1-Diapo 1. ORGANISATION DU GÉNOME - PCEM2

GÉNOME HUMAIN
STRUCTURE ET ORGANISATION
FATMA ABDELHEDI
SERVICE DE GÉNÉTIQUE – CHU HÉDI CHAKER SFAX
FACULTÉ DE MÉDECINE DE SFAX
PCEM2
16/09/2022
GÉNOME HUMAIN
GÉNOME NUCLÉAIRE ET MITOCHONDRIAL
Taille génome haploïde =3.1 109 bp

Bp=paires de bases
"GRCh38.p13". ncbi. Genome

Reference Consortium.
Retrieved 8 June 2020.
1. GÉNOME MITOCHONDRIAL
LES MITOCHONDRIES
ORIGINE DES MITOCHONDRIES
CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DES MITOCHONDRIES
RAPPEL SUR LA STRUCTURE DE LA MITOCHONDRIE
FONCTIONS DE LA MITOCHONDRIE
1. Respiration cellulaire (Cycle de Krebs-Chaine respiratoire) (membrane in)
2. Fonctions de synthèses
3. Thermogenèse
4. Régulation calcique
5. Mitochondrie et vieillissement

FONCTIONS DE LA MITOCHONDRIE
ADN MITOCHONDRIAL
L’ADNmt porte 37 gènes codant pour

13 protéines, 22 ARNt et 2 ARNr.
ADN MITOCHONDRIAL
CARACTÉRISTIQUES

LA DIVISION MITOCHONDRIALE
ADN MITOCHONDRIAL
CARACTÉRISTIQUES

ADN MITOCHONDRIAL/CARACTÉRISTIQUES
ADN MITOCHONDRIAL/PATHOLOGIE
GÉNOME HUMAIN
GÉNOME NUCLÉAIRE ET MITOCHONDRIAL
Taille génome haploïde =3.1 109 bp

Bp=paires de bases
"GRCh38.p13". ncbi. Genome

Reference Consortium.
Retrieved 8 June 2020.
2. GÉNOME NUCLÉAIRE
RAPPEL SUR LA STRUCTURE DU NOYAU
§ Le noyau = organite cellulaire hautement organisé
§ Deux fonctions essentielles : la réplication de l’ADN
et la transcription des gènes cellulaires.
*Nucléole: corps nucléaire impliqué principalement
dans la transcription des ARN ribosomiques(ARNr) et
l’assemblage des ribosomes (biogénèse ribosomes).

INTRODUCTION-
RAPPEL DE LA STRUCTURE DU NOYAU
§ Le noyau = organite cellulaire hautement organisé
Deux fonctions essentielles : la réplication de l’ADN et la
transcription des gènes cellulaires.
*Nucléole: biogénèse des ribosomes
*Chromatine : euchromatine et hétérochromatine
ü Euchromatine : chromatine active
ü Hétérochromatine: chromatine inactive ou réprimée
*Protéines (telque :corps PML, lamina nucléaire)
*Pores nucléaires
DÉFINITION GÉNOME HUMAIN
Génome: (1920 Hans Winkler, Hamburg) ensemble des déterminants héréditaires (gènes) propres à une
espèce donnée.
Génome: ensemble de l'information héréditaire d'un organisme. Cette information est présente en totalité dans
chacune des cellules de l'organisme. Lorsqu'une cellule se divise l'information est copiée et transmise aux deux
cellules filles.
Génome: contient les instructions nécessaires au développement, au fonctionnement, au maintien de l'intégrité

et à la reproduction des cellules et de l'organisme.
1944: l'ADN est le support de l'hérédité
1953: les propriétés de la molécule d'ADN expliquent la dualité de son

rôle:
- instructions fonctionnelles pour l'organisme: séquence des nucléotides
- reproduction (formation du semblable): appariement des nucléotides

GÉNOME NUCLÉAIRE
Organisation Complexe
Structure Complexe
Mistelli, Cell 2020
STRUCTURE DU GÉNOME HUMAIN
SÉQUENÇAGE GÉNOME HUMAIN
UN PEU D’HISTOIRE
Humain Genome Project (1990-2003)
Avec l’arrivée du séquençage haut débit
Avec l’arrivée du séquençage haut débit
STRUCTURE GÉNOME HUMAIN
§ 20000 gènes codent pour

des protéines
§ Les gènes sont formés
d’exons et et d’introns dont
le nombre est très variable.
§ Les exons de ces gènes occupent

1,2% du génome
Gregory.2005
§ 20000 gènes codent pour

des protéines
§ Les gènes sont formés
d’exons et et d’introns dont
le nombre est très variable.
§ Les introns de ces gènes occupent

26% du génome
§ 25000 gènes codent pour des ARN

non codant (ncRNA)
§ ncRNA Classiques: tRNA; rRNA
§ Long non coding lncRNA >200 nt
§ Small non coding scnRNA <200 nt
ARN Totaux
ARN ARN non

codant codant
pour des 96%
protéines
4%
tRNA rRNA SncRNA lncRNA
< 200 NT > 200 NT
mRNA
miRNA siRNA piRNA snRNA snoRNA

Nature Reviews | Genetics;;2020

§ 15000 pseudogènes (copies non fonctionnels de gènes)
§ Retro-pseudogènes (processed)+++: Reverse Transcription à partir de l’ARNm
(ADNc) qui va subir des mutations puis va être intégré dans le génome
§ Pseudogènes dupliqués (unprocessed)
§ 15000 pseudogènes (copies non fonctionnels de gènes )

§ Retro-pseudogènes (processed)
§ Pseudogènes dupliqués (unprocessed):duplication d’un gène fonctionnel suivi de
mutations inactivatrices
PSEUDOGÈNES
Nature Reviews | Genetics;;2020
PSEUDOGÈNES
Séquences répétées +++ en plus des
séquences en copie unique (gènes)
§ Séquences DISPERSÉES
§ Séquences répétées en TANDEM
SÉQUENCES DISPERSÉES
ADN MOYENNEMENT RÉPÉTITIF
ADN hautement
répétitif
ADN MOYENNEMENT RÉPÉTITIF MOBILE
§ 45% du génome
§ Séquences répétées de 100 à
6000pb, dispersées dans tout le
génome
§ Capables de se déplacer d'une
région à l'autre, expliquant la
plasticité du génome.
§ On les appelle éléments mobiles
ou transposables.
1
2
Aucun transposon actif chez l’homme = vestige du passé

(ADN fossile).
ADN MOYENNEMENT RÉPÉTITIF
§ Transposons
séquences répétitives qui
peuvent se déplacer d'un
site à l’autre de l’ADN sans
besoin d'un intermédiaire
ARN.
§ Rétrotransposons
utilisent un mécanisme de
recopiage spécifique avec
des intermédiaires ARN
Rétrotranscription grâce à
une transcriptase inverse.
Rétrotransposons
LTR: long terminal repeats
LTR rétrotransposons Non-LTR rétrotransposons
Mais pouvoir oncogène

HERV-K
K prostate-testicule
Rétrotransposons
LTR rétrotransposons
Non-LTR rétrotransposons
(Virus)
Autonomes
Séquences LINE Séquences SINE

Autonomes Non- Autonomes
Rétrotransposons
(Virus)
Autonomes
LINE: Long INterspresed Elements
§ Transposées dans des Séquences LINE § 17% du génome humain
régions riches en AT
Autonomes § Taille moyenne de 6 Kb
(bandes G)
§ 1 insertion / 100 naissances vivantes
Rétrotransposons
(Virus)
Autonomes
Séquences LINE Séquences SINE

Autonomes Non- Autonomes
Rétrotransposons
(Virus)
Autonomes
SINE: Short INterspresed Elements
Ce sont des séquences non-autonomes, faisant appel à des Séquences SINE
protéines synthétisées par d'autres gènes.
§ Famille Alu (10% génome)
§ Séquences de 300pb dispersées dans tout
le génome.
§ Contiennent un site de restriction (AG/CT)
1 insertion/ 20 naissances vivantes reconnu par l’enzyme de restriction Alu
Rétrotransposons
(Virus)
Autonomes
SINE: Short INterspresed Elements
Ce sont des séquences non-autonomes, faisant appel à Séquences SINE
des protéines synthétisées par d'autres gènes.
§ Eléments SVA
§ Séquences de 2Kb
§ Contiennent Des VNTR (Variable Number
1 insertion/ 1000 naissances vivantes of Tadem Repeats)
Séquences répétées +++ en plus des
séquences en copie unique (gènes)
§ Séquences DISPERSÉES
§ Séquences répétées en TANDEM
SÉQUENCES EN TANDEM
ADN HAUTEMENT RÉPÉTITIF
ADN Satellite
§ Représente 5-7% du génome
§ Plusieurs types
§ ADN alpha satellite (unité171 pb)
§ Centromères ++++
§ Fonction du centromères++
§ Recrutement de protéines ++
ADN HAUTEMENT RÉPÉTITIF_SATELLITE
§ Centromères ++++
§ Régions péri-
centromériques
§ Satellites des
acrocentriques
ADN MiniSatellite
§ VNTR (Variable Number of Tandem Repeats)
§ Constitués de 30-35 pb répétées avec des longueurs allant
de 200 pb jusqu’à plusieurs milliers de pb.
§ Sont principalement localisés au niveau des télomères
Mini Satellite Mini Satellite

Satellite
ADN MicroSatellite: Short tandem repeats (STR)
§ Répétitions d’un motif de 1-6 pb
§ Au niveau des séquences codantes ou non

(3% du génome)
§ Polymorphisme de nombre (tests de
paternité, médecine légale
§ Répétition d’un nombre limité ; notion de
seuil
§ Pathologie si dépassement du seuil :
maladies à expansions
CARACTÉRISTIQUES GÉNOME HUMAIN
D’AUTRES SÉQUENCES DUPLIQUÉES
q Présence de low-copy repeats
(LCR) ou duplicons
q 1-400Kb;; 95-99% d’identité
q Gènes, cluster de gènes,
pseudo-gènes, séquences rétro-
virales.
q Près de centromères et des
télomères
Gregory.2005
(LCR) ou duplicons
virales.
télomères
Gregory.2005
(LCR) ou duplicons

Recombinaisons
virales. homologues non
alléliques (NAHR)
Microdélétions et
télomères micro duplications
récurrentes
Gregory.2005
VARIATIONS
VARIATIONS: SNV VS SNP
• SNV (SINGLE NUCLEOTIDE VARIANT)
→ Toute altération nucléotidique sans implication de fréquence populationnelle
→ Peut avoir un effet délétère ou non (maladies monogéniques/mutations)
• SNP (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM)
→ Implique qu’un variant est partagé dans la population ( fréquence > 1%)
→ Différences dans notre susceptibilité à la maladie

Distribution
génomique des SNP
VARIATIONS
SV : réarrangement génomique affectant > 50bp

VARIATIONS
VARIATIONS: CNV
• CNVs (copy number variations)
• Sont des séquences dont la taille est supérieure à 1kb
• Dont le nombre varie par rapport à la diploïdie
• Il peut s’agir de délétions ou de duplications
• ils sont présent dans environ 12-15% du génome humain
• Perte ou gain au niveau du génome
• peuvent survenir au cours de la méiose ou la mitose (post zygotique)

1. TRÈS PEU DE SÉQUENCES CODANTES???
Levure Homme
2. Séquences non codantes +++ fonction de régulation

3. Variation/Polymorphysme +++
§ Diversité
§ Pathologie
4. SÉQ RÉPÉTÉES PLUS QUE 50% GÉNOME+++
§ La présence de séquences répétées est corrélée avec la complexité
du génome +++
Syed Farhan,Cells 2020

Fonction Génome non codant ????
1. ORGANISATION GÉNOME ++++
2. REGULATION DE L’EXPRESSION DES GÈNES +++

GÉNOME NUCLÉAIRE
Organisation Complexe
Structure Complexe
Mistelli, Cell 2020
ORGANISATION GÉNOME HUMAIN
ORGANISATION DU GÉNOME NUCLÉAIRE
NOYAU INTERPHASIQUE
Organisation vue en ME
Hétérochromatine
-Sombre donc dense
-Périphérique
-Réprimée
Euchromatine
-Claire donc éparse
-Centrale
-Exprimée
Dans une cellule eucaryote humaine:
ADN fait environ 2m de long pour
2nm de diamètre et se replie dans le
noyau qui fait 6 -10 μm de diamètre.
Nécessité de compaction
1. Quelles sont les niveaux de

compaction de la chromatine??
§ Plusieurs niveaux (Fibre 11nm-chr
métaphasique)
§ Différent selon le cycle cellulaire
LE NUCLÉOSOME/UNITÉ DE STRUCTURE DE LA
CHROMATINE
L'unité fondamentale de la chromatine ou Nucléosome
est composé d'ADN et d'histones.
Il constitue le premier niveau de compaction de l'ADN dans le
noyau.
Cette structure est ensuite régulièrement répétée pour former le

nucléofilament qui peut adopter des niveaux d'organisation plus
compacts.
Le niveau de condensation le plus élevé est atteint au sein du
chromosome métaphasique.
Au sein du noyau interphasique, la chromatine est organisée en

territoires Chromosomiques
LE NUCLÉOSOME
Analyse en microscopie électronique : chromatine constituée de particules
régulièrement e spacées, aspect d'un "collier de perles".
Le nucléosome unité fondamentale de la chromatine est composé :
* D’une Particule cœur
* D’une Région Internucléosomale

(relie les particules cœurs adjacentes)
LE NUCLÉOSOME
§ Structure très conservée entre les espèces
§ Composée de 146 pb d'ADN enroulées selon environ 1,65 tours autour d'un
octamère protéique
§ Octamère comprenant deux

exemplaires de chacune des histones
: H3, H4, H2A et H2B.
LE NUCLÉOSOME
COMPACTION-RELACHEMENT
DE LA CHROMATINE
CODE DES HISTONES
COMPACTION-RELACHEMENT
DE LA CHROMATINE
ORGANISATION DE LA CHROMATINE
ORGANISATION DE LA CHROMATINE MODÈLE ACTUEL
Sexton et Cavalli, Cell 2015

ORGANISATION DE LA CHROMATINE MODÈLE ACTUEL
PREMIER NIVEAU D’ORGANISATION TRIDIMENTIONNELLE
LES TERRITOIRES CHROMOSOMIQUES
ORGANISATION DE LA CHROMATINE NUCLÉAIRE
EN TROIS DIMENSIONS
FISH combinatoire 24 couleurs
qLes chromosomes ne sont pas

répartis au hasard dans le noyau
interphasique.
q Chaque chromosome occupe une
région bien déterminée appelée
territoire chromosomique
q Technique: FISH 3D
Bolzer et al., 2005
L’HYBRIDATION IN SITU FLUORESCENTE : FISH
q Repose sur les propriétés complémentaires de l’ADN

q Principe de la FISH : Un fragment d’ADN rendu fluorescent (la sonde),
permet de repérer (s’hybrider) de façon spécifique la présence de sa
cible dans l’ADN génomique.
Différents types de sondes
Sondes de peinture pour localiser les territoires chromosomiques
Sauf qu’une FISH simple ne permet pas une visualisation

tridimensionnelle du noyau
FISH TRIDIMENSIONNELLE : FISH 3D
FISH COUPLÉE À LA MICROSCOPIE CONFOCALE
FISH Tridimensionnelle : FISH 3D
Z stacks
(coupes au niveau du plan Z)
POSITION RELATIVE DES CHROMOSOMES
AU SEIN DU NOYAU
q Pour un type cellulaire bien défini

qTaille des chromosomes
q Richesse en gènes
POSITION RELATIVE DES
CHROMOSOMES
AU SEIN DU NOYAU
POSITION RELATIVE DES
CHROMOSOMES
AU SEIN DU NOYAU
DEUXIÈME NIVEAU D’ORGANISATION TRIDIMENTIONNELLE
LES COMPARTIMENTS
ORGANISATION DES COMPARTIMENTS A ET B
Organisation en Territoires Organisation des TCs deux

chromosomiques compartiments A et B
Nature Reviews 2019
q Le compartiment A ou compartiment Actif

Ø Riche en gènes
Ø Euchromatine
Ø centre du noyau
q Le compartiment B ou compartiment inactif
Ø N’est pas riche en gènes
Ø Hétérochromatine
Ø Proche de la membrane nucléaire
Nature Reviews 2019
TROISIÈME NIVEAU D’ORGANISATION TRIDIMENTIONNELLE
LES DOMAINES
Organisation des TADs au sein des

Organisation en Territoires Organisation des TCs deux deux compartiments A et B
chromosomiques compartiments A et B
Nature Reviews 2019
ORGANISATION AU SEIN DES TERRITOIRES
CHROMOSOMIQUES
Au sein des TCs
-LADs : domaines
associés aux lamines
-TADs : domaines
associés toplogiquement
au sein des TCs.
- Les compartiments A
et B.
- Boucles
chromatiniennes
Aux frontières TADs
Sivakumar et al.2019
QUATRIÈME NIVEAU D’ORGANISATION TRIDIMENTIONNELLE
LES BOUCLES CHROMATINIENNES
LES BOUCLES CHROMATINIENNES
q Les boucles chromatiniennes

(loops) sont localisées à la
jonction entre deux TAD
consécutifs.
q Sont stabilisés par des
protéines tel que CTCF
q ces régions seraient associés
à une transcription active
Nature Reviews 2019

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GÉNOME HUMAIN

Taille génome haploïde =3.1 109 bp

"GRCh38.p13". ncbi. Genome

1. Respiration cellulaire (Cycle de Krebs-­Chaine respiratoire) (membrane in)

2. Fonctions de synthèses

5. Mitochondrie et vieillissement

L’ADNmt porte 37 gènes codant pour

L’ADNmt porte 37 gènes codant pour

L’ADNmt porte 37 gènes codant pour

Taille génome haploïde =3.1 109 bp

"GRCh38.p13". ncbi. Genome

§ Le noyau = organite cellulaire hautement organisé

§ Deux fonctions essentielles : la réplication de l’ADN

et la transcription des gènes cellulaires.

*Nucléole: corps nucléaire impliqué principalement

dans la transcription des ARN ribosomiques(ARNr) et

l’assemblage des ribosomes (biogénèse ribosomes).

Génome: contient les instructions nécessaires au développement, au fonctionnement, au maintien de l'intégrité

1953: les propriétés de la molécule d'ADN expliquent la dualité de son

- instructions fonctionnelles pour l'organisme: séquence des nucléotides

- reproduction (formation du semblable): appariement des nucléotides

§ 20000 gènes codent pour

§ Les exons de ces gènes occupent

§ 20000 gènes codent pour

§ Les introns de ces gènes occupent

§ 25000 gènes codent pour des ARN

ARN ARN non

miRNA siRNA piRNA snRNA snoRNA

Nature Reviews | Genetics;;2020

§ 15000 pseudogènes (copies non fonctionnels de gènes )

Aucun transposon actif chez l’homme = vestige du passé

LTR rétrotransposons Non-LTR rétrotransposons

Mais pouvoir oncogène

Séquences LINE Séquences SINE

Séquences LINE Séquences SINE

Mini Satellite Mini Satellite

§ Au niveau des séquences codantes ou non

q 1-­400Kb;; 95-­99% d’identité

q Gènes, cluster de gènes,

pseudo-­gènes, séquences rétro-­

q 1-­400Kb;; 95-­99% d’identité

q Gènes, cluster de gènes,

pseudo-­gènes, séquences rétro-­

q 1-­400Kb;; 95-­99% d’identité

q Gènes, cluster de gènes,

pseudo-­gènes, séquences rétro-­

→ Toute altération nucléotidique sans implication de fréquence populationnelle

→ Peut avoir un effet délétère ou non (maladies monogéniques/mutations)

• SNP (SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM)

→ Différences dans notre susceptibilité à la maladie

SV : réarrangement génomique affectant > 50bp

• Sont des séquences dont la taille est supérieure à 1kb

• Dont le nombre varie par rapport à la diploïdie

• Il peut s’agir de délétions ou de duplications

• ils sont présent dans environ 12-15% du génome humain

• Perte ou gain au niveau du génome

• peuvent survenir au cours de la méiose ou la mitose (post zygotique)

2. Séquences non codantes +++ fonction de régulation

Syed Farhan,Cells 2020

1. ORGANISATION GÉNOME ++++

2. REGULATION DE L’EXPRESSION DES GÈNES +++

Nécessité de compaction

1. Quelles sont les niveaux de

1. Respiration cellulaire (Cycle de Krebs-Chaine respiratoire) (membrane in)

q 1-400Kb;; 95-99% d’identité

pseudo-gènes, séquences rétro-

q 1-400Kb;; 95-99% d’identité

pseudo-gènes, séquences rétro-

q 1-400Kb;; 95-99% d’identité

pseudo-gènes, séquences rétro-