DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

MASTER SCIENCES ET TECHNOLOGIES

AGROALIMENTAIRES

Semestre : 1

Module 2 : Microbiologie alimentaire

Partie n° 2 :

Pr. Mohamed RAHOUTI

Année universitaire : 2021-2022
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 Plan du Cours

BIOTECHNOLOGIE FONGIQUE

1. Introduction
2. Souches fongiques: obtention, amélioration et conservation
3. Croissance fongique
4. Systèmes de fermentation fongique
5. Immobilisation des cellules fongiques
6. Technologie fermentaire
7. Synthèses et biotransformations
8. Biomasse
9. Conclusion

1. INTRODUCTION
Les champignons ont été utilisés depuis des millénaires dans la production
de divers aliments et boissons. Bien que ces applications sont encore
importantes, les champignons sont actuellement utilisés dans de nouveaux
procédés de production de produits de valeur tels que les antibiotiques, les
enzymes, les vitamines, les produits pharmaceutiques, les fongicides, les
régulateurs de croissance des végétaux, les hormones et les protéines (Tab. 1).
Dans le futur, cette liste sera sûrement élargie davantage.
Aujourd'hui, les champignons sont les producteurs de cinq produits de
fermentation leaders en termes de tonnes par an dans le monde ; ce sont :
 les bières (60 millions de tonnes),
 les vins (30 millions T),
 l'acide citrique (900 mille T),
 les protéines unicellulaires et la levure fourragère (800 mille T)
 la levure de boulangerie (600 mille T).

2
 Tab.1. Quelques produits économiquement importants produits par les
champignons

LA FERMENTATION : c’est la transformation de certaines denrées

alimentaires sous l’action d’un agent responsable, le ferment.
LA FERMENTATION INDUSTRIELLE inclue les espèces fongiques
capables de réaliser la fermentation, la sécrétion de métabolites ou la
transformation de produits naturels (lait, viandes) ou synthétiques. Il s'agit d'un
des grands volets des Biotechnologies.
3
 LA BIOTECHNOLOGIE : ensemble des techniques qui visent à
l'exploitation des micro-organismes, des cellules animales et végétales et de leurs
constituants pour la production de biens et de services.

LES MICROORGANISMES : quels sont les intérêts de l'utilisation de

ces organismes dans l'industrie de fermentation ?
 La principale raison pour l'utilisation des microorganismes dans la
production des composés, qui peuvent être isolés à partir de plantes et d'animaux
ou synthétisés par voie chimique, est la facilité d'augmenter la production par des
modifications des conditions de culture et des manipulations génétiques. Des
augmentations de production atteignant un millier de fois ont été obtenues dans
le cas de petits métabolites.
 La facilité d'adaptation à une large gamme de milieux différents, ce
qui permet à une culture d’être transplanter de la nature à une fiole de laboratoire
ou un fermenteur d'usine, où elle sera capable de croître sur des sources de
carbone et d'azote peu coûteuses et de produire des composés de forte valeur
ajoutée ;
 La facilité de manipulation génétique pour augmenter la
productivité, modifier les structures et les activités, et créer entièrement de
nouveaux produits ;
 La capacité de produire des énantiomères spécifiques, généralement
des formes actives, dans le cas où la synthèse chimique produit un mélange
d'énantiomères actifs et inactifs.

2. SOUCHES FONGIQUES : OBTENTION, AMÉLIORATION ET

CONSERVATION

Le nombre d’espèces fongiques décrites jusqu’à présent est ~ 120 000

espèces, bien que le nombre total d'espèces est estimé à 1,5 millions.
Le monde des champignons représente un ensemble extrêmement
hétérogène, dont les individus sont distribués dans toutes sortes d’habitats. Cette
caractéristique a pour conséquence une grande diversité métabolique et
biochimique.

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 2.1. SOUCHES FONGIQUES
Parmi les milliers d’espèces fongiques connues, relativement peu sont
utilisées en biotechnologie. Les exigences industrielles obligent à ne sélectionner
que des souches :
 ayant une croissance rapide et facile, si possible sur des substrats peu
coûteux ;
 ayant le pouvoir de sécréter des enzymes en grande quantité ;
 étant capables de produire avec un maximum de rendement et
permettant une séparation facile des métabolites ;
 possédant une relative stabilité génétique.

Les champignons exploités actuellement sont :

- Levures : elles représentent le groupe le plus important de micro-
organismes exploités par l'homme.
- Micromycètes : ils sont nombreux et ubiquistes et constituent un
réservoir de champignons et une source naturelle de molécules originales.
La plus importante et la plus ancienne utilisation des levures dans le
secteur agroalimentaire est la fabrication de boissons alcoolisées.

CELLULE FONGIQUE : RAPPEL

La cellule fongique a fondamentalement la même organisation que la
cellule animale et végétale, et sa physiologie présente beaucoup d'analogies avec
celle de la cellule animale. La cellule fongique, comme la cellule végétale, est
entourée d'une paroi.

Fig. 1. Schéma de l'ultrastructure de Saccharomyces cerevisiae.

5
 Fig. 2. Organisation schématique de l’apex d’un filament en période de
croissance active

2.2 OBTENTION DE NOUVELLES SOUCHES

Sources :
2.2.1. Collection nationale
CCMM : Collections Coordonnées Marocaines de micro-organismes.
CNRST: Centre National pour la Recherche Scientifique et Technique, Rabat
(Maroc).

2.2.2. Collections internationales

 ATCC : American Type Culture Collection (USA)
 CBS : Centraalbureau voor Schimmelcultures (Pays Bas) ;
 CCFC: Canadian Collection of Fungal Cultures;
 CNCM : Collection Nationale de Cultures de micro-organismes
(Institut Pasteur, France) ;
 WDCM: World Data Centre for Microorganisms (Chine).

2.2.3. Milieux naturels

1. Prélèvements à partir de milieux naturels (sol, eau, air) et de matières
organiques en décomposition.
Ex : la première souche de Penicillium chrysogenum utilisée pour la
production industrielle de la pénicilline a été isolée d'un melon moisi acheté au
marché (USA).

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 2. Criblage primaire : premier triage des espèces fongiques mises en
culture en présence :
 d'une souche indicatrice donnée : une bactérie ou un champignon
pathogène dans le cas de la recherche d'une activité antibiotique ou antifongique;
 d’un indicateur coloré dans le cas de la mise en évidence d'un
métabolite acide, ...

2.3. AMÉLIORATIONS DES SOUCHES

Limites d’utilisation de la souche sauvage :
La souche fongique sauvage n'est pas programmée pour sécréter de
grandes quantités de métabolites. Elle est pourvue d'un système d'autorégulation
qui bloque toute production dès qu'une concentration suffisante est atteinte dans
la cellule (rétro-inhibition). La production est en général très insuffisante à
l'échelle industrielle.
La biotechnologie intervient alors pour «améliorer» l'espèce sauvage, c-à-d
soit pour :
 lui permettre de fabriquer des métabolites à des quantités très
supérieures à ses propres besoins, par ex. en levant le phénomène de rétro-
inhibition ;
 obliger la cellule à synthétiser une nouvelle molécule, non inscrite
dans son patrimoine génétique.
Il s'agit de techniques faisant appel à la génétique moléculaire (mutations
induites, transfert d’une information génétique). Ces méthodologies donnent
naissance à des microorganismes génétiquement modifiés (OGM) qui servent
d'outils de production industrielle.

2.4. CONSERVATION DES ESPÈCES FONGIQUES

Tout micro-organisme est soumis à des mutations naturelles dont
l'importance quantitative et qualitative est souvent proportionnelle à sa vitesse de
reproduction.
Ex. de mutations naturelles : perte de pigmentation ou d’organes de
reproduction.
Le souci de l'industriel sera de conserver sa souche dans des conditions où
son activité biologique est réduite au minimum. Pour faire passer un
micromycète à l'état de vie ralentie, deux méthodes semblent donner les
meilleurs résultats : la congélation et la lyophilisation.

7
 2.4.1. Congélation
C’est une technique très employée.
La plupart des cultures fongiques peuvent être stockées et conservées par
congélation à - 65 ° C en présence d'un agent cryoprotecteur, tel que le glycérol.

2.4.2. Lyophilisation (cryodessiccation)

Elle consiste à extraire l’eau contenue dans le matériel fongique par
l’interaction des techniques du vide et du froid. Le produit, préalablement
congelé à basse température, est placé dans une enceinte sous vide.
L’abaissement de la pression entraîne une sublimation de la glace, c-à-d que l’eau
à l’état de glace s’élimine sous forme de vapeur sans passer par l’état liquide. Ainsi
traitée, une suspension de spores peut être conservée plusieurs années à
l'obscurité.

3. LA CROISSANCE FONGIQUE

Croissance
fongique (Nb
cellules, Poids frais,
Poids sec,
ergostérol)

1 : phase de latence
2 : phase d'accélération
3 : phase exponentielle
4 : phase de ralentissement
5 : phase stationnaire
6 : phase de déclin.

Fig. 3. Courbe de croissance de cellules fongiques inoculées dans un

milieu nutritif convenable et incubées dans des conditions de croissance
optimales.

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 Tab.2. Métaux nécessaires à la croissance fongique et aux fonctions
métaboliques

3.1. PHASE DE LATENCE

Elle représente une période de croissance nulle.
Elle reflète le temps nécessaire aux cellules inoculées pour s'adapter à leur
nouvel environnement de croissance.
Au cours de cette phase, il y a une intense activité biochimique dans les
cellules.
3.2. PHASE EXPONENTIELLE
C’est la période de dédoublement des cellules à vitesse constante.
Au cours de cette phase, les cellules effectuent le métabolisme primaire et
exploitent au maximum les nutriments du milieu de culture.
Les métabolites primaires sont essentiels à la croissance du champignon
et comprennent des glucides, des protéines, des acides nucléiques et des lipides.

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 Les précurseurs de ces métabolites doivent être synthétisés par le
champignon s’ils ne peuvent pas être obtenus à partir du milieu de culture.
Les métabolites primaires économiquement importants sont, entre-
autres, les enzymes, l’éthanol et les acides organiques.
Les fermentations industrielles, nécessitant la production de biomasse
cellulaire ou l'extraction de métabolites primaires, cherchent à allonger cette
phase, souvent par des techniques de culture fed-batch (par addition d’éléments
nutritifs) ou de culture en continu (apport nutritif continu avec le retrait
simultané de biomasse).

3.3. PHASE STATIONNAIRE

Pendant la phase stationnaire, le taux de croissance est nul et la biomasse
fongique accumulée reste relativement constante.
Après une longue période en phase stationnaire, les cellules peuvent
mourir et subir l’autolyse.
En plus de la carence en nutriments, d'autres causes physiologiques
peuvent favoriser l'entrée des cellules fongiques en phase stationnaire, par
exemple : accumulation de métabolites toxiques (éthanol dans le cas des
levures), pH faible, forte concentration de CO2, et haute température.
Au cours de cette phase, les champignons peuvent effectuer un
métabolisme secondaire, initiant spécifiquement des voies métaboliques qui ne
sont pas essentielles à la croissance des cellules, mais impliquées dans la survie
de l'organisme.
Les métabolites secondaires à grand intérêt industriel comprennent des
composés médicalement importants tels que les antibiotiques, les statines, les
cyclosporines et les alcaloïdes de l'ergot.
Certains sont importants dans le domaine de l’agriculture comme la
strobilirubine, composé antifongique phytosanitaire, et les hormones végétales
telles que l'acide gibbérellique.
La production industrielle de métabolites secondaires implique le
maintien des populations cellulaires au sein de la phase stationnaire de
croissance.

3.4. MORPHOLOGIE DU MYCÉLIUM DANS LES

CULTURES FONGIQUES
Les champignons filamenteux ont tendance à croître en tant que
pellicules flottantes à la surface lorsqu'ils sont cultivés en culture liquide
statique.

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 Dans la culture liquide agitée, les champignons poussent sous forme de
filaments dispersés ou de pellets de mycélium agrégé.
En biotechnologie fongique, la morphologie cellulaire peut influencer
directement le déroulement de la fermentation. Par exemple, les propriétés
rhéologiques du milieu de croissance, le transfert d'oxygène et l'absorption des
nutriments peuvent affecter défavorablement la formation des bioproduits.

4. SYSTÈMES DE FERMENTATION FONGIQUE

Les champignons sont utilisés pour produire une large gamme d'aliments
(par ex: pain, mycoprotéines), les boissons alcoolisées (vin, bière), les protéines
recombinantes, les vitamines et les antibiotiques.
Tab.3. Applications industrielles de champignons.

Pour réaliser cette production, plusieurs systèmes de fermentation sont

mis en œuvre, dont le choix dépend de :
 la nature du champignon (filamenteux ou levuriforme),
 le type de produit désiré,
 l'échelle de la production.
Les principaux systèmes de fermentation sont :
 la fermentation en milieu solide,
 la fermentation discontinue (système Batch),
 la fermentation en cycle continu.

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 Tab. 4. Systèmes et produits de la fermentation fongique

Les cellules de la levure ont un temps de génération moyen de 1,15 à 2 H,

alors que les champignons filamenteux se divisent à peu près toutes les 2 à 7 H;
En outre, en raison des morphologies de croissance différentes entre les
levures et les champignons filamenteux, les systèmes de fermentation
appropriés au premier type de cellules ne le sont pas nécessairement au second.
Bien qu'un certain nombre de systèmes de fermentation de base existe,
des modifications sont souvent apportées à ceux-ci afin d’«affiner» un système
de production d'un produit fongique spécifique.

4.1. FERMENTATION EN MILIEU SOLIDE

Elle se produit lorsque le champignon se développe sur un substrat solide
(par ex: les grains) en l'absence d'eau libre.
Dans ce cas, le champignon doit être capable de tolérer une faible activité
de l'eau.
Exemples de production par fermentation en milieu solide :
 production de champignons comestibles (Agaricus bisporus),
 production d’antibiotiques et d’enzymes par des champignons
filamenteux,
 production de sauce de soja en utilisant Rhizopus,
 production de fromage à partir du lait caillé en utilisant
Penicillium.
 production de compost horticole.
Les fermentations en milieux solides ont un certain nombre
d'applications, mais elles peuvent être difficiles à maîtriser et la stérilisation de
la matière première peut être coûteuse.

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 4.2. SYSTÈME DE FERMENTATION DISCONTINUE (SYSTÈME
BATCH)
Dans la culture discontinue, le milieu est inoculé avec une faible densité
de cellules fongiques.
Après une phase de latence de quelques minutes ou heures, la phase de
croissance exponentielle commence.
Quand la concentration des nutriments baisse, le taux de croissance
ralentit jusqu'à ce que, dans la phase stationnaire, il n'y a aucune nette
augmentation du nombre de cellules.
La prolongation de l’incubation peut entraîner une réduction de la
viabilité cellulaire.
Le système Batch a été utilisé pour produire des boissons alcoolisées et
des solvants industriels, tels que l'éthanol et l'acétone.
La production d'éthanol, par brassage des levures, est maximale lorsque la
culture entre dans la phase stationnaire ; par conséquent, les brasseurs
surveillent l'apparition de l'éthanol et arrêtent la fermentation lorsque le niveau
a atteint un pic.
La poursuite de la fermentation entraîne l’épuisement de l'éthanol, parce
que ce dernier est consommé par la levure en absence d’autre substrat carboné.

4.3. FERMENTATION EN CYCLE CONTINU (CHEMOSTAT)

Dans ce système, les cellules sont cultivées et maintenues à une étape
particulière de leur cycle de croissance.
Les éléments nutritifs sont ajoutés à un taux constant et de la biomasse ou
du milieu épuisé est retiré au même rythme afin de maintenir constant le
volume de réaction.
Bien que la fermentation en cycle continu ait toujours été difficile et
coûteuse à mettre en place pour les champignons, elle est maintenant
couramment utilisée pour la production d'antibiotiques et de mycoprotéines.
Système Fed batch = batch alimenté.
Le système Fed batch est très similaire à la fermentation discontinue, à
l'exception que des éléments nutritifs sont ajoutés périodiquement au cours du
processus de fermentation, c-à-d, qu’il y a un apport régulier des substrats en
fonction des besoins de la souche grâce à une alimentation du milieu de culture.
Ce type de système de fermentation est optimal pour la production de
biomasse.
Il est utilisé pour la production de la levure de boulangerie.

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 5. IMMOBILISATION DES CELLULES FONGIQUES
Les biofilms fongiques représentent une forme naturelle d'immobilisation
des cellules résultant de leur fixation sur des matériaux solides.
Dans les procédés industriels, l’immobilisation des cellules fongiques sur
des supports inertes possède de nombreux avantages sur les cultures de cellules
libres en suspension.
L’immobilisation :
 assure le maintien d’une haute densité cellulaire, puisque les
cellules ne sont pas éliminées au moment de la vidange du bioréacteur,
 réduit le risque de contamination,
 supprime l’inhibition de la croissance par la production de
métabolites toxiques, tel que l'éthanol.
Le principal inconvénient de l'immobilisation est la diminution de la
viabilité de la cellule fongique au fil du temps et la dégradation du système
d'immobilisation avec l'utilisation continue.
Quatre techniques d'immobilisation de base sont possibles (Fig.4) :
Ire technique: Adhésion à une surface
Les cellules de levure sont attachées à des surfaces solides par adsorption
ou par des liaisons covalentes.
 L’adsorption résulte d’une attraction électrostatique entre le
support et la membrane cellulaire. Les supports sont des matériaux comme :
bois, PVC, silice, …
 La deuxième méthode utilise des liaisons covalentes qui peuvent
s’établir entre les cellules et le support par l’intermédiaire du glutaraldéhyde.
Cette technique est actuellement surtout utilisée pour l’immobilisation
d’enzymes.
2ème technique: Inclusion
C’est la technique la plus commune ; les cellules fongiques sont
incorporées dans une matrice de polymère ± rigide.
Ces polymères sont de différentes natures (synthétique comme le
polyacrylamide, protéique comme la gélatine ou polysaccharidique comme la
cellulose).
L’inclusion conduit le plus souvent à des produits (billes), d’une grande
stabilité mais présentant une résistance mécanique relativement faible.
L’inclusion de la levure dans des billes conduit à une augmentation de la
productivité de l’éthanol, mais la matrice polymérique peut être un facteur
limitant la diffusion des solutés et/ou des gaz nécessaires au champignon.

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 3ème technique: Floculation des cellules de levure ou la formation de
grumeaux.
La floculation est un processus naturel qui se produit normalement à la
fin d'une fermentation.
Elle est basée sur la capacité naturelle des microorganismes à adhérer
entre eux.
Son induction à la fin d'une fermentation assure une densité cellulaire
élevée et élimine le recours à la centrifugation de grands volumes de milieu de
culture pour récolter les cellules.

4ème technique: Maintien des cellules derrière une barrière

Cette immobilisation peut se faire selon 3 procédés :
 L’immobilisation des cellules derrière une barrière préformée, telle
que des fibres creuses;
 L’immobilisation par formation d’une barrière autour des
µorganismes, comme par exemple la technique de micro-encapsulation;
 L’utilisation d’une membrane semi-perméable compartimentant les
champignons en croissance.
Ce type d’immobilisation s’est révélé idéal pour les systèmes où des
produits de haute masse moléculaire devaient être séparés de l’effluent.
L’un des inconvénients de cette technique est l’encrassement de la
barrière, qui réduit l'efficacité du système.

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 Fig.4. Méthodes d'immobilisation des cellules fongiques.

6. PROCÉDÉS FERMENTAIRES
6.1. MILIEUX DE CULTURE INDUSTRIELS
L'industriel ne pourra jamais utiliser des produits chimiques purs mais
des substrats bon marché, très souvent issus de sous-produits de l'industrie
agricole ou pétrolière.
La source d'azote est généralement représentée par le «corn steep
liquor» auquel s'ajoutent quelquefois des farines de soja, de poisson, d'arachide
ou de déchets d'abattoir.
Les sources de carbone: une grande variété est actuellement utilisée :
1. Les mélasses, sous-produit de la fabrication du sucre, renferment près
de 50 % de sucres divers (saccharose, glucose, fructose), mais aussi des acides
aminés, des vitamines et des sels minéraux ;
Sucreries et raffineries: COSUMAR, SUNABEL, SUNAG, SURAC,
SUCRAFOR,...
2. Le lactosérum, exsude du caillé lors de la fabrication du fromage ;
Fromageries: Bel (Tanger. Fabrication de fromages fondus : La vache qui
rit), SOFRAM (Casa), …

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 3. L’amidon, est utilisé par toutes les espèces fongiques capables de
sécréter des amylases (Mucorales, Aspergillus,...) ;
4. Les déchets cellulosiques (bois, pailles) utilisables par des espèces
cellulolytiques (Trichoderma) ;
5. Les liqueurs sulfitiques, résidus de la fabrication de la pâte à papier,
contiennent des oses provenant de l'hydrolyse des hémicelluloses ;
Cellulose du Maroc: Fabrication de pâte à papier : actuellement fermée.
6. Les paraffines, sous-produits de raffinage du pétrole.
Raffinerie du pétrole: SAMIR : actuellement fermée.
Autres ingrédients du milieu de culture:
Les sels minéraux et les facteurs de croissance indispensables à une bonne
croissance mycélienne sont en général déjà présents dans les sources de carbone
et d’azote.
Eau (cultures liquides).

6.2. FERMENTEURS (BIORÉACTEURS)

Ce sont en général des cuves en acier de très grande capacité (50 à 1 000
3
m ), et comprenant tous les dispositifs nécessaires à la culture des champignons.
Sont annexés à ces fermenteurs, les appareils de contrôle et de régulation
du pH, de la température, de l'oxygène dissous, de la vitesse d'agitation, de la
croissance cellulaire, ...
Tous ces dispositifs sont reliés à un ordinateur central qui contrôle la
fermentation.
Types de bioréacteurs : Batch, Fed batch et Chemostat.

6.3. EXTRACTION
En fin de fermentation, l'extraction concernera :
 la biomasse (levures par ex.) ;
 les métabolites (produits issus du métabolisme fongique).
Types de métabolites :
 Exométabolites : métabolites sécrétés pendant la croissance du
mycélium ;
 Endométabolites : produits restant dans les cellules, qui ne seront
extraits et purifiés qu'après éclatement des cellules fongiques.

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 Fig.5. Bioréacteur à agitation mécanique

7. SYNTHÈSES ET BIOTRANSFORMATIONS
Les applications industrielles des champignons sont très nombreuses.
Elles touchent pratiquement tous les grands secteurs de l'industrie,
notamment la pharmacie et l'agro-alimentaire.

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 7.1. MÉTABOLITES PRIMAIRES
Dans le cycle de vie des champignons, on distingue 2 phases dans la
production des métabolites :
 le métabolisme primaire,
 le métabolisme secondaire.
Les métabolites primaires sont associés à la phase initiale de croissance
(enzymes, lipides, alcool, acides organiques, ...).

Tab.5. Exemples de métabolites primaire et secondaire et les

champignons à partir desquels ils sont produits commercialement.

7.1.1. Acides organiques (acides citrique et lactique)

Plusieurs acides organiques sont aujourd'hui fabriqués grâce à des
micromycètes divers.
7.1.1.1. Acide citrique
L'acide citrique est le principal acide organique trouvé dans les agrumes
(Citrus).
En termes de volume de la production mondiale, c’est l'acide citrique qui
est le plus important ; en effet plus d’un million de tonnes sont produites
annuellement.
En raison de son goût agréable et de sa faible toxicité, cet acide est
largement utilisé dans l'industrie pour la préparation de la nourriture et des
boissons gazeuses et dans la confiserie.
Ferment : Aspergillus niger.
Matière première préférée: la mélasse.

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 Afin d'assurer une haute productivité, le milieu de culture doit aussi
contenir d’autres éléments nutritifs comme l'azote, le phosphore et les oligo-
éléments.
Le processus de fermentation est également influencé par la température,
l'aération et le pH (pH: 2).

7.1.1.2. Acide lactique

C’est le premier acide organique fabriqué industriellement par
fermentation (vers 1880 dans le Massachusetts, USA).
Utilisations :
 domaines alimentaires (acidifiant du jus de fruits, sirops),
 pharmaceutiques (lactate),
 industries du textile.
Ferments : bactéries lactiques principalement (Lactobacillus, Lactococcus,
…), mais aussi Rhizopus oryzae ou R. nigricans.
Substrats : milieux naturels riches en amidon (Rhizopus).
Plus de 100 000 tonnes sont produites chaque année.

7.1.2. Vitamines (vitamines D et du groupe B)

Les vitamines sont des nutriments essentiels nécessaires en petites
quantités pour la santé des humains et des animaux. Il y’a un grand
besoin de vitamines supplémentaires, autres que celles provenant de
sources alimentaires. Les vitamines ajoutées sont préparées soit par voies
chimique ou biotechnologique (tableau suivant).
Plusieurs vitamines sont pour l'instant uniquement produites par voie
chimique. Cependant, des composés tels que la riboflavine (B2), la
cyanocobalamine (B12), l'acide orotique (B13), l’ergostérol (provitamine
D2), les vitamines du groupe F et la vitamine C sont maintenant produites
exclusivement par fermentation.
7.1.2.1. Vitamine B2 (riboflavine)
Elle est produite par extraction de matières organiques ou par
fermentation ; ce dernier procédé a récemment augmenté en application.
Actuellement la souche préférée dans le procédé de fermentation est le
champignon ascomycète Ashbya gossypii.
L’huile et la farine de soja sont les substrats les plus couramment utilisés
dans la fermentation avec A. gossypii.

20
 Tab. 6. Production industrielle des vitamines

7.1.2.2. Vitamine D
La vitamine D2 (ergocalciférol) est obtenue par irradiation UV de
l’ergostérol (provitamine D2) produit par S. cerevisiae.

7.1.3. Alcools
* L’ÉTHANOL est produit par fermentation de sucres simples ou
complexes.
L'espèce de levure utilisée dépend du substrat utilisé, S. cerevisiae est
choisie pour la fermentation des hexoses, alors que Kluyveromyces fragilis ou

21
Candida peuvent être utilisées, si le lactose ou des pentoses, respectivement,
sont les substrats.
Dans des conditions optimales, environ 10 à 12% d'éthanol est obtenu
après 5 jours de fermentation.
Aux Etats-Unis, l'éthanol est produit à partir de substrats amylacés (maïs),
alors qu’au Brésil, il est produit à partir de la canne à sucre.
L'éthanol est essentiellement fabriqué par fermentation à un niveau de 4
millions de tonnes par an.
* LE GLYCÉROL peut être produit par fermentation, grâce à des levures.
En Chine, 10 000 tonnes par an de cet alcool sont produites par ce procédé.
7.1.4. Acides aminés (acides glutamique et aspartique)

7.1.4. Acides aminés (aa)

Utilisation des aa :
 Ils sont utilisés comme:
 additifs dans la nourriture pour animaux (lysine),
 exhausteurs de gout (aspartate et glutamate),
 nutriments spécifiques dans le domaine médical.
Production d’aa :
 Il existe actuellement 3 façons de produire des aa :
 synthèse chimique directe (glycine et méthionine),
 fermentation microbienne (histidine, leucine, glutamate,…),
 conversion par voie enzymatique (alanine, cystéine et
aspartate).
Les acides glutamique et aspartique sont notamment produits par des
espèces sélectionnées de Penicillium et Rhizopus.

7.2. MÉTABOLITES SECONDAIRES

Ils sont produits principalement pendant la phase stationnaire de
croissance.
Il s'agit principalement d’antibiotiques, de quelques molécules
thérapeutiques, d’insecticides biologiques et d’alcaloïdes de l'ergot de seigle.

22
 7.2.1. Antibiotiques
Un antibiotique est une substance produite par un µ-organisme et qui a le
pouvoir d’inhiber la croissance d’autres µ-organismes et même de les détruire.
Fleming avait remarqué, dès 1929, que des cultures de Staphylococcus
aureus présentaient des zones d’inhibition au contact d’un Penicillium.
Grâce aux antibiotiques, la durée moyenne de vie de l’espèce humaine
aurait été prolongée d’une dizaine d’années.
Les 3 familles de molécules anti-infectieuses les plus utilisées sont
représentées par :
 deux antibactériens :
 les pénicillines (Penicillium chrysogenum),
 les céphalosporines (Cephalosporium = Acremonium) ;
 un antifongique, la griséofulvine (antidermatophytes), sécrétée
par Penicillium griseofulvum.
À partir de ces molécules de biosynthèse, sont également produits des
antibiotiques semi-synthétiques (amoxycilline, ampicilline, ...).

7.2.2. Molécules thérapeutiques diverses

Recherche de métabolites secondaires doués d’activités pharmacologiques
diverses, comme :
 Immunomodulants :
La cyclosporine : immunodépresseur majeur sécrété par Tolypocladium
inflatum; cette molécule a révolutionné la transplantation d’organes et de
moelle.
 Autres métabolites IIres à activités thérapeutiques :
 les anti-tumoraux (taxol),
 les hypocholestérolémiants (statines),
 les antiviraux,
 les anti-inflammatoires,
 les antidiabétiques,...

7.2.3. Alcaloïdes de l'ergot du seigle

Les alcaloïdes de l'ergot trouvent leur usage en thérapeutique humaine
(hémorragies, migraine, certaines stérilités).
La production industrielle se fait actuellement par Claviceps purpurea et
C. paspali.
23
 7.2.4. Insecticides biologiques contre les ravageurs des cultures
La lutte biologique utilise un ou plusieurs organismes pour maintenir un
autre organisme au-dessous d'un niveau duquel il ne représente plus un
problème économique. Cette lutte offre une alternative ou un supplément
aux pesticides chimiques dans la protection des cultures agricoles.
Les agents microbiens de lutte biologique sont considérés comme étant
plus compatibles avec l'environnement.
Les parasites des plantes cultivées sont moins susceptibles de développer
une résistance à un biopesticide en raison du mode d'action généralement
complexe des agents de lutte biologique.
Jusqu’à présent, le biopesticide le plus utilisé a été la bactérie insecticide
Bacillus thuringiensis (Bt), qui représente plus de 90% du marché mondial
des biopesticides ; il a une action larvicide sur les moustiques, les
mouches et les coléoptères. Cependant, il y a un intérêt croissant dans
l'utilisation des champignons comme biopesticides contre différents
ravageurs agricoles, comme indiqué dans le tableau suivant.
Les champignons suppriment souvent leurs concurrents, y compris les
parasites agricoles, par l'intermédiaire de la prédation, du parasitisme et
de l'antagonisme. Ces mécanismes répressifs ont évolué de telle sorte que
les champignons peuvent être en concurrence pour la nourriture et
l'espace face à leurs concurrents.
Tab. 7. Champignons développés ou en cours de développement pour la
lutte biologique contre les phytoravageurs

24
 7.2.5. Enzymes (amylases, cellulases, lipases, protéases et phytase)
Les principales enzymes exploitées dans le commerce sont les amylases,
les cellulases, les lipases, les protéases et la phytase. Elles peuvent être produites
par différents micro-organismes, et en particulier les champignons.
Les enzymes constituent quantitativement la première application
industrielle des champignons.

25
 Tab. 8. Enzymes industrielles: sources et applications.

* LES AMYLASES
Les amylases, y compris l’α et β-amylases et la glucoamylase, sont
vraisemblablement les plus importantes enzymes en biotechnologie à l’heure
actuelle.
L’α-amylase est produite à l’échelle industrielle par des bactéries et des
champignons comprenant des souches de Bacillus et d’Aspergillus.
Les β-amylases sont généralement d'origine végétale, mais quelques
souches fongiques appartenant au genre Rhizopus produisent cette enzyme.
Les champignons filamenteux constituent la principale source de la
glucoamylase, qui est typiquement produite par Aspergillus niger.
Application des enzymes amylolytiques :
La biomasse agricole contenant de l'amidon comme le maïs, le blé, le riz
et les pommes de terre représente une bonne ressource pour la production de
l'éthanol.
L'amidon de ces matières premières n’est pas directement fermentescible
par la plupart des levures, il doit être d'abord décomposé par des amylases qui
l’hydrolysent en sucres simples; ces derniers sont ensuite convertis en éthanol
par la levure.
Grâce aux amylases et une autre enzyme, l'amidon de maïs peut être
converti en édulcorants à haute teneur en fructose; ces composés à fort pouvoir
sucrant sont utilisés en industrie alimentaire pour remplacer les sirops de
saccharose dans les aliments et les boissons.
26
 Les α-amylases sont également utilisées dans la fabrication du pain; elles
sont utilisées pour aider à la fermentation des pâtes et améliorer la qualité
boulangère du pain.

* LES CELLULASES
La cellulose, l’un des biopolymères les plus abondants sur la terre,
représente une source d'énergie renouvelable à fort potentiel.
Les enzymes cellulolytiques sont produites par une grande variété de
bactéries et de champignons.
Les cellulases les plus étudiées sont celles des champignons aérobies
Trichoderma reesei, T. viride, Phanerochaete chrysosporium et Fusarium solani.
Application des enzymes cellulolytiques :
Les cellulases fongiques ont été largement étudiées en raison de leur
valeur potentielle en biotechnologie. Elles trouvent des applications sont dans
les secteurs de l'alimentation tels que la production des jus.
Dans le secteur agricole, les cellulases sont utilisées comme suppléments
dans l’alimentation du bétail en vue d’augmenter le rendement.
Dans l'industrie textile, les cellulases sont employées pour améliorer la
qualité des fibres cellulosiques.
Les cellulases et les hémicellulases sont aussi exploitées dans l'industrie
de la fabrication de la pâte à papier.
L'une des principales applications des cellulases se trouve dans la
conversion de la biomasse en éthanol pour la production de carburant.

* LES PROTEASES
Les enzymes protéolytiques sont appliquées dans de nombreux procédés
industriels.
Les protéases additionnées aux détergents de blanchisserie permettent
l’élimination des taches protéiques, telles que le sang, le lait et la sauce.
Dans l'industrie laitière, elles trouvent une application importante dans la
fabrication de fromage, grâce à leur capacité de coaguler le lait.
La chymosine recombinante a remplacé la présure de veau
traditionnellement utilisée dans la fabrication de fromage.
La chymosine est actuellement produite par des souches fongiques,
comme Rhizomucor miehei ( = Mucor miehei) et R. pusillus.

27
 En outre, les protéases fongiques produites par Penicillium roqueforti et P.
caseicolum jouent un rôle central dans la maturation du fromage.
Enfin, les protéases d’A. oryzae sont largement utilisées dans l'industrie
de la boulangerie pour modifier le gluten de blé par une protéolyse limitée.

* LES LIPASES
Les lipases microbiennes forment un groupe précieux d'enzymes
biotechnologiques. Elles proviennent d'un grand nombre de champignons ; les
espèces fongiques produisant des lipases d'intérêt commercial incluent Mucor
miehei et Geotrichum candidum.
Elles ont trouvé de nombreuses applications dans l'industrie laitière, où
elles sont utilisées dans l'hydrolyse des matières grasses du lait.
Leurs utilisations actuelles comprennent l'amélioration de la saveur du
fromage, l'accélération de la maturation du fromage et la lipolyse des matières
grasses.
L'application commerciale la plus importante des lipases est certainement
leur addition aux détergents ménagers et industriels.

* LA PHYTASE
Le phosphore est un élément essentiel pour la croissance et le
développement de tous les organismes vivants. La principale forme de stockage
du P dans les aliments d'origine végétale est l'acide phytique, et il représente
jusqu'à 80% du P dans les céréales et les graines.
L'ac. phytique et ses dérivés sont considérés comme des facteurs anti-
nutritionnels en raison de leur aptitude à se lier aux minéraux essentiels, comme
le Ca, Zn, Mg et Fe. Ils peuvent également réagir avec des protéines, ce qui
diminue la biodisponibilité des protéines et d'autres facteurs importants sur le
plan nutritionnel.
La phytase hydrolyse l'ac. phytique en libérant le phosphore inorganique.
Une large gamme de micro-organismes produit la phytase; ceux-ci comprennent
des champignons comme S. cerevisiae, Aspergillus ficuum et A. niger.
Application de la phytase :
Cette enzyme a trouvé une large utilisation en tant qu'additif alimentaire
dans l'industrie de l’élevage des animaux en raison de son absence dans les voies
gastro-intestinales des espèces monogastriques, tels que les volailles et les porcs.
Le traitement enzymatique des aliments en utilisant des sources
microbiennes de phytase augmente la biodisponibilité des minéraux et des

28
protéines essentielles et assure des niveaux de croissance aussi bons ou
meilleurs que ceux avec la supplémentation en phosphate.

* LES STRATEGIES DE LA PRODUCTION ENZYMATIQUE :

Les enzymes fongiques sont produites principalement par la fermentation
submergée.

Fig. 6. Production d’enzymes fongiques par des stratégies de fermentation

submergée.

7.3. FERMENTATION
7.3.1. Pain
La composition microbiologique du levain est hétérogène.
Le pain est le résultat d’une fermentation alcoolique réalisée par des
levures (S. cerevisiae, Candida et Pichia).
La fermentation lactique, due à certaines bactéries, est également
impliquée.
C’est le CO2 produit lors de la fermentation panaire et de la respiration
des levures qui est responsable de la levée de la pâte.
29
 Actuellement, chaque année plus de 2,5 millions de tonnes de levure de
boulangerie sont fabriquées dans le monde pour préparer le pain.

7.3.2. Produits laitiers

Les levures font partie de la flore normale du lait cru ; les Candida figurent
parmi les espèces dominantes.
Dans le passé, les levures ont occupé une place de choix dans la
production de laits fermentés, mais ce n’est plus le cas aujourd’hui.
* Fromages
La transformation du lait en fromage constitue une forme ancestrale de
conservation du lait.
D’une manière générale, les levures sont plus abondantes sur la croûte
qu’au sein de la pâte.
Des espèces de champignons filamenteux sont également d’une grande
importance dans cette industrie, en particulier Penicillium (P. roquefortii , P.
camemberti) et Geotrichum candidum.

7.3.3. Produits carnés

Des moisissures et des levures se développent à la surface des boyaux et
des pièces de viande fermentée et contribuent à leur aromatisation.
Les levures participent au séchage des saucissons, à leur maturation, à la
production de composés aromatiques, au développement de la couleur et à
l’inhibition de flores indésirables.

7.3.4. Fermentation alcoolique

7.3.4.1. Levures de vinification
Pendant des millénaires, la fermentation alcoolique du jus de raisin s’est
développée spontanément par l’intermédiaire de la flore sauvage présente sur
les baies.
La fermentation du jus de raisin est assurée par différentes levures dont
les actions se succèdent pour atteindre différents degrés alcooliques.
Les levures du genre Saccharomyces permettent d’attendre des degrés
alcooliques de 11-15°.
La fermentation du jus de pomme (cidres) est réalisée par S. cerevisiae
var. uvarum.

30
 7.3.4.2. Levures et industrie brassicole
La bière est une boisson obtenue par fermentation alcoolique de certaines
céréales (orge).
Le bilan global de la fermentation :
1 glucose + 2 ADP + 2 H3PO4  2 éthanol + 2 CO2 + 2 ATP
Lorsque la matière première est l'amidon, une hydrolyse préalable est
nécessaire ; le jus est ensuite ensemencé par des levures sélectionnées.

7.4. BIOCONVERSIONS
Le champignon est utilisé afin de «biotransformer» des matières
premières en molécules plus intéressantes, notamment en médicaments.
Un grand nombre de types de réactions chimiques (hydroxylation,
oxydation, réduction,...) est ainsi réalisé par des micromycètes (Curvularia,
Rhizopus, Aspergillus, Fusarium, …).
Exemple : la bioconversion des stéroïdes, dans laquelle la 11α-
hydroxylation du noyau stéroïdien conduit à l'hydrocortisone et à la
prédnisolone.

Fig. 7. Bioconversion de l'hydrocortisone en prednisolone.

8. BIOMASSE
Principalement appliquée aux levures, cette biomasse peut être utilisée :
 vivante :
 Saccharomyces cerevisiae (levure de boulangerie ou de
bière),
 S. boulardii (médicament prescrit lors d’une
antibiothérapie prolongée) ;
 tuée : c'est la «levure-aliment», appartenant au groupe des
Protéines d'Organismes Unicellulaires (POU) en raison de sa valeur
nutritionnelle protéique importante (ex: levure fourragère et mycoprotéines
(POU)).

31
 Tab. 9. Substrats de croissance de quelques champignons utilisés dans la
production de protéines d’organismes unicellulaires (POU).

9. CONCLUSION
Les exemples étudiés montrent l'extraordinaire palette d'applications
biotechnologiques des champignons.
Toutefois, à ce jour, l’industrie n’exploite commercialement qu’un tout
petit nombre de métabolites, produits par quelques espèces seulement. En effet,
de nombreux champignons ne répondent pas aux critères qu’impose une
exploitation industrielle.
Mais il est prévisible que les techniques du génie génétique apporteront
un intérêt économique à de nouvelles espèces.

32