Les polymorphismes du génome humain

et leur utilisation
GÉ NOMIQUE 1
L2S4 – 2022/ 2023 – E . TE IXE IRA

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 1

Les polymorphismes du génome
et leur utilisation

I. Cartographie du génome humain

◦ Carte génétique
◦ Carte physique
◦ Outils: les marqueurs, leur caractérisation & les bases de données dédiées

II. Analyse de maladies génétiques humaines

◦ Contexte en génétique humaine
◦ Méthode de comparaison des génomes: les études d’association génétique pangénomiques

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 2

Cartographie du génome humain
Carte génétique
Principe

Etude de la ségrégation des allèles de marqueurs au cours de la méiose

- En admettant que les crossing-over se produisent au hasard, avec la même fréquence le long du
chromosome, la distance entre deux marqueurs est proportionnelle à la fréquence de crossing-
over entre eux
- Estimation de la fréquence de crossing-over entre marqueurs, et donc de la distance entre deux
marqueurs, à partir de la fréquence des gamètes recombinés ou % de recombinaison

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 3

Cartographie du génome humain
Carte génétique
Méthodes
Analyse de familles
Marqueur A: allèles A1 & A2
Marqueur B: allèles B1 & B2

Observation de 7 méioses

-> 2 évènements de recombinaison

2/7 -> 29% de recombinaison < 50%

=> Estimation d’une distance

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 4

Cartographie du génome humain
Carte génétique
Méthodes
Relation distance / recombinaison

Recombinaison Sans interférence

Relation linéaire entre recombinaison et distance

Avec interférence
Plus les marqueurs sont proches, plus les contraintes spatiales
sont grandes, donc plus la recombinaison est difficile

Distance

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 5

Cartographie du génome humain
Carte génétique
Résultats
Exemple du chromosome 22, Carte du Généthon

Marqueurs AFM
Ex: AFMb337zh9, localisé à l’extrémité du bras long du
Chromosome 22

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 6

Cartographie du génome humain
Carte physique
• Carte de restriction

Suivant l’enzyme utilisé, nombre et taille des bandes ≠ Construction de la carte de restriction correspondante

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 7

Cartographie du génome humain
Carte physique
• Carte cytogénétique
Profil de bandes spécifique de chaque chromosome

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 8

D’après Feingold, Fellous & Solignac, Hermann Eds
Cartographie du génome humain
Carte physique
• Carte de clones chevauchants
- Banque de clones du génome humain: 1 clone = 1 fragment du génome
- Identification de marqueurs (STS Sequence Tag Site )par amplification spécifique
marqueurs

Résultats des PCR:

+ : amplification
clones - : pas d’amplification

-> caractérisation de marqueurs co-amplifiés dans un même fragment

=> Positionnement des marqueurs les uns par rapport aux autres

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 9

Cartographie du génome humain
Carte physique
• Carte de clones chevauchants
- Banque de clones du génome humain (1 clone = 1 fragment du génome)
- Hybridation entre clones

-> caractérisation de fragments chevauchants

=> Marche sur le chromosome

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 10

Cartographie du génome humain
Outils
Les marqueurs du génome
Un marqueur: une séquence spécifique localisée à un endroit unique du génome
◦ Historiquement dénommé STS pour Sequence Tag Site
◦ Souvent polymorphes

1/ Marqueurs polymorphes de répétitions (n)

- microsatellites ou STR pour Short Tandem Repeat: (diN)n
- minisatellites: (10 à 100 N)n
- CNV ou Copy Number Variants: (≥ 50 N)n
2/ Marqueurs polymorphes de séquence
- Single Nucleotide Variation SNVs : Single Nucleotide Polymorphisms SNPs (fréquents), Mutations (rares)
3/ Densité des marqueurs
4/ Collecte des données de SNPs à grande échelle

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 11

Cartographie du génome humain
Outils
1/ Marqueurs polymorphes de répétition
Les microsatellites
- définis par des répétitions de dinucléotides, le plus souvent de CA
- spécifiques par les séquences de nucléotides situées de part et d’autre des répétitions
1 marqueur microsatellite avec 6 allèles différents
Amorce gauche
Mise en évidence par PCR avec amorces spécifiques
reconnaissant les séquences à droite et à gauche des répétitions

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 12

Cartographie du génome humain
Outils
1/ Marqueurs polymorphes de répétition
Les microsatellites

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 13

Cartographie du génome humain
Outils
1/ Marqueurs polymorphes de répétition
Les microsatellites

16/02/2023 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/ GÉNOMIQUE 1 - EPT 14

Cartographie du génome humain
Outils
1/ Marqueurs polymorphes de répétition
Les microsatellites
-> Génotypage dans des familles
-> Cartes de liaison/position entre les marqueurs sur le génome humain

- Carte Genethon: 5 264 microsatellites, familles CEPH, Dib, C., et al. in Nature, 1996
- Carte Marshfield: 8000 microsatellites, Broman et al. in American Journal of Human Genetics,
1999
- Carte DeCODE: Population islandaise, Broman et al. in Nature Genetics, 2002

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 15

Cartographie du génome humain
Outils
2/ Marqueurs polymorphes de séquence
Les polymorphismes simple base Single Nucleotide Polymorphisms SNPs

Single Nucleotide Variants Single Nucleotide Polymorphism +

Fréquence
Mutation allélique de l’allèle mineur
ou MAF

Variation of Uncertain Significance

-

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Cartographie du génome humain
Outils
2/ Marqueurs polymorphes de séquence : SNPs

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 17

Cartographie du génome humain
Outils
2/ Marqueurs polymorphes de séquence: SNPs
Bases de données

dbSNP
rs2041992
C>T
MAF Minor Allele Frequency (T) = 0,4275

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 18

Cartographie du génome humain
Outils
2/ Marqueurs polymorphes de séquence: SNPs
Caractérisation à large échelle
➢Méthodes de génotypage haut-débit sur puce (array): exemple de la méthode Illumina (BeadChip)
-> Hybridation et extension d’un nucléotide
Echantillon ADN à génotypes

SNP

A/C
T
Séquence de Extension d’une Base
décodage
Séquence locus G Avec Fluorophore
spécifique
Bille

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 19

 Cartographie du génome humain
Outils
2/ Marqueurs polymorphes de séquence: SNPs
Caractérisation à large échelle
➢Méthodes de génotypage haut-débit sur puce: exemple de la méthode Illumina
-> Lecture des résultats

Echantillon d’ADN à génotyper

Hybridation sur la puce

Génotype hétérozygote pour un SNP

3 billes sur la puce Génotype homozygote 1er allèle

1 SNP reconnu par bille
Génotype homozygote 2nd allèle

Ajout d’1 nucléotide marqué

En fonction des allèles de
L’échantillon

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 20

 Cartographie du génome humain
Outils
2/ Marqueurs polymorphes de séquence: SNPs
Caractérisation à large échelle
➢Méthodes de génotypage haut-débit sur puce: exemple de la méthode Illumina
-> Choix des SNPs de la puce

Plusieurs millions de SNPs Choix de SNPs

par génome Informatifs pour
le génome entier

Puce génome entier : ~1 million de SNP

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 21

Cartographie du génome humain
Outils
2/ Marqueurs polymorphes de séquence: SNPs
Caractérisation à large échelle
➢Méthodes de séquençage nouvelle génération NGS
-> Production de données de séquences
-> Analyses bioinformatiques

=> caractérisation des variants de séquence

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 22

Cartographie du génome humain
Outils
3/ Densité des marqueurs

Nombre de SNPs/1000pb par chromosome,

Phase II HapMap
International HapMap Consortium, Nature,
2007

Densité des marqueurs microsatellites

2002: ~400 / 2020: plusieurs milliers
< Densité des marqueurs SNPs
2020: plusieurs millions

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 23

Cartographie du génome humain
Outils
4/ Collecte des données de SNPs à grande échelle
Consortium HapMap (2003-2010)

◦ Caractérisation de SNPs dans 4 populations de référence

- CEU (résidents de l’Utah, descendants d’Europe du Nord et de l’Ouest)
- JPT (Japonais de Tokyo)
- CHB (Chinois de Pekin)
- YRI (Africains Yoruban/Yoruba du Sud-Ouest du Nigéria)
16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 24
Cartographie du génome humain
Outils
4/ Collecte des données de SNPs à grande échelle
Consortium 1000 genomes www.internationalgenome.org

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 25

 Cartographie du génome humain
Outils
4/ Collecte des données de SNPs à grande échelle
Consortium 1000 genomes www.internationalgenome.org

Répartition et
Partage
des variants
du génome humain

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 26

Les polymorphismes du génome
et leur utilisation

I. Cartographie du génome humain

◦ Carte génétique
◦ Carte physique
◦ Outils: les marqueurs, leur caractérisation & les bases de données dédiées

II. Analyse de maladies génétiques humaines

◦ Contexte
◦ Les études d’association génétique pangénomiques

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 27

Analyse de maladies génétiques humaines
Contexte
Les maladies multifactorielles
Définition

Plusieurs gènes, plusieurs régions du génome

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 28

Analyse de maladies génétiques humaines
Contexte
Les maladies multifactorielles
Cancers
Asthme (avec allergie ou non)
Maladies auto-immunes
◦ Diabète de type I, Maladie de Crohn, Thyroïdite, Polyarthrite Rhumatoïde, Maladie Coeliaque, Lupus
Systémique Erythémateux, Sclérose en Plaque, Psoriasis…

Maladies psychiatriques
◦ Schizophrénie, Autisme…

Maladies cardiaques
Maladies neurodégénératives
◦ Alzheimer

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 29

Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
Genome Wide Association Studies GWAS
Principe

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 30

Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
GWAS
Méthodologie
- Comparaison de la fréquence allélique de chaque SNP entre Cas et Témoins
- Pour les allèles de chaque SNP étudié, évaluation du risque pour la maladie étudiée

Force de l’association Manhattan plot

de chaque SNP
Avec la maladie

Position des SNPs

sur le génome

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 31

Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
GWAS
Premiers résultats
Genome Wide Association Study GWAS, 2007
Wellcome Trust Cases Controls Consortium
7 maladies fréquentes
• Trouble bipolaire
• Maladie coronarienne
• Maladie de Crohn
• Hypertension
• Polyarthrite rhumatoïde
• Diabète de type 1
• Diabète de type 2
2000 cas / 3000 témoins

=> Identification de régions du génome associées pour la première fois aux phénotypes

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 32

 Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
GWAS
Premiers résultats
◦ Trouble Bipolaire / maladie des artères coronaires / Maladie de Crohn / Hypertension

Force de l’association
SNP / maladie

Position
sur le génome

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 33

 Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
GWAS
Premiers résultats
◦ Polyarthrite rhumatoïde, Diabète de type I & Diabète de type II

Force de l’association
SNP / maladie

Position
sur le génome

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 34

Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
GWAS
Stratégie
o Etape 1 de découverte
Production des données et Analyse sur un 1er set de cohortes de patients et de témoins
-> Liste A de SNPs associés à la pathologie

o Etape 2 de réplication
Production des données et Analyse sur un 2nd set de cohortes de patients et de témoins, indépendant du 1er
-> Liste B de SNPs associés
- SNPs communs à la liste A : Association de ces SNPs confirmée
- SNPs nouveaux, absents de la liste A

o Etape 3 de méta-analyse
Ré-Analyse globale de plusieurs jeux de données de différents sets
-> liste C de SNPs associés
- SNPs communs aux listes A et B
- nouveaux SNPs

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 35

 Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
GWAS
Exemple de Résutats de méta-analyse en 2018
- Phénotype: variation de la densité osseuse du corps entier
- Méta-analyse de 30 GWAS, 66 628 individus d’Amérique, Europe et Australie

Force de l’association
SNP / phénotype

- En rouge: SNPs jamais associés

avec phenotype similaire

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 36

 Analyse de maladies génétiques humaines
Les études d’association génétique pangénomiques
GWAS
Conclusions
◦ Peu de SNPs avec un risque élevé pour la maladie étudiée
◦ Beaucoup de SNPs avec un risque faible pour la maladie étudiée
◦ Possibilité d’estimer un ‘polygenic risk score’

Etudes complémentaires
◦ Interactions entre les différents SNPs associés à une maladie
◦ Relations entre les SNPs associés à une maladie et les gènes: dedans, à côté, impact ?
analyse conjointe du transcriptome
◦ Interactions entre les SNPs associés et facteurs environnementaux décrits pour la maladie

16/02/2023 GÉNOMIQUE 1 - EPT 37