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Biochimie des animaux domestiques I

Synthèse

1.Introduction :

-Objet du cours : Expliquer les caractéristiques des êtres vivants, notamment le haut degré de complexité
chimique et d’organisation microscopique.

Haut degré de complexité chimique Polymérisation : les protéines sont des polymères d’acides aminés.
(Environ 30000 protéines sont utilisées dans un être vivant ce qui correspond à une infime partie des
possibilités totales qui correspondent à 20500 protéines).
Haut degré d’organisation Stries parallèles pour les muscles striés squelettique.

-Stéréoisomères : molécules ayant la même composition, les mêmes liaisons atomiques mais différents
arrangements moléculaires.

Stéréoisomère configurationnels : ne peuvent être intervertis que par rupture d’une liaison covalente.
Configuration donnée soit par une double liaison, soit par un carbone chiral.

11-cis-rétinal : Pas d’action biologique (inerte).

11-trans-rétinal : Permet de voir dans l’obscurité.

Stéréospécificité : Capacité à distinguer les stéréoisomères.

Il faut que la molécule possède une structure tridimensionnelle bien
particulière pour avoir une action biologique.
(La fonction spécifique d’une protéine dépend de sa structure
tridimensionnelle).

Stéréoisomères conformationnels : passage d’une forme à l’autre

sans rupture de liaison covalente.
L’énergie potentielle d’une seule et même molécule peut varier en
fonction de son niveau de rotation. Les formes en éclipse
possèdent une énergie potentielle supérieure à celles en étoile.

La plupart du temps, les stéréoisomères possèdent une configuration active, c’est-à-dire qu’ils ont une action
biologique, et une configuration inactive dite inerte. ATTENTION : ce n’est pas toujours le cas.

Par exemple : L’aspartame.

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2.L’eau :

-Les liaisons covalentes et ioniques :

Rappel :

Un dalton correspond à 1/12 de la masse d’un atome de carbone 12, ou la masse

d’un atome d’hydrogène.

Les éléments atomiques ne sont pas stables seul, donc ils vont chercher à partager
des électrons (création de liaisons chimiques) avec d’autres éléments chimiques afin
de ressembler aux gaz nobles qui sont inertes.

Une liaison entre deux atomes peut être ionique ou covalente, l’une ou l’autre sera favorisée en fonction de la
différence d’électronégativité entre les 2 éléments considérés.

Liaison ionique : NaCl ayant une différence d’électronégativité égale à 2.

Liaison covalente : CH4 ayant une différence d’électronégativité égale à 0,4.

-Les interactions faibles dans l’eau :

Les liaisons H :
L’eau à des hautes températures de fusion et d’ébullition, cela est dû à une forte cohésion entre les molécules
d’eau.
Vu la différence d’électronégativité qui existe entre les molécules d’oxygène et
d’hydrogène (1,4). L’atome d’oxygène, ayant une plus haute électronégativité, attire
plus les électrons donc il va y avoir l’apparition de charges partielles qui vont
apparaitre. Des liaisons H vont se faire entre les molécules d’eau (figure 3) et ainsi
créer une cohésion intermoléculaire forte. Les liaisons entre elles se font d’une
manière bien particulière, et ainsi donner un modèle bien particulier (figure 4). Une
molécule d’eau a la capacité de faire 4 liaisons hydrogènes au maximum.
Eau sous forme liquide : 3,4 liaisons hydrogène/molécule d’eau (moyenne).
Les liaisons H sont environ 20x moins forte que les liaisons covalentes.

Il n’y aura jamais de liaisons H entre les atomes d’hydrogène liés à un carbone et un autre élément car la
différence d’électronégativité est trop peu importante entre le carbone et l’hydrogène (0,4), donc il n’y a
pas une charge partielle suffisamment grande.

Cette caractéristique prouve que les lipides ne sont pas solubles dans l’eau, car les lipides
sont composés d’acides gras (chaines hydrocarbonées) et que l’eau ne peut dissoudre les
molécules non-polaires.

Le NaCl, quant à lui, est soluble dans l’eau car des liaisons H sont possibles.

Les gaz non-polaires sont faiblement solubles dans l’eau et donc dans le sang.
C’est pour cette raison qu’il y a présence d’hémoglobines et de myoglobines pour le
transport d’O2 dans l’ensemble de l’organisme.
C’est grâce à ces protéines que des organismes plus évolués on put apparaître.

Les interactions hydrophobes :

Les molécules amphipathiques possèdent une extrémité polaire et une autre non-polaire. Les
phosphoglycérolipides qui constituent les membranes cellulaires sont des amphipathiques. En présence
de substances hydrophobes, les molécules d’eau vont les entourer d’une manière bien particulière (cage
cristalline) afin que la surface hydrophobe soit le moins en contact avec les molécules d’eau. Création de
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micelles. Il n’y a pas réellement d’interaction entre les queux hydrophobes, mais c’est la relation entre les
molécules d’eau et les substances hydrophobes qui les disposent de cette manière.

Les interactions de Van Der Waals :

Attraction entre 2 dipôles électriques transitoires ou clignotants.

Cas n°1 : NON-POLAIRE

Cas n°2 : POLAIRE

Transitions rapides entre les 2 cas (clignotant)

ATTRACTION

Les interactions entre la protéine et sa cible (clé-serrure) se font

lorsque le nombre de liaisons faibles sont optimisées. Les liaisons
faibles cumulent leurs effets.

-Osmose :
Mouvement d’eau au travers d’une membrane semi-perméable dirigé par les différences de pression
osmotique (π).
π = icRT (équation de van’t Hoff)
avec : i = facteur de van’t Hoff
i x c = osmolarité (osm/L)
c = concentration molaire du soluté
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Les solutions iso-, hypo-, et hypertonique :

L’osmolarité des fluides corporels vaut 0,3 OSM/L.

Les globules rouges sont sensibles aux changements de l’osmolarité de leur environnement.

En milieu hypertonique, de l’eau va sortir abondamment de la cellule pour essayer

d’équilibrer les pressions osmotiques de part et d’autre de la cellule (lyse). Mort cellulaire
lente.
En milieu hypotonique, de l’eau va entrer abondamment dans la cellule, ce qui va
provoquer la turgescence. Mort cellulaire rapide. (Haute sensibilité à l’hypotonie).

Exercice :

Artériole Veinule

Capillaire

Eau, Solutés, Acide Eau, Urée, Lactate, CO2, …

aminé, Glucose, 02, …

…
Comment les échanges entre les cellules et les capillaires se déroulent ?

Premièrement, de l’eau va entrer dans les cellules dû à la pression hydrostatique émise par le cœur.
(37 mmHg au début et 17 mmHg à la fin).
Deuxièmement, les protéines présentent dans le sang ne peuvent passer au travers de la membrane cellulaire,
elles vont donc induire une pression oncotique. (25mmHg) La pression oncotique interstitielle des cellules est
de 1 mmHg. Dès lors, la pression oncotique totale est de 24mmHg.
Dans la partie médio-terminale du capillaire, le flux d’eau va changer et donc élimination des déchets
métaboliques.

Exemple : Œdème : Lors d’une carence en protéines, il y a moins de protéines dans le sang donc ça va induire
une diminution de la pression oncologique, et donc une accumulation d’eau dans le liquide interstitiel. Le
problème majeur est l’accumulation des déchets métaboliques dans les cellules.
Ascite : Œdème de la cavité abdominale.
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-Ionisation de l’eau, acides et bases faibles :

L’ionisation de l’eau est un phénomène très rare. En effet, lors de ce

phénomène, une liaison H va voler un atome d’hydrogène à une liaison
covalente alors qui la liaison H est 20x moins forte.
La constante d’équilibre vaut 1,8 .10-16 donc l’équilibre est fortement
déplacé vers la droite.

On remarque que lorsque la concentration en H+ augmente, la

concentration en OH- diminue et vice versa, car le produit ionique de
l’eau est une constante et vaut 1.10-14 .
L’échelle de PH va varier en fonction de ces concentrations.
!!!! Le PH physiologique à une valeur de 7 !!!!
Indicateur de PH : Acide ou base faible qui s’ionise en solution aqueuse.

Quelques valeurs de PH :

Urine des bovins : 7,4-8,4

Urine des carnivores : 6-7

Les acides et bases faibles : ionisation

incomplète.

Comment calculer la constante de dissociation ?

Lorsque la concentration en acide et celle de sa base conjugué sont équivalentes, le PH = pKa.

PH : Alcalins---------PH = 7----------Acides.
pKa : Acides faibles très faibles--------pKa = 7---------Acides faibles forts.

-Les tampons biologiques :

Système aqueux qui résiste aux changements de PH induit par l’ajout d’une base ou d’un acide.

Le mélange tampon phosphate est présent dans tout notre organisme sauf
dans notre estomac, en effet il s’agit d’un mélange tampon idéal car son pKa
est proche du PH des liquides physiologiques.
Le mélange tampon majeur dans le sang est le mélange tampon bicarbonate.

Une substance est considérée comme bon mélange tampon quand le PH du

liquide dans lequel il se trouve est (-1, pKa, +1).

L’ATP et l’histidine sont des mélanges tampons car ils possèdent tous les deux
des groupements ionisables.
Comment se créer le mélange tampon bicarbonate du sang ?
CO2(d) + H20 <-> H2CO3 <-> HCO3 + H
La transformation du CO2 en H2CO3 se fait à l’aide d’une enzyme nommée
l’anhydrase carbonique, ce processus se fait à une vitesse très importante (1 000 000/s). Il est très important
que ça se fasse rapidement car notre organisme produit énormément de CO2 à cause des réactions
métaboliques. Le pKa de H2CO3 est de 6,3. Il va s’hydrolysé dans l’eau et ainsi créer un mélange tampon. Il faut
savoir que notre organisme est gorgé de CO2 donc la réaction se passe toujours de gauche à droite. Excepté
dans les alvéoles pulmonaires où il y a très peu de CO2 et donc la réaction va se faire de droite à gauche et il va
pouvoir s’y échapper par effet syphon. Présence d’exercices dans le cahier d’exercices !!!
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3.Les acides aminés, les peptides et les protéines :

-Les acides aminés (Ils sont au nombre de 20) vont se polariser entre eux pour former des molécules plus
complexes appelées polypeptides et protéines. Nombre total de possibilités = 20500. Les protéines sont des
polymères qui sont considérées comme les ouvriers de l’organisme.
Il faut savoir redessiner l’ensemble des acides aminés !!!

Tous les acides aminés possèdent un groupement amine, un groupement

carboxyle et un hydrogène, ils diffèrent les uns des autres par une chaine
latérale R différente chez chacun d’entre eux.
Les acides aminés possèdent tous un centre chiral, sauf la glycine, qui
possède deux hydrogènes. Donc il existe 2
énantiomères pour 19 acides aminés.
Presque tous les acides aminés ont une configuration S et une configuration L (Lévogyre).

-Les chaines latérales :

Les différentes chaines latérales possèdent différentes propriétés. Non Polaires, aliphatiques, Aromatiques,
Polaires non chargés, Chargés positivement, Chargés négativement.

Non Polaires, aliphatiques :

L’ensemble des AA ci-joints ne sont pas solubles dans l’eau car ils possèdent
des chaines hydrocarbonées non-polaires et donc non-solubles dans l’eau.

Ils sont considérés comme hydrophobes.

Aromatiques :

La tyrosine et le tryptophane sont capables

d’absorber de la lumière ultraviolette à 280 nm.
Un spectrophotomètre est un instrument qui
permet de calculer les
absorbances.

La transmittance est égale à : T = I/I0 L’absorbance est égale à : A = -log(T), A = log(I/I0)

A = εcl avec ε = coefficient d’extinction molaire (M-1 cm-1), c = concentration de la molécule absorbante (M)
l = largeur de la cuvette (cm).
L’absorbance est directement proportionnelle à la concentration de la molécule absorbante.
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Polaires non chargés :

Les acides aminés suivants sont capables de faire des liaison H grâce aux charges
partielles qu’ils possèdent.

Rmq : La cystéine possède un atome de soufre donc ils sont capables de faire des ponts
disulfures entre eux, il s’agit d’une liaison covalente donc il va y avoir perte de la polarité.
Les ponts disulfures sont hydrophobes.

Chargés positivement (milieu basique) :

L’histidine est le seul acide animé qui possède un pKa

proche de la neutralité, il a un rôle tampon.

Acide Basique

Chargés négativement (milieu acide) :

-Les acides aminés rares :

Ils sont composés d’acides aminés de base mais ceux-ci subissent des modifications quand ils se trouvent
ensemble dans des protéines.

➔ constituant des membranes des cellules végétales et de collagène.

➔ Constituant du collagène.

➔ Constituant de la myosine.

➔ Constituant de la prothrombine (facteur de coagulation).

-Les acides aminés essentiels :

Ils constituent les acides aminés essentiels, c’est-à-dire les acides aminés nécessaires à notre organisme mais
celui-ci ne peut pas les élaborer donc il doit les trouver dans le milieu extérieur notamment avec l’alimentation.

9 acides aminés essentiels:

Leucine, Thréonine, Lysine, Tryptophane, Phénylalanine, Valine, Méthionine, Isoleucine, Histidine.

Mémo : Le très lyrique Tristan fait vachement marcher l’hystérique Iseut

Présence d’exercices dans le cahier d’exercices !!!
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-Exemples :
Carence en arginine chez le chat : voir feuille d’exercices.

Carence en taurine chez le chat : voir feuille d’exercices.

Problèmes :
-Au niveau de la rétine :

-Au niveau du cœur :

Non-carencé Carencé

-Les peptides et les protéines :

Les acides aminés se lient les uns aux autres grâce à des liaisons entre le
groupement amine et le groupe carboxyle qui les constituent : il s’agit de
liaisons peptidiques. Lors de la formation de la liaison, il va y avoir
libération d’une molécule d’eau.

Le sens de lecture des protéines se fait du groupement amino-terminal vers

le groupement carboxy-terminal.
2 aa = dipeptide
3 aa = tripeptide
4 aa = tétrapeptide
5 aa = pentapeptide
…
Oligopeptides
Polypeptides (< 10 kDa)
Protéines (> 10 kDa)

-Les sous-unités protéiques :

Les sous-unités protéiques sont des chaines de polypeptides liées de manière non-
covalente à une (ou plusieurs) autre(s). L’ensemble des sous-unités forment une
protéine et elle est dite oligomérique.
Par exemple :
L’hémoglobine est une protéine tétramérique car elle possède 4 sous-unités.

-Les protéines conjuguées : protéines contenant un ou plusieurs autre(s) groupe(s) chimique(s) non-
peptidique(s). Ces groupes sont dits : prosthétiques.
L’hémoglobine possède 4 hèmes qui sont des groupes prosthétiques : porphyrine de fer.

-Structure primaire des protéines : Correspond à la séquence des acides aminés. C’est-à-dire les liens covalents
(liaisons peptidiques) et les ponts disulfures.
Par exemple, on pourrait croire que l’insuline est constitué de 2 sous-unités mais en fait il ne s’agit que d’une
seule sous-unité car les deux branches sont reliées par 2 ponts disulfures.
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4.La structure tridimentionnelle des protéines :

Les protéines dans n’importe quelle comformation fonctionnelle sont dites les protéines natives.

C C
Liaisons covalentes Liaisons non-covalentes
Les liens peptidiques sont rigides et plans :

Cela est dû à la résonance qui règne au sein de la liaison peptidique.

Le déplacement des électrons qui constituent les liaisons
est tellement rapide que l’on doit considérer qu’il y a la
présence d’une double liaison entre le carbone et l’azote
(phénomène de résonance). Cependant, les carbones en
positions alpha ne participent pas au phénomène de
résonance c’est-à-dire que des rotations y sont possibles.

-Structure secondaire des protéines :

Les hélices α et les feuillets β sont des structures que l’on trouve régulièrement dans les protéines. Les
protéines se stabilisent en optimalisant les liaisons faibles entre sous-unités ce qui va donner une forme unique
aux protéines.
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❖ Les hélices α :
Les liaisons peptidiques peuvent faire des liaisons H avec d’autres
liaisons peptidiques (entre les O et les H) ce qui va donner une forme
bien particulière aux polypeptides. Ce phénomène va provoquer la
mise en périphérie des chaines latérales R (protrusion des
groupements R). Les hélices α tournent dans le sens des aiguilles du
montre (elles sont dites droites) et présentent 3,6 acides aminés par
tour. La longueur d’une rotation complète est de 0,54 nm. Il faut que
l’encombrement soit tel que les plans rigides ne rentrent pas en
collision les uns avec les autres.

❖ Les feuillets β :
Les chaines polypeptidiques β forment des feuillets β via la formation
de liaisons H entre les O et les H des liens peptidiques qui se font face. Il va y avoir à nouveau
une protrusion des chaines latérales R dans le sens opposé à chaque fois. Les feuillets β
peuvent se trouver sous forme parrallèle ou anti-parallèle. Les liaisons H des feuillets
parallèles (obliques) sont moins fortes qui les liaisons H des feuillets anti-parallèles
(droites). Les plans rigides des liaisons peptidiques ne rentrent jamais en collision les
uns avec les autres (forme parfaite) et donne la forme d’un paravent.

-Structures tertiaires et quaternaires des protéines :

✓ Structure tertiaire : Forme tridimentionnelle que prennent les sous-unités
lorsqu’elles ne sont pas encore liées entre elles pour former une protéine.
✓ Structure quaternaire : Forme tridimentionnelle que l’ensemble des sous-unités
constituant une protéine prennent ensemble.

-Les types de protéines :

Les protéines fibreuses ne fournissent pas de travail mais servent de support (flexibilité et solidité) aux tissus de
l’organisme. Elles ont une variété moins importante. Elles sont constituées le plus souvent d’une simple
répétition de structures secondaires (hélices).
• Kératine alpha : (peau, cheveux, sabots, ongles,…)
Deux hélices alphas (3,6 AA/tour) vont s’accoler et ainsi former un superenroulement (two chain coiled coil).

Deux superenroulements vont donner ensemble des

protofilaments. Et puis ceux-ci vont donner des
protofibrilles. Et enfin des filaments intermédiaires.

Il y a 15% de cystéine dans les cornes, lorsqu’elles se

font face, elles forment des ponts disulfures (liaisons
hydrophobes) entre les chaines super enroulées.

• Elastine :

Elle entre dans la constitution du tissu conjonctif de la peau, des

artères, des poumons,…
La forme initiale de l’élastine est détendue et relaxe, mais sous
la force d’un muscle, elle va se dérouler et ainsi adopter une
autre forme.
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• Le collagène :
Entre dans la constitution du tissu conjonctif de la peau, des tendons et des ligaments, des os, du
cartilage,…

Il est constiué de trois hélices enroulées gauches serrées (qui tournent dans le sens inverse
des aiguilles du montre, 3 AA/tour).
Il va y avoir la répétition d’un tripeptide :
-Gly----Pro----Hydroxyproline.
La proline induit la formation d’hélices gauche dû au repoussement des cycles qu’ils
forment et ainsi respecter l’encombrement stérique. La proline permet d’empêcher le
déroulement de l’hélice grâce au cycle qu’il forme et ainsi garder une rigidité. Les
groupements hydroxyliques permettent des liaisons H entre les différentes chaines. La
glycine est le plus petit acide aminé et son rôle est de diminuer l’encombrement stérique et
laisser de l’espace pour les prolines.
-Gly----Lys----Hydroxylysine.
La glycine aura ici toujours un rôle pour limiter l’encombrement stérique grâce à sa petite
taille. La lysine et l’hydroxylysine peuvent intéragir ensemble et donner une double liaison
qui va également avoir comme but de figer l’hélice et ainsi empêcher son déroulement.

Liens covalents particuliers (intéraction entre une lysine et une

hydroxylysine) entre les molécules de collagène ce qui donne une
certaine rigidité. Le nombre de laisons augmente avec l’âge ce qui
induit une augmentation de la rigidité.

Pathologies du collagène :
✓ Le scorbut (carence en vitamine C).
La vitamine C est nécessaire à la synthèse de l’hydroxyproline. Si carence en vitamine C, pas de synthèse
d’hydroxyproline et donc le tripeptide du collagène va ressembler à Gly----Pro----Pro. Il n’y a donc plus la
possibilité de faire des liaisons H et dès lors ça va fragiliser le collagène et il va devenir élastique et flexible. Cela
pose de graves problèmes au niveau des vaisseaux sanguins car ils laissent passer du sang donc il va y avoir
l’apparition d’hémorragies. In fine, la mort peut avoir lieu.

✓ Syndrome de Ehlers-Danlos : (maladie génétique).

Exemple : Dermatosparaxie chez les bovins et les moutons (peau qui se déchire) ;
Syndrôme des chats ailés ;
Displasie du collagène chez les chevaux.
Cause : la glycine du tripeptide est substitué par de la lysine (Lys) ou de la serine (Ser) qui sont des AA de plus
grandes tailles, du coup les hélices gauches vont être plus distendues car l’encombrement stérique est plus
important donc l’hélice est plus allongée. Cela induit une augmentation de l’élasticité du collagène.

Différences Kératine alpha Collagène

Au niveau du nombre d’hélices
2 3
superenroulées.
Hélices droites qui possède 3,6 AA Hélices gauches qui possède 3 AA
Au niveau de la forme de l’hélice.
par tour. par tour.
Liens disulfures grâce à la Liens covalents particuliers entre
présence importante de la les lysines et les 5-hydroxylysine.
Lien entre les hélices.
cystéine. (15% de cystéine dans Ces liens ont tendance à
les cornes). augmenter avec l’âge.
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Les protéines globulaires sont impliquées dans de nombreuses réactions biochimiques de notre organisme. Il
en existe une très grande variété car elles ont besoin d’être beaucoup plus spécifiques pour permettre de
répondre à leurs fonctions qui sont elle-mêmes spécifiques.
• La myoglobine :
La myoglobine stocke l’oxygène dans les muscles. Elle est constituée d’une seule sous-
unité donc elle ne possède pas de structure quaternaire.
Elle est constitué d’acides aminés hydrophobes (plus abondant au centre de la
molécule) et d’acides aminés chargés (plus en périphérie).

• Les aquaporines :

La périphérie est constitué d’AA hydrophobes et l’intérieur avec des AA polaires.

-Repliement protéique :
Les protéines adoptent spontanément la conformation contenant le plus de liaisons faibles et enfuissent les AA
hydrophobes en son centre (point de vue thermodynamique) pour maximaliser sa stabilité.

Les chaperons moléculaires sont des protéines qui viennent se fixer sur
les protéines en cours de repliement pour les protéger pendant qu’elles
prennent leur forme tridimentionnelle.

Certaines protéines doivent être aidées par une chaperonne (protéine)

qui aide les protéines à se replier.

La mucoviscidose :
La CFTR est une protéine de 1480 acides aminés qui permet le passage d’ion Cl- au
travers de la membrane plasmique et l’hydratation du mucus présent dans nos
voies respiratoires (dû au déplacement d’eau de la cellule vers l’extérieur par
osmose). Cependant, l’abscense d’un seul AA (Phe508) de cette protéine la rend
inutile car elle ne peut plus venir se fixer au niveau de la membrane cellulaire (elle
va être dégradée). Dès lors, les ions Cl ne peuvent plus passer au travers de la
membrane et donc le mucus présent dans nos voies respiratoires n’est plus
hydraté. Il devient de plus en plus visqueux et de plus en plus épais. Les débris dans
nos voies respiratoires ne sont plus éliminés correctement et cela peut induire des
infections et même provoquer la mort de la personne infectée.

Les maladies à prions :

Exemples : (maladie de la vache folle, tremblante du mouton, maladie de Creutzfeldt-Jacob, Kuru).

Héréditaire ou acquis !!

La protéine PrPsc à la capacité de transformer la protéine normal (PrP) en protéine anormal

(PrPsc). La mutation ce fait en transformant les 4 hélices alphas en 4 feuillets bêtas. La
protéine anormale ne va pas être reconnu comme problématique donc elle ne va pas être
dégradée. Elles vont s’accumuler dans le cerveau et il va y avoir l’apparition d’aggrégats
dans l’ensemble du cerveau.
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-Modification des protéines néo-sunthétisées :

1. Modification des acides aminés incorporés dans les protéines (collagène) ;
2. Acétylation de l’extrémité N-terminale de la protéine. L’acétylation stabilise les protéines et augmente leur
durée de vie.
3. Ajout d’hydrates de carbone (glycosylation, glycoprotéine). Les glycoprotéines seront toujours dans le milieu
extra-cellulaire et jamais à l’intérieur des cellules.

-Dégradation des protéines :

Les protéines sont dégradées lorsque la cellule n’a plus besoin d’elles, lorsqu’elles
sont mal repliées, ou alors parce qu’elles deviennent trop âgées.
Le protéasome est un complexe protéique qui dégrade les protéines endommagées
ou mal repliées ou…

Ubiquitination : ajout d’ubiquitines (polypeptides de 76 AA) sur une lysine ou une

serine de la protéine.

Cette étape est indispensable pour la dégradation des protéines car le protéasome
ne reconnait que les protéines ubiquitinées. A la fin de la dégradation de la protéine,
l’ubiquitine n’a pas été modifiée et peut à nouveau se fixer sur une autre protéine
(similaire aux enzymes qui catalysent une réaction).

La maladie d’Alzheimer :

➔ Aggrégat de protéines anormales non dégradées.

Explication de la maladie sur la feuille exercice.

5.Exploration des protéines

-Dosage des protéines :

Quantité maximale de protéines présent dans un fluide comme le sang par exemple.

Méthodes utilisées :

-Mesure de l’absorbance des UV :

Le tryptophane et la tyrosine absorbent la lumière UV, donc il est dès lors

possible d’estimer la quantité de protéines présent dans notre sang.

Malheureusement, cette technique n’est pas très précise car le nombre de

tryptophane et de tyrosine varie beaucoup d’une protéine à l’autre.
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-Méthode du biuret :
Un complexe de coordination se forme dans une solution alcaline entre un cation Cu ++et 4 molécules
de biuret (au niveau de l’atome d’azote) qui ont une structure de liaisons comparable à celle des
liaisons peptidiques qui constituent une protéine.
Le Cu++ forme également des liaisons avec les liens peptidiques mais ne réagit pas avec d’autres
molécules azotées comme l’urée qui est appréciable pour notre étude.
Le réactif de biuret (CuSO4) va venir former un complexe avec les liaisons peptidiques des protéines
avec qui il est en contact. Par après, on fait une coloration violette qui est proportionnelle au
nombre de liens peptidiques. Et puis on fait une mesure de l’absorbance (545 nm).
Exemple d’hypoprotéinémie et d’hyperprotéinémie :

Hypoprotéinémie : Insuffisance alimentaire (Oedeme) ;

Maldigestion ou malabsorption ;
Dérégulation de l’anabolisme des protéines (synthèse des protéines) ;
Perte de protéines (rein, appareil digestif, peau lors d’une brûlure).

Hyperprotéinémie : Inflammation ;
Déshydratation.

Comment différencier une inflammation d’une déshydratation avec les résultats d’une prise de sang ??
➔ Lors d’une inflammation, il va y avoir une importante concentration en protéines présent dans nos
résultats.
➔ Lors d’une déshydratation, il va y avoir certe une concentration importante de protéines, mais aussi
une concentration importante dans n’importe quels autres paramètres car :

On s’aperçoit que le nombre de protéine reste

inchangé dans les deux pots (hyperprotéinémie
fausse), cependant vu que la quantité de liquide a
été divisée en deux, la concentration des protéines
a doublé (et donc la concentration de tous les
paramètres présents dans ce fluide a doublé).

-Séparation des protéines :

Séparation en fonction : de la taille, du poids, de la forme, et de la charge des protéines, …
Méthodes : Ultracentrifugation, Chromatographie, Electrophorèse.

L’électrophorèse est une méthode de séparation de particules chargées électriquement par migration
différentielle sous l’action d’un champ électrique.

Elle se déroule dans un gel (état de la matière provenant de la formation d’un réseau de particules, que l’on
peut qualifier d’intermédiaire entre un solide et un liquide).
Comment former ce gel ?
Il s’agit d’un gel de polyacrylamide :

Les acrylamides (bleu) vont former des liaisons entre elles. Mais nous devons ajouter du
méthylènebisacrylamide (rouge) qui va former des liens entre les chaines d’acrylamide et
ainsi former un réseau de particules indispensable à la formation d’un gel. Plus il y aura
de méthylènebisacrylamide, plus il y aura des liens entre les chaines, et ainsi la viscosité
du gel est plus grande.
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Vitesse de migration des protéines dans le gel :

Avec E : force du champ électrique ;

Z : charge nette de la protéine ;
v = Ez
F : coefficient de friction (poids-taille-forme de la
protéine, viscosité du gel). Voir feuille exercices !!!
f
Electrophorégramme :

Coloration (Acide leu) et décoloration du gel

ensitométrie (= spectrop otométrie

mais lecture de l a sor ance du gel
en mouvement, nm)
Coefficient de friction
Electrop orégramme
-glo ulines
(poids-taille, forme)
(anticorps, gG)

O (viscosité du gel)

- et -glo ulines al umine ( 0 )

(protéines de l inflammation (transport des molécules séri ues)
(e aptoglo ine, céruloplasmine, ),
anticorps g et gA)
-
Interprétation :
• Si on a une hausse importante de la quantité de globulines gammas, c’est-à-dire d’anticorps,
ça veut dire que l’animal a une infection virale ;
• Si on a une hausse des globulines alphas et betas, ça veut dire que l’animal a une
inflammation et qu’il a une infection bactérienne.
16

-Méthodes immunologiques : (immuno- : mécanismes immunitaires (anticorps))

Les anticorps sont constitués de deux chaines lourdes (reliées par 2 ponts
disulfures) et de 2 chaines légères qui sont reliées aux chaines lourdes via un
pont disulfure comme représenté sur le schéma ci-joint.

Tous les anticorps chez les individus de la même espèce possèdent une partie
commune, elle se trouve au niveau de la queue de l’anticorps.

Les branches de l’anticorps sont constituées de régions variables qui sont

spécifiques à une protéine en particulier.

Il est possible de produire des anticorps contre n’importe quelle protéine (lapins et souris).
Méthode expliquée dans le cahier d’exercices !!!

Trois méthodes immunologiques : Explication dans le cahier d’exercices !!!

-ELISA :
17

-Immunoblot (western blot) :

-Immunofluorescence indirecte :

Coupe dans un organe

Exemple d’application :

Epidermolyse bulleuse (maladie auto-immune). Les anticorps du soi sont dirigés contre la lame
basale qui sépare le terme et l’épiderme. Dès lors, il va y avoir un décollement de l’épiderme et
l’animal va le perdre. Seule solution : euthanasie.

On voit bien sur l’image de droite que les anticorps secondaire marqués par un marqueur viennent se
fixer sur la partie commune des anticorps primaires qui attaquent la lame basale.

6.Fonctions des protéines

-Introduction : Interaction protéine-ligand :

 18

Les ligands se lient de manière réversible avec leur protéine spécifique

via des liaisons faibles (liaisons H, liaisons ioniques, …).

Le nombre de liaisons faibles entre le ligand et la protéine doivent être optimales, sinon la fixation
n’aura pas lieu comme montré sur le schéma ci-dessus. C’est pour cette raison que l’on dit que ce
processus est spécifique.

La fixation du ligand sur la protéine induit un changement de conformation en 3 dimensions de la

protéine.
Par exemple : la protéine qui permet le passage du glucose du milieu extra- vers le milieu
intracellulaire doit impérativement changer de forme (conformation) pour permettre le passage du
glucose au travers de la membrane.

-Liaison réversible de l’oxygène :

L’O2 se lie à un groupe prosthétique : l’hème.
Structure de ce groupement :
La protoporphyrine IX + Fe++
forment ensemble un hème.
4 cycles pyrolle liés par des
ponts méthène qui forme
la protoporphyrine IX

Le Fe++ est capable de faire 6 liaisons de coordination. Il va en faire 4 avec les 4 cycles pyrolle, il va en
faire une autre avec un résidu d’histidine (de la myoglobine ou de l’hémoglobine), et la dernière avec
l’O2.
Le Fe++ doit impérativement faire l’ensemble de ces liaisons de coordination pour pouvoir fixer l’O2.
RMQ :
19

➔ Le sang oxygéné est rouge vif ;

➔ Le sang non-oxygéné est rouge foncé.

La myoglobine :

La myoglobine est une protéine (153 AA) constituée d’une seule sous-unité qui est elle-
même constituée de 8 hélices alphas. Elle se trouve dans les tissus musculaires et son rôle
est de stocker de l’O2. Elle contient un seul hème (en rouge sur le schéma).

Rappel sur les constantes d’association et de dissociation :

P+L PL Si KA est élevé, la protéine a moins tendance à relâcher le ligand

et donc plus tendance à garder le ligand.
KA = PL / P*L

PL P+L Si KD est élevé, la protéine a moins tendance à garder le ligand et

donc plus tendance à relâcher le ligand.
KD = P*L / PL

La myoglobine a une constante d’association élevée pour l’O2, elle a donc une grande affinité pour
l’O2. Cependant, elle a une petite constante de dissociation donc elle a une faible tendance à relâcher
l’O2 qu’elle contient dans son hème. Ce qui est parfait pour sa fonction car son rôle est de stocker
l’oxygène dans les muscles, elle restitue l’oxygène quand il y en a vraiment besoin.

Courbe de dissociation hyperbolique :

Téta = saturation = nombre de sites occupés/ nombre de sites total

On s’aperçoit que lorsque la pression en oxygène

augmente légèrement, la saturation des
myoglobines augmente de manière exponentielle ce
qui montre bien l’affinité de la myoglobine pour
l’oxygène.

Constante de dissociation faible la plupart du

temps, faible envie de libérer l’oxygène.

Constante de dissociation plus élevée quand la pression en

dioxygène est vraiment basse. Libération de du dioxygène
dans les muscles quand ils en ont réellement besoin.
 20

L’hémoglobine :
Elles sont présentes dans le sang, plus précisément dans les globules rouges qui leurs offrent un
milieu bien particulier nécessaire pour qu’elles puissent répondre à leur fonction. Les hémoglobines
constituent 34% du poids total des globules rouges.
Le rôle principal des hémoglobines est le transport d’oxygène.

L’hémoglobine est une protéine constituée de 4 sous-unités, 2 sous-unités alphas (141

AA) et 2 sous-unités betas (146 AA). Chaque sous-unité contient un hème qui va pouvoir
accueillir une molécule de dioxygène.

Courbe de dissociation sigmoïde :

• Si la constante de
dissociation était tout le
temps faible, les
hémoglobines pourraient
bien s’approvisionner en
oxygène, mais elles
auraient du mal à
retransmettre l’oxygène
aux tissus.

Si la constante de dissociation était tout le temps élevée,

Constante de Constante de les hémoglobines auraient des problèmes pour
dissociation élevée dissociation faible s’approvisionner en oxygène mais elles seraient efficaces
pour libérer l’oxygène au niveau des tissus.

L’hémoglobine a la possibilité de changer de forme ce qui induit un changement au niveau des

constantes de dissociation et d’association. La constante d’association va être élevée au niveau des
poumons (acquisition de l’oxygène) et va être faible au niveau des tissus (libération de l’oxygène).

Arrivée au niveau des poumons :

L’hémoglobine va arriver sous sa forme
tense donc une faible affinité pour
l’oxygène (faible mais pas nulle !!!). Si
une des sous-unités capte de l’oxygène,
elle va changer de conformation et va
induire un changement de conformation
chez les 3 autres sous-unités -> passage à
la relaxed form (haute affinité pour
l’oxygène). Les 3 autres sous-unités vont
dès lors être approvisionner en oxygène
également.

Tense state : faible affinité

pour l’oxygène.
21

Relaxed state : forte

affinité pour l’oxygène.

Arrivée au niveau des tissus :

L’hémoglobine va arriver sous sa forme relaxed donc une faible envie de libérer l’oxygène (faible
mais pas nulle !!!). Si une sous-unité libère de l’oxygène, elle va changer de conformation ce qui va
induire un changement de conformation chez les 3 autres sous-unités -> passage à la tense form
(haute envie de libérer de l’oxygène). Les 3 autres sous-unités vont dès lors pouvoir libérer leur
oxygène au niveau des tissus.

La nature est bien faite. La probabilité est telle qu’il fallait au moins 4 sous-unités pour qu’une
d’entre elles puissent capter ou libérer de l’oxygène contre leur envie (mauvaise forme à leur arrivée
soit dans les tissus, soit dans les poumons).

L’hémoglobine est dite allostérique. Dans une protéine allostérique, l’interaction entre le ligand et un
site de liaison modifie les propriétés de liaison des autres sites de la même protéine.

Exception chez l’hémoglobine : l’interaction protéine-ligand n’est pas réellement spécifique car
l’hémoglobine peut également capter le CO2 et le H+.

-
H2O CO2 H2CO3 HCO3 H
Anhydrase carbonique.

-40% des H+ sont captés par les hémoglobines ce qui permet d’éviter la diminution du PH sanguin vu
la production importante de CO2 par notre organisme.
-20% du CO2 est lié à l’hémoglobine, sous forme dissoute, ou sous forme de HCO3-.

RMQ : Le CO2 et les H+ ne se fixent pas sur les hèmes (pas de concurrences avec l’oxygène). Les deux
réels ligands de l’hémoglobine sont le dioxygène et le monoxyde de carbone.

En effet, les ions H+ se fixent au résidu His146. On sait que l’histidine a un pKa proche du PH
physiologique ce qui lui donne un rôle de tampon.
Le CO2 se fixe à l’extrémité N-terminale de chaque sous unité pour former un groupement
carbamate.
22

-L’effet Bohr :

Ce graphique nous montre que lorsque le PH sanguin

diminue, l’hémoglobine a moins d’affinité avec l’02.

Explication :
Métabolisme augmente ;

->La production de CO2 et H+ augmente ;

->Plus de liaisons entre les CO2 et H avec les

hémoglobines ;

->L’affinité de l’hémoglobine pour l’oxygène diminue ;

->Plus de libération d’oxygène.

L’effet Bohr est très intéressant car il pousse les hémoglobines à

relâcher l’oxygène au niveau de production du CO2 et donc au
niveau des tissus (où l’oxygène est nécessaire).

-Le 2,3-diphosphoglycérate (2,3 DPG) : Il est l’un des produits du métabolisme et permet d’aider
l’hémoglobine à exercer sa fonction (régulation de la liaison de l’oxygène à l’hémoglobine). Cette
molécule à besoin d’un milieu bien spécifique pour exercer sa fonction, c’est
pour cette raison qu’elle est enfermée avec les hémoglobines à l’intérieur des
érythrocytes.

Le 2,3 DPG se fixe dans la cavité qui sépare les deux sous-unités betas et stabilise
la forme tense de l’hémoglobine (faible affinité pour l’oxygène).

La production de 2,3 DPG augmente à haute altitude (parce qu’il y a moins

d’oxygène dans l’air), mais aussi pendant l’hypoxie (déficience de l’appareil
pulmonaire ou respiratoire ce qui engendre une mauvaise livraison d’oxygène au
niveau des tissus).

Plus il y a de 2,3-DPG, plus l’affinité de l’hémoglobine pour l’O2

diminue (car cette molécule stabilise la forme tense de
l’hémoglobine). C’est-à-dire qu’il y aura une meilleur libération d’O2
au niveau des tissus. C’est grâce au 2,3-DPG que les tissus peuvent
être approvisionner en 02 même quand la pression en O2 est
relativement moyenne.
23

-Différence entre les hémoglobines maternelles et les hémoglobines fœtales :

La différence d’affinité pour l’oxygène de ces 2 types d’hémoglobines provient directement de leurs
différences au niveau de leur composition.

Les hémoglobines maternelles -> 2 sous-unités alphas et 2 sous-unités betas.

Les hémoglobines fœtales -> 2 sous-unités alphas et 2 sous-unités gammas.

Vu que les sous-unités gammas ont très peu d’affinité pour le 2,3 DPG ->
plus d’affinité pour l’02 (comme on le voit sur le schéma). L’augmentation
de l’affinité pour l’oxygène des hémoglobines fœtales est nécessaire car
elles tirent leur oxygène des hémoglobines maternelles (si elles avaient les
mêmes affinités, le fœtus ne serait pas approvisionné en oxygène).

Cependant, cela induit une moins grande livraison d’oxygène au niveau des
tissus du fœtus.

-Intoxication au monoxyde de carbone :

L’affinité de l’hémoglobine pour le CO est 200X plus

importante que celle pour l’oxygène parce que les
liaisons droites sont plus fortes que les liaisons
obliques (comme illustrer sur le schéma).

Ce gaz incolore, inodore et insipide provient de la combustion incomplète de carburants fossiles.

Lors d’une intoxication au CO, le fœtus meurt avant la mère car son affinité pour le CO est d’autant
plus importante.

7.Les enzymes

Les enzymes sont des protéines qui sont

destinées à catalyser des réaction
chimiques et ainsi accélérer (106 à 1017
fois plus rapide) grandement le passage
du substrat au produit que s’il se passait
naturellement. Les enzymes sont ultra-
spécifiques, elle ne catalyse qu’une
seule réaction qui lui est spécifique ou
un groupe de réactions semblables.

Par exemple : les enzymes protéolytiques.

Ce sont des protéines destinées à briser les liens peptidiques qui forment la protéine pour y tirer les
briques constitutives : les acides aminés, et ainsi, l’organisme peut à son tour former ses propres
protéines à partir de ces AA.
24

-Degré de spécificité : (enzymes protéolytiques)

• Subtilisine est une protéase obtenue à partir de bactéries. Clive n’importe quel lien
peptidique.
• Trypsine est une enzyme digestive.

• Thrombine est une enzyme de la coagulation.

-Les cofacteurs :
De nombreuses enzymes requièrent la présence s’une molécule supplémentaire : un cofacteur.

Apoenzyme + Cofacteur = Holoenzyme

Soit une petite molécule organique :

coenzyme qui dérive régulièrement de
Un métal
la vitamine B. Si la coenzyme est
fortement liée à l’enzyme, on parle
alors de groupement prosthétique.

-Nomenclature :

• Nom sans lien avec la fonction : La trypsine (enzyme digestive).

• Nom en lien avec la fonction : « ase » (ADNase) et « synthase »

x
 25

La cinétique :

E + S -> ES -> EP -> E + P

La hauteur du plateau correspond à la vitesse
d’exécution des enzymes (plus le plateau est haut, plus la
vitesse est importante).

Pour obtenir la vitesse d’exécution d’une seule enzyme,

il faut diviser la Vmax par le nombre d’enzymes
présentes dans notre solution.
Vmax / Nombre d’enzymes (Kcat) = nombre de turnover,
c’est-à-dire le nombre de molécules de substrat
transformées en produit par seconde par enzyme.

Le nombre de turnover (Kcat) moyen par enzyme est de 1000. Il est de 1.000.000 pour l’anhydrase
carbonique !!!
Le Km, quant à lui, correspond à la quantité de substrat nécessaire pour avoir une vitesse = 0,5 Vmax.
Plus Kcat est grand mieux c’est, car ça veut dire que l’enzyme transforme son substrat en produit
relativement rapidement.
Plus le Km est faible mieux c’est, car ça veut dire que l’enzyme trouve relativement facilement son
substrat dans son milieu.

-Le modèle cinétique de Michaelis-Menten :

E uation de ic aelis - enten

- 3

Si [S] est très petite, la vitesse est Si [S] est très grande, la vitesse est égale à
dépendante de la concentration en Vmax : V0 = Vmax donc la vitesse est
substrat : V0 = (Vmax/KM) [S]. indépendante de la concentration en substrat

Exemples :
• L’anhydrase carbonique possède un Kcat très important ce qui veut dire qu’elle transforme
rapidement le substrat en produit, cependant elle ne possède pas un Km très bas ce qui veut
dire qu’elle n’a pas une très grande affinité pour son substrat. L’organisme produit tellement
de CO2 que ça ne lui pose pas de problème pour trouver son substrat.
• La lysozyme est une enzyme qui tue les bactéries dans la cavité buccale. Elle possède un Km
très bas ce qui veut dire qu’elle trouve très facilement son substrat dans son milieu,
cependant elle ne possède pas un grand Kcat, c’est-à-dire qu’elle ne transforme pas
rapidement le substrat en produit.
26

Plus une enzyme est efficace, plus elle

possède un Kcat / Km grand.
La limite maximale est de 108 et 109 (s-1M-1).
Les enzymes qui atteignent cette limite sont
dites enzymes parfaites. Dans ce cas la
catalyse est seulement limitée par la
concentration en substrat et les enzymes
sont également dites à « diffusion-limité ».

Exemple : intolérance à l’éthanol

Acétaldéhyde : toxique !! Il existe 2 types d’acétaldéhyde déshydrogénase :

➔ Enzymes mitochondriales (KM petit donc

réaction rapide).
Acétate
➔ Enzymes cytosoliques (KM grand donc réaction
lente).

Personnes intolérantes :

Enzyme mitochondriale inactive (substitution d’un aa)

Acétaldéhyde converti seulement par l’enzyme cytosolique (lente)

➔ Accumulation d’acétaldéhyde (toxique)

➔ Symptômes

-Le fonctionnement :
Variation d’énergie libre de Gibbs au cours d’une réaction chimique : ΔG = ΔH - T ΔS

• Synthèse de polymères :

AA AA AA AA AA AA -> AA-AA-AA-AA-AA-AA
On perd de l’énergie dans cette réaction car on crée des liaisons qui renferment en elles de
l’énergie :
➔ ΔH > 0
Lors de cette réaction on crée des liaisons, donc on crée de l’ordre :
➔ ΔS < 0
27

Vu le signe des variables de cette formule, on peut dire que la

variation de l’énergie de Gibbs est positive : ΔG > 0 : il s’agit d’une
réaction endergonique.

• Dégradation :

AA-AA-AA-AA-AA-AA -> AA AA AA AA AA AA
On gagne de l’énergie lors de cette réaction, car on récupère
l’énergie dans les liaisons qu’on vient de briser :
➔ ΔH < 0
Lors de cette réaction on crée du désordre car on a brisé des
liaisons :
➔ ΔS > 0
Vu le signe des variables de cette formule, on peut dire que la
variation de l’énergie de Gibbs est négative : ΔG < 0 : il s’agit d’une
réaction exergonique. C’est-à-dire que la dépolymérisation devrait
être une réaction spontanée, cependant ce n’est pas réellement le
cas.

Les réaction exergoniques sont lentes

naturellement, elles ont besoin d’une petite
impulsion pour passer la dune qui correspond à
l’énergie d’activation.

Etat de transition
Energie d’activation

L’énergie d’activation peut être fournie par des collisions énergétiques à température élevée par
exemple.

Rôle des enzymes :

On voit sur ce graphique que les enzymes ne changent pas le ΔG de la réaction entre le substrat et le
produit. Cependant, elles diminuent l’énergie d’activation nécessaire pour passer d’un côté à l’autre.

Exemple : réaction hydrolytique

L’enzyme va venir plier la liaison de la molécule de substrat et ainsi forcer la réaction car l’eau aura
beaucoup plus simple de rompre la liaison dans cette condition.
(Bâton plié plus simple à rompre)

Elles sont essentielles : c’est-à-dire

-Les vitamines et les coenzymes : nécessaires mais que notre
organisme ne peut synthétiser par lui-
Vitamines même.

Hydrosolubles B/C, Liposolubles A/D/E/K,

participent à la ne participent pas à la
formation de formation de
coenzyme. coenzyme.
28

Les vitamines B et C sont hydrosolubles, et la vitamine B participe à la formation de coenzymes.

Les vitamines A, D, E et K sont liposolubles.

-Les vitamines hydrosolubles :

On voit bien que ces molécules sont hydrosolubles grâce à la présence de nombreux groupements
hydroxyles (c’est-à-dire présence de charges partielles) donc possibilité de faire des liaisons H avec
l’eau.

Cas particulier de la vitamine C :

La vitamine C (acide ascorbique) est indispensable pour l’ajout d’un groupement hydroxyle sur le
quatrième carbone de l’hydroxyproline. Cependant ce n’est pas la vitamine C qui va venir ajouter ce
groupement. La prolyl hydroxylase est une enzyme qui va elle ajouter le groupement hydroxyle sur le
quatrième carbone de la proline, mais cette action va induire son oxydation. Cependant, sa forme
oxydée est une forme inactive et elle doit donc être réduite. C’est le rôle de l’acide ascorbique.

Forme réduite active Forme oxydée inactive

-Les vitamines liposolubles :

On voit bien que ces molécules sont très
peu solubles, voire insolubles dans l’eau
car elles ne possèdent que peu de
charges partielles donc il est quasi
impossible de former des liaisons H avec
les molécules d’eau.
 29

La vitamine K (Koagulation en allemand) est une molécule qui

participe à la production de γ-carboxyglutamate qui est un
constituant de la prothrombine.

-Complexes multienzymatiques :

Les complexes enzymatiques

sont des rassemblements
d’enzymes en un endroit
localisé. Cette proximité
enzymatique permet un
travail à la chaine et donc un
travail plus rapide.

Enzymes : X Y Z

N A B C D
Seule la première enzyme nécessite un Km faible vu qu’elle
Système ultra-régulé pour éviter de gaspiller va ultérieurement directement délivrer son produit (qui est
les ressources cellulaires le substrat de la prochaine enzyme) près de l’autre enzyme.
D’où l’appellation du travail à la chaine.

-Régulation de la fonction enzymatique :

• Régulation de l’expression de l’enzyme : c’est-à-dire la présence ou non de l’enzyme.

• Confinement de l’enzyme : est-ce que l’enzyme est en contact ou non avec son substrat ?

• Destruction de l’enzyme : si l’enzyme est détruite, il n’y aura pas de réaction.

• Rétrocontrôle :
Le produit final d’une voie de réaction se fixe sur et inhibe une
enzyme qui agit au début de cette voie. Le produit se fixe au
niveau d’un site de régulation distinct du site actif.

Le rétrocontrôle est une régulation de la fonction enzymatique

qui est toujours négative.

Ce processus est facilement réversible lorsque la concentration

en produit final diminue.

Exemple sur la feuille d’exercices !!!

 30

• Allostérie :
Dans une protéine allostérique, l’interaction entre un ligand (molécule régulatrice ou le substrat) et
le site de liaison (site régulateur ou site actif) modifie les propriétés de liaison des autres sites de la
même protéine.

Enzyme ayant un site actif et un site de régulation négatif Enzyme ayant un site actif et un site de régulation positif
Par exemple, rétrocontrôle négatif. Par exemple, ADP qui induit la dégradation du glucose.

Sites de liaison découplés car le Sites de liaison couplés car le substrat

substrat ne peut être attaché à peut être attaché à l’enzyme quand le
l’enzyme quand le régulateur négatif régulateur positif est présent.
est présent.

Transitions allostériques coopératives :

Assemblage de sous-unités enzymatiques identiques. La fixation d’un ligand sur
un site facilite la fixation de ce même ligand sur les autres sites du complexe.

Sur la figure, on voit bien que l’insertion du premier régulateur négatif et

l’éjection du premier substrat est une transition difficile (elle met plus de temps).

La fixation du premier inhibiteur induit une modification des propriétés de liaison

des autres sites actifs, dès lors, la fixation d’un second inhibiteur est plus facile.
On parle de transition facile (plus rapide).

On remarque que plus une enzymes allostérique est constituée de sous-unités, plus les inhibiteurs ont facile pour
diminuer l’activité enzymatique. En effet, lorsque l’inhibiteur se fixe sur une sous-unité de l’enzyme, ça va changer
la configuration des autres sous-unités et donc faciliter l’inhibition des autres sous-unités également.
31

• Modifications covalentes :

La phosphorylation (ajout d’un groupement phosphate) est la modification covalente réversible la

plus fréquente. Les enzymes qui catalysent les réactions de phosphorylation sont appelés les kinases.
Les kinases sont spécifiques et par conséquent nombreuses (constituent la plus large famille
protéique connue). Se déroule principalement pour les enzymes intracellulaires car le procédé
nécessite de l’ATP pour se faire.

Transfert du groupement phosphoryl γ-

terminal d’une molécule d’ATP sur le
groupement hydroxyle d’un résidu sérine,
thréonine ou tyrosine de la protéine

Il existe deux sous-familles pour les kinases : les kinases à sérine/thréonine et les kinases à tyrosine.
Mode d’action : regarder le carnet d’exercices !!!

Par exemple :

La glycogène estérase : enzyme qui libère les

molécules de glucoses à partir de glycogène
présent dans les muscles ou dans le foie sous
l’action du glucagon et de l’adrénaline.

Explications dans le carnet d’exercices !!

32

La déphosphorylation est la réaction inverse catalysée par des enzymes appelées phosphatases.
L’activité des phosphatases ne nécessite pas d’ATP.

Toutes enzymes ou autres protéines peuvent être phosphorylées si celles-ci contiennent des sérines,
thréonines et tyrosines (groupes hydroxyles nécessaire pour le procédé).

La phosphorylation permet l’ajout de 2 charges négatives et de groupements pouvant former des

liaisons H, ce qui peut induire des modifications des liaisons possibles de la protéine.

La phosphorylation et la déphosphorylation peuvent survenir en moins de 1 seconde, ce qui en fait

un contrôle rapide des réponses cellulaires.

Utilisation d’ATP pour la phosphorylation, donc ces réactions doivent se faire dans un milieu
intracellulaire où l’ATP est abondante.

• Zymogènes ou proenzymes :

Enzymes synthétisées sous la forme de précurseurs inactifs et activées par clivage protéolytique. Le
clivage protéolytique ne nécessite pas d’ATP, donc ces enzymes peuvent être activées dans le milieu
extracellulaire où l’ATP est absent.
Contrairement aux réactions de phosphorylation/déphosphorylation, l’activation d’un zymogène est
irréversible.

Exemples de zymogènes :
• Les enzymes digestives :

Le pancréas a une fonction exocrine, c’est

lui qui va sécréter une grande partie des
enzymes digestives sous forme de
zymogènes.

Le clivage de ces zymogènes à lieu dans le

duodénum par l’entéropeptidase, afin de
protéger le pancréas. En effet, le
duodénum est tapissé d’une épaisse couche de mucus ce qui le protège contre les enzymes
digestives activées. L’entéropeptidase est uniquement présente dans le duodénum, elle clive le
trypsinogène en trypsine, et celle-ci va cliver les autres zymogènes.
33

Remarque :

Une seule trypsine dans le pancréas

pourrait mener à des fins catastrophiques
car la trypsine est capable de cliver
d’autres trypsinogènes mais aussi tous les
autres zymogènes. Cela amènerait donc à
la digestion du pancréas : pancréatites.
C’est pour cette raison que le pancréas
sécrète en petite quantité un inhibiteur de
la trypsine. Celui-ci se lie fortement au site
actif et l’inhibe.

• Les enzymes de la coagulation :

Une lésion à un vaisseau sanguin va engendrer une hémorragie, le rôle de la coagulation et de

reboucher le trou pour stopper cette hémorragie.

Trois phénomènes différents permettent l’hémostase : c’est-à-dire l’arrêt de l’hémorragie.

1. Vasoconstriction locale, pour diminuer l’arrivée trop importante de sang à cet endroit et ainsi
limiter l’hémorragie ;
2. Agrégation plaquettaire ;
3. Activation de zymogènes plasmatiques qui va entrainer l’agrégation de fibrine (coagulation
proprement dite).

L’agrégation plaquettaire va former le caillot (thrombus) blanc.

L’agrégation de fibrine + globules rouges va former le caillot rouge.

Agrégation plaquettaire :

3
5 3 2

4
5
6 = vasoconstriction

1
 34

1. Sous l’endothélium des vaisseaux sanguins se trouve du tissu conjonctif qui est très riche en
collagène. Les plaquettes présentes dans le sang présentent une grande affinité pour le
collagène et viennent s’y fixer grâce aux facteurs de Von Willebrand.
2. L’exocytose des granules alphas permettent l’encrage d’autres plaquettes et ainsi former le
caillot blanc, schéma présent sur le carnet d’exercices.
Les granules alphas possèdent sur leur hémicouche interne des phosphatidyl sérine (naturellement
présent dans les hémicouches internes).

Le phosphatidyl sérine possède deux charges négatives ce qui va

naturellement attirer les ions Ca++ présent dans le sang. Vu que les
plaquettes activées possèdent de la phosphatidyl sérine sur l’hémicouche
externe, des ions ça++ vont venir s’y fixer.

3. Résultat d’une cascade d’activation de zymogènes :

Voie intrinsèque : Voie extrinsèque :

Sang en contact avec du Par suite d’un traumatisme
collagène sous-endothélial. dans le sang.

Deux voies, la voie intrinsèque et la

voie extrinsèque (la plus
importante), convergent vers une
voie finale commune (l’activation du
facteur 10).

Lorsque le facteur 12 est en contact

avec du collagène, il va cliver le
facteur 11 qui lui-même va
engendrer une cascade de clivages.

Le facteur tissulaire des cellules

endothéliales va activer le facteur 7.
 35

Conversion du fibrinogène (pas une enzyme, juste une protéine) en fibrine :

Le fibrinogène est constitué de 6 chaines mais il ne s’agit pas
de sous-unités !!! = 2 Aα, 2 Bβ et 2 γ

La thrombine clive les 2 peptides A et B (=fibrinopeptides) au

niveau d’un lien Arg – Gly.
Le fibrinogène sans les fibrinopeptides forme un monomère
de fibrine (αβγ)2.

Formation des agrégats de fibrine :

Les fibrines s’emboitent les unes dans les autres
comme pour former un mur grâces aux chaines
alphas et aux pinces gammas.

Les murs parallèles les uns aux autres vont être

attachés ensemble grâce aux liens Gly-His-Arg-
globine Beta.

Stabilisation des agrégats de fibrine :

Formation de liens amides entre les résidus glutamine et les résidus lysine de monomères différents.

Protransglutaminase (XIII)

Thrombine
= Facteur XIIIa

La structure de la prothrombine :

Domaine riche en γ-carboxyglutamate(10 Thrombine

2 domaines
kringles.

2 sites de
résidus). clivage pour
les facteur
Stabilisent la prothrombine sous une forme 10 et 5.
inactive mais permettent son attachement
à la membrane plaquettaire (!production
du facteur V par les plaquettes).
36

Grâce à leur deux charges négatives les γ-carboxyglutamate sont des chélateurs d’ions Ca++ qui sont
préalablement fixés à la membrane plaquettaire grâce aux phosphatidyl sérine (les ions Ca++ sont
dès lors pris en sandwich).

Les γ-carboxyglutamate sont des dérivés de la vitamine K.

Les antagonistes de la vitamine K :

Trèfle pourri. Maladie hémorragique fatale chez les bovins ;

Utilisé en clinique comme anticoagulant ;
Utilisé comme raticide.

Utilisé comme raticide.

Troubles de la coagulation :

1. L’hémophilie A (récessive, liée au sexe) : activité réduite du facteur VIII (facteur

antihémophilique) donc perte de la voie intrinsèque.
2. L’hémophilie B (récessive, liée au sexe) : activité réduite du facteur IX donc perte de la voie
intrinsèque.
3. Maladie de Von Willebrand (autosomale, dominante) : Perte partielle ou totale de l’activité
du facteur de von Willebrand (permet l’adhésion des plaquettes au collagène et stabilise le
facteur antihémophilique VIII en s’y liant). Ce qui engendre une perte partielle ou totale de
l’agrégation plaquettaire et de la voie intrinsèque.

Inhibition physiologique de la coagulation :

La thrombine active la protéine C qui engendre la dégradation des facteur V et VIII.

L’antithrombine III (plasmatique) inhibe la thrombine.

La fibrinolyse :

i rinol se

= l se des agrégats de fi rine

lasminog ne
récurseur de la plasmine,
forte affinité pour les
agrégats de fi rine

issue-t pe plasminogen activator ( A)

clive seulement le plasminog ne
ad érant la fi rine, pas le
lasmine plasminog ne li re
H drol se des liens peptidi ues
dans les élices de la fi rine

Le A est utilisé en médecine umaine pour dissoudre les caillots

coronariens

-
 37

Vue d’ensemble :
osp atid lsérine ésumé des p énom nes pla uettaires
VO ES SE UE E E SE UE ésumé de l arr t de la coagulation

a A H O E
a
V
V
O E EC
Ca
Ca
Ca
Ca
Ca H O E
Ca H O E
H O E H O E
H O E H O E
E

OGE E E
LA UE

OGE E E

COAGULA O ( H O US OUGE) - COAGULA O ( H O US OUGE)

-

• Les enzymes de l’apoptose :

Apoptose : mort cellulaire programmée. Mécanisme qui contrôle la durée de vie des cellules.
A ne pas confondre avec la nécrose qui est une mort cellulaire qui provient de lésions, …

Exemples :
-Développement (doigts palmés, …)

-Utérus (menstruations, …).

-Cellules infectées par un virus (induction de l’apoptose avec les lymphocytes T cytotoxiques
spécifiques des antigènes viraux).

Les caspases ont pour rôle de dépolymériser les constituants de

la cellule qui va mourir. Ce qui va induire la formation de
briques constitutives qui vont être endocytés ultérieurement
par d’autres cellules.

Il s’agit de l’unique exemple de zymogène intracellulaire.

Elles vont dépolymériser les

polymères pour reformer les
briques constitutives de départ
 38

-Reconnaissance des cellules apoptotiques par les macrophages :

Au cours de l’apoptose, la phosphatidylsérine

des cellules apoptotiques est exposée par une
flippase dans la couche externe de la
membrane plasmique. Reconnaissance par les
macrophages de la PS exposée à la surface de la
cellule apoptotique -> Phagocytose.

-Inhibition thérapeutique de l’activité enzymatique :

n i ition t érapeuti ue de l activité en mati ue
eaucoup de médicaments et de to i ues sont des in i iteurs d en mes
n i iteurs Compétitifs : ES ou EI mais jamais ESI.
L’inhibiteur ressemble au substrat.
rréversi les éversi les
Le substrat est lui-même un compétiteur
énicilline
(transpeptidase) pour l’inhibiteur.
Compétitifs on compétitifs
Aspirine
(c cloo génase)
(voir dias et 3
et dias 0 3 03 ) Non-compétitifs : ESI.
L’inhibiteur ne ressemble pas au substrat.
Le substrat n’est pas un compétiteur pour
l’inhibiteur.

Compétitifs Non-compétitifs

Lorsque la quantité de substrat devient Avec des inhibiteurs non-compétitifs, on

trop importante, l’inhibiteur compétitif est
rapidement en infériorité numérique ce qui
conduit à une augmentation rapide de la
vitesse de réaction des enzymes.
atteint rapidement un plateau quand le
substrat augmente car l’inhibiteur ne se
place pas sur le site actif, donc la quantité
de substrat n’influence pas la vitesse de
réaction.
39
E emple d in i iteur réversi le compétitif le mét otre ate

Analogue du tétra drofolate, su strat de la di drofolate réductase

n i e la s nt se des ases puri ues et p rimidi ues

raitement du cancer

E emple d in i iteur réversi le non compétitif le donepe il -

n i iteur de la c olinestérase

raitement de la maladie d Al eimer

- 0

Le peptidoglycane dans les parois cellulaires des bactéries

La pénicilline : exemple d’inhibiteur irréversible : augmente leur force et empêche les fluides et les particules
externes d'y pénétrer.
éaction de transpeptidation

Les peptidoglycanes forment une structure en forme de

maille autour de la membrane plasmique des bactéries.

Conformations de la pénicilline et du su strat Lorsqu'une bactérie se multiplie, de petits trous s'ouvrent

dans leurs parois cellulaires à mesure que les cellules se
divisent. Ces trous sont ensuite remplis avec des
peptidoglycanes nouvellement produits et la paroi est
ormation du comple e pénicillo l -en me
reconstruite. C'est à moins que la pénicilline ne se trouve à
proximité (en effet, la pénicilline a une forme très
semblable au substrat).
n i iteur
suicide
Les pénicillines inhibent les entretoises de protéines qui
relient les peptidoglycanes dans le mur. Cette inhibition
- empêche la bactérie de fermer le trou dans son mur.

En raison de la différence de pression entre l'intérieur de la

bactérie et le fluide environnant, l'eau pénètre dans le trou
et la bactérie éclate.
40

8. Les glucides :

-Introduction :

Rôles principaux des glucides :

-apport en énergie pour les organismes non-photosynthétiques (amidon et glycogène) ;
-élément structurel et protecteur (cellulose ou chitine) ;
-lubrification des articulations ;
-reconnaissance et adhésion entre cellules ;
-signalisation.

Structure généralisée :
Polyhydroxy aldéhydes ou cétones ou substances libérant de tels
composés après hydrolyse.

Formule générale des sucres : (CH20)n

ATTENTION : ils ne correspondent pas tous à cette formule

générale. En effet, il peut y avoir incorparation d’azote (N), de
soufre (S) ou même de phosphore (P).

Catégories en fonction de leur taille :

1. Les monosaccharides : une seule unité de polyhydroxy aldéhyde ou cétone. EX : D-glucose.
2. Les disaccharides : deux unités liées par un lien glycosidique. EX : saccharose = D-glucose +
D-fructose. Monosaccharides et disaccharides = « oses ».
3. Les polysaccharides : de 20 à plusieurs milliers d’unités. EX : le glycogène (réserve de glucose
dans les muscles et le foie chez les animaux) ; l’amidon (réserve de glucose chez les
végétaux).
4. Les glycoconjugués : Oligosaccharides (entre 3 et 20 unités) attachés à des protéines ou à des
lipides. ATTENTION : les oligosaccharides ne sont jamais seuls.

-Monosaccharides et disaccharides :

Les monosaccharides : ils sont sous forme de cristaux à l’état solide : incolore et soluble dans l’eau.
Ils constituent des chaines de 3 à 7 carbones liés par des liaisons simples.
1 oxygène lié doublement à 1
carbone -> groupement carbonyle

Fin de chaine Ailleurs dans la chaine

➔ Groupement aldéhyde ➔ Groupement cétone
➔ Aldose. ➔ Cétose.

(Aldo- ou céto-) Triose(3C), tétrose(4C), pentose(5C), hexose(6C), heptose(7C).

41

Quelques exemples :

Les plus simples

Les plus abondants.

Acides nucléiques (ADN, ARN)

Stéréochimie :
Tous les monosaccharides possèdent au moins un centre chiral, sauf le
dihydroxyacétone ou le cétotriose. -> Il existe sous une seule forme
tridimensionnelle.

Emil Fischer a démontré que les sucres peuvent adopter plusieurs formes tridimensionnelles
différentes, en utilisant le plus simple des aldoses : le glycéraldéhyde ou l’aldotriose.

Quand il y a plusieurs centres chiraux (n), pour trouver le nombre de stéréoisomères possibles, il faut
utiliser la formule suivante : 2n stéréoisomères.
Exemples :
-Glycéraldéhyde : 21 = 2 stéréoisomères.
-Aldohexose : 24 = 16 stéréoisomères.

Cependant, le dernier carbone dit de référence (c’est-à-dire celui qui nous

donne soit les configurations D (à droite) ou L (à gauche)) est chez la
plupart des monosaccharides dans la nature en configuration D.

➔ Dès lors, ça veut dire que l’on a plus que 3 centres chiraux qui
peuvent changer de configuration.
➔ 23 = 8 stéréoisomères différents.
42

Structure cyclique :
Les aldotétroses et monosaccharides contenant au moins 5C prennent une structure cyclique en
solution aqueuse.
Formation d’un hémiacétal ou d’un hémicétal :

On remarque qu’après que cette réaction ait eu lieu le

carbone 1, qui de base n’était pas chiral parce qu’il était
doublement lié à l’oxygène, l’est devenu.

Exemple de la formation de la structure cyclique du D-glucose :

Le carbone 1 (C1), qui était non-chiral, est devenu chiral et peut prendre 2
configurations différentes : alpha et beta (anomères). Il va prendre le
nom de carbone anomérique et c’est ce carbone qui va faire des liaisons
glycosidiques pour polymériser.

On revient à 4 carbones chiraux sous forme cyclique.

➔ 24 = 16 stéréoisomères.

A l’équilibre, on a 1/3 de alpha et 2/3 de beta. Mutarotation.

Monosaccharides à savoir redessiner dans le cahier d’exercices !!!

Les disaccharides = 2 monosaccharides joints par un lien O-glycosidique (réaction entre un carbone
anomérique d’un monosaccharide et un groupement hydroxyle d’un autre).
Voir dans le cahier d’exercices !!!

-Les polysaccharides :
Polymères de monosaccharides sans taille définie.
On peut les différencier selon : - type de monosaccharides incorporés ;
- longueur ;
- types de liens ;
- nombre de ramifications.

Homopolysaccharides : constitué d’1 seul type de monosaccharides.

Hétéropolysaccharides : constitué de plusieurs types de

monosaccharides.
43

Homopolysaccharides de réserve :

Amidon : réserve de glucose chez les végétaux.

Tubercules (PDT) et dans les graines.
Chloroplastes : photosynthèse -> production de glucose.

Glycogène : réserve de glucose chez les animaux.

Il est présent dans les hépatocytes (cellules du foie) et les cellules
musculaires.

Les deux formes possibles de l’amidon :

Amylose : homopolysaccharide de glucose non-ramifié ;
Des liaisons O-glycosidique alpha 1->4.
Taille : 1000 – 106 glucoses.

Amylopectine : homopolysaccharide de glucose ramifié tous les

24 à 30 résidus.
Des liaisons O-glycosidique alpha 1->4 ou O-glycosidique alpha
1->6.
Taille : 100 – 106 glucoses.

Le glycogène :
Homopolysaccharide très similaire à l’amylopectine mais qui est beaucoup plus ramifié, environ tous
les 8 à 12 résidus.
Des liaisons O-glycosidique alpha 1->4 ou O-glycosidique alpha 1->6.
Taille : 106 glucoses.

Pourquoi stocker le glucose sous la forme d’un polymère ?

La cellule consomme de l’énergie pour transformer le glucose en polysaccharide pour une question
d’osmose. En effet, une chaine de 1 million de sucre a le même pouvoir osmotique qu’une molécule
de glucose. Si le glucose n’était pas polymérisé, de l’eau rentrerait dans la cellule par osmose et
provoquerait la turgescence cellulaire.
44

Homopolysaccharide de structure :
La cellulose qui est le constituant principal de la paroi des
cellules végétales.
La cellulose est un polysaccharide de glucose non-ramifié.
La différence avec l’amylose, c’est qu’il s’agit de liaisons
particulières : les liaisons O-glycosidique beta 1->4.
C’est pour cette raison que nous ne pouvons pas digérer la cellulose parce que nous ne possèdons
pas de cellulase.

ous les animau Attention : sauf chez les herbivores qui peuvent
domesti ues transformer la cellulose en glucose aux bactéries (qui
Amidon et gl cog ne possèdent de la cellulase) présentes dans le rumen et
α-am lase dans le grand intestin.
(salive, intestins)
Glucose

La lignine participe également à la composition de la paroi des cellules végétales, mais attention, la
lignine n’est pas un glucide. Elle est un polymère d’alcool qui dérive d’acides aminés.

Ce composé est non-digérable par les animaux et même par les bactéries.
Exception : les chèvres peuvent la digérer car elles possèdent des lignases.

Les hétéropolysaccharides de structure des membranes des bactéries :

Les peptidoglycanes sont constitués d’une répétition de 2 types de

monosaccharide.
-Les lysozymes clivent les liaisons O-glycosidiques beta 1->4, ce qui
va former un trou et provoquer la mort de la bactérie.
-La pénicilline empêche la formation des liens entre les
peptidoglycanes.
45

Les glycosaminoglycanes :
Ils constituent les hétéropolysaccharides de la matrice extracellulaire.
Matrice extracellulaire : Structure poreuse faite de glycosaminoglycanes et de protéines fibreuses
telles que le collagène, l’élastine, fibronectine, etc. … elle permet la diffusion des nutriments et des
déchets métaboliques.

Les glycosaminoglycanes sont des polymères composés d’une répétition d’un disaccharide.
➔ 1er monosaccharide toujours N-acétylglucosamine (GlcNAc) ou N-acétylgalactosamine
(GalNAc) ;
➔ 2ème monosaccharide souvent un acide uronique (ex : acide glucuronique (GlcA)).

La présence de groupements carboxyliques et/ou sulfates donnent la présence de charges négatives

sur le polysaccharide. Ce qui va donner une forme allongée et interaction avec des protéines
chargées positivement telles que le collagène (possède des lysines et des 5-hydroxylysines chargées
positivement à PH neutre).

Quelques exemples :

Acide hyaluronique :

Solution claire et visqueuse. Constitue le lubrifiant de la synovie

au niveau des articulations, l’humeur vitré de l’œil et la matrice
extracellulaire des tendons et du cartilage.

Les hyaluronates sont nombreux, et possèdent uniquement un

groupement carboxylique.

Les hyaluronidases : enzymes contre les hyaluronates utilisées par les bactéries pour envahir leur
environnement. Mais également présent dans le sperme lors de la fécondation pour hydrolyser
l’enveloppe de l’ovule.

Chondroïtine sulfate :Polymères beaucoup plus courts que l’acide hyaluronique, pour cette
raison ce polymère sera toujours lié de manière covalente à une
protéine.

Les chondroïtines sulfates possèdent les groupements

carboxyliques et sulfates.

Ces polymères constituent le cartilage, les tendons, les ligaments et

la paroi de l’aorte.

Kératine sulfate : Polymères beaucoup plus courts que l’acide hyaluronique, pour cette
raison ce polymère sera toujours lié de manière covalente à une
protéine. (Idem que chondroïtine sulfate).

Les kératines sulfates possèdent le groupement sulfate.

Ces polymères constituent la cornée, le cartilage, les os plus les

structures kératinisées (griffes, poils, sabots, …).
46

-Les glycoconjugués :

Quelques types :
Les protéoglycanes : -Les glycosaminoglycanes liés de manière covalente à une protéine
membranaire ou sécrétée ;
-Ils se trouvent dans les tissus conjonctifs.

-Organisation de la matrice extracellulaire ;

-Régule l’activité de facteurs de croissance.

Ici, on voit bien que les glycosaminoglycanes

sont fixés de manière covalente à une protéine
transmembranaire.

Agrégat de protéoglycanes. Ce complexe interagit

fortement avec le collagène grâce aux groupements
sulfates et carboxyliques des glycosaminoglycane.

Rôles :
-Ancrage ;
-Migration ;
-Signalisation.
47

Les glycoprotéines : -Protéine liée de manière covalente à un ou des oligosaccharides

généralement complexes ;
-Ils se trouvent dans les membranes plasmiques, matrices extracellulaires, sang, organites
spécifiques ;
-Riche en information (signalisation).

Les oligosaccharides sont certes moins grands que les glycosaminoglycanes, mais ils sont beaucoup
plus complexes.

La plupart des protéines sécrétées sont des glycoprotéines (y

compris celle du sang).
Elles forment les :
Immunoglobulines ;
Certaines hormones (FSH, LH, TSH, …) ;
Protéines du lait (lactalbumine, …) ;
Enzymes pancréatiques (pancréas exocrine) ;
Protéines contenues dans les lysosomes.

Les glycoprotéines constituent

également de nombreuses protéines
membranaires (signalisation, …).

Les glycolipides : -Lipides membranaires dont la tête polaire est constituée d’un ou
plusieurs oligosaccharides ;
-Riche en information (signalisation).

Exemple N°1 : les gangliosides (cellules eucaryotes) des groupes sanguins (globules rouges).

Les gangliosides se trouvent sur l’hémicouche externe des hématies et

elles déterminent le groupe sanguin.

A -> N-acétylgalactosamine Les anticorps anti-A et anti-B sont

B -> Galactose dirigés contre ces régions.

Les glycosyltransférase sont des enzymes qui permettent la catalyse de

la liaison d’un glucide sur une protéine.
Elles sont actives chez les A et B.
Mutation des glycosyltransférases chez le groupe O -> transférases
inactives. (Pas de sucre ajouté).
48

Exemple N°2 : Les lipopolysaccharides.

Constituant majeur de la membrane externe sur l’hémicouche externe des bactéries gram – (Ex : E.
Coli).

En cas de mammite (infections des mamelles) chez la vache.

Libération des toxines par la bactérie qui peut conduire à une
inflammation et même à un choc toxique.

Le premier traitement dans ce cas est de donner des anti-

inflammatoires puissants avant de traiter les mamelles.

-Le code glucidique :

Les oligosaccharides liées aux protéines et aux lipides contiennent de l’information.

Destination intracellulaire des protéines ;

Les contacts entre cellules ;
Signalisation.

Abondance de possibilités grâce à ces oligosaccharides :

➔ 20 acides aminés : 6,4 x 107 hexapeptides possibles ;

➔ 20 monosaccharides : 1,44 x 1015 hexosaccharides possibles (presque infini). En effet,
contrairement aux acides aminés où un seul type de liaison est possible, les monosaccharides
peuvent polymériser avec des liaisons diverses : 1->2, 1->3, 1->4, 1->6, 2->3, 2->6.
Les monosaccharides peuvent se ramifier.
Configuration alpha ou beta.

Les lectines sont des protéines qui lisent les codes glucidiques. Elles sont spécifiques et ont une
grande affinité pour leur ligand.

Exemple N°1 : Destruction des vieilles cellules.

Les glycoprotéines membranaires des globules rouges possèdent des oligosaccharides qui se
terminent par des acides sialiques. Chez les vieux globules rouges (120 jours de vie en moyenne), il va
y avoir une perte de cette acide sialique grâce à une enzyme nommée sialidase. Reconnaissance des
globules rouges qui ont perdu leur acide sialique par les lectines des hépatocytes -> dégradation.

Exemple N°2 : Virus influenza.

E 2 virus influen a

Voir cahier d’exercices !!!

H = lectine reconnaissant acide siali ue de l te

= neuraminidase = sialidase ( amiflu = p osp ate d oseltamivir = in i iteur)
49

Exemple N°3 : P-selectine et intégrine.

Les lectines ne sont pas présentes tout le temps au niveau

de l’endothélium, elles apparaissent au moment d’une
inflammation. Ces lectines permettent de laisser passer les
lymphocytes T en dehors des vaisseaux sanguins pour aller
tuer des agents pathogènes éventuels dans le tissu
conjonctif.

La diapédèse

Exemple N°4 : Helicobacter Pyroli.

Bactérie qui infecte la muqueuse gastrique. Elle provoque des ulcères

gastro-duodénaux. Pour résister au PH très faible, la bactérie va se fixer
étroitement à la mucus stomachale, à l’abri des sucs gastriques. Pour se
faire, la bactérie possède des lectines qui se lie à l’oligosaccharide des du
groupe sanguin O compris sur les globules rouges.

E o ine c oléri ue

Bactérie Gram -

o ine c oléri ue

econnaissance d un oligosacc aride mem ranaire

énétration dans la cellule te (cellule intestinale)

E écepteur au mannose -p osp ate

Oligosacc aride contenant du mannose -p osp ate

econnaissance par le récepteur au mannose -p osp ate

ransfert dans les l sosomes

-
50

9. Les nucléotides et les acides nucléiques :

-Généralité :

Introduction :
Nucléotides : Les nucléotides constituent l'élément de base d'un acide nucléique tel que l'ADN ou
l'ARN.
Quels sont leurs rôles :
✓ Transporter de l’énergie grâce à l’adénosine triphosphate ;
✓ Coenzymes ;
✓ Messagers de signalisation cellulaire (AMP cyclique : voir chapitre 12) ;
✓ Stockage, transmission et traduction de l’information génétique (acides
nucléiques tels que l’ADN et l’ARN).

Les acides nucléiques :

ADN = acide désoxyribonucléique.
Sa fonction est de stocker l’information génétique exclusivement ;
Gènes : segment d’ADN contenant de l’information codant pour un produit biologique fonctionnel
(ARN ou protéines).

ARN = acide ribonucléique.

Plusieurs fonctions :
o ARN messager (ARNm) : intermédiaire véhiculant l’information de l’ADN aux ribosomes pour
entamer le processus de traduction ;
o ARN ribosomal (ARNr) : composant des deux sous-unités ribosomiales nécessaire à la
synthèse des protéines, il s’agit des traducteurs de la traduction ;
o ARN de transport (ARNt) : transducteur du signal. Codon ------> acide aminé.

Structure des nucléotides :

Lien N-beta-glycosidique entre la base purine ou pyrimidine et le

ribose (sucre).
Ici on est en présence d’ARN car présence d’un ribose.

Les nucléosides = nucléotides – le groupement phosphate.

ATTENTION : savoir redessiner les bases dans le

cahier d’exercices !!!
51

Les désoxyribonucléotides (ADN) : A savoir redessiner dans le cahier d’exercices !!!

Les ribonucléotides (ARN) : A savoir redessiner dans le cahier d’exercices !!!

Les liens phosphodiesters :

Les liaisons se font toujours de l’extrémité 5’ vers

l’extrémité 3’ !

Dans cette exemple : 5’-ATG-3’.

Si moins de 50 nucléotides, on parle alors

d’oligonucléotides.

Si plus de 50 nucléotides, on parle alors de

polynucléotides.
 52

ropriétés p sico-c imi ues des nucléotides

Les nucléotides a sor ent appel (dia 3 )

la lumi re ultraviolette (2 0 nm)

osage de l A et de l A osage des protéines

C evauc ement
Acides nucléi ues rapport 2 0 2 0 doit tre grand
rotéines rapport 2 0 2 0 doit tre grand
- 2

nteractions fai les dans les molécules d A

Il y a 3 liaisons H entre la guanine et la

cytosine. Il y a 2 liaisons H entre
nteractions
drop o es l’adénine et la thymine.

C’est-à-dire que lorsque l’on va

chauffer l’ADN pour séparer les deux
brins (Ex : test PCR), les adénines et
thymines seront séparées en premier
et les guanines et cytosines par après
juste à cause du nombre de liaisons
faibles entre les bases.

aires de ases
A
CG
- 3
53

-Structure des acides nucléiques :

Expérience d’Avery-McLeod-McCarty (1944) (pneumocoques) :

Expérience 1 : On a deux pneumocoques différents :

En rouge : encapsulée -> virulente (a) ;
En bleue : non-capsulée -> non-virulente (b) ;
En jaune : bactéries rouges tuées par la chaleur et
donc n’induisent pas de maladies (c).

Mélange bleue + jaune -> la souris meurt.

Postulat : Les bactéries bleues prennent le matériel

génétique des jaunes pour pouvoir devenir virulentes.
En quelque sorte, les bactéries bleues sont devenues
rouges grâce au matériel génétique des jaunes.

Conclusion : L’ADN contient des informations.

Expérience de Hershey-Chase (1952) (bactériophage T2) :

Expérience 2 : Bactériophage : virus qui infecte et se

reproduise à l’intérieur des bactéries.
1er cas : On rend l’ADN du virus radioactif (en rouge) avec du
phosphore radioactif. Cependant la membrane du virus n’est
pas radioactive.
2ème cas : On rend la membrane du virus radioactif (en rouge)
grâce à du soufre radioactif. Cependant l’ADN du virus n’est
pas radioactif.
Observation :
On remarque qu’à la fin de l’expérience, il n’y a que de la
radioactivité dans les bactéries du 1er cas.

Conclusion :
Seulement l’ADN du virus entre à l’intérieur de la bactérie lors
du parasitage. La membrane, elle ne rentre pas.

On conclut que l’ADN du virus peut reconstituer un individu

complet, c’est-à-dire que l’ADN contient 100% de
l’information.
54

Composition en base de l’ADN :

Loi de Chargaff :
✓ La composition en bases varie d’une espèce animale à l’autre ;
✓ L’ADN isolé de différents tissus du même individu ou d’individus de la même espèce a une
composition en bases constante ;
✓ La composition en bases au sein d’une espèce ne change pas en fonction de l’âge, de l’état
nutritionnelle ou de l’environnement.
A = T ; C = G ; A+G = T+C

Expérience de Franklin et Wilkins :

En utilisant la diffraction des rayons X sur l’ADN, ils ont
constaté que l’ADN forme une hélice avec 2 périodicités
différentes : 3,4 Å et 34 Å.

Modèle de Watson et Crick :

Celui-ci tient compte de la loi de Chargaff et des
découvertes de Franklin et Wilkins. Ils ont constaté que
pour que ces deux découvertes coïncident, il faut former
une double hélice.

On remarque que les brins d’ADN sont complémentaires et il faut que les brins
soient anti-antiparallèles pour que les périodicités correspondent.

Réplication de l’ADN

On remarque que la réplication est

semi-conservative. En effet, dans
chaque nouveau double brin
d’ADN, se trouve un brin provenant
d’un brin parent.
55

Les nucléosomes :
Chromatine = succession de nucléosomes (ADN + histones).

Les noyaux octamériques d’histones sont constitués de

8 sous-unités : 2 x H2A, 2 x H2B, 2 x H3, 2 x H4.

L’histone (riche en lysine et en arginine) va former des

liaisons ioniques avec les groupements phosphates
compris dans l’ADN.
L’ADN fait plus ou moins 2 tour autour de chaque
histone.

L’ARN messager (de la transcription à la traduction) :

L’ARN est monocistronique chez les eucaryotes, c’est-à-dire

qu’il ne code que pour une seule protéine.

Ils (François Jacob, Jacques Monod et

André Lwoff) savent que l’ADN
(contient toutes les infos) est dans le
noyau et que les protéines sont dans le
cytoplasme.
Une seule protéine
➔ Ils déduisent dès lors que
l’ARN, qui a une forme
semblable à l’ADN doit
forcément être l’intermédiaire
entre l’ADN et les protéines.

Les gènes s’expriment plus ou moins fortement en fonction de leur nécessité dans la cellule. (Eviter
le gaspillage des composants de la protéines).

Housekeeping genes (gènes de ménage) :

expression +/- constante

➔ Assurent les fonctions indispensables

à la survie de la cellule !!

Gènes à expression régulée : expression

fluctuante, on-off, …
56

Initiation de la transcription :

La boite TATA attire les protéines qui viennent se fixer sur le promoteur.
L’ensemble de ce complexe va permettre à l’ARN polymérase II de se fixer.

Début de la transcription par l’ARN polymérase II, elle se fait jusqu’à une
certaine séquence particulière qui lui dit de s’arrêter.

Amplification de la transcription :

La transcription peut être accélérée par des protéines

activatrices (amplificateurs ou enhancers) en amont du
promoteur. la protéine activatrice peut se trouver très loin
du promoteur mais vu que l’ADN se replie sur lui-même, dès
lors la protéine activatrice peut se trouver à côté du
promoteur.

Cette protéine activatrice attire un médiateur qui vient lui-

même se fixer sur le complexe protéique -> attire fortement
une ARN polymérase II.

Protéines inhibitrices (répresseurs), ralentissent ou inhibent

complètement la transcription d’un gène.

Maturation de l’ARN pré-messager :

1. Ajout d’une coiffe à l’extrémité 5’.

2. Action d’excision/épissage pour enlever les parties

non-codantes (introns) et garder les parties codante (exons).

3. Ajout d’une queue poly-A (polyadénylation) à

l’extrémité 3’ (environ 200 adénylates).
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Maturation : 1. coiffage de l’extrémité 5’ du pré-ARNm

Dans le noyau, la coiffe s’unit à un complexe protéique, le Cap-Binding

Complex (CBC) grâce au 7-méthyl guanosine avec 3 phosphates.

Le rôle est la protection de l’ARNm.

Maturation : 2. épissage de l’ARNm

Rôle : élimination des séquences d’introns (non-codantes) des

pré-ARNm néotranscrit dans le noyau.

BBP = protéine de liaison au point de branchement

U2AF = protéine d’aide

RNPsn = small nuclear ribonucleoproteins (U1 et U2 s’attirent

comme des aimants et plient dès lors l’ARNm).

1. Formation du lasso et coupure du site d’épissage 5’.

2. Clivage du site d’épissage 3’ et réunion des deux
séquences d’exon.
3. Séquence d’intron excisée sous forme d’un lasso qui va
être ultérieurement dégradé dans le noyau.

Maturation : 3. ajout d’une queue poly-A à l’extrémité 3’ de

l’ARN

Ajout de plus au moins 200 adénylates par la poly-A polymérase après le

travail de l’ARN polymérase II. Par la suite des protéines vont venir se fixer
sur la queue poly-A et ainsi former une sorte de bouclier pour protéger
l’ARNm.
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Conclusion :

On remarque que l’ensemble de L’ARNm ne va pas être 100% traduit. Uniquement la partie centrale
sera traduite en protéine.

Exportation de l’ARNm mature (via les pores nucléaires).

On remarque que le complexe protéique CBC lié à la coiffe 5’ va être interchangé par un autre
complexe protéique : les facteurs d’élongations (ELF). Ces facteurs d’élongations vont attirer les
protéines fixées sur la queue poly-A, il va y avoir formation d’une boucle.

Les structures permettant la traduction :

Les ARN de transfert Les ARN ribosomal

3’ CUU 5’

Polysomie ou polyribosome possible : Ensemble de

ribosomes fixés en même temps à un même ARNm.
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Phase d’initiation de la traduction :

Phase d’élongation de la traduction :

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Phase finale de la traduction

-Chimie des acides nucléiques :

25°C

Chauffer de l’ADN permet de séparer les deux brins l’un de

l’autre, il est dit dénaturer. Ce principe est utilisé lors du test PCR.

Les liaisons entre les adénines et les thymines seront rompues en

premier par rapport à celle entre les guanines et les cytosines.

90°C

Tm = température de fusion = melting point.

= Température à laquelle les deux brins se
dissocient : dénaturation. Dépend du contenu en
paires de bases CG et AT.
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-Les technologies des acides nucléiques :

Le test PCR (polymerase chain reaction) :
Ce test permet de multiplier un segment particulier d’ADN que l’on souhaite
étudier.
• Il permet d’amplifier notre segment d’ADN environ x109 ;
• Très sensible car on peut le faire même quand il y a qu’une seule
molécule d’ADN dans l’échantillon.
• On peut mettre en évidence des virus (FIV, PIF, …), bactéries (Bartonella,
…) et parasites (Toxoplasma, …).
Regarder dans le cahier d’exercices pour plus d’explications !!

En médecine légale :

Utilisation des séquences microsatellites

qui sont non-codantes. Les tailles sont très
variables selon les individus.

En médecine légale, on compare

l’échantillon trouvé sur le terrain avec les
gènes des potentiels suspects.

Sur ce test PCR, on voit bien que c’est

l’individu B qui est coupable.
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Le test RT-PCR :

Etape 1 :
Production d’un ADC Etape 2 :
complémentaire (ADNc) à Test PCR
partir de l’ARNm.

Plus d’explications dans le

Cahier d’exercices.