KSVB6AA1 2023

Structure et fonctionnement du génome

ü Organisation des génomes eucaryotes (6h)
Caroline Conte, Semaines 3 et 4 CM en présentiel
QCM : semaine 5 supports de cours sur Moodle

ü Expression génique : transcription (6h)

Pascale Belenguer, Semaines 4, 5, 7 pas de CM : semaine 6
QCM : semaine 9 vacances : semaines 8 et 16
ü Chromatine (4h)
Caroline Conte, Semaines 9
QCM : semaine 10
Caroline Conte : Caroline.conte@inserm.fr
ü Expression génique : post-transcription (4h)
Eric Lacazette, Semaines 10 et 11 Pascale Belenguer : pascale.belenguer@univ-tlse3.fr
QCM : semaine 12
Eric Lacazette : eric.lacazette@inserm.fr
ü Expression génique : traduction (4h)
Eric Lacazette, Semaines 12 et 13
QCM : semaine 14
 KSVB6AA1 2023
Structure et fonctionnement du génome

Travaux dirigés : en présentiel

Support de TD sur Moodle

13 séances de TD : analyse de résultats tirés de publications (annales)

Semaine 4 : TD1 et TD2

Semaines 5, 7, 9-15, 17 : TD 3 à TD 13

Préparation des TD avant la séance obligatoire et correction en séance

examen blanc : mardi 9/04 de 18-20h en amphi

Correction : lors du TD 13 en semaine 17
 Modalités d’examen
Session 1 Session 2

è Cours (30%) : report de la note session 1

è Cours (30%) : note non reportée pour les redoublants
è Examen : (70%). 2h

Après chaque partie de cours soit 5 évaluations Analyse de problèmes tirés de publications
QCM, 5 minutes (semaines 5, 9, 10, 12, 14) scientifiques
obligatoire (ABI = 0, ABJ =0)

è Examen : (70%). 2h
Analyse de problèmes tirés de publications scientifiques
 Emploi du temps de l'UE

Attention : Groupe de TD2 : premier TD vendredi 19/01 à 7h45

ORGANISATION DES GÉNOMES EUCARYOTES

1. Caractéristiques et contenu des génomes (cours 1)

2. Analyse des génomes (cours 2)

4. Maintien et évolution des génomes (cours 3)

5. Manipulation des génomes (cours 3)

3. Caractéristiques et contenu des génomes eucaryotes

I. Génome et gène : définitions/rappels

II. Caractéristiques des génomes nucléaires:

- Taille des génomes
- Organisation en chromosomes

III. Composition des génomes nucléaires

- L’ADN intergénique
- Les gènes, familles de gènes
- Les pseudogènes
 1. GENOMES ET GENES: DÉFINITIONS-RAPPELS

v La base de l’hérédité de tout organisme vivant est son génome

v L’ADN est le matériel génétique des cellules eucaryotes comme des

bactéries et des virus Noyau
Mitochondries

v Chez certains virus le matériel génétique est de l’ARN

 1. GENOMES ET GENES: DÉFINITIONS-RAPPELS

v Physiquement le génome peut être divisé en différentes molécules

d’ADN : les chromosomes

Les 23 paires de
chromosomes humains

Territoires Caryotype
(prométaphase) (Metaphase)
 1. GENOMES ET GENES: DÉFINITIONS-RAPPELS

v Fonctionnellement le génome est divisé en gènes

v Chaque gène est une séquence d’ADN qui permet de produire un ARN
qui sera dans certains cas utilisé pour produire une protéine

ADN ARN Protéine

(Nucléotides) (Nucléotides) (Acides aminés)

Transcription Traduction

ARNm

ARN non codant :

ARNr, ARNt
snARN, snoARN
ARN régulateurs
 1. GENOMES ET GENES: DÉFINITIONS-RAPPELS

v Chaque chromosomes contient une série de gènes. Chaque gène réside

à une localisation particulière du génome (locus).

v Les gènes sont séparés par des régions intergéniques

Chromosome 1 humain = 245 Mpb - 3232 gènes

 1. GENOMES ET GENES: DÉFINITIONS-RAPPELS
v Génome ensemble du contenu en ADN d’une cellule

ü Gènes et régions intergéniques des chromosomes

ü Génomes des organelles : mitochondries et chloroplastes

Polyploïde

ADNmt
16.6 kb
in humans
 II. Caractéristiques des génomes nucléaires:
II.1.Taille des génomes = quantité totale d’ADN contenu dans une copie d’un génome

Plus petit : nématode parasite : 2.106 pb

Plus grand : poisson : 1,3. 1011 pb
Homme : 3,2.109 pb

Pas de corrélation stricte entre

Taille des génomes et
Complexité des espèces
 II. Caractéristiques des génomes nucléaires:
II.2. Chromosomes
télomère

Rôle dans ségrégation

des chromosomes

télomère
Protection des chromosomes
 II.2. Chromosomes

Variation du nombre de chromosomes selon les espèces

Organismes taille (pb) nombre de chromosomes

(génome diploïde)

Pas de correlation
entre taille des génomes,
nombre de chromosomes

taille des génomes

 II.2. Chromosomes
Variation de la taille des chromosomes. Exemple chez l’Homme
 II.2. Chromosomes
Structure des centromères et télomères
Structure très conservée
Variation de la structure des télomères selon les espèces
des centromères selon les espèces
holocentric
Répétitions 5-8pb riches en GC (1-10kpb)

monocentric

monocentric
 III. Compososition des génomes nucléaires:
Ex. génome humain
Human genome
3200 Mb

Genes ang gene-related sequences Intergenic DNA

1200 Mb 2000 Mb
37,5% 62,5%

Exons Related sequences Dispersed repeated Tandem repeated

48 Mb 1152 Mb 1400 Mb 600 Mb
1.5% 36% 44% 18,5%

Pseudogenes Satellites
LINE LTR elements

Gene fragments autres

SINE DNA transposons

Introns
Mb = 106 pb
 III. Compososition des génomes nucléaires:
III.1. L’ADN intergénique

ADN répétés en tandem ADN répétés dispersés ADN unique

ADN satellite Transposons (Alu) Séquences intergéniques

ADN minisatellite Rétrotransposons (SINE, LINE)

ADN microsatellite Rétrotransposons à LTR

Maladies associées : Maladies associées : Maladies associées :

Syndrome X fragile (retard mental) Cancers Causées par dérégulations

géniques
Maladie de Huntington (trouble neurologique)
 III.1. ADN intergénique
ADN répétés en tandem

ADN satellite :
Localisé dans hétérochromatine
5 à 300pb répétés 105 à 106 fois
(ADN centromérique/télomérique)

ADN minisatellite :
Localisé dans euchromatine
15 à 400pb répétés 20 à 50 fois
Répétitions en tandem dispersées
Aussi appelé VNTR (variable number tandem repeats)

ADN microsatellite :
Localisé dans euchromatine
2 à 4pb répétés 10 à 100 fois
 III.1. ADN intergénique

ADN répétés dispersés constitué de transposons (éléments mobiles)

Caractéristiques :

- 25 à 40% du génome chez les mammifères

- Localisés au hasard sur le génome
- Taille : 100-10 000pb
- Copies similaires mais non identiques
- Éléments mobiles : effet mutagène
 III.1. ADN intergénique
ADN répétés dispersés
2 classes de transposons :
 III.1. ADN intergénique

% sequence Dans génome humain transposons autonomes et non autonomes

17%

15%

8%

3%
 III.1. ADN intergénique

% sequence Dans génome humain transposons autonomes et non autonomes

17%

15%

8%

3%
 III.1. ADN intergénique
ADN répétés dispersés

Cycle rétrotransposition des LINEs LINE : Long Interspersed Nuclear Elements

i : transcription par l’ARNpol II

ii : export du noyau
iii : interaction ARN/protéines ORF1
iv : regroupement dans les granules de stress
v : transport dans le noyau
vi : reverse transcription (ORF2) et
intégration dans génome
 III.1. ADN intergénique
ADN répétés dispersés
Réverse transcription et intégration des LINEs

Coupure 1ier brin Coupure 2ième brin ADN

ADN hôte réplication du brin 2
par endonucléase Du transposon

Reverse transcription Comblage des trous

Du brin 1 Religation de l’ADN

ARN
ADN

Insertion préférentielle dans régions euchromatiques riches en AT

Peut induire des inactivations/dérégulations de gènes par
insertion
 Séquence identique

TSD : target site duplication

AAAA
 III.1. ADN intergénique
ADN répétés dispersés

SINE : Small Interspersed Nuclear Elements

Dérivés des tRNA (transcription par l’ARNpolIII)

Pas de cadre de lecture ouvert (ORF)
Non autonome : utilise la machinerie des LINE pour la mobilité
Taille 100-400pb
SINE mobiles dans génome humain : ALU (290pb)
Localisation fréquente dans les unités transcriptionnelles (promoteurs, introns)
Intégration dans les séquences riches en GC
 III.1. ADN intergénique
ADN répétés dispersés TSS
PPT
Rétrotransposon à LTR

pA

PR : Protéase
IN : intégrase
Cycle RT : reverse transcriptase
RH : RNAse H
 III.1. ADN intergénique
ADN répétés dispersés
Reverse transcription des Rétrotransposons à LTR
Reverse transcription
Digestion RNaseH (protection PPT)

Fixation d’un ARNt ARN

ADN
Synthèse du second brin

Réverse transcription de R-U5

Digestion de R-U5 par RNaseH

Intégration dans génome par intégrase

 III.1. ADN intergénique
ADN répétés dispersés
Eléments de classe II, ou transposons
Transposition sur le mode du « couper-coller »

transposase

RNA

transposase

transposase
 III.1. ADN intergénique
Fonctions des séquences intergéniques

- Fonctionnement des chromosomes :

ADN télomérique : stabilisation des chromosomes, protection (vieillissement)
ADN centromérique : ségrégation des chromosomes

- Régulation de l’expression des gènes :

Séquences régulatrices
Séquences régulatrices des transposons

- Evolution car réservoir de séquences :

Création de nouveaux gènes ou séquences régulatrices

- Leurre des agents mutagènes:

Création de nouveaux gènes ou séquences régulatrices
 III. Composition des génomes nucléaires:
III. 2. Les gènes, familles de gènes Gènes = région transcrite + régions régulatrices associées
Gènes codants = Gènes donnant lieu à une synthèse protéique

Variation du nombre de gènes selon les espèces

Génome humain : >26 000 gènes

dont 20 412 gènes codants
6000 gènes ARNnc (sno, sn, t, r)

Pas de corrélation stricte

Entre nombre de gènes
et complexité des espèces
 III. 2. Les gènes, familles de gènes

Localisation des gènes : sur les bras des chromosomes

sur les deux brins d’ADN
sur les deux brins chevauchants ou non

Gène A Gène B
5’ ADN
5’

Gène C
 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Densité des gènes
Densité variable des gènes en fonction des espèces

Complexité
Des espèces

Densité génique

Corrélation entre faible densité de gènes et complexité des espèces

 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Densité des gènes
Densité variable des gènes en fonction des chromosomes

Densité des gènes sur les chromosomes humains

Chromosome dense en gènes

Chromosome peu dense en gènes

 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Densité des gènes
Densité variable des gènes le long des chromosomes
Régions du chromosome 12 murin (ensembl.org)

Région (3,5Mpb) riche en gènes

Région (3,5Mpb) moins riche en gènes

 III. 2. Les gènes, familles de gènes

Nombre de copies des gènes

Majorité des gènes présents en 1 copie par génome haploïde
Plupart des cellules eucaryotes sont diploïdes donc 2 copies du gène/cellule
Certains gènes : 1 copie exprimée et l’autre silencieuse : exclusion allélique

Quelques gènes répétés :

- répétés en tandem
- répétés dispersés

Duplication de segments d’ADN Variation du nombre de copies des gènes

au cours de l’évolution Formation de famille de gènes
 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Familles de gènes

Gènes répétés en tandem Identiques : besoins d’une grande quantité du produit du gène sur un temps court
Gènes codants : ex histone

RNA genes : ex rRNA

Génome humain : 2000 gènes

5 groupes gènes répétés en tandem sur 5 chromosomes
 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Familles de gènes

Gènes répétés en tandem variants : diversité de fonctions des copies du gène

 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Familles de gènes
Quelques familles de gènes humains répétés en tandem kb Pseudogène :
Gène inactif

Propriétés :
Séquences proches
Transcrit à partir du même brin ADN
Contient souvent gènes et pseudogènes

kb
 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Familles de gènes
Locus de la β-globine

Adulte : Hb A : α2 β2, Hb A2 : α2 δ2 Affinité O2 HbF>HbA passage O2 du sang maternel

Foetal : Hb F : α2 γ2 au sang du foetus
 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Familles de gènes
Familles de gènes répétés dispersés

Gènes ARN : ex ARN U : rôle dans épissage des ARNm

Gènes codants : ex récepteurs olfactifs (OR)

The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2004

TD1
 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Familles de gènes
Gènes codants : ex récepteurs olfactifs (OR) Chez l’Homme
1000 gènes et pseudogènes
Localisés dans 51 loci différents sur 21 chromosomes différents

PNAS February 24, 2004

vol. 101 no. 8
 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Les pseudogènes
= fragment d’anciens gènes fonctionnels devenus silencieux.
Mécanismes d’apparition

retropseudogène

Journal of Genetics and Genomics 40 (2013) 171e177

 III. 2. Les gènes, familles de gènes
Les pseudogènes

Taille génome - Pas de corrélation stricte

(x 109 pb)
entre nombre de pseudogènes
0,005
et taille des génomes
0,005
0,012
0,1 - Pas de corrélation stricte
1,4 entre nombre de pseudogènes
et nombre de gènes
2,6
3,2
- Pas de corrélation stricte
0,1
entre nombre de pseudogènes
et complexité des espèces

Journal of Genetics and Genomics 40 (2013) 171e177