Les logiciels statistiques

Adresse Email: Responsable du Module :

ennami.mounia@yahoo.fr Pr. Dr. ENNAMI Mounia

Introduction (GenALEX)

Analyse génétique dans Excel (GenALEx) est

un paquet multi plate-forme populaire pour
l'analyse génétique de population qui
fonctionne dans Microsoft Excel.

GenALEx propose une analyse des loci et des

séquences génétiques codominants, haploïdes
et binaires.

Il fournit des analyses à base de fréquence (F-

statistique, hétérozygotie, HWE, affectation
de population, relation) et à distance
(AMOVA, PCoA, Mantel tests, autocorrélation
spatiale multivariée).
Laboratoire

Collecte des Extraction de Test de qualité Amplification en Amplification

échantillons l’ADN de l’ADN Chaîne par d’ADN
Polymérase
Données

www.youtube.com/watch?v=-DuZh7I7f_I
Rappels

Les balises du génome

Amplification
d’ADN
Données

https://www.youtube.com/watch?v=dedL1Br3Nos&t=14s
Données

Région A

Région B

Région C
Données
Traitement des Données

Microsoft Office Excel 2007

✓ Valeur du contenu en information tiré des
polymorphismes

Gen Alex version 6.5

✓ Taux de polymorphisme
✓ Distance génétique
✓ Analyse de la variance moléculaire
✓ Classification hiérarchique

XlStat
✓ Indice de similarité de Jaccard
✓ Classification Hiérarchique Ascendante (UPGMA).
Traitement des Données
Nombre total des
bandes

Nombre de
bande par
amorce
Traitement des données

Total Genetic Genetic

diversity structure Cluster
variation analysis Principal coordinate
(Within pop) (Among pop) analysis

Total bands Number of UPGMA

different alleles Genetic Principal
(Na) method
distance Coordinates
Level of Analysis PCoA
genetic
variation Shannon’s index Genetic
identity
Polymorphic
band/primer
Expected
heterozygosity AMOVA
(He) analysis
PIC value
Traitement des données

Total
variation

Total bands

Level of bande mono bande total bande poly

genetic
1 162 161
variation

Polymorphic Ou Pij = fréquance du jème profil génotypique détecté par le marqueur i

band/primer

PIC value
PIC = 1 – 2
(1 ) =0 2 2
PIC = 1 – (4/5 + 1/5 ) = 0.32 PIC = 1 – (2/52+ 2/5 2 + 2
1/5 )
= 0.64
12
Interprétation des données

SRAP Number of polymorphic PIC value

Number of total fragments Polymorphism (%)
Primers bands

F4R3 26 26 100 0.98

F4R6 18 18 100 0.98

F5R5 14 13 92.85 0.94

F3R4 15 14 93.33 0.96

F4R2 13 12 92.30 0.91

F5R3 15 15 100 0.98

Average 16.83 16.33 96.41 0.95

Total 101 98 - -

✓High levels of genetic diversity;

✓high, medium or slightly informative marker are in concurrence with
PIC value>0.5, 0.5>PIC>0.25, and PIC < 0.25
Traitement des données

Genetic
diversity
(Within pop) Permet de mesurer la diversité spécifique, c a d, le nbr d’espèces de ce milieu (richesse
spécifique) et la répartition des individus au sain de ces espèces (équitabilité spécifique). il
Shannon’s varie entre 0 et 1.
index Tend vers 1: plus la population est plat (mm probabilité) // Tend vers 0: plus la population
est contrasté (très variée)

Number of Le nombre d'allèles également fréquents qu'il faudrait pour atteindre un niveau
different alleles donné de diversité génétique. de comparer les populations où le nombre et la
(Na)
répartition des allèles diffèrent.1

Expected Valeur moyenne de toutes les valeurs attendues pour tous les loci d'un échantillon. Il
heterozygosity peut être calculé, sous l'hypothèse de l'équilibre de Hardy Weinberg, à partir des
(He)
fréquences alléliques déterminées pour chaque locus
Traitement des données
Traitement des données
Interprétation des données

Populations P (%) N Na (±SE) I (±SE) He (±SE)

1 67.33% 30 1.574(0.067) 0.302(0.026) 0.196(0.019)

2 52.48% 24 1.327(0.078) 0.255(0.028) 0.169(0.020)

3 43.56% 24 1.109(0.087) 0.156(0.022) 0.095(0.014)

4 63.37% 16 1.525(0.068) 0.287(0.025) 0.184(0.017)

5 57.43% 19 1.485(0.065) 0.281(0.027) 0.184(0.019)

6 41.58% 25 1.307(0.066) 0.207(0.027) 0.137(0.018)

7 46.53% 24 1.307(0.073) 0.180(0.023) 0.112(0.015)

Average 53.18% 23.143 1.376(0.028) 0.238(0.010) 0.154(0.007)

✓un niveau considerable de variation génétique a été observé.

✓La faible diversité génétique a été trouvé au sein de la population 6 par 41.58 %, alors qu’un taux
de polymorphisme élevé qui est de 67.33 % a été observé chez la première population.
Traitement des données

Genetic
structure
(Among pop)

Divergence génétique entre deux espèces ou entre 2 populations/Distance qui

Genetic sépare 2 gènes sur un mm chromosome. Tend vers 1: moins les allèles sont pas
distance
partagés // Tend vers 0: plus les allèles sont partagés

Genetic La proportion des gènes qui sont identiques dans 2 populations.

identity Tend vers 1: plus identique // Tend vers 0: moins identique

AMOVA AMOVA= Pairwise genetic distance (PhiPT) qui est une version modifiée de Fst:
analysis Référence à la contribution relative de séparation entre les populations à la
variation génétique globale dans l’ensemble de l’échantillon.
Traitement des données (Genetic distance & identity)
Traitement des données (Genetic distance & identity)
Interprétation des données

Genetic identity

1 2 3 4 5 6 7
**** 0.652 0.713 0.709 0.651 0.570 0.584 1
0.428 **** 0.679 0.806 0.619 0.603 0.641 2
Genetic distance

0.338 0.386 **** 0.700 0.633 0.565 0.588 3

0.344 0.216 0.357 **** 0.687 0.553 0.658 4
0.429 0.480 0.457 0.375 **** 0.636 0.619 5
0.563 0.507 0.572 0.592 0.452 **** 0.698 6
0.537 0.444 0.532 0.419 0.480 0.359 **** 7

✓ The correlation of genetic variability with geographic distance

= One population
= Different population
Traitement des données (AMOVA analysis)
Traitement des données (AMOVA analysis)
Interprétation des données

Source of variation Df SS MS Est. Var. % PhiPT P

Among populations 6 1964.500 327.417 13.819 60% 0.597 <0.001
Within populations 155 1445.426 9.325 9.325 40% <0.001
Total 161 3410.926 23.144 100

Percentages of
Molecular Variance

Within
Pops
40%
Among
Pops
60%
Traitement des données

Principal coordinate
analysis

Principal
Coordinates Explorer et visualiser la similarité ou pas des populations
Analysis PCoA
Traitement des données
Traitement des données
Traitement des données
Traitement des données
Interprétation des données
Principal Coordinates (PCoA)

Taounate
Taza
Coord. 2
Settat
Benslimane
Khmissat
Meknes
Fes

Coord. 1

✓The average distances among samples plotted at two-dimensional space.

✓Most samples formed according to the locations of sampling

Cas pratique

Allèle 101

Échantillon 162
7
R1=30, R2=24, R3=24,
Région
R4=16, R5=19, R6=25,
R7=24
Population 7