UE1 : Biochimie

Chapitre 1

Introduction la biochimie :
les molcules du vivant
Professeur Bertrand TOUSSAINT
Anne universitaire 2010/2011
Universit Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits rservs.

Plan du chapitre
Bio chimie : Dfinitions et gnralits sur le vivant
Leau solvant de la vie
Structure et proprits de leau : la liaison hydrogne
Proprits de solvatation
Importance des liaisons faible nergie

Les 4 atomes du vivant, H,C,N et O

Le carbone

Lapparition du phnomne vie

Thorie dOparine et Haldane
Exprience de Miller
Sophistication des molcules du vivant

Dfinition(s) de la vie
Un tat organique caractris par la capacit de
reproduction, de mtabolisme et de raction aux
stimulus

reproduction
Mtabolisme
raction aux stimulus

Objectif : dure dexistence

prservation de linformation gntique

Unicit biochimique de la vie

-Cellule
-60 90% deau : protons, lectrons, oxygne, solvant des
biomolcules
-Macromolcules : Protines, lipides, polysaccharide
-Mtabolites : petites molcules issues du mtabolisme
-Ractions lentes catalyses par des enzymes
-ADN : acide dsoxyribonuclique

La vie, phnomne mystrieux

Pasteur fin XIXme : premire dmonstration rfutant
lhypothse en cours de la gnration spontane : la vie
napparat pas de linerte.

Exprience de Pasteur

la gnration spontane est une chimre : toute forme de vie ne

d une vie prexistante
Comment la vie est -elle apparue de l inerte ??

Origines de la vie

Formation des ocans

Premires cellules fossiles

-3.45 Ga : premires cellules ayant laiss des vestiges fossiles

Microspheroides ressemblant des microorganismes actuels, qui

semblent partager avec les cellules actuelles les caractristiques
fondamentales communes du vivant :

il est limit par une membrane ;

il change avec l'extrieur de la matire et de l'nergie et
possde un mtabolisme ;
il possde un systme de reproduction.

Plan du chapitre
Bio chimie : Dfinitions et gnralits sur le vivant
Leau solvant de la vie
Structure et proprits de leau : la liaison hydrogne
Proprits de solvatation
Importance des liaisons faible nergie

Les 4 atomes du vivant, H,C,N et O

Le carbone

Lapparition du phnomne vie

Thorie dOparine et Haldane
Exprience de Miller
Sophistication des molcules du vivant

L eau solvant de la vie

Tout ce qui est vivant exige de leau ; tous les organismes

sont des systmes chimiques en phase aqueuse

La molcule deau

La molcule possde une structure drive du ttradre due la

prsence de deux paires lectroniques non-liantes (en bleu)

la molcule deau est polarise

L'eau est un diple lectrique permettant la formation de
liaison hydrogne.

Application :

micro-ondes
destruction des mtastases hpatiques de cancer colique
par radio-frquence.

Liaison hydrogne

De nature lectrostatique, elle s'tablit entre un atome d'hydrogne

porteur d'une charge partielle + et l'atome d'oxygne d'une
molcule d'eau voisine.
Energie de cette liaison :20 kJmol-1, trs infrieure l'nergie d'une
liaison de covalence (100 400).

Interprtation moderne de la structure de

leau

La dure moyenne d une liaison H entre 2 molcules d eau est

de 9.5 ps (10-12s)
la fluidit de l eau

Proprits de leau

Les proprits de l eau :

liquide entre 0 et 100C
tat solide (glace) de densit plus faible ltat liquide
solvant polaire
grande inertie thermique
sont lies sa structure en rseau de liaisons hydrognes.

Eau et mthane
Eau et mthane

Cohsion et tension superficielle

Capillarit : la hauteur atteinte par le liquide est

inversement proportionnelle au rayon du tube

Eau liquide, eau solide

Eau solide : 4 liaisons hydrogne par molcule deau

Structures cristallines similaire un chafaudage
Mois compacte que leau liquide : densit plus faible : 0.916kg/l
La glace, qui flotte, forme une couche isolante de protection la surface
de l'tang, rduisant ainsi l'arrive du courant chaud vers l air froid.

Proprits de solvatation de leau

Nature extrmement polaire de l eau : excellent solvant pour
1) des substances ionisables (sels, NaCl)
2) des substances non ionisables polaires (oses, alcools,
amines, carbonyles..)
1) : Interactions lectrostatiques
2) : Interactions par liaison H
et Intractions diple/diple

L eau ne peut pas dissoudre les

composs non polaires non chargs
3) : Interactions hydrophobes

Composs hydrophiles

Composs hydrophobes

Les protines solubles, esclaves de leau

Les mouvements des protines solubles seraient dicts par
leau

Pour en savoir plus

Wood, K., et coll. (2008). Coincidence of dynamical transitions in a soluble protein and its hydration water: direct
measurements by neutron scattering and MD simulations. J. Am. Chem. Soc.

Composs hydrophobes et eau

Dfinition :
Les molcules dpourvues de groupes chargs ou d'atomes
capables de former des liaisons hydrogne sont dnommes
substances hydrophobes.

Composs amphiphiles
(amphi : les deux et philos amis)
possdent la fois des groupements polaires et des groupement non
polaires hydrophobes : les acides gras possdent donc des proprits de
solvatation ionique (par leur tte) et aussi dinteraction hydrophobe par leur
partie non polaire non ionique.

Palmitate de sodium

Phospholipides
Phosphatidylcholine, phosphoglyceride typique avec la choline li
au glycrol par un phosphate, ensemble qui augmente fortement la
polarit de la tte du lipide.

Formation des membranes

1: Dispersion des lipides dans leau :

chaque molcule de lipide oblige les
molcules deau sorganiser :
cration dordre

2: Association de molcules lipidiques : seules

les portions lipidiques au bord de lagrgat
imposent leau une organisation. Le nombre de
molcule deau ordonne diminue

3 : Micelles : tous les groupes

hydrophobes sont spars de leau, il ny a
pas de coque de molcules deau
hautement organises,

Formation des membranes

structures que lon peut obtenir en dispersant mcaniquement une
suspension de phospholipides en solution aqueuse.

IMPORTANCE BIOLOGIQUE
DES LIAISONS DE FAIBLE ENERGIE

nergiquement faibles mais effet cumulalatif

souplesse et la dynamique conformationelle
capacit de reconnaissance entre les
macromolcules
Les liaisons faibles permettent de brefs contacts

Exemple 1
1 : l'appariement complmentaire des bases d'un brin d'ADN celles de l'autre brin
dpend de liaisons hydrogne lectives

Exemple 2
2. La fixation d une protine une autre protine

Exemple 3
3 : le repliement des protines

l'effet hydrophobe et la formation de

liaisons H contrlent le repliement des
protines

Rle du solvant : pour qu il y ait

formation de liaison H intrachaine il
faut qu il y ait perte des liaisons avec
le solvant.

Exemple 4
4. Interaction antigne/anticorps

Reprsentation en boules compactes du Fab d'une IgG1 complex avec l'pitope de

neutralisation (synthtique) de la gp120 du VIH

Plan du chapitre
Bio chimie : Dfinitions et gnralits sur le vivant
Leau solvant de la vie
Structure et proprits de leau : la liaison hydrogne
Proprits de solvatation
Importance des liaisons faible nergie

Les 4 atomes du vivant, H,C,N et O

Le carbone

Lapparition du phnomne vie

Thorie dOparine et Haldane
Exprience de Miller
Sophistication des molcules du vivant

C, H, N, O : 96,6 %

Les atomes du vivant

Caractristiques de H, C, N et O

H a besoin d'1 lectron pour complter sa couche 1s

O a besoin de 2 lectrons pour complter sa couche 2p
N a besoin de 3 lectrons pour complter sa couche 2p
C a besoin de 4 lectrons pour complter sa couche 2p.

Le carbone
Double liaison -C=C- , -C=O, -C=NH

La souplesse structurale lie au carbone

palmitate

olate

Chiralit

Isomre L

Isomre D

Carbone rduit/oxyd

CH4, degr doxydation -IV

CO2, degr doxydation +IV

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Bio chimie : Dfinitions et gnralits sur le vivant
Leau solvant de la vie
Structure et proprits de leau : la liaison hydrogne
Proprits de solvatation
Importance des liaisons faible nergie

Les 4 atomes du vivant, H,C,N et O

Le carbone

Lapparition du phnomne vie

Thorie dOparine et Haldane
Exprience de Miller
Sophistication des molcules du vivant

Thorie dOparine (1894-1980) et

Haldane (1892-1964)

raction chimique : les ractifs (des composs chimiques),

le racteur (par exemple, un ballon, une fiole ou un bcher)
une source d'nergie (par exemple, la chaleur).

Les ractifs initiaux

Leau
L'atmosphre primitive
L'atmosphre rgnant sur la terre peu aprs sa formation tait principalement compose de
gaz carbonique (CO2),
d'azote (N2),
d'hydrogne (H2), et aussi vraisemblablement de
mthane (CH4) et
d'ammoniaque (NH3).

Les formes d'nergies principales

l'lectricit
la chaleur
les rayonnements ultraviolets

Exprience de Stanley Miller

1. Rgulateur de tension
2. Manchon chauffant
3. Flasque de 500mL en bulition
4. Ocan primitif
5. Tube de prlvement
6. Colonne d'vaporation
7. Formation de nuages
8. Valve d'arrt
9. Flasque de 5L
10. Electrodes de Tungstne
11. Athmosphre primitive de mthane (CH4),
ammoniaque(NH3), hydrogne (H2), et vapeur
d'eau(H2O)
12. Eclair
13. Eau froide
14. Colonne de condensation
15. Eau chaude
16. Prcipitation
17. Trappe d'chantillonnage des acides amins,
bases d'ADN (purines, pyrimidines, sucre ribose,
etc.)
18. Alimentation primaire 110 volts
19. Alimentation secondaire 7500 volts 30
ampres
20. Transformateur

S Miller devant son exprience (1953)

Rsultats de lexprience de Miller

Acides amins produits lors de l'exprience de Miller
Acide amin

Concentration
(Micromoles/litre)

Alanine

790

Glycine

440

Acide aspartique

34

Valine

20

Leucine

11

Acide glutamique

D'autre acides amins n'appartenant pas aux protines actuelles ont t aussi forms
expriences plus labores ultrieures
des bases pyrimidiques, sucres, 18 des 20 acides amins rencontrs

Assemblage des briques du vivant

La soupe prbiotique

1m de matire organique
En 100 000 ans !

Origine des molcules informatives

l'information gntique est

ncessaire pour la biosynthse
des protines

Les protines sont indispensables

pour la rplication et l'expression de
l'information gntique

Hypothse de lARN
une vie utilisant les ARN la fois comme matriel gntique
et comme catalyseurs, a prcd l'apparition de cellules comportant de l'ADN
et de protines

Synthse dacide polyribonuclique en condition prbiotique.

ARN, information et catalyse

Acclration des ractions :

ARN catalyseur : 10 100
Enzymes : milliard de fois

Apparition des premires cellules

Lipides : partir CO et H2 sur catalyseur
minraux simples (Ni, Fe)
Coacervats : agrgats de lipides : prcurseur
des premires cellules

Phospholipides en solutions

Bicouche de phospholipides

Goutellette de phosholipides (coacervat)

obtenue aprs agitation

Complexification de la vie
L'volution chimique.
exprience de Spigelman, 1970 : Une molcule volue trs
rapidement vers une forme plus stable et plus fonctionnelle.
Passage un systme hrditaire bas sur l'ADN double brin
permettant:
Une plus grande stabilit des squences codantes,
augmentation du nombre de gnes possibles par organisme.
sparation claire (compartimentation) entre le processus de
rplication du matriel informatif et le processus de synthse des
protines.

Last Universal Common Ancestor

(LUCA)

Points cls

Dfinition de la vie au plan biologique

Leau solvant
Importances des liaisons faibles
Rle particulier du carbone
Apparition des premires molcules
Ncessit de catalyseur (le monde ARN)
Evolution molculaire

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