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Sciences de la Vie et de la Terre

Seconde

TP : Modélisation moléculaire – Molécule d’ADN

Objectifs:
1. conceptuel: comprendre la structure 3D de l’ADN.
2. opérationnels:
- Manipuler des modèles moléculaires en 3D avec l’ordinateur pour comprendre la structure 3D
de l’ADN en utilisant un logiciel de modélisation moléculaire : RASMOL.

Lancer le logiciel RASMOL, version 2.7 et maximiser la fenêtre.

1 - quelle est la structure de l’ADN ?

OBJECTIF : Mener une étude structurale de l’ADN : allure globale, nombre de chaînes et de
nucléotides, organisation spatiale, types de liaisons impliquées dans le maintien de la conformation
spatiale.

Actions Réponses
File
> Open
Choisir le dossier <adn-arn>
Sélectionner la molécule adn.pdb
Display
> Ball & Stick
Colours
> Chain
File
> Information
Noter les données relatives à la molécule
affichée :

- nombre de chaînes : 2

- nombre de groupes : 24

- nombre d’atomes : 486

- nombre de liaisons : 544


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Actions Réponses
Display
> Ribbons
Cliquer sur l’écran et faire pivoter la molécule à l’aide de la souris.

Colours
> Group
Cliquer sur l’écran et faire pivoter la molécule à l’aide de la souris.

Activer la fenêtre RasMol Command Line


Écrire hbonds et valider

Faites pivoter la molécule d’ADN sur l’écran


à l’aide de la souris et noter le nombre de
liaisons hydrogène :

Non, car dans le 1 on a compter toutes les


Ce nombre correspond-t-il au nombre de liaisons (liaisons hydrogenes et covalentes). Or
liaisons que vous aviez noté précédemment (à ici, nous avons compter uniquement les
la page 1) ? Expliquer. liaisons hydrogene.

Display
> Sticks
Colours
> Shapley
Noter les couleurs complémentaires dans cette
modélisation :

1. vert et bleu

2. rouge et orange

Dénombrer les nucléotides sur chacune des Oui,il y a 12 nucleotides dans chaque chaine.
chaînes affichées. Sont-ils égaux ?

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Options
> Labels
Déchiffrer chacune des annotations suivantes
et celles qui leur sont complémentaires :
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1.A10A = nucleotide a adenine. C’est le


10eme nucleotide de la premiere chaine.
Son complement est T15B.

2. A22B = nucleotide a adenine. C’est le


22eme nucleotide de la 2eme chaine. Son
complement est T3A.

3. C11A = nucleotide a cytosine. C’est le


11eme nucleotide de la 1ere chaine. Son
complement est G14B.

4. G24B = nucleotide a guanine. C’est le


24eme nucleotide de la deuxieme chaine.
Son complement est C1A.

5. G12A = nucleotide a guanine. C’est le


12eme nucleotide de la premiere chaine.
Son complement est C13B.

Questions Réponses
1. Allure globale, Deux chaines en double helice.

2. Nombre de chaînes, 2

3. Nombre de nucléotides, 24

4. Présence de liaisons particulières Liaisons hydrogenes faibles et liaisons covalentes


fortes.
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Questions Réponses
5. Autre, à préciser Loi de complementarite : Un nucleotide a guanine ne
peut se lier qu’a un nucleotide a cytosine (il existe
entre eux 3 liaisons hydrogenes). Un nucleotide a
tymine ne peut se lier qu’a un nucleotide a adenine (il
existe entre eux 2 liaisons hydrogenes).

2 –Schéma simplifié de la molécule d’ADN

Fournir un schéma simplifié de la molécule d’ADN à l’état déroulé. Annoter chaque nucléotide
en utilisant la même nomenclature que celle du logiciel. Monter les liaisons H entre chaque paire
de nucléotides. Respecter le nombre exact de liaisons H entre les bases complémentaires.