Chapitre IV/ EXPRESSION DE L’INFORMATION GÉNÉTIQUE

(1) LA TRANSCRIPTION

A) CARACTERISTIQUES GÉNÉRALES DE LA TRANSCRIPTION

- La transcription est le mécanisme par lequel l’ARN est synthétisé à partir d’une matrice d’ADN.
- Tout l’ADN n’est pas transcrit, mais seulement les gènes.
- La synthèse d’ARN s’effectue :
* Dans le sens 5’→3’
* De façon complémentaire et antiparallèle par rapport au brin d’ADN matrice.
- Pour un gène donné, un seul des deux brins d’ADN est copié, il s’agit du brin d’ADN transcrit (ou brin anti-
sens) :

- La transcription est catalysée par une enzyme appelée ARN polymérase, qui nécessite une matrice d’ADN sur
laquelle elle polymérise les ribonucléotides par complémentarité de bases afin de former une chaîne d’ARN.

- L’ARN polymérase peut commencer la synthèse d’ARN de novo ; elle n’a pas besoin d’amorce.

- La réaction de polymérisation catalysée par l’ARN polymérase nécessite des ribonucléotides triphosphates
(ATP, GTP, CTP et UTP). Ces ribonucléotides triphosphates apportent à la fois : les nucléotides monophosphates
(qui vont constituer la molécule d’ARN) et l’énergie nécessaire pour relier chaque nucléotide au précédent. Il est
à noter que seul le premier nucléotide de l’ARNm conserve son groupement triphosphate.

- Les produits de la transcription :

1. La majorité des gènes d’une cellule codent pour des protéines (on les appelle Gènes de structure, ils sont
transcrits en ARNm qui sera après traduit en protéine);
2. Certains gènes codent pour des ARNr (ribosomiques);
3. D’autres gènes codent pour des ARNt (de transfert);
4. Chez les eucaryotes, d’autres types d’ARN sont produits (ARNsn, ARNsno et autres petits ARNs).
- La partie de l’ADN qui subit une transcription, le gène, est constitué de trois régions essentielles: un site
d’initiation de la transcription (promoteur), une région transcrite qui porte l’information génétique (la région
codante), et un site de terminaison de transcription.

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- Dans le cas de la transcription des gènes de structure, l’ARNm transcrit est destiné à être traduit dans le
ribosome. Les transcrits d’ARNm contiennent une série de Codons, commençant par le codon initiateur (AUG)
et se terminant par un codon STOP (UAA, UAG ou UGA).
Cette région d’ARNm est appelée : « Cadre de lecture ouvert
» ou ORF (pour Open Reading Frame). Il s’agit de la région
traduite par le ribosome. Les autres régions non-traduites, de
part et d’autre du ORF sont appelées UTR-5’ et UTR-3’
(Untranslated Regions ; Régions non-traduites en 5’ et 3’
respectivement).

B) TRANSCRIPTION CHEZ LES PROCARYOTES (ex. E. coli)

La transcription se déroule en 3 étapes distinctes : Initiation, Elongation et Terminaison

1) Initiation de la transcription :
- Chez les procaryotes, c'est une ARN polymérase unique qui transcrit tous les gènes.
- L'ARN polymérase d'E. coli est formée de 4 sous-unités : 2 sous-unités α, une sous unité β et une sous unité β’.
Une autre sous unité, appelée "Facteur σ" s'associe aux autres parties de la polymérase pour former
l'Holoenzyme de l'ARN polymérase. Le facteur σ assure la reconnaissance du promoteur. (Remarque : Chez E.
coli, il existe 7 facteurs σ différents, le facteur σ70 étant le plus commun. Il est responsable de la transcription de
la majorité des gènes de la bactérie).
- Les promoteurs des gènes d'E. coli sont hétérogènes (chaque gène possède un promoteur différent). Toutefois,
ces différents promoteurs présentent des séquences similaires appelées "Séquences consensus" (ou séquences
conservées). Il s'agit de 2 séquences courtes de 6 nucléotides, séparées l'une de l'autre par 15 à 19 nucléotides :

* La séquence (-35) : Située à environ 35 nucléotides en amont du site d'initiation de la transcription (séquence
consensus : TTGACA).

* Séquence (-10) (appelée aussi Boite de Pribnow) : Située à approximativement 10 nucléotides en amont du
site d'initiation de la transcription (séquence consensus : TATAAT).

- La transcription commence lorsque l’ARN polymérase se lie au promoteur grâce à la sous unité sigma (facteur
σ) qui reconnaît les régions -10 et -35 du promoteur. Une fois liée au promoteur, l'ARN polymérase déroule
l'ADN et commence la polymérisation de la chaine d'ARN sans avoir besoin d'une amorce pré-existante ; il est
donc à noter que le 1er nucléotide en 5’ de l’ARN naissant garde son groupement triphosphate.

- Peu après que la transcription ait commencé, le facteur σ se dissocie des autres sous unités qui continent la
transcription.

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2) Elongation de la transcription :
L’ARN polymérase synthétise un ARN complémentaire au brin d’ADN matrice dans le sens 5’→3’. L’ADN qui
est ouvert en aval de l’ARN polymérase se referme après sa transcription en amont de la bulle de transcription.
La transcription se poursuit jusqu’à ce que l’ARN polymérase atteigne le site de terminaison de transcription.

3) Terminaison de la transcription :

La transcription se termine quand l’ARN polymérase reçoit un signal de fin de transcription. Selon la séquence
de terminaison, la cellule utilise un des deux mécanismes suivants pour terminer la transcription :

3.1) Mécanisme intrinsèque (Rho-indépendant) :

- La séquence de terminaison contient 2 régions (2 signaux) :

(1) une région à symétrie imparfaite (palindrome imparfait) ;
(2) une région riche en paires A-T qui vient immédiatement après la séquence à symétrie imparfaite.

- La transcription de la région à symétrie imparfaite donne un ARN qui forme une structure en épingle à cheveux
par appariement inta-chaine.

- Cette structure en épingle à cheveux, appelée « Terminateur », oblige l’ARN polymérase à marquer une pause
et la déstabilise. L'ARN polymérase se trouve maintenant au milieu de la région riche en A-T (région 2) qui est
une région lâche ; l'ARN polymérase se détache donc facilement sans avoir besoin de facteur extérieur (c’est
pourquoi ce mécanisme est dit intrinsèque).

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3.2) Mécanisme Rho-dépendant :

- La séquence de terminaison contient un palindrome imparfait dont l'ARN transcrit forme une structure en
épingle à cheveux qui entraine l'arrêt de l'ARN polymérase. Cependant, cette séquence à symétrie imparfaite n'est
pas suivie d'e région lâche riche et A-T. Pour que l'ARN polymérase puisse se détacher de l'ADN, une protéine
appelée "facteur rho" intervient.
- La protéine rho est une hélicase qui se déplace le long de l'ARN en essayant de rattraper l'ARN polymérase.
Cependant, la vitesse de déplacement de rho est inférieure à celle de l'ARN polymérase. Rho ne peut donc
rattraper l'ARN polymérase que si cette dernière est arrêtée par la structure en épingle à cheveux résultant de la
transcription de la séquence à symétrie imparfaite. A ce moment, rho provoque la dissociation de l'ARN
polymérase de l'ADN.
Remarque : Les gènes bactériens qui codent pour des protéines impliquées dans un processus commun (ex.
enzymes d'une voie métabolique donnée) sont souvent groupés, l'un à côté de l'autre, et sont transcrits à partir
d'un unique promoteur. Ce type d'unité de transcription est appelé "Opéron". La transcription de l'opéron donne
un long ARNm contenant les transcrits de tous les gènes faisant partie de l'opéron. Cet ARNm est dit
"Polycistronique". Chaque région codante de cet ARNm polycistronique est définie par un codon initiateur
(AUG) et un codon STOP. Ainsi, chaque région codante sera traduite séparément et donne naissance à un
polypeptide unique.

* Modifications post-transcriptionnelles de l’ARN transcrit :

- ARNm : L’ARNm des procaryotes ne subit aucune modification. Beaucoup d’ARNm commencent à être
traduits avant même que leur transcription soit terminée (puisqu’il n’y a pas de noyau chez les procaryotes).
- ARNr et ARNt : Les ARNr sont synthétisés sous forme de transcrit primaire qui renferme les gènes de l’ARN
16S, 23S et 5S. Dans certains opérons codant pour l’ARNr, on trouve des gènes codant pour l’ARNt. Il existe
des gènes isolés pour la synthèse d’ARNt mais il y a aussi des transcrits primaires qui possèdent des gènes pour
2 ARNt. Il est donc nécessaire de le couper pour libérer les ARNr et ARNt matures (clivage). Les ARNr et ARNt
subissent également des modifications chimiques (ex. méthylation, pseudouridylation…etc.). Ces modifications
sont plus prononcées dans les ARNt et produisent ce qu’on appelle « les bases modifiées ».

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C) TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES

- Chez les eucaryotes la transcription s'effectue dans le noyau, les différents ARN transcrits sont par la suite
transportés vers le cytosol où ils participent à la traduction.
- La structure de la chromatine doit être altérée pour que les ARN polymérases puissent se lier au promoteur.
- Pour la grande majorité des gènes eucaryote, chaque gène a son propre promoteur (et donne donc un ARN
monocistronique).
- La partie codante des gènes eucaryotes n'est pas continue, les régions codantes (Exons) sont séparées par des
régions non codantes (Introns).
- Chez les eucaryotes, il existe 3 principales ARN polymérases qui assurent la transcription des gènes nucléaires
(ARN polymérase I, II et III), en plus des ARN polymérases responsables de la transcription des ARN
mitochondriaux et chloroplastiques (voir tableau ci-après) :

* L’unité de transcription eucaryote :

- Le gène eucaryote est constitué d’une région codante (définie par le site d’initiation de transcription +1), et
d’éléments régulateurs. La région responsable de la terminaison de transcription est appelée « site de
polyadénylation ».
- Les régions du promoteur central (boîte TATA, Inr, BRE, DPE) dirigent l’ARN polymérase II vers le site correct
d’initiation. Les éléments proximaux (boîtes GC, CAAT..) se trouvant en amont du promoteur contrôlent la
fréquence de l’initiation. Des éléments distaux sont responsables de la régulation de l’expression, cette classe
consiste d’éléments qui amplifient (Enhancers) ou répriment (Silencers) l’expression du gène.

* Mécanisme de transcription chez les eucaryotes :

- La plupart des recherches sur la transcription chez les eucaryotes a porté sur la transcription des gènes de
structure assurée par l'ARN polymérase II (ARN pol II).
- La transcription des gènes de structure donne naissance à un ARN immature (pré-messager) qui doit être modifié
avant d’être transporté vers le cytosol pour traduction. Les modifications post-transcriptionnelles de l’ARNm
eucaryotes se font à fur et à mesure que la transcription progresse. Les deux premières modifications (ajout de la
coiffe en 5’ + élimination des introns) se font lors de l’étape d’élongation. La troisième modification (ajout de la
queue poly-A) accompagne la terminaison de la transcription.

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1) Initiation de la transcription :
- L'initiation de transcription nécessite que l'ARN pol II soit recrutée au promoteur. Ceci est assuré par des
facteurs de transcription dits "Facteurs généraux de transcription", dont certains se lient au promoteur central
(ex. boîte TATA) et interagissent avec d'autres facteurs pour attirer l'ARN pol II vers le promoteur.
- L’assemblage du complexe de transcription commence
par la fixation du facteur TFIID sur la boite TATA. La sous
unité de TFIID qui reconnait la boite TATA est dite TBP
(TATA-box Binding Protein).
- La fixation de TFIID permet l’assemblage d’autres
facteurs (TFIIA, TFIIB…) et le recrutement de l’ARN pol
II.
- Le facteur TFIIH intervient par son activité hélicase pour
séparer les 2 brins d’ADN fournissant ainsi une matrice
d’ADN simple brin pour l’ARN pol II. Le TFIIH ensuite
phosphoryle l’ARN pol II qui devient maintenant active et
commence la synthèse d’ARN.
- La transcription nécessite également une modification de
la structure de la chromatine pour accroître l’accessibilité
de l’ADN aux protéines de transcription. Ces
modifications sont assurées par les Histones acétylases, et
le Complexe de remodelage de la chromatine (le rôle de
ces deux éléments est développé davantage dans le
chapitre: Régulation de l’expression des gènes).
- Le complexe de transcription basal ainsi formé permet
une transcription minimale du gène. L’intervention
d’autres séquences (ex. Enhancer) vont permettre
l’amplification de l’expression des gènes de 10 à 100 fois.
L’Enhancer (amplificateur) fixe une protéine activatrice,
qui interagit avec le complexe de transcription basal pour activer la transcription, soit directement, ou
indirectement par intermédiaire d’un complexe protéique appelé « Médiateur ».

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2) Elongation de la transcription :
- L’ARN pol II synthétise un ARN complémentaire au brin d’ADN matrice dans le sens 5’→3’. A fur et à mesure
que l’ARN pol II avance, l’ARN naissant est modifié :

2.1) Ajout de la coiffe en 5’ : Lorsque l'ARN naissant atteint

environ 25 nucléotides de long, un nucléotide (7-
méthylguanylate ou m7G) est ajouté en 5' de la chaine d'ARN.
La liaison entre la 7-méthylguanylate et le premier nucléotide de
l'ARN est de type "anhydre d'acide". Rappelons que le 1er
nucléotide de la chaine d'ARN garde son groupement tri-
phosphate. Le phosphate du premier nucléotide de l'ARN pré-
messager est éliminé, ensuite il y aura soudure avec la 7-
méthylguanylate, cette réaction se fait avec le groupement
phosphate de la 7-méthylguanylate (et non pas le OH en 3').
- La coiffe (ou cap en anglais) joue un rôle dans le transport de l’ARNm mature vers le cytosol, augmente la
stabilité de l’ARNm (le protège l'ARNm contre la dégradation par les nucléases) et joue un rôle important dans
l’initiation de la traduction.

2.2) Elimination des introns (excision-épissage) :

Il existe 4 types d’introns chez les eucaryotes, pour
chacun, un mécanisme différent d’excision-épissage est
mis en jeu :
- Les réactions d’excision-épissage des introns des ARN
pré-messagers nucléaires nécessitent la présence de 3
sites particuliers dans l’intron :
(1) un site en 5’ de l’intron : appelé « site donneur d’épissage » : séquence GU ;
(2) un site en 3’ de l’intron : appelé « site accepteur d’épissage » : séquence AG ;
(3) un point de branchement : constitué d’un A situé à environ 18-40 nucléotides en amont du site 3’.

- Les réactions d’excision-épissage nécessitent que ces 3 sites importants d’épissage soient assez proches. Le
rapprochement de ces sites est assuré par un complexe ribonucléoprotéique appelé Splécisome.
- Le splécisome est constitué de protéines et des ARNsn (small nuclear RNA). Les ARNsn et les protéines
s’associent pour former des particules ribonucléoprotéiques appelées snRNP (small nuclear RiboNucleoprotein
Paricles).
- La réaction d’épissage fait appel à cinq snRNPs : U1, U2, U4, U5 et U6 qui reconnaissent les courtes séquences
de nucléotides caractérisant les sites 5’ et 3’ de l’intron, ainsi que le point de branchement.
- U1 s’associe au site 5’ d’épissage et U2 se lie au point de branchement. Le complexe U4-U5-U6 rejoint le
splécisome, ceci s’accompagne d’une profonde réorganisation du complexe d’épissage qui permet le
rapprochement physique des sites d’épissage et la réaction catalytique d’épissage (coupure/soudure).
- Deux réactions chimiques successives de transestérification assurent la coupure des jonctions exon-intron et
la soudure des deux exons :
(1) La 1ère réaction se produit au niveau du site 5’ de l’intron, lorsque le OH-2’ du A de branchement établie
une liaison covalente (de type phosphoester) avec le 1er nucléotide de l’intron : G, situé en 5’ de l’intron. Ceci
libère l’exon 1. L’intron est encore attaché à l’exon 2 (en une structure en boucle appelée « Lasso »).

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 (2) La 2ème réaction se produit lorsque le OH-3’ libre du dernier nucléotide de l’exon 1 établie une liaison
covalente (phosphoester) avec le phosphate du 1er nucléotide du deuxième exon, ce qui libère l’intron sous
forme de lasso.

* Remarque : Epissage alternatif :

Les études ont montré que chez les eucaryotes, le nombre de gènes d’un organisme est bien inférieur au nombre
de protéines qu’il produit. Cela signifie qu’un gène donné peut coder pour une ou plusieurs protéines. Ceci est
rendu possible par un phénomène appelé « Epissage alternatif ». Ce phénomène permet d’obtenir différents
ARN messagers à partir d’un même gène, dans des types cellulaires distincts, ou à des moments différents du
développement.

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3) Terminaison de la transcription :
- Hormis les ARNm des histones, l’extrémité 3’ de
tous les ARNm eucaryotes comporte une série de 50
à 200 résidus adénylate, constituant une queue poly-
A.
- La queue poly-A a plusieurs rôles ; elle stimule la
terminaison de la transcription, participe au transport
des ARNm matures vers le cytosol, protège les
ARNm de la dégradation et contribue à l’initiation
de la traduction.
- La poly-adénylation débute par le recrutement d’un
complexe multiprotéique qui se fixe sur les
séquences signal de poly-adénylation (AAUAAA).
Ce complexe clive l’ARNm naissant et libère le
complexe de transcription. L’extrémité 3’ est alors
allongée d’une suite de résidus adényliques par la
polyA polymérase.

* Remarque : Sites multiples de clivage-polyadénylation : Certains

gènes contiennent plus qu’un signal de clivage-polyadénylation.
L’utilisation d’un site ou de l’autre produit des ARNm de longueurs
différentes et par conséquent des protéines différentes.

* Modifications post-transcriptionnelles des transcrits primaires eucaryotes :

- ARN m : (1) Ajout de la coiffe (cap) en 5’ ; (2) Excision-Epissage (épissage par Splécisome) ; (3) Ajout de la
queue poly-A en 3’.
- ARNr : (1) Clivages ; (2) élimination des introns (auto-épissage) ; (3) modification chimique (méthylation des
bases, méthylation du ribose, et pseudouridylation..).
- ARNt :(1) Clivages ; (2) modification chimique de quelques bases (bases modifiées) ; (3) ajout de CCA an 3’ ;
(4) élimination des introns (épissage enzymatique).