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DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
COURS
DE
BIOCHIMIE METABOLIQUE
S4
Pr. E. H. BERNY
BIOENERGETIQUE
1
I. PRINCIPES GENERAUX DE L’ENERGETIQUE BIOCHIMIQUE
2
C’est l’étude des transformations de l’énergie dans les cellules vivantes et les organismes. Cette
étude obéit aux principes fondamentaux de la thermodynamique.
Le système isolé :
Le système clos :
Il permet un échange d’énergie
Le système ouvert :
Il permet l’échange d’énergie
On ne peut pas vérifier les principes de la thermodynamique, mais on peut cependant faire une
3
extrapolation des deux systèmes thermodynamiques.
Il implique que l’énergie totale (ET) de l’univers demeure constante, donc dans tout système, il y
a principe de conservation de l’énergie (E).
∆U = Q + ∆W
Quelque soit le chemin suivi ou les transformations observées lors d’une réaction, la variation de
l’énergie interne (U) ne dépend que de l’état initial et de l’état final.
Pression ( P) = constante
∆U = QP = ∆H (= Enthalpie)
4
Pression (P) = constante, on a un travail qui est fourni à l’extérieur :
∆U = ∆H – RT ∆n
de chaleur : ∆H < 0
* Sont dites endothermiques quand elles sont accompagnées par une consommation
de chaleur : ∆H > 0
5
Il n’y a pas de travail fourni, donc V = constante
de chaleur :
∆H = - 4.8 Kcal/mol.
∆H = + 10.8 Kcal/mol.
Remarques :
* La variation de l’énergie enthalpique (∆H) ne nous renseigne pas sur le sens d’une réaction
chimique.
* La plupart des réactions chimiques non réversibles sont des réactions exothermiques avec ∆H
< 0. Cependant, il existe des réactions non réversibles avec ∆H > 0.
* L’enthalpie renseigne mal sur l’énergie (E) utilisée par une réaction chimique, surtout chez les
organismes isothermes.
6
B. Deuxième principe de Carnot (Entropie) :
Plus les éléments du système sont organisés au hasard, plus ce système possède une grande
probabilité d’existence et plus son entropie est grande.
A l’inverse, les éléments d’un système bien organisé (exemple : le cristal) possède une probabilité
d’existence petite, d’où une entropie faible.
L’entropie exprime le nombre d’arrangement possible d’un système possédant une énergie (E)
interne donnée.
P1
7
Par conséquent, l’entropie de tous les systèmes tend vers l’augmentation ; il y a une évolution
vers les états d’équilibre les plus probables, c’est à dire les plus désordonnés donc les plus homogènes.
Solutions
T P []
C1 ˃ C2
Les variations d'enthalpie (∆H) et d'entropie (∆S) sont reliées à ∆G par la relation de GIBBS.
∆G : C'est la quantité d'énergie chimique libérée par la réaction, et qui est utilisable
pour faire un travail autre qu'un travail mécanique résultant de la variation de la
pression ou du volume chez les organismes.
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Chez les êtres vivants, ∆G représente la seule fraction d'énergie qui soit utilisable pour effectuer
un travail chimique de construction (synthèse) de macromolécules dans les conditions isothermes.
∆G = ∆H - T∆S (Isotherme)
Pour toute réaction chimique de ∆G faible, cela correspond à la conformation la plus stable
adaptée par un système.
Pour qu’un processus quelconque (réactions chimiques) puisse s’effectuer spontanément sans
apport d’énergie, il doit comporter une variation d’énergie interne (∆U) 0 et supérieure en valeur
absolue à la variation d’entropie ∆S.
∆U 0, ∆U ∆S .
9
∆G = ∆H – T ∆S T ∆S 0
∆G 0 ∆G ∆S
∆G 0 Réaction exergonique.
∆G 0 Réaction endergonique.
La réaction ne peut se faire d‘une manière spontanée sans apport d’E du milieu extérieur.
fortement exergoniques.
Exemple :
A B (+) ∆G1 0
∆G2 ∆G1
B C (−) ∆G2 0
Remarques :
10
- ∆G permet de prévoir le sens d’une réaction biochimique dans la réaction
spontanée. (∆H ne le permet pas).
Dans tous les cas, une réaction endothermique (∆H 0) peut se faire si T∆S ∆H . C’est le cas
de la dissolution de NaCl, de l’urée et de la dénaturation des protéines qui s’accompagnent de
refroidissement et surtout d’une augmentation de l’entropie. (∆S)
Une réaction spontanée ne veut pas dire qu’elle se fait à très grande vitesse ; ∆G permet de
connaître le sens de la réaction mais ne permet pas de déterminer sa vitesse. La vitesse d’une réaction est
définie par une énergie d’activation.
11
C D
A + B C + D K eq =
A B
∆G = ∆G0 + RT log K eq
∆G0 = − RT log K eq
A pH = 7, on définit ∆G 0 :
12
Pour une réaction biochimique :
A + B C + D
C D
Elle n’évolue suivant que si K eq 1 c’est à dire 1
A B
C D A B
103 -4
13
exergoniques et spontanées.
101 - 1,4
1 0
C D A B
10-2 + 2, 7
Réactions
Remarques :
Plus K eq est élevé, plus la réaction a tendance à se faire totalement ; plus ∆G o est négative, plus
l’énergie libre est faible.
Si les concentrations des réactifs sont maintenues égales à l’unité (1 mole/l), ∆G o est nulle, c’est
à dire que l’équilibre est atteint pour des concentrations équimolaires.
14
B
K eq =
A
A B
En faisant le diagramme énergétique de cette réaction :
GA GB
GA GB
15
GA et GB : chacune d'elles diminue jusqu'à arriver à un même niveau d'équilibre
c’est à dire que la réaction évolue pour le même état d'équilibre réactionnel.
A = B
La différence d'énergie entre l'état initial et l'état d'équilibre, c'est ∆G o.
B
la 50 %.
B
K eq = 50 % c’est à dire 1.
B
B
Au point 50 % de la K eq = = 1.
A ce point, la réaction démarre (état standard) et va évoluer jusqu'à un état d'équilibre, on aura :
GA = GB donc ∆G = 0
16
Lorsque GB - GA 0, la réaction est endergonique.
B
L'équilibre est atteint lorsque la 50 %.
compensation énergétique.
V = P. Z. e Ea/RT
Z : Fréquence du choc.
A
Pour que la réaction se réalise, il faut que atteigne des valeurs de transition
thermique.
17
Cette barrière est généralement située entre (20 – 30) Kcal.
La barrière énergétique et l'évolution spontanée des réactions permettent de donner une limite
pour toutes les organisations vivantes.
La barrière énergetique
Ea
18
Dans le cas des enzymes et les catalyses enzymatiques, les enzymes vont diminuer la barrière
énergétique jusqu'à l'ordre des grandeurs de l'agitation thermique à la température physiologique
(37°C).
Ea
log V = - + log A
2,3 RT
V Ea 1 1
log = -
Vi 2,3 R T1 T2
Oxydation
19
Réduction
Red 1 Ox 1 + ne-
-
(Transport d’e ).
Ox 2 + ne- Red 2
-
* Oxydation : Perte d’e ou perte d’H2.
-
* Réduction : Gain d’e ou gain d’H2.
C’est la différence de potentiel mesurée aux bornes d’une pile constitué par le couple redox
maintenu dans les conditions standards par rapport à l’électrode à hydrogène normal.
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½ H2 H+ + 1e-
0X
RT
E0 = E’0 + log
Red
nF
0X
0X Red
C’est à dire =1 =
Red
-
n : nombre d’e transférés / équivalent gramme.
Electrodes à hydrogène
21
Fe2+ ; Fe3+ ; e- ½ de sous forme de gaz
22
∆G’ 0 = n F ∆E’0 (n : nombre d’e- transférés)
Une liaison covalente est stable, donc forte si elle utilise pour sa formation le maximum d‘En
potentiel des atomes qui la constituent ; par conséquence l’énergie libre ∆G est faible.
On distingue plusieurs degrés, en général, une liaison covalente forte libère très peu
d’energie libre ∆G au moment de la rupture, à l’inverse, la rupture des liaisons
covalentes installées libère une grande En libre (∆G).
* Le glucose est considéré comme une importante source d’énergie grâce à l’instabilité
de ses liaisons.
* Par contre, une molécule stable (ex : CO2) ne peut pas être utilisé comme source
d’Energie.
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B. Énergie libre d’hydrolyse et potentiel du transfert du groupe phosphate :
Réaction d’hydrolyse :
RX + H2 O ROH + XH + ∆G’o
La réaction d’hydrolyse dégage un ∆G’o qu’on appelle énergie d’hydrolyse d’une liaison
covalente.Le potentiel d’hydrolyse permet de classer les liaisons d’après leur force (ou leur stabilité). On
distingue alors :
Ce n’est pas la liaison qui est riche en énergie mais c’est sa rupture qu’il l’est.
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Il est plus logique de parler du « potentiel du transfert » du groupe phosphate plutôt
que du « potentiel d’hydrolyse ».
-
L’instabilité de la liaison est due à la grande densité de présence de e autour de
cette liaison.
P -
Le groupement aura tendance à se transférer O
Liaison instable
-
O
Exemples :
P P P
Adenosine ~ ~
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ADP AMP + Pi (∆G’0 = − 7 Kcal / mole).
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METABOLISMES CELLULAIRES
27
I. INTRODUCTION
A. Définition :
Le métabolisme : C'est la somme de toutes les réactions enzymatiques qui s'effectuent dans
la cellule.
L'ensemble de ces réactions enzymatiques représente une activité hautement intégrée car il
s'agit d'un échange permanent et continu entre la cellule et son environnement direct.
(Energie et matière).
1 - Extraire l'énergie chimique à partir des aliments ou à partir de la lumière solaire (organisme
autotrophe et hétérotrophe).
28
3 - Assembler les matériaux de construction en molécules biologiques spécifiques :
Le catabolisme :
Remarques : Les acides nucléiques ne sont jamais dégradés pour fournir de l'énergie (E).
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L'anabolisme :
Est constitué par l'ensemble des réactions de synthèse qui à partir d'éléments simples permet la
constitution des macromolécules. Cet ensemble réactionnel est catalysé enzymatiquement et consomme
de l'énergie.
Le catabolisme donne des substances très simples à partir desquelles vont être synthétisées de
grosses molécules.
E1 E2 E3
Donc, il faut extraire l’enzyme, étudier ses propriétés cinétiques, sa spécificité, ses inhibiteurs, etc…
30
Cela signifie que pour toute voie métabolique, il va y avoir un enzyme allostérique (donc il faut
connaître ses modulateurs spécifiques) activateur ou inhibiteur ; pour cela on peut partir soit de l’être
entier, soit d’une cellule isolée, soit d’un organite (ex : la mitochondrie).
Méthode isotopique : on marque le réactif par du 14C et on détermine quel est le produit
marqué.
Méthode manométrique (de Warburg) : qui se base sur la pression partielle d’un gaz;
(ex : O2 ; CO2). On mesure la variation de la pression partielle de l’O2, et on établit la
stœchimetrie de la réaction.
Utilisation des mutants auxotrophes : (s’adapte aux bactéries, aux levures, et aux cellules
isolées) On provoque une mutation d’un gène entraîne une destruction d’un enzyme (E)
d’où accumulation d’un métabolite.
Tous les constituants cellulaires (protéines, A.N, polysaccharides, lipides, ...) se renouvellent
perpétuellement donc il y a un aspect très dynamique du métabolisme.
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On peut mesurer donc le temps de demi-vie (t½) pour chaque composé et chaque cellule
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PROTEINES POLY LIPIDES
SACCHARIDESS
ADP + Pi ADP + Pi
ATP ATP
ATP
ADP + Pi
33
Aminoacides Hexoses ; Pentoses Acides Gras ;
Glycérols
ADP + Pi ATP
ATP ADP + Pi
ADP + Pi ATP
ADP + Pi
ATP
ACETYL-CoA
ADP + Pi
ATP
Cycle
Tricarboxylique
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(KREBS)
ADP + Pi
Transports d’électrons
ATP
Phosphorylation Oxydative
O2
II. LA GLYCOLYSE
A. Schéma général:
C’est le premier processus métabolique étudié par les chimistes et les biologistes. Elle a été
étudiée chez la levure et aussi dans les muscles.
35
Les muscles tirent leur énergie de la fermentation
lactique du glucose.
*La fermentation est l’un des premiers modes de production de l’énergie utilises par les
êtres vivants en absence d’O2 dans l’atmosphère.
*Les enzymes nécessaires à la glycolyse sont présents dans le cytoplasme de toutes les
cellules.
*La respiration comme la fermentation sont des accepteurs d’électrons à partir des
substances inorganiques.
a. Fermentation lactique :
36
b.Fermentation alcoolique :
(Glucose) 2 x (Éthanol)
(+ 6 O2)
La glycolyse est définie comme étant la voie métabolique par laquelle la cellule
dégrade le glucose en pyruvate par une série de transformations :
Pyruvates
NAD+
NADH + H+
CO2
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[AC-CoA ATP] (Transamination)
NADH + H+
NAD+
Ethanols
1) Formation du Glucose-6 P :
(Phosphorylation de L-D-glucose par l'ATP )
Mg ++
E E : kinases
++
C’est une réaction très exergonique pratiquement irréversible ; elle nécessite Mg et
est catalysé par une kinase ; on peut en citer 2 types :
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2) Formation du Fructose-6 P :
(Isomérisation du glucose - 6 P en fructose - 6 P)
Mg ++
- D - Glucose - 6 P Fructose - 6 P
E E : Phosphogluco-isomérase
C'est une réaction réversible ; l'énergie est extraite du muscle de lapin et de levure, présente
E ; Mg ++
C'est une étape très importante de la glycolyse, catalysée par le PFK, enzyme
39
Cette enzyme est activée par l'AMP et l'ADP et inhibée par l'excès d'ATP et le citrate.
Remarques : - L'activation est obtenue par l'ADP, l'AMP, GTP, Pi, NH4
V [GTP]
V de croissance / [xTP]
Lorsqu'on fait une culture de levure dans un milieu riche en glucose et en O2, on constate
C'est "l'effet pasteur" ; en milieu aérobiose, la quantité d'ATP est très grande et la cellule n'a plus
besoin de dégrader le glucose, elle consomme donc moins de glucose.
40
Fructose-1- 6 di P DHAP + GA3 P
E (95 %) (5 %)
E : Aldolase.
GA3P : 3 Phosphoglyceraldéhyde.
Groupe II : enzymes isolées à partir d'animaux, exemple : aldolase du muscle de lapin dont
le PM = 160 103 D, à 4 sous-unités, possèdent des groupements thiols (SH) indispensables à leur
activation.
41
DHAP GA3 P
E E : trioses isomérase.
« loi d’action de masse ». Le produit sera utilisé par la suite dans la glycolyse.
Cette réaction est très importante car elle aboutit à la formation d'une liaison à potentiel
énergétique très élevé qui est stockée sous forme d'un acylphosphate.
42
Il y a couplage entre une phosphorylation et une déshydrogénation qui conduit à l'acide
1,3 di phosphoglycérique.
1. Réaction de déshydrogénation :
O OH
∕∕ │
C― H O S―H S―C─R
│ ∕∕ │ │ │
H― C― OH R―C + Enz H
Enz
R │ │
(glycéraldéhyde 3 P)
O O
∕∕ ∕∕
43
S―C―R + NAD+ S―C―R
│ │
Enz Enz
∕∕
S―C―R OH S―H O O
│ │ │ ∕∕
Enz + ―
O ― P ― O― + Enz R―C ~O ― P ― O ―
║ │
3. Produit Finale.
O O
∕∕
1C ~O ― P ― O ―
44
HO ― C―H OH O
│2 ∕∕
H―C ~O ― P ― O ―
H OH
E (3 PGA)
45
8) Isomérisation du 3 phosphoglycerate :
CH2─ O ─ P CH2─ O ─ P
│ E │
CH ─ O ─ H + ADP CH ─ O ─ H + ATP
│ │
O C─O─P O C─O─P
(3 phosphoglycerate)
O ─ (H)
│ E
C O
│ E : phosphoglycerate mutase.
CH ─ O ─ P
(2 phosphoglycerate) │
CH2 ─ O ─ H
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2 PGA PEP + H2O
Mg2+
O O
H ― C― O ~ P C― O ~ P
CH2 ― OH CH2
L'enzyme peut être bloquée par le fluorure (F-) et du PO4H3 (Pi) par la formation du complexe
fluoro-phospho-magnésium.
Le PEP possède un fort potentiel d'hydrolyse avec un G’0 = - 14,8 Kcal / mole.
47
9) Formation du pyruvate :
(Transfert du phosphate de PEP sur l'ADP)
Les enzymes M : (Pour muscle et cerveau) sont inhibées par l'ATP et indépendantes
du Fructose-1,6 di P.
Les enzymes L : (pour foie et rein) enzymes allostériques ; l'ATP est un inhibiteur,
l’activateur est le Fructose-1,6 di P.
O O
∕∕ ∕∕
C ― O― (H) C ― O― (H)
C― O ~ P + NAD C O + ATP
48
Le pyruvate n'est pas le produit final de la glycolyse.
C. Devenir du pyruvate :
Pour que le cycle glycolytique se produise, il est fondamental que le complexe soit oxydé
pour cela, il existe deux possibilités :
49
Pyruvate + NADH + H+ Lactate + NAD+
O O
∕∕ ∕∕
C ― O― (H+) C ― O― (H+)
│ E │
C O + NADH + H+ H ― C ― OH + NAD+
│ │
CH3 CH3
Il existe au moins cinq isoenzymes présentant des affinités différentes pour le même
substrat.
Les enzymes des muscles squelettiques ont des KM faibles et des Vmax élevées
Le NADH2 ne peut être oxydé, alors KM est élevé et Vmax est faible.
L'énergie formée est perdue sous forme de chaleur et ne peut être utilisé pour de nouvelles synthèses.
Le lactate formé dans le muscle est déversé dans le sang et récupéré au niveau du foie.
50
b.Formation de l'éthanol (par les microorganismes) :
(Fermentation alcoolique qui se fait en 2 étapes)
O E : Pyruvate décarboxylase.
∕∕
C ― O― (H+) H
│ E ; TTP ∕
C O C O
│ Mg++ │
(Pyruvate) ( Acetaldehyde)
L'enzyme fonctionne avec une coenzyme qui est la TPP (Thiamine Pyrophosphate).
∕∕ E
\ (Etanol)
51
(Acetaldehyde) H
Aérobiose : (avec O2 )
∕∕
C ― O― (H+)
│ E
52
C O + 5/2 O2 3 CO2 + 2 H2O
CH3
(Pyruvate)
D. Bilan énergétique :
Bilan de la glycolyse :
Glucose+2ATP + 2Pi + 4ADP + 2NAD+ 2 Pyruvate + 2ADP + 4ATP +2NADH + 2H+ +2H2O
53
E. Glycolyse à partir d'oses autres que le glucose :
E2
Maltose 2 Glucose
Lactose :
E E : Lactase.
54
E
(Très spécifique)
E : Fructose 1- 6 di P kinase.
E + ATP
ATP
E : Aldolase.
(Glycéraldéhyde 3P)
2) A partir du Mannose :
E1
55
Mannose + ATP Mannose - 6 P + ADP
Fructose 6 P E2 (Isomérisation)
E2 : Mannose- 6 P isomérase.
3) A partir du Galactose :
E1
(Uracil triphosphate)
UPT
E2
E3: Epimérase.
E3 E5 : Epimérase.
E4
56
(La Glycolyse) Glucose 6 P (Epimérisation sur le C4 )
E5
C'est la dégradation des sucres à partir des réserves (c’est à dire le glycogène) chez les
animaux, alors que chez les végétaux c’est l’amidon.
1) Glycogène phosphorylase :
G’0 = + 0,7 Kcal / mole.
E1
E2
57
La Glycogène phosphorylase coupe spécifiquement les liaisons de type α (1– 4), et attaque la
chaîne de glycogène par son extrémité non réductrice. L'action de cette enzyme est spécifique au
niveau de tous les branchements de la chaîne linéaire mais reste incapable de s’attaquer aux liaisons
Une autre enzyme : L’Amyloglucosidase présente une spécificité importante pour les liaisons
Le glycogène phosphorylase est spécifique à la dégradation du glycogène. Cet enzyme est très
répandue, elle représente 2% des protéines dans le muscle et se présente sous deux formes :
a. Phosphorylase forme « a » :
Forme dite active (dégradation), son PM = 370.103 D, elle est formée de 4 sous-unités
identiques.Chaque sous-unité contient une phosphorileserine et a un important coenzyme (la
phosphate pyridoxale) qui sont liées d'une manière covalente à un résidu E-Lysine.
La forme « a » active sous l'action d'une phosphorylase phosphatase peut se transformer en deux
molécules de la phosphorylase « b » inactive.
58
4 Pi
a 2b
(Active) E (Inactive)
E: Phosphatase.
b. Phosphorylase forme « b » :
La phosphorylase « b » est un dimère de PM = 92.500 D. Cette forme est très abondante dans
le muscle au repos, cette forme inactive peut s'activer en présence de l'adenylate. (Acide adenylique).
4 ATP 4 ADP
2b a
E E : Phosphatase.
Dans le muscle : la phosphorylase kinase est normalement inactive. Elle s'active en présence de
2+
Ca ou après excitation du muscle par un influx nerveux sous l'action de l'adrénaline.
Cette activation met en jeu des modifications chimiques de la phosphorylase kinase, qui existe
59
sous une forme déphosphorylée inactive et se transforme par phosphorylation après fixation du
phosphate en forme active. (+ ATP)
(Inactive) (Active)
Schéma Général
60
E1
(Inactive) (Active)
E2 : Phosphorylase Phosphatase. E2
E3 : Phosphodiestérase.
E4 : Phosphoglycomutase. 4 H3PO4
Activation
(Glucagon)
Mg2+
(3’,5’ monophosphate)
E3
61
Activation
E4
(1) Glucose 6 P
Dans le foie, le mécanisme est à peu près le même sauf que les phosphorylases hépatiques ont une
structure différente des phosphorylases musculaires.
62
2) Phosphoglucomutase :
E4 E5
Mg2+
(di-isopropylfluorophosphate).
63
III. VOIE DES PENTOSES OU H.M.P.
A. Schéma général :
64
La voie des hexoses monophosphate (H.M.P.) n'a pas pour but de fournir l'ATP
NADP+ NADPH, H+
Glucose 6 P Ribose 5 P
Le ribose 5P est indispensable pour la biosynthèse des acides nucléiques. (ARN ; ADN)
65
+ Glucose 6 P .
+ Fructose 6 P.
B. Réactions et Enzymes :
1) Première oxydation :
Glucose 6 P 6 P -Gluconolactone
exothermique (phosphorylase).
66
2) Formation du 6 P Gluconate : (ou acide 6 P gluconique)
Il y a fixation d'une molécule d'eau (+ H2O), le cycle n'est plus fermé. La réaction nécessite
des ions Mg2+, est fortement exergonique : G’0 = - 5 Kcal / mole.
- Déshydrogénation en C3.
a. Formation du ribose 5 P :
67
E1 1/3 ─── Ribose 5 P
Rubulose 5 P
- E2 : La phosphocetoépimerase.
- E3 : La transaldolase.
- E4 : La transacétolase.
b. Formation du Xylose 5 P :
E2
Ribulose 5 P Xylulose 5 P
68
Réaction catalysée par une enzyme E2. E2 : phosphocetoépimérase.
c. Les Transacétolases :
- Réaction :
Xylulose 5 P + Ribose 5 P Glyceraldehyde 3 P + 7 C
( Sédo-heptulose 7 P = (7C))
- Réaction :
E4
d.Les Transaldolases :
E3
69
- L'enzyme possède une lysine active (- NH3) de la lysine va intervenir dans le mécanisme de la
réaction en formant un complexe intermédiaire : La base de SCHIFT.
Le mécanisme réactionnel :
1ère étape :
2ème étape :
A la fin du cycle, on obtient des pentoses et des trioses qui sont des
intermédiaires.
70
* Cette interconversion réversible des deux « C » sous forme d’intermédiaire glucolaldehyde
est évidente par action des transaldolases.
* Le transfert des sucres à 3 carbones par les transaldolases sous forme d’intermédiaire
DHA-transaldolase.
* La voie des pentoses ne l’est pas (on obtient l’érythrose indispensable pour
la synthèse des acides aminés.
* La voie des pentoses permet d’obtenir plusieurs produits dont l’intérêt est
l’obtention du NADPH indispensable pour les enzymes de la biosynthèse
des Ac. gras et pour les réactions de désintoxication dans le foie.
71
6 Glucose 6 P + 12 NADP+ 6 Rubulose 5 P + 12 (NADPH+, H+) + 6 CO2
4 Rubulose 5 P 4 Xylulose 5 P.
2/3
6 Rubulose 5 P
2 Rubulose 5 P 2 Ribose 5 P.
1/3
5 Fructose 6 P 5 Glucose 6 P
72
D. Variante des voies de pentoses (H.M.P) ou voie d’Entner Doudoroff :
Voie découverte en 1952 chez les bactéries, elle commence comme la voie des pentoses excepté
que les enzymes trouvés produisent une oxydation du glucose et non pas seulement du glucose 6 P.
(≡ Ac. 6 P Gluconique)
* Glucose 6 P ├
───── Par la voie des Hexomonophosphates ─┘
H OH H (Ac. 6 P Gluconique)
HO ─ 1C ── 2C ── 3C ── C─ CHOH ─ CH2O ~ P
O OH H OH H2O
E1
73
O (Ac. Pyruvique) O
∕∕ E2 ∕∕
∕∕ ∕∕
O2
∕∕ +
74
IV. CYCLE DE KREBS OU CYCLE DES TRICARBOXYLIQUES
A. Caractéristiques du cycle :
75
et intervention de plusieurs coenzymes, NAD, NADP, FAD, « CoA SH ».
Les enzymes impliqués dans ce cycle ont été purifiés et ils existent chez tous les
organismes y compris les bactéries.
Les enzymes du cycle de Krebs sont situées dans la mitochondrie (= enzyme particulaire) et
leurs coenzymes sont associées aux membranes internes des mitochondries.
B. Réaction et enzymes :
Elle se situe à la suite de la glycolyse ; le pyruvate se transforme en CoA SH. Cette étape
comporte une décarboxylation oxydative du pyruvate par l’intermédiaire du thiamine pyrophosphate
(TPP) et de l’acide lipoïtique.
Le groupement Acetyl formé se lie au coenzyme A (CoA) pour donner l’acétyl CoA.
Coenzyme A
76
E
FAD FADH2
« couple rédose »
NADH NAD+
Ce complexe enzymatique est constitué de trois enzymes dont le PM = (4-5) 105 D. Ce complexe est
formé de la lipoate-réductase transacétylase qui va agir après la décarboxylase TPP et ensuite intervient la
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dihydroxylipoate déshydrogénase.
Dans le système, le coenzyme A et le FAD sont libérés facilement par simple dialyse.
Ce complexe est associé à d’autres enzymes notamment la pyruvate déshydrogénase kinase et la pyruvate
déshydrogénase phosphatase.
78
Acetyl CoA Citrate
O O O O
∕∕ ∕∕ ∕∕ ∕∕
+ O- O + O ∕∕ E ∕∕
HO ─ C─ C O C─ C─ O_ +H2O
CH2 CH2
HO ─ C O HO ─ C O
HO ─ C O HO ─ C O
79
Cette réaction est en faveur de la formation du citrate grâce à l’hydrolyse de la liaison
thioester S-H riche en énergie.
Les deux réactions sont liées par l’intermédiaire du cis-aconitate. Les réactions sont catalysées
par la même enzyme : l’Aconitate hydratase qui facilite l’équilibre entre les trois acides tricarboxyliques :
le citrate, l’isocitrate et le cis-aconitate.
O O O
∕∕ ∕∕ ∕∕
C─ OH C─ OH C─ OH
∕∕ - H2O ∕∕ + H2O ∕∕
HO ─ C─ C─ OH C─ C─ OH H ─ C─ C─ OH
║
CH2 CH HO ─ CH
HO ─ C O HO ─ C O HO ─ C O
80
L’isocitrate est utilisé au fur et à mesure de son apparition dans le cycle de Krebs.
L’enzyme reconnaît la moitié supérieure du substrat. Il est catalysé par des ions Fe²+ et
nécessite des S-H sous forme de cystéine.
Elle est accompagnée d’une déshydrogénation : c’est donc une décarboxylation oxydative.
O O
∕∕ ∕∕
C─ OH C─ OH
CO2
2HC O E CH2
∕∕
H ─ C─ C─ OH CH2
81
NADPH+ H+ NADP+
HO ─ CH C O
(Isocitrate)
HO ─ C O HO ─ C O ( -cétoglutarate)
On utilise le carbone de CO2 pour faire la réaction inverse et arriver à l’isocitrate (- carboxylation).
Il est régulé par l’ADP. On remarque que lorsque l’ADP augmente, l’affinité de l’enzyme pour
son substrat augmente alors que KM diminue.
On remarque aussi que l’affinité de l’enzyme envers son substrat augmente lorsqu’on a une
augmentation des concentrations de l’isocitrate, du NADP et des ions Mg ++.
Vmax
82
[]
Il existe aussi des effecteurs (ou modulateurs) négatifs tels les NADH et l’ATP qui ont tendance à
augmenter les KM donc à diminuer l’affinité de l’enzyme envers son substrat.
─ Décarboxylase à TPP.
6) Détachement du CoA-SH :
83
Ce détachement se fait sans perte d’énergie car il y a couplage pour la formation d’une
molécule de GTP à partir de GDP + Pi ; (GDP + Pi ───> GTP) (GTP ≡ ATP).
E : Nucléoside diphosphokinase.
La réaction de l’étape (6), à partir du succinyl CoA — succinate va se faire par la fixation de
l’hydroxyde de H2O et la libération d’un GTP et de CoA-SH, G’0 = – 0,7 Kcal/mol.
O O
∕∕ ∕∕
C─ OH C─ OH
E
CH2 CH
HO ─ C O HO ─ C O
84
G’0 ≈ 0 Kcal / mole (Réaction réversible) E : Succinate déshydrogénase.
L’enzyme est fortement lié à la membrane interne mitochondriale ; le coenzyme le FAD est lié à
l’enzyme par une liaison covalente, il ne se détache qu’après hydrolyse trypsique (trypsine) du noyau
imidazole de l’histidine. L’enzyme a un PM = 105. D comprenant 2 sous-unités :
La succinate déshydrogénase est activée par le phosphate, le succinate et le fumarate, et elle est
inhibée par l’oxaloacétate qui est un inhibiteur plus puissant que le malonate.
O O
∕∕ ∕∕
C─ OH C─ OH
E
CH H─ C─ OH
CH + H2O H─C─H
HO ─ C O HO─ C O
85
G’0 ≈ 0 Kcal/mole. E : fumarate hydratase.
9) Déshydrogénation du Malate :
O O
∕∕ ∕∕
C─ OH C─ OH
E
H─ C─ OH C O
HO ─ C O HO ─ C O
86
La réaction est très endergonique et se fait dans le sens de la formation de l’oxaloacétate
(qui est immédiatement utilisé) et du NADH.
Cette réaction est couplée avec une autre réaction qui permet la formation de H2O et grain
d’ATP.
Pour chaque tour du cycle de Krebs, on élimine 2 C de l’Acetyl CoA sous forme de
CO2 et 8H+.
87
Glucose + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O
1) Nombre de CO2 :
Glycolyse
Cycle de Krebs
1 Pyruvate 3 CO2..
Libère
1 Glucose 6 CO2.
2) Nombre d’ATP :
4 ATP gagnés
Chaîne respiratoire
* NADH + H+ 3 ATP
88
* Cycle de Krebs:
—————
30 ATP
89
(1 ATP dégage (7 – 8) Kcal/mole )
* Rendement :
38 ATP (7 - 8) Kcal/mole
690 Kcal/mole
Le fluoroacétate (FCH2 – COOH), agent toxique qu’on trouve dans certaines plantes ; cette
substance en entrant dans le cycle de Krebs peut se substituer à l’acétate et rendre malades les
animaux qui le mangent. Cette substance va tromper le citrate synthétase et on obtient ainsi la
fluorocitrate qui est un analogue du citrate mais qui n’est pas substrat de l’enzyme suivant c’est-
à-dire l’aconitate hydrolase (très spécifique).
90
2) Emploi des isotopes radioactifs :
On fait aussi le marquage de l’oxaloacétate au 14C au niveau de l’un des carboxyles.
On peut utiliser de l’eau tritiée (3H2O) et suivre les réactions d’hydroxylation et les
réactions de déshydrogénation.
Il permet la dégradation des métabolites afin de régénérer l’énergie (ATP) mais peut en
même temps permettre des réactions biosynthétiques.
Parmi les produits susceptibles de quitter le cycle de Krebs pour des réactions
biosynthétiques, on a :
Citrate : c’est sous forme de citrate que le radical acétyl sort de la mitochondrie
pour assurer la biosynthèse d’acide gras.
91
qui est la glutamate déshydrogénase.
E : Glutamate déshydrogénase.
Glutamate + NADP+
Succinyl CoA : permet la biosynthèse de certains acides aminés ainsi que les noyaux
porphyriniques (nécessaire pour les cytochromes) au niveau de la chaîne respiratoire.
a. Pyruvate carboxylase :
Mn2+
92
G’0 = - 0,5 Kcal/mole E : pyruvate carboxylase.
L’enzyme se dissocie à une température de 0°C et devient inactive, il est allostérique et son
modulateur positif est l’Acétyl CoA.
Si la concentration en Acétyl CoA est élevée dans les cellules, alors la réaction
93
* ASP Oxalo-acétate.
3) Cycle gluoxylique :
C’est un moyen très important pour alimenter le cycle de Krebs ; il permet la formation de
composés intermédiaires très importants chez les végétaux et les microorganimes, il n’intervient pas chez
les animaux. A partir de l’isocitrate, on a formation directe de succinate et de gluoxalate :
ère
c’est la 1 réaction gluoxylique .
O O
// //
C— OH C— OH O
//
CH2 O CH2 C— OH
// E
HO — C O (Succinate) (4C)
(Isocitrate) (6C)
94
O O
// //
C— OH O C— OH
// E
H— CH2 CH2
HO — C O
l’Acétyl CoA.
- Ce cycle permet la synthèse de glucides à partir de l’Acétyl CoA, c’est à dire à partir
des Acides gras.
95
- Les animaux n’utilisent pas ce cycle car ils sont capables de synthétiser les glucides
partir d’autres composés autres que l’Acétyl CoA et les Acides gras.
On ne les trouve que chez les plantes et les microorganismes capables de synthèse des
glucides à partir des Acides gras. Ces peroxyzomes ont un rôle important dans le
processus de la photosynthèse et dans la fixation de l’azote (N2).
96
METABOLISME DES ACIDES GRAS
97
PROCESSUS GENERAUX DE SYNTHESE ET DE DEGRADATION
A. Schéma général :
Le métabolisme des Acides Gras est très important car il y a un stockage de glucose sous forme
de triglucérole ou triacylglucérole formant ainsi une réserve de produits énergétiques.
La biosynthèse des Ac.gras se fait d’une manière différente et avec des enzymes différentes de
celles qu’on rencontrées lors de la dégradation des Ac. gras.
Au niveau des mitochondries, on note une faible activité d’incorporation des carbones dans
la chaîne des Ac. gras, l’intense activité d’incorporation est notée au niveau du cytoplasme.
98
Le CO2 est essentiel pour la biosynthèse des Ac gras (CO2 ou CO3H) bien qu’il ne soit pas
incorporé dans l’Ac. gras final. Un marquage au 14C le situe au niveau d’un des carboxyls du
malonyl CoA.
Les Ac. gras sont synthétisés dans le cytoplasme par un système multienzymatique formé
de 7 enzymes : acides gras synthétases.
NADPH+ + H+
+ CO2
O O O
// // 14 (NADH++H+) //
│ │ │
│ CO2 │
HO─ C O (CH2)12
(15) CH2
99
(16)CH3
Les premiers carbones proviennent de l’acétyl CoA (C15 ; C16) les autres seront obtenus à
partir des malonyl ajoutés.
L’origine de l’acetyl CoA est mitochondrial. Le radical Acyl est transféré grâce à une
protéine spécifique : Carboxy carrier proteine.
Le citrate formé est facilement transporté à travers les membranes mitochondriales vers le
cytoplasme.
100
Citrate + CoASH + ATP Acétyl CoA + Oxaloacetate + ADP + Pi
Le citrate est le porteur des radicaux Acétyl CoA pour amorcer la synthèse des Ac gras.
On a démontré que c’est la vitesse maximale (Vmax) qui augmente et par conséquence le
citrate n’a pas d’influence sur le KM.
101
Sous cette forme monomérique l’enzyme est inactif, il s’active en se polymérisant en
présence du citrate, son PM = 108.
- Biotine carboxylase.
- Carboxyltransferase.
L’Acyl Carrier Proteine (ACP) a un PM = 104, elle résiste à la chaleur, possède un S-H qui
est porté par le groupement prostetique :
OH
── Serine ──
102
Les groupements Acyl de l’AcetylCoA et du MalonylCoA sont transférés sur le groupement SH
de l’ACP par les enzymes suivants :
E1
E2
2) Formation de l’Acétoacetyl~S-ACP :
2C
3C 4C 1C
103
La réaction est exergonique due à la libération de CO2. Il y a eu intervention d’un corps de
2C + 3C 4 C + 1 CO2
E : β-Cetoacyl~ACP réductase.
//
104
2-3
Cette réaction est catalysée par une enzyme, l’Enoyl ACP réductase. ( C2 et C3 )
E : Enoyl-ACP réductase.
Il existe un facteur limitant pour la formation des Ac.gras qui est le NADPH+, H+. La source
principale est le 6-phosphogluconate car on a constaté une forte activité de la Glucose-6P-
déshydrogénase.
Chez les plantes on a une phophoréduction du NADP+, alors que chez la plupart des organismes
on a une autre source :
NADP+
105
D. Elongation des acides gras :
L’allongement se fait par addition d’Acetyl CoA ou bien du Malonyl CoA. On ne note pas de
dégagement de CO2. Ce sont des réactions inverses de la β-oxydation et elles utilisent le NADPH+, H+.
Elle se fait de la même manière qu’au niveau des mitochondries mais il faut du Malonyl CoA sans
l’intervention de l’Acyl Carrier Proteine (ACP).
Ce sont des acides gras possédant les doubles liaisons (insaturés), par exemple :
o L’acide palmito-oleïque :
Il provient de l’acide palmitique avec une double liaison en position « Cis » au niveau des
106
9-10
carbones 9 et 10. ( )
o l’acide oléïque :
Le précurseur de cet acide est l’acide stéarique, la double liaison « Cis » est au niveau des
carbones 9 et 10. Chez les organismes airoliques, l’introduction de la double liaison se fait grâce à
une enzyme : l’oxygénase microsomale.
o L’acide palmitoleïque :
+ O2
Les Ac.gras n’existent pas à l’état libre mais sous forme de triacyl glycerols.
Pour sa synthèse, il faut du glucerole sous forme de glycérophosphate et de l’Ac.gras sous forme
d’Ac.gras CoA.
107
E
E: Glycerophosphate déshydrogénase.
R1 = 16C ; R2 = 18C
(Glycerol 3P) O
//
//
108
3) Hydrolyse de la liaison phosphoester :
O O
// //
O O
// E //
+ H2O
H2C─ O ~ P H2C─ OH
E : Phosphatidate phosphatase.
109
La réaction se fait en présence d’un Ac.gras CoA activé et d’une enzyme.
O O
// //
O O
// E //
//
E : Transacylase.
(Diacylglycérol) R1 = 16 C ; R2 = 18 C ; R3 = 20 C. (Triacylglycérol)
A. Généralités :
110
Ce sont les acides gras, les réserves lipidiques qui permettent d’obtenir le maximum d’énergie
pour les animaux et les végétaux.
Les cellules stockent les lipides dans les adipocytes (cellules pleines de gouttelettes lipidiques).
Ils ne prennent pas de grand espace pour leur stockage, n’ont pas besoin d'eau
d'hydratation.
Leur pouvoir calorifique est très important, la combustion d'un gramme d'ac. Gras
libère 9 Kcal par comparaison avec les glucides qui libère 4 Kcal.
** Ces réserves se trouvent sous forme de triglycérides ou triacyl glycérol qui sont hydrolysés
par les lipases, conduisant aux acides gras.
** Les Ac. gras sont généralement insolubles dans l'eau, sont déversés dans le sang ou sont
transportés par le sérum albumine.
** Chez les hibernants ainsi que les oiseaux migrateurs, les lipides constituent la seule source
d'énergie dans le foie et le rein.
** Les acides gras naturels possèdent généralement un nombre pair d'atomes de carbone.
Les Ac.gras naturels sont obtenus par scission (séparation) des groupes de 2 C à partir de la
fonction carboxylique. (COOH)
C H 3 ......... C H 2 C H 2 C H 2 - COOH C H 3 ......C H 2- C H 2 COOH + C H 3- COOH
111
Principe de l’oxydation de « Knoop ».
« Knoop » a administré à des chiens des Ac. gras artificiels (de synthèse) qui contiennent
un noyau benzénique.
0 ( CH ) - COOH
2 8
0 COOH
Il a trouvé dans les urines après :
0 ( CH 2 ) 7 - COOH 0 ( CH 2 ) - COOH
Phenyl acetate.
Composé administré au chien ( ac phenyl acetique )
Donc :
L'oxydation des A.G est une -oxydation, cette théorie a été confirmée par des
expériences de marquage.
D'autres travaux de Lynem, Lehning et Kennedy ont montré que la -oxydation requiert
l'O2 et nécessite de l'ATP, elle est entièrement localisée dans la mitochondrie à l'exception de
l'activation de l'acide gras.
B. Réactions et Enzymes :
Avant l'entrée des Ac.gras dans les mitochondries, ils sont activés.
112
- Estérification des Ac.gras libres par le Coenzyme A (= CoA SH)
Cette réaction d'activation se fait par les thiokinases ou les AcylCoA synthétases.
On distingue 3 types d'enzymes avec des spécificités différentes. Cette spécificité est fonction de
la longueur de la chaîne :
** Thiokinase des Ac.gras à chaînes moyennes c’est à dire entre 4 et 12 carbones possédant
des doubles liaisons (Ac.gras insaturés) ou pas (Ac.gras saturés).
** Thiokinase des Ac.gras à longue chaîne c’est à dire Ac.gras saturés dont le nombre de
carbone est supérieur à 12 carbones et aussi spécifique pour les Ac.gras α ou -hydroxy.
113
O O
// E //
│ (- H2O)
OH
Cette réaction se fait en présence d'une 2ème qui va favoriser la réaction dans le sens de
l'activation de l'Ac.gras.
P Pi + H2O 2 Pi E : Pyrophosphatase.
O H
// +
OH
+
114
O
O — C ── R
+
O + CoASH
//
O — C ── R
H O
+ //
OH
115
2) Oxydation intra mitochondriale des Acyl Gras CoA :
O H O
Le FAD va fixer les H2. 2-3 Trans enoyl Acyl gras CoA
Le composé obtenu a une double liaison (=) en position « Trans. ». Or les composés
d’acide gras naturels insaturés possèdent toujours ces liaisons en position « Cis ».
L’enzyme sera donc spécifique des configurations « Trans ». Il existe une autre enzyme
spécifique de la transformation des formes «Trans » aux formes «Cis ».
Le complexe E-FADH2 est réoxydé par la chaîne respiratoire en présence d’une autre
116
flavoprotéine. A ce niveau, on aura une réduction de FAD et un gain de 2 ATP.
Cette enzyme a été isolée à partir du foie, le PM = 210.103 D et son activité molaire
H O OH O
│ // E │ () //
│ ()│ │
H H H
117
OH O O O
│ () // (γ) // () //
R’── C── CH2 ── C ~ SCoA + NAD+ R’── CH2 ── C── CH2 ── C ~ SCoA
() │ ()
H + NADH+ + H+
Le NAD+ (forme réduite) est réoxydé le long de la chaîne respiratoire avec une production
de l’ATP.
O O O
(γ) // () // E //
//
()
(Acetyl CoA)
118
( R" < R’)
O O
// E //
C. Bilan:
119
palmetyl CoA (activé) + 7 FAD + 7NAD+ + 7H2O
1- 1 FADH2 = 2 ATP
(2 7) + (3 7) = 35 ATP
1 FADH = 3 ATP
131 ATP.
120
Palmetate + 32 O2 16 CO2 + 16 H2O G’0 = - 2340 Kcal / mole.
Bilan de la cellule :
2340 Kcal/mole
121
//
CoASH ATP
Mb Externe
AcétylCoA synthétase
//
122
CoASH Acyl CoA
Intra
β-Oxydation :
DE
KREBS H+ + e-
123
METABOLISME DES ACIDES
AMINES
124
PROCESSUS GENERAUX DE SYNTHESE ET DEGRADATION
I. GENERALITES
125
Les protéines sont indispensables et sont formées d’enchaînements d’acides
aminés.
Le ¼ va se décomposer en Acides .Aminés et ces Acides .Aminés vont eux aussi se dégrader pour
donner d’autres composés tels que les glucides ; le reste constitue une réserve
1) Oxydation :
O O
½ O2 // //
R — CH ― NH2 R ― C — C— OH + NH3+
2) Hydrolyse :
OH O
H 2O | //
126
R — CH ― NH2 R ― CH — C—OH + NH3+
| (H /OH)
COOH
3) Réduction :
O
2H+ //
COOH
Dans certains cas, on peut déterminer comme produit l’acialcoole qui ne provient pas de la
réaction d’hydrolyse mais de la réduction de l’acide α-cétonique.
O O
// //
O O H O
// // Réduction | //
R ― C — C — OH R ― C — C— OH
(2) |
OH l’acialcoole
127
La réaction de réduction peut être réalisée aussi par certains microorganismes.
Par désaturation :
CO2H
| |
CO2H CO2 H
| |
CO2H CO2 H
128
Il existe des enzymes qui permettent cette réaction : les aminées acides oxydases qu’on
trouve dans le tissu rénal et hépatique.
Cette dernière enzyme est très abondante chez les animaux où la désamination oxydative
conserve essentiellement l’ac.glutamique.
129
R — CH―NH2 R— C NH + H2
| |
CO2H CO2 H
Le composé formé est très instable mais indispensable pour la 2ème étape.
Les 2H+ sont captés par FAD pour donner FADH2. (O2 ) est indispensable.
(O2)
R— C NH + 2 H+ R — C NH + H2O2
| FAD+ |
H2 O + ½ O2
2) Hydrolyse spontanée :
+ H2O (H /OH) //
R—C NH R— C + NH3
| \
COOH (Ac. ά cetonique) CO2H
130
III TRANSAMINATION
E : Transaminase.
N N N
131
Mécanisme réactionnel de la glutamine Trans-aminase :
O O O
∕∕ ∕∕ ∕∕
C─ OH CH3 C─ OH C─ OH
(H /OH)
∕ CH3
H─ C ─NH2 HO ─ C ═O H─ C ─ N C ∕
\ C N ─ C─ H
O O
132
∕∕ ∕∕
C─ O H C─ O H
(CH2)2 (CH2)2
∕ C O
\ H O ─ C ═O
H O ─ C ═O CO2H (Alanine)
Cette réaction va avoir lieu chez les végétaux alors que chez les animaux, il y a couplage
entre deux réactions.
133
E
La trans-amination qui prédomine est celle qui utilise : Glu, ASP, Ala.
//
H2OC──C H2OC──C H2
\
Par trans-amination, l’amine (NH2) peut provenir soit de l’ornitine, soit des Ac. aminés
dicarboxyliques : acide aspartique, acide glutamique ou de la glutamine (Gln) etl’asparagyne (Asn).
La trans-amination chez les animaux concerne exclusivement les composés L-aminoacides, alors
que chez certains microorganismes on a des D-Trans-aminases spécifiques à la trans-amination des Ac.
aminés de la série D.
134
Conclusion :
IV DECARBOXYLATION
E
CO2H E : Carboxylase.
135
Ainsi :
Histamine :
Phényléthylamine :
hypertensives
Thyramine :
136
H── ─ CH2 ─ CH2 ─ NH2 réaction de l’OH (= adrénaline)
Dihydroxythyramine (= Dopamine) :
de réserve de l’adrénaline.
Noradrénaline :
OH
HO ── ─ CH ─ CH2 ─ NH2
OH
Sérotonine :
137
La tryptamine et la sérotonine sont toxiques et vasoconstrictrices.
La plupart des enzymes qui permettent cette transformation sont des décarboxylases.
Au niveau du foie, de la rate et du cerveau, on a isolé une décarboxylase qui agit sur l’acide
cystéïque pour donner la taurine.
CO2
HO─C ═O H
E : décarboxylase.
138
Cet acide joue un rôle important dans la transmission de l’influx nerveux.
Les amines formées par décarboxylation peuvent subir une désamination oxydative grâce à des
enzymes spécifiques, telles les mono-amino-oxydases ou di-amino-oxydases.
E //
½ O2 \
(Aldéhyde)
E : Mono-Amino-oxydases . ou E : Di-Amino-oxydases.
139
140
LA CHAINE
RESPIRATOIRE
141
d’oxydo-réduction et de phosphorylation.
Définition :
La respiration cellulaire est fondée sur un mécanisme enzymatique qui permet à la cellule
de ne pas perdre en chaleur la différence de potentiel énergétique (ddp) mais de la
conserver sous une forme utilisable, c’est à dire l’ATP.
Ainsi l’énergie (E) perdue par une paire d’e- qui passe de NADH2 jusqu’à O2 est très
importante : Δ G’0 = - 52 Kcal / mol.
-
NAD+ + H+ + 2 e NADH E’0 = ― 0, 32 V.
½ O2 + 2 H+ + 2 e- H 2O E’0 = + 0, 82 V.
Δ G0 = - n F ΔE0
142
Δ G’0 = - 2. 23. 103 [0, 82 – (- 0, 32)] Δ G’0 = - 52 Kcal / mole.
Le potentiel d’oxydoréduction : E.
RT [OX]
nF [RED]
-
Si le rendement est de 100 %, le transfert de 2 e de NADH à l’O2 produit 7 ATP.
P/O ≈ 3 (2,5)
O2 : Oxygène utilisé pour la formation de H2O
143
-
Le transport d’e depuis les coenzymes réduits NADH et FADH2 jusqu’à l’O2 se fait par
une suite de réactions d’oxydoréduction qui se déroule exclusivement dans la
membrane interne mitochondriale ; l’O2 se trouve dans la matrice.
- les Cytochromes.
144
Schéma général de la réaction d’oxydoréduction de la chaîne respiratoire
FMN Fe2+ COQ Fe2+ Fe3+ Fe2+ Fe3 + Cu
Déshydro ES Ubiquinone
génase
145
NADH+
ANTIMYCNE A +
NAD
ROTENONE 2 H+
CYANURE
E : Dismutase.
H2O2
Isocitrate
α – Cetoglutarate
E : Pyroxydase.
Malate
Pyruvate Glycerol 3P
Succinate
H2O + ½ O2.
Oxalate
146
Substrats fournis par le cycle de Krebs
147
II. TRANSFERT DES ELECTRONS
La membrane inter mitochondriale est imperméable aux petites molécules et aux ions, il faut
donc un transport actif pour les différents métabolites.
Il s’agit du pyruvate déshydrogénase située dans le cytoplasme et les enzymes du cycle de Krebs
de la mitochondrie, à savoir l’iso-citrate déshydrogénase, l’α-ceto-glutarate déshydrogénase, le malate
déshydrogénase.
La concentration de NAD+ est très supérieure à celle du NADP+ ; la cellule utilise le NAD+ chaque
- -
fois qu’il y a transfert d’e d’un donneur jusqu’à O2, alors que le NADP+ est utilisé lorsqu’il y a transfert d’e
jusqu'à un intermédiaire qui lui aussi nécessite d’être oxydé.
Les formes réduites des coenzymes (NADH ou NADPH) possèdent une bande particulière
d’absorption de la lumière à 340nm, les formes oxydées (NAD+ ou NADP+) ne possèdent pas cette bande.
148
D.O
NAD+
ou NADP+
NADH
ou NADPH
340 nm
149
Ce coenzyme est lié à l’enzyme par une liaison covalente et permet de réoxyder le NADH.
Par la méthode de spectrophotométrie, on peut doser les concentrations de FMN et de FAD. Ces
flavoprotéines oxydées possèdent deux bandes d’absorption à 370 nm et 440 nm.
Ex : FAD+/ FADH 2
D.O
150
FADH2
FAD+
λ
370 nm 440 nm
C’est une classe de protéines très hétérogène, ces protéines sont liées aux flavoprotéines et
s’intercalent entre les flavoenzymes et les cytochromes.
Leur position exacte et leur nombre dans la chaîne respiratoire ne sont pas encore connus
leur PM = 6. 103 à 105 D.
Le fer établit ainsi des liaisons avec des atomes de soufre « libre » et/ou le soufre de S-H
cystéine.
151
La réduction de ces protéines par échange des électrons s’accompagne d’une faible
variation de l’absorption à 450 nm.
Ces protéines sont connues sous le nom de ferrodoxine et ont un rôle important à jouer
dans la photosynthèse et aussi la formation d’azote (N2).
Les caractéristiques de ces protéines Fe-S assurent le transport d’un électron alors que les
déshydrogénases flaviniques assurent simultanément le transfert de 2 électons et de
2 protons H+.
C’et une molécule hydrophile possédant une chaîne isoprène plus ou moins longue.
152
Ces coenzymes effectuent le transfert de 2 électrons entre les enzymes flaviniques et les
cytochromes.
O (Quinone)
//
3H C── C─ ── CH2─ CH C X n
// \
O CH3
O OH
O
//
+ 2H+ /
3H C──C─ ── CH2─CH C X n
// \
O CH3
OH
153
Le passage entre les deux formes se fait grâce à un intermédiaire qui est la semi-quinone.
E. Les cytochromes :
Ils assurent le transport d’un électron, ce sont des chromoprotéines avec un noyau
hématique (qui contient du fer).
Les transferts des électrons sont assures depuis les flavoprotéines jusqu’à l’O2
(= noyau hématinique).
Fe 2+ Fe 3+ + 1 e-
154
Le noyau hématique se présente comme suit :
N N
Fe
Fe
N N
(His-N) (S-Met)
C’est un chélate d’un noyau tétra-pyrole qui absorbe les U.V et aussi la lumière dans le
visible grâce à la structure résonnante du noyau, il présente une inflorescence de la
lumière.
155
dans le visible ; en plus pour chacun, on a un spectre variable soit de la forme oxydée
ou de la forme réduite.
Les cytochromes sont fortement associés aux membranes mitochondriales internes sauf le
cytochrome c qui est soluble dans l’eau.
Cytochrome c :
C’est une chaîne polypeptidique d’une centaine d’Acides Aminés, présentant une chaîne
ovale ; les résidus hydrophobes se situent à l’intérieur de la molécule et vont assurer
les interactions hydrophobes avec le groupement tétrapyrolique.
156
Ordre d’enchaînement des différents cytochromes :
- la méthode spectrophotométrique.
A ox B ox C ox D ox
e- e- e- e-
Amont Aval
157
Tous les produits se trouvant en aval de l’inhibiteur seront oxydés, alors que tous les
produits se trouvant en amont de l’inhibiteur seront réduits.
On constate que les déshydrogénases à NAD et FMN ainsi que le Cyt b se trouvent sous la
forme réduite ; par contre on remarque que les Cyt c1, Cyt c, Cyt a et Cyt a3 restent à
l’état oxydé, donc on peut dire comme conclusion que pour ce cas :
L’O2 est réduit par le cytochrome oxydase (Cyt a et Cyt a3), il est alors réduit en donnant un
-
ion superoxydé (= O2 ) qui est toxique.
E1 : Dismutase. E2 : Catalase.
158
Cette dismutase existe en abondance dans les mitochondries ; l’H2O2 est transformé en H2O
sous l’action d’une catalase.
Conclusion :
159
Les protons sont alors rejetés de la matrice vers l’espace inter membranaire. C’est un
phénomène très important pour la formation d’ATP.
Le pH mitochondrial est basique, par contre celui de l’espace inter membranaire est acide,
cette différence va entraîner la formation d’un gradient de charges électriques.
160
Hypothèse électrochimique.
161
2- Cyt b + Cyt c ΔE’0 = 0,22 V ΔG’0 = - 9, 9 Kcal / mole 1 ATP.
3- (Cyt a + Cyt a3) + O2 ΔE’0 = 0, 53 V ΔG’0 = - 23, 8 Kcal / mole 2-3 ATP.
Cet inhibiteur bloque toute synthèse d’ATP à partir de NADH. En l’absence de cet inhibiteur il y
formation de l’ATP. P/O = 3 à partir de NADH.
Et formation d’ATP.
Donc on remarque que l’inhibiteur n’a pas d’influence car le lieu de pénétration du substrat
dans la chaîne respiratoire est d’une importance capitale .
On constate que le succinate entre au niveau du Coenzyme Q (co-Q) dans la chaîne respiratoire
alors que l’inhibiteur agit entre NADH et Coenzyme Q.
162
1) la synthèse d’ATP :
(Ex : par des ultrasons), le transport des électrons peut se faire mais il n’est pas
couplé à la synthèse d’ATP.
163
Mb externe
+
H
F0
Espace
Facteur (F1)
Mb interne
Facteur (F1)
+
H
(=Facteur de couplage)
90Å
ADP ATP
Conclusion :
164
La synthèse d’ATP est dépendante du reflux en sens inverse des H+.
2) Hypothèse de couplage :
a. Hypothèse conformationnelle:
H+
Pédoncule F0
165
Pompe à H+
H+ H+
ADP ATP
Les H+ seront captés par la partie catalytique qui provoque un changement de configuration
permettant la synthèse d’ATP. Le proton est rejeté dans la matrice mitochondriale.
Cette hypothèse se base sur les processus d’oxydo-réduction et donne une base à
l’hypothèse conformationnelle.
166
Elle repose sur les deux conséquences :
Δ ρ = Δ φ ─ Z Δ pH
RT
Z : Constante à t° déterminée Z = 2, 3 ——
Ainsi, Z = 59 mV à t° = 25°C.
167
UNIVERSITE IBN TOFAIL
PLANCHES DU
COURS
DE
BIOCHIMIE METABOLIQUE
S4
Pr. E. H. BERNY
UNIVERSITE IBN TOFAIL
DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
T.D. DE
BIOCHIMIE METABOLIQUE
S4
Pr. E. H. BERNY
la réaction suivante :
1 M ; 10-2 M ; 2.10-4 M.
2 - Calculez le rapport ATP / ADP nécessaire pour former de la Créatine phosphate à partir de la créatine à
-3
pH = 7,0 et à 30° C avec Créatine : 2.10-3 M et Créatine P : 10 M.
On donne :
et de l’ADP.
A l'équilibre, on a les concentrations suivantes :
3 3
* Glucose – 6 P : 7.10- M. * Glucose: 0, 26. 10- M.
3 3
* ADP : 4.10- M. * ATP : 0, 26. 10- M .
4 - On détermine dans le cerveau de rat (T = 25° C, pH = 7) les concentrations des substrats et des produits
des deux premières réactions de la glycolyse catalysées par l'hexokinase et la phosphoglucose-isomérase.
2
1- Calculez les variations d'énergie libre au niveau de chacune des réactions.
2- Quelles conclusions en tirez-vous ?
5 - A quelle concentration minimum le malate doit-il être présent pour que la réaction :
-3
se passe de gauche à droite à pH = 7 et T = 25° C, si le Fumarate est présent à la concentration de 10 M,
6 - Si la réaction suivante démarre à des concentrations molaires de tous les substrats et produits, dans
quelle direction l'équilibre sera-t-il déplacé ? : (ΔG'o)
On donne :
+ +
** NADH + H NAD + H2 E'02 = - 0, 32 V.
3
8 - Calculez la variation d'énergie libre standard de la réaction :
NADH --------------------> O2
+ +
CH3-CHO + NADH + H CH3OH + NAD
1- Dans quel sens la réaction tend-elle à se faire dans les conditions standard ?
4
2- Combien d'électrons la réaction met-elle en jeu ?
3- Calculez la constante d'équilibre de la réaction, considérée dans le sens où elle tend à se faire
spontanément.
+ + +
Glutamate + H20 + NADP α–Cetoglutarate + NH3 + NADP +H
+ +
(NADP / NADPH) et (α–Cétoglutarate + NH 4 / Glutamate)
1- Dans quel sens la réaction tend-elle à se faire spontanément, dans les conditions standard ?
2- Combien d'électrons sont transférés ?
3- Calculez la variation d'énergie libre standard (ΔG'o) de la réaction considérée dans le sens où
elle tend à se faire spontanément.
+ 2+
FADH2 + Cyt b Fe3+ FAD + Cyt b Fe + H
+
Les potentiels standard d’oxydo-réduction des demi-piles (FAD I FADH2) et
3+ 2 +
(Cyt b Fe I Cyt b Fe ) sont respectivement - 0, 219 V et + 0, 254 V.
5
1- Combien d’électron(s) est (sont) transféré(s) ?
2- Equilibrez la réaction ci-dessus.
3- Combien de proton(s) est (sont) mis en jeu ?
4- Dans les conditions standards, dans quel sens la réaction équilibrée tend-elle à se faire
spontanément ?
5- Calculez la variation d’énergie libre standard de la réaction considérée dans le sens où elle
tend à se faire spontanément.
A + B P+ Q
6
considérée dans le sens 1, est + 5,79 Kcal I mol à 37°C ; cette réaction est catalysée par l’aldolase. In vitro,
on trouve les conditions suivantes : (μM)
Cette réaction est considérée de gauche à droite et elle est catalysée par la glucokinase.
- D–glucose : 5000.
- D–glucose-6-phosphate : 83.
- ATP : 1850.
7
- ADP : 138.
E
D – glucose –1 phosphate D–glucose –6 phosphate
(E : phosphoglucomutase)
Dans quel sens la réaction tend-elle à se faire spontanément dans les trois cas suivants :
1- 72,00 72
2- 7,20 137
3- 5,55 555
17 - La variation d'énergie libre standard (ΔG’o) de la réaction catalysée par la pyruvate kinase, considérée
8
◊ Phosphoénolpyruvate 23 μM.
◊ Pyruvate 51 μM.
1- Si l'on procédait in vitro, quelle devrait être la concentration de pyruvate, les concentrations
des autres composés étant les mêmes qu’in vivo, pour que la réaction puisse se dérouler de
droite à gauche ?
2- Cette concentration serait-elle acceptable in vivo ?
18 - Du pyruvate marqué dans ses carbones 3 et 2 est introduit dans le cycle tricarboxylique du foie. En
supposant que tout le pyruvate marqué soit immédiatement transformé en citrate par l'intermédiaire de
l'acétyl-CoA,
1- Premier tour.
2- Deuxième tour.
3- Troisième tour.
4- Quatrième tour.
5- Cinquième tour.
Sachant que l'énergie de combustion d'un lipide est de l'ordre de 9,3 Kcal /g et que chaque
molécule d'ATP formée représente une mise en réserve d'énergie correspondant à environ
7 Kcal.
9
(NADH2 donne : 3 ATP ; FADH2 donne : 2 ATP).
20 - Du glucose est ajouté à une culture aérobie de levures. Il est transformé quantitativement
14
1. Si le glucose est marqué au C sur le carbone 2, combien de tours de cycle de Krebs sont
14
nécessaires à chaque carbone en position 2 pour que tout le C
14
soit libéré sous forme de CO2 ?
2. Si le glucose est marqué en carbone 6, quelle fraction d'isotope sera retrouvée sur chacun
des atomes de carbone de l'oxaloacetate après que chaque fragment en C2 ait effectué 2
3 3 3
CH 3── (CH 2)10──COOH
6 μ moles du produit sont isolées du milieu réactionnel et hydrolysées en acétate dont la radioactivité est
3
mesurée par scintillation liquide. Quel sera le rapport H / C trouvé ?
14
22 - Lors de la biosynthèse d'acide octanoïque par une bactérie, on utilise du malonyl–CoA marqué au C.
Sur quels carbones de l'acide octanoïque retrouvera-t-on la radioactivité, selon que le malonyl–CoA est
marqué :
1- Sur le - COOH ?
10
2- Sur le - CH2 ?
2
3- Sur le - CO- ?
23 - Des substrats marqués sont incubés en aérobiose avec une suspension de muscle empoisonné par du
malonate; on isole les intermédiaires du cycle énumérés ci-dessous :
Dans chaque cas, donner la (les) position(s) de (s) isotope(s) dans les intermédiaires.
+ +
2- de l'acide palmitoléïque à partir du pyruvate, du NADPH + H et de l'ATP.
3- de la tripalmitine à partir du glucose.
(Triacyl glycérole : 3 Aceolmétique).
11
25 - De l'acide palmitique (C16) est substitué par deux atomes de tritium sur son atome de carbone 9,
3
L'acide [9, 10– H] palmitique est converti en acetyl–CoA.
26 - De l’acide lignocérique (C24) obtenu après extraction à partir de certaines cires végétales et certains
cérébrosides est substitué par deux atomes de tritium sur son atome de carbone 9 et également par deux
atomes de tritium sur son atome de carbone 10.
12
29 - Certaines cellules végétales sont capables de catalyser des enzymes auxiliaires utilisant ainsi aisément
le cycle glyoxylique. Donnez l'équation globale de conversion chez ces plantes de l'acide palmitique (C16) en
D–glucose.
31 - Donnez la séquence des réactions conduisant en milieu aérobie aux transformations suivantes et
indiquez la quantité maximale d'ATP synthétisé.
+
1- alanine NH 4 , CO2, H2O.
+
2- glutamate NH 4 , CO2, H2O.
TRANSPORTEURS
INHIBITEURS
A B C D
1 + + - +
13
2 - + - +
3 + - - +
(+) = oxydé -
( ) = réduit
14
34 - Quand une plante est soumise à une atmosphère contenant du CO2 dans des conditions
Où la photosynthèse est active, quels seront les deux premiers carbones du glucose qui seront
marqués ?
35 - Dans une cellule fonctionnant en anaérobiose, quel est le gain en molécules d'ATP
14
par mole de glucose dégradée, convertie en lactate à partir :
14
36 - Si on ajoute du CO2 à un homogénat de foie synthétisant du glucose à partir du
(seront) marqué(s) ?
Bien que la plupart des organismes utilisent la voie de la glycolyse pour la production (anaérobie)
de l'ATP à partir du glucose, une minorité utilise une voie différente.
Si cette bactérie se trouvait en compétition dans un milieu anaérobie, pour l'utilisation du glucose
avec une autre espèce bactérienne utilisant la fermentation glycolytique
du glucose en éthanol :
2 - Pourquoi cela ?
15
40 - Donnez un schéma général de la glycogène phosphorylase en développant particulièrement les formes
“a” et “b”.
1- Absence de phosphoglucomutase.
2- Absence de UDP–glucose pyrophosphorylase.
3- Absence de triosephosphate isomérase.
4- Absence de phosphofructokinase.
5- Absence de glycogène phosphorylase kinase.
6- Absence de phosphorylase a 1–6 glucosidase.
7- Absence de phosphorylase a phosphatase.
16
43 - Les cytochromes : définitions, structures et particularités.
17