PCR – Polymérase Chain Reaction

Définition :
C’est une technique permettant de détecter un agent pathogène responsable de la maladie. La présence
d’un organisme cible se traduit dans cette méthode par l’amplification spécifique d’un ou plusieurs
marqueurs moléculaires (ADN/ARN). La PCR permet la détection d’une séquence cible d’ADN ou ARN d’un
virus, d’une bactérie ou d’un champignon phytopathogène recherché.

Les types de PCR  :

 PCR conventionnelle (qualitative.
 PCR multiplex : Il s'agit d'un type spécial de PCR utilisé pour la détection de plusieurs pathogènes à
l'aide de plusieurs ensembles d'amorces, chacun cible un pathogène particulier. Utilisations: Cela
permet l'analyse simultanée de plusieurs cibles dans un seul échantillon.
 PCR imbriquée : Utilisé pour augmenter la spécificité de l'amplification de l'ADN. Deux jeux
d'amorces sont utilisés dans deux réactions successives. Dans la première PCR, une paire d'amorces
est utilisée pour générer des produits ADN, qui seront la cible de la deuxième réaction.
Utiliser une («hémi-imbrication») ou deux amorces différentes dont les sites de liaison sont situés
(imbriqués) dans le premier ensemble, augmentant ainsi la spécificité. Utilisations: Détection des
agents pathogènes qui se produisent avec très peu de quantité
 RT-PCR et qRT-PCR : Utilisé pour transcrire et amplifier l'ARN en ADNc. La PCR est précédée d'une
réaction utilisant la transcriptase inverse, une enzyme qui convertit l'ARN en ADNc. Les deux
réactions peuvent être combinées dans un tube. Utilisations: Détection des virus à ARN comme
(HCV). Et Détection d'autres M.O. par le ciblage de leur ARN ribosomal.
 PCR quantitative : utilisée pour mesurer la quantité spécifique d'ADN (ou d'ARN) cible dans un
échantillon. En mesurant l'amplification uniquement dans la phase d'augmentation exponentielle
réelle, la quantité de produit mesuré reflète plus précisément la quantité initiale de cible. Des
thermocycleurs spéciaux sont utilisés pour surveiller la quantité de produit pendant l'amplification.
 PCR à démarrage à chaud : Il s'agit d'une technique réalisée manuellement en chauffant les
composants de la réaction à la température de fusion de l'ADN (par exemple 95 ° C) avant d'ajouter
la polymérase.
 PCR Touchdown : Dans ce type, la température de recuit diminue progressivement dans les cycles
ultérieurs. La température de recuit dans les premiers cycles est généralement de 3 à 5 ° C au-dessus
de la Tm standard des amorces utilisées, tandis que dans les cycles ultérieurs, elle est inférieure à la
Tm. La température d'hybridation initiale plus élevée conduit à une plus grande spécificité pour la
liaison de l'amorce, tandis que les températures plus basses permettent une amplification plus
efficace à la fin de la réaction.
 PCR d'assemblage : Assembly-PCR (également connu sous le nom de Polymerase Cycling Assembly
ou PCA) Dans ce type de synthèse de longues structures d'ADN en effectuant une PCR sur un pool de
longs oligonucléotides avec de courts segments se chevauchant, pour assembler deux ou plusieurs
morceaux d'ADN en un seul morceau. Il s'agit d'une PCR initiale avec des amorces qui se
chevauchent et une seconde PCR utilisant les produits comme matrice qui génère le produit final
complet. Cette technique peut remplacer l'assemblage par ligature.
 PCR de colonie : Les colonies bactériennes sont criblées directement par PCR, par exemple, le
criblage des constructions ADN-vecteur correctes. Les colonies sont échantillonnées avec une pointe
de pipette stérile et une petite quantité de cellules transférées dans un mélange PCR.
 PCR spécifique à la méthylation : PCR spécifique à la méthylation (MSP) Utilisé pour identifier les
modèles de méthylation de l'ADN dans les îlots de cytosine guanine (îlots C&G) dans l'ADN
génomique. Les îlots CpG, sont concernés par la régulation de l'expression des gènes dans les
cellules de mammifères. L'ADN cible est d'abord traité avec du bisulfite de sodium, qui convertit les
 bases cytosines non méthylées en uracile, qui est complémentaire de l'adénosine dans les amorces
PCR. Deux amplifications sont ensuite réalisées sur l'ADN traité au bisulfite:
Un jeu d'amorces s'annule à l'ADN avec de la cytosine (correspondant à la cytosine méthylée),
L'autre jeu s'annule à l'ADN avec de l'uracile (correspondant à la cytosine non méthylée). La MSP
utilisée dans la PCR quantitative fournit des informations quantitatives sur l'état de méthylation
d'un îlot CpG donné. PCR spécifique à la méthylation (MSP)
 Test LAMP : (amplification isotherme médiée par boucle) Il s'agit d'un type modifié de PCR utilisant
des ensembles d'amorces 3: 6, l'un d'eux est une amorce en boucle. Ce test utilise l'enzyme
Bst-polymérase (Bacillus stearothermophilus DNA Polymerase). En utilisant seulement deux
températures (63 ° C pendant 45 min. Puis 85 ° C pendant 5 min.), Peut être effectuée dans le circuit
d'eau.