UE SE1001

UNITE et DIVERSITE du VIVANT

III.2 Le génome des cellules du
monde microbien
III.2 Les génomes des cellules du monde microbien

A. Définitions
B. Génomique
i. De plus en plus de données
ii. Taille et structure des génomes
iii. Nombre et densité des gènes
iv. Diversité intra-espèce
C. Le génome procaryote
i. Organisation
ii. Plasmides
iii. Réplication
D. Le génome eucaryote
E. Evolution des génomes
i. Plasticité des génomes
ii. Mécanismes de transfert latéral de matériel génétique chez les procaryotes
iii. Origine des organites
 Définitions
• Génome: ensemble du matériel génétique (ADN) d'un individu
(sauf génome ARN chez certains virus).

= toutes les séquences codantes (transcrites en ARN

messagers, et traduites en protéines) et non-codantes (non
transcrites, ou transcrites en ARN, mais non traduites).

• Chromosome: ADN + protéines (visible au microscope)

– dans cellules eucaryotes : chromosomes dans le noyau

(bâtonnet ou écheveau, selon qu'ils sont condensés ou
non).

– dans cellules procaryotes : chromosome unique (en

général) dans une région appelée nucléoïde (non séparé du
cytoplasme).
1. GENOMIQUE
Génomes procaryotes

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/
Au 9 août 2012:
13 280 génomes de procaryotes complètement séquencés
257 Archaea
13 023 Bacteria
Génomes eucaryotes

8 août 2012:
2 052 projets de séquençage de génomes eucaryotes
dont 163 complets
 Taille des génomes
Unités de taille de l’ADN:
paires de base (pb) et ses
multiples: kpb, Mpb Escherichia coli
4700 kpb (ou 4,7 Mpb)
Haemophilus
influenzae
1800 kpb (ou 1,8 Mpb)

Mycoplasma genitalium
600 kpb

Saccharomyces cerevisiae (levure): 13 Mpb

Drosophila melanogaster: 118 Mpb
Homo sapiens (homme): 3 400 Mpb
 Taille des génomes par grands domaines du vivant

Wikipedia
Dogme central de la biologie moléculaire
Structure des gènes procaryotes
Structure des gènes eucaryotes

UE SE1001 - III.2
Taille des génomes et nombre de gènes:
chez les procaryotes
Nombre total de gènes dans le génome
Chez les eucaryotes une grande partie du
génome est non-codant

PLoS ONE 2009;4(9): e6978.

2. STRUCTURE GENOMES
PROCARYOTES
génome procaryote (cytoplasmique) =
• 1 élément obligatoire : 1 seul chromosome circulaire
=> organisme haploïde (n)

• 1 ou plusieurs éléments facultatifs (non obligatoires) :

plasmide(s)

=> - chromosome  gènes essentiels (rRNA ou gènes

de ménage – housekeeping genes)
- plasmide(s)  gènes non essentiels à la survie de
la bactérie

exceptions:
- Burkholderia cenocepacia , 3 chromosomes (8 Mb)
- Borrelia burgdorferi, 1 chromosome linéaire (0,9 Mb)
- Planctomycetales, chromosome nucléaire
Nucléoïde = zone particulière du cytoplasme procaryote contenant le (ou les)
chromosome
=> zone + riche en acides nucléiques / - riche en protéines

Nucléoïde : 60% ADN 30 %ARN

10% protéines

0,5 µm
 Sur-enroulement de l’ADN procaryote

• L’ADN d’une bactérie a une

longueur qui est d’environ 1 mm,
soit 1 000 fois plus grand que la
taille de la bactérie.

Histones-
like
Niveau de condensation = fonction de l’état ACTIF (exprimé) ou INACTIF
(silencieux) des gènes
 Plasmides
 ADN bicaténaire extrachromosomique
104 – 105 pb

 molécule presque toujours circulaire

 réplication autonome

 transmission verticale stable à la descendance

 transmission horizontale (conjugaison)

 mini-chromosome facultatif, non essentiel,

avantage sélectif (adaptation environnement)
 les plasmides (facteurs) de résistance (R) :

conjugatifs, multi-résistance : antibiotiques

et/ou métaux lourds,
parfois production de bactériocines
(compétition bactérienne)
 les plasmides de virulence (pouvoir
pathogène)

 les plasmides métaboliques

(biodégradation)
 Réplication de l’ADN chromosomique

• Questions:

– Cette réplication est-elle conservative, semi-

conservative, ou dispersive ?

– La réplication progresse-t-elle dans un sens

(unidirectionnelle) ou dans les deux sens
(bidirectionnelle) ?

– La réplication est-elle continue, semi-

discontinue ou discontinue ?
1. Conservative, semi-conservative, ou dispersive ?

• Meselson et Stahl (1958) :

Expérience de marquage de l’ADN au N15
démontre que la réplication est semi-conservative
 Expérience de Meselson-Stahl

Génération 1 Centrifugation dans

des tubes
(15N) comportant un
gradient de chlorure
de Césium

Génération 2 Centrifugation dans

des tubes
(14N) comportant un
gradient de chlorure
de Césium

Génération 3 ((14N)
Centrifugation dans
des tubes
comportant un
gradient de chlorure
de Césium

En savoir plus: http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/m&s/m&s.html

2. Sens de progression : uni- ou bidirectionnelle ?

• Cairns (1963) :

marquage du chromosome d’E. coli à la

H3-thymidine (+ autoradiographie)

=> montre que la réplication démarre à un

point précis et progresse dans deux
directions opposées
= réplication bidirectionnelle
Cairns (1963)
 3. Continue, semi-discontinue ou discontinue ?
• activité ADN
polymérase
dans le sens
5’ 3’
uniquement

• fragments
d’Okasaki
(500 à 2000
NT) sur le
brin à
synthèse
discontinue
La réplication est semi-discontinue
 La synthèse du brin avancé ou précoce est
continue dans le sens 5’ 3’.

Avance de la fourche

Aucune ADN polymérase ne

fonctionne dans le sens 3’ 5’

La synthèse du brin retardée ou tardif est

discontinue dans le sens 5’ 3’.
3. STRUCTURE GENOMES
EUCARYOTES
 Génome eucaryote

• Une grande partie du génome eucaryote est dans le

noyau

• La cellule eucaryote possède en plus :

– génome mitochondrial

– génome chloroplastique (facultatif)

– plasmides (chez certains eucaryotes unicellulaires)

• Ploïdie chez les eucaryotes

– haploïdes : 1 exemplaire du génome par cellule. Courant chez les

unicellulaires.

– diploïdes : 2 exemplaires du génome par cellule, un hérité du père,

un hérité de la mère. Les 2 exemplaires sont très similaires, mais
pas strictement identiques.

– tétraploïdes: 4 exemplaires du génome. Rare chez les animaux,

plus fréquent chez les plantes

– Certains organismes (ex: les levures) peuvent exister

alternativement sous forme haploïde ou diploïde en fonction du
moment de leur vie (avant ou après division).
Chromosomes eucaryotes

• Le génome est réparti sur plusieurs molécules d’ADN linéaire.

Chaque molécule s’appelle un chromosome. Les chromosomes
similaires issus du père et de la mère s’appellent des
chromosomes homologues

• Les chromosomes
peuvent être déployés
dans la cellule et donc
emmêlés. On parle alors
de chromatine.
• Lors de la division, les chromosomes se condensent en petites
structures en bâtonnet.

UE SE1001 - III.2
• L’ADN n’est pas
nu dans le noyau
mais associé à
des protéines
(dont les
histones), que
ce soit pour
former la
chromatine ou les
chromosomes
Réplication de l’ADN chromosomique eucaryote
• Questions / Réponses :

1. Cette réplication est-elle conservative, semi-

conservative, ou dispersive ?

2. La réplication est-elle unidirectionnelle ou

bidirectionnelle ?

3. La réplication est-elle continue, semi-discontinue ou

discontinue ?
4. EVOLUTION DES GENOMES
1) Plasticité des génomes

A chaque génération, de nouveaux variants génétiques apparaissent

qui peuvent eux-mêmes transmettre leur patrimoine génétique au
moment de la reproduction (multiplication).

Les sources de diversité génétique sont:

1. les mutations ponctuelles dans la séquence d'ADN des gènes

2. les réarrangements chromosomiques

3. les recombinaisons ou brassages génétiques qui se produisent

lors de la reproduction sexuée (EUCARYOTES uniquement)

4. chez les bactéries, lors de transferts horizontaux d'ADN entre

cellules.
 1. Conséquences d’une mutation ponctuelle

Brock: Biologie des micro-organismes,

11ème éd.
Michael Madigan, John Martinko
2. Réarrangements intra- ou interchromosomiques
3. Brassages génétiques : recombinaisons inter-
chromosomiques lors de la méiose

individus
haploïdes

individu diploïde =
zygote

méïose

individus
haploïdes
4. Transferts horizontaux de gènes chez les procaryotes

• chez les procaryotes, il existe trois grands mécanismes

qui permettent l’échange de matériel génétique
– Transformation
– Conjugaison
– Transduction

=> évolution des génomes procaryotes (car absence de

reproduction sexuée)
 Transferts horizontaux chez les bactéries
3 mécanismes permettent aux bactéries d’acquérir de l’ADN « étranger »

-Transformation:

la bactérie acquiert de l’ADN libre dans l’environnement

(fragment d’ADN nu et libre dans le milieu extérieur)

-Conjugaison:

 transfert d’ADN d’une cellule à une autre, requiert des

fonctions de transfert portées à l’origine par un plasmide
(contact physique temporaire)
-Transduction :

 par l’intermédiaire d’un virus (β-phage ou phage) = vecteur

 Schéma général
comparatif des
3 mécanismes

a c

Brock: Biologie des micro-organismes,

11ème éd.
Michael Madigan, John Martinko
b
 Conjugaison

Petits pilis ou fimbriae

Sex pilus

F+
Pilus sexuel
F-
 Transferts horizontaux chez les procaryotes

donneur receveur

fragment transféré
recombinant
 Diversité génétique intra-espèce
ex: Escherichia coli
A B

PLoS Genet 2009; 5(1): e1000344.