TRANSCRIPTION

ADN → ARN

Bruno DELOBEL, PACES 2017

Généralités

• RAPPELS :
• Dogme de la biologie moléculaire
• ≠ ADN / ARN

• DÉFINITION

• NOMENCLATURE
RAPPELS

Dogme central de la biologie moléculaire (F. Crick, 1956)

Modèle initial proposant un transfert unidirectionnel de l’information génétique

(ADN → ARN → protéines), colinéarité de l’information

Réplication Réplication
ADN ARN
↺ Transcription
↺ Traduction

ADN Rétro- ARN Protéines

transcription

Secondairement révision du modèle : flux non-unidirectionnel de l’information,

Non colinéarité : perte d’information par l’épissage, l’ARN peut être le produit final
RAPPELS

≠ ARN / ADN
ARN ADN

2’ 2’
Sucres ≠

nucléotides = nucléotides =
ribonucléotides désoxyribonucléotides

5 5
Bases ≠
Liaison uracile / l'adénine : non modifiée
en l'absence du méthyle (de la thymine)
TRANSCRIPTION

DÉFINITION

• S d’ARN à partir de l’information de l’ADN génomique par une ARN

polymérase ADN dépendante
(polymérisation de ribonucléotides)
TRANSCRIPTION 7

• NOMENCLATURE

- Séquence ARN écrite de G. à D. de 5’ vers 3’

- 1er nucléotide transcrit = +1 (ici ARN transcrit « r. », ≠ numérotation ADN codant « c. »)

- Brin antisens = brin matrice (de la S)

- Brin sens = brin ayant la séquence équivalente à l’ARN transcrit

brin sens

brin antisens
Brin matrice

+1 2 3
séquences
équivalentes
TRANSCRIPTION

PLAN
Généralités

I Comparaison Réplication/Transcription

II Principes : initiation, élongation, terminaison

III Transcription de l’ADN procaryote

1) Particularités
2) ARN polymérase
3) Promoteur

IV Transcription de l’ADN eucaryote

1) 3 ARN-polymérases
2) Principe (initiation, élongation, terminaison)
3) Maturations des transcrits primaires
TRANSCRIPTION 9

I. Comparaison Transcription/Réplication
.

1) Analogies

• Localisation nucléaire (eucaryotes)

• Ouverture des 2 brins d’ADN (bulles), déroulement d'une portion de l'ADN
• Appariement complémentaire des bases avec un brin matrice
• Liaison covalente (phosphoester) du nouveau nucléotide
• S en 5’→3’ du brin ARN transcrit
I Comparaison Transcription / Réplication

2) Différences

RÉPLICATION TRANSCRIPTION

• DNA polymérases • RNA polymérases

• S ADN double brin (thymine) • S ARN monobrin (uracile)
• 2 brins ADN répliqués • 1 seul brin ADN transcrit
• Copie complète du génome • Copie partielle du génome

• Bulle longue, bidirectionnelle • Bulle courte, monodirectionnelle

• Amorce ARN • Pas d’amorce
• ADN néo-S reste lié • ARN néo-S se détache
• Fidèle (10-9), • Peu fidèle (10-4),
(sys. de réparation) (pas d’activité 3’-5’ exonucléasiques)
TRANSCRIPTION

II. Principes
Facteurs généraux de transcription

Reconnaissance
du promoteur
Positionnement
polymérase

Début synthèse
II Principes

Séquences d’ADN spécifiques

Promoteur start Terminateur stop

ADN à transcrire

1) Initiation

a) Reconnaissance du promoteur (facteurs gaux de transcription) et fixation de l’ARN polymérase

ARN polymérase
Cplxe
fermé
promoteur Facteur sigma (s)
Aide de protéines accessoires pour reconnaissance et fixation :
(pour les procaryotes)
- Procaryotes : facteur s
- Eucaryotes : facteurs généraux de transcription

b) Séparation locale (~ 14 pb) des brins (fonction hélicase de l’ARN-pol)., déplacement de l’ARN pol.

Cplxe
ouvert
II Principes

2) Élongation ARN-pol fonctions multiples :

S, déroule et réassocie ADN, dissocie ARN en croissance, correction

ARN en
Brin ARN
croissance en 5’→3’
synthétisé
8-9 nt. restent
liés à l’ADN matrice
Brin matrice
de l’ADN

3) Terminaison

Détachement
RNA polymérase

Transcrit d’ARN
(pré-ARNm)
TRANSCRIPTION

III Procaryotes

1 ARNm = plusieurs gènes :

transcription polycistronique

promoteur

opérateur

3 gènes ≠, 1 seul ARNm

III Procaryotes

1) Particularités Bactéries

- Pas de compartimentation (car pas de noyau) TRANSTRIPTION

- Colinéarité ADN/ARNm : pas de ≠ entre séquence

ADN et ARN transcrit mature (car pas d’introns, pas
d’épissage) TRADUCTIO
N

- Transcription et traduction concomitantes

(la traduction commence dés le début de la
transcription)

- Une seule ARN polymérase

- Transcription « polycistronique » :
plusieurs gènes sur un transcrit unique
III Procaryotes

Illustration : transcription et traduction concomitantes

III Procaryotes

2) ARN polymérase : une seule (cplx. multiprotéique) :

Pour ARNm, ARNr, ARNt, ARNmi…
III Procaryotes 2) ARN polymérase

Illustration
III Procaryotes

3) Promoteur
Définition : séquence d’ADN définissant là où débute la transcription d'un
gène par fixation et positionnement du cplxe d’initiation de la transcription
Relativement simple chez procaryote, souvent 2 séquences consensus
en amont du gène :
- en -10 : hexanucléotide boîte TATA (ou Prinow box)
- en -35, autre motif de 6 nucléotides, consensus TTGACA
III Procaryotes 3) Promoteur

Consensus : non pas séquence constante, mais séquence « moyenne »

Ex. 10 gènes d’ E. coli :
III Procaryotes 3) Promoteur

Variation des promoteurs de procaryotes

III Procaryotes 3) Promoteur

Reconnaissance promoteur par les ss/u s

inconstant
 Un des Intérêts connaissance modèle procaryote : antibiotiques (blocage de la
transcription)

RNA-polymérase
bactérienne
Ex. : rifampicine : antituberculeux, antilépreux

Modification conformation RNA-polymérase

bactérienne mais pas celle des eucaryotes
TRANSCRIPTION

IV- Eucaryotes

« Monocitronique »

Maturation ARN-prém

Epissage
Coiffe 5’ Queue
poly-A 3’

Compartimentation
Transcription de différents produits (rappel)

ARN

ARN ARN non-

codants codants

ARN de la longs Petits

ARNm
Traduction ARN ARN

ARNr ARNt ARNln ARNmi ARNsn autres

IV - Eucaryotes

1) ARN polymérases
A - Généralités

• Substrats : AMP, CMP, UMP, GMP

• Vitesse  20 nucléotides par seconde (euc.)

• ARN libéré très rapidement ⇒ nouvelle S molécule ARN avant fin de

la S de la précédente

• Pls milliers de transcrits /h à partir d'un seul gène

IV - Eucaryotes 1) ARN polymérases A - Généralités

Illustration

Transcription concomitante de plusieurs ARN sur une même matrice d’ADN

(plusieurs ARN polymérases en action sur un même brin d’DN en même temps)

Transcrit ARN
attaché

start
stop ADNdb
IV - Eucaryotes 1) ARN polymérases

B - Types et fonctions

RNA
ARN transcrit
polymérases

I - ARNr (ribosomal) : 5,8S, 18S et 28S (45S)

- ARNm (messager)
- ARNsn (small nuclear) introniques
II - ARNsno (small nucleolar)
- ARNmi (micro) introniques
- ARNlnc (long non codant)
- ARNt (transfert)
- ARNr 5S,
III
- certains ARNsn et ARNmi
- Autres…,
IV - Eucaryotes 1) ARN polymérases B - Types et fonctions

Ex. : ARN polymérase I

(ARNr = polycistronique)

ARNr précurseur : 45S ARN 5S ribosomes

5S
28S

ARNr 5,8S

18S

petite grande
sous-unité sous-unité

Précurseurs 45S en copies répétées en tandem

sur les bras courts des chromosomes acrocentrique
IV - Eucaryotes 1) ARN polymérases B - Types et fonctions

Illustration

Ex. : ARNr (précurseurs 45S, répétés en tandem, bras courts chromosomes acrocentriques)
IV. Eucaryotes

2) Transcription proprement dite

A. INITIATION
• Promoteurs
• Facteurs généraux de transcription

B. ELONGATION

C. TERMINAISON
A – INITIATION

a) Promoteur
• Définition : cf. ci-dessus (procaryote)

• De +, intégration des signaux de régulation (facteurs spécifiques de

transcription, séquences cis régulatrices : enhancer), permettant la
détermination du niveau de S d’ARN (quantité et rapidité).

• Au total, promoteur : séquence d’ADN cis-régulatrice qui détermine

directement, où indirectement quand et comment, un gène est
transcrit.
A - INITIATION a) Promoteur

Promoteur ARN pol. II

• Structure modulaire : TATA-box, l’INR-box (Initiator) et séquences d’aval = promoteur

minimum, fixation ARN-polymérase II (via les facteurs généraux de transcription)

Promoteur canonique (< 10 % des gènes humains)

+ séquences
promotrices d’aval

Promoteurs + cplxes qu’imaginé…

 Promoteur « cœur » typique (eucaryote)
+ de complexité et de diversité que bactéries, permet une régulation ≠ ielle des gènes

Facteurs généraux de séquences promotrices d’aval

transcription, fixation
sur promoteur min.

+ de séquences promotrices ⇒ + de protéines les reconnaissant : les facteurs généraux de transcription

- Bactéries : facteurs additionnels uniques : s
- Eucaryotes ⇒ plrs éléments associés pour initiation efficace : f. généraux de transcription
 Types de promoteurs (ARNpré-m)
Intégration de signaux épigénétiques : position nucléosomes, modifications des
histones…

Type I (TATA) Type II Type III

TRANSCRIPTS

Cis-régulatrices GC
GC GC GC
NUCLÉOSOMES

Expression Tissu Ubiquitaire Gènes de développement

des gènes spécifique (gènes de ménage) et de différenciation

Position du Précis et fixe (une seule Variable Variable

TSS* position nucléotidique)
Organisation
des Variable Fixe Fixe
nucléosomes
TATA-box présente
Séquence îlots CpG Îlots CpG étendus
Pauvre en GC

*TSS : Transcription Start Site (+1)

A - INITIATION

b) Facteurs généraux de transcription (TF = transcription factor)

= protéines reconnaissant et se fixant au niveau des séquences promotrices

Fixation séquentielle de ces facteurs sur le promoteur pour former le complexe de

préinitiation

TF IID = TBP (TATA Binding Protein) + TAF (TATA box binding protein Associated Factor)
puis fixation TFIIB et TF2A…

INR DCE (downstream core element)

(fixation sur séquence BRE)

BRE
A - INITIATION a) f. généraux de transcription

formation du complexe de préinitiation de la transcription (suite)

Fixation RNA pol (portant TFIIF)

Cplxe préinitiation
complété par TFIIE et H
A – INITIATION b) f. généraux de transcription

Détachement de l’ARN-pol. du cplxe de préinitiation

 « Queue » de l’ARN pol II phosphorylée sert à la fixation de prot. nécessaires
à la maturation de l’ARN

Enzyme de
la coiffe Composants du Facteurs de polyandénylation
cplxe d’épissage et de clivage
A - INITIATION b) Facteurs généraux de transcription

Principe de la régulation de la transcription,

intégration de multiples signaux
2) Principe transcription

B - ELONGATION
2) Principe Transcription B - ELONGATION

Illustration

ARNm
2) Principe Transcription

C. TERMINAISON

• Signaux de reconnaissances de fin de transcription des eucaryotes

mal connus… : +/- UAUGUUUG
PLAN TRANSCRIPTION

I- Comparaison Réplication/Transcription

II- Principe

III- Transcription de l’ADN procaryote

IV- Transcription de l’ADN eucaryote

1) ARN-polymérases
2) Principe transcription (initiation, élongation, terminaison)
3) Maturations des transcrits primaires
a) Addition d’une coiffe en 5′
b) Excision introns - épissage exons (Épissage alternatif)
c) Poly-adénylation en 3′
3) Maturation de l’ARN-prém (transcrit primaire)

Avant exportation dans le cytosol et couplage avec la transcription

 A- COIFFE 5’ (protection ARN, transport, traduction, épissage…)

 B - EPISSAGE exons
 C- QUEUE poly-A 3’ (stabilisation, traduction, épissage…)

5‘ G - P P P 1 exon 2 3 - AAAAA 3‘
ARN mature
CH3 ≈ 200 résidus A
7 méthyl-guanosine
II
3) Maturation de l’ARN-prém

A- Coiffe en 5’ (guanosineméthyléetriphosphatée)

- Fixation dès le début de la transcription

- Coiffe méthyl-7-guanylate
- Attachée par un triphosphate au ribose de la 1ère base
(liaison nucléotidique inhabituelle : 5’-5’ triphosphate)
5’ Coiffe - 3 enzymes en jeux :
7mGppN - Phosphatase, enlève un phosphate
- Guanylyltransférase qui fixe la Guanosine
- Méthylase (= méthyltransférases)

5’
1er nucléotide
transcrit

Rôles :
- Protection : ARNpré-m et m. en 5’ contre exonucléases 5' → 3' ( durée de vie ARNm)
- Exportation (noyau) : coiffe reconnue par un cplexe de fixation (CBC, cap-binding complex)
intervenant en particulier au niveau du pore nucléaire
- Initiation Traduction (cytoplasme), liaison au facteur d'initiation eIF4E (attachement à la petite ss-
unité des ribosomes)
Illustration

Coiffe 5’ : 7-méthylguanosine, liaison triphosphate

3) Maturation de l’ARN-prém

B – Épissage (splicing) (excision introns, raboutage exons)

1) Sites consensus introniques d’épissage

3 sites consensus : - donneur en 5’ (…GU…)

- accepteur en 3’ (…AG…)
- de branchement (…A…)

Sites : Donneur Branchement Accepteur

5’ exon 1 GU A AG exon 2 3’
intron 1

(A/C)AGGU(A/G)AGU CU(A/G)A(C/U)
consensus PyPy…CAGG
+ lâche autour
3) Maturation de l’ARN-prém B - EPISSAGE

2) Mécanisme (snRNP, small nuclear ribonucleoprotein : ARNsn + prot.)

ARNsn incorporées dans protéines
5 snRNP : U1, U2, U4/6, U5)
Sites
consensus
d’épissage
GU A AG snRPN
U1

+
Cplxe ARNsn U1
Protéique
dont prot. Sm
3) Maturation de l’ARNprém B - EPISSAGE

2) Mécanisme (formation « lasso » intronique)

Avec l’aide enzymatique des petites ribonucléoprotéines nucléaires (snRNP)
① Fixation du site de branchement sur site donneur (5’)
② Clivage en 5’ du site donneur (attaque nucléophile du 2'-OH du ribose de l‘A du site de
branchement sur le Ⓟ de la jonction exon-intron en 5‘)
③ le 3'-OH libéré de l'exon d’amont attaque le Ⓟ de la jonction intron-exon en aval
④ 2 exons ligaturés (épissés) et ⑤ libération de l’intron cyclisé (lasso)

①
accepteur
⑤
Ⓟ
« AG »

④
② Ⓟ
donneur
③
« GU »
3) Maturation de l’ARN-prém B - EPISSAGE

Splicéosome, ribonucléoprotéines : snRPN

Les spliceosomes = paricules d'épissage,

U-snRNPs et d'ARNsn (small nuclear)

Complexes macromoléculaires catalysant l'excision

des introns des ARN pré-messager

U-snRNPs : U1, U2, la di-snRNP U4/U6 et U5.

U-snRNPs (small nuclear RiboNucleoParticules),

Héptamère
protéines Sm (Smith)
U-snRPN
U-snRNA complet
+ protéines
spécifiques de
chaque U-snRNP
3) Maturation de l’ARN-prém

C – Épissage alternatif
a) Vue d’ensemble
traduction
ARNm mature 1 2 3
Transcrit principal Isoforme
exons épissés protéique
complète
constitutif

ARN pré-messager exon 1 2 3

Intron 2
5’UTR 3’UTR

alternatif

traduction
ARNm mature
1 3
Transcrit alternatif
Isoforme
+ courte

Rôle : diversité des protéines…

C - Épissage alternatif

b) Type d’épissage (1/2)

- Saut d’exon
constitutif

exon 1 2 2’ exon 3

alternatif

- Rétention d’intron

exon 1 exon 2
C - Épissage alternatif

b) Type d’épissage (2/2)

C - Épissage alternatif

c) Contrôle (séquences régulatrices de l’épissage)

Sites
d’épissage

+ S +
hnRNP
R
+ -
ARN pré-m AEE IEE AIE IIS

intron 1 - exon 2 intron 2

Séquences régulatrices en cis (ARN-prém) Protéines régulatrices (en trans)

AEE = Amplificateur Exonique d’Épissage SR (serine-rich)

Exon
IEE = Inhibiteur ……………. ……………. hnRNP (heterogeneous nuclear
ribonucleoproteins)
AIE = Amplificateur Intronique d’Épissage
Intron
IIS = Inhibiteur …………… ……………….
C - Épissage alternatif

d) Mutations impliquant l’épissage

intérêt en pathologie
> 15 % mutations des maladies monogéniques ⇒ anomalies d’épissage

Anomalies
d’épissage

GT AG AEE
IEE AIE IIS
3) Maturation de l’ARN-prém

3 - QUEUE poly-A en 3’ (avant épissage)

• Signal de polyadénylation AATAA (brin sens), (AAUAA sur ARNm)

• Signal reconnu par endonucléase  coupant 20 nt. en aval
• Action d’une poly(A)-polymérase ajout > 200 nt. A (adénosines Ⓟ).

Signal polyA
ARNm

Rôle : - Protection contre dégradation ARN (nucléases)

- Transport nucléo-cytoplasmique
- Recrutement du ribosome pour traduction
III- Transcription de l’ADN eucaryote 3) Maturation de l’ARN-prém

Résumé, vue d’ensemble

initiation élongation terminaison