6/12/2019

L’expérience de Miller: Origine abiotique de la vie

Procaryotes vs. Eucaryotes

Liaison Phosphodiester et Liaison N-glycosidique

Le monde biologique et l’échelle de ses dimensions

Liaison-b
N-glycosidique

Resolution
100,000 nm=100 mm
200 nm
Liaison
Phosphodiester

0.1 nm
Denniston,
General, Organic &
Lodish, 2007
Bochemistry, 2003

1
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ADN est une double chaîne des nucleotides Ponts Hydrogènes

3’ 5’ Les ponts hydrogènes sont des liaisons qui unissent un atome
H
électronégatif (= atome accepteur d‘hydrogène et qui est
généralement l‘oxygène ou azote) et un atome d'hydrogène lié
3.4Å de manière covalente à un autre atome électronégatif (=
atome donneur d'hydrogène et qui est de l'oxygène ou azote).

Accepteur d’hydrogène

H
3’ Donneur d’hydrogène
5’
Lehninger, 2005

Masse Moléculaire des acides nucléiques Mais comment un ADN aussi long peut tenir
dans l’espace microscopique d’un noyau?

Types d'acides nucléiques Calcul de la Masse Moléculaire L’ADN est surenroulé et compact autour des complexes
1 pb d'ADN 1 pb x 665 daltons
d’histones pour former les nucléosomes. Les histones sont
ADN double-brin (nombre de pb) x (665 daltons/pb)
des protéines positivement chargées, et par conséquent ont
ADN simple-brin (nombre de base) x (325 daltons/base)
ARN simple-brin (nombre de base) x (340 daltons/base) de l’affinité (liaisons covalentes) pour l’ADN chargé
négativement.
(Taux de Compaction = 1/10000)

(Adapté de Ausubel et al., 1988)

2
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Organisation Cycle
compacte de
Cellulaire
l’ADN dans les
chromosomes

CHROMATINE

CHROMATIDE

Gène de Procaryotes Gène d’Eucaryotes

Extrémité 5’ Région transcrite Extrémité 5’ Région transcrite Extrémité 3’

Extrémité 3’
Séquences en
Séquences en amont Séquences codantes aval non-
Séq. en non-codantes (5’) (EXONS SEULEMENT!!!) codantes (3’)
aval non-
Séquences en amont Séquences Séquences Séquences codantes
non-codantes (5’) codantes codantes codantes (3’)
Séquences Séquences
régulatrices régulatrices
distales proximales
intron intron intron
Promoteur / Opérateur Promoteur
exon exon exon exon

-35 TATA AUG AUG AUG AUG AAUAAA

Boite Site initiateur Codon stop de Site d’initiation de Codon initiateur Codon stop de la
la traduction Site de liaison traduction (UGA, Site de terminaison
TATA de la Site de terminaison la transcription de la traduction
(UGA, UAA ou au ribosome UAA ou UAG) de la transcription
transcription de la transcription
UAG)
Codon initiateur Signal de
de la traduction polyadénylation

3
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Mécanisme semi-conservatif de la réplication Synthèse Asymétrique de l’ADN à la

Extraction & centrifugation de l'ADN jusqu’à l‘
équilibre dans un gradient de densité au CsCl fourche de Réplication
A)
Expérience de
Meselson-Stahl Brin précoce
ADN lourd (15N)
Molécule parentale d'origine

B)
Direction du mouvement
ADN hybride de la fourche de réplication
(15N - 14N)
1re génération des molécules-filles Fragments
d’Okazaki
C)
ADN léger (14N) Brin retardé
ADN hybride
(15N - 14N)
2eme génération des molécules-filles Lehninger Lehninger

Polymérisation de l’ARN ou de l’ADN par les Polymérases Synthèse de l’ADN à la

fourche de Réplication

Point de jonction
Brin retardé

ADN en croissance Fragment

d’OKAZAKI
Duplex de l’ADN parental Amorce
d’ARN courte

attaque nucléophile de OH sur a-phosphate

du rNTP  polymérisation
Direction du
mouvement Brin précoce
de la fourche

rNTP arrivant au site de polymérisation

Lodish, 2007 Lodish, 2007

4
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Les composés principaux de la Les composés principaux de la

Replication de l’ADN Replication de l’ADN
ADN primase
Amorce ARN
ADN ligase
ADN Polymérase (Pol a)

Brin
retardé

Fragment d’OKAZAKI
Brin
précoce
Topoisomérase
ADN Polymérase (Pol d)
Hélicase
Nucléase Protéines se liant
(excision du bout au brin simple
d’amorce d’ARN

http://dna.microbiologyguide.com

Polymérisation de Relation chromosome, ADN et gène

l’ARN ou l’ADN par
les Polymerases

La Réplication est polarisée

 direction 5’ à 3’

Lodish, 2007

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Taille de l'ADN Chromosome 1:

Chromosome 2:
2000 gènes (279Mb)
1300-1400 gènes (243Mb)
Caryotype humain avec 23 paires des
et Nombre des Chromosome 3:
Chromosome 4:
1000-1,100 gènes (198Mb)
1000-1100 gènes (191Mb)
chromosomes
Gènes dans les Chromosome 5: 900 gènes (181Mb)
Chromosomes Chromosome 6: 1000-1100 gènes (171Mb)
Chromosome 7: 900-1000 gènes (159Mb)
Humains Chromosome 8: 700 gènes (146Mb)
Chromosome 9: 800-900 gènes (141Mb)
Chromosome 10: 700-800 gènes (135Mb)
Chromosome 11: 1300-1400 gènes (135Mb)
Chromosome 12: 1100-1200 gènes (134Mb)
Chromosome 13: 300-400 gènes (115Mb)
Chromosome 14: 800-900 gènes (107Mb)
Chromosome 15: 600-700 gènes (102Mb)
Chromosome 16: 800-900 gènes (90Mb)
Chromosome 17: 1200-1300 gènes (81Mb)
Chromosome 18: 200-300 gènes (78Mb)
Chromosome 19: 1500 gènes (59Mb)
Chromosome 20: 500-600 gènes (63Mb)
Chromosome 21: 200-300 gènes (45Mb)
Chromosome 22: 500-600 gènes (51Mb)
Chromosome X: 800-900 gènes (155Mb)
Chromosome Y: 50-60 gènes (59Mb)

Elongation de la Transcription Elongation de la Transcription

Raisonnier A, 2003

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Addition de la coiffe m7Gppp à l‘extrémité 5' de l'ARNm Polyadénylation de l’extrémité 3’ de l’ARNm

1. Hydrolyse du phosphate g du nucléotide 5’ terminal de l'ARNm catalysée par l'ARN
5’AAUAAA3’
triphosphatase
Signal
2. Transfert d’un guanylate de GTP catalysé par Guanylyltransférase sur le phosphate β 7mGppp 100-1000 nt
restant en 5’ terminal de l'ARNm avec formation d'une liaison 5’-5’ phosphodiester 5’ 3’
3. Méthylation du guanylate sur l’azote n°7 par la méthyltransférase Pré-ARNm ou
20 nt Transcrit primaire
3
Méthyl 7
2 transférase Endonucléase
7mGppp Site de
5’ Polyadénylation
5’ 3’

5’ +nATP
Poly A polymerase
(up to 200 As)
1 7mGppp nP-P

5’ AAAAAAAA ARNm mature

La liaison des poly A-binding proteins (PABP) entraîne la dissociation des

ARNm enzymes de polyadénylation et l'arrêt de l'activité ARN polymérase
ARNm ARNm ARNm
Raisonnier A, 2003 (NE PAS CONFONDRE SITE ET SIGNAL DE POLYADENYLATION!!)

Exon 1 Intron Exon 2

20-50 nt Epissage alternatif ou la fin du dogme
OH2’
5’ AAGU C U (R) A (Y) CAGG 3’
« un gène = une protéine »
Site d’épissage 5’ Site de Site d’épissage 3’
(site donneur) branchement (site accepteur )
Possibilité 1 de l’Epissage Possibilité 2 de l’Epissage
1ere Transestérification
(liaison 2’-5’ PDE)

Lasso A B
U Exons Exons
2’5’P G Pré-ARNm Pré-ARNm
5’ A A OH3’ C U (R) A (Y) CAGG 3’ Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 1 Exon 2 Exon 3
Epissage 1 Epissage 2
2eme Transestérification ARNm ARNm
(liaison 3’-5’ PDE) mature 1 mature 2
Traduction 1 Traduction 2
Protéine 1 Protéine 1
Exons après épissage U Intron excisé en
G forme de lasso
5’ AA G 3’ C U (R) A (Y) CAG

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Phénomène de flottement ou WOBBLE Phénomène

de flottement Si ces bases sont en 1ere position ou
position wobble de l’anticodon,
Phénomène décrit par CRICK selon lequel ou WOBBLE
Alors l’ARNt peut
l'appariement entre le 3eme nucléotide du reconnaître dans
l’ARNm des codons
ayant ces bases en
codon et le 1er nucléotide de l'anticodon n'est 3eme position

pas de type WATSON-CRICK, mais plutôt une Si ces bases sont en 3eme position ou
position wobble du codon d’un ARNm

liaison très faible, de type non-conventionnel

Alors le codon peut être
reconnu par un ARNt
notamment entre G et U ayant ces bases en 1ere
position de l’anticodon

(permet d’expliquer la propriété de Dégénérescence du Code

Génétique)
* Base I = Inosine

ARN de transfert
Séquence de Shine-Dalgarno (SD)
ou Ribosome-Binding Site (RBS)

Séquence d’attachement des ribosomes (petite sous-unité)

sur l’ARNm des procaryotes généralement située environ 8
bases en amont du codon start AUG.
Rôle: recrutement du ribosome par l’ARNm en vue d’initier
la synthèse des protéines par l’alignement du ribosome sur
le codon start
Lodish, 2003

8

3. Terminaison
Contrôle Négatif
Le gène régulateur code une protéine REPRESSEUSE pour les opérons
inductibles et répressibles
Opérons inductibles (Régulation génétique négativement inductible):
-Le répresseur est déjà actif et agit pour bloquer la transcription
-En présence de l’inducteur, celui-ci se lie et altère la conformation du
répresseur qui ne peut plus se lier à l’operateur  la transcription peut
se dérouler.
Opérons répressibles (Régulation génétique négativement répressible):
-Le répresseur synthétisé est inactif
-En présence du corépresseur  changement de la conformation du
répresseur  celui-ci peut s’attacher sur l’operateur  répression de
l’opéron  inhibition de la transcription.
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Les 4 Modes de Régulation génétique chez
les Procaryotes
1) Régulation génétique négativement inductible
2) Régulation génétique négativement répressible
3) Régulation génétique positivement inductible
4) Régulation génétique positivement répressible
Contrôle Positif
Le gène régulateur code une protéine INDUCTRICE pour les opérons
inductibles et répressibles
Opérons inductibles (Régulation génétique positivement inductible):
-L’inducteur synthétisé est inactif
-En présence du co-inducteur  changement de la conformation de
l’inducteur  attachement de l’inducteur sur l’opérateur  induction
de l’opéron  activation de la transcription.
Opérons répressibles (Régulation génétique positivement répressible):
-L’inducteur synthétisé est actif  attachement sur l’opéron 
induction de la transcription.
-En présence du corépresseur  changement de la conformation de
l’inducteur  inactivation de l’inducteur qui ne peut plus s’attacher sur
l’opéron  inhibition de la transcription.
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Les 4 Types de Régulation génétique

Métabolisme
du Lactose

ß-galactoside permease –
assure le transport du lactose
dans la cellule procaryote
ß-galactosidase (=lactase) –
convertit le lactose en glucose
et galactose
ß-galactoside transacetylase
– rôle non encore élucidé

Eléments de Eléments de
l’Opéron l’Opéron
Lactose Lactose

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Drépanocytose ou Anémie falciforme (Sickle cell anemia) Molécule d’Hémoglobine normale

Drépanocytose (du grec drepanos, « faucille ») L’hémoglobine comprend 4 chaînes des protéines: 2 chaînes a et 2 chaînes b
arrangées comme un hétérotetramère
1 mutation unique sur la H-A: GTG CAC CTG ACT CCT GAG GAG
Chaque chaîne a contient 141 acides aminés et chaque chaîne b contient 146
chaîne-b de l'Hb: acides aminés

substitution de A par T 
H-S: GTG CAC CTG ACT CCT GTG GAG
substitution de Acide
Glutamique par Valine 
Chaque chaîne est
formation d'une protéine
fortement associée à
mutante = HbS  propriété une molécule d’hème
modifiée d'attachement de
l'O2  HbS est hautement
insoluble  tendance à la
précipitation + cristallisation

Désamination des Bases Azotées

Conversion du groupe amino
d’une cytosine ou d’une
adénine en groupe cétone 
Résultats:
•Conversion de la cytosine
en uracile
•Conversion de l’adénine
en hypoxanthine

Lehninger

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Dépurination de l’ADN Formation des dimères de pyrimidine après exposition

à la lumière UV
Perte d’une base azotée
purique dans une double Thymines
adjacentes
hélice par rupture de la Residue de
Guanosine
liaison N-b-glycosidique  (dans l’ADN)
Formation d’un site Lumière UV Lumière UV

apurinique sur un brin de

l’ADN
(A la réplication, l’ADN
polymérase peut alors
Guanine
introduire n’importe quel
site apurinique
nucléotide sur ce site!)
Dimère Cyclobutane thymine 6,4-Photoproduit Lehninger

Mécanisme d’action de la T4 ADN ligase Mismatch Repair (MMR) )-Réparation des défauts d’appariement
Méthylation en N6 de l’adénine dans la
séquence 5’GATC du brin intact de l’ADN
dans les environs du défaut d’appariement

Reconnaissance du défaut d’appariement par

MutS et de la séquence de méthylation par
MutH. Formation du complexe MutS-MutL-
MutH. Clivage de l’ADN non-méthylé par MutH

Excision et dégradation du brin non-méthylé

par l’ Exonucléase I

Synthèse d’ADN manquant par la DNA

Polymérase III , suivie de la fermeture des
brèches par la DNA Ligase
Molecular Biology - V. Malathi, 2012 Stryer

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Réparation de l’ADN par la fonction “proofreading”

(vérification = correcteur d’épreuve) de l’ADN Polymerase 1. DNA Polymérase a la forme d'une main semi-ouverte
2. Elongation du brin naissant a lieu dans le "site des doigts"
Correction par la DNA Polymerase du défaut d’appariement
introduit par la réplication ou des erreurs de transcription (Pol = activité polymérase) en utilisant le brin parental
comme matrice
Doigts Pouce Doigts Pouce
3. Incorporation d'une base incorrecte dans le site des
Brin de
l’ADN doigts  séparation du segment récemment synthétisé
naissant Paume
Paume
de l’ADN + Transfert du bout 3' de ce segment vers le site
de l‘ activité 3‘-5' Exonucléase ("base de la main")
Brin de 4. Excision et dégradation de la base incorrecte
l’ADN
matrice 5. Retour de l‘extrémité 3' du brin naissant vers le site d‘
élongation (site des doigts) pour poursuivre la
polymérisation
Lodish, 2007

Biologie du Cancer Thérapie Génique

•Rayonnements Procédé thérapeutique
•Cancérigènes (aflatoxine, tar,…)
•Facteurs génétiques
- consistant à l'introduction
ADN
Tumor Suppressor via un virus ou un autre
+ genes (p16, p53)
Mutations vecteur, d'un gène corrigé
Réparation des mutations
Oncogènes ne sont pas
formés pas de tumeur dans les cellules souches
Proto- oncogènes Oncogènes de l‘hôte malade afin
Contrôle Perte de
normal Contrôle - Stimulation du système
immunitaire pour éliminer d'obtenir des descendants
les cellules cancéreuses
Division Division mitotiques portant le gène
cellulaire cellulaire
normale anarchique
(les protéines
codées par les
corrigé et par conséquent
oncogènes ne
contrôlent plus la
division
cellulaire)
fonctionnant normalement.
= CANCER

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