
enzymes spécifiques, telles les mono-amino-oxydases ou di-amino-oxydases.

O
E // 
R ── CH2 ── NH2 R── C + NH+3
½ O2 \
H
(Aldéhyde)

E : Mono-Amino-oxydases . ou E : Di-Amino-oxydases.

68
 LA CHAINE
RESPIRATOIRE

69
 Cet aspect de la chaîne respiratoire peut être appelé (transport d’électrons et
respiration) : respiration phosphorylante c’est à dire réaction
d’oxydo-réduction et de phosphorylation.

I. CARACTERISTIQUES ET SCHEMA GENERAL.

Définition :

La respiration cellulaire est fondée sur un mécanisme enzymatique qui permet à la cellule de
ne pas perdre en chaleur la différence de potentiel énergétique (ddp) mais de la conserver
sous une forme utilisable, c’est à dire l’ATP.

Ainsi l’énergie (E) perdue par une paire d’e- qui passe de NADH2 jusqu’à O2 est très
importante : Δ G’0 = - 52 Kcal / mol.

-
NAD+ + H+ + 2 e NADH E’0 = ― 0, 32 V.

½ O2 + 2 H+ + 2 e- H2O E’0 = + 0, 82 V.

∆G'0 = -n F ∆E'0

Δ G’0 = - 2. 23. 103 [0, 82 – (- 0, 32)] Δ G’0 = - 52 Kcal / mole.

Permet la formation de : 7 ATP. [1 ATP = (7-8) Kcal]

Le potentiel d’oxydoréduction : E.

RT OX
E = E'𝟎 + Log
nF RED
-
Si le rendement est de 100 %, le transfert de 2 e de NADH à l’O2 produit 7 ATP.
Dans la cellule on aura la formation de 3 ATP.

Expérimentalement, on peut vérifier le rapport P/O (phosphorisation - oxygénation)

70
 P : Phosphate utilisé pour la formation de l’ATP
P/O ≈ 3 (2,5)
O2 : Oxygène utilisé pour la formation de H2O

Le rendement énergétique est d’environ 40%.

Cette valeur varie en fonction du substrat.
-
Le transport d’e depuis les coenzymes réduits NADH et FADH2 jusqu’à l’O2 se fait par
une suite de réactions d’oxydoréduction qui se déroule exclusivement dans la membrane
interne mitochondriale ; l’O2 se trouve dans la matrice.

Le transfert met en jeu plusieurs constituants de la chaîne respiratoire :

- Déshydrogénases Flaviniques (à FAD et à NAD).

- les Ubiquinones. (Coenzymes).
- les Cytochromes.
- les Protéines (Fe---S).

Chaque réaction fait intervenir un couple redox, le constituant ayant le plus

haut potentiel oxydé et celui qui a le plus faible potentiel.

71
72
II. TRANSFERT DES ELECTRONS.
La membrane inter mitochondriale est imperméable aux petites molécules et aux ions, il faut
donc un transport actif pour les différents métabolites.

A. Déshydrogénase à NAD ou NADP+ :

Il s’agit du pyruvate déshydrogénase située dans le cytoplasme et les enzymes du cycle de
Krebs de la mitochondrie, à savoir l’iso-citrate déshydrogénase, l’α-ceto-glutarate déshydrogénase,
le malate déshydrogénase.

La concentration de NAD+ est très supérieure à celle du NADP+ ; la cellule utilise le NAD+
-
chaque fois qu’il y a transfert d’e d’un donneur jusqu’à O2, alors que le NADP+ est utilisé lorsqu’il y a
-
transfert d’e jusqu'à un intermédiaire qui lui aussi nécessite d’être oxydé.

Pour mesurer l’activité des enzymes déshydrogénases à NAD+ ou NADP+ la méthode

spectrophotométrie est très utilisée (D.O.).

Les formes réduites des coenzymes (NADH ou NADPH) possèdent une bande particulière
d’absorption de la lumière à 340nm, les formes oxydées (NAD+ ou NADP+) ne possèdent pas cette
bande.

Ces déshydrogénase alimentent la chaîne respiratoire en NADH + + H+

donc en H2 et aussi en électrons (e-).

D.O

NAD+
ou NADP+

NADH
ou NADPH

340 nm λ

B. Déshydrogénases flavéniques (FMN, FAD) :

La plus importante est la NADH déshydrogénase mitochondriale à F.M.N.

(Flavinemononucléotide).

Ce coenzyme est lié à l’enzyme par une liaison covalente et permet de réoxyder le NADH.
Parmi les déshydrogénases à Flavine, on a :

73
  Succino-déshydrogénase à FAD : cette enzyme permet d’arracher des électrons à son
substrat : le succinate.

 Dihydrolipoyle déshydrogénase à FAD : cette enzyme à pour substrat : le pyruvate

α-cetoglutarate.
 Flavoprotéine : cette enzyme catalyse la 1ér étape de la déshydrogénation au cours de
la β-Oxydation des Ac. gras.

Par la méthode de spectrophotométrie, on peut doser les concentrations de FMN et de

FAD. Ces flavoprotéines oxydées possèdent deux bandes d’absorption à 370 nm et 440 nm.

Ex : FAD+/ FADH 2

Les flavoprotéines réduites ne possèdent qu’une seule bande à 370 nm.

D.O

FADH2
FAD+

λ
370 nm 440 nm

C. Protéines à fer non hématiniques :

C’est une classe de protéines très hétérogène, ces protéines sont liées aux flavoprotéines et
s’intercalent entre les flavoenzymes et les cytochromes.

Leur position exacte et leur nombre dans la chaîne respiratoire ne sont pas encore connus leur
PM = 6. 103 à 105 D.

Ils contiennent tous du fer (de 1 à 8 atomes), du soufre « libre » et du soufre de la cystéine;
cette association peut conduire à la formation du « cube fer-soufre ».

Le fer établit ainsi des liaisons avec des atomes de soufre « libre » et/ou le soufre de S-H
cystéine. La réduction de ces protéines par échange des électrons s’accompagne d’une faible
variation de l’absorption à 450 nm.

Ces protéines sont connues sous le nom de ferrodoxine et ont un rôle important à
jouer dans la photosynthèse et aussi la formation d’azote (N2).

74
 Au niveau de la chaîne respiratoire on identifie 8 types de Fer- S :

- 4 pour le NADH déshydrogénase.

- 1 pour la succino-déshydrogénase.
- 2 pour le cytochrome b.
- 1 pour le cytochrome C1.
Les caractéristiques de ces protéines Fe-S assurent le transport d’un électron alors que les
déshydrogénases flaviniques assurent simultanément le transfert de 2 électons et de 2 protons H+.

D. Les quinones ou coenzymes Q :

C’et une molécule hydrophile possédant une chaîne isoprène plus ou moins longue .Ces
coenzymes effectuent le transfert de 2 électrons entre les enzymes flaviniques et les cytochromes.

Le transfert s’effectue dans un environnement hydrophile.

O (Quinone)
O ║
//
3H C ── C ─ ─ CH3 CH3
/
3H C ── C ─ ── CH2─ CH ══ C X n
// \
O ║ CH3
O OH
O 
//
3H C ── C─ ─ CH3 CH3
+ 2H+ /
3H C ─ C ── ── CH2─ CH ══ C X n
// \
O CH3
OH

Le passage entre les deux formes se fait grâce à un intermédiaire qui est la semi-quinone.
Pour tous les mammifères, n = 10, à l’exeption du rat où l’on a n = 19.Pour les levures n = 6.

E. Les cytochromes :

Ils assurent le transport d’un électron, ce sont des chromoprotéines avec un noyau hématique
(qui contient du fer). Les transferts des électrons sont assures depuis les flavoprotéines jusqu’à l’O2
(pour les eucaryotes aérobies).
Ce sont des protéines rouges (ressemblance avec l’hémoglobine et la myoglobine) dû à
l’absorption de la lumière bleue par le « groupement prostétique » (= noyau hématinique ).

75
 Le transfert des électrons se fait par le fer suivant la réaction :

Fe 2+ Fe 3+ + 1 e-
Le noyau hématique se présente comme suit :
X

N N

Fe

N N
(His-N) (S-Met)
Y
C’est un chélate d’un noyau tétra-pyrole qui absorbe les U.V et aussi la lumière dans le visible
grâce à la structure résonnante du noyau, il présente une inflorescence de la lumière.

On classe les cytochromes en 3 classes : a, b, c en fonction de leurs bandes d’absorption dans

le visible ; en plus pour chacun, on a un spectre variable soit de la forme oxydéeou de la forme réduite.

Le transfert d’électrons se fait dans l’ordre suivant :

Cyt b → Cyt c1 → Cyt c → Cyt a → Cyt a3

(Potentiel redox) (Potentiel redox)
(le plus bas) (le plus élevé)
Le dernier cytochrome doit oxyder l’O2.
Les cytochromes sont fortement associés aux membranes mitochondriales internes sauf le
cytochrome c qui est soluble dans l’eau.

 Cytochrome c :

C’est une chaîne polypeptidique d’une centaine d’Acides Aminés, présentant une chaîne ovale ;
les résidus hydrophobes se situent à l’intérieur de la molécule et vont assurer les interactions
hydrophobes avec le groupement tétrapyrolique.

Il y a 19 lysines qui se trouvent à la surface de la molécule qui vont permettre des interactions
électrostatiques avec l’oxydant ou le réducteur.

76
 Les liaisons de coordination du fer (X et Y) s’établissent dans le cas du Cyt c avec18 (N - His)
et 80 (S - Met) ; on a alors un basculement suivant la valence de l’atome de fer (↓, ↑).

Ordre d’enchaînement des différents cytochromes :

Pour cela on utilise deux approches :
- la méthode spectrophotométrique.
- l’inhibition du transfert des électrons.

Soit plusieurs couples redox :

A ox B ox C ox D ox

e- e- e- e

A réd B réd C réd D réd

Inhibiteur du transport d’électrons

Amon Aval
Tous les produits se trouvant en aval de l’inhibiteur seront oxydés, alors que tous les produits se
trouvant en amont de l’inhibiteur seront réduits.

Exemple de l’antimycine A : (au niveau de la chaîne respiratoire).

On constate que les déshydrogénases à NAD et FMN ainsi que le Cyt b se trouvent sous la
forme réduite ; par contre on remarque que les Cyt c1, Cyt c, Cyt a et Cyt a3 restent à l’état oxydé, donc
on peut dire comme conclusion que pour ce cas :

 l’antimycine A agit entre le Cyt b et le Cyt c1.

L’O2 est réduit par le cytochrome oxydase (Cyt a et Cyt a3), il est alors réduit en donnant un ion
-
superoxydé (= O2 ) qui est toxique. L’oxygène sous l’action de la « dismutase » est transformé
en H2O2 :

-
2 O2 + 2 H+ O2 + H2O2 H2O + ½ O2
E1 E2
E1 : Dismutase. E2 : Catalase.

Cette dismutase existe en abondance dans les mitochondries ; l’H2O2 est transformé en H2O
sous l’action d’une catalase.

77
 Conclusion :

 les constituants de la chaîne respiratoire ne sont pas en proportion

équimolaire (c’est à dire pas la même quantité).
 les interactions entre ces différents constituants se font grâce à leur
mobilité dans les couches lipidiques de la membrane interne de la
mitochondrie.
 le plus mobile des transporteurs est l’Ubiquinone qui est aussi le
constituant le plus abondant, 5 à 10 fois plus abondant que n’importe quel
cytochrome.
 le cytochrome C est soluble dans l’eau mais il n’est pas intégré dans la
couche lipidique.

III. TRANSLOCATION DES PROTONS.

Au niveau de la chaîne respiratoire, lorsqu’il y a oxydation d’un transporteur d’H2 par un

transporteur d’électron, il y a séparation des protons et d’électrons :

Les protons sont alors rejetés de la matrice vers l’espace inter membranaire .C’est un
phénomène très important pour la formation d’ATP.

Cette translocation peut se faire à 3 niveaux :

 entre le NADH déshydrogénase et le coenzyme Q (2 H+) ↑.

 entre le Cyt b et le Cyt c1 (2 H+) ↑.
 entre le Cyt a et le Cyt a3 (2 H+) ↑.
Chaque paire de proton permet la synthèse d’un ATP.

Ce transfert de proton fait intervenir probablement des métaloprotéines telles que les protéines
Fer-Soufre qui sont capables de faire passer le H+ de la mitochondrie vers l’espace intermembranaire.

A la suite de cette translocation on aura un gradient de pH qui peut aller jusqu'à un pH = 1.

Le pH mitochondrial est basique, par contre celui de l’espace inter membranaire est acide, cette
différence va entraîner la formation d’un gradient de charges électriques.

 charge électrique négative à l’intérieur.

 charge électrique positive à l’extérieur de la membrane mitochondriale interne.

Cette différence de charge conduit à un potentiel élevé de 150 mV. Cette translocation de H+
permettre la phosphorylation de l’ADP en ATP :

Hypothèse électrochimique
78
IV. COUPLAGE DE LA FORMATION DE L’ATP AUX
-
TRANSFERTDES e : PHOSPHORYLATION OXYDATIVE.
Sur le plan théorique, thermodynamiquement on peut synthétiser un ATP lorsqu’on aura :

∆G'0 = - n F ∆E'0 (≥ 7 kcal / mole)

On peut synthétiser l’ATP à 3 niveaux :

1-NADH + Coenzyme Q ΔE’0 = 0,27 V ΔG’0 = - 12, 2 Kcal / mole 1 ATP.

2- Cyt b + Cyt c ΔE’0 = 0,22 V ΔG’0 = - 9, 9 Kcal / mole 1 ATP.
3- (Cyt a + Cyt a3) + O2 ΔE’0 = 0, 53 V ΔG’0 = - 23, 8 Kcal / mole 2-3 ATP.

On peut inhiber le transport d’électrons, donc il n’y aura pas de phosphorylation.

Exemple de la Rotenone : ce produit inhibe le transport d’électrons entre le NADH et le

Coenzyme Q (= Co-Q) au niveau de la chaîne respiratoire.

Cet inhibiteur bloque toute synthèse d’ATP à partir de NADH. En l’absence de cet inhibiteur il
y formation de l’ATP. P/O = 3 à partir de NADH.

Donc : il y a un couplage entre transfert d’électrons, translocation des H+

Et formation d’ATP.
On refait la même expérience avec le même inhibiteur en présence de suspensions de
mitochondries, en présence d’O2 et le substrat le Succinate qui évolue au Fumarate.

Il y aura donc : phosphorylation oxydative avec P/O = 2.

Donc on remarque que l’inhibiteur n’a pas d’influence car le lieu de pénétration du substrat
dans la chaîne respiratoire est d’une importance capitale.

On constate que le succinate entre au niveau du Coenzyme Q (Co-Q) dans la chaîne respiratoire
alors que l’inhibiteur agit entre NADH et Coenzyme Q.

1) la synthèse d’ATP :

Elle se fait ainsi : E ΔG’0 = + 7, 3 Kcal / mole

ADP + Pi ATP + H2O

Cette ATPase est formée de 3 étapes : E : ATP Synthétase.(=ATPase)

 Une partie hydrophobe qui permet l’ancrage (= l’association).

 Un pédoncule qui présente la sensibilité à l’oligomycine (F0).

 Un cylindre qui permettra la formation de l’ATP (Facteur F1).

79
 On a remarqué que, lorsqu’on perturbe mécaniquement la membrane mitochondriale. (Ex : par
des ultrasons), le transport des électrons peut se faire mais il n’est pas couplé à la synthèse d’ATP.

H+
Mb externe

F0

Facteur (F1) Espace

Mb interne
Facteur (F1)
(=Facteur de couplage) +
H
90Å
ADP ATP
Conclusion :
 La synthèse d’ATP est dépendante du reflux en sens inverse des H+.
 Pour qu’il ait couplage entre transport de protons et formation d’ATP, il
faut que la membrane interne soit continue et délimite un compartiment
entièrement clos et imperméable aux H+.
2) Hypothèse de couplage :

a. Hypothèse conformationnelle:
L’hypothèse admet un changement conformationnel de l’ATP synthétase.

H+
Pédoncule F0

Pompe à H+

H+ H+

ADP ATP

80
 Le reflux de H+ se fait par l’intermédiaire de la base hydrophobe et le pédoncule F0 : Ces deux
parties correspondent à la pompe à hydrogène (H+).

Les H+ seront captés par la partie catalytique qui provoque un changement de configuration
permettant la synthèse d’ATP. Le proton est rejeté dans la matrice mitochondriale.

b.Hypothèse chimio-osmotique : (de P.Mitchel 1961)

Cette hypothèse se base sur les processus d’oxydo-réduction et donne une base à
l’hypothèse conformationnelle.

Elle repose sur les deux conséquences :

 Création d’un gradient de pH dû aux passages forcés de H+ (Δ pH).

 Présence d’un gradient électrique dû à l’ionisation de la molécule d’eau :

(Δ φ = gradient électrochimique dû à l’acidité de l’espace inter membranaire).

La combinaison de ces deux gradients permet de déterminer une force :

« Force ProtoMotrice » (F.P.M.).

Δρ= Δφ ─ Z Δ pH
RT
Z : Constante à t° déterminée Z = 2,3
F

Ainsi, Z = 59 mV à t° = 25°C.

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 UNIVERSITE IBN TOFAIL
FACULTE DES SCIENCES
DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

PLANCHES DU COURS
DE

BIOCHIMIE METABOLIQUE
S4

Pr. E. H. BERNY

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