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leur taille,
le nombre de gènes qu'ils contiennent,
la nature de ces gènes.
La taille des génomes, mesurée en nombres de paires de bases, est très variable :
Le nombre de gènes contenus dans les génomes varie moins que leur taille :
1.1.3. La Transcription
Transcription : synthèse, à partir d'un gène selectionné, d'un ARN dont la structure primaire
reproduit celle du brin "sens" de ce gène, par une ARN polymérase.
La transcription d'un gène s'effectue à partir d'un seul des 2 brins de l'ADN; ce brin différe selon
les gènes. Convention : brin matrice, transcrit (c'est le brin copié); brin sens, codant.
ADN génique
ADN intergénique :
o ADN répétitif groupé : centromères, télomères...
o ADN répétitif dispersé : LINE, SINE
Les gènes transcrits par l'ARNpol II possèdent une structure commune. Par convention, on
désigne par +1 le premier nucléotide à partir duquel la transcription du gène débute : site
d'initiation de la transcription. Puis 2 régions :
(100 paires de bases) avec, en général, un motif TATA en position -30 (30 nucléotides en amont
Difficiles à mettre en évidence et à délimiter. En général, ces séquences sont fonctionnelles
dans un tissu en particulier, elles conférent au gène cible sa spécificité tissulaire.
transcrite,
organisée en mosaïque : alternance d'exons et d'introns.
séquences intercalées entre les exons, interrompent le gène : gènes discontinu dans les
cellules eucaryotes (diff pour les procaryotes),
séquences transcrites en ARN mais non traduites en protéine : présentes dans le
transcrit primaire puis éliminées au cours de la maturation,
rôle mal connu.
les exons :
Dans certains cas, les régions 5'-UTR de 2 gènes sont très proches, voire chevauchantes.
Dans ces cas, l'une est transcrite à partir du brin sens, l'autre à partir du brin opposé
Quelques gènes de petite taille peuvent être situés dans l'intron d'un autre gène : ils
sont transcrits à partir du brin opposé.
L'ARNpol II n'est pas capable de se lier directement sur l'ADN, elle n'agit qu'après l'intervention
de facteurs généraux de la transcription : TFII (Transcription Factor ARNpol II).
III.1.2.4. TFIIH :
o catalyse l'ouverture des 2 brins d'ADN :
TFIIH : activité hélicase,
formant ainsi une bulle transcrptionnelle sur environ 10 paires de bases.
o active l'ARNpol II :
L'ARN pol II contient un domaine essentiel au démarrage de la
transcription : Domaine Carboxy Terminal (CTD) constitué d'une
séquence Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser répétée 52 fois chez l'Homme.
TFIIH : activité sérine /thréonine proteine kinase : phosphorylation des
résidus sérine et thréonine du CTD de l'ARN pol II : activation.
enfin : synthèse d'une liaison ester : enchaînement des ribonucléosides triphosphate sur le brin
d'ADN.
La transition entre les phases d'initiation et d'élongation correspond à la synthèse non abortive
d'ARN.
Les molécules d'ARNm nouvellement transcrites dans le noyau par l'ARNpol II sont dits
"transcrits primaires". Ils sont appelés "ARN nucléaires hétérogènes" ARNnh.
Leurs tailles sont très variables : ils traduisent l'existence pour un même gène d'une famille
d'ARN de tailles décroissantes depuis le transcrit primaire (copie compléte ac tous ses exons et
ses introns) jusqu'à l'ARNm mature.
Exemple : les ammanites sont les plantes les plus toxiques connues : environ 30g, (1/2 chapeau
de champignon) entraîne la mort d'un adulte. La toxine est l'alpha-ammanite : octapeptide
cyclique résistant à la cuisson, absorbé par voie digestive.
ARNpol II puis ARNm; ARNpol III puis ARNt
Clinique : trois phases :
1) intestinale : dirrhée 6 à 24H après ingestion
2) embellie : 1ier à 2ième jour
3) hépato-rénales : 3ième 4ième jour, hépatite fulminante et insuffissance rénale aigüe.
Traitement : pas d'antidote, hospitalisation en soins intensifs, transplantation hépatique,
mortalité env 20% des intoxications (100 morts/an).
Chez les eucaryotes, les ARnm matures sont synthétisés en plusieurs étapes.
Les transcrits primaires formés par l'ARNpol II subissent notamment des modifications
covalentes :
qui les distinguent des autres ARN transcrits par d'autres polymérases (application
analytique),
qui serviront ultérieurement de signaux pour leur traduction en protéines dans le
cytoplasme
Mécanisme
une endonucléase
une polyadénylate-polymérase.
Il reconnaît la séquence signal AAUAAA sur l'extrémité 3' terminale du transcrit primaire. Il
coupe le transcrit 10 à 30 nucléotides en 3' de ce signal au niveau du site de polyadénylation.
Il synthétise une séquence PolyA d'environ 200 nucléotides sur l'extrémité 3' terminale du
transcrit primaire. La queue "polyA" :
les pores nucléaires contrôlent l'exportation des seuls ARNm matures (transport actif),
à l'inverse, les ARN polymérases, les histones (protéines synthétisées dans le
cytoplasme) transitent du cytoplasme vers le noyau.
La machinerie transcriptionnelle est beaucoup plus complexe dans les cellules eucaryotes que
dans les procaryotes. Dans ces dernières :
Toutes les cellules d'un organisme contiennent le même génome : ≈ 24000 gènes (humain).
Notre organisme comporte environ 250 types cellulaires. Chaque type cellulaire posséde des
phénotypes et des fonctions différentes.
A un instant donné, dans chaque type cellulaire, seule une fraction des gènes est exprimée :
chaque type cellulaire est caractérisé par l'expression durable d'un ensemble de gènes qui lui
est propre.
Ainsi les cellules de chaque tissu ou organe synthétisent des ARNm et des protéines différentes.
La plupart des gènes sont à l'état inactif ou peu actif dans la majorité des types cellulaires et
dans la majorité des circonstances.
Dans la majorité des types cellulaires seul un petit nombre de gènes sont constamment
exprimés à des niveaux d'expression de base; ce sont les "gènes constitutifs" ou "gènes
domestiques".
Exemple : gènes codant pour les ARNr, les ARNpol, les enzymes du cycle de Krebs...
Dans certains types cellulaires, dans certaines circonstances, en réponse à des signaux,
l'expression d'un petit nombre de gènes est activée; ce sont les "gènes inductibles".
chromatinien
transcriptionnel
post-transcriptionnel
Eléments cis,
Element trans : facteurs spécifiques des transcriptions,
Régulation par choix du promoteur.
spécifiques,
localisées essentiellement en 5' du promoteur du gène,
de petite taille (10 paires de bases),
capables de réguler avec une grande amplitude l'intensité de transcription d'un gène,
sont soit des séquences stimulatrices augmentant l'activité transcriptionnelle; soit des
séquences inhibitrices qui l'inhibent,
souvent ne sont fonctionnelles que dans certains tissus : l'expression du gène dépend
alors du tissu : expression "tissu spécifique",
ils ne régulent pas eux-même l'activité transcriptionnelle : ils nécessitent la fixation des
facteurs spécifiques de transcription, des éléments trans.
protéine,
capables de se fixer sur ces éléments cis,
et de modifier l'intensité de la transcription.
Ces protéines ont des structures secondo-tertiaires particulières avec des motifs : hélice-coude-
hélice, hélice-boucle-hélice, fermeture éclair à leucine, doigt de zinc
3 hélices,
dont une interagit avec les bases au niveau du grand sillon de l'ADN
et les 2 autres sont reliées par un coude (tour).
1.5.1.2.2 hélice-boucle-hélice
Facteurs constitués :
Facteurs constitués d'un domaine qui interagit avec l'ADN, d'un domaine hydrophobe en hélice
a dans lequel les leucines se retrouvent alignées et interagissent entre les 2 monomères du
dimère.
Un signal cellulaire :
o sélectionne
o et recrute quelques facteurs spécifiques de transcription
ces facteurs se fixent spécifiquement sur leurs cibles au niveau du promoteur du gène
(élément cis),
ces facteurs interagissent :
o entre eux,
o et avec l'ARNpol II.
Cependant, il existe un très petit nombre de facteurs de transcriptions en comparaison
du grand nombre de gènes à réguler.
La spécificité de la réponse d'un gène résulte de la "combinatoire" d'un nombre limité
de facteurs de transcription interagissant sur ce gène.
Les facteurs de transcription sont des protéines : les mécanismes qui permettent leur
activation sont les mêmes que ceux qui activent les protéines en général :
phosphorylation / déphosphorylation
séquestration dans le cytoplasme sous forme liée à un ligand,
augmentation de leur synthèse,
protéolyse limitée...
Certains gènes possédent plusieurs promoteurs de force inégale et plusieurs sites d'initiation
de la transcription.
Le choix du promoteur dépend de facteurs de transcriptions qui peuvent n'être présents que
dans certains tissus.
Les ARNm produits sont alors différents, ualitativement et quantativement, selon les tissus.
1.5.3
1.5.3.1.1 Généralité
La transcription fait intervenir de très nombreuses protéines dont l'encombrement est très
important : -- la taille de l'ARNpol II est proche de celle du nucléosome, -- le complexe
d'initiation recouvre une séquence d'environ 100 nucléotides.
Or l'ADN est compacté, empaqueté (nucléosome) pour former de la chromatine.
Pour que la machinerie transcripionnelle puisse accéder au gène il faut une modification :
A la suite d'un signal cellulaire, des protéines de liaison se fixent l'ADN; ce qui engendre le
recrutement d'autres protéines :
le complexe SWI/SNF
le complexe histone acétyl-transférase HAT
Dans les nucléosomes, l'ADN s'enroule autour d'un noyau de protéine : les histones.
Les histones sont riches en acides aminés basiques Arg et Lys (chargés positivement). Elles
forment des liaisons ioniques avec l'ADN chargé négativement (fonctions acides libres d'H3PO4
sur le squelette ribose-phosphate).
Les HAT sont des enzymes capables d'acétyler les résidus Lys des histones.
D'où modification covalente qui supprime leur charges positives, ce qui entraîne une diminution
de leur intéraction avec l'ADN, d'où le remodelage de la structure chromatinienne : chromatine
transcriptionnellement active.
1.5.3.1.6 Histone H3
Il existe également des intéractions entre ces modifications au niveau de la même histone et
entre différentes histones du nucléosome
non réversible,
au niveau des promoteurs des gènes,
sur les Cytosine lorsqu'elles font partie d'un doublet CG (et seulement ds ce cas).
La méthylation des régions du promoteur des gènes s'oppose à la transcription des gènes. Au
contraire, les gènes hypométhylés ont une transcription active.
1.5.3.3 Z-ADN
Il diminuerait l'accessibilité des gènes aux protéines alors que le B-ADN augmenterait leur
accessibilité.
des séquences particulières présentes dans la région 3'UTR des ARNm sont responsables
de leur stabilité. ≈ 30 min à 24H.
augmentation des degrés de stabilité = augmentation degrés de quantité d'ARNm =
augmentation degrés de quantité de protéines produites
diminution des degrés de stabilité = diminution degrés de quantité d'ARNm = diminution
degrés de quantité de protéines produites
le transcrit primaire,
les exons sur les ARNm
la protéine correspondante.
L'enchaînement des acides aminés dans la protéine est l'exacte traduction de l'enchaînement
des nucléotides dans les exons du gène.
Modification éditoriale :
L'enchaînement des acides aminés dans la protéine n'est plus exactement celui de
l'enchaînement des nucléotides dans les exons du gène.
Exemple le plus connu : l'apolipoprotéine B (protéine de transport des lipides dans le sang).
Dans le foie, l'ARNm donne une protéine de 4536 acides aminés (ApoB -- 100).
Dans les cellules intestinales, un C est désaminé en U → un codon CAA (Gln) est modifié en un
codon UAA (codon stop). L'ARNm transcrit dans l'intestin donne une protéine de 2152 aa.
L'enzyme qui intervient est un éditosome : son activitée est modulée par des facteurs
spécifiques du tissu.
Epissage alternatif.
Certains gènes peuvent donner naissance à plusieurs ARNm matures différents (et des protéines
différentes) à partir d'un même transcrit primaire.
Un même ARNnh peut être différement épissé selon le type cellulaire ou selon son stade de
développement.
Ces épissages sont "tissus-spécifiques". Chez l'Homme, on estime que 60% des gènes font
l'objet d'un épissage alternatif. Exemple : La calcitonine.
2. La Traduction
Seuls les ARNm codent pour des protéines. Traduction ?
2.1. Définition
2.1.1. Traduction
C'est un assemblage, sous forme d'une structure primaire, d'acides aminés déterminés par
l'information contenue dans les codons de l'ARNm.
2.1.2. Codons
C'est une suite ordonée de trois nucléotides de la séquence d'un acide nucléiques, les codons
porteent l'information génétique pour un acide aminé
2.2.1. Universalité
Il est identique dans tous les organismes (animal, végétal, bactérie, virus) sauf à de très rares
exception près (code mitochondrial légérement différent).
Ainsi cela suggére que tous les organismes connus à ce jour dérivent d'un même ancêtre
2.2.2. Dégénéré
nombre de codon = 64,
3 codons UAA, UAG, UGA = codons "stop"( non traduits en acides aminés) = signaux
de fin de lecture,
61 codons codent pour 20 acides aminés : plusieurs codons codent pour le même acide
aminé,
seuls 2 acides aminés, Methionine (Met) et Tryptophane (Trp), ne sont codés que par
un seul codon chacun,
les 18 autres acides aminés sont codés par 2 ou plusieurs codons : ces codons différent
essentiellement par leur 3ième nucléotide.
En principe, chaque codon d'un ARNm devrait s'apparier avec l'anticodon complémentaire d'un
ARNt.
Attendu : nombre d'ARNt (anticodons) = nombre de codons...
En théorie, les 3 autres codons GCU, GCC, GCA devraient s'apparier à 3 ARNt correspondants
:
En pratique : un seul ARNt ala s'apparie sur ces 3 codons. Son anticodon est :
I symbolise l'hypoxanthine et identifie l'IMP (inosine mono phosphate). Lorsque I est en 1ière
position sur l'anticodon , il peut s'apparier à A, C, U situés en 3ième position du codon.
à un seul codon,
ou à plusieurs codon spécifiant le même acides aminés.
L'ensemble des différents ARNt qui transportent le même acide aminé s'appelle "ARNt
isoaccepteurs".
N.B :
2.2.4. Ponctué
Cadre de lecture :
En théorie, une séquence d'ARNm pourrait être traduite à partir de 3 cadres de lecture
: non chevauchants, différents selon le point de départ de la traduction.
En pratique, un seul de ces 3 cadres code pour une protéine donnée : c'est la position
du codon d'initiation de la traduction "AUG" sur l'ARNm qui détermine le cadre de
lecture.
Le respect du cadre de lecture est essentiel à la synthèse exacte d'une protéine donnée.
La délétion de l'un ou plusieurs des 3 nucléotides d'un codon déplace le cadre de lecture
= synthèse d'une protéine inexacte. On dit qu'il ya "décalage du cadre de lecture".
2.3.1 ARNr
Site catalytique qui synthétise la liaison peptidique reliant les acides aminés au sein de
la protéine.
2.3.2. ARNm
déterminent par leur séquence l'ordre d'enchaînement des acides aminés dans les
protéines,
mais ne reconnaissent pas les acides aminés,
et ne permettent pas l'assemblage des acides aminés entre eux : la taille d'un acides
aminés est très inférieure (10) à celle d'un codon et il ne pourrait pas y avoir
établissement d'une liaison peptidique entre les acides aminés sans intermédiaire.
2.3.3. ARNt
2.3.3.2. L'amynoacyl ARNt synthétase fixe l'acide aminé activé sur l'ARNt
la fonction acide de l'acide aminé impliqué dans la liaison acide aminé ~ AMP
et une fonction alcool tertiaire de l'adénine en 3' de l'ARNt.
la liaison entre l'acide aminé et l'ARNt est riche en énergie : son hydrolyse fournira l'énergie
nécessaire à la création de la liaison peptidique lors de l'incorporation de l'acide aminé dans le
peptide.
Le facteur eIF-2 est activé par phosphorylation du GDP, auquel il est fixé, en GTP-eIF-2-GTP se
fixe sur l'ARNt initiateur; => complexe eIF-2-GTP-Met-ARNti met
En présence de eIF-4C,
grâce à l'énergie fournie par l'hydrolyse du GTP fixé sur eIF-2
2.4.1.5.EIF-5
Quand l'ARNt initiateur se fixe sur le site P, son anticodon s'hybride ac le premier codon de
l'ARNm. => L'encombrement stérique est alors tel que le codon suivant de l'ARNm se positionne
sur le site A de la sous-unité 40S.
Elle commence avec la fixation, sur le site A, d'un acide aminé - ARNt dont l'anticodon est
complémentaire du deuxième codon de l'ARNm.
=> met en jeu des facteurs protéiques, facteurs d'élongation eEF (eukaryotic elongation factor).
Activation de eEF-1 par fixation de GTP → recrutement des acides aminés - ARNt,
le complexe acide aminé-ARNt-eEF-1-GTP se positionne sur le site A du ribosome,
l'hybridation codon/anicodon :
o est basée sur la complémentarité des bases,
o consomme de l'énergie libérée par l'hydrolyse du GTP fixé sur eEF-1 => eEF-1-
GDP
entre :
le COOH : de la Met initiale ou du dernier acide aminé fixé sur le peptide en cours de
synthèse porté par l'ARNt sur le site P
et le NH2 de l'acide aminé porté par l'ARNt sur le site A.
2.4.2.3. "translocation"
2.6. Régulation
2.6.1 Traductionnelle
Dans une cellule, la quantité d'une protéine n'est pas proportionnelle comme la quantité de
l'ARNm => régulation de la traduction
2.6.2 Post-traductionnelle
Des modifications se produisent sur les protéines une fois leur synthèse terminée. Certaines
sont réversibles, d'autres irréversibles.
3.1. Régulation
Dans le foie, comme dans la plupart des tissus, le glucose est dégradé par la voie de la glycolyse.
=> Il existe certaines enzymes de la glycolyse qui ne sont exprimés que dans cet organe : =>
régulation "tissu - spécifique" des gènes codant pour ces enzymes.
Dans le foie : il n'y a plus de mise en réserve du glucose / glycogène. => Il n'y a plus d'oxydation
du glucose par la voie de la glycolyse.
3.2.1 Transcription
3.2.2. Traduction
1 GTP pour eIF-2 et 1 ATP pour fixation de l'ARNm (une seule fois au cours de la synthèse d'une
protéine)
=> La traduction consomme en réalité beaucoup plus d'énergie que la transcription : un ARNm
est traduit en des centaines, voire des milliers, de protéines.
=>La synthèse protéique consomme plus d'énergie que n'importe quelle autre voie métabolique
dans l'organisme.