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NOTES DE COURS DE MICROBIOLOGIE INDUSTRIELLE

2ème Licence Biologie Moléculaire

Professeur YANDJU D.L Marie Claire

Juhieur Mbikulu
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PLAN DU COURS
CHAPITRE I : INTRODUCTION :
 Les biotechnologies et les microorganismes dans l’industrie
 Les différents groupes des microorganismes utilisés dans l’industrie
Les conditions d’utilisation des microorganismes

CHAPITRE II : LES BIO RÉACTEURS

 Composition des bioréacteurs
 La stérilisation des bioréacteurs
 Systèmes de culture
Les techniques de conservation des produits dans l’industrie
 La lyophilisation
 L’atomisation
 Le séchage à la chaleur sèche et chaleur humide)
 L’utilisation des conservant chimique
CHAPITRE III : LES TYPES MÉTABOLIQUES DANS L’INDUSTRIE
 La production de la biomasse
 La production des cellules aliments
 Les fermentations
 La production des enzymes
 La production des métabolites primaires et secondaires
 Autoépuration des eaux usées

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CHAPITRE IV : LES OGM ET L’INDUSTRIE DE FERMENTATION

CHAPITRE I : INTRODUCTION
 Les biotechnologies et les microorganismes dans l’industrie
 Les différents groupes des microorganismes utilisés dans l’industrie
 Les conditions d’utilisation des microorganismes
1.1Les biotechnologies et les microorganismes dans l’industrie
2 Les microorganismes sont utilisés:
2.1 dans diverses industries
2.2particulier dans les industries alimentaires
3 buts variés notamment :

Existences des technologies traditionnelles empiriques a conduit à la

naissance des industries diverses
Les problèmes qui semblent le plus se poser sont :
-l’amélioration des souches des microorganismes
-l’immobilisation d'enzymes et microorganismes
-l’utilisation de nouveaux enzymes en milieux aqueux et exploitation de
l'aptitude de certains enzymes à la catalyse dans des milieux apolaires peu
hydratés (réaction inverse)
-la production d'ingrédients par voie métabolique
-le recherche des méthodes enzymatiques et immunologiques et tests rapides en
microbiologie pour le contrôle qualité.
En biotechnologie, on distingue deux générations :
1. La première génération comprend :
-la production et utilisation d'enzymes d’origine biologique pour la production
des biens et services par la sélection de microorganismes et amélioration par
des agents mutagènes.
-les bioconversions à travers les procédés de fermentation et de culture
cellulaire.
2. La seconde génération plus avancée comprend
-l’application du génie génétique
-l’utilisation des anticorps monoclonaux et des biocapteurs.
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L'application des enzymes dans les procédés alimentaires s'est montrée

concluante pour notamment :
 la production de sirops de sucre, fructose et hydrolysats de protéines
 la modification de la coagulation du lait
 l'attendrissement des viandes,
 la stabilisation de la bière,
 la suppression de l'amertume des jus de citrons
 l'inter- estérification des matières grasses
 l’amélioration des procédés tels que l'extraction des jus de fruits, des
huiles, la filtration de la bière ou l'affinage des fromages
le contrôle et l'utilisation de biocapteurs
 Les microorganismes jouent également un rôle-clé en technologie
alimentaire et notamment :
- la sélection de levures pour les boissons fermentées, ayant des
caractéristiques spécifiques de croissance, de résistance à des facteurs
physiques et chimiques
- l'amélioration des souches de bactéries lactiques ayant des aptitudes
fermentaires spécifiques du lactose, galactose ....
Une résistance aux phages ou des effets pro biotiques par exemple.
Enfin, l'industrie alimentaire dispose déjà de nombreux tests immuno-
enzymatiques pour tester la qualité et la sécurité des produits.
Ceux-ci peuvent en effet donner une réponse sur l'origine de protéines (soja,
caséine, gluten...) les additifs présents (quinine) les contaminants biologiques
(hormones, toxines bactériennes ou fongiques) et chimiques (pesticides,
herbicides, antibiotiques, hydrocarbures...).

L'apport des biotechnologies dans le secteur alimentaire est donc

aujourd'hui incontestable et les potentialités encore nombreuses.
1.2 Les différents groupes des microorganismes utilisés dans l’industrie
 Les moisissures et les levures
L’intérêt économique des champignons repose sur leur capacité à produire une
grande diversité de molécules. Depuis la plus haute Antiquité, les espèces
fongiques ont joué un rôle de premier ordre dans l’alimentation humaine :
vinification, panification, brasserie, fromagerie ;
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 Les levures sont les plus utilisées dans l’industrie avec environ 80 genres
et le tiers des 590 espèces connus ; soit dans les fermentations et les
transformations alimentaires, soit dans la fabrication des antibiotiques et
autres substances chimiques.
 Dans la plus part des cas ce sont les saprophytes mais le groupe le plus
étudié c’est le genre Saccharomyces avec les espèces : S.cerevisiea.
Les bactéries
 En raison de leurs propriétés, les bactéries peuvent être assimilées
soit
 à des organismes nuisibles qu’il peut détruire
 à des sacs à enzymes responsables de nombreux processus vitaux.
 Leurs présences dans le milieu environnant devra présenter
 D’importantes répercussion. Certaines bactéries décomposent ou
dégradent les tissus végétaux ou animaux morts ; ces substances sont
recyclés et rentabilisées comme nutriment par d’autres organismes.
D’autres synthétisent les produits azotés à partir de l’atmosphère ou élaborent
des glucides à partir de CO2.
 Les bactéries peuvent aussi détériorer les produits alimentaires, elles
peuvent transformer des polluants en substances inoffensives etc..
 Les aliments sont constitués des protéines, glucides lipides, vitamines et
des minéraux. Ils constituent ainsi un excellent milieu de culture pour des
nombreux microorganismes dont les bactéries.
 Dans l’industrie alimentaire, les bactéries jouent un rôle important.
 Leur présence dans les aliments, leurs types, nombre est un indicateur de
la qualité de la nourriture sur les conditions sanitaires prévalant dans les
endroits ou l’aliment a été produit ou traité.
 peuvent provoquer l’avarie des aliments
 peuvent être utilisées pour la production d’aliment particulier
 peuvent être utilisées comme aliment ou supplément alimentaire
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Les conditions d’utilisation des microorganismes

 L’utilisation des microorganismes dans l’industrie implique un certain
nombre des conditions qui détermine la rentabilité de l’action
microbienne dans la production industrielle.
 Pour qu’une activité métabolique soit utilisée dans l’industrie il faut réunir
les conditions suivantes:
 Le microorganisme doit être de culture facile sur un milieu défini, peu
coûteux et répondant aux manipulations génétiques empiriques, doit être
capable de maintenir les propriétés physico-chimiques d’origine stable
dans l’industrie. Dans l’industrie alimentaire le microorganisme ne doit
pas être pathogène ni produire les toxines même à faible quantité.
 Le substrat doit être peu coûteux, facile à manipuler dont la disparition
doit être facile à mesurer.
 Les produits obtenus doivent être de qualité et de quantité stable. La
prolifération des microorganismes ne doit en aucun cas gêner l’extraction
des produits
 Le microorganisme doit être facile à cultiver,
 Il existe différentes possibilités de le déclanchement des fermentations:
 Déclenchement spontané
 Dans beaucoup de cas le substrat contient une flore originelle qui peut
entraîner le démarrage spontané de la fermentation. Pour que celle-ci soit
efficace, il faut que la flore initiale du type souhaité soit abondante et en
bon état physiologique.
 Il faut également que les conditions nutritionnelles et physico-chimiques
du substrat lui soient favorables.
 Ce type de mise en œuvre se rencontre dans l’œnologie, en fromagerie,
plus rarement en brasserie.
 Il faut noter que ce type de fermentation met en œuvre des flores
complexes, et lorsque le déroulement est correct, il en découle un produit
riche en composés secondaires qui sont favorables aux qualités
organoleptiques. Cependant, la possibilité d’une mauvaise orientation
fermentaire et donc d’un accident de fabrication est à envisager.
 Utilisation d’un ensemencement empirique
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 Le déclenchement de la fermentation peut être obtenu en ajoutant un

élément ou un additif contenant la flore souhaitée.
 Ainsi par exemple, dans la fabrication traditionnelle du fromage de
Roquefort, l’apport en Penicillium étai obtenu par l’ajout du pain moisi.
La fermentation des fèves de cacao est améliorée en les couvrants des
feuilles de bananier qui sont naturellement riche en levures.
 Utilisation d’une fermentation antérieure ou d’un levain
 Il s’agit de profiter du développement de la flore souhaitée dans une
fermentation pour ensemencer la suivante.
Cette technique est utilisée
 en fromagerie,
 en brasserie,
 en boulangerie
 et yaourtière ;
Le démarrage de l’activité microbienne est favorisé ; cependant si un trop
grand nombre d’opérations se succèdent, on peut craindre la
dégénérescence du levain, qui se manifeste par une activité plus faible et
par l’augmentation des contaminants sauvages.
 Ensemencement par une culture pure
 Cette méthode permet l’utilisation d’une souche sélectionnée (il peut
s’agir d’un mélange).
 Lorsque l’aliment contient une flore, il peut y avoir compétition avec
celle-ci.
 Cependant l’apport massif d’un micro-organisme favorise son
implantation (effet de masse).
 Ce type de fermentation donne un produit de qualité en général régulière
et permet de limiter les accidents de fabrication.
 Dans certains cas l’ensemencement est réalisé sur un produit stérilisé ou
pasteurisé, ce qui permet une meilleure standardisation et limite encore
plus les risques, mais la qualité organoleptique naturelle est plus faible.
Ces types d’ensemencement sont actuellement les plus fréquents dans les
fabrications industrielles : fromagerie, yaourtière, brasserie,
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Orientation et contrôle des fermentations

 Lorsqu’une fermentation met en œuvre des flores complexes, les
différents microorganismes interviennent au cours du temps, soit
spontanément, soit en fonction du processus.
 Il y a succession des flores.
 Lors d’une évolution spontanée c’est la flore la mieux performante et la
mieux adaptée qui se développe en premier, ce développement aboutissant
généralement à une modification des paramètres du milieu.
 Ceux-ci peuvent devenir défavorables pour une autre qui prend alors le
relais et ainsi de suite.
 Le cours d’une fermentation industrielle va être modifié par les
traitements technologiques et par les modifications des conditions
physico-chimiques au niveau du produit ou de l’environnement.
 Le choix des traitements et l’ajustement des conditions permettant le
contrôle du déroulement du processus microbien.
 Par exemple : en fromagerie, différents facteurs concourent à l’orientation
des fabrications en favorisant ou non une flore donnée : brassage, salage,
pressage, cuisson, étuvage, lavage à la surface, mise en aérobiose
(fromage de faible volume, piquage, etc.) ou en anaérobiose (fromage de
grand volume, enrobage, etc.) température d’affinage, taux d’humidité
etc.
 Le choix d’une flore initiale pourra conditionner l’implantation d’une
flore plus tardive. Ainsi dans les fromages « persillés », le développement
d’une flore hétéro lactique créé les cavités, où après diffusion de
l’oxygène, se développeront les moisissures.
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CHAPITRE II : LES BIO RÉACTEURS

1. Composition des bios réacteurs
2. La stérilisation des bios réacteurs
3. Bioréacteur

2.1 Composition des bioréacteurs

 Facile à utiliser, permettant à la fois de mesurer et contrôler tous les

paramètres
 importants d’une culture biologique. Un effort tout particulier a été
fait de façon à
 obtenir un prix de revient très bas sans pour autant sacrifier la qualité.
 Ceci n’aurait pas été possible sans faire appel à des idées nouvelles et
innovations
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Importantes:
 Les cuves pourvues de couvercles en inox, chères et difficiles
 à travailler peut être remplacé par des récipients en verre
 avec cols latéraux filetés, stérilisable, qui ont
 déjà fait leurs preuves et garantissent une excellente stérilité.
 Un agitateur à hélice et son couplage magnétique onéreux a été remplacé
par un agitateur vibreur. Son mouvement de va et vient garantit une
agitation douce et efficace pour les cellules tout en évitant la
formation de vortex.
 Une simple membrane maintient la stérilité à long terme (concept
“stérilité facile“).
 • Pour les cultures de cellules qui requièrent d’une agitation
particulièrement douce, un nouvel agitateur “queue de poisson“ a été
développé.
 • Le fermenteur/bioréacteur MINIFOR est extrêmement compact,
maniable et facilement accessible de tous les côtés. L’installation et le
démontage sont simples et peuvent être réalisé en un temps record.
 • Le contrôle de la température est réalisé par une source à infrarouge
(IR) placée sous le fermenteur. Ce radiateur assure un chauffage doux,
précis et économique.
 L’échauffement des parois du fermenteur est faible, ce qui évite de brûler
la culture. Cela simplifie aussi la construction du fermenteur : pas de
doubles parois, pas de tuyau d’arrivée d’eau, pas de bain thermostat.
 • L’électronique de contrôle du fermenteur est très compacte grâce à
l’utilisation de microprocesseurs. L’ensemble du fermenteur et son unité
de contrôle tiennent sur un espace équivalent à celui d’une feuille de
papier A4, ce qui fait du fermenteur/bioréacteur.
 LAMBDA MINIFOR
Le système de fermentation le plus compact sur le marché.
 • Il est possible de mesurer et contrôler jusqu’à six paramètres
(température, agitation, pH, oxygène dissout (DO), débit d’air et un
paramètre à libre choix). Toutes les valeurs sont visibles en même temps
sur le panneau d’affichage LCD rétro-illuminé.
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 Le contrôle du débit d’air est effectué par un débitmètre massique de

gaz précis, présentant une chute de pression minimale, et une vanne à
aiguille proportionnelle contrôlée par microprocesseur.
 • Plusieurs fermenteurs peuvent être placés côte à côte en occupant très
peu de place. Ils peuvent être connectés à un PC. Deux logiciels (en
option) FN et ou SIAM permettent de gérer les fermenteurs de façon
centralisée et d’archiver les données pour optimiser les expériences.
3.3La stérilisation dans l’industrie
Définition
Importance
Barème de stérilisation
CHAPITRE III : LES TYPES MÉTABOLIQUES DANS L’INDUSTRIE
I. Les fermentations alimentaires
II. La production de la biomasse
III. La production des cellules aliments
IV. La production des enzymes
V. La production des métabolites primaires et secondaires
VI. La dépollution
Les fermentations alimentaires
3.1.1 La fabrication de la bière, la vinification et le cidre
 La fabrication de la bière
 1 - Le Maltage
2 - Le Brassage
3 - Filtration du moût
4 - Cuisson et houblonnage
5 - La fermentation
6 - La filtration et l'embouteillage
 La bière se fait selon un long processus où la rigueur est de mise.
 On peut le diviser en 5 grandes étapes: le brassage, la filtration du moût,
la cuisson et le houblonnage, la fermentation, et finalement la filtration et
l’embouteillage.
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Il existe toute une série de réactions chimiques et de transformations dans

le processus de fabrication de la bière
Plusieurs de ces importantes réactions ne se déroulent même pas en
brasserie, mais bien dans les centres de production du malt.
La production du malt est une étape antérieure à la fabrication de la bière,
mais elle est essentielle.
1 - Le maltage
 Le maltage a pour but de développer dans l’orge toutes les enzymes
nécessaires pour le brassage ultérieur.
 De plus, il doit donner au grain sa friabilité pour permettre la
transformation de l’amidon en saccharose.
Finalement, le maltage doit donner à l’orge un arôme plus développé.
Le maltage se fait en 5 étapes: la préparation, le trempage, la
germination, le touraillage et le traitement final.

Le maltage
 A-La préparation

Dans un premier temps, on s’assure que le grain d’orge est prêt à germer.
Séchage légèrement sur la touraille, ou, dans des fours à séchage.
 Le grain peut perdre, lors de cette étape, environ 15 à 16% de son eau.
 Ensuite, on le fait vieillir ou mûrir dans des silos ou greniers à
ruissellement exposé à une forte oxygénation
 Les silos sont construits de façon à ce que le grain ne reste jamais en
place et on lui fournit de l’oxygène par un puissant système d’aération.
 Le grain, en respirant, libère de l’eau et de la chaleur.
 Ces produits de combustion doivent être évacués car ils pourraient
entraver le vieillissement du grain en partant trop tôt sa germination.
 On nettoie ensuite les grains.
 On le fait passer par divers tamis où les impuretés sont évacuées à l’aide
de ventilateurs.
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 On s’assure aussi qu’il ne reste pas d’objets métalliques parmi les grains
en les faisant passer près d’un puissant aimant.
 Puis, on calibre les grains, toujours à l’aide de tamis.
B- Le trempage
Le trempage consiste en une suite de trempages d’environ douze heures
chacun entrecoupés de périodes d’aération.
Le but de cet exercice est de fournir à l’orge toute l’eau et l’oxygène
nécessaire à la germination.
L’eau contenue dans les bacs de trempage ne doit pas contenir de sels.
Les sels ne pénètrent pas dans le grain, mais peuvent faciliter
l’élimination d’eau;
De plus, ils s’attaquent à la membrane de l’orge qui contient des tanins,
qui sont importants lors du brassage.
La qualité de l’eau est donc un phénomène important au cours du maltage,
mais aussi au cours du brassage,
 C- La germination
On laisse le grain environ dix jours dans une pièce où il est constamment
en mouvement.
à pièce doit avoir un taux d’humidité élevé et une température avoisinant
quinze degrés Celsius.
La germination donne à l’extrémité du grain des radicules et des
radicelles. Ce sont les germes.
L’amylase, une enzyme contenue dans les cellules de l’orge, transforme
l’amidon en sucres et les protéines en acides aminés.
C’est environ 5% de l’amidon de l’orge qui sera transformé en sucres,
mais les enzymes nécessaires à ce processus ne pouvaient se développer
que pendant la germination.

Il y a une autre réaction chimique importante qui survient dans la

germination, c’est la liquéfaction des parois cellulaires.
Les cellules dans la graine d’orge perdent leurs parois cellulaires par
l’action combinée de plusieurs enzymes: la citase, la xylanase et les
pectases.
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L’intérieur de la graine peut maintenant se désagréger, pour pouvoir

retirer, ultérieurement, la farine.
 Le touraillage
On emmène ensuite les grains dans la touraille. C’est un immense four où
on grille les grains d’orge.
Cette étape permet au grain de trouver sa coloration.
Le grain restera environ 30 heures dans la touraille, à une température de
45 °C. Ensuite, on donne le coup de feu. On chauffe intensément les
grains pendant environ 5 heures.
Une bière blonde nécessite des grains légèrement torréfiés, on les chauffe
à 80 °C. Une bière noire a besoin de grains très torréfiés, presque noirs, on
les chauffe à 105 °c.
Les bières rousses auront des grains moyennement torréfiés ou un
mélange de grains blonds et noirs.
C’est lors du coup de feu que les grains prennent leur couleur et leur
arôme.
Quand il reste de l’humidité dans les grains et qu’on les fait chauffer à une
température près de 60-70 °C, il y a réaction chimique.
Les sucres de l’orge entre en réaction avec les aminoacides et donnent des
produits aromatiques colorés, les mélanoïdes.
C’est le même genre de réaction que la caramélisation.
Les mélanoïdes sont à la base de la coloration du grain.
 E- Le traitement du malt
On débarrasse ensuite les grains d’orge de leurs radicules.
Ceux-ci s’enlèvent facilement quand les grains sont encore chauds.
Puis on laisse vieillir les grains deux ou trois semaines avant de brasser.
Pour 100kg d’orge initial, on obtient 75kg de malt. Cette différence est
principalement due aux pertes d’eau et à la perte des radicules.
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 3 - Filtration du moût
On fait ensuite passer le moût dans des filtres. Ce qui reste du moût est
appelé drèche. On la lave avec de l’eau chaude afin de ne pas avoir de
perte et on le fait sécher. La drêche est ensuite utilisée comme nourriture
pour le bétail. Elle contient encore des protéines, des fibres et un peu
d’amidon. Récemment une industrie québécoise, Unibroue, pour ne pas la
nommer, a déposé un brevet de croustilles faites à partir de drèche. Ce
serait un moyen efficace pour les brasseries d’augmenter leurs chiffres
d’affaires et cela pourrait donner aux amateurs de bière un
accompagnement des plus appropriés pour leur boisson préférée.

 4 - Cuisson et houblonnage
On envoie ensuite le moût dans un autre bassin où on le fait cuire environ
deux heures et où on ajoute les éléments aromatiques, comme
l’incontournable houblon. La cuisson a pour but de stabiliser le moût en
détruisant les enzymes du malt et en le stérilisant. Les substances azotées
instables vont aussi se coaguler et former de l’écume sur le moût. On
appelle ce phénomène la cassure. Cette écume sera retirée du mélange et
utilisé comme engrais.
Le houblon est ajouté au moût. Son rôle est important. Il fournit au moût,
par l’intermédiaire de ces résines, deux acides qui stérilisent et donnent
l’amertume à la bière. Pour garder un peu des huiles essentielles du
houblon on l’incorpore une première fois après une heure de cuisson et on
en ajoute de temps en temps jusqu’à la toute fin. Le houblon doit toutefois
cuire longtemps afin de libérer ses résines dans le moût.
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 5 - La fermentation
 Il existe deux types de fermentation pour la bière. La fermentation
haute, qui utilise des levures de type Saccharomyces cerevisiae et la
fermentation basse, avec les levures de type Saccharomyces uvarum. La
fermentation haute donne des bières de type ale, populaire surtout en
Angleterre, et la fermentation basse donne des bières de type lager,
popularisé par les brasseries d’Europe centrale. Les bières de fermentation
basse doivent fermenter plus longtemps et à des températures plus basses
que les bières de fermentation haute. A côté de la fabrication du moût, la
fermentation est la phase qui influence de façon prépondérante la qualité
de la bière.
Elle se déroule en trois étapes :
 croissance de la levure,
 floculence,
 et refroidissement.
On verse le moût dans une cuve et on le laisse reposer plusieurs jours.
Après environ 8 heures, il se forme une mousse en surface.
La quantité de sucre initialement présente dans le moût est presque
entièrement transformée en alcool. Le moût est maintenant de la bière. Il
possède les principales composantes de son goût et il est pétillant. Il ne
reste qu’à le filtrer et à l’embouteiller.
- Levures et industrie brassicole
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En termes de taux cellulaire le développement microbien est peu

important.
Il passe de 2.107 cellules de S. cerevisiae /ml de moût à 108 cellules pour
revenir au niveau initial en fin de fermentation. La levure est ensuite
récoltée, tamisée, stockée à basse température et réutilisée 6 à 10 fois.
Des tests de mini fermentations permettent alors d’évaluer ses
performances avant ensemencement
Les critères spécifiques de sélection des souches brassicoles tiennent
compte :
 De leur aptitude fermentaire à différentes températures. On distingue ainsi
les levures de fermentation haute (température de début de fermentation :
16 à 24°C ; durée de fermentation “ haute ” de 2 à 5 jours), qui ont
conservé leur métabolisme aérobie et la capacité de sporuler ; et les
levures de fermentation basse, qui doivent être capables de fermenter à
des températures de 8 à 12°C et possèdent une durée de fermentation “
basse ” de 6 à 10 jours ; elles ont généralement perdu leur métabolisme
aérobie et la capacité de sporuler.
 De leur pouvoir floculant.
Cette capacité de floculation, liée à la souche, dépend aussi de la teneur en
calcium et du pH du milieu de culture.
De leur aptitude à produire des métabolites intervenant dans la flaveur
du produit…
Utilisation de la levure dans la panification
Actuellement, chaque année plus de 2,5 millions de tonnes de levure de
boulangerie sont fabriquées dans le monde pour faire du pain.
Le métabolisme de la levure est majoritairement de type fermentatif,
même en présence d’une bonne oxygénation, en raison de la répression
catabolique exercée par le glucose sur la synthèse des enzymes impliquées
dans la respiration.
Le volume de gaz carbonique produit lors de la fermentation panaire,
responsable de la levée de la pâte, dépend de la concentration en sucres
fermentescibles préexistant dans la farine (oses et oligosides), mais aussi
de la vitesse à laquelle le maltose est libéré sous l’action des amylases, et
des sucres ajoutés en boulangerie (saccharose, sirops de glucose à forte
teneur en fructose…).
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Les sucres fermentescibles représentent un peu plus de 1 % de la farine

(% de matière sèche) : 0,1 à 0,2 % de glucose et fructose, 0,2 à 0,3 % de
saccharose, 0,007 % de maltose, 0,5 % lévosine.
Très rapidement consommés par la levure, ils sont à l’origine du tiers
environ du CO2 nécessaire à la levée de la pâte.
S. cerevisiae étant incapable d’hydrolyser l’amidon ou les dextrines, ces
sucres doivent l’être par les - et -amylases de la farine, ou par ajout
d’-amylases bactériennes ou fongiques en tant qu’auxiliaires
technologiques (autorisés par arrêté du 05 septembre 1989), car les blés
hypodiastasiques deviennent de plus en plus fréquents.
En Europe, les levures industrielles ont, pour la plupart, une maltose
perméase et une maltase constitutive ;
Chez certaines souches utilisées aux U.S.A. et au Japon, ces enzymes
sont adaptatives.
La complémentation des farines par des amyloglucosidases extraites
d’Aspergillus niger ou de Rhizopus delemar, qui libèrent le glucose à la
place du maltose, est une autre façon de contourner cette difficulté ; mais
leur emploi n’est pas souvent autorisé.
L’apport de sucres ajoutés, saccharose notamment (hydrolysé par une
invertase de la levure), permet un accroissement de la vitesse de
fermentation, à condition que leur concentration ne dépasse pas 4 à 5 %.
De plus, les capacités fermentaires des différents sucres préexistants et
incorporés dépendent de la souche S. cerevisiae employée.
Les farines panifiables et non panifiables
 Produits de boulangerie-pâtisserie testés au Cameroun avec succès
 Produits finis, Farine de froment, Farines non panifiables utilisées, Pain
blanc français 90-95 %, Farine de tubercule ou de céréale 5 à 10 %, Pain
de seigle 70%, Farine de tubercule ou de céréale 30%Pain de blé/maïs
90%, Farine de maïs 10%, Pain de blé/patate douce 85%, Farine de patate
douce 15%, Beignet traditionnel 60 à 90 %, Farine de tubercule 16 à 40
%, Beignet de boulangerie 60 à 90 %, Farine de tubercule 10 à 40 %,
Pâtes alimentaires 10 à 90 %, Farine de tubercule 10 à 90 %
Pour être utilisables en panification, les farines doivent avoir les
qualités suivantes :
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Une granulométrie fine et uniforme, voisine de celle de la farine de blé

(environ 130 microns);
Une teneur en fibres inférieure à 1 %;
Une couleur blanche ;
Un taux d'humidité inférieur à 10 % ;
Une acidité inférieure à 1 % en équivalent acide lactique ;
Un bon pouvoir d'hydratation et de développement de la pâte par rapport à
la farine de blé ;
Être inodore ;
Une faible teneur en tanins.
3.1.2 La Panification
Le pain … un aliment symbolique qui constitue la base de
l’alimentation depuis 7 à 8000 ans.
C’est en Egypte, que serait apparu le premier pain fermenté ;
Sa fabrication était associée à celle de la bière puisque l’on recueillait
l’écume qui remontait à la surface des brassins pour faire lever la pâte.
Il est le résultat d’une fermentation alcoolique par Saccharomyces
cerevisiae, qui est utilisé comme levain, et de quelques autres espèces
(Candida holmii, Candida krusei, Pichia saitoi).
Dans la pratique empirique et ancestrale, on utilisait la levure de bière
sans savoir qu’il s’agissait du même microorganisme que celui présent
dans la farine : on ignorait même son existence. Ce n’est qu’à la fin du
XIXème siècle que se développera une industrie spécifique pour la
production des levures, à la suite des travaux de Pasteur. Il faudra attendre
1920 pour que Soren Sak (Danemark), inventât la méthode moderne de
production de levure de boulangerie.
La composition microbiologique du levain, tant de seigle que de blé,
est hétérogène.
La fermentation lactique qui est également impliquée est due à certaines
bactéries de type lactobacille.
Actuellement, chaque année plus de 2,5 millions de tonnes de levure de
boulangerie sont fabriquées dans le monde pour faire du pain. Le
métabolisme de la levure est majoritairement de type fermentatif, même
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en présence d’une bonne oxygénation, en raison de la répression

catabolique exercée par le glucose sur la synthèse des enzymes impliquées
dans la respiration.
Le volume de gaz carbonique produit lors de la fermentation panaire,
responsable de la levée de la pâte, dépend de la concentration en sucres
fermentescibles préexistant dans la farine (oses et oligosides), mais aussi
de la vitesse à laquelle le maltose est libéré sous l’action des amylases, et
des sucres ajoutés en boulangerie (saccharose, sirops de glucose à forte
teneur en fructose…).
Les sucres fermentescibles représentent un peu plus de 1 % de la farine
(% de matière sèche) : 0,1 à 0,2 % de glucose et fructose, 0,2 à 0,3 % de
saccharose, 0,007 % de maltose, 0,5 % de lévosine.
Très rapidement consommés par la levure, ils sont à l’origine du tiers
environ du CO2 nécessaire à la levée de la pâte.
S. cerevisiae étant incapable d’hydrolyser l’amidon ou les dextrines, ces
sucres doivent l’être par les - et -amylases de la farine, ou par ajout
d’-amylases bactériennes ou fongiques en tant qu’auxiliaires
technologiques (autorisés par arrêté du 05 septembre 1989), car les blés
hypodiastasiques deviennent de plus en plus fréquents.
En Europe, les levures industrielles ont, pour la plupart, une maltose
perméase et une maltase constitutive ; chez certaines souches utilisées aux
U.S.A. et au Japon, ces enzymes sont adaptatives.
La complémentation des farines par des amyloglucosidases extraites
d’Aspergillus niger ou de Rhizopus delemar, qui libèrent le glucose à la
place du maltose, est une autre façon de contourner cette difficulté ; mais
leur emploi n’est pas autorisé en France.
L’apport de sucres ajoutés, saccharose notamment (hydrolysé par une
invertase de la levure), permet un accroissement de la vitesse de
fermentation, à condition que leur concentration ne dépasse pas 4 à 5 %.
De plus, les capacités fermentaires des différents sucres préexistants et
incorporés dépendent de la souche S. cerevisiae employée.
Au début des années 1960 ont été développées des souches de type
“ adaptation rapide au maltose ”. En raison de leur mauvais comportement
sur pâtes très sucrées, des souches osmotolérantes ont été proposées à la
fin des années 80. Actuellement se développent des souches à large
spectre d’application (pâte normale, pâtes acide, sucrée, crue surgelée).
 21

Certaines ont pu être améliorées par voie génétique pour répondre à des
applications très spécifiques.
3.1.3 - Vins et cidres
a - Levures de vinification et d’autres boissons alcoolisées
Pendant des millénaires, la fermentation alcoolique du jus de raisin s’est
développée spontanément par l’intermédiaire de la flore sauvage présente
sur les baies.
Les levures responsables de la vinification: Prédominent des espèces
appartenant aux genres Kloeckera, Hansenula, Hanseniaspora,
Metschnikowia et Saccharomyces.
La fermentation du jus de raisin est assurée par différentes levures dont
les actions se succèdent pour atteindre différents degrés alcooliques.
Les levures des genres Kloeckera, Hansenula et Hanseniaspora
permettent d’attendre jusqu’à 3-4° d’alcool, les Saccharomyces prennent
le relais pour porter le degré alcoolique à 11-15°, voire 18° avec certaines
souches
Un deuxième type de fermentation, la fermentation malolactique, est
nécessaire au vieillissement de certains vins.
Contrairement à ce qui s’est pratiqué dans les industries panaire ou
brassicole, l’emploi systématique de levures sélectionnées en vinification
est très récent (à peine 20 ans).
Le moût de raisin ne subissant pas de stérilisation, la flore spontanée,
spécifique d’un terroir, continue cependant de jouer un rôle important en
initiant la fermentation. Elle est ensuite rapidement éliminée au profit de
S. cerevisiae.
Les souches sélectionnées pour leurs caractéristiques œnologiques, et en
partie responsables de la typicité du vin, ont été isolées à l’origine au
moment des vendanges.
 Elles doivent répondre à un certain nombre de critères tels que :
Leur capacité à fermenter rapidement et à basse température des quantités
importantes de glucose et fructose,
Leur alcoolo résistance, la fermentation devant se poursuivre en
présence de teneurs importantes en éthanol,
 22

Leur rendement alcoolique, le rendement moyen étant de 1°

d’alcool pour 17 g de sucre fermenté,
Leur résistance à l’action du SO2,
Leur résistance au facteur Killer puisqu’elles seront confrontées à
une population levurienne sauvage importante dont certains
représentants peuvent secréter cette toxine,
Leur action synergique ou inhibitrice à l’égard des bactéries
lactiques lorsqu’une fermentation secondaire malolactique est
recherchée, S. cerevisiae étant incapable d’assurer cette
fermentation, contrairement aux levures du genre Schizo
saccharomyces
3.1Importance de la biomasse

La biomasse représente:
 le matériel organique cellulaire des organismes animaux,
végétaux ou microbiens,
 peut être une source de protéines pour l’alimentation humaine ou
animale.
Ces protéines doivent être facilement assimilables et équilibrées en
acides aminés.
Principaux microorganismes: fongiques ou bactériens, caractérisés
par:
 stabilité génétique,
 possibilité de culture en continu,
 spécificité pour le substrat,
 rendement,
 exigences nutritives,
 facilité de la séparation de la biomasse, etc.

3.2. Méthodes de culture des microorganismes

 3.2.1 Culture sur amidon
 L’amidon, qui représente la principale réserve carbonée de nombreux
végétaux, est peu sensible à la dégradation enzymatique.
 La production de biomasse à partir de ce polysaccharide devra donc
s’effectuer après chauffage en milieu aqueux, les eaux de traitements
devenant alors sensibles à l’action des champignons.
 23

3.2. Méthodes de culture des microorganismes

 3.2.1 Culture sur amidon
 L’amidon, qui représente la principale réserve carbonée de nombreux
végétaux, est peu sensible à la dégradation enzymatique.
 La production de biomasse à partir de ce polysaccharide devra donc
s’effectuer après chauffage en milieu aqueux, les eaux de traitements
devenant alors sensibles à l’action des champignons.
3.2. Méthodes de culture des microorganismes (suite1)
 Les principales souches concernées sont
 Trichoderma viride (maïs),
 Fusarium graminearum,
 A. niger (maïs),
 A. fumigatus,
 Cephalosporium eichhorniae (manioc).
 L’enrichissement en protéine est important et la teneur dépasse 50 %.
3.2. Méthodes de culture des microorganismes (suite2)
 3.2.1 Culture sur amidon
 L’amidon, qui représente la principale réserve carbonée de nombreux
végétaux, est peu sensible à la dégradation enzymatique.
 La production de biomasse à partir de ce polysaccharide devra donc
s’effectuer après chauffage en milieu aqueux, les eaux de traitements
devenant alors sensibles à l’action des champignons.
3.2.2 Culture sur cellulose
 La cellulose provenant des résidus de paille, de paille de riz, de déchets
de maïs peut être hydrolysée
 Les différentes espèces fongiques:
 Trichoderma harzianum,
 Penicillium janthinellum,
 Chaetomium cellulolyticum.
 24

 L’enrichissement en protéines est moins important que dans le cas

d’hydrolyse de l’amidon,
La teneur passant de l’ordre de 5 % à 25 % en 5 jours de culture.
En plus des celluloses, la paroi des cellules végétales contient également
des hémicelluloses, comme des hétéropolymères ramifiés de xylose,
 d’arabinose, etc.
 et de la lignine, hétéropolymères
 de dérivés de l’alcool,
 hydroxycinnamique,
 qui peuvent être dégradées par Aspergillus niger (xylanases) et
Sporotrichum pulverulentum (ligninases).
 3.2.3 Culture sur glucides divers
 Les effluents divers peuvent être épurés par certaines espèces
fongiques, tout en produisant une importante biomasse :
 usines de pâte à papier (Paecilomyces variotii),
 pulpe de betterave (Trichoderma album),
 distillerie d’alcool de pomme (A. niger),
 de whisky (Geotrichum candidum),
 vinasse de sucre de canne (Phanerochaete chrysosporium).
 Les déchets de végétaux peuvent être décomposés en compost
par certaines espèces thermophiles, comme Chaetomium
thermophile ou Humicola lanuginosa
La production des cellules aliments

3.3.1 Levure-aliment
 Les levures ayant une grande valeur nutritive peuvent entrer dans la
ration alimentaire animale ou humaine.
 Les “ levures-aliment ”, ou P.O.U =proteines d'organismes unicellulaires,
autorisées dans les alimentations humaine et animale, correspondent à la
définition suivante : “ levure tuée, privée de pouvoirs fermentaires,
séchée, n’ayant subi ni extraction ni ajout ”.
 25

Elles doivent appartenir aux espèces:

 S. cerevisiae,
 K. lactis
 et K. marxianus (K. fragilis) appelées aussi “ levures lactiques ”
 Candida utilis,
 Yarrowia lipolytica,
 Pichia pastoris.
 Elles sont incorporées dans diverses préparations alimentaires comme:
 exhausteurs de goût,
 pouvoirs liant,
 épaisissant,
 Stabilisant
 aromatisantes.
Elles sont utilisées comme supplément alimentaires chez les
humains ou les animaux en raison de leur richesse particulière:
 en protéines (> 45 %),
 en acides nucléiques,
 glutathion,
 lysine,
 choline,
 vitamines du groupe B,
 sels minéraux.
 Entre autres propriétés bien connues, elles renforcent les défenses
immunitaires, constituent un facteur d’appétence.
3.3 Production de la levure aliment
 La production de "levure-aliment"s'effectue sur des subtrats très
variés :
 26

 Le lactosérum, par exemple, produit résiduaire important des

laiteries et fromageries, est un excellent milieu de culture
permettant le développement de levures utilisant le lactose comme
source de carbone ; ce sont des souches de Kluyveromyces lactis et
K. lactis qui ont le meilleur rendement
 Les mélasses de betterave et de cannes à sucre, riche en saccharose,
permettent d'obtenir des biomasses protéiques ou des levures pour
la panification ; les deux espèces les plus couramment cultivées sur
ces substrats étant Saccharomyces cerevisiae et Candida utilis.
 Les liqueurs sulfitiques, résidus de la fabrication de la pâte à papier,
riches en pentoses, ainsi que les hydrolysats cellulosiques provenant de
déchets forestiers, paille de blé ou autres céréales, fournissent des milieux
de culture pour Candida utilis
 Enfin, les hydrocarbures, essentiellement les paraffines normales, les
gasoils paraffiniques, le méthane et le méthanol (produit d'oxydation du
méthane) peuvent servir de substrats pour la croissance de nombreuses
espèces de Candida.
 On peut signaler que des analyses biologiques de ces "levures du
pétrole" ont démontré l'absence de toute toxicité ou effet nuisible
important imputables à ces protéines microbiennes introduites dans
l'alimentation animale ou humaine.
3.1.3 – autres applications de la fermentation alcoolique: Vins et
cidres
 Mentionnons le cas particulier du saké pour lequel interviennent deux
micro-organismes. Aspergillus oryzae transforme, dans un premier temps
l’amidon de riz en sucres fermentescibles. Le jus obtenu, ou koji, est alors
fermenté par S. cerevisiae.
 La fermentation du jus de pomme est réalisée par Saccharomyces
cerevisiae var. uvarum, et secondairement par des espèces des genres
Metschnikovia et Hanseniaspora.

3.1.4 - Produits carnés

 Des moisissures et des levures se développent à la surface des boyaux et
des pièces de viande fermentée (Penicillium chrysogenum, Geotrichum
fragrans, Candida deformans, C. zeilanoides, Debaryomyces hansenii,
Rhodotorula rubra, ...) et contribuent à leur aromatisation.
 27

 P. nalgiovense est utilisé dans l’industrie des salaisons où il produit la

couverture blanche (la “fleur”) sur les saucissons qui fournit une
protection efficace vis-à-vis des moisissures contaminantes.
 Les levures participent
 au séchage des saucissons,
 à leur maturation,
 à la production des composés aromatiques,
 au développement de la couleur,
 à l’inhibition de flores indésirables
 et évitent les phénomènes de rancidité
La production des métabolites primaires et secondaires
 3.3 Industries chimiques et pharmaceutiques
 Les champignons sont utilisés par l’industrie chimique pour la synthèse de
métabolites primaires et secondaires, d’enzymes, ainsi que pour la
biotransformation de substrats divers.
A -Systèmes de culture
 En présence d’une quantité suffisante d’éléments nutritifs et des
conditions d’environnement satisfaisantes, une population de cellules
fongiques particulière va se développer avec un taux de croissance
spécifique, résultant d’une augmentation de la biomasse (nombre de
cellules, poids sec, quantité d’acides nucléiques et de protéines) .
La production des métabolites primaires et secondaires
 Dans un milieu de culture homogène (agité), quatre étapes de croissance
peuvent être distinguées :
 la phase lag,
 la phase exponentielle,
 la phase stationnaire,
 et la phase de déclin (mort cellulaire et autolyse).
 Une relation peut être établie entre le taux de croissance en phase
exponentielle et le temps de doublement de la population, conséquence du
temps de division cellulaire (temps de génération).
 28

 Au cours de la phase de croissance exponentielle se produit le

métabolisme primaire, correspondant à la production d’énergie et la
synthèse d’acide nucléique, de protéines, de lipides et d’hydrates de
carbone.
 L’intérêt industriel réside dans la synthèse de protéines particulières,
comme des enzymes capables de dégrader des macromolécules (amylases,
cellulases, protéases).
1 -Système de culture fermé
 Dans un système fermé, c’est-à-dire dans un volume donné de milieu de
culture, la croissance se poursuit à une vitesse uniforme jusqu’à ce qu’une
limite physique soit rencontrée (bords de la boîte de Petri, autre colonie),
que les éléments nutritifs essentiels soient épuisés ou que des produits
métaboliques toxiques (ions hydrogène, ammoniaque) soient accumulés
dans le milieu.
 Le métabolisme secondaire a lieu au cours de la phase stationnaire et
correspond à la production de composants non essentiels à la croissance,
jouant un rôle mal connu dans la vie du champignon, mais qui présentent
parfois un intérêt industriel considérable (pénicilline, alcaloïdes, ...).
 De nombreux métabolites secondaires, dont la production est favorisée
par un excès de carbone, dérivent de l’acétyl CoA.
 2 - Système de culture ouvert
 Les systèmes ouverts correspondent à des cultures continues et peuvent
être homogènes et hétérogènes.
 Au cours des cultures continues, les plus utilisées dans les laboratoires et
l’industrie, le milieu liquide est continuellement remplacé à une vitesse de
renouvellement contrôlée pour maintenir le volume total constant.
 De tels systèmes de culture, qui nécessitent une agitation régulière et une
alimentation constante en air stérile, présentent une quantité de biomasse
qui reste constante pendant des semaines ou des mois.
 Les variables importantes sont le taux de dilution, c’est-à-dire la vitesse à
laquelle le milieu de culture est renouvellé, et la concentration des
éléments nutritifs, qui déterminent le taux de croissance spécifique et la
quantité de biomasse produite (chemostat, turbidostat).
 Les espèces levuriennes déjà nommées et quelques autres :
Schizosaccharomyces pombe, Candida tropicalis, Schwanniomyces
 29

diastaticus… permettent de valoriser des sous-produits d’industries

alimentaires.
 A partir de mélasses de canne ou de betterave sucrière, de lactosérum de
fromagerie, de lessives de distillerie, sont produites, industriellement,
diverses substances (alcools, acides, enzymes…) dont certaines destinées
au secteur alimentaire : glycérol, acide succinique, -galactosidases,
niacine, riboflavine…
3.4.1 Production des Métabolites primaires
 3.4.1.1 - Acides organiques
 L’acide citrique (utilisé dans l’industrie alimentaire : boisson, confiture,
etc.,
 dans l’industrie pharmaceutique et des cosmétiques,
 dans l’industrie des plastiques sous la forme d’esters,
 dans la purification des métaux grâce à son pouvoir chélatant) est produit
par A. niger qui possède une forte activité citrate synthétase, ainsi que
l’acide gluconique (thérapeutique des carences calcique, acidulant dans
l’industrie alimentaire) ;
 l’acide citrique peut également être produit par Yarrowia lipolytica à
partir de n-alcanes ;
 l’acide fumarique (surtout utilisé dans l’industrie des plastiques) par
Rhizopus nigricans ou R. arrhizus ; l’acide érythorbique par Penicillium
notatum ;
 l’acide itaconique (industrie des peintures et des plastiques) par
Aspergillus terreus ;
 l’acide kojique par A. flavus.
3.4.1.2 -Lipides
 Les végétaux représentent actuellement la source principale de lipides
pour l’alimentation humaine. Mais les champignons sont également
capables de produire d’importantes quantités de lipides.
 De nombreuses espèces fongiques (Candida, Hansenula, Lipomyces,
Aspergillus, Cladosporium, Penicillium, etc.) sont capables de produire de
telles substances à partir de substrats divers, tels que les n-alcanes, la
mélasse, des sucres divers, etc.
 30

 Les lipides produits peuvent être de composition très diverse, comprenant

des tri-, di- et monoacylglycérols,
 des stérols,
 des phospholipides,
 des glycolipides,
 et des acides gras libres (acide palmitique,
 acide stéarique,
 acide oléique,
 acide linoléique,
 acide arachidonique, etc.). Trichoderma reesii est utilisé pour la
production de lipides à partir de déchets agricoles, comme
Aspergillus ochraceus, important producteur d’acide linoléique.
3.4.1.3 Polysaccharides
 Les polysaccharides trouvent des applications dans l’industrie
alimentaire, l’extraction du pétrole (émulsifiants), la médecine (substituts
du plasma).
 Ils sont extrait des plantes ou des algues, mais leur production
microbiologique a l’avantage de fournir une grande diversité de molécules
facilement extractibles (production extracellulaire), en quantité et qualité
satisfaisantes indépendamment des conditions climatiques, et modifiables
en faisant varier les conditions de cultures.
 Le chitosane est produit par Rhizopus oryzae, le pullulane par
Aureobasidium pullulans, le scléroglucane par Sclerotium glucanicum

3.4. 1. 4 - Acides aminés

 Les 2/3 des acides aminés produits sont utilisés pour la nutrition humaine
(glutamate dans les assaisonnements, aspartame (asparagine +
phénylalanine) comme édulcorant).
 Près d’un tiers sert à la nourriture des animaux, pour compléter les
plantes d’alimentation, généralement pauvres en acides aminés
(méthionine, lysine).
 31

 Les applications médicales ne concernent qu’un pour cent de la

production en acide aminés :
 il s’agit de mélanges d’acides aminés utilisés directement au cours des
ulcères (glutamine, histidine),
 des maladies hépatiques (citrulline, ornithine),
 ou de dérivés, comme la dihydroxyphénylalanine, administré au cours de
la maladie de Parkinson, de dérivés de la proline, actifs contre
l’hypertension, etc.
 Ainsi le Tryptophane peut être produit par Hansenula anomala à partir
de précurseurs comme l’acide anthranilique
3.4.1.5 Polyols
 De nombreuses espèces fongiques produisent des polyols.
 C’est le cas de Candida zeylanoides, qui fournit du meso-érythritol et du
mannitol à partir de n-alcanes, de Yarrowia lipolytica (mannitol), Candida
tropicalis (arabitol), Pichia miso (glycérol, arabitol, érythritol), etc
 3.4.1.6 - Alcools (bioénergie et bio fuel)
 L’éthanol est un produit de base pour l’industrie chimique, et sert de
succédané à l’essence pour certains moteurs à explosion, en addition ou
substitution des produits pétroliers.
 Les 4/5ème de l’éthanol produit dans le monde sont obtenus par
fermentation (le reste étant synthétisé à partir de l’éthylène) à partir de
sources renouvelables et disponibles en grandes quantités (sucres et
amidon d’origine agricole, cellulose des déchets industriels et urbains).
 Les levures, essentiellement des souches du genre Saccharomyces, grâce
à leurs hautes capacités fermentaires, peuvent assurer la bioconversion de
nombreux produits végétaux en éthanol.
 c) Les produits cellulosiques qui nécessitent, comme dans le cas de
l'amidon, un prétraitement hydrolytique destiné à libérer les monomères
glucidiques de la cellulose.
 L’utilisation de produits ligno-cellulosiques nécessite encore des études
pour les optimiser, en particulier en ce qui concerne la qualité de
l’hydrolysat servant de substrat.
 Cela implique l'intervention de cellulases pro duitent essentiellement par
des moisissures du genre Aspergillus ou Trichoderma, ou la réalisation de
 32

cultures mixtes levures-bactéries, ces dernières assurant la dégradation de

la cellulose en glucides qui seront alors fermentés par des levures.
 Cette technologie étant difficile à mettre en œuvre, il vaut mieux
envisager l'utilisation de souches de levures auxquelles on aura conféré,
par manipulation génétique, des propriétés cellulosiques.
 L’amélioration des souches de Saccharomyces cerevisiae, ou la recherche
d’espèces plus performantes pour la production d’éthanol, vise à produire
des souches possédant les propriétés suivantes : thermophilie,
 tolérance aux fortes concentrations alcooliques,
 capacité de métaboliser un taux élevé de substrat et plusieurs
substrats différents, voire des substrats complexes.
 b) Les produits amylacés, présents dans les tubercules, racines ou
graines : les réserves glucidiques sont, dans ce cas, sous forme d'amidon
non directement fermenté par les levures.
 La préparation du moût de fermentation nécessite alors une hydrolyse par
voie chimique ou par voie enzymatique, ce qui augmente les prix de
production de l'éthanol.
 En climat tropical (Brésil, Indonésie, etc.), les racines de manioc sont une
source prometteuse : 10 tonnes de manioc permettent de préparer 1 tonne
d'alcool.
 Parmi les graines amylacées, le riz en Asie, le maïs aux Etats-Unis,
l'avoine et le seigle en Europe de l'Est sont utilisés depuis longtemps
comme source d'éthanol.
 La fermentation alcoolique à partir de ces matières premières, notamment
les céréales, et en particulier le blé, ne pose pas de problèmes sur le plan
technique.
 Les déchets, tels que le gluten et le son, devront être valorisés.
c) Les produits cellulosiques qui nécessitent, comme dans le cas de
l'amidon, un prétraitement hydrolytique destiné à libérer les monomères
glucidiques de la cellulose.
 L’utilisation de produits ligno-cellulosiques nécessite encore des études
pour les optimiser, en particulier en ce qui concerne la qualité de
l’hydrolysat servant de substrat.
 33

 Cela implique l'intervention de cellulases produites essentiellement par

des moisissures du genre Aspergillus ou Trichoderma, ou la réalisation de
cultures mixtes levures-bactéries,
 ces dernières assurant la dégradation de la cellulose en glucides qui seront
alors fermentés par des levures.
 Cette technologie étant difficile à mettre en œuvre, il vaut mieux
envisager l'utilisation de souches de levures auxquelles on aura conféré,
par manipulation génétique, des propriétés cellulosiques.
 L’amélioration des souches de Saccharomyces cerevisiae, ou la recherche
d’espèces plus performantes pour la production d’éthanol, vise à produire
des souches possédant les propriétés suivantes : thermophile, tolérance
aux fortes concentrations alcooliques, capacité de métaboliser un taux
élevé de substrat et plusieurs substrats différents, voire des substrats
complexes.
3.4.1.5 Enzymes
 De nombreuses enzymes industrielles, généralement des hydrolases, sont
produites par les champignons. Il s’agit d’enzymes endocellulaires
(glucose oxydase, catalase, lactase, pénicilline acylase, glucose isomérase,
invertase) ou exo cellulaires (amylases, amyloglucosidases, pectinases,
cellulases, glucanases, lipases, protéases).
 3.4.2 Production des Métabolites secondaires
Les métabolites secondaires se caractérisent par le fait:
 que leur production n’est pas indispensable à la croissance du
microorganisme,
 qu’ils ont des structures et d’activité biologique des plus diverses,
 qu’ils possèdent des voies de synthèse qui leurs sont propres à
partir de produits du métabolisme primaire,
 que leur synthèse est dirigée par un ensemble de gènes auxquels
sont souvent associés des gènes de régulation et de résistance,
 et qu’ils ne sont généralement produits que par un nombre limité
d’organismes.
 Les métabolites secondaires sont généralement produits en faible quantité
(1 à 20 mg/l) par les souches sauvages, alors qu’une production ne devient
rentable qu’à partir d’une synthèse de 5 g/l.
 34

L’amélioration du rendement repose sur

 l’optimisation des procédés de fermentation
 et la modification des souches,
 par la recherche de mutants spontanés,
 par mutation dirigée lorsque les bases génétiques de la biosynthèse
du métabolite sont connues,
 ou encore par construction de souches par croisement,
 fusion de protoplastes -ou manipulation génétique.
3.4.2.1 Les Vitamines
 La riboflavine est synthétisée par un champignon levuriforme, Ashbya
gossypii, le -carotène, qui peut servir de précurseur de la vitamine A,
par Blakeslea trispora ou Rhodotorula gracilis et l’ergostérol,
convertible en vitamine D par les rayonnements ultraviolets, par
Saccharomyces cerevisiae ou Aspergillus niger. 3.4.2. 2 -Antibiotiques,
immunodépresseurs et immunostimulants
 Dans certaines conditions de culture, certaines espèces de champignons
produisent des antibiotiques qui ont trouvés des applications
thérapeutiques importantes :
 acide aspergillique par A. flavus,
 amudol par Penicillium martensii,
 céphalosporines (résistantes aux -lactamines de Staphylococcus aureus)
par Cephalosporium
 acremonium, cytochalasines par diverses espèces, dont Helminthosporium
dematioideum,
 fumagilline par A. fumigatus,
 Cephalosporium caerulens..
 Actuellement, la plupart des vitamines sont synthétisées par voie
chimique.
 Dans le cas de la vitamine E, la synthèse chimique produit le racémate,
qui est transformé en isomère actif par diverses espèces bactériennes ou
fongiques (Geotrichum candidum, Saccharomyces cerevisiae).
 35

 Il en est de même des caroténoïdes, dont la réduction énantiosélective est

catalysée par Saccharomyces cerevisiae.
 D’autres réactions peuvent être citées, comme la déshydrogénation du
lapachol en déhydro--lapachol par Curvularia lanata, l’époxydation de
l’acide 6-propénylphosphonique en fosfomycine par Penicillium
spinulosum, la C-déméthylation de la griséofulvine en
déméthylgriséofulvine par Botrytis alii, etc.
3.4.2. 2 -Antibiotiques, immunodépresseurs et immunostimulants
 Dans certaines conditions de culture, certaines espèces de champignons
produisent des antibiotiques qui ont trouvés des applications
thérapeutiques importantes :
 acide aspergillique par A. flavus,
 amudol par Penicillium martensii,
 céphalosporines (résistantes aux -lactamines de Staphylococcus aureus)
par Cephalosporium
 acremonium, cytochalasines par diverses espèces, dont Helminthosporium
dematioideum,
 fumagilline par A. fumigatus,
 Cephalosporium caerulens..
 griséofulvine (antibiotique antifongique actif contre les
dermatophytes) par Penicillium griseofulvum,
 pénicillines par Penicillium chrysogenum,
 variotine par Paecilomyces variotii, acide fusidique par Fusidium
coccineum,
 Des recherches intensives sont développées pour recherchées de
nouvelles molécules antibiotiques.
 Les travaux visant à l’augmentation du rendement et la modification de la
régulation des -lactamines par voie génétique, chez les souches
productrices de pénicillines et de céphalosporines, ont pour cible les
enzymes -lactamine synthases (AC synthétase, cyclase, expandase,
acyltransférase, etc.).
 36

 L’isolement et le clonage des systèmes entiers de biosynthèse des

antibiotiques dans différent souches microbiennes peuvent conduire à la
production de nouveaux antibiotiques “hybrides”.
 La cyclosporine A est synthétisée par plusieurs champignons, dont
Tolypocladium inflatum.
 Cet immunodépresseur et son dérivé FK506 ont révolutionné la
transplantation d’organes et de moelle, par leurs propriétés de blocage de
la synthèse de l’interleukine 2, inhibant la multiplication des cellules T
auxilliaires et des cellules T cytotoxiques.
 Originellement détectées par criblage d’antibiotiques à partir de
microorganismes, ces molécules bloquent le système immunitaire en
inhibant l’activation des gènes codants pour les facteurs de l’immunité.
 Toutefois, cette suppression ne doit pas être totale afin de laisser au
système immunitaire un minimum de capacité pour lutter contre les
infections.
 Ainsi, les effets secondaires indésirables à l’utilisation de la cyclosporine
ne sont pas rares, et comprennent notamment une augmentation du risque
de développement d’un cancer lors des traitements au long cours.
 On estime généralement que l’origine de cette augmentation du risque
d’un développement cancéreux réside dans l’incapacité du système
immunitaire à éliminer les cellules cancéreuses, probablement parce que
le système immunitaire ne peut ni détecter ni répondre aux protéines
spécifiquement associées aux tumeurs.
 - 3.4.2.3 Arômes
 Les champignons synthétisent des molécules d’arômes complexes,
constituant des métabolites secondaires.
 De très nombreuses espèces fongiques sont productrices d’arômes.
 A titre d’exemples, on peut citer Penicillium roquefortii, Ceratocystis
moniliformis (6-méthyl-butylacétate à l’arôme de banane), Ceratocystis
variospora (citronellol, acétate de citronnellyl, géranial à l’arôme de
rose), Mycoacia uda (p-tolualdéhyde à l’arôme d’amande, alcool p--
diméthyl phénylique à l’odeur d’herbe), etc.
 37

3.4.3 La Biotransformation
Les biotransformations sont des réactions catalysées par des
microorganismes ou leurs enzymes.
 Elles possèdent l’avantage de réaliser en conditions non drastiques des
réactions stéréospécifiques avec le minimum de réactions secondaires
indésirables et présentent un rendement supérieur à celui de la catalyse
chimique.
 Ces réactions concernent les acides aminés, les vitamines, les
antibiotiques, les prostaglandines ou les stéroïdes.
 Actuellement, la plupart des acides aminés sont produits industriellement
par hydrolyse des protéines, par synthèse chimique ou par biosynthèse
microbienne.
 La combinaison d’une synthèse chimique et d’une biotransformation
présente l’avantage de pouvoir réaliser des synthèses remarquablement
sélectives, comme :
 l’hydrolyse énantiosélective du racémique : la L-alanine, la L-
méthionine, la L-phénylalanine, le L-tryptophane, la L-valine sont
ainsi préparés par hydrolyse sélective des acyl-DL-acides aminés
par la L-aminoacylase d’Aspergillus orizae, qui libère les acides
aminés L. Il en est de même de la L-lysine, synthétisée par
hydrolyse énantiosélective du DL--amino--caprolactame par les
enzymes de Cryptococcus laurentii,
 la synthèse asymétrique : la L-phénylalanine est synthétisée à partir
de l’acide transcinnamique et de l’ammoniaque par Rhodotorula
gracilis et Sporobolomyces roseus.
 Dans le domaine de la biotransformation des antibiotiques, on peut citer la
transformation de la pénicilline G ou V en acide 6-aminopénicillanique
par Aspergillus oryzae, Fusarium moniliforme et F. conglomerans. Cet
acide sert de molécules de base pour l’hémisynthèse de nouvelles
pénicillines ou céphalosporines
 La synthèse chimique des prostaglandines peut comporter des étapes
microbiologiques, comme la bioconversion de prostaglandines par une
chloroperoxydase de Caldariomyces fumago.
 A partir d’acide désoxycholique, de stigmastérol ou de diosgénine,
plusieurs réactions chimiques vont permettre de produire le composé S de
Reichstein, servant de substrat pour les biotransformations.
 38

Celles-ci sont diverses, comme la 11--hydroxylation par Rhizopus nigricans

ou Aspergillus ochraceus, la 11--hydroxylation par Curvularia lunata et
Cunninghamella blakesleeana.
3.4.4. Biolixiviation
 L’industrie de l’extraction des minerais se trouvent souvent confrontée au
problème de la diminution de la richesse des minerais riches, ce qui
conduit à forer des galeries de plus en plus profondes.
 Alors que l’extraction des métaux à partir de minerais à faible teneur
consomme beaucoup d’énergie, l’utilisation de microorganismes permet
de les libérer de façon plus écologique.
 Les procédés utilisés dans l’hydrométallurgie microbiologique reposent
sur l’action solubilisant des agents bactériens ou fongiques ou de leurs
métabolites à une pression normale et à une température comprise entre
5°C et 80°C.
 Parmi les champignons, Aspergillus ochraceus, Penicillium funiculosum
et Rhizopus arrhizus possèdent la propriété d’adsorber de l’uranium à
partir du minerai.
 Penicillium simplicissimum extrait jusqu’à 80 % du titane à partir de la
granodiorite et le nickel à partir de la latérite, Aspergillus niger extrait
près de 90 % du cuivre des minerais carbonatés et silicatés, ainsi que
l’aluminium des aluminosilicates, Penicillium lapidosum adsorbe le
chrome et peut trouver un intérêt dans l’épuration des effluents de
tanneries.
3.4.5 –Biodépollution
 Des levures peuvent être très utilement employées dans le traitement des
effluents d’industrie : K. fragilis, G. candidum participent activement à la
réduction des demandes biologique et chimique en oxygène.
 Le procédé Symba met à profit l’action symbiotique de deux levures,
Endomycopsis fibuliger et Candida utilis, dans le recyclage de boues
riches en amidon.
 Les effluents de distilleries de vins, les effluents d’huiles d’olive ou de
mélasses d’oranges, très riches en matières organiques, renferment de plus
des teneurs importantes de composés phénoliques. Or un prétraitement
aérobie avec G. candidum fait chuter leurs taux de près de 90 % et
augmente considérablement la vitesse de digestion anaérobie classique
des effluents.
 39

Les microorganismes génétiquement modifiés et l’industrie

INTRODUCTION:
Les bactéries vivent avec nous dans les aliments: légumes, fruits…
boisson: eau embouteillée, produits laitiers..
Ce sont souvent les saprophytes ou fortuites.
 D’autres peuvent être nuisibles et responsable de l’altération des denrées
alimentaires
 Provocation des maladies à la suite de leur ingestion avec l’aliment.
Cependant, pour les produits de qualité, le nombre de ces microorganismes est
réduit.
Introduction des microorganismes dans l’industrie:
 Les micro-organismes ont toujours eu une forte influence sur l'espèce
humaine au niveau de sa santé et de son alimentation.
 Leur importance s'étend aujourd'hui à des domaines liés à la production
industrielle, aux conditions de cultures agraires et la gestion des pollutions
environnementales
 La construction de micro-organismes génétiquement modifiés (MGM),
principalement des bactéries (ex : Escherichia coli) et des levures (ex :
Saccharomyces cerevisiae), est à la base d'une grande partie des
découvertes fondamentales en biologie au cours du dernier quart du
XXème siècle.
 Des milliers de MGM, transgéniques ou non, sont constamment en cours
de fabrication à travers le monde et seront stockés dans des congélateurs
pour pérenniser une collection internationale qui se chiffre en millions
d'organismes chimériques.
 A partir des années 80, certains d'entre eux, exploités dans des
conditions de confinement maîtrisées, ont été utilisés pour produire des
molécules d'intérêt médical tel que des hormones (ex : insuline) ou des
vaccins.
Il s'agit d'exploiter des organismes transgéniques comme micro-usines
métaboliques pour fabriquer des produits qui sont, après purification,
commercialisés comme n'importe quelle substance chimique.
 40

 Cette approche est maintenant étendue à la production de molécules

utilisées dans la fabrication de produits alimentaires.
 C'est le cas par exemple, de la chymosine, protéine de la présure de veau
(industrie laitière) ou encore d'amylases de Bacillus sp. (panification ou
industrie brassicole) (1).
 Les années 90 ont vu émerger des projets d'une autre ambition : fabriquer
des MGM directement utilisables dans notre environnement (alimentation,
médicaments, agriculture). Différents MGM sont actuellement considérés,
au moins par leurs constructeurs, comme prêts à être utilisés en
technologie alimentaire.
 Parmi les projets les plus aboutis, on notera ceux concernant Lactococcus
lactis, une bactérie lactique dont certaines souches ont été génétiquement
manipulées pour permettre une accélération de l'affinage des fromages ou
une meilleure résistance à certains virus qui lui sont spécifiques (1, 3).
 Il existe aussi d'autres projets basés sur la construction de levures
génétiquement modifiées pour optimiser la fabrication du vin ou du pain.
 Il est important de remarquer que les concepteurs de ces nouvelles
souches de micro-organismes font une distinction entre MGM
transgénique, c'est à dire porteur d'un ou plusieurs gènes ou structures
génétiques issus d'un organisme différent de celui qui est modifié, et
MGM non transgénique, construit par autoclonage (SAGE : Sans
Addition de Gène Extérieur) et donc n'étant pas soumis à la même
réglementation (1).
 Introduction des microorganismes dans l’industrie:
 D’autres microorganismes sont introduits dans les aliments à cause de leur
aptitude à transformer ces aliments à d’autres produits.
 C’est le cas de certaines salaisons dont le saucisson, les fromages et les
laits fermentés.
 Les plus importantes consommations bactériennes proviennent des
yaourts et des laits fermentés.
 le nombre de bactéries est de l’ordre de 108 bactéries/gramme et
que la consommation journalière de ces produits laitiers dépasse
souvent les 200 g.
On les appelle des probiotiques, c'est-à-dire des microorganismes vivants (le
plus souvent des bactéries) qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité suffisante,
exercent un effet positif sur la santé au-delà des effets nutritionnels traditionnels.
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 On les appelle des probiotiques, c'est-à-dire des microorganismes vivants

(le plus souvent des bactéries) qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité
suffisante, exercent un effet positif sur la santé au-delà des effets
nutritionnels traditionnels.
L’utilisation des microorganismes dans l’industrie
 En santé humaine:
Les microorganismes transformés permis de produire des protéines
indispensables, auparavant obtenues par extraction : insuline, hormone de
croissance, facteurs sanguins de coagulation ou anticorps.
 Ainsi, l’insuline recombinante produite par une bactérie a ouvert aux
diabétiques des perspectives nouvelles.
 Abondante, mieux tolérée que l’insuline de porc parce que d’origine
humaine, elle a, de plus, été améliorée pour leur rendre la vie plus facile.
 Avantages: pour l’industrie pharmaceutique
 ils produisent en abondance des molécules complexes, peu
abondantes dans la nature ;
 l’extraction est facilitée ;
 les infections d’origine animale ou humaine sont évitées ;
 la culture de bactéries ou de levures transformées en milieu clos,
obéit aux règles très strictes appliquées aux agents pathogènes les
plus dangereux pour l'homme (laboratoires de type P4).
 Dans l’industrie agroalimentaire, les micro-organismes génétiquement
modifiés ne sont pas autorisés.
 Cependant, certaines enzymes, isolées et purifiées, peuvent être
employées dans des bioréacteurs : alpha-amylase pour hydrolyser
l’amidon en glucose, pour la préparation de bières, lipases spécifiques…
Risque lié à l’utilisation des MGM
Risques pour la santé. Il a été montré qu'une souche de levure
(Saccharomyces cerevisiae) génétiquement modifiée pour améliorer ses
capacités fermentaires, accumulait une substance mutagène, le
méthylglyoxal (4).
Cet exemple montre,
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D’une part, les limites de la nature supposée prédictive de l'ingénierie

génétique et,
D’autre part, l'insuffisance du principe de l'équivalence en substance pour
s'assurer de l'innocuité des MGM.
Risques pour l'environnement.
Les transferts génétiques horizontaux correspondent à la modification
immédiate du patrimoine héréditaire d'une cellule par acquisition d'un
ADN, libre ou non, présent dans son environnement (2).
La fréquence des transferts horizontaux dans la nature est extrêmement
mal connue.
Pourtant ces transferts sont bien réels comme le prouvent certaines
homologies de séquences génétiques entre des organismes qui ont des
liens de parenté très éloignés.
Les expériences scientifiques dans ce domaine suivent souvent une
logique basée sur une approche modélisée des sols ou des tubes digestifs.
Cependant des travaux récents ont montré que la grande majorité des
micro-organismes du sol ou du tube digestif des mammifères est inconnue
(5, 6)
Il est donc très difficile d'appréhender les mécanismes et la fréquence des
transferts horizontaux de matériel génétique entre un MGM et la flore
microbienne sauvage, cette dernière étant actuellement, en grande
majorité, non caractérisée.
Pour donner une image, le niveau de compréhension des transferts
génétiques entre les bactéries dans l'environnement est comparable au
niveau d'appréciation d'un match de football où sept à dix joueurs, par
équipe, seraient invisibles…