2-Le fermenteur - Classification selon le système fermentaire

➢ Fermentation en culture discontinue (batch)- ➢Cinétique microbienne

➢Phase de déclin/létalité
❑Les ressources sont épuisées
❑Les condition du milieu sont défavorable
❑La mort cellulaire (µ<0)

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2-Le fermenteur - Classification selon le système fermentaire

II- Fermentation en culture discontinue alimenté ou semicontinu (Fed-

batch)-

➢ Le fed-batch(de l’anglais to feed, pour alimenter),

➢ Le mode de culture le plus utilisé industriellement.
➢ C’est une culture discontinue, sans soutirage,
alimentée en continu par un milieu nutritif.
➢ La fermentation se fait dans un premier temps
sous forme d'un batch normal dans un volume
réduit.
➢ Du milieu frais est ensuite ajouté de manière
intermittente ou continue pour maintenir les
cellules dans l'état souhaité (phase exponentielle
ou phase stationnaire) sans soutirer de milieu
conduisant à une augmentation du volume dans
la cuve au cours du temps.
➢ Lorsque la cuve est rempli l’alimentation en
nutriment ou en milieu est coupé.

2
2-Le fermenteur - Classification selon le système fermentaire

II- Fermentation en culture discontinue alimenté ou sem-icontinu (Fed-

batch)-
➢ bouillon de culture est récolté
habituellement seulement à la fin de la
période d'exploitation, que ce soit
entièrement ou partiellement (le reste
servant d’inoculum pour la prochaine
production).
➢ Une des stratégie pour utiliser ce mode de
culture est de connaître la cinétique de
cellule, cette méthode est donc utilisée
avec des souches caractérisées

➢ avantage
❑ Grain de temps et de productivité
❑ Possibilité de modifier la composition du milieu au cours de l’opération
❑ Possibilité de travailler dans μ max
❑ Possibilité d’orienter le métabolisme bactérien

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 3

2-Le fermenteur - Classification selon le système fermentaire

III- Fermentation en culture en continu

➢ La solution de nutriment est

apportée en continue au réacteur
mais
➢ une quantité équivalente de
solution fermentée est prélevée.
➢ Le volume est donc constant.

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 4

2-Le fermenteur - Classification selon le système fermentaire

II- Fermentation en culture continu

➢ Avantage et inconvénient de la culture en continu

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2-Le fermenteur - Classification selon le système fermentaire

II- Fermentation en culture continu

chémostat ou bactogène

➢ Dans un chémostat, du milieu de culture

neuf est apporté à un débit constant tandis
que le réacteur (homogénéisé) est délesté
de son contenu au même débit
exactement.
➢ Lechemostatconstituelesystèmeouvertdefe
rmentationcontinue,quiestleplussimpleetle
plusrépand

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire

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2-Le fermenteur - Classification selon le système fermentaire

II- Fermentation en culture continu

Turbidostat ou Biostat

Dispositif de culture en continu.

La concentration du milieu de culture est

maintenue constante par un contrôle
turbidimétrique.

L’appareillage est très simple, comprend

une cellule photoélectrique reliée à la vanne
d’entrée du milieu neuf et qui permet via un
système électronique une autorégulation du
débit en fonction de la concentration de la
biomasse mesurée en sortie

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 7

2-Les productions de la fermentation

➢ les microorganismes en culture peuvent servir à produire:

❑ de la biomasse
❑ des métabolites
❑ protéines

➢ le fermentation est aussi au cœur des procédés de fabrication

de produits traditionnels dits "fermentés" : ensilage,
choucroute, olives, pain, café, cacao, thé, pastel; Fromages,
saucisses, jambons, produits de pêche, vins, cidre, bière, sake

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 8

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

1- Définition de la biomasse

➢ Le terme de biomasse désigne le matériel organique cellulaire des

organismes mis en culture (animaux, végétaux ou microbiens).

➢ On appelle POU (Protéinesd’organismes unicellulaires) ou "Single Cell

Protein« (SCP) , toute biomasse microbienne destinée à l’alimentation humaine
ou animale. Cette biomasse possède un contenu très élevé en protéines et en
vitamines.

➢ Les microorganismes utilisés pour produire la biomasse peuvent utiliser comme

substrat :
❑ le dioxyde de carbone (chlorelles , spirulines)
❑ le méthanol
❑ l'éthanol
❑ le lactosérum
❑ l'amidon ou le glucose
❑ des hydrocarbures

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 9

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

2- Applications de la biomasse
➢ source de protéines pour une consommation alimentaire directe;

➢ Production de de levures diététiques ( levure de bière)

➢ Production de de ferments de régénération de la flore intestinale (probiotique)

➢ de levures pour aliment de bétail, de mycélium fongique (pour des extraits ou poudres
destinées aux sauces et soupes, de nourriture pour l’aquaculture (algues) ainsi que de
levains pour la boulangerie, la fromagerie, etc.

➢ Production de levains pour les industries de fermentations.

➢ Production de métabolites après lyse et extraction

➢Production d’agents biologiques pour bioconversions (cellules utilisées libres ou immobilisées,

comme catalyseur).

➢Production pour des applications particulières comme la lutte biologique (action insecticide).

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 10

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse

microbienne

➢Méthode gravimétrique

➢Méthode optique

➢Par comptage du nombre de cellules

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 11

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse microbienne

➢ Méthode gravimétrique
❑ Par mesure de poids sec (la masse sèche )

❑ Les principale étapes de cette méthode sont :

1- Récupération de la biomasse par centrifugation

2- Séchage à l’aide d’un dessiccateur/ .

3- Pesage (balance )

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 12

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse microbienne

➢ Méthode optique

❑ Mesure du trouble ou turbidité d'une suspension microbienne

❑ Déterminée grâce à un système optique ( spectrophotomètre classique), qui

mesure la diminution, due à l'absorbance, de l'intensité d'un rayon lumineux de
longueur d'onde connue traversant la suspension.

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 13

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse microbienne

➢par la Mesure du nombre de cellule
➢Il existe plusieurs technique:

1- Dénombrement après culture

2- Dénombrement hématimétrique

3- Utilisation d’un compteur de particules

4- Épifluorescence (microscopie en fluorescence)

5- Bioluminescence

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 14

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse microbienne

➢par la Mesure du nombre de cellule
1- Dénombrement après culture
par comptage des cellules viables cultivables

Principales étapes

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 15

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse microbienne

➢par la Mesure du nombre de cellule
2- Dénombrement hématimétrique
➢ Le dénombrement direct des cellules permet de déterminer un nombre absolu de
cellules dans un volume déterminé.
➢ Une étape préliminaire est indispensable si la concentration est élevée :
la dilution.
La cellule de Malassez est un hématimètre qui permet de compter le nombre de
cellules en suspension dans une solution.
➢ Il s'agit d'une lame de verre sur laquelle un quadrillage a été gravé de 25
rectangles contenant eux-mêmes 20 petits carrés.
➢ le comptage se fait au microscope

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 16

2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse microbienne

➢par la Mesure du nombre de cellule
3- Compteur de particules

➢ Fluidique : Cellules en suspension.

➢ Electronique : Signaux collectés, filtrés et Convertis en valeurs numériques

4- Epifluoressence (microscopie en fluorescence)

➢ Les cellules microbiennes sont colorées par un fluorochrome de type

Acridine orangé.

➢ Les Cellules vivantes qui sont fluorescentes dans le vert(ADN double brin)
.
➢ Cellules mortes dont la fluorescence rouge résulte de la combinaison du
fluorochrome avec l’ADN dénaturé.

➢ La lecture se fait au microscope optique

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 17
2-Les productions de la fermentation- Production de biomasse

3- Méthodes de détermination de la biomasse microbienne

➢par la Mesure du nombre de cellule

5- Bioluminescence
➢ production et l'émission de lumière par un organisme vivant résultant
d'une réaction chimique au cours de laquelle l'énergie chimique est
convertie en énergie lumineuse.
➢ le comptage se fait à l’aide d’un luminomètre

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 18

2-Les productions de la fermentation- Production de métabolites

➢ On distingue les métabolites primaires et les métabolites secondaire

❑ Les métabolites primaire :

✓ sont synthétisés pendant la phase exponentielle de croissance pour
assurer les besoins nutritifs des microorganismes et la croissance cellulaire.

✓ Principales molécules, métabolites primaires produits industriellement par

fermentation :
- acides aminés
- acides organiques
- alcools et solvants
- carburants
- lipides
- nucléotides
- polysaccharides
- vitamines
-pigments

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 19

2-Les productions de la fermentation- Production de métabolites

❑ Les métabolites secondaires

➢sont produits à la fin de la période de croissance, sans doute suite à un

stresse microbien durant la phase stationnaire,

➢Ne sont pas nécessaires à la croissance des microorganismes

➢Ne sont produit que par une seule ou par peu d’espèces.

➢Chez les microorganismes produisant des métabolites secondaires, la

phase de croissance est appelée la trophophase. La phase impliquée
dans la production de métabolites secondaires est appelée l’idiophase.

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire

20
2-Les productions de la fermentation- Production de métabolites

❑ Les métabolites secondaires (suite)

➢ Les principaux métabolites secondaires produits par les microorganismes

❑ antibiotiques :
✓ 30 antibiotiques produits par des actinomycètes + 12 par fermentation suivie de
modification chimique
✓ 3 antibiotiques produits par des champignons + 39 par fermentation suivie de
modification chimique
❑ƒalkaloïdes
❑ Antidiabétiques
❑ Anticholestérolémiques
❑ Immunomudulateurs
❑ Insecticides
❑ Pesticides
❑ herbicides

21
2-Les productions de la fermentation- Production de métabolites

22
2-Les productions de la fermentation- Production de protéines

Les microorganismes sont des outils très performants de production de

ƒ
protéines natives ou recombinées (expression de gènes clonés) :
❑ Enzymes

❑ hormones (insuline, hormone de croissance)

❑ interféron

❑ antigènes

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 23

2-Les productions de la fermentation- Production de protéines
➢ Production d’enzyme
1- définition d’enzyme
Les enzymes sont des catalyseurs biologiques de nature protéique complexe.

2- Sélection des souches

De façon générale, les micro-organismes sont sélectionnés selon les
principaux critères suivants:
- Fournir une bonne production d'enzymes en un minimum de temps

- Les enzymes extracellulaires(généralement des hydrolases) sont préférables

aux endocellulaires (dont l'extraction est difficile à réaliser).

-La souche doit pouvoir se développer sur des substrats moins couteux

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 24

2-Les productions de la fermentation- Production de protéines
➢ Production d’enzyme

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2-Les productions de la fermentation- Production de protéines
➢ Production d’enzyme
3- Procédure de production d’enzyme
➢ Des que la fermentation est terminée, la culture est refroidie entre 3 et
5°C.

➢ L'enzyme souhaitée produite peut être excrétée dans le milieu de culture

(enzymes extracellulaires) ou peut être présente dans les cellules
(enzymes intracellulaires).

➢ Selon l'exigence, l'enzyme commerciale peut être

✓ brute ou très purifiée.
✓ sous forme solide ou liquide.

➢ Les étapes impliquées dans l’extraction et de purification utilisées

dépendront de la nature de l'enzyme et du degré de pureté souhaitée.

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 26

2-Les productions de la fermentation- Production de protéines
3- Procédure de production d’enzyme
✓ L’extraction
➢ Elle consiste à libérer l’enzyme de la cellule par éclatement de la paroi ou de la
membrane cellulaire par des procédés physique ou chimique.

➢ En général, le rétablissement d'une enzyme extracellulaire présente dans le

bouillon est relativement plus simple par rapport à une enzyme intracellulaire.
Pour la libération d'enzymes intracellulaires, des techniques spéciales sont
nécessaires pour la perturbation cellulaire.

➢ Les cellules microbiennes peuvent être décomposées par des moyens physiques:
✓sonication,
✓ haute pression,
✓perles de verre
✓ou par moyens chimiques (solvants organiques).

➢ Les parois cellulaires des bactéries peuvent être lysées par l'enzyme lysozyme.
Pour les levures, on utilise l'enzyme β-glucanase, Cependant, les méthodes enzymatiques
coûtent cher

Rappel sur les éléments de base du génie fermentaire 27