2 Canevas Licence - Biotechnologie Microbienne

RÉPUBLIQUE ALGÉRIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR

ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
OFFRE DE FORMATION
L.M.D.
LICENCE ACADÉMIQUE
2017 - 2018
Établissement Faculté / Institut Département
Université d’Oran 1 Sciences de la Nature et Biotechnologie

Ahmed Ben Bella de la Vie
Domaine Filière Spécialité
Sciences de la Nature et Biotechnologies Biotechnologie

de la Vie Microbienne
Université d’Oran 1 – Ahmed Ben Bella Biotechnologie Microbienne

Année universitaire : 2017 - 2018
‫الجمهىريت الجسائريت الـذيمقراطيـت الـشعبيــت‬
‫وزارة التعليــن العالــي و البحــث العلمــي‬
‫عرض تكىيه‬
‫ل‪ .‬م ‪ .‬د‬
‫ليساوس أكاديميت‬
‫‪2017- 2018‬‬
‫القسن‬ ‫الكليت‪ /‬المعهذ‬ ‫المؤسست‬
‫بيوتكنولوجيا‬ ‫علوم الطبيعت والحياة‬ ‫جامعت وهران ‪1‬‬

‫‪ -‬أحمد به بلت ‪-‬‬
‫التخصص‬ ‫الفرع‬ ‫الميذان‬
‫البيوتكنولوجيا‬ ‫بيوتكنولوجيا‬ ‫علوم الطبعت والحياة‬

‫الميكروبيت‬
‫‪Université d’Oran 1 – Ahmed Ben Bella‬‬ ‫‪Biotechnologie Microbienne‬‬ ‫‪Page 2‬‬

‫‪Année universitaire : 2017 - 2018‬‬
SOMMAIRE
I - Fiche d’identité de la licence----------------------------------------------------------------------- p

1 - Localisation de la formation-------------------------------------------------------------------- p
2 - Partenaires extérieurs---------------------------------------------------------------------------- p
3 - Contexte et objectifs de la formation-------------------------------------------------------- p
A - Organisation générale de la formation : position du projet------------------------ p
B - Objectifs de la formation ------------------------------------------------------------------ p
C – Profils et compétences visés-------------------------------------------------------------- p
D - Potentialités régionales et nationales d'employabilité------------------------------ p
E - Passerelles vers les autres spécialités--------------------------------------------------- p
F - Indicateurs de performance attendus de la formation----------------------------- p
4 - Moyens humains disponibles------------------------------------------------------------------- p
A - Capacité d’encadrement-------------------------------------------------------------------- p
B - Equipe pédagogique interne mobilisée pour la spécialité-------------------------- p
C - Equipe pédagogique externe mobilisée pour la spécialité-------------------------- p
D - Synthèse globale des ressources humaines mobilisée pour la spécialité------- p
5 - Moyens matériels spécifiques à la spécialité----------------------------------------------- p
A - Laboratoires Pédagogiques et Equipements------------------------------------------- p
B - Terrains de stage et formations en entreprise---------------------------------------- p
C – Documentation disponible au niveau de l’établissement spécifique
à la formation proposée------------------------------------------------------------------- p
D - Espaces de travaux personnels et TIC disponibles au niveau
du département, de l’institut et de la faculté---------------------------------------- p
II - Fiches d’organisation semestrielle des enseignements de la spécialité (S5 et S6)--- p

- Semestre 5--------------------------------------------------------------------------------------- p
- Semestre 6----------------------------------------------------------------------------------------- p
- Récapitulatif global de la formation-------------------------------------------------------- p
III - Programme détaillé par matière des semestres S5 et S6---------------------------------- p
IV – Accords / conventions------------------------------------------------------------------------------ p
VI – Curriculum Vitae succinct de l’équipe pédagogique mobilisée pour la spécialité--- p
VI - Avis et Visas des organes administratifs et consultatifs------------------------------------ p
VII – Avis et Visa de la Conférence Régionale------------------------------------------------------- p
VIII – Avis et Visa du Comité Pédagogique National de Domaine (CPND)------------------ p
Université d’Oran 1 – Ahmed Ben Bella Biotechnologie Microbienne Page 3

I – Fiche d’identité de la Licence

1 - Localisation de la formation :
Faculté (ou Institut) : Sciences de la Nature et de la Vie
Département : Biotechnologie
- Références de l’arrêté d’habilitation de la licence (joindre copie de l’arrêté) :
Arrêté de la filière BIOTECHNOLOGIES :
Arrêté n° 772 du 26 juillet 2016 Fixant la nomenclature des filières du domaine «SNV» en
vue de l’obtention des diplôme de licence et de master.
&
Arrêté n° 1524 du 28 septembre 2016 Fixant les programmes des enseignements de la
deuxième année en vue de l’obtention du diplôme de licence du domaine «SNV», Filière
«Biotechnologies»
LICENCE : BIOTECHNOLOGIE MICROBIENNE :
Arrêté n° 1592 du 06 Octobre 2016 modifiant l’annexe de l’arrêté n° 765 du 05 août

2015 portant mise en conformité des Licences habilité au titre de l’Université d’Oran 1
pour le domaine « Sciences de la Nature et de la Vie »
NB : Les programmes de la licence Biotechnologie microbienne est le fruit d’une fusion

de deux licences existant antérieurement au niveau de notre filière ; [Production et
Valorisation des Microorganismes (Arrêté N°160 du 07 Août 2008) & Sciences
Biotechnologies (Arrêté N°116 du 20 octobre 2005)] suite aux recommandations du
CPND lors de sa réunion en date du 28 et 29 janvier 2015.
- Arrêté N°160 du 07 Août 2008 ; « Production et Valorisation des Microorganismes »

- Arrêté N°116 du 20 octobre 2005 ; « Sciences Biotechnologies »
2- Partenaires extérieurs
- Autres établissements partenaires :
- Département de Biologie, Université d’Oran 1

- Biotechnologie des Rhizobia et Amélioration des Plantes, Université d’Oran 1
- Laboratoire de Biologie des microorganismes et de Biotechnologie, Université
d’Oran 1
- Entreprises et autres partenaires socio économiques :
- EPCT de Terga W. d’Ain Temouchent
- Sociéta Rosa (Rosa Antreprise)
- Industries utilisant les microorganismes (agro-alimentaires, pharmaceutiques,
secteurs agricoles…)
- Laboratoires privés de Biotechnologie
- Partenaires internationaux :

3 – Contexte et objectifs de la formation
Globalement la licence proposée est de bonne qualité ; elle a pour objectif principal
d’améliorer la formation des étudiants et leur réussite et aussi de répondre aux « besoins
de qualification » du pays. La formation s’appuie sur une équipe pédagogique de qualité
constituée d’enseignants-chercheurs de rang magistral (Pr., MC) et de MAA dirigeant
avec rigueur les ateliers de travaux pratiques qui sont primordiaux dans cette formation.
Un comité pédagogique permet de suivre et faire évoluer la formation des étudiants

A – Organisation générale de la formation : position du projet
Si plusieurs licences sont proposées ou déjà prises en charge au niveau de l’établissement (même équipe de
formation ou d’autres équipes de formation), indiquer dans le schéma suivant, la position de ce projet par rapport aux
autres parcours.
Socle commun éventuel

SNV- L1 & L2
(L2 : Filière : Biotechnologies)
Parcours proposé
(Harmonisé) Parcours A Parcours B
Néant Néant
BIOTECHNOLOGIE
MICROBIENNE
Autres parcours déjà pris en charge

B - Objectifs de la formation (Champ obligatoire)
- Acquisition des connaissances de base des Biotechnologies microbiennes
- Acquisition des techniques microbiologiques et des méthodes de production de biomasse microbienne
pour les appliquer comme des travaux de routine. Ces techniques montrent l’intérêt des
microorganismes et leur utilisation effective dans le domaine médical, en agro-alimentaire et dans
divers domaines utilisant les microorganismes.
- Connaître rigoureusement les règles d’asepsie, les risques de contamination des cultures
microbiennes à grande échelle et les moyens de protection au cours des manipulations
- Connaissances des microorganismes fixateurs d’azote et acquisition des méthodes d’identification de
couples symbiotiques plante/ bactérie/ champignons mycorhiziens performants en vue de leur
d’exploitation dans les domaines écologique (fixation des dunes et maintien et régénération de la
fertilité des sols) et économique (productions agricoles) dans les régions arides salées et
désertiques, même côtières. Ces connaissances assurent aux étudiants une formation et
compétence répondant aux exigences de la recherche fondamentale et appliquée en microbiologie,
écologie , pédologie et botanique aussi théorique que pratique du point de vue des approches
expérimentales les plus avancées dans le monde
C – Profils et compétences visées (Champ obligatoire) (maximum 20 lignes) :

- Avoir une bonne formation de base en Biotechnologie microbienne et en Microbiologie générale
- Connaître rigoureusement les règles d’aseptie dans les domaines: industriel, agro-alimentaire, médical,
pharmaceutique… et les appliquer correctement
- Etre capable de procéder à partir d’un protocole défini au prélèvement des échantillons biologiques et les
préparer pour des expériences
- Etre capable de manipuler les souches microbiennes des collections d’un laboratoire privé ou public,
industriel ou non en évitant tout risque de contaminations.
- Etre capable de réaliser des cultures de souches microbiennes à grande échelle à partir de culture
réalisée au Laboratoire.
- Etre capable de préserver dans l’environnement les plantes associées aux microorganismes
symbiotiques et les exploiter pour la réhabilitation des sites dégradés .
- Maitriser les méthodes d’isolement et de sélection des souches microbiennes symbiotiques adaptées à
un écosystème et produire des inoculums industriels (biofertilisants) en vue de leur application dans le
domaine agricole.
- Avoir des qualités individuelles d’autonomie, d’initiative, de responsabilité et de rigueur, indispensables à
la conduite d’un travail ou d’un projet.
Enfin être capable de rédiger un rapport ou un projet et l’exposer devant un public.
D – Potentialités régionales et nationales d'employabilité (Champ obligatoire)
Laboratoires de Biotechnologies microbiennes, d’analyses microbiologiques des eaux d’alimentation, de

produits agroalimentaires (yaourts, fromage, conserves, jus de fruits)
- Laboratoire d’analyse microbiologique des semences et des végétaux
- Industries agro-alimentaires et Industries pharmaceutiques : production de biomasse microbienne, de
substances chimiques et thérapeutiques d’origine microbienne
- Stations de traitements des eaux d’alimentation
- Stations de protection de l’environnement : traitements des eaux usées, valorisation des déchets agricoles
et industriels.
- Des entreprises étatiques (exemple EPCT de Terga) ou privées (exemple Rosa entreprise) spécialisées
dans l’exploitation des symbioses plantes /microorganismes pour la préservation de l’environnement
(réhabilitation des sites dégradés) et l’amélioration de la production agricole des légumineuses.

E – Passerelles vers les autres spécialités (Champ obligatoire)
- Poursuite des études en vue de la préparation d’un master en Génie microbiologique, Biotechnologie
développement durable et environnement
- Puis un Doctorat : Biotechnologie microbienne, Biotechnologie des Champignons, Exploitations des
interactions Plantes Microorganismes » en partenariat avec des institutions recherche et d’enseignement
françaises (ESAM, INRA, Université Montpellier II, IRD et le CIRAD)
- Passerelles possibles en Sciences biologiques : Microbiologie, Biochimie, Mycologie, Biologie moléculaire
et génétique, Ecophysiologie végétale.
F – Indicateurs de performance attendus de la formation (Champ obligatoire)

(Critères de viabilité, taux de réussite, employabilité, suivi des diplômés, compétences atteintes…)
Les effectifs sont en moyenne de 40 étudiants. Le taux de réussite est généralement bon (75%) malgré une
faible taux de redoublement des étudiants et parfois des abandons qui semblent être liés à un manque de
moyens financiers pour la poursuite des études en Licence ou à une faible attractivité à cette formation.
Cette Licence a pour but de dispenser les connaissances de base en Biotechnologie microbienne. Elle
familiarisera les étudiants aux techniques de Biologie moléculaire, Génie microbiologique, Génie génétique et
Bioinformatique. Elle permettra une préparation satisfaisante des diplômés pour l’obtention d’un emploi et/ou
des poursuites d’études.
Sur le plan professionnel, les débouchés des titulaires d’un diplôme de niveau BAC + 3 en licence
Biotechnologie microbienne» seront donc des :
 ingénieurs en biotechnologies en entreprises, dans les laboratoires du secteur agroalimentaire,

laboratoires de recherche pharmaceutiques (élaboration de nouveaux produits et de nouveaux
procédés de fabrication, essais en fermenteur) dans des organismes publiques tels que les centres
de recherche (type INRA, CRSTRA…), les centres hospitaliers, les groupes de laboratoires
d'analyses médicales, d’analyse des eaux, organismes de valorisation des déchets agricoles et
industriels.
 adjoints au responsable de laboratoire de contrôle en bio-industrie utilisant les microorganismes
 techniciens qualité assurant les suivis au quotidien des indicateurs qualité sur toute la chaîne de
fabrication des produits issus de culture microbienne.
 des chefs de micro-entreprises de production de biofertilisants pour l’agriculture
 des gestionnaires, des conseillers et vulgarisateurs des projets de réhabilitation des sites et
écosystèmes dégradés par l’utilisation de couples symbiotiques microorganismes-plantes.

C : Équipe pédagogique externe mobilisée pour la spécialité : (à renseigner et faire viser par la faculté ou l’institut)
Établissement de Diplôme Diplôme de spécialité Matière à

Nom, prénom Grade Emargement
rattachement graduation (Magister, doctorat) enseigner
AOUED Linda Université Djilali Liabès Sidi-Bel- DES Microbiologie Doctorat en Microbiologie MCB Microbiologie du
Abbès Sol
Visa du département Visa de la faculté ou de l’institut

D : Synthèse globale des ressources humaines mobilisées pour la
spécialité (L3) :
Grade Effectif Interne Effectif Externe Total

Professeurs 06 00 06
Maîtres de Conférences (A) 04 00 04
Maîtres de Conférences (B) 02 01 03
Maître Assistant (A) 06 00 06
Maître Assistant (B) 02 00 02
Autre (*) 05 00 05
Total 25 01 26
(*) Personnel technique et de soutien
Université d’Oran 1 – Ahmed Ben Bella Biotechnologie Microbienne

6 – Moyens matériels disponibles
A- Laboratoires Pédagogiques et Equipements : Fiche des équipements
pédagogiques existants pour les TP de la formation envisagée (1 fiche par laboratoire)
Intitulé du laboratoire :
Biotechnologie microbienne 1
Biotechnologie microbienne 2
Biologie moléculaire des microorganismes
Biochimie microbienne
Laboratoire de Biotechnologie des Rhizobia et Amélioration des Plantes
(Recehrche)
Intitulé du laboratoire : Biotechnologie alimentaire / microbienne 1

Capacité en étudiants : 15 étudiants /groupe
N° Intitulé de l’équipement Nombre observations
01 Etuve Memmert 01
02 Autoclave Wisd 01
03 Microscopes optiques Optech 03
04 Compteur de colonies 01
05 Balance de précision 01
06 Plaque chauffante agitatrice 01
07 Loupe binoculaire 01
08 Congélateur (en panne) 01
09 Vortex 01
10 Bain Marie 01
11 Réfrigérateur 03
12 Fermenteur 01
Intitulé du laboratoire : Biotechnologie alimentaire / microbienne 2

Capacité en étudiants : 15 étudiants / groupe
01 Four Pasteur 01
02 Etuve 01
03 Autoclave de paillasse 01
04 Plaque chauffante agitatrice 01
05 Balance 01
06 pH mètre 01
07 Loupe binoculaire 01
08 Microscopes optiques Optech 05

Intitulé du laboratoire : Biologie moléculaire des microorganismes
Capacité en étudiants : 15 étudiants / groupe

01 Lyophilisateur 01
02 Centrifugeuse réfrigérée 01
03 Thermo cycler 01
04 Vortex 01
05 Agitateur et plaque chauffante 01
06 pH mètre 01
07 Centrifugeuse à tubes 01
08 Incubateur 01
09 Hotte d'évacuation 01
10 Plaque ultraviolets 01
11 Générateur et cuve 01
12 Chauffage d'appoint à bain d'huile 01
13 Micro -ondes 01
14 Congélateur vertical 01
Intitulé du laboratoire : Biochimie microbienne
Capacité en étudiants : 15 étudiants /groupe

01 Balance 01
02 Centrifugeuse 01
03 Plaque chauffante 01
04 Vortex 01
05 Agitateur 02
06 pH mètre 01
07 Vortex 01
08 Bain Marie 02
09 Spectrophotomètre 01

Intitulé du laboratoire :
Laboratoire de Biotechnologie des Rhizobia et Amélioration des Plantes (Recehrche)
Capacité en étudiants : 20
N° Intitulé de l’équipement Nombre Observations

1 Lyophilisateur 01
2 Collecteur de fractions 01
3 Enregistreur 01
4 Bain marie va et vient 03
5 pH METRE 02
6 Balance de precision 03
7 Kit de tp de biophysique 01
8 Centrifugeuse de paillasse 02
9 Refrigerateur 03
10 Congelateur 03
11 Jeux de micropipettes 06
12 Vortex 03
13 Plaque chaufante 01
14 Agitateur 03
15 Divers verrerie
16 Spectrophotometre uv visible 01
17 PCR 01
18 Hotte microbiologique 01
19 Hotte chimique 01
20 Autoclave grande capacite 01
21 Microscope zeiss 02
22 Centrifugeuse refrigeree 03
23 Phytotron 01

B- Terrains de stage et formations en entreprise (voir rubrique accords / conventions):
Lieu du stage Nombre d’étudiants Durée du stage

Pépinière Rosa entreprise
10 30 jours
Site de bioremédiation EPCT Terga
10 30 jours
- Stage individuel de courte durée suivi d’un
rapport de stage dans des laboratoires concernés
40 10 -15 jours/étudiant
par la production de biomasse microbienne ou
d’analyse microbiologique
-Visites d’installation des secteurs concernés
par les biotechnologies microbiennes (santé,
industries agroalimentaires, protection des 40 10 -15 jours/étudiant
végétaux …)
C- Documentation disponible au niveau de l’établissement spécifique à la formation

proposée (Champ obligatoire) :
 La bibliothèque de la faculté des sciences dispose de l’essentiel des ouvrages nécessaires à la

formation. Néanmoins d’autres ouvrages indispensables doivent être commandés.
 Équipements Informatiques : Connexion internet
 Salle d’informatique du Département de Biotechnologie avec Equipements
informatiques : Connexion internet
 De plus les étudiants peuvent consulter la bibliothèque du laboratoire de Biotechnologie des
Rhizobia et Amélioration des plantes
D- Espaces de travaux personnels et TIC disponibles au niveau du département et

de la faculté :
 Bibliothèque de la faculté des sciences

 Bibliothèque du Laboratoire de biotechnologie des Rhizobia et amélioration des plantes
 centre de calcul

II – Fiche d’organisation semestrielle des enseignements
(Prière de présenter les fiches des 6 semestres)

Unité d’Enseignement VHS V.H hebdomadaire Autres Coeff Crédits Mode d'évaluation
14-16
sem C TD TP Continu Examen
UE fondamentales
UEF 3.1.1(O/P)
Matière 1 : Éléments de génétique 67H30 3H00 1H30 82H30 3 6 x x
moléculaire des micro-organismes
Matière 2 : Taxinomie bactérienne 67H30 1H30 3H00 82H30 3 6 x x
UEF 3.1.2(O/P)
Matière 1 : Physiologie et biochimie de la 67H30 1H30 3H00 82H30 3 6 x x
Fixation biologique d’azote
UE méthodologie
UEM1(O/P)
Matière 1 : Biologie moléculaire 67H30 1H30 3H00 82H30 3 6 x x
Matière 2 : Biochimie microbienne 37H30 1H30 1H00 37H30 2 3 x x
UE découverte
UED1(O/P)
Matière 1 : Gestion des écosystèmes 22H30 1H30 2H30 1 1 x x
UE transversales
UET1(O/P)
Matière 1 : Outils bio-statistiques 45H00 1H30 1H30 5H00 2 2 x x
Total Semestre 5 375H 12 4 9 375H 17 30

Unité d’Enseignement VHS V.H hebdomadaire Coeff Crédits Mode d'évaluation
14-16 C TD TP Autres Continu Examen
sem
UE fondamentales
UEF 3.1.1(O/P)
Matière 1 : Virologie Environnementale et 67H30 3H00 1H30 82H30 3 6 x x
Infectieuse
Matière 2 : Génie Microbiologique 67H30 1H30 3H00 82H30 3 6 x x
UEF 3.1.2(O/P)
Matière 1 : Fermentation Industrielle 67H30 1H30 3H00 82H30 3 6 x x
UE méthodologie
UEM1(O/P)
Matière 1 : les Microorganismes 67H30 1H30 3H00 82H30 3 6 x x
symbiotiques
Matière 2 : Microbiologie du sol 37H30 1H30 1H00 37H30 2 3 x x
UE découverte
UED1(O/P)
Matière 1 : Technologie de l’inoculation et 45H00 1H30 1H30 5H00 2 2 x x
production de biomasse
UE transversales
UET1(O/P)
Matière 1 : Langues vivantes 22H30 1H30 2H30 1 1 x x
Total Semestre 6 375 12 4 9 375 17 30

Récapitulatif global de la formation : (indiquer le VH global séparé en cours, TD,TP…
pour les 06 semestres d’enseignement, pour les différents types d’UE)
UE
UEF UEM UED UET Total
VH
Cours
TD
TP
Travail personnel
Autre (préciser)
Total
Crédits 180
% en crédits pour chaque UE

III - Programme détaillé par matière des semestres S5 et S6
(1 fiche détaillée par matière)
(tous les champs sont à renseigner obligatoirement)

Semestre : 5
Unité d’enseignement Fondamentale 1 (UEF 3.1.1)
Matière 1 : Eléments de génétique moléculaire des microorganismes
Crédits : 6
Coefficient : 3
Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme compétences
après le succès à cette matière – maximum 3 lignes).
Cette unité s’articule autour des aspects structuraux et des mécanismes génétiques et moléculaires mis
en œuvre pour l’expression des gènes chez les bactéries, les micro-organismes eucaryotes et les virus.
Des connaissances fondamentales seront acquises sur l’organisation et le fonctionnement du génome
microbien et la capacité de comparer avec celui des eucaryotes supérieurs (humain).
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances requises pour

pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).
Cette unité nécessite en particulier des connaissances de microbiologie générale, mais également des
connaissances en génétique, biochimie structurale et virologie.
Contenu de la matière :
Partie 1 : Bactéries
Chapitre 1: Le génome bactérien
1. Structure du génome bactérien
1.1. Le chromosome bactérien.
1.2. Les éléments génétiques mobiles
1.2.1. Les plasmides
1.2.1.1. Organisation générale des plasmides
1.2.1.2. Classification des plasmides
- Plasmides R
- Plasmides de fertilité (ou facteur F).
- Plasmides Col
- Plasmides de dégradation.
- Plasmides de virulence
1.2.1.2. Propriétés des plasmides.
1.2.2. Les transposons
1.2.2.1. Structure générale des transposons
1.2.2.2. Différents types de transposons
1.2.2.3. Mécanismes de transposition chez les bactéries
a. Transposition avec réplication du transposon.
b. Transposition conservatrice
c. Conséquences de la transposition sur l’expression du génome bactérien
1.2. Organisation des gènes procaryotes

2. Réplication du génome bactérien
3. Altérations et mécanismes de réparation du génome bactérien
Chapitre 2 : Transferts génétiques horizontaux
1. Transformation
2. Conjugaison
3. Transduction
4. Carte génétique

Chapitre 3: Biosynthèse des protéines
1. Transcription
1.1. Initiation
1.2. Elongation
1.3. Terminaison
2. Mécanisme de traduction
2.1. Synthèse d’un aminoacyl-ARNt.
2.2. Structure st fonction du ribosome.
2.3. Initiation de la traduction.
2.4. Elongation.
2.5. Terminaison.
Chapitre 2: Régulation de l’expression génique

1. Définition et concept de l’opéron.
2. Les opérons inductibles: Opéron lactose.
3. Les opéron répressibles: Opéron tryptophane.
4. Système modulateur d’expression: l’atténuation.
5. Régulation par inversion de séquences d’ADN
Partie 2: Les champignons (La levures comme système modèle)

1. Rappels sur la biologie des levures
1.1. Généralités.
1.2. Culture et nutrition.
2. Le génome des levures.
3. Le trancriptome des levures.
4. Le protéome des levures
5. Analyse des mutations biochimiques, des tétrades
6. Complémentation et conversion génique.
7. Génétique des mitochondries.
Mode d’évaluation :
Contrôle continu et Examen semestriel
Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :
1. Introduction à la microbiologie. Gerard J. Tortora, Berdell R. Funke, Christine L. case. Editions du

renouveau pédagogique Inc. 2003 Anthony J. F. Griffiths, Jeffrey H.
Miller, David T. Suzuki, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart. Edition De Boeck université. 2002.
2. Genetics of Bacteria. Sheela Srivastava. Springer 2013.
3. Génétique- Les grands principes. Daniel L. Hartl, Elisabeth W. Jones. Edition Dunod. 2003.
4. Génétique. William S. Klug, Michael R. Cummings, Charlotte A. Spencer. Edition: Pearson Education
France. 2006

Semestre : 5
Matière 2 : Taxinomie bactérienne
Crédits : 6
Coefficient : 3
Cet enseignement doit aboutir a un diagnostic bactériologique de l’ensemble des bactéries et des
Archaea selon les données de la nouvelle édition du Bergey’s Manual (Vol 1, 2, 3, 4 et 5). En plus des
caractères classiques de détermination des procaryotes, l’apport de l’outil moléculaire sur lequel se
base le Bergey pour l’identification des bactéries et des Archaea est d’une grande importance.

Sans pré requis
1. Introduction à la systématique (Définitions, différentes approches taxonomiques)
2. Les différents groupes bactériens et archaeéns : La présentation se base beaucoup plus sur la
physiologie, la morphologie et l’écologie que sur la phylogénie avec par exemple les bactéries
photosynthétiques sont présentées ensembles même si elles sont réparties dans plusieurs phyla.
III. Les grands phylums bactérien selon la classification du Bergey's Manual : biologie,
taxonomie, morphologie et écologie :
1. Phylum Proteobacteria :
Classe 1: Alphaproteobacteria
Classe 2: Betaproteobacteria
Classe 3: Gammaproteobateria
Classe 4 : Epselonproteobateria
IV. Les cinq Phyla d’Archaea :

Les deux premiers phyla seront étudiés plus en détail car ce sont les plus connus et ceux qui
renferment le plus grand nombre de taxons :
Les Euryarchaeota.
Les Crenarchaeota
Les Koraarchaeota
Les Nanoarchaeota
Les Taumarchaeota
Programme de TP
TP 1 : Les entérobactéries : Coloration de Gram, Tests physiologiques ( type respiratoire, Nitrate
réductase, catalase, oxydase, Métabolisme des glucides sur Galerie API
TP2 : Les autres Bactéries à Gram négatif (Pseudomonas, Vibrio…) : Coloration de Gram, King A et B,
Voie d’attaque des glucides, Antibiorésistance
TP3 : Les bactéries en forme de cocci a Gram positif : Coloration de Gram, Test physiologiques
différentiels entre Streptocoques et Staphylocoques, Test présomptifs et confirmatifs de pathogénicité,
Test de la staphylocoagulase.

TP4 : Les bacilles à Gram positif sporules : Gram avec observation de la spore (forme, position ,
déformance), tests Biochimiques (Indole, Gélatine, hémolyse)
1. Bergeys manual of Determinative Bacteriology Volume 1 (Archaea), 2, 3, 4 et 5 pour les Bacteria.

2. Microbiologie - 2ème Édition, Paul Klein. De Boeck Edition.
3. Dawes, I. W. & Sutherland, I. W. (1992) Microbial Physiology, 2nd edition. Blackwell Scientific
Publications, Oxford.
4. Vilde J. L. et Nauciel C. Introduction à la nouvelle classification bactérienne, les principaux groupes
bactériens (2009) Ed Tech doc.

Semestre : 5
Unité d’enseignement Fondamentale 1 (UEF 3.1.2) :

Matière 1 : Physiologie et Biochimie de la fixation biologique de l’Azote
Crédits : 6
Coefficient : 3
Objectifs de l’enseignement :
Cet enseignement est la suite et l’approfondissement des connaissances acquises en L2 (S4) : U.E. de
Microbiologie générale. Il doit aboutir a mettre en exergue l’importance du phénomène de la fixation
biologique de l’azote d’azote, ses intérêts écologique, économique et les différents microorganismes
utiles impliqués dans le cycle de l’azote
Connaissances préalables recommandées : acquisition de l’ensemble des modules L1 et L2 SNV

Contenu de la matière:
COURS:
1. Introduction et historique (Le cycle de l’azote et son importance)
2. Modes de fixation de l’azote
Naturel (physique, chimique)
Industrielle selon Haber Bosch,
Biologique
3. Les organismes impliqués dans la fixation biologique de l’azote (FBA)
Symbiotiques et libres
La symbiose Rhizobium - Légumineuse
4. fixation d’azote et environnement
- rôle dans l’équilibre des écosystèmes
- rôle dans la regénération et la préservation de la fertilité des sol et reproduction de
- Rôle dans la bioremédiation des sols dégradés et revégétalisation des carrières et mines
5. Fixation d’azote et sécurité alimentaires
- Valorisation biotechnologique des systèmes de production des légumineuses alimentaires.
- Rôle de la Fixation d’azote dans la réduction des jachères
- Les sytèmes de rotation et cultures en associé
Travaux Dirigés:
Techniques utilisées dans l’estimation de la fixation d’azote.
Les principes du fonctionnement de la nitrogénases (cas des fixateurs libre (cyanobactéries) et
fixateurs symbiotiques (Rhizobia et BNL)
Travaux Pratiques :
TP 1 : Les microorganismes impliqués dans la fixation d’azote (cas des rhizobia) :
Isolement, identification (Coloration de Gram, Tests d’efficiences et d’ineffectivité, testsbiochimiques
(type respiratoire, Nitrate réductase, catalase, oxydase, Métabolisme des glucides sur Galerie API
TP2 : Estimation de la fixation d’azote (N15, Réduction de C2H2).
Les principes du fonctionnement de la nitrogénases (cas des fixateurs libre (cyanobactéries) et
fixateurs symbiotiques (Rhizobia et BNL)
TP3 : Principes et critères d’une enquête de terrain
TP4 : Techniques d’échantillonnage et principes de sa réalisation in campo
TP5 : Maitrise de quelques techniques de bioremediation.
Sortie sur terrain et confrontation avec les chefs d’entreprises

Références bibliographiques :
Y. Dommergues, E. Duhoux, H G Diem 2002 Les arbres fixateurs d'azote CIRAD, FAO, IRD Publ. Ed.
Espaces, Montpellier, France.,Revues récentes
Technique in Microbial ecology. Edited by Divers articles récents sur la matière

Semestre : 5
Unité d’enseignement Méthodologique (UEM 3.1.1) :
Matière 1 : Biologie moléculaire
Crédits : 6
Coefficient : 3
Objectifs de l’enseignement
Bases moléculaires du matériel génétique, Contrôle de l'expression génique chez les organismes
procaryotes et eucaryotes & Réarrangements de gènes
Connaissances préalables recommandées

Nature du support de l’information génétique, Réplication de l’ADN. Expression et contrôle du
programme génétique
INTRODUCTION GÉNÉRALE
CHAPITRE 1: L'ADN
1-Découverte et rôle génétique
2-Composition et structure de l'ADN chez les procaryotes
3-Topologie de l'ADN: gyrases, hélicases, topoisomérases
4-Réplication chez E.coli
1-Eléments de la réplication
2-Mécanisme de la réplication
3-Caractéristiques de la réplication
4-Inhibiteurs de la réplication
5-ADN: localisation, structure et composition, organisation et réplication chez les eucaryotes
6-Méthodes d'études des séquences d'ADN
CHAPITRE 2: L'ARN
1-Composition et structure de l'ARN
2-Les différents ARN
2-Transcription de l'ADN en ARN chez les procaryotes (E. coli)
1-Eléments de la transcription
2-Mécanisme de la transcription
3-Inhibiteurs de la transcription
4-ARN: localisation, transcription, chez les eucaryotes
5-Méthodes d'études des séquences d'ARN
CHAPITRE 3: RELATION GENE – PROTÉINE

1-Élucidation du code génétique
2-Caractéristiques du code génétique
3-Le dogme de la biologie moléculaire
4-Cas de gènes de virus
5-Cas de gènes d'eucaryotes
CHAPITRE 4 : LA SYNTHÈSE PROTÉIQUE

1-Composition et structure des protéines
2-Éléments de la Traduction
3-Mécanisme de la traduction

4-Inhibiteurs de la traduction
5-Synthèses protéiques sans ribosome ou ARN messager
7 Traduction chez les eucaryotes.
CHAPITRE 5: EXEMPLES DE RETOMBÉES PRATIQUES DE LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
TRAVAUX PRATIQUES
TP1 : Extraction et purification d’ADN plasmidique.
TP2 : dosage et sizing d’ADN.
TP3 : Amplification d’un gène d’intérêt à partir d'un microorganisme.
Mode d’évaluation : (type d’évaluation et pondération)

- Contrôle continu et Examen
- Exposés (recherche bibliographiques)
Références bibliographiques (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :

-Biologie moléculaire et médecine de J.C Kaplan
- Biologie moléculaire du gène de J. Watson
- Biologie moléculaire de la cellule de A. Bruce

Semestre : 5
Matière 2 : Biochimie microbienne
Crédits : 3
Coefficient : 2
Il s’agit de reconnaitre les microorganismes et leurs enzymes impliqués dans la transformation
(fermentation, valorisation et conservation des aliments. Comprendre le catabolisme de la dégradation
des aliments. Fournir les bases fondamentales de bioénergétique et aborder l'étude des grandes voies
métaboliques qui permettent aux êtres vivants d'acquérir et d'utiliser l'énergie.
Connaissances préalables recommandées

-Microbiologie, biochimie structurale et métabolique
Contenu de la matière
1 - INTRODUCTION
2 - MILIEUX DE CULTURE ET ECHANGES AVEC LA CELLULE
2 - 1 Conditions de croissance
2 - 2 Accessibilité des substrats
3 - METABOLISME ENERGETIQUE ET CONSEQUENCES
3 - 1 Source d’énergie et types trophiques
3 - 2 Transport et devenir des électrons : types respiratoires
3 - 3 Incidence énergétique de l’aérobiose et de l’anaérobiose
4 - METABOLISME DES PRODUITS MINERAUX
5 - CATABOLISME DES GLUCIDES
4 - 1 Dégradation des macromolécules glucidiques
4 - 2 Dégradation du glucose
4 - 3 Métabolisme anaérobie du pyruvate
4 - 4 Métabolisme aérobie du pyruvate
4 - 5 Dégradation des autres sucres
5 - CATABOLISME DES AUTRES COMPOSES ORGANIQUES
5 - 1 Lipides
5 - 2 Protéines
5 - 3 Hydrocarbures
5 - 4 Composés monocarbonés (méthane, méthanol, …)
5 - 5 Alcools
5 - 6 Acides organiques
6 - ANABOLISME
6 - 1 Production de biomasse et de protéines
6 - 2 Production d’acides aminés
6 - 3 Biosynthèse des lipides
6 - 4 Biosynthèse des nucléotides
6 - 5 Biosynthèse des porphyrines
6 - 6 Biosynthèse des vitamines
6 - 7 Biosynthèse des polysaccharides
6 - 8 Biosynthèse des hormones
6 - 9 Biosynthèse des toxines
6 - 10 Biosynthèse des antibiotiques

6 - 11 Biosynthèse des enzymes
7 - RÉGULATION DU MÉTABOLISME MICROBIEN
8 - BIOCONVERSIONS
TRAVAUX DIRIGES:
TD1 : Bioénergétique chez les microorganismes
TD2 : Distributeurs cellulaires d’énergie
TD3 : Mécanismes de régulation enzymatique
Autres TD : Des exercices sur l’influence de divers facteurs sur les réactions enzymatiques, le
catabolisme, oxydation biologique, anabolisme

Références bibliographiques (Livres et polycopiés, sites internet, etc) : Citer au moins 3 à 4

références classiques et importantes.
Delaunary J. (1997) Biochimie travaux TD. Edition Hermann 308 pages
Guiraud J.Y. et Galzy P. (1980). L’analyse microbiologique dans les industries alimentaires. Edition de
l’usine : p 39
Guiraud J.-P. (2003). Microbiologie alimentaire. Dunod – RIA., 696.

Semestre : 5
Unité d’enseignement Découverte 1 (UE D 3.1.1) :
Matière 1: Gestion des écosystèmes
Crédits : 1
Coefficient : 1
Objectifs de l’enseignement : Ce module fournit une formation directement centrée sur le

problématiques environnementales et sur l'analyse intégrée des systèmes écologiques, en relation
étroite avec les impacts engendrés par les activités anthropiques. Il permet l’acquisition d’une vision
synthétique des caractéristiques des écosystèmes et les principes de leur fonctionnement et la mise en
place de nouvelles préconisations de gestion des écosystèmes
Connaissances préalables recommandées : acquisition de l’ensemble des UF L1 SNV
COURS:
1. Gestion des Ecosystèmes
2. gestion des systèmes agraires
3. gestion des systèmes forestiers
4. gestion des territoires
5. environnement, territoire et paysage
6. aménagement et gestion des eaux à l'échelle d'un bassin versant
7. transfert et rétention de l'eau, érosion
8. fonctionnement des sols et contraintes dans les écosystèmes forestiers et les agrosystèmes
9. contaminations, pollution et préservation des ecosystèmes
10. productivité, perturbations et biodiversité
11. biodiversité et fonctionnement des écosystèmes
12. relations gestion / biodiversité (effet des pratiques culturales et de l'aménagement du
territoire sur la flore et la faune
Référence :
1- Davet P., 1996, Vie microbienne du sol et production végétale, INRA- édition Pris
2- Girard MC et al., 2005, sols et environnement, Dunod

Semestre : 5
Unité d’enseignement Transversale (UET 3.1.1) :
Matière 1 : Outils bio-statistiques
Crédits : 2
Coefficient : 2
La biostatistique est à la base de tout protocole de recherche scientifique, de la collecte des données à
l'analyse et l’interprétation des résultats. Avec l’afflux de données génomiques et le développement
croissant des études de populations, que ce soit en génétique, en médecine ou en écologie, la
biostatistique n’est plus réservée à quelques spécialistes mais doit être maîtrisée par l’ensemble des
biologistes et des cliniciens, d’où l’intérêt de dispenser cette enseignement aux étudiants de cette
licence dans un but ultérieur de traitement de tout genre de donnés en relation avec le domaine des
biotechnologies.
1 – RAPPELS MATHÉMATIQUES SUR QUELQUES FONCTIONS UTILISÉES EN BIOLOGIE

1 – Dérivation - intégration
2 – Fonctions de plusieurs variables
3 – Aperçu rapide sur les équations utilisées en biologie
4 – Modèles mathématiques utilisés en biologie
- Rôles des modèles
- Exemples de modèles dynamiques (équations de croissance, proie - prédateur,
compétition )
- Modèles déterministes et modèles probabilistes
2 – RAPPELS DES STATISTIQUES DESCRIPTIVES A 1 OU 2 VARIABLES

1 – Échantillonnage et estimation de paramètres
2 – Représentation sous forme numérique (moyenne, variance, classes modales et coefficient
de corrélation)
3 – Représentation graphique (histogrammes, diagrammes, en tableau)
3 - THÉORIE D’ESTIMATION
1 – Méthodes d’estimation ponctuelle (maximum de vraisemblance, moindres carrés)
2 – Méthodes d’estimation par intervalles de confiance pour une moyenne et pour une
proposition
3 – Les tests de conformité et d'homogénéité
- Test de 2
- Test de Student
- Test de Fisher
- Décision, tests d’hypothèses
- Corrélation
4 - MODÈLES LINÉAIRES
1 – Analyse de la variance à 1 ou 2 facteurs et facteurs hiérarchiques
2 – Régression linéaire simple et multiple et régression pas à pas
3 – Transformation de variables : linéaires, logarithmiques, racines, angulaires

5 – DISTRIBUTION D’ABONDANCE : LES MODÈLES DE MOTAMURA, PRESTON ET MAC
ARTHUR
1 – Modèle log-linéaires
2 – Modèle log-normaux
3 – Modèle Mac-Arthur
4 – Généralisation des modèles de distribution et d’abondance
6 – INITIATION AUX LOGICIELS DE TRAITEMENT DE STATISTIQUES
7 – ANALYSE DES DONNÉES MULTIDIMENSIONNELLES

- ACP
- AFC
- Analyse discriminante
- Analyse des corrélations canoniques
8– ANALYSE DE CLASSIFICATION HIÉRARCHIQUE

1 – Matrice de similitude
2 – Matrice de distance
3 – Dendrogramme

Contrôle continu des connaissances et Examen semestriel
Exposés (étude de cas)
Références bibliographiques
Bio statistique pour les sciences de la vie et de la santé, édition revue et corrigée, Marc Triola, Mario
Triola

Semestre : 6
Matière 1 : Virologie Environnementale et Infectieuse
Crédits : 6
Coefficient : 3
• Acquérir les bases théoriques de la virologie et les techniques de la virologie environnementale et
infectieuse : connaître ce qu’un virus au niveau structurel et moléculaire.
• Appréhender les limites de l’analyse microbiologique conventionnelle et sensibiliser les étudiants aux
nouveaux concepts de la virologie environnementale.
• Acquérir les connaissances nécessaires à la compréhension des interactions microorganismes –
hôtes. Les notions développées dans cette formation permettront d’appréhender les relations
qu’entretiennent les virus avec leur environnement proche, et donneront un aperçu des contraintes
environnementales en lien avec les réponses adaptatives.
Ces notions seront également replacées dans la perspective de la compréhension de pathologies
virales et de l’implication possible des virus en biotechnologie et en thérapeutique. Elles poseront les
limites de l'analyse microbiologique conventionnelle et aborderont les concepts d’évolution-
développement incontournables dans les relations hôtes-pathogènes.

Notion de base microbiologie générale
1. Caractéristiques générales des virus
1.1. Structure
1.2. Classification
1.3. Organisation et expression des génomes viraux.
2. Les acides nucléiques des virus.

2.1. Génomes à ADN.
2.2. Génomes à ARN.
2.3. Cas des bactériophages.
3. Cycle viral
3.1. Cycle lytique
3.2. Cycle lysogénique
4. Réplication du matériel génétique viral

4.1. Réplication des virus à ADN (Model d’étude le bactériophage T4) Réplication des virus à ARN.
Interaction microorganismes-milieu : des migrations vers des lieux plus hospitaliers (tactisme).
4.2. Interaction microorganismes-microorganismes : Notion de biofilms.
4.3. Outils de la microbiologie : méthodes conventionnelles, intérêt et limite. Métagénomique
environnementale. Les virus (humain) dans l'environnement.
4.4. Les microorganismes émergents en santé humaine.
4.5. Interaction virus-hôtes : o les différentes étapes de l'infection virale, exemples choisis.

Programme de TD
1. Les examens virologiques en pratique médicale
2. Diagnostic des infections virales

2.1. Diagnostic direct
a) Microscopie électronique
b) Recherche de virus infectieux après inoculation de culture cellulaire in vitro
c) Détection rapide d’antigène viral directement dans les produits biologiques
d) Détection des génomes viraux directement dans les produits biologiques par PCR
2.2. Diagnostic indirect
1. Traité de virologie médicale » EMSTEM – Deboeck 2003.

2. Les examens virologiques en pratique médicale 278/307
3. Virologie - Jean-Marie Huraux 2006 – 2007
4. Antoine Gessain et Jean-Claude Manuguerra 2006- Les virus émergents. .
5. Christophe PASQUIER, Stéphane BERTAGNOLI, Frédérique MESSUD-PETIT, Jacques IZOPET,
2005- Virologie humaine et animale . Edition DUNOD. 281p.
6. EURY 2002- Virologie humaine. Edition MASSON. 245p 7. Leslie Collier et John Oxford 2004-
Virologie humaine. Broché.
8. JM SEIGNEURI, N P MORAND, 1997- Virologie moléculaire médicale. Edition TEC ET DOC. 486p.

Semestre : 6
Matière 2 : Génie Microbiologique
Crédits : 6
Coefficient : 3
- Acquisition des techniques de collections des cultures de microorganismes

- Acquisition de production de la biomasse microbienne par des méthodes biotechnologiques
- Utilisation des microorganismes dans divers domaines (agro-alimentaire, aquaculture,
environnement, industries pharmaceutiques et chimiques..).

- Connaissances théoriques et pratiques en Microbiologie générale acquises en 2ème année.
- Connaissances de la taxonomie bactérienne, des virus, bactériophages, champignons, micro-
algues)
1- DIVERSITÉ DES MICROORGANISMES

1- Groupes bactériens (cf cours taxonomie bactérienne)
2- Les virus et bactériophages (cf cours Virologie Environnementale et
Infectieuse
3- Généralités sur les .Eucaryotes unicellulaires ou filamenteux (moisissures et
micro-algues ; pour les levures cf. cours Éléments de génétique
moléculaire des microorganismes )
2- CROISSANCE DES POPULATIONS MICROBIENNES

1- Croissance des populations bactériennes
2- Croissance des eucaryotes unicellulaires ou filamenteux
3- Mesure de la croissance microbienne
3- CULTURES DES MICROORGANISMES

1- Culture des microorganismes au laboratoire
2- Les collections de culture de microorganismes (Définition, caractéristiques,
dépôts des souches microbiennes)
3- Culture industrielle des microorganismes
4-1- Les procédés de culture (procédés discontinus, procédés continus)
4-2- Contrôle des activités microbiennes en cours de production
4-3 Production de biomasse microbienne (levures, blanc des champignons
comestibles, moisissures, microalgues…
4-4 Applications de la biomasse microbienne ou des métabolites en industries
agro-alimentaire , pharmaceutiques, cosmétiques, (enzymes, pigments,
antioxydants, biocarburants de 1ère , 2ème et 3ème génération, antibiotiques …),
aquaculture…
4- PROTECTION DE L’ENVIRONNEMENT ET VALORISATION DES DECHETS

1- * Protection de l’environnement

-Traitement des eaux usées des effluents
- Traitement des eaux usées par des micro-algues
- Epuration des effluents gazeux par les micro-algues (CO2 et NOX)
2- : Valorisation des: déchets urbains, déchets cellulosiques, déchets alimentaires,
substances amylacées, copeaux de bois et autres déchets
;
TRAVAUX PRATIQUES
TP 1 : Contrôle microbiologique : air, surfaces, locaux , empreintes digitales., eaux usées des
effluents, ….. ;).
TP 2 : Isolement et purification des micro-organismes à partir de divers milieux naturels ou non : études
des caractéristiques culturales, morphologiques des microorganismes : bactéries, levures,
moisissures et conservation des souches pures à moyenne et longue durée ;
TP 3 : Mesure de la croissance microbienne par des méthodes directes et indirectes
TP 4 : Cinétique de la croissance d’une espèce bactérienne ou fongique
TP 5 : Effets de quelques agents antimicrobiens chimique et gazeux sur la croissance microbienne
TP 6 Influence de quelques facteurs physiologiques sur la croissance microbienne

Références bibliographiques
www.amazon.fr -fr.wikipedia.org/wiki/Écologie_microbienne
Biotechnologie microbienne 2008 , Jiang Ning , Ed. Chinois
Les Biotechnologies, 2001 P. Douzou et G. Durand
Biotechnologie 2009, René SCRIBAN, éditeur ÉDITIONS TEC ET DOC / LAVOISIER
Manuel de Microbiologie, 2011 D. Prieur, C. Geslin, C. Payan , Collection Dunod , 224 pages
Manuel pratique de Microbiologie, 2004 , Perry J. Ed. Dunot.
www.samarcande-bibliotheques.

Semestre : 6
Matière 1 : Fermentation Industrielle
Crédits : 6
Coefficient : 3
- Importance des bactéries et la ermentation dans divers domaines : environnement, agroalimentaires,
santé…- Les méthodes d’isolement, culture, identification
- les fermentations anaérobies
Connaissances préalables recommandées :

- Microbiologie et Biochimie
Contenu de la matière
COURS
Historique
A)- Physiologie microbienne et sélection d’organismes d’intérêt industriel
- Grandes voies métaboliques fermentaires
- Régulation du métabolisme des hydrates de carbones
- Régulation de la biosynthèse des métabolites primaires et secondaires
- Amélioration des souches d’intérêt industriel
B)-. ASPECTS TECHNOLOGIQUES
1-Conduites de fermentations industrielles et alimentaires
- Conduite de cultures microbiennes : cultures batch, semi continue et continue
- Fermentations alimentaires (produits d’origines animales et végétales)
- Exemples de production de molécules à haute valeur ajoutée (non alimentaire)
2. Procédés de fermentation et bioréacteurs
- Définitions
- Phases et mise à l’échelle d’une fermentation
- Différents procédés de fermentation…
- Exemples de modèles de bioréacteurs
3. Les souches microbiennes et leurs milieux de culture…
- Milieux de culture pour les fermentations industrielles
- Stérilisation du milieu de culture et des composés ajoutés…
- Souches microbiennes et préparation de l’inoculum…
4. Le bioréacteur et ses équipements
- Éléments implantés dans la cuve de fermentation…
- La cuve…
- Dispositif de chauffage et de refroidissement
- Aération et agitation…
- Systèmes d’inoculation, d’addition de suppléments et de prélèvement…
5. Suivi de la fermentation et régulation
- Rôles du suivi et de la régulation…
- Paramètres mesurés
- La régulation…
6. Extraction et purification des produits…
- Objectifs et choix des méthodes…
- Méthodes de séparation des particules et des micro-organismes du milieu de culture…
- Extraction du produit

- Concentration et purification du produit
C)-. APPLICATIONS
1. Applications industrielles
- La biomasse
- Les enzymes
- Les métabolites
- Les produits recombinants…
- Les produits issus des bioconversions (ou biotransformations
TRAVAUX DIRIGES
TD1 : Mise en évidence des types respiratoires et des enzymes de la respiration anaérobie.
TD2 : Les milieux de culture des bactéries anaérobies
TD3 : Les conditions de culture des bactéries anaérobies strictes et les méthodes de contrôle
de l’anaérobiose.
TD4 : Les techniques d'isolement et d’identification des bactéries anaérobies.
TD5 : Isolement et détermination de quelques ferments anaérobies (butyriques, cellulolytiques
..)
TRAVAUX PRATIQUES
TP1 : Détermination du type respiratoire
TP2 : Culture des bactéries en anaérobiose.
TP3 : Caractérisation biochimique : recherche de la nitrate réductase, la catalase …

Références bibliographiques (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :

Citer au moins 3 à 4 références classiques et importantes.
Leclerc H., Gaillard J.L., Simonet M. Microbiologie générale: La bactérie et le monde bactérien. Edition
Doin 1995.
Marchal N.,Bourdon J.L., Richard CL. Les milieux de culture pour l’isolement et l’identification
biochimique des bactéries Edition Doin 1991.
-CITRON D.M. Specimen collection and transport, Anaerobic culture techniques, and identification of
anaerobes. Rev Infect Dis. 1984; 6- S51 -S58.
http://anne.decoster.free.fr/anaer/anaer.htm
http://www.techmicrobio.eu/index.php/microbio/systematique-bacterienne/anaerobies-strictes
-http://pharmacie.univ-lille2.fr/recherche/labos/Bacteriologie
-http://www.bacterio.cict.fr/
http://www.emedicine.com/MED/topic3412.htm
http://www.medinfo.ufl.edu/year2/mmid/bms5300/bugs/closper.htmlhttp://www.microbes-
edu.org/etudiant/anaerobies.html

Semestre : 6
Matière 1 : Les microorganismes symbiotiques
Crédits : 6
Coefficient : 3
Appréhender les différents micro-organismes responsables de l’amélioration de la croissance des
plantes ainsi que les mécanismes fondamentaux qui interviennent au niveau moléculaire et cellulaire.
Cette maîtrise est un pré-requis indispensable pour une utilisation raisonnée de micro-organismes
symbiotiques ou associés aux plantes
Connaissances préalables recommandées :
I- Introduction sur les symbioses végétales
II. Les Bactéries nodulant les légumineuses : rhizobia, partenaires, mécanismes de communication,
notion de spécificité, nodulation, taxonomie.
III- Bactéries nodulant les non-légumineuses : Frankia, cyanobactéries
IV- Les endosymbiotes
V- Les Champignons mycorhiziens (mycorhizes à arbuscules, ecto), partenaires, rôle, nutrition
phosphatée et minérale
VI- Les PGPR (plant growth promoting rhizobacteria) : effet direct (nutrition de la plante) et indirect
(induction d’une résistance, BAM)
VII- Comparaison des symbiotes et des parasites : des stratégies communes (quorum sensing,
évolution, îlots génomiques…) Ochrobactrum, proximité bactéries cliniques
Travaux pratiques /Travaux dirigés :
TP1 : Essais d’inoculation par des rhizobia

Principes et critères d’une enquête de terrain
TP2 : Sortie sur terrain, inventaire des légumineuses endémique
TP3 : LES PGPR : Isolement, et identification polyphasique
Contrôle continu et Examen
Référence :
1. Technique in Microbial ecology. Edited by
2. Divers articles récents sur la matière

Semestre : 6
Unité d’enseignement Méthodologique (UE M 3.1.1) :
Matière 2: Microbiologie du sol
Crédits : 3
Coefficient : 2
- Comprendre les fonctions biologiques des sols afin de les intégrer dans les activités d’une
production végétale durable,
- acquérir une pratique de l’analyse du fonctionnement microbiologique d’un sol et discerner
les conditions du milieu ainsi que les pratiques favorables ou défavorables

Contenu de la matière:
COURS:
I. Introduction sur les sols pour insister sur le fonctionnement biologique des sols, matière
organique (vivante, décomposition). Sol = Environnement plante, microbes, vers de terre
II. Introduction : les acteurs d’un sol vivant, réseau trophique du sol
III. La microflore de la rhizosphère: diversité, fonctions, et taxonomie, répartition.
IV. Méthodes utilisées pour l'étude des microorganismes du sol : approche classique et
métagénomique.
V. Biomasse microbienne des sols : estimation, mesure de son activité, indicateur biologique du
fonctionnement du sol.
VI. Les relations écologiques entre micro-organismes: mutualisme, compétition, prédation
VII. Rôle des micro-organismes dans la fertilité et la qualité des sols
VIII. Impacts du milieu tellurique et des pratiques agricoles sur la microflore du sol
Travaux Pratiques :
TP 1 : Les microognanismes rhizosphériques
Isolement, identification (Coloration de Gram, Tests d’efficiences et d’ineffectivité, tests biochimiques
(type respiratoire, Nitrate réductase, catalase, oxydase, Métabolisme des glucides sur Galerie API
TP2 : détermination de leur nombre et leur évolution spatiotemporelle.
TP3 : Les niches rhizosphéques (techniques d’études, répartition en fonction des milieu)
Cas des halophiles, therlmophiles et extremophiles.
Référence :
1- Davet P., 1996, Vie microbienne du sol et production végétale, INRA- édition Pris
2- Girard MC et al., 2005, sols et environnement, Dunod

Semestre : 6
Unité d’enseignement Découverte (UE D 3.2.1) :
Matière 1 : Technologie de l’inoculation et production de biomasse
Crédits : 2
Coefficient : 2
Mettre en application les acquis théoriques par la préparation, la conservation et la l’application d’un
inoculum bactérien sous conditions contrôlés et in situ
COURS:
I. Estimation de la nécessité d’inoculer : enquête nodulaire, estimation de la mycorhization
II. Sélection de souches (critères)
III. Techniques de production et de conditionnement des inoculums (supports)
IV. Inoculums mixtes Rhizobium-Champignons mycorhiziens
V. Dopage des inoculums (facteurs nod etc...))
VI. Techniques d’application (quelques exemples)
VII. Contrôle de qualité des inoculums
VIII. Aspects socio-économiques (au niveau mondial et algérien)
IX. Législation et Réglementation de l’utilisation des inoculum ou « Cadre réglementaire régissant
l’utilisation des inoculums »
X. Conduite d'un essai. Traitement statistique.
Travaux Pratiques :
TP 1 : enquête nodulaire, estimation de la mycorhization et de la nodulation in campo
TP2 : Préparation d’un inoculm mixtes (Rhizobia, Champignons mycorhizien
TP3 : Controôle de qualité d’un inoculum (conrôle biochimique, contrôle microbiologique et estimation
de la vitalité des inocula.
TP4 : Essais d’inoculation au labo, en pépénière et in campo et suivi de la périnité de l’inoculum.
Référence :
Davet P., 1996, Vie microbienne du sol et production végétale, INRA- édition Pris Girard MC et al.,
2005, sols et environnement, Dunod

Semestre : 6
Unité d’enseignement Transversale (UET 3.2.1) :
Matière 1 : Langues vivantes
Crédits : 1
Coefficient : 1
L’anglais est devenu la langue universelle de communications scientifiques et ce premier module
permet aux étudiants d’acquérir les technique est outil d’analyses d’article scientifiques du domaine et
en faire des synthèses et rapports
Connaissances préalables recommandées : notion de bases d’anglais scientifique
Analyse et synthèse d’articles scientifiques
Analyse et élaboration d’articles scientifiques,
Rapports scientifiques et préparation d’un projet
Exposés et Examen oral

V – Curriculum Vitae succinct
De l’équipe pédagogique mobilisée pour la spécialité
(Interne et externe)
(selon modèle ci-joint)

Curriculum Vitae succinct du Pr. Bekki Abdelkader
Nom et prénom : Bekki Abdelkader
Dernier Diplôme et date d’obtention : Doctorat. Université de Nice Sophia Antipolis-France (1986).
Spécialité : Microbiologie et physiologie des symbioses végétale
Grade : Professeur
Etablissement ou institution de rattachement : Université d’Oran 1 Ahmed Ben Bella
Domaines scientifiques d’intérêts :

Biotechnolgie des symbioses racinaire (Rhizobiennes, Mycorhiziennes et actinorhiziennes), Microbiologie
générale, Biodiversité microbienne, Fixation biologique de l’azote atmosphérique, Revegetalisation des sites
miniers et bioremédiation.
Indiquer les 05 dernières publications
1- Chahinez benadis, Abdelkader Bekki, Siham Khoulassa, Zineb Faiza Boukhatem and Jean Jacques Drevon:
Mycorrhizal colonization decreases respiration of common bean nodulated root in hydroaeroponic culture.
received: 31 october 2013 /accepted: 25 february 2014 /published online: 16 march 2014
http://link.springer.com/article/10.1007%2fs13199-014-0277-z/fulltext.html
2--Benselama amel,, Abed nourelhouda, Boukhateme faiza, Ounane S.Mohamed et Bekki Abdelkader (2014),
diversity of rhizobia nodulating lablab purpureus and the effect of the acidity, aluminum and ferric deficit on their
symbiosis. http://www.bipublication.com
3- Amina. A. Mouffak1 Hassini. Tsaki1 Adelkader Bekki 2 & Laid Krabia3 (20014) Bio-Revegetation Impact on
the Physicochemical Characteristics of a Sandy Quarry Soil in Terga Beach Region in Algeria . web.ccsenet.org
4- Alem Y., Benbayer Z., Ighilhariz Z., Bekki A. 2013. Tolérance des rhizobia au stress salin: Rôle
osmoprotecteur des exopolysaccharides produits par des souches isolées à partir du système racinaire de
Médicago(luzerne) provenant de la region oust d’Algérie. European Journal of Scientific Research Vol. 107 No 3
July, pp.414-424
5- Sofiane M. Benyamina1, Fabien Baldacci-Cresp1, Jeremy Couturier2, Kamel Chibani2, Julie Hopkins1,
Abdelkader Bekki3, Philippe De Lajudie4, Nicolas Rouhier2, Jean-Pierre Jacquot2, Genevieve Alloing1, Alain
Puppo1,*,Pierre Frendo . 2012 : Two Sinorhizobium meliloti glutaredoxins regulate iron metabolism and symbiotic
bacteroid differentiation, Environmental Microbiology : 1462-2920.2012.02835.x

Curriculum Vitae succinct de
TALEB Mohammed Zoheïr
Nom et Prénom : TALEB Mohammed Zoheïr
Dernier Diplôme et date Doctorat d’Etat – Décembre 2007
d’obtention :
Spécialité : Sciences de l’Environnement
Grade : Professeur
Fonction : Enseignant
Établissement de Département de Biologie, faculté des Sciences de la
rattachement : Nature et de la Vie, Université d’Oran 01 Ahmed Ben
Bella
Domaines scientifiques Biosurveillance et Gestion des Ecosystèmes,
d’intérêts : Ecotoxicologie, Changement global, Biostatistiques,
Entrepreneuriat
Indiquer les 05 dernières publications :
1- Carla R. Lourenço, Katy R. Nicastro, Christopher D. McQuaid, Rosa M. Chefaoui, Jorge
Assis, Mohammed Z. Taleb & Gerardo I. Zardi, 2017. Evidence for rangewide panmixia
despite multiple barriers to dispersal in a marine mussel. Scientific Reports 7(1)· DOI:
10.1038/s41598-017-10753- 9.
2- Maureen D. Agnew, Clare M. Goodess, Debbie Hemming, Christos Giannakopoulos,
Marco Bindi, Camilla Dibari, Hesham El-Askary, Mamdouh El-Hattab, Mohamed El-Raey,
Roberto Ferrise, Ali Harzallah, Maria Hatzaki, Effie Kostopoulou, Piero Lionello, Salah
Sahabi Abed, Agustin Sanchez- Arcilla, Mohamed Senouci, Rolf Sommer, M.Z. Taleb
And Annalisa Tanzarella, 2013 - Chapter 2: Stakeholders. Regional Assessment of
Climate Change in the Mediterranean. Volume 3, Part I Case Studies. Antonio Navarra &
Laurence Tubiana Editors. Springer Dordrecht Heidelberg New York London. DOI
10.1007/978-94-007-5769-1 : 23-37
3- Maureen D. Agnew, Clare M. Goodess, Debbie Hemming, Christos Giannakopoulos,
Skander Ben Salem, Marco Bindi, Mohamed Nejmeddine Bradai, Camilla Dibari, Hesham
El-Askary, Mutasem El-Fadel, Mohamed El-Raey, Roberto Ferrise, Jose M. Grünzweig,
Ali Harzallah, Abdallah Hattour, Maria Hatzaki, Dina Kanas, Effie Kostopoulou, Piero
Lionello, Theib Oweis, Cosimo Pino, Basil Psiloglou, Salah Sahabi Abed, Agustin
Sanchez-Arcilla, Mohamed Senouci, M.Z. Taleb, And Annalisa Tanzarella, 2013 -
Chapter 3: Physical and Socio-economic Indicators. Regional Assessment of Climate
Change in the Mediterranean. Volume 3, Part I Case Studies. Antonio Navarra &
Laurence Tubiana Editors. Springer Dordrecht Heidelberg New York London. DOI
10.1007/978-94-007-5769-1 : 39-60.
4- Bachir Bouiadjra, B., Taleb, M. Z., Marouf, A., Youcef Benkada, M. & Riadi, H., 2010 -
First record of the invasive alga Caulerpa racemosa (Caulerpales, Chlorophyta) in the
Gulf of Arzew (western Algeria). REABIC, Aquatic Invasions, Volume 5, Supplement 1:
S97-S101.
5- Taleb M. Z., Benali, I., Gherras, H., Ykhlef-Allal, A., Bachir-Bouiadjra, B., Amiard, J-C. &
Boutiba, Z., 2009 - Biomonitoring of environment pollution on the Algerian west coast
using caged mussels Mytilus galloprovincialis. Oceanologia, Polish Academy of
Sciences, 51, 1: 63-84.

Curriculum Vitae succinct du Dr. Rezki Meriem Amina
Nom : REZKI épouse BEKKI

Prénoms : Meriem Amina
Dernier Diplôme et dates d’obtention:
Doctorat en Biotechnologie, 2014 : Université d’Oran1 Ahmed Benbella
Spécialité : Biotechnologie
Grade : Maître de conférence A
Fonction : Enseignant-chercheur
Etablissement de rattachement : Université d’Oran 1 Ahmed Benbella

Domaines scientifiques d’intérêts : Biotechnologie appliquée, Physiologie et biologie des différentes
interactions entre les microorganismes et production de métabolites.
Dernières publications :
- Hassiba Delal, Hassini Tsaki, Meriem Amina Bekki and Abdelkader Bekki (2014): Evaluation and
Modeling of Microbial Population Dynamics of Degraded Sandy Quarry for Their Rehabilitation and Revegetation.
Journal of Agricultural Science. 6(8).
- Meriem Amina Rezki, Laurent Benbadis, Gustavo De Billerbeck, Zoubida Benbayer and Jean Marie
François (2013): Isolation and physiological characterization of indigenous yeasts from some Algerian agricultural
and dairy products. Journal of Yeast and Fungal Research. 4(3): 26-32.
- C. Merabet, A. Bekki, N. Benrabah, M. Baba-hamed Bey, L. Bouchentouf, H. Ameziane, M.A. Rezki, O.

Domergue, J-C Cleyet-Marel, J-C. Avarre, G. Béna, X. Bailly and P. de Lajudie (2006) : Distribution of Medicago
Species and Their Microsymbionts in a Saline Region of Algeria. Arid Land Research and Management. 20: 219-
231.

SEKKOUR Sonia
Nom et Prénom : SEKKOUR Sonia
Dernier Diplôme et date d’obtention : Magister 2008
Spécialité : Exploitation des Interactions plantes microorganimes
Grade : Magister
Fonction : Maitre assistant A
Établissement de rattachement : Université Ahmed Benbella Oran1
Domaines scientifiques d’intérêts : Microbiologies du sol, microorganismes associés aux plantes,
intérêts des associations plantes-microorganismes pour le
secteur agricole et le secteur environnement
1- Z. F. Boukhatem, O. Domergue, A. Bekki, C. Merabet, S. Sekkour, F. Bouazza, R. Duponnois, Ph.
de Lajudie & A. Galiana : Symbiotic characterization and diversity of rhizobia associated with native
and introduced acacias in arid and semi-arid regions in Algeria, FEMS Microbiol Ecol (2012) 1–14.
2-
3-
4-
5-

HASSAÏNE Omar
Nom et Prénom : HASSAÏNE Omar
Dernier Diplôme et date d’obtention : Doctorat en Biotechnologie
Spécialité : Microbiologie appliquée ; Option : Génie Microbiologique
Grade : Maître de Conférences « A ».
Fonction : Enseignant-Chercheur
Établissement de rattachement : Université d’Oran 1 –Ahmed BENBELLA
Domaines scientifiques d’intérêts : - Microbiologie Appliquée
- Biologie Moléculaire
- Génie Génetique
- Bioinformatique
- Modélisation mathématique par des plans d’expériences
1- Omar HASSAÏNE, Halima ZADI-KARAM & Nour-Eddine KARAM. (2014).
Statistical optimization of lactic acid production by Lactococcus lactis strain, using the central composite
experimental design.
African Journal of Biotechnology
Vol. 13(45), pp. 4259-4267, 05 November 2014.

Evaluation of Biogenic Amines Formation by Proteolytic Enterococci Strains Isolated from Raw Dromedary
Milks from Southern Algerian.
Journal of Food Safety
29 (2009) 381–393
3- Omar HASSAÏNE, Halima ZADI-KARAM & Nour-Eddine KARAM. (2008)

Phenotypic identification and technological properties of lactic acid bacteria isolated from three breeds
dromedary raw milks in south Algeria.
Emir. J. Food Agric
2008. 20 (1): 46-59

Technologically important properties of lactic acid bacteria isolated from raw milk of three breeds of Algerian
dromedary (Camelus dromedarius),
African Journal of Biotechnology
Vol. 6 (14), pp. 1720-1727, 18 July 2007
5-

KARAM Nour-Eddine
Nom et Prénom : KARAM Nour-Eddine
Dernier Diplôme et date Doctorat d’Etat, 1995
d’obtention :
Spécialité : Biologie moléculaire
Grade : Professeur
Fonction : Enseignant
Établissement de rattachement : SNV, Université d’Oran 1
Domaines scientifiques d’intérêts : Biologie moléculaire, Génétique, Microbiologie
1- Khadidja KALBAZA, Halima ZADI-KARAM and Nour-Eddine KARAM 2018 Identification and major
technological characteristics of Lactococcus and Lactobacillus strains isolated from "hamoum", an
Algerian fermented wheat. African Journal of Biotechnology Vol. 17(5), pp. 108-117, 31 January,
DOI: 10.5897/AJB2017.16205 Article Number: 594208855812, ISSN 1684-5315
2- Miloud BENAISSA, Halima ZADI-KARAM and Nour-Eddine KARAM 2017 Development of a sweet
whey-based medium for culture of Lactobacillus, African Journal of Biotechnology, Vol. 16(30), pp.
1630-1637, 26 July, DOI: 10.5897/AJB2017.16088
Article Number: 81F86DB65437 ISSN 1684-5315
3- Fatima Zohra BOUNOUALA, Salima ROUDJ, Nour-Eddine KARAM, Isidra RECIO, and Beatriz
MIRALLES 2017 Casein Hydrolysates by Lactobacillus brevis and Lactococcus lactis, J Agric Food
Chem. Oct 25;65(42):9324-9332. doi: 10.1021/acs.jafc.7b03203.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28965394
4- Imène Kersani*, Halima Zadi-Karam and Nour-Eddine Karam 2017 Screening of
exopolysaccharide-producing coccal lactic acid bacteria isolated from camel milk and red meat of
Algeria. African Journal of Biotechnology, Vol. 16(18), pp. 1078-1084, 3 May, DOI:
10.5897/AJB2017.15907 , Article Number: B9AC9F464069 , ISSN 1684-5315
5- K. BELKHEIR1, J.A. CENTENO2, H. ZADI KARAM1, N.E. KARAM1 and J. CARBALLO 2016
POTENTIAL TECHNOLOGICAL INTEREST OF INDIGENOUS LACTIC ACID BACTERIA, FROM
ALGERIAN CAMEL MILK. Ital. J. Food Sci., vol 28, 598-611

Curriculum Vitae succinct de FORTAS Zohra
Nom et prénom : FORTAS Zohra

Date et lieu de naissance : 04-04-1948 à Oran
Mail et téléphone : Torfez2000@yahoo.fr, Tél : 041 32 42 28
Grade : Professeur
Etablissement ou institution de rattachement : Université d’Oran 1 , Ahmed Benbella
Diplômes obtenus (graduation, post graduation, etc…) avec date et lieu d’obtention et spécialité :
- Licences Sciences Naturelles : 1974, Faculté des Sciences, Univ. Oran es sénia
- D.E.A en Mycologie : 1975 Institut de Biologie, Univ.'Oran es sénia
- Doctorat 3ème Cycle en Mycologie appliquée : 1980, Institut de Biologie et des Sciences de la
terre, Univ. Oran es sénia
- Doctorat d’Etat es Sciences en Mycologie appliquée et Phytopathologie : 1990 , INRA Clermont-
Ferrand/ Université d'Oran es sénia .
Compétences professionnelles pédagogiques (matières enseignées etc.)

En graduation DES, Ingéniorat, Licence L3 et Master1 :
- Génie microbiologique : Cours, TD
- Microbiologie générale : Cours, TD, TP
- Microbiologie alimentaire, Microbiologie de l’environnement : Cours, TD, TP
- Mycologie et algologie : Cours, TD, TP
- Mycologie appliquée : Cours, TD

Curriculum Vitae succinct de KARAM Halima née ZADI
Nom et prénom : KARAM Halima née ZADI
Date et lieu de naissance : 30-01-51 à Constantine
Mail et téléphone : karam_halima@yahoo.fr ;Tél: +213 41 43 35 22 Mob : +213 5 50 66 65 09
Grade : Professeur
Etablissement ou institution de rattachement : Université d’Oran 1, Ahmed Benbella
-Thèse de Doctorat d'Etat, 1998, Université de Constantine
- Thèse de Docteur-Ingénieur, 1981, publiée à la Bibliothèque Universitaire, Faculté des Sciences, 91105 -
Orsay, France.

Microbiologie alimentaire
Biochimie microbienne
Bio ingénierie et fermentation

DIB Soulef épouse BELLAHOUEL
Nom et Prénom : DIB Soulef épouse BELLAHOUEL
Dernier Diplôme et date d’obtention : Doctorat en Sciences, 2012
Spécialité : Microbiologie appliquée
Grade : Maître de Conférences A
Fonction : Enseignante- chercheuse
Établissement de rattachement : Univ. d’Oran 1 Ahmed Ben Bella
Domaines scientifiques d’intérêts : Microbiologie, Mycologie, Biologie moléculaire, Chimie
1- Mokhtaria Dehar, Seghier Ould-kada1, Zohra Fortas, Soulef Dib-Bellahouel, 2016. Effect of the Chemical
Structure of m and p N-vinylbenzylidene of 5-methyl-thiazole and 1,2,4-triazole on Antimicrobial Activity,
32(4). pp. 2043-2049.
2- Dib-Bellahouel S., Fortas Z., 2014. Activity of the desert truffle Terfezia boudieri Chatin, against associated
soil microflora. African journal of microbiology research, 8(32), pp.3008-3016.
3- Dib-Bellahouel S., Fortas Z., 2011. Antibacterial activity of various fractions of ethyl acetate extract from the
desert truffle, Tirmania pinoyi, preliminarily analyzed by gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS).
African Journal of Biotechnology, 10(47), pp. 9694-9699.
4- Fortas Z., Dib-Bellahouel S., 2009. Mise en évidence des activités antimicrobiennes des extraits de terfez et
essais de leur identification chimique. Revue des substances naturelles et innovation thérapeutique. pp.23-
26.
5- Fortas Z., Bellahouel-Dib S., 2007. Extraction des substances bioactives des terfez d’Algérie et mise en
évidence de leur activité antimicrobienne. Revue des régions arides. pp. 2080-2082.

BOUBLENZA FAIZA
Nom et Prénom : BOUBLENZA FAIZA
Dernier Diplôme et date d’obtention : Doctorat en Biotechnologie
Spécialité : Microbiologie appliquée
Grade : MCB
Fonction : Enseignante
Établissement de rattachement : Université d’ORAN 1 AHMED BENBELLA
Domaines scientifiques d’intérêts : Stress physicochimiques et nutritionnels chez les bactéries
lactiques
1- BoublenzaFaiza, Halima Karam&Nour-EddineKaram (2011). Physiological responses
of salt stress and osmoprotection with proline in two strains of lactococci isolated from
camel’s milk in Southern Algeria. African Journal of Biotechnology(ISSN 1684–5315),
Vol. 10(83), pp. 19429-19435.Available online at http://www.academicjournals.org/AJB
2- BoublenzaFaiza, Baghdad Belhadj Fatima Zohra, Zadi Karam Halima,Karam
Nour-Eddine (2018). The effects of thermal, osmotic and acid stress on
Lactobacillus plantarum and Lactobacillus brevis .International Journal of
Biosciences(ISSN 2220-6655),Vol.12(1). pp51-64.Available online at
http//dx.doi.org/10.12692/ijb/12.1.51-64.
3-
4-
5-

Curriculum Vitae succinct de TIAB RAFIKA
Nom et prénom : TIAB RAFIKA

Date et lieu de naissance : 09-03-1977 a MASCARA
Mail et téléphone : rafika.tiab@gmail 07 91 32 66 36
Grade : Maitre Assistante A
Etablissement ou institution de rattachement : Université d’Oran 1 Ahmed Ben Bella.
- Licence Anglais , 2003, Université d’Oran es-senia
- Magister en Littérature Anglais, 2007, Yarmouk University Jordan

- Enseignement : Anglais Scientifique

ZITOUNI-HAOUAR Fatima El-Houaria
Nom et Prénom : ZITOUNI-HAOUAR Fatima El-Houaria
Dernier Diplôme et date d’obtention : Doctorat en Sciences, Octobre 2016
Grade : Maitre de Conférences « B »
Fonction : Enseignante-Chercheuse
Établissement de rattachement : Département de Biotechnologie, Faculté des Sciences de la Nature et
de la Vie, Université d’Oran 1, Ahmed Ben Bella
Domaines scientifiques d’intérêts : Taxonomie moléculaire et diversité génétique des Ascomycètes
Technologie de la culture et de la production à grande d’échelle du
mycélium des champignons mycorhiziens
Diversité des associations mycorhiziennes
1- Zitouni-Haouar F.E-H., Carlavilla J.R., Moreno G., Manjón J.L. & Fortas Z., 2018. Genetic diversity of the
genus Terfezia (Pezizaceae, Pezizales): New species and new record from North Africa. Phytotaxa 334 (2):
183–194. (Impact Factor: 1.24).
2- Zitouni-Haouar F.E-H., Alvarado P., Sbissi I., Boudabous A., Fortas Z., Moreno G., Manjón J.L., Gtari M.,
2015. Contrasted Genetic Diversity, Relevance of Climate and Host Plants, and Comments on the
Taxonomic Problems of the Genus Picoa (Pyronemataceae, Pezizales). Plos One 10 (9): e0138513.
doi:10.1371/ journal. pone.0138513 (Impact Factor: 3.23).
3- Zitouni-Haouar F.E-H., Fortas Z., Chevalier G., 2014. Morphological characterization of mycorrhizae formed
between three Terfezia species (desert truffles) and several Cistaceae and Aleppo pine. Mycorrhiza 24:397–
403. (Impact Factor: 3.46; Springer Publications).
4-
5-

BOUCHENTOUF Leila
Nom et Prénom : BOUCHENTOUF Leila
Spécialité : Microbiologie
Grade : MAA
Établissement de rattachement : Univ. Ahmed Ben Bella, Fac. Science de la nature et de la vie
Domaines scientifiques d’intérêts :
1-
2-
3-
4-
5-

[NEGGAZ SAMIR]
Nom et Prénom : NEGGAZ SAMIR
Dernier Diplôme et date d’obtention : DOCTORAT EN SCIENCES
Spécialité : BIOTECHNOLOGIE MICROBIENNE
Grade : MAB
Fonction : ENSEIGNANT CHERCHEUR
Établissement de rattachement : UNIVERSITE D’ORAN1 AHMED BEN BELLA
FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE
DEPARTEMENT DE BIOTECHNOLOGIE
Domaines scientifiques d’intérêts : ACTIVITE BIOLOGIQUE DES TRUFFES DU DESERT ET
SUBSTANCES BIOACTIVES
1- S. Neggaz, Z. Fortas, M. Chenni, D. El Abed, B. Ramli, N. Kambouche. 2015. In vitro
evaluation of antioxidant, antibacterial and antifungal activities of Terfezia claveryi Chatin.
Phytothérapie, Springer. ISSN: 1765-2847, DOI 10.1007/s10298-015-0993-4.
2- S. Neggaz and Z. Fortas. 2013. Tests of Antibiotic Properties of Algerian Desert Truffle
against Bacteria and Fungi. Journal of Life Sciences, ISSN 1934-7391, USA .Vol. 7, No. 3,
pp. 259-266.
3- S. Neggaz, Z. Fortas, M. Chenni, D. Elabed, B. Ramli, N. Kambouche. Antimicrobial
activity of Algerian desert truffle: Terfezia claveryi Chatin. 1er colloque international de
Biosciences (les métiers de la biologie), Oran le 28 et 29 octobre 2017.
4- S. Neggaz, Z. Fortas, Chenni. M, Elabed.D, Ramli. B, Kambouche.N. Antioxidant
properties of Terfezia claveryi Chatin. 1er colloque international de Biotechnologie
Végétale et Microbienne, Oran le 2 et 3 décembre 2014.
5- S. Neggaz, Z. Fortas and M. Chenni. Antifungal activity of Algerian desert truffle: Tirmania
pinoyi, against Candida albicans. International congress on aromatic and medicinal plants,
Sidi bel abbes Algérie 8-10 mai 2012.

KAZOUZ Hafida
Nom et Prénom : KAZOUZ Hafida
Grade : M.A.A.
Établissement de rattachement : Université d'Oran 1 Ahmed Ben Bella
Domaines scientifiques d’intérêts : Phytothérapie et intérêts des plantes, Biochimie
1-
2-
3-
4-
5-

SAAD Dahbia
Nom et Prénom : SAAD Dahbia
Dernier Diplôme et date d’obtention : Magister en Biotechnologie
Grade : Maitre Assistante « A »
Domaines scientifiques d’intérêts : Microbiologie, Biologie moléculaire, Biochimie
1-
2-
3-
4-
5-

OUSLIM Sarah
Nom et Prénom : OUSLIM Sarah
Dernier Diplôme et date d’obtention : Doctorat LMD, Octobre 2017
Grade : Maitre Assistante « B »
Domaines scientifiques d’intérêts : Biologie moléculaire, Microbiologie, Biochimie
1-
2-
3-
4-
5-

Curriculum Vitae succinct de ROUDJ Salima
NOM et Prénoms : ROUDJ Salima

Date et lieu de naissance : 06/12/1959 à Cherchell
Mail et téléphone : salimaroudj06@yahoo.fr Tél : 0771 62 33 37
Grade : MCA
Etablissement de rattachement : Université d’Oran 1 Ahmed BENBELLA
Diplômes obtenus (graduation, post graduation, etc…) avec date, lieu d’obtention et
spécialité :
- Diplôme de DES, Septembre 1985 à l’USTHB. Spécialité Biologie animale option
Biochimie
- Diplôme de Magister, Octobre 1995 à l’USTHB Spécialité Biologie animale option
Biochimie
- Diplôme de Doctorat d’Etat ès Sciences : novembre 2010 Spécialité Biologie
option Biochimie Microbienne à l’université Oran 1 Ahmed Ben Bella.
Compétences professionnelles pédagogiques (matières enseignées ou autres activités

en graduation DES, Ingéniorat, Licence L3 et Master1) :
Matières enseignées en graduation DES :
- Physiologie cellulaire et moléculaire (Filière BPC) : TD ; TP
- Biochimie structurale et métabolique : Cours ; TD
- Enzymologie : TD
- Encadrement des étudiants pour le mémoire de fin d’études
Matières enseignées en graduation ingéniorat :
- Enzymologie ; Génie enzymatique : Cours ; TD
- Encadrement des étudiants dans le cadre du mémoire d’ingéniorat
Matières enseignées en graduation L3 ; Master 1et 2
- Biochimie microbienne : cours ; TD (L3)
- Biochimie microbienne : cours (M1)
- Génie enzymatique : cours TD (M2)
- Encadrement des étudiants pour le mémoire de Master

GHERMI Mohammed
Nom et Prénom : GHERMI Mohammed
Dernier Diplôme et date d’obtention : Master et équivalence Magister
Grade : Maitre Assistante « A »
Domaines scientifiques d’intérêts : Immunologie, Biologie moléculaire
1-
2-
3-
4-
5-

BOUAZA MAROUF Khadidja
Nom et Prénom : BOUAZA MAROUF Khadidja
Dernier Diplôme et date d’obtention : Doctorat LMD, Octobre 2017
Grade : Maitre Assistante « B »
Domaines scientifiques d’intérêts : Biologie moléculaire, Microbiologie, Biochimie
1-
2-
3-
4-
5-

Curriculum Vitae succinct de MERABET Chahinez
NOM et Prénoms : MERABET Chahinez

Date et lieu de naissance : 21/06/1975 à Oran
Mail et téléphone : merabetch@yahoo.fr Tél :
Grade : Professeur
Etablissement ou institution de rattachement : Université d’Oran 1, Ahmed Ben Bella
Diplômes obtenus (graduation, post graduation, etc…) avec date, lieu d’obtention et
spécialité :
- Diplôme de DES : Oran, 1997 : Microbiologie

- Diplôme de Magister : Oran, 2002 : Microbiologie appliquée et Phytopathologie
- Diplôme de Doctorat : Oran, 2007 : Biologie
- Habilitation : Oran, 2011
Compétences professionnelles pédagogiques (matières enseignées ou autres activités

en graduation DES, Ingéniorat, Licence L3 et Master1)
-Matières enseignées en Ingéniorat, licence L3, Master : Bioinformatique, taxonomie

polyphasique, diversité et évolution des symbioses /TP de microbiologie et bioinformatique
-Encadrement : ingénieurs d’état, Master, doctorat et co-encadrement Magister.

VI - Avis et Visas des organes Administratifs et Consultatifs
Intitulé de la Licence : Biotechnologie Microbienne
Chef de département + Responsable de l’équipe de domaine
Date et visa Date et visa
Doyen de la faculté (ou Directeur d’institut)
Date et visa :
Chef d’établissement universitaire
Date et visa

VII – Avis et Visa de la Conférence Régionale
(Uniquement dans la version définitive transmise au MESRS)
VIII – Avis et Visa du Comité pédagogique National de Domaine

(Uniquement dans la version définitive transmise au MESRS)


2 Canevas Licence - Biotechnologie Microbienne

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RÉPUBLIQUE ALGÉRIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIRE

MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR

Université d’Oran 1 Sciences de la Nature et Biotechnologie

Domaine Filière Spécialité

Sciences de la Nature et Biotechnologies Biotechnologie

Université d’Oran 1 – Ahmed Ben Bella Biotechnologie Microbienne

‫وزارة التعليــن العالــي و البحــث العلمــي‬

‫القسن‬ ‫الكليت‪ /‬المعهذ‬ ‫المؤسست‬

‫بيوتكنولوجيا‬ ‫علوم الطبيعت والحياة‬ ‫جامعت وهران ‪1‬‬

‫التخصص‬ ‫الفرع‬ ‫الميذان‬

‫البيوتكنولوجيا‬ ‫بيوتكنولوجيا‬ ‫علوم الطبعت والحياة‬

‫‪Université d’Oran 1 – Ahmed Ben Bella‬‬ ‫‪Biotechnologie Microbienne‬‬ ‫‪Page 2‬‬

I - Fiche d’identité de la licence----------------------------------------------------------------------- p

II - Fiches d’organisation semestrielle des enseignements de la spécialité (S5 et S6)--- p

III - Programme détaillé par matière des semestres S5 et S6---------------------------------- p

VI – Curriculum Vitae succinct de l’équipe pédagogique mobilisée pour la spécialité--- p

VI - Avis et Visas des organes administratifs et consultatifs------------------------------------ p

VII – Avis et Visa de la Conférence Régionale------------------------------------------------------- p

VIII – Avis et Visa du Comité Pédagogique National de Domaine (CPND)------------------ p

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Faculté (ou Institut) : Sciences de la Nature et de la Vie

- Références de l’arrêté d’habilitation de la licence (joindre copie de l’arrêté) :

Arrêté de la filière BIOTECHNOLOGIES :

LICENCE : BIOTECHNOLOGIE MICROBIENNE :

Arrêté n° 1592 du 06 Octobre 2016 modifiant l’annexe de l’arrêté n° 765 du 05 août

NB : Les programmes de la licence Biotechnologie microbienne est le fruit d’une fusion

- Arrêté N°160 du 07 Août 2008 ; « Production et Valorisation des Microorganismes »

- Département de Biologie, Université d’Oran 1

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Socle commun éventuel

(L2 : Filière : Biotechnologies)

Autres parcours déjà pris en charge

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C – Profils et compétences visées (Champ obligatoire) (maximum 20 lignes) :

D – Potentialités régionales et nationales d'employabilité (Champ obligatoire)

Laboratoires de Biotechnologies microbiennes, d’analyses microbiologiques des eaux d’alimentation, de

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F – Indicateurs de performance attendus de la formation (Champ obligatoire)

 ingénieurs en biotechnologies en entreprises, dans les laboratoires du secteur agroalimentaire,

 adjoints au responsable de laboratoire de contrôle en bio-industrie utilisant les microorganismes

 des chefs de micro-entreprises de production de biofertilisants pour l’agriculture

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Établissement de Diplôme Diplôme de spécialité Matière à

Visa du département Visa de la faculté ou de l’institut

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Grade Effectif Interne Effectif Externe Total

(*) Personnel technique et de soutien

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Intitulé du laboratoire : Biotechnologie alimentaire / microbienne 1

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations

Intitulé du laboratoire : Biotechnologie alimentaire / microbienne 2

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations

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Capacité en étudiants : 15 étudiants / groupe

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations

Intitulé du laboratoire : Biochimie microbienne

Capacité en étudiants : 15 étudiants /groupe

N° Intitulé de l’équipement Nombre observations

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N° Intitulé de l’équipement Nombre Observations

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